6.10.

2 ÍNDICE DE DESCAIMENTO DE BREMER

O índice de descaimento de Bremer ou índice de suporte de Bremer ou
simplesmente Suporte de Bremer (ID= “Decay Index” ou BS= “Bremer support”)
(Bremer, 1994), assim como o bootstrap, também dá uma ideia do grau de suporte do
nó ou do clado. Ele indica o número extra de passos necessários para colapsar um
dado ramo da árvore, ou o número de mutações que é necessário para quebrar um
determinado arranjo.
O PAUP* não calcula o suporte de Bremer diretamente, embora seja possível
obter os valores de suporte de Bremer usando algumas artimanhas, mas não é muito
simples. O cálculo é muito mais simples usando outros programas que trabalham com
PAUP* e que estão disponíveis gratuitamente na rede mundial
Há vários métodos de computar o índice de Bremer, mas todos os métodos são
bastante sensíveis à eficiência da busca da árvore mais parcimoniosa. Se apenas uma
fração de todas as árvores possíveis foi retida durante o processo de busca, o consenso
não será bem resolvido e os valores dos índices de Bremer serão superestimados. Desta
forma é necessário configurar adequadamente o parâmetro número de árvores a ser
retida a um valor razoavelmente alto com “maxtrees” no PAUP*.
O índice de descaimento de Bremer pode ser obtido por meio de programas como
AUTODECAY e PRAP2.

6.10.2.1 Usando Autodecay & PAUP*

Ficha técnica do programa: Autodecay versão 5
Desenvolvido por: Eriksson & Wikström
E-mail: kaimueller@uni-bonn.de
Sítio: https://github.com/TorstenEriksson/AutoDecay
Sistema operacional: como o programa é escrito em Perl roda em UNIX, Linux, BSD, Mac OS X e Windows
(98/2000/XP).
Instalação: simples, mas requer que Perl esteja instalado em seu computador.

Para calcular o índice de descaimento, o programa precisa conhecer a topologia

da árvore mais parcimoniosa. Abra e execute no PAUP* o arquivo irbp.nex e produza
uma árvore por MP, como mostrado anteriormente (por exemplo: irbp.tre).
No diretório do Autodecay abra uma janela do terminal:
Use o programa AUTODECAY (AD) para calcular o arquivo de comandos para o
PAUP*
Perl AD.pl -s 5taxa.tre "hsearch addseq=random nreps=10000 rseed=1"

Este comando vai gerar o arquivo de comandos para o PAUP* à irbp.adc;

No PAUP* execute o arquivo “irbp.adc”. Após algum tempo de processamente o PAUP*
vai gerar um arquivo “irbp.log” de onde os suportes de Bremer para cada nó serão
extraídos por intermédio do comando a seguir:

perl AD.pl -e 5taxa.log 14

Os valores do suporte de Bremer serão salvos no arquivo “5taxa.dcy” que

apresentaram os seguintes valores:

D=0 Node=((Aotus,Saguinus,Alouatta))
D=2 Node=((Saguinus,Alouatta))

Além disso, os valores de suporte de Bremer são gravados na árvore formecida

inicialmente ao AD, que é a 5taxa.tre. Portanto, se for necessário repetir o teste, um
arquivo novo (5taxa.tre) terá que ser produzido. Por isso é conveniente, quando rodar o
AD, duplicar o arquivo com a árvore inicialmente produzida.
Para facilitar o uso do AUTODECAY dois “scripts”foram criados: i) o ”script
adc.sh1 para calcular o arquivo de comandos para o PAUP* ; ii) o ”script” dcy.sh2 para
extrair os valores do suporte de Bremer do arquivo saída do PAUP*.
Para testar os dois “scripts” usaremos o arquivo “primatas.nex” disponível no
sítio de Beast. Trata-se de um arquivo com 12 taxons e 898 caracteres. Então os
passos são os seguintes:
Executar o arquivo “Primates.nex” no PAUP* e estimar a árvore de máxima
parcimônia, gravá-la com o nome Primates.tre e anotar o escore da árvore mais
parcimoniosa (escore=1153).
Na janela do terminal, no diretório do autodecay, executar o “script” adc.sh.
Este é um “script” bem simples que contem apenas uma linha de comando na qual

1 adc.sh: perl AD.pl -s Primates.tre "hsearch addseq=random nreps=10000 rseed=1"

2 dcy.sh: perl AD.pl -e Primates.log 1153

deve estar o nome do arquivo com a árvore de MP (ver no rodapé). A execução deste
“script” no terminal gera o seguinte arquivo de comando para o paup: “Primates.adc”.
Use o comando “ls” para ver o conteúdo do diretório.

horacioschneider$ sh adc.sh
horacioschneider$ ls
AD.def HelpText Primates.nex README dcy.sh
AD.pl Primates.adc Primates.tre adc.sh old
horacioschneider$

No PAUP*, que ainda está aberto e com o arquivo “Primates.nex” na memória,

executar o arquivo gerado pela “adc.sh à “Primates.adc”.
Após alguns minutos o PAUP* finalizará o processamento do arquivo
“Primates.adc” e produzirá o arquivo “Primates.log” de onde os valores de Bremer
serão extraídos. No “script” dcy.sh estão o arquivo Primates.log e o escore da árvore de
MP (escore=1153).
Feito isso, basta digitar na linha de comando o nome do”script” dcy.sh como
mostrado abaixo e depois o comando “ls” para ver o conteúdo do diretório.

Horacioschneider$ sh dcy.sh
Horacioschneider$ ls
AD.def Primates.adc Primates.nex adc.sh
AD.pl Primates.dcy Primates.tre dcy.sh
HelpText Primates.log README old
Horacioschneider$

Pronto. Agora é só inspecionar o arquivo Primates.dcy e anotar os valores de

suporte de Bremer.

D=19 Node=((Homo_sapiens,Pan,Gorilla,Pongo,Hylobates,Macaca_fuscata,
M_mulatta,M_fascicularis,M_sylvanus,Saimiri_sciureus))
D=6
Node=((Homo_sapiens,Pan,Gorilla,Pongo,Hylobates,Macaca_fuscata,M_mulatta,M_fascicularis,M_sylvanus))
D=15 Node=((Homo_sapiens,Pan,Gorilla,Pongo,Hylobates))
D=6 Node=((Homo_sapiens,Pan,Gorilla,Pongo))
D=19 Node=((Homo_sapiens,Pan,Gorilla))
D=0 Node=((Homo_sapiens,Pan))
D=45 Node=((Macaca_fuscata,M_mulatta,M_fascicularis,M_sylvanus))
D=11 Node=((Macaca_fuscata,M_mulatta,M_fascicularis))
D=15 Node=((Macaca_fuscata,M_mulatta))

Os valores de suporte acima mostrados foram adicionados ao arquivo

“Primates.tre”, o qual pode então ser aberto pelo FIGTREE que vai apresentar os
valores de suporte de Bremer nos nós.
6.10.2.2 Usando PRAP2 & PAUP*

Ficha técnica do programa: PRAP versão 2.0b3 (Parsimony Ratchet Analyses)

Desenvolvido por: Kai Muller, Nees-Institut Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universit‰t Bonn, Germany
E-mail: kaimueller@uni-bonn.de
Sítio: http://bioinfweb.info/Software/PRAP2
Sítio: http://www.brothersoft.com/prap-download-488149-s1.html
Sistema operacional: como o programa é escrito em “JAVA” roda em UNIX, Linux, BSD, Mac OS X e Windows
(98/2000/XP).
Instalação: simples, mas requer que JAVA esteja instalado em seu computador.

PRAP2 permite o cálculo do índice de descaimento (BS=Bremer support)

(Bremer, 1994) usando a parcimônia normal ou “ratchet” (Nixon, 1999). Os valores de
suporte são escritos para arquivos de árvores no formato nexus (figtree) ou no formato
“TGF”, que podem ser interpretados por um programa denominado TREEGRAPH2
(Stöver & Müller, 2010) para produção de árvores filogenéticas com qualidade para
publicação.
O procedimento é o seguinte:
Abra o PAUP* e execute o arquivo de dados (p. ex.: dataset.nex). Faça uma
análise de máxima parcimônia pelo método heurístico ou por “branch and bound” e
grave a árvore produzida (ex.: dataset.tre no diretório do PRAP2). Grave de novo um
segunda arquivo com o nome datasetBremer.tre3 para uso posterior.
No diretório onde se encontra PRAP2 clique no arquivo em java “prap2.jar”. O
programa em “java” será aberto (Figura 6.23).
Na aba “File” (Figura 6.24), carregue os arquivos dataset.nex (load nexus data
matrix) e dataset.tre (load tree).
Na aba Decay settings especifique as condições de busca;
Clique na aba “Decay” e escolha a opção à “create batch file”à o arquivo
dataset.dcc será criado (Figura 6.25).
Retorne para o PAUP* e execute o arquivo de comandos dataset.dcc. Este
processo pode demorar um pouco em função do tamanho e natureza da matriz de
dados.
Quando o PAUP* concluir a execução, retorne ao PRAP, clique na aba DECAY e
escolha “get decay values”. O programa vai procurar pelo arquivo dataset.dcc.log. Ao
abrir o arquivo dataset.dcc.log o PRAP2 solicitará que o escore da árvore mais
parcimoniosa seja confirmado (digite 1425) e em seguida escolha um arquivo

3 Arquivo vazio para posterior gravação do suporte de Bremer.

preexistente4 para gravar a árvore com os valores do índice de Bremer, que neste caso
será aquele arquivo criado inicialmente datasetBremer.tre. Neste arquivo os valores
dos índices de Bremer nos nós poderão ser visualizados por intermédio do aplicativo
FIGTREE (Figura 6.26)

Figura 6.23 - Janela de abertura do PRAP2.

Figura 6.24 - Carregamento do arquivo de dados (“Primates.nex” e “Primates.tre”).

Figura 6.25 - Geração do arquivo “decay”.

 !
Figura 6.26 - Extração e armazenamento dos índices de Bremer (aba decay).