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Biologia Sintética e de Sistemas – Lista de exercícios 17/04/2018

1. Até agora consideramos somente a ativação da transcrição de um gene (produção de


mRNA) para descrever as mudanças na concentração da proteína codificada por ele.
Fizemos isso através da equação dinâmica:
𝑑𝑌
=  − 𝑌
𝑑𝑡
Onde α descreve a taxa de remoção da proteína e β a taxa de produção, englobando as
etapas de transcrição e tradução. Considere agora s processos separados, incluindo o fato
que o mRNA precisa ser traduzido para formar a proteína, e o próprio mRNA também é
degradado por enzimas específicas. Responda:

(a) Determine equações dinâmicas para a taxa de mudança de mRNA e a taxa de mudança
do produto proteico, assumindo que o mRNA é produzido na taxa βm e degradado na
velocidade αm, e que cada mRNA produz em média p moléculas de proteína por segundo.
O produto proteico é continua a ser removido com a taxa α.

(b) Observe que o mRNA é frequentemente degradado muito mais rápido do que o
produto proteico αm >> α (em bactérias, a vida útil do mRNA é geralmente da ordem de
minutos, enquanto que a maioria das proteínas é estável por horas). Essa informação pode
ser usada para supor que os níveis de mRNA estão em um estado quase-estacionário em
relação a processos mais lentos? Qual é a taxa β efetiva de produção da proteína em
termos de βm, αm e p? Qual seria o tempo de resposta se a vida útil do mRNA fosse muito
maior do que a vida útil da proteína?

2. Em aula consideramos um fator de transcrição que reprime cooperativamente seu


próprio promotor. Nesse caso descrevemos a taxa de produção da proteína como uma
função de Hill, com coeficiente n, e constante de afinidade K:
𝑑𝑌 
= − 𝑌
𝑑𝑡 𝑌 𝑛
1 + (𝐾 )

Usando a aproximação de auto-repressão forte, ou seja, (X / K) n >> 1, calcule:

(a) A concentração de Y no estado estacionário, YST.

(b) Quão mais rápido é o tempo de resposta dessa regulação em relação a circuitos de
regulação simples? Calcule essa razão (TARN/TRS), para n = 1, 2, 3 e 4.
3. O gene X codifica um fator de transcrição que reprime o gene Y, que também codifica
um repressor gênico. Ambas proteínas X e Y regulam negativamente seus próprios
promotores.
(a) No tempo t = 0, X começa a ser produzido na taxa β, partindo de uma concentração
inicial de X = 0. Quais são as dinâmicas de X e Y? Quais são os tempos de resposta de X
e Y? Assumir funções de entrada lógica, com limiares de repressão K xx, Kxy para a ação
de X em seu próprio promotor e no promotor Y e Kyy para a ação de Y em seu próprio
promotor. (Os K’s são as concentrações dos estados estacionários)
(b) No tempo t = 0, a produção de X cessa após um longo período de produção, e a
concentração X decai a partir de um nível estacionário inicial. Quais são as dinâmicas de
X e Y? Quais são os tempos de resposta de X e Y?