A bola entrou quando o árbitro apitou.

(pretérito perfeito)

Quando o árbitro apitou, a bola já entrara. (pretérito mais-que-perfeito = a bola já havia

entrado).

Quando a professora começou a explicação, Ana chegou. (pretérito perfeito)

Quando Ana chegou, a professora já começara a explicação. (pretérito mais-que-perfeito

= já havia começado).

Esse "entrara" é o pretérito mais-que-perfeito. Significa "tinha" ou "havia entrado".

Quando o árbitro apitou ( pretérito perfeito ), a bola já tinha, já havia entrado, a bola
entrara (pretérito mais-que-perfeito).
O pretérito perfeito indica um momento determinado do passado:"...o árbitro apitou ...".
O pretérito mais-que-perfeito indica um momento antes do pretérito perfeito: "... a bola
já entrara."

Quando ela chegou, eu já fizera [ou tinha feito] o trabalho