Você está na página 1de 7

BIOMETRIK DARAH : OTENTIKASI PROFIL GENETIK BINTIK-BINTIK

DARAH UNTUK MENENTUKAN IDENTITAS PENDONOR ASLI SAMPEL


DARAH

Septian Adi Pratama, Tri Rizki Herlambang, Wenda Aditama

Abstrak: Biometrik (berasal dari bahasa Yunani bios yang artinya hidup dan metron yang
artinya mengukur) secara umum adalah studi tentang karakteristik biologi yang terukur.
Dalam dunia teknologi informasi, biometrik relevan dengan teknologi yang digunakan untuk
menganalisa fisik dan kelakuan manusia dalam autentifikasi. Identifikasi yang tidak dapat
diterima secara psikologis adalah analisa darah, yaitu dengan disediakannya satu jarum di
mana pemakai dapat mencobloskan jari sampai menetes darahnya. Kemudian darah tersebut
dianalisis dengan spektografi (blood spectographic analysis) untuk menentukan mengenai
pemilik darah tersebut. Pengidentifikasi biometrik sangat khas, karakteristik yang terukur
digunakan untuk mengidentifikasi individu. Dua kategori pengidentifikasi biometrik meliputi
karakteristik fisiologis dan perilaku. Karakteristik fisiologis berhubungan dengan bentuk
tubuh, dan termasuk tetapi tidak terbatas pada: sidik jari, pengenalan wajah, DNA, telapak
tangan, geometri tangan, pengenalan iris (yang sebagian besar telah diganti retina), dan
bau/aroma. Karakteristik perilaku terkait dengan perilaku seseorang, termasuk namun tidak
terbatas pada:Ritme mengetik, kiprah, dan suara.Bidang biobanking membutuhkan kerja
yang luas untuk menjaga ketertelusuran sampel. Namun, kadang-kadang timbul kebutuhan
untuk mengotentikasi sampel darah tersebut. Oleh karena itu, ada sebuah metode untuk
otentikasi turunan dengan menggunakan bintik-bintik darah dari setiap donor, yang melekat
pada bentuk otentikasi sampel, dengan cara profil genetik. Bintik-bintik darah dikumpulkan
pada saat sampel darah yang disumbangkan di pusat kesehatan dan sebelum memproses
sampel darah di Biobank itu. Untuk menguji validitas dari pendekatan dari waktu ke waktu,
sehingga dilakukan analisis 26 bercak darah yang disimpan pada suhu kamar dalam fasilitas
selama lebih dari 15 tahun. DNA berhasil diekstraksi dari tiga bahan penyimpanan diuji
dalam penelitian ini dan 15 STR penanda ditambah amelogenin yang kemudian dianalisis.
Penyimpanan tempat darah kecil yang melekat bentuk otentikasi sampel terbukti efisien
untuk profil genetik dan, karena itu, dapat merupakan biaya-efektif dan mudah pendekatan
tahan lama (minimal 15 tahun), untuk otentikasi genetik dari sampel di biobanks .

Kata kunci: biobanking, otentikasi ketelusuran, STR, mikrosatelit, profil genetik

PENGANTAR biobanking, tetapi ada sudut pandang yang


Pemindai biometrik adalah alat yang berbeda dalam komunitas ilmiah
menggunakan data biometrik untuk mengenai cara untuk menerapkannya
mengidentifikasi individu berdasarkan secara efisien. Pengembangan prosedur
pengukuran karakteristik fisiologisnya. otomatis dan robotisasi telah sebagian
Karakteristik fisiologis ini memberikan membantu untuk mengatasi kesulitan ini.
kemampuan untuk mengontrol dan Namun, bahkan dengan bantuan prosedur
melindungi integritas data sensitif yang baru berteknologi tinggi, Biobank
tersimpan dalam sistem informasi. mungkin pada kesempatan perlu
Biometrik merupakan suatu metode mengotentikasi asal sampel tertentu.
komputerisasi yang menggunakan aspek- Setiap kali keraguan terkait dengan
aspek biologi terutama karakteristik unik ketelusuran muncul di Biobank itu adalah
yang dimiliki oleh manusia. biasanya sangat sulit untuk memeriksa
Ketertelusuran sampel merupakan apakah sampel memiliki donor tertentu
salah satu pilar di bidang muncul dari atau tidak. Dalam kasus seperti itu,
Biobank tidak akan dapat menyatakan penyimpanan. Tempat darah pertama
bahwa sampel yang benar dipasok ke dikumpulkan untuk tujuan otentikasi
Biobanks lain atau kelompok penelitian. melekat bentuk otentikasi sampel oleh staf
Teknik identifikasi genetik yang kesehatan pada saat sampel darah yang
digunakan dalam bidang Genetika disumbangkan dan penjelasan persetujuan
Forensik mungkin berhasil diterapkan di ditandatangani. Setelah sampel darah dan
otentikasi sampel karena mereka semua informasi terkait telah diterima di
memberikan kekuatan yang sangat tinggi Biobank itu, sebuah aliquot dikumpulkan
(di urutan satu di beberapa ribu juta). Saat dari sampel darah untuk membuat tempat
ini, metode yang paling umum digunakan darah kedua, yang juga melekat pada
untuk identifikasi genetik manusia bentuk otentikasi sampel yang akan
didasarkan pada mikrosatelit atau short digunakan oleh Biobank sebagai
tandem repeat (STR). Dengan pengendalian internal. Untuk memastikan
menggunakan kurang dari 5ng DNA, privasi donor, setiap form otentikasi
hingga 15 autosom STR lokus, ditambah sampel terkait dengan informasi yang
amelogenin gender menentukan penanda terkait dengan donor yang sesuai dan
dapat secara bersamaan diperkuat dengan setiap turunan dari sampel darah dengan
cara beberapa kit PCR multiplex cara label barcode yang dihasilkan oleh
komersial dengan berlabel PCR primer, Sistem Informasi Manajemen
termasuk 13 STR lokus dari sistem Laboratorium. Bintik-bintik darah, yang
CODIS, yang digunakan di seluruh dunia. sesuai dilindungi dari manipulasi dan /
Kelemahan utama untuk sistem profil atau kontaminasi, dapat disimpan pada
genetik ini muncul jika diperlukan untuk suhu ruang untuk jangka waktu yang
memproses sejumlah besar sampel karena lama.
ini adalah teknik yang mahal, padat karya.
Dengan tujuan menghindari analisis
profil genetik dari setiap donor ketika
sampel masuk Biobank, maka DNA Bank
of Universitas Basque Country (UPV /
EHU) telah menemukan metode hemat
biaya dan dapat diandalkan untuk
otentikasi genetik sampel biologis melalui
koleksi bercak darah dari donor yang asli.
bintik-bintik darah ini tersedia untuk
analisis lebih lanjut jika otentikasi
diperlukan. Prosedur ini berlaku untuk
turunan apapun seperti koleksi sel, cairan
biologis atau DNA yang diperoleh dari
sampel darah di biobanks. Untuk kegiatan
pembelajaran hendaknya materi yang Gambar 1 spot darah yang melekat pada bentuk
benar-benar menunjang tercapainya otentikasi sampel ditutupi dengan pita bedah.
standar kompetensi dasar, serta Koleksi spot darah pada saat sampel
tercapainya indikator. disumbangkan memungkinkan untuk otentikasi
genetik dari sampel dari donor yang asli. Koleksi
ini disertifikasi oleh tanda tangan dari petugas
BAHAN DAN METODE kesehatan. Tanda tangan dari anggota staf
Prosedur yang disajikan di sini Biobank memvalidasi koleksi spot darah kedua
didasarkan pada pelestarian bintik-bintik ketika sampel memasuki Biobank tersebut; spot
darah kecil di 10 cakram mm dari bahan darah ini akan digunakan untuk melacak
pengolahan sampel di laboratorium. Sebuah
stempel memungkinkan deteksi lebih lanjut dari Holten, Allerød, Denmark) untuk
setiap manipulasi yang tidak terkontrol bintik- mendapatkan pellet kering. Akhirnya,
bintik darah.
sampel disuspensi dalam 20 ml air steril.
The Quant-iT PicoGreen dsDNA
Enam dari 26 sampel darah diawetkan
Assay Kit (Invitrogen, Carlsbad, CA,
di atas kertas penyerap, delapan di
USA) digunakan untuk mengukur DNA
sepotong kain dan 12 disimpan pada kain
diekstraksi. Kami menambahkan 1 ml
katun non berwarna. Bintik-bintik darah
masing-masing sampel untuk 199 ml dari
yang dikumpulkan melekat pada
campuran kuantifikasi (1/400 PicoGreen
penjelasan persetujuan dari setiap donor
dan 1/20 Buffer TE 20) dan DNA
menggunakan pita bedah, seperti yang
konsentrasi diperoleh dalam fluorometer
dijelaskan oleh Rodrı'guez-Alarco'net al.6
VersaFluor (BioRad, Richmond, CA,
disimpan pada suhu kamar dalam kabinet
USA). profil genetik mikrosatelit lokus
keamanan, terlindung dari sinar matahari
untuk setiap sampel (termasuk sampel
dan pada tingkat kelembaban variabel,
referensi) diperoleh dengan cara PCR
menurut musim.
amplifikasi dalam GeneAmp 9700 Emas
Sampel bintik-bintik darah yang
(Applied Biosystems, Foster City, CA,
diambil untuk ekstraksi. Bagian ini
USA) menggunakan dua kit komersial:
kemudian dipotong kecil-kecil
AmpFlSTR Identifiler PCR Amplifikasi
menggunakan gunting steril. Sampel
Kit dan AmpFlSTR SGM Ditambah PCR
diinkubasi semalam pada 561C dalam 500
Amplifikasi Kit (Applied Biosystems).
ml larutan lisis (NaCl 0,2 M, EDTA 10
Hanya 2 ng DNA digunakan untuk setiap
mM, Tris 10 mM, SDS 2%, DTT 40
reaksi amplifikasi. analisis fragmen
mMdan 0,8 mg / ml proteinase K sebagai
produk PCR dilakukan dengan
konsentrasi akhir). ekstraksi DNA
elektroforesis kapiler menggunakan
dilakukan dengan menggunakan prosedur
Genetic Analyzer ABI3130 (Applied
fenol-kloroform standar. Pertama, 200 ml
Biosystems). Akhirnya, kami melakukan
fenol / alkohol kloroform-isoamil dalam
analisis satu arah varians (ANOVA)
proporsi 25: 24: 1 ditambahkan ke
diikuti oleh Tukey-Kramer multiple-
masing-masing tabung. Setelah
perbandingan post hoc uji untuk
sentrifugasi dan pemulihan dari fase air,
menentukan apakah konsentrasi DNA rata
dua mencuci tambahan kloroform-isoamil
yang diperoleh untuk tiga bahan
alkohol dilakukan untuk lebih
penyimpanan yang berbeda menunjukkan
memurnikan sampel. Setelah fase berair
perbedaan yang signifikan.
pulih, kami menambahkan NaAc 2 M
dalam proporsi 1/10 dengan volume fasa
HASIL
air, 1 ml glikogen (10 mg / ml) dan dua
Bintik-bintik darah yang disimpan di
volume etanol absolut dingin (201C).
tiga media dukungan yang berbeda (absor-
Untuk memfasilitasi curah hujan DNA,
membungkuk kertas, benang atau kain
tabung sampel yang mengandung
katun non berwarna) tidak menunjukkan
campuran curah hujan disimpan pada
tanda-tanda degradasi penting, terlepas
201C selama 2 jam. Berikutnya
dari bahan yang digunakan. Demikian
sentrifugasi pada 14 000 g dilakukan
pula, oscilla-tions tingkat kelembaban
untuk mendapatkan pelet DNA; pelet ini
selama bertahun-tahun tampaknya tidak
sering tidak terlihat ketika mengekstrak
mempengaruhi konservasi spot darah,
DNA dari bercak darah tua. Setelah
karena tidak ada pertumbuhan jamur
mencuci final dengan EtOH (70%),
diamati pada salah satu sampel.
sampel diperkenalkan ke dalam
Ekstraksi DNA dari bercak darah
evaporator sentrifugal (DNA Mini; Heto
berhasil dalam tiga jenis bahan PEMBAHASAN
penyimpanan diuji dalam penelitian kami. prosedur otentikasi yang mendasar
Namun demikian, ekstraksi DNA dari untuk layanan biobanking, karena mereka
serat terbukti agak rumit karena itu agak harus memastikan bahwa sampel atau set
sulit untuk memanipulasi jenis bahan, sampel tertentu berasal dari donor tertentu
terutama ketika kita berusaha untuk sebelum memasok mereka ke komunitas
memotong menjadi potongan-potongan ilmiah. Oleh karena itu, biobanks
yang lebih kecil untuk memudahkan diperlukan untuk mencegah dan
prosedur ekstraksi. Selanjutnya DNA mengidentifikasi-ing kesalahan, seperti
kuantifikasi dengan PicoGreen sampel salah penempatan. Bahkan,
dikonfirmasi isolasi DNA. Semua sampel penekanan pada standar yang tinggi dalam
diberikan konsentrasi yang bervariasi ketertelusuran direkomendasikan oleh
antara 1,5 dan 28 ng / ml DNA untai banyak Eropa initia-tives untuk jaringan
ganda. Berarti DNA con-centrations internasional biobanking.8-10 profil
(±SE) yang diperoleh untuk serat, genetik tampaknya menjadi pendekatan
penyerap kertas dan kain katun 7,3±1,6, yang efisien untuk otentikasi sampel.
14,8±3.1 dan 13.2±1,8 ng / ml, masing- Menariknya, ada sedikit penelitian yang
masing. perbedaan yang signifikan antara berfokus pada prosedur otentikasi di
konsentrasi DNA yang diperoleh dalam biobanks dengan cara profil genetik,
setiap materi yang diungkapkan oleh hasil sebagian besar dari mereka berpusat pada
konsentrasi dari kain katun dan kertas otentikasi cell line.11-14 Memang,
penyerap, yang pada gilirannya berbeda mendapatkan profil genetik untuk seluruh
dari konsentrasi yang diperoleh di serat koleksi Biobank mungkin sangat mahal
(po0,05). dan melelahkan. Untuk mengatasi
Dalam memperoleh profil STR, 2ng keterbatasan ini, kami telah merancang
DNA per sampel dan kit komersial sebuah sistem yang didasarkan pada
dipekerjakan. Hasil menunjukkan profil konservasi bercak darah yang
genetik diperoleh untuk setiap sampel memungkinkan Biobank sebuah resor
dengan kedua kit komersial dan compar- untuk menggunakan profil genetik dari
Ison dengan profil referensi yang sesuai. donor hanya ketika benar-benar
profil genetik lengkap dan dapat diperlukan. Pengumpulan tempat darah
diandalkan diperoleh untuk masing- pertama pada saat sampel darah yang
masing dari 26 titik darah dimasukkan disumbangkan di pusat kesehatan sangat
dalam analisis. profil alel genotip yang penting untuk melaksanakan metode kami
diperoleh untuk setiap sampel dengan dua otentikasi. Dengan demikian, tempat
kit komersial yang berbeda yang darah ini akan memungkinkan otentikasi
digunakan adalah bertepatan untuk semua dari setiap turunan untuk donor asli,
penanda STR umum, seperti yang sedangkan spot darah kedua akan
ditunjukkan pada Tambahan Gambar S2 digunakan untuk melacak pengolahan
untuk sampel S01. sistem double- sampel di Biobank sebagai semacam
checking ini merupakan langkah validasi pengendalian internal.
penting dari metode yang diusulkan di Ada berbagai sistem komersial untuk
sini. Dalam hal ini, tidak ada alel drop-out penyimpanan cairan pada suhu kamar,
karena degradasi DNA terdeteksi di seperti kartu FTA (Whatman) atau matriks
sampel 15 tahun diperiksa, dan bahkan IsoCode DNA (Schleicher & Schuell
fragmen penanda STR dengan ukuran Bioscience Inc.). Namun, biobanks sering
terbesar yang benar diperkuat. harus beroperasi dalam anggaran yang
terbatas di bidang yang relatif mahal dan,
karena itu, menerapkan sistem murah akan memungkinkan Biobank untuk
mungkin menjadi alternatif yang valid. mengkonfirmasi kesenjangan traceability
Dalam hal ini, semua bahan penyimpanan diduga dan, sekali con-menguat, untuk
diuji dalam penelitian ini terbukti efektif melakukan tindakan koreksi yang tepat.
untuk konservasi bercak darah pada suhu Ini akan dianjurkan untuk menganalisis
kamar untuk jangka waktu yang lama. semua turunan yang terkait dengan sampel
Namun, dengan mempertimbangkan yang terkena (plasma, DNA, baris sel, dll).
konsentrasi DNA diperoleh untuk setiap Dengan demikian, konfirmasi dari
substrat, non-berwarna kain katun dan ketidakcocokan akan melibatkan,
kertas penyerap tampaknya paling efektif setidaknya, membuang 'yatim piatu'
untuk konservasi jangka panjang. Sangat turunan dari koleksi Biobank dan, oleh
mungkin bahwa helai kapas di serat karena itu, menghentikan pasokan turunan
membentuk jaring berlebihan terbuka, di tidak benar disimpan.
mana DNA lebih mudah diakses oleh Mengenai aspek hukum dan etika
setiap agen level rendah. Mungkin yang melibatkan sampel genotyping untuk
dianjurkan untuk menganalisis sampel tujuan otentikasi, setiap Biobank harus
yang lebih besar diatur untuk meniru hasil mengikuti hukum yang mengatur di
ini. Namun, meskipun DNA Bank UPV / negara yang sesuai.16 Darah metode
EHU terakumulasi jumlah yang sangat preserva-tion yang disajikan di sini sesuai
besar sampel, hanya bintik-bintik darah baik dengan Spanyol biomedis hukum
dari 12 orang termasuk dalam penelitian penelitian 14/200717 pada ketertelusuran
ini disimpan persis dalam kondisi yang data dan sampel biologis dan Hukum
disajikan di sini dan untuk jangka waktu Organik 15/199918 tentang perlindungan
lebih dari 15 tahun. data pribadi. Menurut undang-undang ini,
Metode profil genetik yang disajikan semua informasi yang terkait dengan
di sini melibatkan penggunaan dua kit masing-masing sampel harus disimpan di
komersial. Dua alasan utama mendorong Biobank informasi diklasifikasikan.
kami untuk memilih kit ini: (1) SGM Sesuai dengan undang-undang ini, kami
Ditambah Kit saham 10 STR-nya spidol telah mengembangkan bentuk otentikasi
dengan 10 dari 15 penanda mikrosatelit sampel khusus dirancang untuk
dari Kit Identifiler PCR Amplifikasi. Ada- menyimpan bintik-bintik darah untuk
kedepan, profil genetik dari setiap sampel jangka waktu yang lama. Metode ini
sebagian dua kali diperiksa, sehingga memungkinkan untuk mempertahankan
menghindari potensi kesalahan dalam anonimitas donor dan, pada saat yang
penunjukan alel yang disebabkan oleh alel sama, menggunakan tempat darah dari
drop-out karena degradasi DNA dan, pada sampel asli untuk tujuan otentikasi. Untuk
saat yang sama, meningkatkan kualitas lebih mematuhi rekomendasi etis tentang
dan keandalan hasil ; dan (2) penggunaan informasi kepada donor, pemberitahuan
kit komersial standar dan divalidasi untuk tentang pengumpulan dan penyimpanan
STR genotip memberikan kemungkinan bintik-bintik darah untuk otentikasi
pengelolaan data yang sebanding15 antara sampel harus dimasukkan sebagai bagian
biobanks dan melakukan kontrol kualitas dari perjelasan persetujuan.
antar-laboratorium. Dalam addi-tion, Selanjutnya, data genetik yang
langkah profil genetik akan tidak rutin dihasilkan selama proses otentikasi harus
dilakukan, sehingga kenaikan biaya disimpan pada biobanks, mengingat
diperkirakan tidak akan tinggi. bahwa mereka bertanggung jawab untuk
Dalam kasus di mana salah semua data yang dihasilkan dari
penempatan terdeteksi, pendekatan kami pengumpulan, penyimpanan, pengolahan
dan pengiriman masing-masing sampel. [3] Butler JM: Genetics and genomics of
Namun, sesuai dengan hukum yang core short tandem repeat loci used in
mengatur di banyak negara seperti human identity testing. J Forensic Sci
Spanyol, atas permintaan donor, sebuah 2006; 51: pp 253–265.
Biobank wajib untuk menghancurkan [4] Wallin JM, Holt CL, Lazaruk KD,
sampel dan semua turunannya. Nguyen TH, Walsh PS: Constructing
Pendekatan kami sesuai dengan universal multiplex PCR systems for
persyaratan hukum sebagai label barcode comparative genotyping. J Forensic
yang dihasilkan selama pengolahan Sci 2002; 47: 52–65.
sampel memungkinkan kita untuk [5] Miller KW, Brown BL, Budowle B
mengidentifikasi dan membuang semua (eds): The Combined DNA Index
komponen sampel apapun, termasuk System; in International Congress
bentuk authentica-tion. Series 1239. Elsevier, Amsterdam,
Untuk meringkas, hasil penelitian ini New York, 2003, pp 617–620.
diperoleh dari sampel yang berusia tahun [6] Rodrı´guez-Alarcon J, de Pancorbo
menunjukkan bahwa penyimpanan bintik- MM, Santillana L et al: La Huella De
bintik kecil dari darah kering diawetkan ADN En Lugar
pada suhu kamar di 10 cakram mm dari [7] De La Huella Plantar En La
bahan katun non-berwarna atau kertas Identificacion Neonatal. Medicina
penyerap, yang melekat pada otentikasi Clinica 1996; 107: 121–123.
sampel bentuk dan nyaman dilindungi dari [8] Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T:
kesalahan penanganan dan / atau contam- Molecular cloning: A laboratory
ination, bisa menjadi tahan lama (minimal manual. Cold Spring Harbor
15 tahun), hemat biaya dan pendekatan Laboratory Press: Cold Spring
mudah untuk otentikasi genetik Harbor, 1989, 2nd edn.
selanjutnya sampel Biobank. Selain itu, [9] Asslaber M, Zatloukal K: Biobanks:
setiap analisis profil genetik melalui transnational, European and global
penggunaan komersial, kit standar untuk networks. Brief Funct Genomic
STR mengetik menyediakan untuk Proteomic 2007; 6: 193–201.
persyaratan kualitas dari Biobank, yang [10] Yuille M, van Ommen GJ, Bre ´chot
merupakan masalah penting di bidang up- C et al: Biobanking for Europe. Brief
dan-datang dari jaringan Biobank. Bioinform 2008; 9: 14–24. Public
Population Project in Genomics
DAFTAR RUJUKAN (P3G).
[11] Gilbert DA, Reid YA, Gail MH et al:
[1] Go´mez J, Carracedo A: The 1998– Application of DNA fingerprints for
1999 collaborative exercises and cell-line individualization. Am J Hum
proficiency testing program on DNA Genet 1990; 47: 499–514.
typing of the Spanish and Portuguese [12] Stacey GN, Bolton BJ, Doyle A: DNA
Working Group of the International fingerprinting transforms the art of
Society for Forensic Genetics (GEP- cell authentication. Nature 1992; 357:
ISFG). Forensic Sci Int 2000; 114: 261–262.
21–30. [13] Masters JR, Thomson JA, Daly-Burns
[2] Butler JM (eds): Forensic DNA B et al: Short tandem repeat profiling
Typing: Biology, Technology, and provides an international reference
Genetics of STR Markers. Academic standard for human cell lines. Proc
Press: New York, 2005, 2nd edn. Natl Acad Sci 2001; 98: 7656–7658.
[14] Azari S, Ahmadi N, Tehrani MJ,
Shokri F: Profiling and authentication
of human cell lines using short tandem
repeat (STR) loci: Report from the
National Cell Bank of Iran.
Biologicals 2007; 35: 195–202.
[15] Chakraborty R, Stivers DN, Su B,
Zhong Y, Budowle B: The utility of
short tandem repeat loci beyond
human identification: Implications for
development of new DNA typing
systems. Electrophoresis 1999; 20:
1682–1696.
[16] Wallace S, Be ´dard K, Kent A,
Knoppers BM: Governance
mechanisms and population biobanks:
Building a framework for trust.
GenEdit 2008; 6: 1–11.
[17] Ley de Investigacio ´n Biome ´dica
BOE no. 159; 4 July 2007, pp 28826–
28848 [www.boe.es/diario_boe/].
[18] Ley Orga ´nica 15/1999 de Proteccio
´n de Datos de Cara ´cter Personal
BOE no. 298 14 December 1999, pp
43088–43099
[www.boe.es/diario_boe/]

Você também pode gostar