En el año 2001, fue contratado por el Bayern Múnich.

Su debut no pudo ser más auspicioso, ya

que anotó su primer gol con el equipo bávaro apenas a los cuatro minutos de iniciado el
encuentro ante el Schalke 04 por la segunda fecha de la Bundesliga 2001-2002. Durante esa
temporada, logró convertir 15 goles en la Bundesliga y 4 en la Liga de Campeones de la UEFA.
También ganó la Copa Intercontinentaldisputada en Tokio en diciembre del 2001 luego de que
el Bayern Múnich derrotase por 1-0 al Boca Juniors de Argentina. Su primera temporada con
el Bayern Múnich anotó 20 goles.En la campaña 2002-2003, Pizarro se coronó con el título de
la Bundesliga (el primero en su carrera), lo que iba significando el mejor tramo de su paso por
el fútbol alemán. Dicho campeonato lo reconoció en tres oportunidades como la figura del
partido y desde que se inició la segunda rueda en febrero del 2003, tras recuperarse de una
lesión, no dejó el titularato. Terminó el campeonato como tercer goleador con 15 dianas, a seis
de Giovane Élber y Thomas Christiansen.Así, culminada la temporada Pizarro, también llamado
"Pizagol", obtuvo los siguientes títulos de la mano del Bayern Múnich: campeón nacional alemán
2002/2003 en la Bundesliga de la Primera División y en la Copa Alemana, así como la
clasificación a la Liga de Campeones 2003/2004, la misma que jugaría por tercera vez. Claudio
Pizarro se erigió partido a partido en uno de los goleadores del torneo alemán, en la temporada
2005/2006 le dio el título de la copa de Alemania, ante el Eintracht Frankfurt, al marcar un gol
en la final a la salida de un córner, con lo cual el bayern lograría un doblete consecutivo algo
histórico para el fútbol alemán.El contrato de Pizarro culminaba al final de la temporada 2006-
07, y las negociaciones para una extensión no progresaban. Equipos como Sevilla F.
C. o Benfica, estaban a la espera para iniciar un movimiento.
Mientras tanto, el "Bombardero de los Andes", salió campeón de la temporada 2004/05 y,
cumplidas 6 temporadas en el fútbol alemán, llegó a sumar 100 goles en la Bundesliga, cifra
que solo tres jugadores extranjeros habían alcanzado en Alemania; Giovane
Élber (133), Aílton (106) y Stéphane Chapuisat (106).Pizarro más tarde rechazó una extensión
de contrato ofrecida por el presidente del Bayern, Franz Beckenbauer, exigiendo un aumento
de salario que enfureció a Karl-Heinz Rummenigge, quien fue citado diciendo que "Cualquier
persona que quiera ganar tanto como Shevchenko, es mejor que empiece a jugar
como Shevchenko".El 20 de mayo de 2007, Bayern Múnich anunció que Pizarro dejaría el
club.6

Chelsea[editar]
A mediados de 2007, fue contratado por el club Chelsea de Inglaterra a pedido expreso del
técnico portugués José Mourinho. Tuvo una buena actuación en su debut en la final de
la Supercopa de Inglaterra en el mítico estadio de Wembley, ya en su debut en la Premier
League, marco su primer gol para el equipo inglés. Con el correr de los partidos, según la prensa
especializada, bajó su rendimiento al punto de ser duramente criticado por algunos de los
seguidores del club londinense, todo esto debido a la dura competencia que tenía por el puesto,
con delanteros de la talla de Didier Drogba, Andriy Shevchenko, Salomon Kalou y más tarde
también con Nicolas Anelka, a pesar de eso se las arreglaba para alternar en los partidos e
incluso marcar y habilitar, pero esto se agudizo con la repentina salida del técnico José
Mourinho. La relación de Pizarro con la hinchada de ese club no fue de las mejores. El 17 de
abril de 2008 el portal Goal.com consideró a Pizarro entre los 10 peores fichajes7 de la
temporada en la FA Premier League inglesa, acentuando aún más su peor momento luego de
batir el récord histórico como delantero menos prolífico en el Chelsea con solo dos anotaciones,
esto debido a la poca continuidad que le daba el nuevo técnico, sin embargo en los pocos
partidos que alternaba no desentonaba, como en el caso de los partidos de la Copa FA y la
copa de la liga. Después de la salida del técnico portugués José Mourinho, Pizarro casi no pudo
jugar dado que el técnico de origen israelita Avram Grant lo puso muy poco, incluso fue
sustituido en la lista de la Champions por Anelka, quien a su vez falló el decisivo penal en la
final de la champions ante el Manchester United. Fue el mismo técnico quien trajo a su equipo
al jugador francés Nicolas Anelka, quitándole posibilidad a Pizarro de ganar más minutos de
juego e intentar consolidarse en el equipo.