Você está na página 1de 45

BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Protein Merupakan Senyawa Organik Kompleks Yang Memiliki Bobot

Molekul Yang Sangat Tinggi Yang Terdiri Dari Monomer-Monomer Asam

Amino Yang Saling Berhuungan Satu Sama Lain. Protein memiliki peranan

penting dalam kehidupan manusia dan juga mahkluk hidup yang lain karena

protein merupakan unsur utama dalam tubuh mahkluk hidup. Pada sebagian besar

jaringan tubuh, protein merupakan komponen terbesar kedua setelah air.

Diperkirakan 50% berat kering sel dalam jaringan hati dan daging terdiri

dari protein. Sedangkan dalam tenunan daging segar sekitar 20%. Protein

ditemukan dalam berbagai jenis bahan makanan, mulai dari kacang-kacangan,

biji-bijian, daging unggas, seafood, daging ternak, sampai produk susu. Buah dan

sayuran memberikan sedikit protein. Pemilihan sumber protein ini harus

bijaksana, karena banyak makanan yang tinggi protein juga tinggi lemak dan

kolesterol. Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam

dua kelompok besar, yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang

bekerja pada tingkat molekular

Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim.. Jenis protein

lain berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang

membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan

(imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen

penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 1


B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang diatas maka rumusan masalah dalam penulisan

makalah ini adalah sebagai berikut:

1. Apa yang dimaksud dengan Protein?

2. Apa yang dimaksud Biosintesis?

3. Apa yang dimaksud Biosintesis Protein?

4. Jelaskan tahapan utama biosintesis Protein?

5. Apa yang dimaksud Replikasi DNA?

6. Apa saja Komponen Penting dalam Replikasi DNA

7. Jelaskan Jenis-jenis Replikasi DNA?

8. Jelaskan Tahapan Replikasi DNA?

C. Tujuan

Makalah ini bertujuan untuk mengetahui biosintesis protein dan replikasi

DNA yang terjadi dalam tubuh.

D. Manfaat

Manfaat yang diharapkan dari makalah ini adalah menambah pengalaman

wawasan berpikir yang lebih luas mengenai biosintesis protein dan replikasi DNA

yang terjadi dalam tubuh.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 2


BAB II

PEMBAHASAN

A. Protein

Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling

utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang

merupakanpolimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu

sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen,

oksigen,nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting

dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.

Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein

lain berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang

membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan

(imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen

penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu

sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagiorganisme yang

tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).

Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida,

lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain

itu, protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam

biokimia. Protein ditemukan oleh Jöns Jakob Berzelius pada tahun 1838.

Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik

yang dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan

bagitranslasi yang dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih "mentah",

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 3


hanya tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme

pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.

B. Pengertian Biosintesis

Biosintesis protein merupakan polimer yang berfungsi sebagai penyusun

protoplasma dan struktur tubuh lainnya. Protein dapat berupa enzim atau hormon,

antara alin sebagai penyusun pigmen pada tumbuhan. Penyusun hemoglobin

dalam darah manusia dan hewan. Serta penyusunan serum dalam plasma. Jenis

dan rangkain yang menyususn protein berbeda antara protein yang satu dengan

protei yang lainnya. Mekanisme sisntesis protein terjadi melalui dua tahap utama

yaitu transkripsi dan translasi. Sintesis protein merupakan proses yang sangat

kompleks. Informasi genetik yang dikode pada susunan basa DNA diterjemah

kedalam 20 macam asam amino.

Transkrip adalah percetakan mRNA oleh DNA. Sedangkan translasi

adalah penerjemahan kode oleh tRNA berupa urutan yang dikehendaki.

Proses transkripsi terjadi selama proses inisiasi, elogasi, dan terminasi.

Enzim yang berperan dalam ternskrip adalah RNA polimerase. Ada lima tahapan

sintesis protein dan masing –masing memerlukan jumlah komponen.

C. Biosintesis Protein

Biosintesis protein yang terjadi dalam sel merupakan reaksi kimia yang

kompleks dan melibatkan beberapa senyawa penting, terutama DNA dan

RNA.molekuk DNA merupakan rantai polinukleutida yang mempunyai beberapa

jenis basapurin dan piramidin, dan berbentuk heliks ganda.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 4


Dengan demikian akan terjadi heliks gandayang baru dan proses

terbentunya molekul DNA baru ini disebut replikasi, urutan basa purin dan

piramidin pada molekul DNA menentukan urutan asam amino dalam

pembentukan protein. Peran dari DNA itu sendri sebagai pembawa informasi

genetic atau sifat-sifat keturunan pada seseorang . dua tahap pembentukan protein:

1) Tahap pertama disebut transkripsi, yaitu pembentukan molekul RNA sesuai

pesan yang diberikan oleh DNA.

2) Tahap kedua disebut translasi, yaitu molekul RNA menerjemahkan informasi

genetika kedalam proses pembentukan protein.

Biosintesis protein terjadi dalam ribososm, yaitu suatu partikel yang

terdapat dalam sitoplasma r RNA bersama dengan protein merupakan komponen

yang membentuk ribosom dalam sel, perananya dalam dalam sintesis protein yang

berlangsung dalam ribosom belum diketahui.

mRNA diproduksi dalam inti sel dan merupakan RNA yang paling sedikit

jumlahnya. kode genetika yang berupa urutan basa pada rantai nukleutida dalam

molekul DNA. tiap tiga buah basa yang berurutan disebut kodon, sebagai contoh

AUG adalah kodon yang terbentuk dalam dari kombinasi adenin-urasil-guanin,

GUG adalah kodon yang terbentuk dari kombinasi guanin-urasil-guanin. kodon

yang menunjuk asam amino yang sama disebut sinonim, misalnya CAU dan

CAC adalah sinonim untuk histidin. perbedaan antara sinonim tersebut pada

umumnya adalah basa pada kedudukanketiga misalnya GUU,GUA,GUC,GUG..

Bagian molekut t RNA yang penting dalam biosintesis protein ialah lengan

asam amino yang mempunyai fungsi mengikat molekul asam amino tertentu

dalam lipatan anti kodon. lipatan anti kodon mempunyai fungsi menemukan

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 5


kodon yang menjadi pasangannya dalam m RNA yang tedapat dalam ribosom.

pada prosese biosintesis protein, tiap molekuln t RNA membawa satu molekul

asam amino masuk kedalam ribosom. pembentukkan ikatan asam amino dengan t

Rna ini berlangsung dengan bantuan enzim amino asli t RNA sintetase dan ATP

melalui dua tahap reaksi:

1. Asam aminon dengan enzim dan AMP membentuk kompleks aminosil-AMP-

enzim.

2. Reaksi antara kompleks aminoasil-AMP-enzim dengan t RNA.

Proses biosintesis akan berhenti apabila pada m RNA terdapat kodon

UAA,UAG,UGA. karena dalam sel normal tidak terdapat t RNA yang

mempunyai antikodon komplementer.

D. Tahap utama Sintesis Protein

Ekspresi gen merupakan proses di mana informasi yang dikode di dalam

gen diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Selama

ekspresi gen, informasi genetik ditransfer secara akurat dari DNA melalui RNA

untuk menghasilkan polipeptida dari urutan asam amino yang spesifik. Ekspresi

gen berupa sintesis protein mencakup proses dua tahap yaitu Transkripsi dan

Translasi.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 6


1. Transkripsi

Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA,

yaitu rantai cetakan atau sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai

antisense. Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut

unit transkripsi. Informasi dari DNA untuk sintesis protein dibawa oleh

mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA polimerase. Enzim

polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan

merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polimerase merangkai nukleotida-

nukleotida RNA dari arah 5’ ? 3’, saat terjadi perpasangan basa di sepanjang

cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang cetakan DNA. Urutan

nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi suatu gen

dimulai dan diakhiri.

Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi

(pemanjangan), terminasi (pengakhiran) rantai mRNA.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 7


a) Inisiasi

Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali

transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana

transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA

yang digunakan sebagai cetakan.

b) Elongasi

Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks

ganda DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan

DNA-nya.

c) Terminasi

Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan

DNA yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu

urutan RNA yang berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada

sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi;

yaitu, polimerase mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA.

Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus melewati sinyal terminasi,

suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-kira

10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim

tersebut.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 8


2. Translasi

Dalam proses translasi, sel menginterpretasikan suatu pesan genetik

dan membentuk protein yang sesuai. Pesan tersebut berupa serangkaian kodon

di sepanjang molekul mRNA, interpreternya adalah RNA transfer. Setiap tipe

molekul tRNA menghubungkan kodon tRNA tertentu dengan asam amino

tertentu.

Ketika tiba di ribosom, molekul tRNA membawa asam amino spesifik

pada salah satu ujungnya. Pada ujung lainnya terdapat triplet nukleotida yang

disebut antikodon, yang berdasarkan aturan pemasangan basa, mengikatkan

diri pada kodon komplementer di mRNA. tRNA mentransfer asam amino-asam

amino dari sitoplasma ke ribosom.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 9


Asosiasi kodon dan antikodon harus didahului oleh pelekatan yang benar

antara tRNA dengan asam amino. tRNA yang mengikatkan diri pada kodon

mRNA yang menentukan asam amino tertentu, harus membawa hanya asam

amino tersebut ke ribosom. Tiap asam amino digabungkan dengan tRNA yang

sesuai oleh suatu enzim spesifik yang disebut aminoasil-ARNt sintetase

(aminoacyl-tRNA synthetase).

Ribosom memudahkan pelekatan yang spesifik antara antikodon tRNA

dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Sub unit ribosom dibangun oleh

protein-protein dan molekul-molekul RNA yang disebut RNA ribosomal.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 10


Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi,

elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein

yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan

elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini

disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan

ATP.

a) Inisiasi

Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya mRNA, sebuah

tRNA yang memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit

ribosom. Pertama, sub unit ribosom kecil mengikatkan diri pada mRNA dan

tRNA inisiator khusus (lihat gambar). Sub unit ribosom kecil melekat pada

tempat tertentu di ujung 5` dari mRNA. Pada arah ke bawah dari tempat

pelekatan ribosom sub unit kecil pada mRNA terdapat kodon inisiasi AUG,

yang membawa asam amino metionin, melekat pada kodon inisiasi.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 11


b) Elongasi

Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino – asam amino

ditambahkan satu per satu pada asam amino pertama (metionin). Lihat Gambar.

Kodon mRNA pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon

molekul tRNA yang baru masuk yang membawa asam amino yang tepat.

Molekul rRNA dari sub unit ribosom besar berfungsi sebagai enzim, yaitu

mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida

yang memanjang ke asam amino yang baru tiba.

c) Terminasi

Tahap akhir translasi adalah terminasi (gambar). Elongasi berlanjut

hingga kodon stop mencapai ribosom. Triplet basa kodon stop adalah UAA,

UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan

bertindak sebagai sinyal untuk menghentikan translasi.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 12


Menurut Reksoatmodjo, (1993) tahapan utama sintesis protein diantaranya

yaitu:

Tahap 1 : Aktivasi asam amino

Tahap ini terjadi di sitosol, bukan pada ribosom. Masing- masing dari

20 asam amino diikat secara kovalen dengan suatu RNA pemindah spesifik

dengan memanfaatkan energi ATP. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim pengaktif

yang memerlukan Mg2+ sebagai kofaktor yang masing- masing spesifik bagi

satu asam amino dan bagi tRNA-nya.

Tahap 2 : Inisiasi Rantai Polipeptida

RNA pembawa pesan yang membawa sandi bagi polipeptida yang

akan dibentuk diikat oleh subunit ribosom yang berukuran lebih kecil, diikuti

oleh inisiasi asam amino yang diikat oleh tRNA-nya membentuk suatu

kompleks inisiasi. tRNA asam amino penginisiasi ini berpasangan dengan

triplet nukleutida spesfik atau kodon pada mRNA yang menyandi permulaan

rantai polipeptida. Dalam proses ini memerlukan guanosin trifosfat (GTP),

dilangsungkan oleh tiga protein sitosol spesifik yang dinamakan faktor

inisiasi.

Inisiasi pada prokariotik memerlukan : (1) subunits 30S, yang

mengandung RNA ribosomal 16S, (2) mRNA penyandi polipeptida yang akan

dibentuk (3) N- formilmetionil- tRNAfmet pemula (4) serangkaian tiga protein

yang dinamakan faktor inisiasi (IF-1, IF-2, dan IF-3), (5) GTP. Pembentukan

kompleks inisiasi terjadi dalam tiga tahap. Tahap pertama, subunit ribisom

30S mengikat faktor inisiasi 3 (IF-3), yang mencegah bergabungnya subunit

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 13


30S dan 50S, sehingga kodon pemula pada mRNA [(5’)AUG(3’)] mengikat

lokasi khusus pada subunit 30S oleh isyarat pemula khusus pada mRNA yang

terletak pasa sisi 5’ kodon AUG. tahap kedua, kompleks subunit 30S, IF-3 dan

mRNA membentuk kompleks yang lebih besar dengan mengikat protein

pengawal IF-2yang telah mengandung GTP terikat dan N- formilmetionol-

tRNAfmet pengawal, yang ditempatkan dengan tepat pada kodon pengawal.

Tahap ketiga, kompleks berukuran besar bergabung dengan subunit ribosomal

50S dan dengan bersamaan dengan itu, molekul GTP yang terikat dengan IF-2

dihidrolisis menjadi GDP dan fosfat yang segera dibebaskan. IF-3 dan IF-2

juga terlepas dari ribosom.

Sekarang didapatkan ribososm 70S fungsional, yang dinamakan

kompleks inisiasi yang mengadung mRNA dan N-formilmetionil t-RNAfmet

pada keseluruhan kompleks 70Sini dijamin oleh dua titik pengenal dan

perlekatan. Pada titik pengenalan antikodon triplet pada aminoasil –tRNA

pemula berpasanga basa secara antiparalel dengan triplet kodon AUG didalam

mRNA. Titik perlekatan kedua aminoasi-tRNA pemula ini adalah pada sisi P

ribosom. Ribosom mempunyai dua tempat untuk mengikat aminoasil-tRNA,

tempat aminoasil atau tempat A, dan tempat peptidil atau tempat P. Masing-

masing merupakan rangkaian subunit 50S dan 30S dalam posisi spesifik.

Tahap 3 : Pemanjangan

Rantai polipeptida diperpanjang oleh pengikatan kovalen unit asam

amino berturut-turut, masing-masing diangkut menuju ribosom dan diletakkan

ke tempatnya secara benar oleh tRNA masing-masing, yang berpasangan

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 14


dengan kodonnya pada molekul RNA pembawa pesan. Pemanjangan digiatkan

oleh protein sitosol yang dinamakan faktor pemanjangan. Energi yang

diperlukan untuk mengikat setiap aminoasil t-RNA yang datang dan untuk

pergerakan ribosom disepanjang RNA pembawa pesan satu kodon diperoleh

dari hidrolisis dua molekul GTP bagi setiap residu yang ditambahkan ke

polipeptida yang sedang tumbuh. Terdapat 3 faktor penunjang yaitu Tu, Ts,

dan G.

Tahapannya, pertama, aminoasil-tRNA diikat oleh kompleks faktor

penunjang Tu, yang mengandung molekul GTP terikat yang kemudian akan

berikatan dengan kompleks inisiasi 70S, bersamaam dengan itu GTP

terhidrolisis dan kompleks Tu-GDP dibebaskan dari ribosom 70S. kompleks

Tu-GTP dibentuk kembali dari kompleks Tu-GDP oleh semua faktor Ts dan

GTP. Aminoasil-tRNA yang baru terbentuk tersebut akan terikat pada tempat

aminoasil atau tempat A. tahap kedua, ikatan peptida yang baru terbentuk

diantara asam amino yang tRNA-nya terletak pada tempat A dan P pada

ribosom yang terjadi melalui pemindahan gugus asil N-formilmetionion

pemula dari tRNA-nya ke gugus amino asam amino yang baru memasuki

tempat A, dengan dikatalisis oleh peptidil transferase. Terbentuk di peptidil

tRNA pada tempa A dan sekarang tRNAfmet pemula yang telah “kosong”

terikat pada tempat P. tahap ketiga, ribososm bergerak di sepanjang mRNA

menuju ujung 3’-nya melampaui jarak satu kodon. Pergrakan ribosom

menggeser dipeptidil tRNA dari tempat A ke tempat P, karena dipeptidil

tRNA masih terikat pada kodon kedua mRNA dan menyebabkan pelepasan

tRNA semula pada tempat A dan kodon kedua pada tempat P. Pergeseran

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 15


ytersebut dinamakan tahap translokasi yang memerlukan faktor perpanjangan

G dan juga hidrolisis molekul GTP (sebagai sumber energi) lainnya secara

bersamaan . Perubahab tersebut menggerakkan ribososn kekodon berikutnya

menuju ujung 3’ mRNA. Pada setiap penambahan residu asam amino, rantai

polipeptida selalu tetap terikat pada tRNA asam amino terakhir yang masuk.

Tahap 4 : Terminasi dan pembebasan

Terminasi polipeptida didisyaratkan oleh satu diantara tiga triplet

terminasi (UAA, UAG, dan UGA) dimana triplet tersebut tidak menyandi

asam amino manapun. Sekali ribosom mencapai kodon terminasi, ada tiga

faktor pengakhir (terminasi) atau faktor pembebas, yaitu protein R1, R2, dan S,

yang kemudian turut menyebabkan (1) penguraian hidrolitik polipeptida dari

ujung tRNA terakhir dan melepaskannya dalam bebtuk bebas, (2) pelepasan

tRNA terakhir yang sekarang kosong dari tempat P, dan (3) dissosiasi ribosom

70S menjadi subunit 30S dan 50S nya siap untuk memulai rantai polipeptida

yang baru.

Tahap 5 : pelipatan dan pengolahan

Untuk memperoleh bentuk aktifnya secara biologis, polipeptida harus

mengalami pelipatan menjadi konfirmasi tiga dimensi yang benar. Sebelum

dan sesudah pelipatan, polipeptida baru dapat mengalami pengolahan oleh

kerja enzimatik untuk melepaskan asam amino penginisiasi, dan mengikat

gugus fosfat, metil, karboksil atau gugus lain pada residu asam amino tertentu,

atau untuk mengikat gugus oligosakarida atau gugus prostetik. Perubahan

yang terjadi tersebut dinamakan modifikasi pasca translasi, dimana

pengolahannya bergantung pada proteinnya.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 16


Modifikasi terminal amino dan terminal karboksil, semua polipeptida

dimulai dengan residu N-formilmetionin pada prokariotik dan metionin pada

eukariota. Namun gugus formil, residu metionin pemuka, dan kadang satu atau

lebih residu berikutnya dapat dibebaskan oleh kerja spesifik dan oleh karena itu

tidak muncul pada protein bentuk akhir. Pada beberapa protein , gugus amino

pada residu terminal amino mengalami asetilasi setelah transkripsi, pada protein

lain residu terminal karboksil dapat dimodifikasi.

Terlepasnya urutan pemberi isyarat, beberapa protein dibuat dengan

urutan ekstra polipeptida, yang terdiri dari 15 sampai 30 residu pada ujung

terminal amino, untuk mengarahkan protein sampai tujuan , didalam sel urutan

pengisyarat akan dibebaskan oleh peptidase spesifik.

Fosforilasi Asam Amino Hidroksi, gugus hidroksil residu serin, treonin,

dan tirosin beberapa protein mengalami fosforilasi secara enzimatik oleh ATP,

menghasilkan residu fosfoserin, fosfotreonin, dan fosfotirosin (gugus fosfat yang

berikatan pada polipeptida ini bermuatan negatif). Fosforilasi residu tirosin

spesifik beberapa protein ternyata merupakan tahap penting di dalam transformasi

sel normal menjadi sel kanker.

Reaksi karboksilasi, gugus karboksil tambahan dapat ditambahkan

kepada residu asam Haspartat dan glutamat beberapa protein.

Metilasi gugus R, pada beberapa protein, residu lisin tertentu mengalami

metilasi enzimatik. Residu monometil dan metilisin terdapat pada beberapa

protein otot dan sitikrom c. pada protein lain, gugs karboksilat beberapa residu

glutamat mengalami metilasi, yang membebaskan muatan negatifnya.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 17


Pengikatan Rantai Sisi Karbohidrat, pada beberapa glikoprotein, rantai

sisi karbohidrat diikat secara enzimatis pada residu asparagin, pada glikoprotein

lain diikat pada residu serin dan treonin. Contoh, ptoteoglikan yang melapisi

mambran mukosa, mengandung rantai sisi oligosakarida.

Penambahan Gugus Prostetik, banyak enzim mengandung gugus

prostetik yang terikat secara kovalen yang penting bagi aktivitasnya. Gugus

prostetik ini juga diikat pada rantai polipeptida setelah protein meninggalkan

ribosom.contohnya, molekul biotin yang terikat secara kovalen pada asetil

KoA karboksilase dan gugus heme sitokrom c.

Pembentukan Jembatan Sulfida, beberapa protein yang dikeluarkan

dari sel eukaryotik setelah mengalami pelipatan spontan menjadi konformasi

seutuhnya, terikat menyilang secara kovalen oleh pembentukan gugus

disulfida secara enzimatis dari residu sistein didalam satu rantai polipeptida

atau diantara dau rantai. Jembatan yang terbentuk dengan cara ini membantu

melindungi konformasi lipatan asal molekul protein dari denaturasi.

Karakteristik Sintesis Protein

 Melibatkan proses translasi,

merupakan proses yang

mengubah informasi genetic

yang terdapat pada mRNA

menjadi polipeptida dengan

urutan asam amino tertentu

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 18


Translasi melibatkan suatu sistem yang membawa mRNA dan tRNA

bersama-sama mengkatalisis polimerisasi asam amino - asam amino menjadi

polipeptida

 Komponen yang terlibat:

A. mRNA (messenger RNA), di iterjemahkan menjadi protein. merupakan

RNA rantai tunggal yang berisi pesan yang akan pada organisme

prokaryotic  pesan untuk beberapa protein mungkin dibawa atau

terdapat pada satu rantai mRNA : polycistronic message.

Setiap asam amino dikode oleh tiga nukleotida 43  ada 64

kombinasi berbeda lebih dari cukup untuk mengkode 20 asam amino 

hampir semua asam amino dikode oleh lebih dari 1 kodon

 kodon  urutan 3 nukleotida pada mRNA yang mencirikan asam

amino tertentu

 hubungan antara kodon dengan asam amino yang dikode  kode

genetic

 anti kodon  urutan 3 nukleotida yang terdapat pada tRNA yang

merupakan komplemen dari kodon

 Pada prokaryotic  simple dan tidak bersela

 Pada eukaryotic  ada proses yang diperlukan sebelum mRNA siap

diterjemahkan dalam proses translasi  post translasi

o editing,

o splicing

o poli A tail

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 19


K

3 N

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 20


 kode genetic  hampir universal untuk semua organisme, pengecualian

ditemukan pada mitokondria dan protozoa

 pengecualian yang sering ditemukan pada bbrp organisme  UGA 

STOP , mengkode Senelosistein

Wobble Hypothesis

Pada umumnya, setiap asam amino dispesifikasikan oleh dua nukleotida yang

pertama dari kodon

Example  Proline mempunyai codon : CC-

Valine mempunyai codon : GU-

Jadi basa nitrogen yang ke-3  tidak tertentu  kondisi ini memungkin satu

tRNA untuk mengenal lebih dari satu kodon untuk asam amino yang sama

Basa nitrogen yang ke 3  disebut posisi Wobble

( karena ketidakpastian dalam complementary basa nitrogen antara kodon

mRNA dan anti kodon tRNA)

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 21


 Wobble hipotesis juga untuk keberadaan inosine  uncommon nucleotide

yang dapat berpasangan dengan A,U, atau C

 Stop kodon  UAA, UAG, UGA

 Start kodon  AUG

o Prokaryotic organism  N-formylmethionine

o Eukaryotic organism  methionine

B. TRANSFER RNA (tRNA)

 Ada 61 kodon yang mengkode 20 asam amino,

  macam tRNA yg ada kurang dari <61 karena wobble hipotesis

  tRNA dapat mengidentifikasi lebih dari 1 kodon

 struktur tRNA  seperti daun waru

 Asam amino terikat dengan tRNA molekul dengan ikatan kovalen antara

 gugus karboksil pada asam amino

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 22


  gugus hidroksil pada 3’ adenosine dari tangkai akseptor tRNA

 tRNA + asam amino  teraminoasilasi

 Aminoacyl-tRNA synthetase  mampu mengidentifikasi asam amino

yang cocok

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 23


RIBOSOME

 Ribosome terdiri dari multiple protein dan RNA.

 Untuk prokaryotic  70s terdiri dari : 50s dan 30s

 Untuk eukaryotic  80s terdiri dari 60s dan 40s

KECEPATAN TRANSLASI

Pada 37ºC, ribosome dari E. coli mampu mensintesis rantai polipeptida

yang terdiri dari 300 residu asam amino = 20 detik. Hampir sama dengan

kecepatan dari transkripsi, sehingga mRNA dapat ditranslasikan sama cepatnya

dengan transkripsinya  kadang dalam 1 mRNA dapat ditranslasi oleh banyak

ribosom  polyribosome

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 24


Post Translasi

Sebelum polipeptida yang baru ditranslasi dapat aktif  harus dilipat 

membentuk konformasi 3D yang tepat. Folding  dapat berlangsung bersamaan

dengan proses translasi stau setelah proses translasi selesai.

Salah satu contoh preproprotein  preproinsulin

E. Pengertian Replikasi

Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena

DNA mampu mensisntesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan

adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama melalui

proses menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu

molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama, proses yang terjadi

tersebut dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase, dan ligase

(Necel, 2009).

Replikasi DNA bersifat semikonservatif, yaitu kedua untai tunggal

DNA bertindak sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru;

seluruh untai tunggal cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari

nukleotida-nukleotida (Necel, 2009).

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 25


F. Komponen Penting Replikasi

Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen utama

yaitu (Amir, dkk, 2010):

1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.

2. Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP.

Deoksi ribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu basa purin atau

pirimidin, gula 5-karbon (deoksiribosa) dan gugus fosfat.

3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis proses

polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA.

Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA yang

baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki

DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian

nukleotida DNA sangat stabil dan mutasi jarang terjadi (Desy, 2010).

4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk

memulai replikasi DNA.

5. Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helikase dan enzim

girase.

6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka,

yaitu protein SSB (single strand binding protein).

7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung

fragmen-fragmen DNA

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 26


G. Jenis-jenis Replikasi

Gambar 1. Tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA (Pray, 2008)

Ada 3 cara terjadinya replikasi DNA dalam sel eukariot, yaitu (Desy, 2010):

1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi

sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan

molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru (Desy, 2010). Pada

replikasi konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan

dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi

semikonservatif tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu

sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah.

Namun, masing-masing untai ini tetap dipertahankan dan akan

bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untai polinukleotida

baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai polinukleotida

mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-fragmen

polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida

baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam

tangga berpilin yang baru (Susanto, 2008).

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 27


2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru

disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA

lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing

mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil

sintesis (Desy, 2010).

3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama

digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu,

hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai

DNA lama dan baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan

DNA baru yang saling berselang-seling pada setiap untai(Desy, 2010).

Hipotesa Watson –Crick mengusulkan bahwa tiap untaian sulur ganda

DNA digunakan sebagai suatu cetakan bagi replikasi DNA keturunan atau anak

yang bersifat komplementer. Dengan cara ini, dua dupleks keturunan molekul –

molekul DNA yang sama dengan DNA induk akan terbentuk, masing – masing

mengandung satu untaian utuh dari DNA induk. Hipotesis ini telah dibuktikan

dalam percobaan yang cermat dilakukan oleh Matthew Meselson dan Franklin

Stahl pada tahun 1957. Mereka membutuhkan sel – sel E.coli selama beberapa

generasi pada medium dengan ammonium klorida (NH4Cl) digunakan sebagai

sumber nitrogen satu – satunya yang mengandung 15N, isotop nitrogen “berat”,

sebagai ganti atom N yang biasa yaitu, isotop yang banyak dijumpai 14N.

Dengan demikian, sekuruh komponen nitrogen sel yang tumbuh pada

medium ini, termasuk bom pada DNA-nya menjadi sangat diperkaya oleh 15N.

DNA yang diisolasi dari sel menunjukkan densitas kira – kira 1% lebih berat

daripada (14N) DNA normalnya. Meskipun ini hanya merupakan perbedaan

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 28


kecil, campura DNA (15N) berat dan (14N) ringan Di dalam larutan sesium

klorida pekat dapat dipisahkan dengan sentrifugasi. Sesium klorida digunakan

karena larutan molekul ini menunjukkan berat jenis yang mendekati DNA. Bila

suatu larutan CsCl disentrifugasi untuk waktu yang lama pada kecepatan

tinggi, larutan tersebut mencapai suatu keseimbangan dengan CsCl membentuk

gradient densitas yang berkesinambungan. Oleh karena gaya sedimentasi,

konsentrasi CsCl pada dasar tabung lebih tinggi dan karena itu, larutan menjadi

lebih pekat daripada di bagian atas. Spesimen DNA yang dilarutkan di dalam

CsCl akan mencapai posisi keseimbangan pada tabung dimana densitasnya

akan setara dengan larutan CsCl. Karena (15N) DNA sedikit lebih pekat

daripada (14N) DNA, (15N) DNA akan mencapai posisi keseimbangan yang

lebih rendah pada gradient CsCl daripada (14N) DNA (Lehninger, et.al., 2005).

Meselson dan Stahl memindahkan sel – sel E.coli yang tumbuh pada

media 15
N, dimana seluruh untaian DNA menjadi “berat”, ke dalam media
14
segar dengan NH4Cl yang mengandung isotop N normal. Media segar

menunjukkan sel – sel ini tumbuh dalam media 14


N sehingga mencapai

sebanyak dua kalinya. DNA kemudian diisolasi dari sel – sel dan densitasnya

dianalisa dengan prosedur pengendapan yang telah disebutkan di atas. DNA

hanya membentuk suatu pita tunggal pada gradient CsCl pada pertengahan

densitas antara DNA “ringan” normal yang mengandung 14N dan DNA “berat”

dari pertumbuhan sel – sel, khusus pada 15


N. Hal ini merupakan hasil yang

tepat diharapkan bila ulur pada DNA dari sel – sel keturunan mengandung satu
14 15
untaian N baru dan satu untaian N lama dari DNA induk, yang secara

skematis dapat dilihat pada gambar 2 (Lehninger, et.al., 2005).

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 29


Gambar 2. Hasil eksperimen Meselson dan Stahl untuk menentukan replikasi

DNA yang terjadi di alam (Pray, 2010)

Bila sel – sel dibiarkan meningkat lagi dua kali jumlah pada media 14
N,

DNA yang diisolasi memperlihatkan dua pita, satu menunjukkan densitas yang

setara dengan DNA ringan yang normal dan lainnya menunjukkan densitas DNA

baru yang terlihat setelah sel pertama jumlahnya mejadi dua kali, Meselson dan

Stahl dengan demikian tiba pada kesimpulan bahwa tiap dupleks DNA keturunan

pada dua generasi sel – sel mengandung satu untaian induk dan satu untaian yang

baru dibuat, tepat dengan pernyataan hipotesis Watson-Crick.

Jenis replikasi ini disebut semikonservatif, karena hanya satu untaian induk

dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Pengamatan mereka dengan jelas

meniadakan replikasi konservatif, dimana satu dupleks DNA keturunan

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 30


mempunyai dua untaian baru. Hal ini juga meniadakan suatu mekanisme dispersif

dimana tiap untaian keturunan DNA mengandung potongan pendek dari kedua

induk da DNA baru yang bergabung bersama secara acak (Lehninger, et.al.,

2005).

H. Tahapan Replikasi DNA

Proses replikasi dalam molekul DNA dimulai pada suatu titik yang disebut

dengan Origin of Replication (Ori). Pada titik ini, DNA akan membentuk seperti

gelembung kecil, dimana ikatan hidrogen antara basa-basa terputus dan pasangan

basanya terpisah. Heliks mulai membuka uliran (Ma, et.al., 1998). Tahapan

replikasi DNA pada sel eukariot adalah sebagai berikut:

1. Tahapan pertama (inisiasi) dalam proses replikasi DNA terjadi adalah

pemutusan ikatan hidrogen antara basa-basa nitrogen dari dua untai yang

antiparalel. Pemutusan ikatan tersebut terjadi pada rantai yang kaya akan ikatan

A-T. Hal tersebut dikarenakan ikatan antara adenin dan timin yang hanya

merupakan ikatan rangkap dua, sedangkan pada ikatan antara sitosin dan

guanin adalah ikatan rangkap tiga. Helikase adalah enzim yang berfungsi untuk

membuka untai ganda DNA. Titik awal dimana terjadinya splitting disebut

sebagai origin of replication. Struktur yang dihasilkan disebut dengan

Replication Fork.

Gambar 3. Tahap pemutusan ikatan hydrogen pada basa – basa nitrogen

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 31


2. Salah satu hal penting dalam tahapan replikasi DNA adalah pengikatan primase

RNA pada titik awal rantai induk 3’-5’. Primase RNA dapat menarik

nukleotida RNA yang berikatan dengan nukleotida DNA dari untai 3’-5’

dikarenakan ikatan hidrogen antar basanya. Nukleotida RNA adalah primer

(starter) untuk ikatan nukleotida DNA.

Gambar 4. Tahap pembentukan RNA primer

3. Tahapan elongasi berbeda untuk cetakan 5’-3’ dan 3’-5’, yaitu:

a. Cetakan 5’-3’

Cetakan 5’-3’ disebut sebagai leading strand karena DNA polimerase α

dapat membaca cetakan dan secara kontinu menambah

nukleotida(komplemen dari cetakan nukleotida, sebagai contoh adenin

berlawanan dengan timin).

Gambar 5. Tahap pembentukan leading strand dan lagging strand

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 32


b. Cetakan 3’-5’

Cetakan 3’-5’ tidak dapat dibaca dengan DNA polimerase α. Replikasi dari

cetakan ini rumit dan DNA barunya disebut lagging strand. Pada lagging

strand RNA primase menambah lebih banyak RNA primer. DNA

polimerase α membaca cetakan. Jarak antara dua RNA primer disebut

sebagai fragmen Okazaki.

Gambar 6. Fragmen Okazaki

RNA primer penting untuk DNA polimerase α berikatan dengan

nukleotida pada bagian ujung 3’. Untai baru dielongasi dengan mengikat lebih

banyak DNA nukleotida.

4. Pada lagging strand DNA Polimerase I - eksonuklease membaca fragmen dan

memindahkan RNA Primer. Jarak didekatkan dengan adanya pengaruh DNA

polymerase (menambahkan nukleotida komplementer pada jarak tersebut) dan

DNA ligase (menambahkan fosfat pada gap antara fosfat dan gula).

Gambar 7. Tahap pembacaan fragmen oleh DNA polimerase I-eksonuklease

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 33


5. Langkah terakhir dari tahapan replikasi DNA adalah terminasi. Tahapan ini

terjadi ketika DNA polymerase mencapai titik akhir untai. Kita dapat dengan

mudah memahami bahwa pada akhir tahapan lagging strand, ketika RNA

primer dipindahkan tidak mungkin bagi DNA polymerase untuk mengisi

kekosongan tersebut (karena tidak ada primer). Sehingga, ujung dari untai

induk dimana primer terakhir tidak direplikasi. Ujung dari DNA linear terdiri

dari DNA noncoding yang berulang – ulang dan disebut telomere. Sebagai

hasilnya, bagian dari telomere dipindahkan pada tiap siklus replikasi DNA.

6. Replikasi DNA tidak sempurna sebelum terjadi mekanisme perbaikan terhadap

kesalahan-kesalahan yang mungkin terjadi selama replikasi. Enzim seperti

nuklease akan memindahkan nukleotida yang salah dan DNA polimerase akan

mengisi kekosongan (gap) tersebut.

Gambar 8. DNA hasil replikasi

Pembentukan leading strand

Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah untaian DNA

yang disintesis dengan arah 5'→3' secara berkesinambungan. Pada untaian ini,

DNA polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3'-OH bebas dari

sebuah primer RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan,

searah dengan arah pergerakan garpu replikasi (Necel, 2009).

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 34


Pembentukan lagging strand

Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang

berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis

dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini, primase

membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat menggunakan

gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis DNA dengan

arah 5'→3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan (misalnya dengan

RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru ditambahkan

untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu

menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging

strand menjadi lengkap (Necel, 2009).

Garpu replikasi

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur yang

terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim

helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian

DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang

masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA. Masingmasing cabang

tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua untaian DNA baru

berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA polimerase membentuk

untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA) yang dibentuk

oleh enzim primase dan disebut primer (Necel, 2009).

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan

nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3'-hidroksil bebas

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 35


nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru

(DNA "anak") disintesis dari arah 5'→3', sedangkan DNA polimerase bergerak

pada DNA "induk" dengan arah 3'→5'. Namun demikian, salah satu untaian DNA

induk pada garpu replikasi berorientasi 3'→5', sementara untaian lainnya

berorientasi 5'→3', dan helikase bergerak membuka untaian rangkap DNA dengan

arah 5'→3'. Oleh karena itu, replikasi harus berlangsung pada kedua arah

berlawanan tersebut (Necel, 2009).

Replikasi DNA pada Sel Eukariot

Pada eukariot, proses replikasi DNA adalah sama dengan replikasi dari

bakteri atau DNA prokariotik dengan beberapa modifikasi kecil. Pada eukariot,

molekul DNA lebih besar daripada di prokariot dan tidak melingkar, juga banyak

tempat untuk memulai replikasi (Anonymous2, 2011).

Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase.

Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang

disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases

(CDKs), yang akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan

sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein

yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ORI. Berhubung dengan

kompleksitas struktur kromatin, fork replikasi pada eukariot bergerak hanya

dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus

dilepaskan dari nukleosom pada fork replikasi sehingga gerakan fork replikasi

akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini

diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 36


kebanyakan mamalia. Sederetan sekuens tandem yang terdiri dari 20 hingga 50

replikon mengalami inisiasi secara bersamaan pada waktu tertentu selama fase S.

Deretan yang mengalami inisiasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan

deretan yang agak lambat adalah heterokromatin (Susanto, 2008).

DNA sentromir dan telomir bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini

mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor

inisiasi. Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase dan SSB

yang disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-A)

diperlukan untuk memisahkan kedua untai DNA (Susanto, 2008).

Proses replikasi DNA eukariot sama dengan replikasi DNA prokariotik

kecuali untuk aspek-aspek dibawah ini (Anonymous3, 2011):

1. DNA eukariot mempunyai beberapa tempat “Origin Of Replication”, maka

beberapa replikasi fork menghasilkan banyak gelembung sepanjang DNA.

Replikasi fork dibentuk pada urutan mereplikasi secara otonom (ARS) yang

mengandung 11 bp dikenal dengan origin replication element (ORE).

2. Polimerase DNA α dan β adalah enzim-enzim replikasi DNA dalam sel

eukariotik. Polimerase DNA α mempunyai aktivitas polimerase 5' 3 ' dan

sintesis primer pada lagging strand kemudian diperpanjang dengan

multisubunit DNA polymerase. Polimerase DNA δ mengoreksi aktivitas

eksonuklease 3’5’ dan melaksanakan keduanya dan sintesis lagging strand

dalam suatu kompleks bakteri dimer DNA polimerase III. ε polimerase DNA

menghilangkan fragmen utama dari Okazaki pada Lagging strand. Polimerase

DNA γ bertanggung jawab untuk replikasi DNA mt.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 37


3. Telomere, struktur di ujung kromosom eukariotik linear, terdiri dari banyak

salinan tandem urutan oligonukleotida pendek dengan TxGy dalam satu untai

dan CyAx di untai komplementer, di mana x dan y biasanya dalam rentang 1

sampai 4. Telomerase mengandung RNA yang berfungsi sebagai template

untuk sintesis untai TxGy dari telomer. Komponen protein dari telomerase

bertindak sebagai reverse transkripsi selular untuk sintesis RNA dan DNA.

Setelah perpanjangan untai TxGy oleh telomerase, pelengkap untai CyAx

disintesis oleh DNA polimerase selular, dimulai dengan sebuah primer RNA.

Replikasi DNA pada Sel Prokariot

Suatu kromosom mengandung satu molekul DNA yang biasanya sangat

besar, misalnya beberapa kromosom bakteri tersusun oleh sebanyak 4 x 106

pasang basa. Selain itu dalam banyak hal, DNA berbentuk tertutup atau struktur

lingkar. Beberapa kromosom bakteri berbentuk linier. Hanya sedikit diketahui

mengenai kromosom bakteri linier (Ngili, 2010).

Dari penelitian genetika telah diketahui bahwa inisiasi replikasi terjadi

pada sisi tertentu yang disebut sisi inisiasi atau origin of the chromosome (ori C).

Urutan nukleotida dalam daerah ini mengikat pada berbagai protein untuk

menginisiasi kedua garpu (Ngili, 2010).

Replikasi kromosom bakteri bisa dibagi ke dalam tiga tahap: inisiasi,

elongasi, dan terminasi. Inisiasi yakni pembentukan garpu-garpu replikasi pada

molekul awal. Elongasi menggambarkan perkembangan garpu-garpu ini

mengelilingi kromosom, serentak dengan sintesis DNA atau pertumbuhan rantai.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 38


Terminasi yakni penggabungan garpu-garpu yang saling mendekati, menghasilkan

dua kromosom sempurna yang dapat berpisah satu sama lain (Ngili, 2010).

Replikasi kromosom bakteri sepanjang 5.000 kb memakan waktu sekitar

40 menit dan terjadi dalam seluruh siklus pembelahan bakteri. Maka, setiap garpu

mereplikasikan sekitar 50 kb DNA per menit. (Dalam sel eukariot, replikasi DNA

terbatas pada bagian siklus pembelahan sel mitosis yang disebut fase S, yang bisa

berlangsung selama beberapa jam). Laju replikasi DNA dikoordinasikan dengan

laju pembelahan sel. Maka, kultur bakteri yang tumbuh dalam medium kaya akan

memiliki waktu pembentukan yang pendek dan harus menjalankan replikasi

kromosom lebih cepat daripada yang ditumbuhkan dalam medium miskin dimana

pembentukannya mungkin tiga sampai empat kali lebih lama (Ngili, 2010).

Seperti diketahui, replikasi suatu replikon bisa dibagi ke dalam tiga tahap

yakni inisiasi, elongasi, dan terminasi. Selama fase elongasi, pertumbuhan rantai

DNA berlangsung pada garpy replikasi. Ini adalah tahap yang bagus untuk

meneliti beberapa enzim penting dan protein lain yang terlibat dalam replikasi.

Proses seperti ini yang terjadi dalam bakteri E.coli adalah yang paling dipahami,

dan bermanfaat sebagai prototipe untuk sistem lain. Beberapa enzim dan protein

terlibat didalamnya (Ngili, 2010).

Enzim yang bertanggung jawab untuk sintesis rantai DNA baru pada garpu

replikasi yakni enzim DNA polimerase. Enzim ini memakai untai DNA tunggal

yang terbuka gulungannya sebagai templat. Terdapat tiga macam DNA

polimerase dalam E.coli, yakni DNA polimerase I,II, dan III. DNA polimerase I

adalah yang paling melimpah, dan DNA polimerase III adalah yang paling sedikit.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 39


Kedua enzim ini mempunyai peran penting dalam keseluruhan proses replikasi

DNA. Peranan polimerase II belum diketahui dengan jelas (Ngili, 2010).

Fase elongasi dari replikasi DNA dalam bakteri tampak melibatkan

banyak enzim dan protein, yang sebagian bergabung dengan kompleks fungsional

terpisah seperti holoenzim DNA polimerase III. Inisiasi replikasi juga

menggunakan beberapa protein, dan mutasi pada gennya sangat membantu dalam

mengidentifikasi protein-protein ini (Ngili, 2010).

Mutasi yang mempengaruhi replikasi disebut mutasi DNA. Banyak mutasi

yang telah diidentifikasi pada E.coli mengkode untuk berbagai protein yang

berkaitan dengan pertumbuhan rantai DNA pada garpu replikasi. Sebagai contoh,

gen dnaG mengode untuk primase (protein Dna G). Namun sebagian mengkode

protein dengan melibatkan inisiasi siklus replikasi pada ori C. Contoh untuk gen

seperti ini misalnya dnaA, B dan C (Ngili, 2010).

Replikasi DNA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan

dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat

buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya

9 pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga

inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju

pertumbuhan sel yang sangat tinggi, DNA kromosom prokariot dapat mengalami

reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk, sebelum putaran replikasi

yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima

kromosom yang sebagian telah bereplikasi (Ngili, 2010).

Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga

40 buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 40


akan mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi

superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga

terbuka). Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens

repetitif sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan

terjadinya pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim

yang akan menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang

kedua untai DNA dan memisahkannya (Ngili, 2010).

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi

oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (SSB)

untuk melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah

renaturasi. Enzim DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan

menyintesis RNA primer yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis

pada untai pengarah. Agar replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan

enzim helikase selain DnaB. Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh

pembentukan putaran baru berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang

terjadi secara alami ternyata tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga

diperlukan enzim lain, yaitu topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA

girase. Enzim DNA girase ini merupakan target serangan antibiotik sehingga

pemberian antibiotik dapat mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri (Ngili,

2010).

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai

pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks

yang disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 41


1.000 hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DNA B dan DNA

primase (Ngili, 2010).

Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan

mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks

multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan

separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada

kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama.Masing-masing bagian

dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai fungsi

polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan

berupa eksonuklease 3’–5’. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan

polimerase pada DNA (Ngili, 2010).

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III,

mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer

tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5’–

3’, eksonuklease 5’ – 3’, dan eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’. Eksonuklease

5’-3’ membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang

ditimbulkan. Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim

DNA ligase. Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom

diyakini membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom.

Dengan adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900

pb tiap detik (Ngili, 2010).

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180°C dari ori.

Di sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan

gerakan garpu replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus,

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 42


suatu inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil

replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV.

Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua

sel hasil pembelahan (Ngili, 2010).

Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot

Tabel 1. Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot (Amir,

dkk., 2010)

EUKARIOT PROKARIOT

Replikasi DNA terjadi di nukleus Replikasi DNA terjadi di protoplasma

Replikasi DNA terjadi pada fase S Replikasi terjadi pada semua fase dalam

(fase sintesis) dalam fase interfase siklus sel

pada siklus sel

Terdapat 5 macam DNA Terdapat 3 macam DNA polimerisasi

polimerisasi yang terlibat dalam yang terlibat dalam proses replikasi

proses replikasi

Terdapat banyak titik awal replikasi Titik awal replikasi (ori) lebih sedikit

(ori) dibanding eukariot

Pergerakan garpu replikasi pada Pergerakan garpu replikasi pada replikasi

replikasi eukariot bergerak lebih prokariot bergerak lebih cepat dibanding

lambat pada eukariot

Selanjutnya gelembung replikasi Replikasi terjadi kedua arah. Selanjutnya

akan bertemu, dan sintesis DNA gelembung replikasi akan bertemu, dan

anak selesai sintesis DNA anak selesai

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 43


BAB III

KESIMPULAN

Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida,

lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain

itu, protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam

biokimia.

Mekanisme sisntesis protein terjadi melalui dua tahap utama yaitu

transkripsi dan translasi, Transkrip adalah percetakan mRNA oleh DNA.

Sedangkan translasi adalah penerjemahan kode oleh tRNA berupa urutan yang

dikehendaki.sedangkan translasi adalah proses penerjemahan kode genetik oleh

tRNA kedalam urutan asam amino.

Protein merupakan salah satu bio-mokromolekul yang penting perananya

dalam mahkluk hidup. Setiap sel dalam tubuh kita mengandung protein, termasuk

kulit,tulang, otot, kuku, serta rambut Dll.pada jaringan tubuh protein merupakan

komponen terbesar kedua setelah air. Duperkirakan 50% berat kering sel dalam

jarigan hati dan daging terdidri dari protein. Sedangkan dalam tenunan daging

segar sekitar 20%.

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 44


DAFTAR PUSTAKA

Amir, F. M.; Malik, A.; Darmawati; Fikri R. M., 2010, REPLIKASI DNA,
http://www.scribd.com/doc/32301253/Replikasi-Dna, diakses pada tanggal
6 Juni 2017

Campbell, N. A. 2010. Biologi Edisi Kedelpan Jilid 3. Erglangga. Jakarta

Lehninger, A. L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia Jilid I. Erlangga. Jakarta


Murray, Robert K. Daryl K. Granner. Victor W. Radwell. 2009.Biokimia Harper
Edisi 27 . Penerbit Buku Kedokeran (EGC). Jakarta
Necel, 2009, DNA dan RNA, www.scribd.com/doc/23427509/DNA dan RNA ,
diakses pada tanggal 6 Juni 2017
Winarno, F. G. 2008. Kimia Pangan Dan Gizi. M- Brio Press. Bogor

Sintesis Protein dan Replikasi DNA | 45

Você também pode gostar