SINTESIS DE PROTEÍNAS
La síntesis o construcción de las proteínas dentro de la célula es la culminación de
millones de años de evolución. Es uno de los más fascinantes descubrimientos de la
ciencia, en relación a los procesos bioquímicos, después del conocimiento de la
estructura y duplicación del ADN.
La síntesis de las proteínas es un trabajo en equipo, entre el ADN, los tres tipos de ARN,
los ribosomas y una serie de sustancias llamadas enzimas que también son de naturaleza
proteica. El asunto empieza con la información contenida en el ADN nuclear; la cual se
identifica con la secuencia de las bases nitrogenadas, pero consideradas de tres en tres
(tripletes). Todo ocurre en una serie de acontecimientos bien definidos que a
continuación se describen:
Transcripción del mensaje: El ADN separa sus dos cadenas de nucleótidos para construir
un ARN mensajero (ARNm) es decir que transcribe su información, a partir de las bases
nitrogenadas disponibles. Observe en el siguiente dibujo (a la derecha) que en la
secuencia AGC TGA del ADN se construye una cadena de ARNm con la secuencia UCG
ACU. Este ARNm saldrá del núcleo hacia los ribosomas. Izquierda: Duplicación del ADN.
DERECHA: Transcripción de información
Genética del ADN al ARNm
Si comparamos en el anterior dibujo la síntesis de ADN (izquierda) con la síntesis de
ARNm (derecha) la compatibilidad de bases nitrogenadas cambia en una letra. Mientras
que en el ADN es T-A C-G, en la formación del ARN mensajero las bases nitrogenadas son
compatibles como A-U C-G
El código genético es el conjunto de codones o tripletes (tres bases nitrogenadas) del
ARN mensajero que identifican los aminoácidos que van a hacer parte de los péptidos y
proteínas que se fabrican o sintetizan en los ribosomas. A continuación podemos
observar un cuadro que resume el citado código genético.
Traducción del mensaje: El mensaje incluido en la secuencia de bases nitrogenadas del
ARNm debe ser interpretado o traducido por los ribosomas. Pero antes los ARN de
transferencia (ARNt) deben capturar todos los aminoácidos (aa) necesarios para una
proteína en particular. Si la proteína consta de 1000 aa serán entonces 1000 ARNt para
llevar 1000 aa cerca de la cadena de ribosomas (polirribosoma) donde ocurrirá la síntesis
de la proteína. La traducción se efectúa cuando el ARNm se coloca alineado con varios
ribosomas y deja que se acoplen uno a uno los ARNt con sus tripletes de bases por un
extremo y por el otro los aa que se van uniendo en el orden específico para formar el
péptido o la proteína que necesita la célula. En el siguiente dibujo podemos estudiar el
proceso completo.
2
3
1 DNA RNA Proteínas
1. Activación de Aminoácidos.
Los aminoácidos libres no pueden participar en la síntesis de proteínas sino hasta que
han sido elevados a un nivel de energía suficientemente alto para las reacciones de
polimerización. Además, la inserción del aminoácido correcto en su localización correcta
en una cadena polipeptídica en crecimiento se verifica por mediación de su RNAt
específico, el cual constituye un componente del mecanismo de reconocimiento que
respalda la exactitud de la traducción. La reacción que proporciona energía o activa al
aminoácido a su forma aminoacilo (de mayor energía) y la reacción que une al residuo
aminoacilo a su portador específico RNAt son catalizadas por la misma enzima, denominada
aminoacil-RNAt sintetasa. Existe por lo menos una sintetasa para cada uno de los 20
aminoácidos en el código genético.
La sintetasa impulsa la primera reacción por acoplamiento con hidrólisis de ATP para
producir un intermediario de alta energía llamado aminoacil-adenilato. Este intermediario
permanece unido a la enzima hasta la segunda reacción, en la cual el grupo carboxilo del
residuo aminoacilo se une al nucleótido A en el extremo 3’ del RNAt (Fig. 13.36). Un RNAt
específico recibe el nombre del aminoácido que puede transportar; por ejemplo, RNAtLeu
es el RNAt transportador de leucina. Cada aminoacil-RNAt se identifica por su residuo
aminoacilo y su RNAt; así, Leu-RNAtLeu es el leucil-RNAt que es transportado al ribosoma
para la incorporación de leucina en la cadena polipeptídica en crecimiento.
2. Proceso de Iniciación de la Síntesis de Proteínas.
Para el inicio de la traducción se requiere la formación de un complejo de inicio, el cual
consta de la subunidad pequeña del ribosoma, RNAm y el iniciador específico amoniacal
RNAt (Fig. 13-48). Además, deben estar presentes proteínas como factores de inicio y
enlazarse a la subunidad pequeña del ribosoma. En las células bacterianas hay tres factores
de inicio (IF1, IF2, IF3), pero se han hallado 8 ó más de estas proteínas en los reticulocitos
de mamíferos (todos los factores de inicio en eucariotes se designan por el prefijo “e”,
como en eIF1).
En eucariotes, el iniciador aminoacil-RNAt específico transporta metionina (Met), y en
procariotes, mitocondrias y cloroplastos, el iniciador transporta una metionina modificada,
N-formilmetionina (f-Met). Este iniciador aminoacil-RNAt reconoce el codón de inicio AUG.
Aunque Met, o fMet, es el primer aminoácido en ser colocado, posteriormente estos
residuos pueden ser fragmentados o modificados por enzimas específicas. Por tanto, al
amino terminal de una cadena peptídica puede tener algún aminoácido diferente de Met
o fMet, dependiendo de los procesos posteriores.
No se conoce con certeza la función de IF1 en el inicio de la cadena bacteriana, pero se
sabe que IF2 contribuye a la colocación del iniciador aminoacil-RNAt en el sitio correcto del
complejo subunidad de 30S-RNAm en bacterias, y el IF3 es necesario para que la subunidad
de 30S se una específicamente al sitio de inicio del RNAm y a ninguna otra parte. Los tres
factores de inicio se disocian del complejo después de que la subunidad grande se vincula
al complejo de inicio y el conjunto está listo para el alargamiento de la cadena. Cuando el
ribosoma se mueve del codón iniciador RNAm al siguiente triplete codón en la dirección 5’
3’, el RNAm puede continuar participando en la formación de nuevos complejos de inicio
con tal de que su extremo 5’ esté libre. De este modo, los polisomas se forman cuando
ribosomas extra se unen a la cadena de RNAm y se desplazan hacia el extremo 3’ del
mensaje.
3. Proceso de Elongación o Alargamiento de la Cadena Polipeptídica.
Cada ribosoma tiene dos centros activos que amplían la partícula del monosoma: son
el sitio A (sitio de entrada del aminoácido) y el sitio P (sitio peptidilo). El iniciador aminoacil
RNAt es el único que se une primero al sitio P o sitio P parcial en la subunidad pequeña del
ribosoma. Todos los otros aminoacil-RNAt entran solamente en el sitio A del monómero
ribosómico completo durante el alargamiento de la cadena.
El segundo aminoácido de la secuencia codificada es llevado al sitio A del ribosoma por
su portador RNAt y entonces el residuo Met o fMet del sitio P se une al aminoacil-RNAt
recién llegado para formar un dipeptidil-RNAt. El RNAtMet libre es descargado del sitio P, el
cual queda disponible para aceptar el dipeptidil RNAt después de que ha ocurrido una
reacción de translocación. Después de la translocación del dipeptidil-RNAt al sitio P, el sitio
abierto A está libre para aceptar el siguiente aminoacil-RNAt que llegue. Los procesos de
formación del enlace peptídico y translocación están coordinados y apoyados
catalíticamente por proteínas ribosómicas y RNA. La formación del enlace peptídico es
catalizada por la peptidil-transferasa, situada en la subunidad grande; la translocación es
mediada por un factor de alargamiento que funciona como una translocasa y es unido a la
subunidad grande durante el proceso.
Se han identificado en las células dos factores de alargamiento o elongación. En las
bacterias se llaman EF-Tu y EF-G; sus equivalentes en eucariotes son denominados eEF1 y
eEF2. Ambos factores experimentan asociación y disociación cíclicas con el ribosoma y
median la entrada del aminoacil-RNAt al sitio A y promueven la translocación del peptidil-
RNAt del sitio A al P (Fig. 13.52). Un total de 3 enlaces de alta energía se deben romper por
cada aminoácido añadido a la cadena polipeptídica en crecimiento durante el
alargamiento. Ocurre una hidrólisis cuando el ATP se desdobla durante la carga del RNAt
con su aminoácido, en la formación del aminoacil-RNAt. Los otros dos enlaces de alta
energía son proporcionados por la hidrólisis de GTP durante el alargamiento de la cadena:
un GTP se desdobla después de que un aminoacil-RNAt se vincula al sitio A y otro GTP se
hidroliza cuando al ribosoma se transloca al siguiente triplete codón junto con el RNAm. La
reacción de translocación se desencadena cuando el EF-G o el eEF2 se unen al ribosoma y,
con la hidrólisis del GTP, el peptidil-RNAt es translocado al sitio P y el factor de alargamiento
se libera para ser reciclado. Las mismas series de eventos y de factores están implicadas en
cada paso del alargamiento de la cadena, independientemente del polipéptido específico
que se esté sintetizando, lo cual es en verdad un mecanismo muy económico y elegante.
SISTESIS DE PROTEINA
Existen 3 clases principales de ARN, todas ellas participan en la síntesis de proteínas:
ARN ribosomal (rRNA), ARN de transferencia (tRNA) y ARN mensajero (mRNA): todos ellos
son sintetizados a partir de moldes de ADN en un proceso denominado transcripción.
Fue hasta 1950, cuando los aminoácidos radioactivos estuvieron disponibles para la
investigación, que la hipótesis de Branchet se pudo comprobar mediante el siguiente
experimento: se inyectó una solución de aminoácidos radioactivos a una rata, y poco
tiempo después, se verificó que la mayor parte de la marca que se había incorporado a
proteínas, y se encontraba asociada a los ribosomas. Otro fenómeno importante salió a la
luz con este experimento: las síntesis de proteínas no estaba dirigida inmediatamente por
el ADN porque, al menos en los eucariontes, el ADN y los ribosomas nunca están en
contacto.
En 1958, Francis Crick resumió la relación entre ADN, el ARN y las proteínas en un
diagrama de flujo que nombró como el DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR:
"el ADN dirige su propia replicación y su transcripción a ARN, el cual a su vez dirige
su traducción a proteínas"
ADN
Transcripción 3
ARN Proteína
Traducción
1.- ARN polimerasa ARN dirigida, ocurre en ciertos virus y ciertas plantas, su función es
desconocida 2.- ADN polimerasa ARN dirigida (reversotranscriptasa o transcriptasa
reversa), ocurre en virus de ARN.
3.- El codificar proteínas directamente de ADN, es una posibilidad que no se conoce.
Las flechas que faltan son postulados que según el dogma nunca ocurren, por lo tanto, las
proteínas, pueden solamente ser los recipientes de la información genética.
Transcripción
por la ARN Polimerasa
Biosíntesis del
ARN: Formación de la Unión
Fosfodiéster
Transcripción
en los Promotores
Inicio de la
Transcripción en
Promotores
Procarióticos
Inicio de la
Transcripción en Promotores
Eucarióticos
Una vez que la transcripción ha empezado, algunos de los FTs permanecen en el promotor,
otros permanecen con la ARN polimerasa, y los restantes son separados de la ARN
polimerasa.
La ARN polimerasa I transcribe los genes para los ARNr 18S, 5.8S y 28S.
La ARN polimerasa II transcribe los genes codificadores de proteínas y algunos genes
para ARNnp.
Treonina
CH3CHOHCHNH2COOH
Serin-hidroximetil-
transferasa
Glicina Glicina
CH2 – C – H Acetaldehido
=
NAD+
CoA Aldehido-deshidrogenasa
(desacilante)
NADH
NH
Arginina
=
H2N – C – NHCH2CH2CH2CH(NH2)COOH
H2 O
arginasa
Urea
Ornitina
H2N CH2CH2CH2CH(NH2)COOH
α - Oxoglutarato
Ornitin
transaminasa
Glutamato
y – Semialdehido del
H – C – CH2CH2CH(NH2)COOH
=
acido glutámico
O
H2O.NAD+
Semialdehido glutamico
deshidrogenasa
NADH
NH2
Ruta Principal en mamiferos de conversión de Histidina a Ac. Glutámico
CH2 CH(NH2)COOH
Histidina
NH
N
Histidin –
NH2 amonio – liasa
C = C – COOH
Acido
urocanico
NH
N
H2 O Acido urocanico
hidratasa
O CH2 CH2COOH
Acido 4 – imidazolon –
NH 5 propionico
N
H2 O Imidazolon -
propionasa
COOH
Acido N – formimino -
HN = CHNHCHCH2CH2COOH glutamico
FH4
Acido glutamico
formimino -
transferasa
5 – formimino – FH4
NH2
Acido glutamico
HOOCCHCH2CH2 COOH
Asimilación de amoniaco en glutamato, catalizada por la glutamato
deshidrogenada
NH3
COO- Glutamato
C=O deshidrogenasa
CH2
CH2
COO-
α - Cetoglutarato COO-
H – C – NH2
+H2O
CH2
CH2
COO-
GLUTAMATO
18
18:2ω6
12 9 C – S – CoA
=
O
O2 NADH + H
desaturasa
H2O NAD
=
18 C – S – CoA
18:3ω6
12 9
=
cadena
=
20 C – S – CoA
20:3ω6
14 11 8
O2 NADH + H
desaturasa
H2O NAD
20
20:4ω6
14 11 8 5 C – S – CoA
=
Prolina Arginina
y – Semialdehido
glutámico
Histidina Glutamina
Acido glútamico
α - Oxoglutarato
METABOLISMO DE LOS AMINOACIDOS
Mitocondria
O
1
=
2ATP + HCO3 + NH3 H4N – C – OPO3 2- + 2ADP + Pi
O = C – NH2
Carbamoil fosfato
NH
Pi (CH2)3
+
NH3 +
HC – NH3
2
(CH2)3 Ornitina Citrulina -
COO
+
H – C – NH3
-
COO
-
COO
Citrulina CH4
=
HC – NH4
Ornitina
CICLO DE LA ATP -
COO
UREA
3
Urea Aspartato
AMP + Pi
5
-
H2 O COO
H2 N NH4 HC – NH C
4
- NH
C COO
NH COO- (CH2)3
+
(CH2)3 HC H – C – NH3
Citosol
=
-
H – C – NH 3
+ CH COO
COO- COO-
Pumarato
R – CH – COO-
+
NH3
O α - Cetoglutarato
=
3 Aminoacido
H2O – C – NH2 O
= -
Urea - R – C – COO
Ornitina H2O – C – OPO HCO3 + NH2 Glutamato
=
5 4
Carbamoil O
H2O +
fosfato 2ADP + Pi 2ATP NAD(P)H NAD(P) α - Oxoácido
Ciclo de Pi
Arginina la urea
Citrulina
6
Arginino ATP
succinato
AMP + PPi
H
- -
1 OOC – CH2 – CH – COO
- - Aspartato R – CH – COO-
OOC – C = C – COO OH
+
H
-
OOC – CH2 – CH – COO- NH3
α - Cetoglutarato
Aminoacido
Fumarato Malato 3
NAD+ 3
-
O
2
Glutamato R – C – COO
Ciclo del
=
acido NADH
citrico α - Oxoácido
O
=
- -
OOC – CH2 – CH – COO
Oxalacetato
El ciclo de la urea y el ciclo del acido cítrico, estan ligados a traves de la formación y degradación del
argininosuccinato. Las enzimas (1) fumarasa y (2) malato deshidrogenada son enzimas del ciclo del acido
cítrico (secciones 19-2G y H). El oxalacetato es desviado del ciclo del acido citrico para formar aspartato a
través de la acción de (3) una aminotransferasa. El ATP es hidrolizado en las reacciones de la (5) carbamoil
fosfato sintetasa I y de la (6) argininosuccinato sintetasa. Este ATP es regenerado por la fosforilación
oxidativa a partir del NAD(P)H producido en las reacciones de la (4) glutamato deshidrogenada y de la (2)
malato deshidrogenada.
CATABOLISMO Y PRODUCCION DE ENRGIA
HN
Prolina
COOH
1/2
O2
prolinoxidasa
H2O
N
Acido ∆ - pirrolin
COOH 5 - carboxilico
H2O (espontanea)
y – semialdehido del
H – C – CH2CH2CH(NH2)COOH
acido glutamico
H2O.NAD
∆ - pirrolin
deshidrogenasa
NADH
HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH
Acido glutamico