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RNA CATALÍTICO E

SUAS FUNÇÕES

Prof. Dr. Júlio César Borges

Larissa Diniz
Monique Amorim
Thais Freitas
Sumário
• Enzimas;
• Contexto Histórico;
• Ribozimas: O que são?
• Reações Catalizadas por RNA
– Síntese de Proteínas
– Processamento de RNA
– Climagem de RNA
– Auto-clivagem de RNA
• Ribozimas X Enzimas Proteicas;
• Consequências.
Enzimas
• Uma biomolécula que catalisa uma reação química específica.
Não afeta o equilíbrio da reação mas sim intensifica sua
velocidade;
• Reduzem a barreira livre de ativação.
• Apresentam alta eficiência e especificidade quanto ao seu
substrato;
Toda Enzima é
uma proteína.

Será?

Figura 1. Gráfico de coordenada de reação.


Contexto Histórico
• Década de 60: Carl Woese, Francis Crick e Leslie Orgel sugerem que
o RNA poderia apresentar função catalítica (“Mundo do RNA ”)1.
• 1981: Descoberta do primeiro RNA Catalítico – Thomas Cech
 Estudos com Tetrahymera thermophila;
 Mesmo na ausência de proteínas um íntron gera sua própria exclusão da
cadeia, catalisando a ligação entre os éxons e tornando a molécula de
RNA ativa

Figura 2. Tetrahymera thermophila


Figura 3. Prof. Dr. Thomas Cech. 3
vista no microscópio.2
Contexto Histórico
• 1983: Estudo de outro RNA catalítico – Sidney Altman
Estudos com Escherichia Coli;
A subunidade de RNA desempenhava a função catalítica mesmo na ausência da
subunidade proteica;
Reconhece e processa o RNA transportador na bactéria;
Subunidade proteica tem atuação secundária de aumentar a taxa hidrolítica e
possibilitar que a reação ocorra em condições catalíticas.
• 1989: Thomas Cech e Sidney Altman ganham prêmio Nobel por suas
descobertas.

Figura 4. Bactéria Escherichia Coli vista


por microscópio.4 Figura 5. Prof. Dr. Sidney Altman.5
O que são?
RNA Catalíto ou Ribozimas são enzimas de ácidos nucléicos que
catalisam a quebra ou a inativação de outras moléculas;

Ácido Ribonucléico + Enzimas;

Possuem constante cinéticas comparáveis às das enzimas


proteicas (portanto são igualmente eficientes);

Apresentam como principal substrato o RNA, podendo realizar


auto-catálise, e em sua maioria realizam funções de
processamento de RNA;
Podem ser naturais ou desenvolvidas artificialmente para atacar
sequências específicas de nucleotídeos, podendo assim atuar assim no
combate a diversas doenças, como o câncer.
O que são?
• Existem diversos tipos de ribozimas:
Ribozima em “cabeça de martelo” - O mais simples dos RNAs Catalíticos,
apresentando pequeno tamanho. Assim como o nome, apresenta estrutura
semelhante ao martelo, em formato de T. É um patogênico de plantas;
oRequer a presença de uma sequência GUX (onde X é diferente de G) em
5’ do sítio de clivagem.

Figura 6. Ribozima “Cabeça de Martelo”6


O que são?
 Ribozima em grampo – Ao se ligar ao substrato se transforma em uma
estrutura bidimensional constituída de quatro regiões em dupla hélice e
duas regiões em arco.
o Também é um patogênico em plantas;
o Requer a presença de uma guanosina em 3’ do sítio de clivagem.

Figura 7. Ribozima em Grampo7


Reações Catalizadas por RNA10

Atividade Ribozima
Formação de Ligação Peptídica RNA ribossômico

RNA splicing RNA auto-splicing

Clivagem de DNA RNA auto-splicing


RNA auto-splicing, Rnase P, RNA
Clivagem de RNA
selecionado in vitro
Polimerização do RNA RNA selecionado in vitro

Fosforilação do RNA RNA selecionado in vitro

Aminoacilação do RNA RNA selecionado in vitro

Alquilação do RNA RNA selecionado in vitro

Rotação da ligação C-C (isomerização) RNA selecionado in vitro


Síntese de
Proteínas

 O sítio catalítico é
fomrado pelo rRNA 23S
da subunidade maior
do ribossomo

 Peptidil-transferase

 Orienta com precisão Figura 8. rRNAs e proteínas encontrados no centro


a cadeia peptídica em do ribossomo10
formação com o tRNA,
aumentando
grandemente a Ribossomo
probabilidade de uma rRNAs são encontrados no interior e
reação produtiva proteínas ribossomais na parte
exterior
Processamento do RNA

Transcrito Primário Splicing RNA Maduro:


Íntrons + éxons éxons

 Objetivo do Processo: retirada dos segmentos não codificantes do


RNA, tornando-o funcional.

o Há 4 tipos de íntrons;

o Os íntrons dos Grupos I e II se diferenciam por seus mecanismos


de splicing, porém compartílham uma característica única:

Auto-splicing
Splicing –
Grupo I
 Requer um nucleotídeo
ou nucleosídeo de guanina
como cofator

Figura 9. Mecanismo de
splicing para íntrons do
Grupo I11
Splicing –
Grupo II
 O nucleófilo inicial é o
grupo hidroxil 2’ de um
resíduo de adenina dentro
do próprio íntron

 Forma-se um estrutura
em forma de laço como
intermediário

Figura 9. Mecanismo de
splicing para íntrons do
Grupo I11
Clivagem de RNA10 Sítio Específico

Pareamento de
bases

Clivagem
Necessidade de
cofator Mg

Liberação do
produto
Auto-clivagem de RNA

 (direita) Ribozima
que realiza reação de
autoligação – forma
ligação fosfodiéster,
librerando pirofosfato

 (esqueda) Ribozima
que realiza auto-
clivagem

Figura 10. Molécula de RNA que se dobra em duas


diferente ribozimas10
Ribozimas versus Enzimas Protéicas

• Cinética de reações
• Estrutura
• Reconhecimento do substrato
• Estabilidade estrutural

Figura 11: Ribozima12


Cinética de Reações

• O comportamento cinético das reações das ribozimas podem ser


justificado pelo modelo de Michaelis-Menten, assim como o
comportamento das demais enzimas.
• A equação de Michaelis-Menten justifica as relações entre
concentrações de enzima e substratos e velocidade da reação.

Figura 13: Equação de


Figura 12: Formação do complexo enzima-substrato Michaels-Menten11
e dos produtos11
Estrutura das ribozimas
• Os princípios utilizados para o estudo da estrutura das proteínas pode ser
também aplicado às ribozimas, apresentando estruturas primárias,
secundárias e terciárias.
• Estrutura primária: sequência de nucleotídeos;
• Estrutura secundária: Pareamento de sequências complementares,
resultante da proximidade em algumas regiões da estrutura primária;
• Estrutura terciária: Resulta de interações eletrostáticas em regiões
distantes na estrutura primária.

Figura 14: Estrutura da ribozima13


Reconhecimento do substrato
• Há uma estreita relação entre estrutura e função, tanto para
proteínas quanto para ribozimas.
• O centro ativo é uma estrutura tridimensional, na qual ocorrem
interações fracas com os substratos.
• As interações ribozima-substrato ocorrem por pares de bases
complementares por meio de interações de hidrogênio.
• Alto grau de especificidade.

Figura 15: Interação ribozima-substrato14


Estabilidade Estrutural
• No RNA, a estrutura terciária parece ser constituídas pelo
enovelamento de hélices e estabilizados por interações entre os
domínios.
• Nas proteínas, a estabilização provem de interação terciária e
hidrofóbicas dentro das moléculas
• Nas ribozimas, a estabilização é resultante das interações da
estrutura secundária, visto que as da estrutura terciária são fracas

Figura 17: Ribozima14


Consequências
 Existência das Ribozimas e
sua vital importância para as
reações reforçaram a teoria do
“Mundo do RNA”, na qual o
RNA teria sido tanto
transmissor primordial de
informação como também
biocatalizador primitivo

 Esclarecimento de funções
celulares, como no ribossomo:
catálise não é realizada pelas
proteínas ribossomais, e sim
pelos rRNAs
Referências
1. Muriel Gargaurd, M., Barbier,B., Martin,H., Reisse,J., Lectures in Astrobiology: Vol I : Part 2:
From Prebiotic Chemistry to the Origin of Life on Earth. 6a ed. Alemanha, 2006.
2. http://lookfordiagnosis.com/mesh_info.php?term=tetrahymena+thermophila&lang=3
3. http://quotesgram.com/thomas-r-cech-quotes/
4. Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, 2015. Acesso em 20 nov 2015. Disponível
em:<http://www.cdc.gov/ecoli/>.
5. http://global.britannica.com/biography/Sidney-Altman
6. Karp,G., Biologia celular e molecular, Barueri, 2006.
7. Santos, D., Ribozima: RNA Super star, 2011.
8. Abera,G., Berhanu,G., Tekewe,A., RIBOZYMES: NUCLEIC ACID ENZYMES WITH POTENTIAL
PHARMACEUTICAL APPLICATIONS - A REVIEW, Pharmacophore 2012, Vol. 3 (3), 164-178, Acesso
em 20 out 2015, Disponível em:<http://www.pharmacophorejournal.com/May-June2012-
article2.pdf>.
9. Lilley, D.M.J., The origins of RNA catalysis in ribozymes, TRENDS in Biochemical Sciences
Vol.28 No.9 September 2003, Acesso em 21 out. 2015, Disponível
em:<http://chemistry.osu.edu/~foster.281/biochem766/download/PDF_files/Lilley_TIBS03.pdf>.
10. ALBERTS, Bruce; Essencial Cell Biology, 4ª ed., Garland Science, 2014.
11. NELSO, D. L; COX, M. M.; Princípio de Bioquímica de Lehninger, 5ª ed., Artmed, Porto Alegre,
2011.
12. http://www.quimicaviva.qb.fcen.uba.ar
13. www.qca.ibilce.unesp.br
14. neofronteras.com
OBRIGADA