%Dentro de cada capítulo a incluir uma seção de referências:

No arquivo main.tex: colocar um comando \include{ENDEREÇO DO CAPÍTULO}

No arquivo capítuloescolhido.tex incluir:

No início: \chapter{capítuloescolhido}

TEXTO....

\bibliographystyle{../abnt-alf} (para puxar o estilo de referências ABNT do próprio template do ITA

ou então escolher outro (vai dar overwrite):
https://www.sharelatex.com/learn/Bibtex_bibliography_styles

\bibliography{../Ref/ref} (mostrar para o latex onde ele tem que olhar as referências - o arquivo
.bib). Os dois pontos (../) servem para falar para o latex sair da pasta onde ele está.

_________________
Alterações necessárias no main.tex:

Adicionar nos packages: \usepackage{chapterbib}

Adicionar antes do \begin{document}:

%Comando necessário para rodar o chapterbib por capítulo.
\newcommand*{\refname}{Bibliography}

Comando para inserir PDF inteiro num capítulo

\includepdf[pages=-, pagecommand={}]{Cap3/20180414Manuscript.pdf}