1.- Defina genómica estructural y funcional.

Genómica estructural:
TIPOS DE MAPEO
· Mapas genéticos:
Dan una información a grandes rasgos sobre la ubicación de los genes en relación con otros genes
conocidos. Esto mapas se basan en la función genética de la recombinación. Los mapas genéticos
tienen varias limitaciones, la primera es la resolución o el detalle. Un segundo problema es que
no siempre se corresponden con precisión con las distancias físicas entre los genes. A pesar de
estas limitaciones, los mapas genéticos han sido fundamentales para el desarrollo de los mapas
físicos y de la secuenciación de los genomas completos. Los Mapas físicos se basan en el análisis
directo del DNA y ubican a los genes respecto a las distancias medidas en número de bases.
· Mapas físicos
Se basan en el análisis directo del DNA y se ubican a los genes respecto de distancias medidas en
número de bases. Por lo general los mapas físicos tienen más resolución y son más exactos que
los mapas genéticos. Una de las técnicas para crear mapas físicos es el mapeo de restricción en el
DNA.
· SECUENCIACIÓN
Es el proceso mediante el cual se determina el orden de nucleótidos de un fragmento dado de
ADN. El objetivo final de la genómica estructural es determinar la secuencia de nucleótidos
ordenada de los genomas completos de los organismos. El principal obstáculo para secuenciar un
genoma completo es el tamaño inmenso de la mayoría de ellos.
Genómica funcional:
La genómica funcional es un campo de la biología molecular que se propone utilizar la vasta
acumulación de datos producidos por los proyectos de genómica (como los "proyectos genoma"
de los distintos organismos) para describir las funciones e interacciones entre genes (y proteínas).
A diferencia de la genómica y la proteómica, la genómica funcional se centra en los aspectos
dinámicos de los genes, como su transcripción, la traducción las interacciones proteína-proteína,
en oposición a los aspectos estáticos de la información genómica como la secuencia del ADN o
su estructura.

CAMPOS DE APLICACIÓN
La genómica funcional incluye aspectos relativos a la función del mismo genoma como el análisis
de mutaciones y polimorfismos (como los SNPs), así como la medida de las actividades
moleculares.
Esto último comprende otras "-ómicas" como la transcriptómica (expresión génica), la proteómica
(expresión de las proteínas), la fosfoproteómica y la metabolómica. En conjunto estas
modalidades en el objeto de medición cuantifican los distintos procesos biológicos e impulsa el
conocimiento de la función de los genes y proteínas y sus interacciones.
TÉCNICAS USADAS
La genómica funcional utiliza principalmente técnicas de alto rendimiento para describir la
abundancia de productos génicos como el mRNA y las proteínas. Entre estas técnicas se
encuentran la hibridación in situ, la mutagénesis experimental y el uso de animales transgénicos
y obtenidos por desactivación génica o knockout. Algunas plataformas tecnológicas típicas son:
· Micromatrices de ADN y SAGE del mRNA. Basados en la hibridación de ácidos nucleicos,
se utiliza un fragmento conocido de ADN como sonda para encontrar secuencias
complementarias, que quedarían marcadas por fluorescencia.
· Electroforesis bidimensional en gel y espectrometría de masas para proteínas.
· Secuencias indicadoras: se clonan los fragmentos genómicos en cromosomas bacterianos
artificiales (BAC), capaces de contener la región codificante y las secuencias reguladoras de un
gen. Después la región codificante a estudiar se reemplaza por una secuencia indicadora que
codifique un producto fácilmente reconocible. El BAC se inserta en un embrión y se crea un
organismo transgénico. La secuencia reguladora del gen clonado garantiza que se exprese en un
momento y situación adecuados, dando lugar al producto conocido, generalmente un pigmento
fluorescente.
Dada la gran cantidad de datos producidos por estas técnicas y la pretensión de encontrar pautas
biológicas significativas en ellos, la bioinformática es crucial para este tipo de análisis. Ejemplos
de técnicas de este tipo son el agrupamiento de datos o el análisis de componentes principales
para un aprendizaje automático sin supervisión (detección de clases) así como redes neuronales
artificiales o máquinas de soporte vectorial para aprendizaje automático supervisado (Predicción
de clases, clasificación estadística).

2.- El gen que codifica la calcitonina en la tiroides y a la proteína relacionada con la

calcitonina en el cerebro (CGRP) es el mismo. ¿Cómo es posible que un mismo gen pueda
codificar estas 2 proteínas diferentes?

Vías de procesamiento alternativo

Otro hallazgo que implica la visión de un gen como una secuencia de nucleótidos que especifica
la secuencia de aminoácidos de una proteína es la existencia de las vías de procesamiento
alternativo, en las que una única molécula de pre-mRNA se procesa de diferente forma para
producir tipos alternativos de m RNA que conducen a la producción de diferentes proteínas a
partir de una misma secuencia e DNA
Un tipo de procesamiento alternativo es el cote y empalme alternativo en el cual la misma pre-m
RNA puede cortase y empalmarse de más de una manera para dar como resultado múltiple m
RNA que se traducen a proteínas con diferentes secuencias de aminoácidos. Otro tipo de
procesamiento alternativo requiere el empleo de múltiples sitios de corte 3’; en el pre-m RNA se
encuentran dos o más sitios potenciales para corte y poliadenilacion. En nuestro ejemplo de la
figura, el corte en el primer sitio produce un m RNA relativamente corto, comparado con los m
RNA producidos mediante el corte en el segundo sitio. El uso de un sitio de corte alternativo
puede producir una proteína diferente o no producirla, según si el sitio se localiza antes del codón
o después de él.
Tanto el corte y empalme alternativo como la existencia de múltiples sitios de corte 3’ pueden
coexistir en el mismo transcrito de pre-m RNA. Un ejemplo de ello se observa en el gen de la
calcitonina de los mamíferos, que contiene seis exones y cinco intrones. La totalidad del gen se
transcribe a un pre-m RNA. Hay dos sitios de corte 3’ posibles. En las células de la glándula
tiroides, el corte en 3’ y la poliadenilacion se producen después del cuarto exón, y los primeros
tres intrones, por lo tanto, se eliminan para producir un m RNA maduro formado por exones 1, 2,
3 y 4. Este m RNA se traduce a la hormona calcitonina. En las células del cerebro, un pre-m RNA
idéntico se transcribe a partir de DNA, pero se procesa en forma distinta. El corte y la
poliadenilacion ocurren después del sexto exón, lo que da como producto un transcrito inicial que
incluye los seis exones. durante el corte y empalme, el exón 4 (parte del m RNA de calcitonina)
se elimina junto con todos los intrones; de modo tal que en la molécula madura de m RNA solo
están presentes los exones 1, 2, 3, 5 y 6. Al ser traducido, este m RNA produce una proteína
llamada péptido relacionado con el gen de la calcitonina (CGRP), que tiene una secuencia de
aminoácidos bastante distinta a la de la calcitonina. El corte y empalme alternativo puede producir
combinaciones distintas de los exones de un m RNA, pero el orden de estos exones, por lo general,
se mantiene sin cambios. diferentes vías de procesamiento contribuyen a la regulación de los
genes.
El secuenciamiento completo de los genomas de un numero de organismos ha llevado a la
conclusión de que el número de genes procesados por un organismo no se relaciona con la
complejidad de este.
NOTA: muchas de las enfermedades genéticas de los seres humanos surgen de mutaciones que
afectan el corte y empalme del pre-mRNA; de hecho, alrededor del 15% de las sustituciones de
una sola base que resultan en enfermedades genéticas humanas alteran el corte y empalme del
pre-mRNA. Algunas de estas mutaciones interfieren con el reconocimiento de los sitios normales
de cote y empalme 5’ y 3’, mientras que otras generan nuevos sitios de corte y empalme.

3.- Una enzima presente en el hígado de rata tiene una cadena polipeptídica de 452
aminoácidos y está codificada por un gen de 1896 pares de bases (pb). Interpretar la relación
existente entre el número de residuos de aminoácidos de la proteína y el número de pares
de bases del gen.

Como sabemos, el código genético está formado por tripletes de bases nitrogenadas(A;U;C;G)
que a partir de estas se forman los 20 aminoácidos esenciales para la vida. Cada codón codifica a
un aminoácido en específico dependiendo de su conformación.
En este caso como tenemos solo 1896 pares de base, obviando a los codones de parada y
comienzo, tenemos que estos van a formar un total de 632 codones, es decir que habrá un total de
632 aminoácidos siendo codificados.
Sin embargo, tenemos que la cadena poli peptídica solo está formada por 452 aminoácidos. Lo
que sucedería con el resto de a.a. residuales resulta en un agrupamiento que deriva en una
mutación silenciosa que no afectará a la proteína porque su hidrofilidad o fobidad se mantiene
por una sustitución equivalente de aminoácidos.
Por ejemplo, un codón NCN codificara residuos pequeños y moderados en cuanto a su hidropatía,
un NAN codifica en tamaño promedio de residuos hidrolíticos.
4.- La Hb de las células falciformes tiene un residuo Val en la posición 6 de la cadena de
globina, en vez de un residuo de Glu encontrado en la Hb A normal ¿Qué cambio se produce
en el codón que codifica para el aminoácido en cuestión?

Fisiopatología de la anemia falciforme

Como consecuencia de la mutación, cuando la hemoglobina se desoxigena, sufre un proceso
espontáneo de polimerización formando un gel cristalino. Cada polímero está formado por 14
haces longitudinales de deoxi-Hb que se disponen formando un cuerpo tactoide, estructura
cilíndrica insoluble y rígida. Debido a estos polímeros, se rompe el citoesqueleto del eritrocito,
adoptando este la forma característica del drepanocito.
Aunque el fenómeno de la falciformación es reversible, entre el 5 y el 50% de los eritrocitos
falciformes no consiguen recuperar su forma original, siendo eliminados por el sistema
mononuclear fagocítico. Por otra parte, los eritrocitos alterados presentan un gran descenso del
volumen corpuscular y un gran aumento de la concentración de hemoglobina. Esto es debido a
que la deoxi-Hb induce alteraciones de la membrana eritrocitaria (modificación de la composición
y distribución de los fosfolípidos en la bicapa) que se traducen por una profunda deshidratación.
Adicionalmente, los drepanocitos exhiben una gran tendencia a adherirse al endotelio vascular
favoreciendo la formación de microtrombos y oclusiones vasculares periféricas
Es interesante destacar que la hemoglobina S puede interaccionar con otras formas de
hemoglobina, en particular con la hemoglobina fetal (HbF). En presencia de esta forma de
hemoglobina, se reduce el grado de polimerización de la HbS, lo que explica que la anemia
falciforme no se presente nunca durante el período neonatal o en la persistencia hereditaria de la
hemoglobina fetal.

5.- Mediante que mecanismo se explica que la apolipoproteína B (Apo-B) en el hígado no

tenga el mismo tamaño que la apolipoproteína B en el intestino. Emplee el siguiente dibujo
para evaluar su respuesta.

Una polipoproteína es una proteína que contiene y transporta lípidos en la sangre. Se trata de
una heteroproteínaanfipática con un grupo prostético lipídico que norma parte de
las lipoproteínas
El prefijo apo-deltérmino apolipoproteína significa que es la parte fundamental y proteica de las
lipoproteínas, pero no se debe confundir la apolipoproteína con la apoproteína de la misma, que
es la parte proteica.
Dado su carácter anfipático,se encuentra junto a los formando la envoltura de las lipoproteínas,
las cuales son estructuras macromoleculares solubles en cuyo interior hay un núcleo de grasas
(triglicéridos y colesterol)
Gracias a este fenómeno estructural (formación de lipoproteínas) y de unión (con receptores
celulares), las apolipoproteínas pueden unir las lipoproteínas a receptores que activarán
unafunción enzimática, la cual permitirá la degradación de las grasas contenidas en la
lipoproteína. Tienen un papel fundamental en el metabolismo lipídico.
Existen dos formas de apo B, la B- 100 y la B-48 queproceden del mismo gen. En la especie
humana existe una disociación en cuanto al lugar de síntesis de estas proteínas, la B- 100 se
sintetiza en el hígado mientras que la B-48 lo es en intestino. En la rata, por el contrario, el hígado
puede sintetizar ambas. Centrándonos en la especie humana y en el hígado, el mARN se traduce
normalmente para sintetizar una proteína de 4,536 aminoácidos, la apo B-100, mientras se va
sintetizando, se asocia con triglicéridos y otros lípidos por acción de la proteína microsomal
transferidora de lípidos (MTP) para constituir una partícula de VLDL En intestino existe una
enzima que actúa sobre aquel mARN, desaminando una citosina del codón 2,153 y dando lugar a
un codón de parada, de manera que al traducirse se sintetiza una proteína de 2,152 aminoácidos,
la apo B-48 con un peso molecular del 48por ciento aproximadamente de la B-100.
Análogamente a lo que ocurría en hígado, la apo B-48 se asocia con lípidos para constituir ahora
un quilomicrón. La apo B-48 se encuentra únicamente en los quilomicrones y en las lipoproteínas
denominadas remanentes, que son productos del catabolismo de los primeros. La apo B-100 se
encuentra en VLDL y también en las lipoproteínas de densidad intermedia (IDL) y en las LDL,
productos ambas del catabolismo en el plasma de las VLDL. Tanto la apo B como la MTP son
esenciales para la síntesis de estas lipoproteínas: si la apo que se sintetiza está truncada debido a
una mutación y dispone de menos del 40 por ciento de la secuencia total, las lipoproteínas que se
sintetizan son inestables y el paciente manifiesta la enfermedad denominada
hipobetalipoproteinemia, si la MTP no es funcional, no se sintetizan quilomicrones ni VLDL y
el paciente manifiesta la abetalipoproteinemia, muy grave en su condición homocigótica.
Aparte de este relevante papel en la estructura de las lipoproteínas, la Apo B-100-- es el ligando
del receptor LDL. El dominio de reconocimiento se sitúa en torno al aminoácido 3.360, de manera
que la apo B-48 carece de esta propiedad.
La estructura de la apo B-100 es flexible y el extremo C-terminal puede plegarse ocultando aquel
dominio de reconocimiento, esto ocurre fisiológicamente en las VLDL pudiéndose decir que en
ellas la apo B-100 es inactiva, pero no en las LDL
La mutación denominada apo B3.500--, que afecta al aminoácido de esa posición, determina que
la apo B-100 esté permanentemente replegada, impidiendo también la interacción de las
LDL, con el receptor ; LDL ;. Esta alteración retrasa la eliminación de las LDL del plasma y
produce una hipercolesterolemia (deficiencia de apo B-100)