Oligo Explorer - 1.1.

2 11/04/2013

Sequence

Filename : Consenso110413.txt
Length : 843 bp
Unresolved : 0 bp
GC % : 50,9 %

Upper primer
5'-position : 152
Length : 20
Sequence : 5´-TGAAGAGGCTGAAACCACTG-3´
3´-GTCACCAAAGTCGGAGAAGT-5´

Tm (basic) : 60,0 ºC
Tm (salt) : 58,4 ºC
Tm (NN) : 61,4 ºC

GC % : 50,0 %
3´-tail GC % : 57,1 %
dG : -36,8 kcal/mol
3´-tail dG : -11,3 kCal/mol

Lower primer
5'-position : 536
Length : 21
Sequence : 5´-AGGCTGCTATCCATCTCAAAG-3´
3´-GAAACTCTACCTATCGTCGGA-5´

Tm (basic) : 62,0 ºC
Tm (salt) : 59,4 ºC
Tm (NN) : 60,7 ºC

GC % : 47,6 %
3´-tail GC % : 42,9 %
dG : -38,9 kcal/mol
3´-tail dG : -10,6 kCal/mol

Primer pair properties

Length difference : 1
Tm (basic) difference: 2,0 °C
Tm (salt) difference : 1,0 ºC
Tm (NN) difference : 0,7 °C
GC % difference : 2,4 %

PCR product
Position : 152 - 536
Length : 385 bp
GC% : 49,9 %

Tm(product) : 78,6 ºC
Tm(annealing) : 58,4 ºC

Upper primer self annealing:

None!
Upper primer loops:
None!

Lower primer self annealing:

None!

Lower primer loops:

None!

Upper primer - Lower primer annealing:

5'-TGAAGAGGCTGAAACCACTG-3'
||| :: : : :
3'-GAAACTCTACCTATCGTCGGA-5'
dG: -0,31 kcal/mol

5'-TGAAGAGGCTGAAACCACTG-3'
||| : :
3'-GAAACTCTACCTATCGTCGGA-5'
dG: -0,31 kcal/mol

5'-TGAAGAGGCTGAAACCACTG-3'
: ||| : : ::
3'-GAAACTCTACCTATCGTCGGA-5'
dG: 0,04 kcal/mol

5'-TGAAGAGGCTGAAACCACTG-3'
||| :: : ::
3'-GAAACTCTACCTATCGTCGGA-5'
dG: 0,04 kcal/mol