BLAST

Andrés M. Pinzón
Centro de Bioinformática
Instituto de Biotecnología
Universidad Nacional de Colombia
   
 ¿Qué es BLAST?

● Basic Local Alignment Search Tool.
● Smith & Waterman (Temple Smith, Michael Waterman, 

1981).
● Algoritmo heurístico.

● NCBI­BLAST­ WU­BLAST.

● FASTA

   
Temple Smith
 ¿Cómo funciona BLAST?

7 pasos fundamentales:
● Remover regiones de baja complejidad y repeticiones en la secuencia pregunta.

● Generar una lista de “K words” (palabras) en la secuencia pregunta.

● Generar una lista de posibles “matching words”.

● Realizar búsqueda de las palabras en la base de datos.

● Si existe una coincidencia exacta, extender el alineamiento (HSP).

● Evaluar el significado estadístico de los HSPs (EVD).

● “Fusionar” HSPs en posibles alineamientos únicos.

   
 ¿Cómo funciona BLAST?
Remover regiones de baja complejidad y repeticiones en la 
secuencia pregunta
SEG (proteínas)

   
 ¿Cómo funciona BLAST?
Remover regiones de baja complejidad y repeticiones en la 
secuencia pregunta
DUST (DNA)

   
 ¿Cómo funciona BLAST?
Remover regiones de baja complejidad y repeticiones en la 
secuencia pregunta

XNU (repeticiones)

   
http://bighost.area.ba.cnr.it/BIG/GCGManual/xnu.html
 ¿Cómo funciona BLAST?
Generar una lista de “K words” (palabras) en la secuencia 
pregunta.

http://en.wikipedia.org/wiki/Image:Query_word.jpg
   
 ¿Cómo funciona BLAST?
Generar una lista de posibles “matching words”.

  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/BLAST_algorithm.html
 
 ¿Cómo funciona BLAST?

   
 Tipos de BLAST
BLASTN
BLASTP
BLASTX
TBLASTX
TBLASTN
PSI­BLAST
MEGABLAST
PHIBLAST
   
 Tipos de BLAST

   
 Tipos de BLAST

   
 Visualizadores BLASTVIEWER

   
 Visualizadores
BLAME (Blast Made Easy)

   
 Vamos a la web...

   
 blastp

   
 megablast

   
 blastn