riarrangiamento dell'informazione genetica

Ricombinazione genetica omologa

Ricombinazione sito specifica

Trasposizione

RICOMBINAZIONE OMOLOGA

Il modello proposto in batteri è

Amaldi
Amaldi
Figura 8.2A Modello originario di ricombinazione di Holliday innescato da tagli su
un singolo filamento di DNA. Le due molecole di DNA omologhe sono indicate con
colori diversi e le lettere maiuscole o minuscole (A, a; B, b; C, c) indicano forme
alternative (alleli) di 3 ipotetici geni A, B e C. Per esempio, le sequenze di DNA dei 2
alleli A e a del gene A hanno un elevato livello di similarità (differiscono di qualche
nucleotide) ma possono dare origine a fenotipi diversi. Le due molecole omologhe
si appaiano (I) e la ricombinazione inizia con l’introduzione di rotture a singolo
filamento (II). I filamenti incisi possono staccarsi dal filamento complementare della
stessa molecola di DNA e invadere la doppia elica di DNA omologa appaiandosi al
filamento complementare. Nella figura l’invasione è simmetrica e porta alla
formazione di una giunzione di Holliday o chiasma (III). La giunzione di Holliday può
ora scorrere sul DNA mettendo di fronte nei due filamenti di DNA sequenze non
identiche (i due alleli B e b), formando delle regioni chiamate “eteroduplex”
indicate dai due quadrati (IV). Per terminare l’evento di ricombinazione, la
giunzione deve essere risolta tagliando e risaldando i filamenti di DNA prodotti. Per
visualizzare meglio i siti di taglio la giunzione viene ruotata dando origine a una
struttura planare in cui i filamenti non sono più intersecati tra loro (V). Il sito di
taglio indicato con X coinvolge i due filamenti di DNA che all’inizio dell’evento
ricombinativo (II) non erano rotti. Al contrario, il sito di taglio indicato con Y avviene
sui due filamenti di DNA che erano stati rotti per iniziare la ricombinazione. Dopo la
risoluzione della giunzione e la saldatura dei filamenti tagliati si generano prodotti
diversi a seconda che il taglio sia avvenuto nella posizione X oppure nella posizione
Y. Nel primo caso le molecole di DNA ricombinanti prodotte (definite “prodotti del
crossing over” o “splice”) hanno portato a un riassortimento degli alleli adiacenti al
sito di ricombinazione (Va), perché vi è stato uno scambio tra i geni A e C. Nel caso
in cui il taglio avvenga nella posizione Y, le molecole di DNA ricombinanti
contengono una porzione di DNA ibrido chiamata “patch” (Vb). Tale taglio non
porta al riassortimento dei geni fiancheggianti la giunzione e dà origine a prodotti
definiti “prodotti del non-crossing over”.

IL MODELLO DI HOLLIDAY PREVEDE IL PASSAGGIO DELLA

MIGRAZIONE DEL CHIASMA
Aa, Bb, Cc rappresentano i diversi alleli, con piccole differenze di

sequenza, gli eteroduplex che contengono questi geni (inserto ingrandito)

avranno alcuni mismatch

IL TAGLIO DELLA GIUNZIONE DI HOLLIDAY

Per la quantità di DNA che

viene scambiata tra le due
molecole che ricombinano è
di importanza fondamentale
quale delle due coppie di
filamenti di DNA della
giunzione di Holliday viene
tagliata
Il modello di Holliday per la ricombinazione
omologa

CHIASMA
giunzione di Holliday e sua isomerizzazione
Sistema di riparazione dei mismatch per la correzione degli
errori (batteri)

MutS si chiude sul

mismatch, l’attività
ATPasica di MutS
catalizza l’idrolisi di
ATP.
Recluta MutL e MutH
e MutH produce un
nick in corrispon-
denza del mismatch.
Una esonucleasi
digerisce un tratto di
filamento interrotto
e la DNA Pol
ricostruisce

Watson
 DBS = double-
stranded breaks

Formazione di un
intermedio di
ricombinazione con due
giunzioni di Holliday

Watson
L’intermedio può essere risolto in 2 modi
 Rottura del doppio filamento

modello della riparazione di rottura del doppio

filamento, mediante ricombinazione omologa

Karp
Amaldi
Meccanismo alternativo di riparazione delle rotture a doppio
filamento mediante ricombinazione omologa

Watson
Riparazione di una
forcella di
replicazione
omologa
 Si verifica solo negli eucarioti che si riproducono mediante
l’unione di gameti femminili e maschili

Il crossing over risulta in uno scambio uguale e reciproco

dell'informazione genetica tra cromosomi omologhi
Gene come unità di scambio

Ciascuno dei due cromatidi di un cromosoma può andare

incontro a crossing over con entrambi i cromatidi
dell'altro cromosoma
2 ruoli del crossing over in meiosi:

 si crea un legame fisico necessario per la corretta

segregazione dei cromosomi omologhi

 contribuisce alla diversità genetica

La diversità genetica può essere dovuto anche all’assortimento

indipendente dei cromosomi durante la meiosi. L’assortimento
indipendente può determinare gameti con qualsiasi combinazione
di alleli in ciascun cromosoma
Cox
Ricombinazione durante
la meiosi
 PROTEINE DELLA RICOMBINAZIONE MEIOTICA

Watson

SPO11 introduce nel DNA delle rotture a doppio filamento, taglia

in molti punti sul cromosoma, con poca selettività di sequenza
ma grande specificità temporale
MRX processa le estremità tagliate
Dnc1 è una proteina che funziona specificamente nella
ricombinazione meiotica
Sono necessarie due subunità di Spo 11 per generare una rottura a
doppio filamento. Interviene l’OH della tirosina
Ricombinazione meiotica con rottura a doppio filamento
programmabile

La ricombinazione omologa nella meiosi

può generare crossing over Alberts
 Morgan ha avanzato l’idea che variazioni nel grado di
associazione tra geni, misurato mediante frequenza di

ricombinazione (RF) tra i geni, poteva essere messa

in relazione

con la distanza esistente tra i geni stessi.

Questo concetto aprì la via alla

E’ possibile costruire le mappe genetiche perché:

maggiore è la distanza tra i geni, maggiore è

la probabilità che si verifichi il C.O. e
interrompa la loro associazione.

Più due geni saranno vicini minore sarà la

loro frequenza di ricombinazione.

Per questo la RF è direttamente proporzionale alla

distanza tra i due geni

Questa distanza viene oggi misurata in unità di mappa um:
1 unità di mappa =
1% di ricombinazione fra due loci genici

è la distanza tra coppie di geni per i quali viene prodotto 1

ricombinante su 100 (1 gamete su 100 è ricombinante)

In onore di T.H. Morgan:

1 unità di mappa = 1 centiMorgan (cM)

L’unità di di mappa non è una distanza fisica ma

genetica!
In genere una mappa genetica si basa su misurazioni
che riguardano geni abbastanza vicini fra loro

costruzione di mappe genetiche rivelano

l'associazione tra due o piu' locus (geni).

Dal confronto delle frequenze di ricombinazione di diversi

insiemi di geni di un dato cromosoma si può risalire alla
misura relativa delle distanze che intercorrono fra questi
geni sul cromosoma.
 Frequenza di ricombinazione
è un indice della ricombinazione genica avvenuta tra
due geni

La RF sarà del 50% se:

 i due geni sono presenti su cromosomi distinti

 o sullo stesso cromosoma ma molto distanziati (a

causa del fenomeno del crossing-over).

50%, corrisponde alla segregazione indipendente prevista

dalla seconda legge di Mendel
il crossing over tra 2 geni avviene in tutte le meiosi, il 50% dei
gameti sarà ricombinante e il 50% parentale si deduce che la
massima frequenza di ricombinazione tra 2 geni è 50% quindi
50 cM. questa rappresenta anche la frequenza di
ricombinazione tra geni localizzati su cromosomi diversi.
 Frequenza di ricombinazione < 50%

i geni sono associati, sono sullo stesso

cromosoma, non assortiscono indipendentemente
La loro ricombinazione sarà perciò esclusivamente
effetto del crossing-over

la percentuale di scambio varia da zero (assenza di

scambio, quindi associazione completa fra due geni) =
geni associati/concatenati a 50 (combinazione
indipendente fra coppie di geni). Cioè malgrado due geni
si trovino sullo stesso cromosoma, tali geni non mostrano
una concatenazione genetica e i loro alleli assortiscono
indipendentemente
 45% 5% 5% 45%

Unità Morgan = 1% di ricombinazione

5% Ab 5% aB = classi ricombinanti
45% AB 45% ab = classi parentali

A dista da B = 10 uM

Frequenza di ricombinazione=
n° ricombinanti/n°totale X 100
 A B D
Ad
10% ricombinanti
aD
a b d

A B D
Ab
35% ricombinanti
aB
a b d

A B D
Bd
25% ricombinanti
bD
a b d

Le distanze sono
A 35 B 25 D parallele alle
frequenze, quindi
10 possiamo stabilire
l’ordine dei tre geni

A 10 D 25 B

35
L’esame dei
doppi
crossing-
over (classi
fenotipiche
meno
frequenti)
permette di
dedurre
quale gene
si trova in
mezzo
Incroci trifattoriali per determinare l’ordine dei geni

Watson

Valori teorici attesi per un campione infinitamente

grande
Crossing over multipli distruggono la correlazione tra la
frequenza di ricombinazione e distanza fra geni
A B
Ab
ricombinanti
aB
a b

A B
AB
non ricombinanti
ab
a b

A B
Ab
ricombinanti
aB
a b
Le lunghe distanze di mappa sono
soggette agli eventi di crossing over
multipli
Doppio Crossing Over

il verificarsi contemporaneo di due crossing-over sugli

stessi due cromatidi omologhi, ricostituisce la
combinazione genica originale
I cromosomi ricombinanti derivanti da doppi
crossing over presentano una variazione solo a
livello del gene intermedio
La genetica- Campbell