PEMBUATAN MEDIA, LARUTAN DAN EDTA

BUFFER Alat :
Beker 250 ml
Autoclve
a. Media cair
Bahan :
Tryptone 1% (w/v) E. Agarosa 1%
Bahan :
Yeast Extract 0,5% (w/v)
NaCl 1% (w/V) Agarosa
Akuadest TAE 1x
Alat :
Alat :
Neraca analitik
Neraca analitik
Baang pengaduk
Batang pengaduk
Kaca arloji
PH meter
Erlenmeyer 250 ml Beker gelas 250 ml
Autoclave Cetakan/Cawan petri
Magnetic stirer
Beker gelas 250 ml F. DNA Loading Buffer
Ada dua macam berbeda komposisi
Kapas
Kain kasa
Aluminium Foil (i)
6 mM EDTA
300 mM NaOH
b. Media Padat (Agar)
18% Ficoll (dalam aquadest )
Bahan :
0.15% Bromocresol Green
Tryptone 1% (w/v)
Yeast Extract 0,5% (w/v) 0.25% Xylene Cyanol
NaCl 1% (w/V aquadest.
Agar bacto 1,5%
(ii)
Akuadest
60% (w/v) gliserol
Alat :
6 mM EDTA pH 8,0
-sama seperti pembuatan media cair
-cawan petri 0,01% bromophenol blue
- Laminer Air flow aquades

3. Larutan dan Buffer untuk Protein

2. Larutan dan Buffer untuk DNA
A. SDS 10%
A. Pembuatan larutan EDTA
Bahan :
Bahan :
Na2EDTA SDS
NaOH Aqudest
Alat :
Alat :
Neraca Analitik
Sama seperti pembuatan media cair LB
Kaca arloji
Spatula
B. Pembuatan Buffer Tris- HCL
Bahan : Bekergelas
Labu ukur 100 ml
Tris
Akuadest
Alat : sama seperti pembuatan LB cair B. APS 10%
Bahan :
APS
C. BUFFER TAE
Bahan Akuades
Alat :
Tris
Akuadest - Sama seperti pembuatan SDS 10%
EDTA - Tabung mikrosentrifuga
Asam asetat glasial
C. Akrilamid/Bis-akrilamid
Alat :
Sama seperti pembuatan LB cair Bahan
- akrilamid
D. BUFFER TE - N,N’methylenebisacrylamide
Bahan : - Akuadest
Tris-HCL
Alat : Bahan :
- Neraca analitik Metanol 5%(v/v)
- Kaca arloji Asam asetat glasial 7,5% (v/v)
- Spatula Aquadest 87,5
- Gela beker 100 ml
- Botol berwarna cokat
- Hotplate
- Millipore 0,22 mikrometer
MODUL 1 ISOLASI DNA TOTAL DAN ISOLASI
PROTEIN TOTAL DARI BAKTERI
D. Running Gel Buffer
Bahan : Bahan :
Tris - Media cair LB (Luria Bertani)
Akuades - Sel E. coli DH5α
Alat : - Buffer TE (pH 8.0).
- Neraca analitik - Lisosim 5 mg/mL
- Kaca arloji - Proteinase-K 20 mg/mL
- Spatula - EDTA 0,5 M pH 8,0
- Gelas beker 100 ml - Buffer STE (10 mM Tris-HCl pH 7,5/250 mM
- PHmeter EDTA/SDS 2,5%)
- Amonium asetat 8 M
E. Stacking Gel Buffer - Isopropanol
- Etanol 70%
Bahan : - Aquadest steril.
-Tris Alat :
-Akuadest - Tabung mikrosentrifuga 1,5 mL.
Alat : Sama seperti Running Gel buffer - Mikropipet.
- Mikrosentrifuga.
F. 10X Running Buffer - Inkubator
30 g Tris (TRIZMA) - Wizard Genomic DNA Purification
144 g glisin
10 mL SDS 10%,
aquadest MODUL 2 ISOLASI PLASMID
HCL
Alat : Bahan :
Gelas beker 1000 ml
- Media cair LB (Luria Bertani): 1% Tryptone;
G. 5X Protein Loading Buffer 0.5% yeast extract;1% NaCl
Bahan : - Sel E. Coli
-Tris- HCl 250 mM pH 6,8 - Buffer GTE: glukosa 50 mM; EDTA 10 mM;
Gliserol 30% (v/v) Tris-HCl 25 mM (pH 8,0)
SDS 10 % (w/v) - Lysis Solution: NaOH 0,2 N; SDS 1%,
mercaptoethanol 5% (v/v) disimpan pada suhu ruang.
Bromophenol blue 0,02 (w/v) - Neutralizing Solution: Kalium asetat 3 M (pH
Akuadest
6,0)
Alat :
Beker gelas Buffer TE: EDTA 1 mM; Tris-HCl 10 mM (pH
8,0)
H. Staining solution - Isopropanol
Bahan
Alat :
Asam asetat glasial10% (v/v)
Metanol 45% (v/v) - tabung mikrosentrifuga
Coomassie Brilliant Blue R250 - Mikropipet
0,3% (w/v) - Sentrifuge
Aquadest 45%
Alat :
Kertas saring
Beker gelas

I.Destaining Solution
 Alat :
- Inkubator kocok
- Tabung Mikrosentrifuga
- Heating Block
- Sentrifuge
- MIKROPIPET
MODUL 3 PEMOTONGAN DNA DENGAN
3. Transformasi ke sel E. coli dan seleksi
ENZIM RESTRIKSI DAN klon biru putih
ELEKTROFORESIS DNA Bahan :
Bahan : - Sel E. coli kompeten
- Media SOC (SOB + 20 mM glukosa)
- Agarosa - Ampisilin 100 mg/ml
- Stock Buffer : - IPTG 100 mM
TAE 50X : - X-Gal 20 mg/ml
o 242 gram Tris-base - Media agar Luria Bertani
57,1 mL Asam asetat glasial Alat :
- cawan petri.
100 mL EDTA 0,5 M pH 8,0
- Mikropipet
akuades
- Inkubator
- DNA Loading buffer 6X :
o 60% (w/v) gliserol 4. Karakterisasi Transforman Dan Isolasi
6 mM EDTA pH 8,0 Plasmid Rekombinan
0,01% bromophenol blue
- Larutan Diamond Nucleic Acid Dye : 1 : Bahan :
10.000 dalam buffer TAE1X 1. STE buffer : 0,1 M NaCl, 10 mM Tris-
HCl pH 8,0; 1 mM EDTA pH 8,0,
Alat : disterilkan
- tabung mikrosentrifuga dengan autoklaf
- Mikropipet 2. Larutan I : 50 mM glukosa; 25 mM
Tris-HCl pH 8,0; 10 mM EDTA pH 8,
- Elektroforesis
disterilkan
dengan autoklaf
MODUL 4 KLONING DNA 3. Larutan II : 0,2 N NaOH, 1% SDS
(selalau baru)
1. Ligasi produk PCR dengan vektor kloning 4. Larutan III : 40,8 gram Na-asetat dan
pGEM-T Easy vektor 11,5 asam asetat glacial dilarutkan dengan
Bahan : aquadest sampai 100 mL
- DNA sisipan 5. Kultur cair bakteri
6. Etanol absolut dingin.
- Plasmid pGEM-T Easy linier
7. Etanol 70%
- Enzim T4 DNA ligase
8. Buffer TE.
- Buffer 10X T4 DNA ligase
- Aquabidest steril Alat:
Alat: Sentrifuge
- tabung mikrosentrifuga steril Mikropipet
- prafilm Elektroforesis
- inkubator

2. Pembuatan Sel Kompeten MODUL 5 KARAKTERISASI

Bahan PROTEIN DENGAN SDS PAGE
1. Biakan E. coli JM109 Alat :
- Sentrifuga dingin.
2. Larutan CaCl2 0,1 M (disimpan dalam es)
- Sonikator.
3. Media agar Luria Bertani (LB) : Tripton 1%;
- Inkubator goyang
Yeast extract 0,5%; NaCl 1%; Bacto agar - Mikropipet
1,5% dalam air
4. Media cair LB : Tripton 1%; Yeast extract 0,5%; Bahan:
NaCl 1% - Buffer fosfat pH 7,4.
- Protease inhibitor.
- Satu set alat elektrooresis protein.
- Baker gelas 100 mL.
- Akrilamid-bisakrilamid 40%
- SDS 10%
- Amonium persulfat (APS) 10% (selalu
buat baru)

- TEMED.
- Tris-HCl 1.5 M, pH 8.8 (bufer untuk
resolving gel).
- Tris-HCl 1.0 M, pH 6.8 (bufer untk
stacking gel).
- 5x SDS Running Buffer (15 g Trisma –
base; 72 g Glisin; 5 g SDS dalam 1 L).
- Coomassie Blue Stain (asam asetat 10%
(v/v); Coomassie Blue 0.006% (w/v),
ddH2O 90%).
- Isopropanol Fixing Solution (asam asetat
10% (v/v), isopropanol 25% (v/v),
ddH2O 65%).
- 2x SDS sample loading buffer (2,5 mL
Tris-HCL 1 M, pH 6.8; 8 mL Gliserol
50%; 8 mL SDS 10%; 2 ml -
merkaptoetanol; 8 mg Bromophenol blue,
dilarutkan dengan ddH2O

MODUL 6 Polymerase Chain reaction

(PCR)

Alat :
- Thermocycler
- Mikropipet 1 – 10 µL dan 10 – 100 µL
- Tip mikropipet
- Tabung PCR

Bahan :
- Aquabidest steril
- Templat DNA
- Taq DNA Polymerase kit (Promega)
- Primer Forwar dan Primer Reverse