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MONITOREO DE LA PRODUCCIÓN DE
β-FRUCTOFURANOSIDASAS A PARTIR DE LA
LEVADURA Kluyveromyces marxianus SLP1
TESIS
QUE PARA OBTENER EL GRADO ACADÉMICO DE
MAESTRO EN CIENCIA Y
TECNONOLOGÍA
EN LA ESPECIALIDAD DE
BIOTECNOLOGÍA PRODUCTIVA
PRESENTA
1
TÍTULO
2
AGRADECIMIENTOS
En primer lugar, agradezco a mis padres, que han estado siempre ahí brindándome su apoyo y
consejo, a quienes debo y dedico todo cuanto soy. Mi madre, fuente infinita de cariño y
comprensión, y a quien debo mi parte más humana. Mi padre, la persona que más admiro, pues
con el ejemplo me ha demostrado que las metas propuestas se pueden lograr con inteligencia,
esfuerzo y dedicación, y siempre seguir mirando más allá. Ambos son mi respuesta a las
preguntas: ¿Quién es tu héroe? ¿Qué quieres ser de grande? Madre… Padre… GRACIAS.
A Kika y a Rodo, mis hermanos. Mis eternos cómplices y mis mejores amigos. Para quienes no
busco ser un ejemplo, sino quien camina a su lado para celebrar sus triunfos y apoyar en los
fracasos; y quizá de vez en vez, atreverme a ofrecerles un consejo. Ellos, mi motor para ser la
mejor versión de mí mismo. GRACIAS.
A Richie, infatigable oído de mis logros y frustraciones durante esta etapa, y quien siempre tuvo
para mí unas palabras de aliento.
Al Dr. Enrique Herrera, quien tuvo fe en mí. Cuya personalidad sencilla, afable y práctica, así
como su apoyo y consejo me permitieron llegar a buen puerto en esta etapa de mi desarrollo
profesional.
Al Dr. Alejandro Arana, quien tuvo la paciencia de transmitirme sus conocimientos y de quien
adopté la forma de trabajo y pensamiento analítico. No habría avanzado tanto en mi proyecto de
tesis sin su incondicional asesoría dentro y fuera de CIATEJ, y cuya amistad atesoraré por
siempre.
A la Dra. Anne Gschaedler, por sus oportunos consejos que me permitieron crecer en mi
formación académica.
Al Dr. Jorge Pliego, cuyo apoyo en el diseño del sistema de control automático de nivel para el
biorreactor y su atenta disponibilidad para enseñarme a usar el SIA fueron decisivos en el logro
de los objetivos de este proyecto.
3
A los miembros del jurado, el Dr. Melchor Arellano Plaza y el Dr. Javier Placido Gaviño; por
sus acertados consejos para la corrección de este trabajo de investigación.
A todos mis compañeros y amigos de CIATEJ, con quieres compartí alegrías, frustraciones y
una que otra bebida espirituosa, y que sin duda hicieron más amena mi estadía en el laboratorio
y cuyas amistades deseo seguir cultivando. Agradecimiento especial para mis amigos Hazael y
Luis Jorge, que siempre estuvieron a bien resolver mis dudas y ayudarme con los problemas de
software y electrónica que se me presentaron en este proyecto.
4
RESUMEN
Este proyecto de tesis tuvo como objetivo principal encontrar las condiciones apropiadas para
obtener la máxima producción de β-fructofuranosidasas a partir de la levadura Kluyveromyces
marxianus SLP1; así como el desarrollo de estrategias para el monitoreo de la actividad β-
fructofuranosidasa en la misma levadura.
Primeramente, se realizó un estudio para determinar los parámetros cinéticos del crecimiento de
la levadura Kluyveromyces marxianus SLP1, así como estudiar la producción de las β-
fructofuranosidasas en dependencia de la complejidad de las cadenas de monosacáridos de la
fuente de carbono, desde glucosa y fructosa hasta sacarosa, inulina y fructanos de agave (FA).
La mayor actividad enzimática se logró con inulina y FA.
Se llevó a cabo un análisis por superficie de respuesta sobre dos cultivos en estado continuo con
el objetivo de determinar las mejores condiciones del proceso de fermentación que favorezcan
la producción de las β-fructofuranosidasas. Los factores del primer cultivo en continuo fueron
temperatura (26, 30 y 34 °C), velocidad especifica de crecimiento (0.05, 0.225 y 0.4 h -1) y
concentración de glucosa de alimentación (20, 40 y 60 g/L). Para el segundo continuo se
consideró la temperatura (30, 34 y 38 °C) y la velocidad específica de crecimiento (0.05 y 0.09
h-1). Las mejores condiciones fueron 34 °C, 0.05 h-1 y 20 g/L, donde se consiguió un valor de
actividad enzimática de hasta 800 U/ml, que es la máxima producción reportada en la literatura
con glucosa como fuente de carbono.
Un par de cultivos en lote alimentado fueron diseñados para producir β-fructofuranosidasas bajo
condiciones limitadas de glucosa. Se observó que la actividad fue mayor a una velocidad
específica de crecimiento de 0.05 h-1, y se redujo por la falta de oxigenación a µ < 0.05 h-1.
5
ABSTRACT
The main objective of this project was to find appropriate conditions to obtain the maximum β-
fructofuranosidases production using the yeast strain Kluyveromyces marxianus SLP1; as well
as the development of strategies for monitoring β-fructofuranosidase activity during the culture.
First, it was carried out a study to evaluate the behavior and growth kinetics of Kluyveromyces
marxianus SLP1, as well as the production of the β-fructofuranosidases changing the carbon
source with increasing molecular complexity like glucose, fructose, sucrose, inulin and agave
fructan (AF). The highest enzymatic activity was achieved using inulin and AF.
A response surface analysis was carried out for two chemostats in order to determine the best
conditions process to maximize the β-fructofuranosidases production. The factors of the first
chemostat were temperature (26, 30 and 34 °C), specific growth rate (0.05, 0.225 and 0.4 h-1)
and glucose concentration in media feed (20, 40 and 60 g/l). The temperature (30, 34 and 38 °C)
and the specific growth rate (0.05 and 0.09 h-1) were considered for the second chemostat. The
best conditions obtained were 34 °C, 0.05 h-1 of specific growth rate and 20 g/l of sugar
concentration feed, achieving an enzymatic activity value up to 800 U/ml, which is the highest
value reported in the literature with glucose as a carbon source.
Fed batch cultures were carried out to produce β-fructofuranosidases under limited glucose
conditions. The highest enzymatic production was observed at a specific growth rate of 0.05 h-
1
, and decreased when it was limited by oxygen and μ < 0.05 h-1.
6
MARCO
Este trabajo se llevó a cabo bajo el proyecto SPECTRE (spectroscopies for the evaluation and
control in real time of biological cells physiological state), que fue un desarrollo de colaboración
entre Francia y México con el objetivo de desarrollar un sistema en línea capaz de monitorear
el estado fisiológico de los microorganismos durante fermentaciones o cultivos celulares. El
responsable del proyecto SPECTRE en México fue la Dra. Anne Christine Gschaedler Mathis,
actual directora de CIATEJ Unidad Zapopan.
7
ÍNDICE DE CONTENIDO
1. INTRODUCCIÓN ............................................................................................................ 16
2. ANTECEDENTES ........................................................................................................... 18
4. JUSTIFICACIÓN ............................................................................................................ 40
5. HIPÓTESIS ...................................................................................................................... 41
8
6. OBJETIVOS ..................................................................................................................... 42
7. METODOLOGÍA ............................................................................................................ 43
8. RESULTADOS Y DISCUSIÓN...................................................................................... 60
9
8.1.5. Cultivo en lote con fructanos de agave como fuente de carbono ......................... 70
10
ÍNDICE DE TABLAS
Tabla 7.5. Condiciones de los experimentos aplicados en el segundo cultivo en continuo. ..... 55
Tabla 8.1. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática
para el cultivo en lote utilizando glucosa como fuente de carbono .......................... 62
Tabla 8.2. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática
para el cultivo en lote utilizando fructosa como fuente de carbono.......................... 64
Tabla 8.3. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática
para el cultivo en lote utilizando sacarosa como fuente de carbono ......................... 66
Tabla 8.4. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática
para el cultivo en lote utilizando inulina como fuente de carbono ........................... 68
Tabla 8.5. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática
para el cultivo en lote utilizando FA como fuente de carbono ................................. 71
Tabla 8.11. Resultados de biomasa y actividad enzimática del primer cultivo en estado continuo.
................................................................................................................................... 74
11
Tabla 8.18. Comparativa técnica en microplaca vs sistema SIA............................................. 103
Tabla 8.19. Protocolo para succión de sobrenadante desde biorreactor .................................. 106
Tabla 8.20. Comparativa técnica en microplaca vs sistema SIA en línea. .............................. 107
12
ÍNDICE DE FIGURAS
Figura 7.2. Descripción del sistema de análisis de inyección secuencial (SIA). ....................... 59
Figura 8.1. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con glucosa.......... 61
Figura 8.2. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con glucosa. ....... 62
Figura 8.3. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con fructosa. ........ 63
Figura 8.4. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con fructosa. ...... 64
Figura 8.5. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con sacarosa. ....... 65
Figura 8.6. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con sacarosa. ..... 66
Figura 8.7. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con inulina. .......... 68
Figura 8.8. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con inulina. ........ 69
13
Figura 8.9. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con FA. ................ 70
Figura 8.10. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con FA. ............ 71
Figura 8.14. Superficie de respuesta para la actividad enzimática en función de los factores
probados. .............................................................................................................. 78
Figura 8.15. Efecto de la temperatura sobre la actividad enzimática a µ = 0.05 h-1. ................ 81
Figura 8.16. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote 1 a 34 °C. .......... 82
Figura 8.17. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote 1 a 34 °C. ......... 83
Figura 8.18. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote 2 a 34 °C. .......... 84
Figura 8.19. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote 2 a 34 °C. ......... 84
Figura 8.21. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote alimentado 1. ..... 86
Figura 8.22. Biomasa total vs tiempo para el cultivo en lote alimentado 1. ............................. 87
Figura 8.23. Biomasa vs actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote alimentado 1.88
Figura 8.24. Actividad enzimática y velocidad específica de crecimiento para el cultivo en lote
alimentado 1. ........................................................................................................ 89
Figura 8.25. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote alimentado 2. ..... 90
Figura 8.26. Biomasa total vs tiempo para el cultivo en lote alimentado 2. ............................. 91
Figura 8.27. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote alimentado 2. ... 92
Figura 8.28. Actividad enzimática y velocidad específica de crecimiento para el cultivo en lote
alimentado 2. ........................................................................................................ 94
Figura 8.29. Respuestas generadas por el SIA para la curva de calibración. ............................ 97
Figura 8.31. Respuesta SIA para la actividad β-fructofuranosidasa de una muestra. ............. 101
14
Figura 8.32. Respuesta SIA con y sin generación de burbujas espontaneas para la misma
muestra. .............................................................................................................. 102
Figura 8.33. Repetibilidad en actividad enzimática para la muestra B2. ................................ 102
Figura 8.34. Gráfica de medias entre las técnicas de microplaca y SIA. Muestras A. ............ 104
Figura 8.35. Gráfica de medias entre las técnicas de microplaca y SIA. Muestras B. ............ 104
15
1. INTRODUCCIÓN
El monitoreo y control de parámetros en un proceso es de gran importancia a nivel laboratorio
e industrial para garantizar un alto rendimiento y una adecuada productividad. Un método de
monitoreo apropiado podría permitir obtener información de un cultivo, pudiéndose aplicar
estrategias para desarrollar, optimizar y controlar el proceso, garantizando la máxima eficiencia
y la calidad posible de un producto de interés [1].
Los procesos biotecnológicos han sido utilizados desde los inicios de la civilización para la
elaboración de alimentos y bebidas, aún con el desconocimiento de los individuos de esa época.
Actualmente, la biotecnología se emplea para producir una gran variedad de productos, tales
como metabolitos primarios y secundarios, células, tejidos, vacunas y proteínas terapéuticas;
empleando deferentes sistemas de células huésped. Por ejemplo, células bacterianas, células
vegetales y células eucariotas, como las levaduras; con requisitos específicos para el diseño de
biorreactores, composición de medios y control de procesos [2].
Los nuevos retos en la biotecnología demandan que el investigador cuente con los
conocimientos necesarios que le permitan favorecer la producción de metabolitos manipulando
las condiciones operacionales y nutricionales del cultivo. Este conocimiento se puede obtener
en especial a través del monitoreo de variables claves en el bioproceso. De modo que la
información obtenida con el registro de las variables pueda ser utilizada para convertirlas en
estrategias de optimización; por ejemplo, mediante el cribado de alto rendimiento y el diseño de
experimentos.
16
En México, también existe un marcado interés en la obtención de fructanos a través de plantas
endémicas. En especial los fructanos proveniente del agave, pues de las 310 especies de agave
reportadas, 272 se pueden encontrar en México, que es considerado como el centro de origen y
de biodiversidad de este género. Los fructanos de agave son muy importantes para la
agroindustria mexicana, específicamente en la producción de tequila, que hoy en día es una de
las bebidas alcohólicas más importantes del mundo [4]. La familia de enzimas que hidrolizan
los fructanos de agave, denominadas β-fructofuranosidasas (EC 3.2.1.26), son capaces de
hidrolizar moléculas complejas como la inulina en fructosa prácticamente pura, la cual es
ampliamente usada en la industria de alimentos como edulcorante dietético con un poder de
dulzor de 1.5 a 2 veces la sacarosa [5]. De ahí el interés por su estudio para producirla, purificarla
y caracterizarla a partir de cultivos microbianos en medios sintéticos, siendo Kluyveromyces
marxianus una excelente productora de β-fructofuranosidasas y una de las levaduras más
estudiadas [6].
17
2. ANTECEDENTES
2.1. Levaduras
Las levaduras han beneficiado a la humanidad por milenios. Tienen una gran importancia
industrial en áreas científicas, alimentarias, médicas, agrícolas, medio ambiente, entre otras. Han
sido usadas ampliamente en la biotecnología tradicional y moderna para la producción de
alimentos, bebidas, enzimas, productos químicos finos y reactivos farmacéuticos. Las levaduras
se encuentran a la vanguardia de la investigación en genética moderna, biología molecular y
biología celular [7].
Las levaduras son los mayores generadores de productos biotecnológicos a nivel mundial,
excediendo en producción, capacidad e ingresos económicos a cualquier otro microorganismo
industrial. Un claro ejemplo lo encontramos en la levadura Saccharomyces cerevisiae y especies
afines, que son las principales levaduras empleadas en fermentaciones alimenticias (pan,
cerveza, vino) y otros procesos industriales (producción de metabolitos); además, es el modelo
más importante para organismos eucariontes que se utiliza en investigación científica [8].
Últimamente, la levadura Kluyveromyces marxianus ha cobrado importancia debido a su
potencial impacto en la industria biotecnológica [9].
Una levadura se puede considerar como "hongos, basidiomicetos o ascomicetos, cuya fase
vegetativa es unicelular, que se multiplican por gemación o fisión, que pueden o no formar
esporas durante una etapa sexual y que no han sido nombrados como algún tipo específico de
hongo" [10].
Las células de levadura varían en tamaño entre 1-8 µm, resultando una de las más grandes
Saccharomyces cerevisiae, especialmente cuando se presenta una morfología hexaploide. Bajo
18
el microscopio óptico, la mayoría de estas células presentan algunas de las siguientes formas:
redondeadas, elipsoidales y alargadas con formas cilíndricas. Trigonopsis variabilis es una
excepción, puesto que sus células tienen estructura triangular, brotando en las esquinas, que se
presenta bajo ciertas condiciones nutricionales [11].
La figura 2.1 muestra la filogenia de K. marxianus dentro del género Kluyveromyces y el orden
Saccharomycetales. Se incluyen las seis especies de Kluyveromyces y otras especies de interés
industrial [9]. Desde 1994 K. marxianus ha sido clasificada como "generalmente considerada
como segura" (GRAS) por la Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) en EE. UU.,
y desde 2005 ha sido catalogada como un microorganismo con "presunción de seguridad
calificada" (QPS) por la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) [14]. De tal
manera que existen pocas restricciones en su uso en bioprocesos, incrementando en gran medida
su potencial para la producción de metabolitos de interés industrial [15].
19
Figura 2.1. Filogenia de la levadura Kluyveromyces marxianus.
a) b)
Figura 2.2 Levadura Kluyveromyces marxianus SLP1, a) en cultivo en medio líquido y b) en cultivo en
medio sólido YPD.
Las cepas pertenecientes a la especie de levadura Kluyveromyces marxianus han sido aisladas
de una gran variedad de hábitats, por lo que exhiben una alta diversidad metabólica y un grado
sustancial de polimorfismo intraespecífico [15]. Al considerar el metabolismo, es importante
20
destacar que K. marxianus tiene una de las tasas más rápidas de crecimiento de cualquier otro
microorganismo eucariota [7].
Aunque los componentes centrales de la glucólisis y el ciclo de los ácidos tricarboxílicos están
conservadas entre especies de levaduras, la regulación los mismos difiere considerablemente
[16]. K. marxianus es una levadura aeróbica y su capacidad para generar energía mediante la
respiración mixta y la fermentación se describe como metabolismo respiro-fermentativo, siendo
más eficiente en S. cerevisiae [17]. Varios procesos regulatorios contribuyen a la eficiente
capacidad de fermentación de S. cerevisiae, especialmente el efecto “Crabtree", que parece ser
en gran parte debido a la represión de catabolitos de carbono (glucosa) de genes que codifican
enzimas respiratorias, y el débil efecto “Pasteur", que corresponde a la inhibición del
metabolismo fermentativo por oxígeno [18]. K. marxianus tradicionalmente se clasifica como
una levadura "Crabtree negativa", implicando una incapacidad para fermentar efectivamente los
azúcares al etanol. Sin embargo, diversos reportes publicados sobre K. marxianus en la
producción de etanol sugieren una clasificación imprecisa. Estudios recientes han procurado
avanzar en la comprensión del metabolismo respiro-fermentativo de levaduras hemiascomicetas
[19]–[22].
Una de las características más notables de esta especie es su capacidad de consumir lactosa como
fuente de carbono, que es un rasgo ausente en S. cerevisiae. La utilización de lactosa ha sido
ampliamente estudiada en K. lactis y se asume que los aspectos fundamentales se conservan en
K. marxianus [23], [24]. La capacidad para utilizar lactosa es conferida por dos genes, LAC12,
que codifica una permeasa de lactosa que es requerida para la absorción de lactosa en la célula,
y LAC4, que codifica a una ß-galactosidasa que hidroliza la lactosa a monómeros de glucosa y
galactosa. Al igual que en S. cerevisiae, la galactosa se metaboliza a glucosa-6-P a través de la
vía de Leloir [25].
21
laboratorios [26]; es decir, dependerá de la cepa con la que se trabaje. En la tabla 2.1 se muestran
algunos de los parámetros cinéticos reportados para algunas cepas de Kluyveromyces.
El número de especies de levaduras descritas aumenta cada año, actualmente se reportan más de
700 especies diferentes pertenecientes a 100 géneros. A pesar de este inmenso espectro, las
aplicaciones industriales o biotecnológicas todavía se limitan a un número pequeño de especies,
pertenecientes principalmente a los géneros Saccharomyces, Kluyveromyces, Hansenula, Pichia
y Yarrowia [34]. De estos géneros, destaca Saccharomyces cerevisiae, debido entre otras cosas,
a su alta capacidad de convertir azúcares en etanol, tanto en condiciones anaeróbicas como
aeróbicas [26]. No obstante, hay otras levaduras no-Saccharomyces en cuanto a la producción
de metabolitos de interés biotecnológico y que pudieran ser una alternativa a S. cerevisiae.
22
Dentro de las levaduras no-Saccharomyces destaca K. marxianus. Esta levadura presenta una
amplia diversidad metabólica en la que se han reportado una extensa cantidad de investigaciones
donde se han explorado aplicaciones como: producción de enzimas (β-galactosidasa [35]–[38],
poligalacturonasas [39], inulinasa [40]–[43], entre otras), proteína unicelular [44], [45],
producción de componentes aromáticos [46], [47] y etanol (al presentar termotolerancia, puede
realizar procesos de sacarificación y fermentación simultánea) [15]; reducción del contenido de
lactosa en productos alimenticios; producción de bioingredientes a partir de suero de leche;
biorremedición [48], [49]; como un agente anticolesterolémico [50]; y como hospedero para la
producción de proteínas recombinantes [51]. Se han estudiado algunos cultivos de cepas de K.
marxianus donde se han identificado beneficios adicionales al perfil organoléptico del agave
fermentado, como una mayor variedad de compuestos volátiles, probablemente debido a la
producción de ésteres de acetato afrutados [52]–[54].
2.3. β-fructofuranosidasas
Dentro del grupo de las β-fructofuranosidasas, podemos encontrar a las que hidrolizan fructanos
desde su extremo reductor β-2-1 o β-2-6; algunos ejemplos de este tipo son, las exo-β-
fructosidasas (exoinulinasas y exolevanasas) y β-2-6-fructano-6-levanobiohidrolasas. Estas
enzimas también incluyen a las endoinulinasas, las cuales hidrolizan específicamente los enlaces
internos β-2-1 de la inulina. Finalmente las endolevansas que hidrolizan específicamente los
enlaces β-2-6 en el levano [25]. Se ha reportado de manera indistinta las β-fructofuranosidasas
y las inulinasas, siendo que las segundas son un tipo específico de las primeras.
Los fructanos son oligómeros o polímeros con residuos β-fructofuranosil, comúnmente solubles
en agua y sintetizados a partir de la acumulación de sacarosa en la vacuola [57]. Los fructanos
de origen distintos pueden diferir en el grado de polimerización (DP), la presencia de ramas, el
tipo de enlace entre unidades de fructosa adyacentes, y la posición del residuo de glucosa (figura
2.3). Los fructanos tienen varias aplicaciones potenciales en la industria de productos
alimenticios y no alimenticios, tales como prebióticos [58].
23
Figura 2.3. Estructura general de los fructanos.
En los últimos años las cepas de Kluyveromyces marxianus han ganado un notable interés a nivel
laboratorio e industrial, por lo que están siendo más estudiadas. Un metabolito con gran
potencial son las fructanasas, que pueden ser obtenidas a partir de esta levadura.
En un estudio realizado por Arrizon y col. [60], se observó que las cepas K. marxianus aisladas
de la microbiota del mezcal en Oaxaca presentaron actividad β-fructofuranosidasa con sacarosa,
fructanos de agave e inulina como inductores. Se observó que para el caso de la inulina la
inducción fue mayor con respecto a los otros sustratos. La tabla 2.2 muestra un listado de los
principales trabajos que reportan actividad fructanasa para algunas cepas de K. marxianus, así
24
como el sistema de cultivo que se empleó en cada estudio. A continuación, se describirán los
principales sistemas de cultivo que se utilizan para la producción de metabolitos.
25
Para un componente cualquiera del cultivo, incluida la biomasa, se puede plantear el siguiente
balance de materia en el biorreactor:
𝑑(𝑉𝐶𝑖 ) (Ec. 1)
= 𝐹𝑒 𝐶𝑒𝑖 − 𝐹𝑠 𝐶𝑠𝑖 + 𝑉𝑟𝑓𝑖 − 𝑉𝑟𝑐𝑖
𝑑𝑡
𝑑𝑉
= 𝐹𝑒 − 𝐹𝑠 (Ec. 2)
𝑑𝑡
Durante el crecimiento microbiano se pueden observar hasta siete fases: (A) latencia, donde el
crecimiento es nulo; (B) aceleración, la velocidad de crecimiento se incrementa; (C)
exponencial, la velocidad de crecimiento es constante; (D) retardación, la velocidad de
crecimiento decrece; (E) estacionaria, la velocidad de crecimiento y de muerte se igualan; y (F)
muerte, la velocidad de crecimiento es nula [75] (Figura 2.4). Es posible que exista acumulación
de inhibidores durante la fermentación.
26
Figura 2.4. Fases de crecimiento microbiano.
𝑑𝑋
= 𝜇𝑋 (Ec. 3)
𝑑𝑡
𝑑𝑆 𝜇𝑋
= (Ec. 4)
𝑑𝑡 𝑌𝑋/𝑆
𝑑𝑃 (Ec. 5)
= 𝑟𝑃
𝑑𝑡
Entre las desventajas que presentan los cultivos en lote para la producción de metabolitos de
interés incluida la biomasa, se encuentran: alta dependencia de las condiciones iniciales, posible
inhibición del crecimiento debido a la acumulación de toxinas, y tiempos muertos entre corridas,
entre otros.
27
2.5.2. Sistemas de cultivo en lote alimentado (fed-batch)
En este sistema, un cultivo en lote se alimenta continuamente con medio nutritivo fresco o con
alguno de sus componentes. No se presenta flujo de salida, por lo que el volumen de cultivo se
incrementa en el tiempo. Si el nutriente que se alimenta en un cultivo es el limitante del
crecimiento, entonces el lote alimentado es el sistema adecuado para controlar la velocidad de
crecimiento () del microorganismo. El cultivo en lote alimentado es particularmente útil en
procesos en los que el crecimiento celular y/o la formación de productos son sensibles a la
concentración del sustrato limitante; es decir, cuando el rendimiento celular o la productividad
de la biomasa o del metabolito buscado se ven afectados. Así, este método se emplea cuando se
quieren evitar fenómenos de inhibición por sustrato y se requiere alcanzar una alta concentración
de biomasa [76].
La ecuación diferencial que describe el cambio de biomasa con respecto al tiempo está dada por:
𝑑(𝑋𝑉) (Ec. 6)
= 𝜇𝑋𝑉
𝑑𝑡
𝑋𝑉 = 𝑋𝑜 𝑉𝑜 + 𝑌𝑋/𝑆 𝑆𝑅 (Ec. 7)
𝐹𝑆𝑅 𝑌𝑋/𝑆
𝜇= (Ec. 9)
𝑋𝑜 𝑉𝑜 + 𝐹𝑆𝑅 𝑌𝑋/𝑆 𝑡
𝑑(𝑆𝑉) 𝜇𝑋𝑉
= 𝐹𝑆𝑅 − (Ec. 10)
𝑑𝑡 𝑌𝑋/𝑆
𝜇𝑋𝑉
𝐹𝑆𝑅 = 𝑌 (Ec. 11)
𝑋/𝑆
28
De donde se deduce que la velocidad de crecimiento está limitada por la velocidad de
alimentación. En la figura 2.5 se observa que un lote alimentado inicia al finalizar un cultivo en
lote [76].
S0'
X.V = X0.V0 + F.SR.YX/S.t
X0.V0 µ < µmax
X.V
µ = µmax
X0'.V0' S0 = 0
Este tipo de cultivo requiere del conocimiento previo de parámetros cinéticos del
microorganismo, tal como la velocidad especifica de crecimiento máxima. Algunas de las
limitaciones del sistema en lote alimentado es que el cultivo se ve restringido al volumen total
de trabajo del biorreactor; además, requiere de mayor equipamiento que el cultivo en lote, tal
como el sistema de alimentación.
Los microorganismos requieren energía para mantener ciertas funciones específicas, tales como
recambio de material celular, trabajo osmótico, movilidad, entre otros. Es decir, que aun cuando
el crecimiento celular sea nulo (µ = 0) puede observarse cierto consumo de fuente de carbono y
energía. El coeficiente de mantenimiento celular (ms) indica la cantidad de sustrato por unidad
de biomasa por unidad de tiempo (gsustrato/gbiomasa-h) que se requiere para tales funciones. El valor
de ms puede variar en un amplio intervalo (0.01 – 0.1 g/g.h); depende de la temperatura, la
presión osmótica y la fuerza iónica [77].
29
ms = 0
ms > 0
X.V
X0.V0
t0 t
La figura 2.6 muestra la biomasa total dada, el coeficiente de mantenimiento celular posee un
valor diferente de cero. La ecuación para el cálculo del coeficiente de mantenimiento celular
cuando la biomasa se mantiene constante es [76]:
En un cultivo en estado continuo, una o más corrientes de alimentación que contienen los
nutrientes necesarios se alimentan continuamente al biorreactor, mientras que la corriente de
efluente que contiene los productos de células y metabolitos producidos se retiran del cultivo de
manera continua. El estado estacionario se logra al mantener un caudal volumétrico igual tanto
para las corrientes de alimentación y recuperación. De este modo el volumen del cultivo, las
concentraciones de nutrientes y metabolitos permanecen en valores estables y, por lo tanto,
constantes. Con excepción de la producción de proteína unicelular, la producción de cerveza y
los procesos de tratamiento de residuos municipales, los cultivos en continuo no han sido
ampliamente adoptados por la industria biotecnológica, principalmente debido a la dificultad de
mantener la esterilidad y la protección contra los ataques de fagos o mutaciones; además, a
menudo las operaciones en estado estacionario dan resultados desfavorables comparados con
otras operaciones dinámicas como el lote y lote alimentado [76]. Sin embargo, la gran ventaja
30
del cultivo continuo es mantener la producción de un metabolito en un estado estacionario por
un prolongado periodo de tiempo.
Por definición, los sistemas de cultivo en estado estacionario no tienen variaciones con respecto
al tiempo, su representación matemática es:
𝐹 (Ec. 13)
𝜇=𝐷=
𝑉
𝐾𝑠 𝐷
𝑆= (Ec. 14)
𝜇𝑚𝑎𝑥 − 𝐷
𝐷𝑌𝑋/𝑆 (𝑆𝑜 − 𝑆)
𝑋= (Ec. 15)
𝐷 + 𝑚𝑠 𝑌𝑋/𝑆
Figura 2.7. Concentración de biomasa y sustrato limitante en estado estacionario a distintos valores de
D [74]. Parámetros: µmax = 1 h-1, YX/S = 0.5, Ks = 0.05 g/l, So = 5 g/l.
31
La Figura 2.7 muestra como varían la concentración de sustrato en estado estacionario en
función de la velocidad de dilución. Se puede observar que el efecto del mantenimiento celular
se hace notable a bajas velocidades de dilución. Además, puede apreciarse que existe un valor
de D por encima del cual la biomasa es cero; a esto se le conoce como lavado del cultivo y se
da cuando D > µmax, debido a que la velocidad de salida de las células del biorreactor será mayor
que la de crecimiento [74].
a) b) c)
La figura 2.8 muestra un esquema de los sistemas de cultivo en lote, lote alimentado y en estado
continuo.
32
Existen una serie de criterios que un dispositivo de medición debe satisfacer para que sean
confiables como sistemas de sensado en bioprocesos, entre los que podemos mencionar
frecuencia de medición y costo, facilidad de validación e implementación, facilidad de uso y
mantenimiento, limpieza y esterilidad, fiabilidad, precisión y reproducibilidad, linealidad,
sensibilidad y especificidad, y tiempo de respuesta [2].
Durante los últimos años han surgido nuevos sistemas de monitoreo que podrían ser
considerados no convencionales, entre los que se encuentran: espectroscopia dieléctrica, sistema
de análisis y conteo de células, y el sistema de análisis por inyección secuencial, entre otros.
33
El equipo de espectroscopia dieléctrica consta de una sonda en línea que incorpora una serie de
electrodos con cuatro terminales. Dos terminales externas generan un campo eléctrico de
radiofrecuencia y otras dos terminales internas lo miden. El campo eléctrico promueve que los
iones suspendidos en el medio y el citoplasma de la levadura se muevan hacia uno de los
electrodos. Puesto que la membrana plasmática no es conductora, los iones no pueden moverse
libremente a través de ella, esto ocasiona una acumulación de carga que polariza las células [78].
Una célula no viable tiene la membrana dañada, y ya no puede considerarse un sistema cerrado;
por lo que los iones en su interior se encuentran esparcidos por el medio. Por lo tanto una célula
muerta al no poder polarizarse, no es detectada por el equipo (figura 2.9).
Células muertas
no polarizadas
El sistema de análisis y conteo de células CASY® (figura 2.10) utiliza las técnicas de exclusión
de corriente eléctrica y análisis de área de pulso, las células pueden ser analizadas y contadas de
34
manera eficiente y precisa. Esta tecnología puede aplicarse para el recuento de células, análisis
de cultivos celulares [83].
Cuando una célula se expone a un campo de baja tensión, la corriente eléctrica no puede
atravesar la membrana intacta, que es un aislante eléctrico, como resultado de la interrupción
eléctrica se genera un “conteo”; por lo que se puede extrapolar la concentración celular al medir
el número de conteos en un volumen determinado. Como el tamaño de la célula está relacionado
con su volumen, se puede producir un perfil del tamaño de la célula en la población en términos
de la resistencia eléctrica. Dado que las células se escanean a una alta frecuencia, se puede
producir un resultado preciso y una alta resolución. Las células vivas tienden a poseer mayor
volumen; por lo que, al pasar a través del flujo de corriente, puede generarse una caída del pulso
mayor, y luego amplificarse.
Los analizadores bioquímicos han permitido desarrollar sistemas de muestro y análisis en línea
de metabolitos de interés en un biorreactor. Un ejemplo de esto ha sido el desarrollo (desde
principios de los años ochenta) de sistemas de análisis de inyección de flujo (FIA) y sistema de
análisis por inyección secuencial (SIA). Estas técnicas de manipulación de líquidos han
35
demostrado ser flexibles para la determinación de metabolitos de interés biotecnológico en un
biorreactor [2].
36
Como parte de su formación, el Dr. Pliego diseñó, construyó y validó un prototipo basado en un
sistema de inyección secuencial para la determinación de actividad lipasa/esterasa (figura 2.12)
[85], [86]. El equipo resultó ser confiable, portátil y reconfigurable para la inserción de nuevas
metodologías para determinar otras enzimas de interés. Además, diseñó un algoritmo contenido
en una interfaz gráfica, con el cual se permitió controlar de forma eficaz el sistema de inyección
secuencial.
Figura 2.12. Sistema SIA desarrollado por el Dr. Pliego y usado en el presente proyecto de tesis.
37
Cuando se desea realizar una optimización en un proceso biotecnológico, la MSR es una
poderosa herramienta que evita los sesgos experimentales y reduce el número de experimentos
requeridos [88]. En la optimización, la MSR es preferible a los métodos que perturban una
variable a la vez, ya que con estos pudieran desperdiciarse recursos al realizar un número
elevado de pruebas.
La MSR se define como la estrategia experimental y de análisis que permite encontrar las
condiciones de operación óptimas de un proceso, es decir, aquellas que dan como resultado
valores óptimos o cercanos al óptimo de una o varias características deseadas [89]. Esto se logra
mediante diseños de experimentos secuenciados que exploran el comportamiento de una
variable de respuesta en función de 2 o más factores (figura 2.13).
La MSR puede ser aplicada en diferentes aspectos de los bioprocesos. Por ejemplo, en la
optimización de medio de cultivo, en las condiciones operacionales del proceso; así como de las
condiciones nutricionales del cultivo, entre otros [87].
38
3. PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA
Kluyveromyces marxianus es una levadura no-Saccharomyces que en los últimos años ha
demostrado un importante potencial para su uso industrial, ya que es una excelente productora
de metabolitos de gran interés como lo son las β-fructofuranosidasas.
Para producir enzimas como las fructanasas a nivel comercial, es necesario obtener una
concentración celular y una actividad enzimática máxima de modo que sea rentable. Sin
embargo, la forma de medir la actividad enzimática y el crecimiento de la levadura consiste en
utilizar técnicas convencionales que se realizan fuera de línea como el monitoreo por DNS en
microplaca, densidad óptica, conteo celular, etc.; y debido a que el intervalo entre la toma de
muestra y la medición no es en tiempo real, es posible que los resultados obtenidos de la
medición ya no sean representativos de lo que sucedía en el biorreactor al momento del
muestreo. En este sentido es deseable desarrollar estrategias de monitoreo en línea que faciliten
la obtención de información del cultivo en tiempo real, permitiendo tomar decisiones de manera
inmediata de modo que se ajusten las condiciones operacionales y nutricionales en un cultivo
que favorezcan la máxima producción de las enzimas de interés.
39
4. JUSTIFICACIÓN
En las últimas décadas, la biotecnología se ha posicionado como una de las industrias de
avanzada y su repercusión en todos los ámbitos socio-económicos es cada vez más significativo.
Actualmente la biotecnología requiere de procesos que sean eficientes, productivos y óptimos,
para lograr esto se requieren de sistemas de control eficaces que mantenga la calidad del
producto, incrementando el margen de ganancia y disminuyendo la contaminación ambiental.
El proyecto SPECTRE tiene como objetivo desarrollar estrategias para monitorear el estado
fisiológico de los microorganismos durante fermentaciones o cultivos celulares, por lo que el
presente trabajo se alinea con este proyecto y proponemos desarrollar estrategias de monitoreo
a partir de un sistema de análisis de inyección secuencial y espectroscopia dieléctrica en línea
para favorecer la producción de β-fructofuranosidasas utilizando la levadura Kluyveromyces
marxianus SLP1 y contribuir de manera íntegra al alcance del objetivo principal.
40
5. HIPÓTESIS
La evaluación de la actividad β-fructofuranosidasa en distintos sistemas de cultivo permitirá
determinar estrategias de monitoreo para favorecer la producción enzimática a partir de la
levadura Kluyveromyces marxianus SLP1 con base en un sistema de análisis de inyección
secuencial y espectroscopia dieléctrica.
41
6. OBJETIVOS
6.1. Objetivo principal
42
7. METODOLOGÍA
A continuación, se presenta la metodología seguida durante el desarrollo del presente proyecto
de tesis.
7.1. Microorganismo
Para este trabajo se empleó la levadura nativa Kluyveromyces marxianus denominada SLP1,
perteneciente a la colección de microrganismos de la Unidad de Biotecnología Industrial del
Centro de Investigación y Asistencia en Tecnología y Diseño del Estado de Jalisco (CIATEJ).
La cepa fue aislada de un proceso de fermentación de mezcal en el estado de San Luis Potosí,
México.
El medio YPD se empleó para la activación y propagación de la cepa en fase líquida, y para el
almacenamiento de las células activas en fase sólida*1. La composición del medio se describe
en la tabla 7.1. El pH fue ajustado a 5.5 previo a su esterilización a 121 °C durante 15 minutos.
Se utilizó glucosa marca Sigma®, extracto de levadura marca Fluka® analytical, bactopectona y
agar marca BD®. Los experimentos realizados para el cumplimiento de los objetivos de este
trabajo se realizaron con un medio químicamente definido (medio mineral). La composición del
medio se detalla en la tabla 7.2. Para el estudio del impacto de la fuerte de carbono en la
producción de fructanasas, se emplearon carbohidratos de distinta complejidad molecular
(glucosa, fructosa, sacarosa, inulina de achicoria y fructanos de agave)*2 a una concentración de
20 g/L en cada caso. Para el resto de los experimentos se empleó glucosa como fuente de
carbono, donde se varió la concentración en dependencia con el ensayo*3.
43
Tabla 7.2. Composición del medio químicamente definido
Fuente de carbono Concentración [g/L]
Glucosa*2 20*3
Sales principales Concentración [g/L]
KH2PO4 3.0
(NH4)2SO4 3.0
Na2HPO4 · 2H2O 1.5
Glutamato de Sodio 1.0
Oligoelementos Concentración [g/L]
MgCl2 · 6H20 0.4122
ZnCl2 0.0192
CaCl2 0.0174
FeCl2 · 4H2O 0.0117
MnCl2 · 4H2O 0.0044
CuCl2 · 2H2O 0.0006
CoCl2 · 6H2O 0.0005
(NH4)6Mo7O24 · 4H2O 0.0004
H3BO3 0.0030
Vitaminas Concentración [g/L]
Ácido 4-aminobenzoico 0.001
Mioinositol 0.125
Ácido nicotínico 0.005
Ácido pantoténico 0.005
Piridoxina 0.005
Tiamina HCl 0.005
Biotina 0.000012
Todos los compuestos son de la marca Sigma®. Las sales principales disueltas en el volumen de
trabajo de agua bidestilada fueron ajustadas a pH 4.5 y al igual que la fuente de carbono se
esterilizaron mediante calor húmedo a una temperatura de 121 °C durante 15 minutos. Los
oligoelementos y las vitaminas fueron esterilizadas en soluciones concentradas mediante
ultrafiltración a un tamaño de poro de 0.22 µm y de manera separada.
44
7.3. Banco de trabajo del microorganismo
Para mantener una reserva viable de la cepa Kluyveromyces marxianus SLP1, se procedió a
realizar un banco de trabajo bajo el siguiente procedimiento:
45
4. Se realizó una dilución con agua estéril del cultivo anterior a fin de conseguir una
densidad de población de 100-300 cel/ml en el diluido.
5. Se inocularon mediante extensión en placa, dos cajas Petri con medio sólido YPD con
100 µl cada una del diluido anterior, y fueron incubadas a 30 °C durante 48 horas en una
incubadora Terlab® MA450.
Las cajas Petri se emplearon como reservorio de células activas como máximo durante dos
meses. Pasado ese tiempo se reactivaba otro criovial en caso de ser necesario.
Para la preparación del inóculo para los cultivos de los diferentes experimentos se realizó
mediante la siguiente metodología:
1. Se inocularon con 2 UFC dos matraces de 500 ml con 100 ml cada uno de medio YPD,
se colocaron en un orbital rotatorio New Brunswick® Innova 44 por 12 horas a 30 °C y
una agitación de 250 rpm.
2. Se inocularon con 1 ml del cultivo anterior dos matraces de 500 ml con 100 ml cada uno
de medio mineral, y fueron incubados a las condiciones antes descritas durante 10 horas.
Después de la incubación los matraces tienen una población aproximada de 4 x 108 cel/ml, con
los cuales se inocularon los biorreactores a una densidad de 2 x 107 cel/ml.
Los experimentos se llevaron a cabo en un biorreactor marca Applikon® con una capacidad
máxima de 3 L equipado con sensores de oxígeno disuelto, pH, temperatura y permitividad
dieléctrica (FOGALE® nanotech). Antes de su uso, el biorreactor fue lavado con agua corriente,
enjuagado con agua bidestilada y después rociado con etanol al 70%, para finalmente dejarlo a
secar a temperatura ambiente. Antes de la esterilización, los sensores de pH, temperatura y 0%
de saturación de oxígeno fueron calibrados según el procedimiento para la bioconsola
Applikon® ADI 1030; la cual fue empleada para el control y/o monitoreo del pH, saturación de
oxígeno, temperatura y agitación.
Una vez seco el biorreactor, se vertió en el vaso un 90% del volumen de trabajo de una solución
de las sales principales del medio mineral ajustado a pH 4.5 (el volumen restante corresponde a
46
las soluciones de fuente de carbono, oligoelementos, vitaminas e inoculo vertidas posterior a la
esterilización). La tapa adaptada con los sensores, las propelas, los deflectores (bafles), sistema
de aireación (entrada y salida), sistema de toma de muestra, solución 1M NaOH para el control
de pH (debido a la naturaleza del cultivo que solo tiende a acidificar el medio, no se requirió del
empleo de soluciones ácidas) y conexión para la alimentación de medio fresco si el experimento
lo requiere (cultivo en lote alimentado y continuo). Toda la tubería empleada fue de silicón
MasterFlex® #16 y/o #14. Se procedió al armado del biorreactor tomando las medidas de
seguridad pertinentes, tales como el sellado de las líneas en contacto con el medio mediante
pinzas y un cierre no hermético para evitar sobrepresión en el sistema. Finalmente, se esterilizó
el biorreactor a 121 °C durante 15 minutos en una autoclave Yamato® SM510.
Después del ciclo de esterilización, el biorreactor fue sellado para asegurar un cierre hermético
y llevado al área de trabajo, donde se enfrió. Se realizaron las conexiones correspondientes de
los sensores, el sistema de agitación, el sistema de control de temperatura (constituido por un
recirculador Jalubo® F25 y una manta eléctrica Applikon®), adición de solución básica para el
control de pH y el sistema de aireación (constituida por un compresor para pecera o por el
servicio de aire comprimido del laboratorio de planta piloto, según el experimento).
Una vez conectado los sensores y servicios del biorreactor, se procedió a ajustar las condiciones
del experimento tales como temperatura, pH, agitación y aireación. Pasadas entre 12 – 24 horas
del ajuste de condiciones, se procedió a calibrar el 100% de la saturación de oxígeno. Finalmente
se vertió en el biorreactor, bajo flama, las soluciones estériles de la fuente de carbono,
oligoelementos y vitaminas empleando el acceso dedicado para la inoculación. Después de este
procedimiento el biorreactor se encontró en condiciones de ser inoculado.
Esta técnica se utilizó para cuantificar mediante conteo directo el crecimiento de la población
celular. Una alícuota de una muestra tomada del reactor fue depositada en una cámara de
Neubauer Marienfeld®, posteriormente se observó en un microscopio Leica® CME con un
objetivo de 40x. Se realizó el conteo sobre 15 cuadros, filas 1, 3 y 5 (figura 7.1). Cuando el
47
conteo resultó alto (> 300), se realizó una dilución de la muestra. Cada conteo se realizó por
duplicado.
∗ 106 𝑐é𝑙𝑢𝑙𝑎𝑠
𝑃𝑜𝑏𝑙𝑎𝑐𝑖ó𝑛 𝑐𝑒𝑙𝑢𝑙𝑎𝑟 ( ) = 𝐶⁄15 ∗ 0.25 ∗ 𝐷
𝑚𝑙
Donde:
1
2
3
4
5
El perfil de generación de biomasa durante el cultivo se realizó mediante la técnica de peso seco.
De cada muestreo del reactor, el volumen no necesitado para los análisis (entre 5 y 10 ml) fue
medido y centrifugado a 4,000 rpm en una centrífuga Applikon® 5810R con un rotor A481
durante 15 minutos. El sobrenadante fue almacenado a -20 °C y la pastilla fue resuspendida en
48
5 ml de agua destilada. Se repitió el procedimiento de centrifugado, la pastilla fue resuspendida
en 5 ml de agua destilada y vertido dentro de un vaso de plástico desechable de 30 ml,
previamente etiquetado y puesto a peso constante. El tubo empleado para centrifugar la muestra
fue lavado con 5 ml de agua destilada y posteriormente el líquido vertido al vaso de la muestra;
esto se hizo con el objetivo de minimizar las pérdidas de biomasa.
El vaso con la muestra fue puesto en un horno Felisa® a 50 °C por 48 horas. Después el vaso se
colocó en un desecador durante 2 horas para ser enfriado sin ganar humedad. El vaso con la
muestra fue pesado en una balanza analítica AND® GR-200.
Para realizar el cálculo del peso seco en la muestra se empleó la siguiente fórmula:
𝑔 𝑃2 − 𝑃1
𝑃𝑒𝑠𝑜 𝑆𝑒𝑐𝑜 ( ⁄𝐿) = ( ) ∗ 1000
𝑉𝑚
Donde:
La muestra preparada fue colocada en el equipo para realizar las lecturas, las cuales consistieron
en tres mediciones donde se realiza el conteo de partículas en un volumen de 200 µl de manera
automática. El equipo arroja el promedio de los conteos de las tres lecturas; así como un
histograma con la distribución de tamaño de las partículas (células) contabilizadas.
49
7.7.1.5. Espectroscopia dieléctrica.
La tabla 7.3 muestra los compuestos y su concentración para la preparación del reactivo DNS.
Cada compuesto fue añadido en el orden señalado y después de que el anterior fue
completamente disuelto. Se evitó la exposición a la luz en todo momento.
Todos los compuestos fueron marca Sigma®, excepto el Meta-bisulfito de sodio marca J.T.
Baker®. El reactivo DNS preparado se almacenó a 4 °C y protegido de la exposición de la luz.
50
La metodología que se siguió para esta técnica fue la siguiente:
1. La muestra del reactor se centrifugó a 4,000 rpm durante 5 minutos en una centrífuga
Applikon® 5810R con un rotor A481. El sobrenadante fue separado de la pastilla celular
por decantación. La pastilla fue procesada por la técnica de peso seco.
2. Se tomó una alícuota de 100 µl del sobrenadante y se colocó en un microtubo de 1.6 ml.
3. Se añadieron 100 µl del reactivo DNS y se homogenizó.
4. La mezcla fue colocada en un baño maría a 95 °C durante 5 minutos, para después ser
puesta en hielo durante 5 minutos para detener la reacción.
5. Se añadió 800 µl de agua destilada al microtubo y se homogenizó la mezcla.
6. En el pozo de una microplaca se colocó 200 µl de la mezcla anterior y fue leída a 540
nm en un espectrofotómetro de microplacas xMark® de Bio-Rad®.
La muestra fue analizada por triplicado y comparada contra una curva de calibración que se
construyó con concentraciones de glucosa de 0.0, 0.5, 1.0, 1.5 y 2.0 g/L. En cada experimento
se construyó una nueva curva de calibración con un ajuste mayor a 0.98. En los casos que la
concentración de azúcares reductores de la muestra fue mayor que el de la curva, se diluyó la
muestra y se repitió el procedimiento.
51
3. Después de la incubación, se colocaron las muestras en hielo durante 2 minutos para
detener la reacción y se agregó 100 µl del reactivo DNS. Se homogenizó la mezcla.
4. Al blanco se agregó 50 µl de extracto enzimático.
5. La mezcla fue colocada en un baño maría a 95 °C durante 5 minutos, para después ser
puesta en hielo durante 5 minutos para detener la reacción.
6. Se añadió 800 µl de agua destilada al microtubo y se homogenizó.
7. En el pozo de una microplaca se colocó 200 µl de la mezcla anterior y fue leída a 540
nm en un espectrofotómetro de microplacas xMark® de Bio-Rad®.
La muestra fue analizada por triplicado y comparada contra una curva de calibración de azúcares
reductores. En cada experimento se construyó una nueva curva de calibración con un ajuste
mayor a 0.98.
𝑈 𝜇𝑚𝑜𝑙 𝐹 ∙ 𝑉𝑟𝑥
𝐴𝑐𝑡𝑖𝑣𝑖𝑑𝑎𝑑 𝐸𝑛𝑧𝑖𝑚á𝑡𝑖𝑐𝑎 = = =
𝑚𝑙 𝑚𝑖𝑛 ∙ 𝑚𝑙 𝑀𝑤 ∙ 𝑡 ∙ 𝑉𝑒
Donde:
t = tiempo de incubación.
53
oxígeno disuelto, permitividad y gases exhaustos mediante sensores en línea; biomasa mediante
conteo celular (microscopía y sistema CASY), densidad óptica y peso seco; azúcares reductores
y actividad fructanasa.
54
mantuvieron constantes en pH 4.5, aireación 2 vvm (el aire fue suministrado por mediante el
sistema de aire comprimido del laboratorio y filtrado por una membrana de 0.22 µm para su
esterilización) y agitación 550 rpm. Los parámetros monitoreados fueron pH, temperatura,
oxígeno disuelto y permitividad; biomasa mediante conteo celular y peso seco; azúcares
reductores y actividad fructanasa en línea (ver sección 7.11) y fuera de línea.
Para mantener el volumen del cultivo constante se empleó un sistema por diferencia de peso. El
sistema consistió en una balanza Torrey®, sobre el cual se encontraba el biorreactor y que fue
tarada al comienzo del cultivo en continuo, y dos bombas peristálticas MasterFlex® (una para la
alimentación y otra para extraer el volumen de cultivo excedente). Los tres elementos estaban
conectados a una computadora y controlados mediante un programa diseñado sobre la
plataforma del software LabView® v.11.0 de National Instruments. La velocidad del flujo de
alimentación de medio fresco al biorreactor se controló mediante una de las bombas,
manteniéndose constante dependiendo de la velocidad específica de crecimiento necesaria. Al
incrementarse el peso del biorreactor por encima de un valor fijado (2 gramos en los
experimentos), la segunda bomba se activaba para extraer el volumen excedente hasta reducir
el peso del biorreactor al valor fijado. Repitiéndose el ciclo nuevamente. Cabe aclarar que para
que esta estrategia de control fuera efectiva, la velocidad de salida siempre fue mayor que la
velocidad de flujo de entrada y durante todo el tiempo de los cultivos se tuvo la precaución de
no tener perturbaciones externas sobre el peso del biorreactor.
55
como estudiar la producción de fructanasas durante la fase estacionaria, se lanzaron 2 cultivos
en lote con glucosa como fuente de carbono a 20 g/L. Como medio de cultivo se utilizó medio
mineral. Las condiciones para el crecimiento se mantuvieron constantes en pH (4.5),
temperatura (34 °C), aireación (1 vvm, el aire fue suministrado por una bomba para pecera y
filtrado por una membrana de 0.22 µm para su esterilización) y agitación (500 rpm). Se siguió
la cinética de crecimiento desde la inoculación hasta el comienzo de la fase estacionaría,
tomando una muestra de 10 ml del biorreactor cada hora. Durante la fase estacionaria, el
muestreo se realizó de manera más espaciada cada 6 ó 10 horas. El primer cultivo se mantuvo
durante 65 horas, el segundo cultivo hasta la hora 100. Los parámetros monitoreados fueron pH,
temperatura, oxígeno disuelto y permitividad (en el segundo cultivo no se pudo medir la biomasa
por permitividad debido a que no se encontraba disponible el sensor de espectroscopia
dieléctrica); biomasa mediante conteo celular (microscopía y sistema CASY), densidad óptica
y peso seco; azúcares reductores y actividad β-fructofuranosidasa.
Las muestras del segundo cultivo fueron procesadas mediante la metodología de detección de
actividad proteasa (anexo A) y actividad fructanasa; después las muestras de sobrenadante
fueron dializadas durante 36 horas a 4 °C en una solución tampón de 50 mM citrato de sodio
pH 4.5, con recambios de solución cada 12 horas y reanalizadas para actividad fructanasa. Esto
con el objetivo de determinar el efecto del sobrenadante sobre la técnica de actividad.
56
1 litro, flujo constante de alimentación de ~17 ml/h (se modificó el cabezal de la bomba
MasterFlex® para reducir el flujo mínimo), la concentración de la fuente de carbono en la
alimentación fue de 100 g/L de glucosa, la aireación fue constante durante la cinética a 3.1 L/min
(el aire fue suministrado mediante el sistema de aire comprimido del laboratorio y filtrado por
una membrana de 0.22 µm para su esterilización) y la agitación fue constante a 800 rpm. Se
siguieron las cinéticas de crecimiento hasta el límite máximo del volumen del biorreactor que
las condiciones permitieron (~2.2 L) tomando una muestra (10 ml) cada 1.5 horas en el primer
cultivo y cada 4 horas en el segundo. Las cinéticas se iniciaron con un cultivo en lote. Al agotarse
la fuente de carbono se comenzó la alimentación de medio de cultivo fresco. Los parámetros
monitoreados fueron pH, temperatura, oxígeno disuelto, permitividad y gases exhaustos
mediante sensores en línea; biomasa mediante conteo celular (microscopía), densidad óptica y
peso seco; azúcares reductores y actividad fructanasa.
57
Para la determinación de la actividad fructanasa, fue necesario realizar una serie de secuencias
ordenadas que se describen a continuación de forma breve:
1. Una muestra de sobrenadante (m) libre de células proveniente del biorreactor fue
bombeada hacia la cámara de retención del sistema SIA.
2. Se realizó una dilución automática con acarreador, agua (a), en función del tiempo del
cultivo y fue homogenizada en la cámara de mezclado.
3. La muestra diluida (md) fue mezclada a partes iguales con el sustrato (s) mediante ciclos
de succión md/s/md/s.
4. La mezcla fue inyectada a la cámara de incubación, donde se mantuvo a 50 ± 2 °C
durante 15 minutos.
5. La muestra incubada (mi) fue hacia la cámara de retención y mezclada con el reactivo
DNS (r) en ciclos de succión mi/r/mi/r.
6. La mezcla fue inyectada a la cámara de calentamiento, donde se mantuvo a 93 ± 2 °C
durante 5 minutos.
7. Después la mezcla fue inyectada a la cámara de enfriamiento donde se mantuvo en hielo
durante 1 minuto.
8. La mezcla anterior fue diluida en relación 1:4 con acarreador y homogenizada en la
cámara de mezclado.
9. Finalmente, la muestra fue inyectada al detector donde fue leída a 540 nm.
De cada lectura resultó una gráfica de amplitud contra tiempo. El área bajo la curva de la gráfica
es directamente proporcional con la actividad fructanasa. Para el cálculo del área bajo la curva,
los datos fueron exportados al software MatLab® R2014b y analizados con el comando trapz,
el cual devuelve la integral aproximada de una función a través del método trapezoidal. El área
calculada fue comparada con una curva de calibración realizada en el sistema SIA. Las unidades
de actividad β-fructofuranosidasa se calcularon con la ecuación mostrada en la sección 7.7.3.
Después de cada análisis se realizó un ciclo de limpieza para eliminar cualquier traza de la
muestra anterior. La muestra se obtuvo a través de una sonda de cerámica Applikon ® acoplada
al biorreactor, la cual permitió obtener un sobrenadante filtrado libre de células. En la figura 7.2
se esquematizan los puntos anteriores. En los resultados se profundizará en los detalles de la
metodología final.
58
9
3 Fuente
Detector
de luz
1
Sustrato
Sonda de
Acarreador muestreo
4
Cámara de
incubación
Desechos
Válvula Válvula
multiposición multiposición
Cámara de retención
Bomba
Reactivo
Cámara de 2
mezclado
8 5
6 Cámara de 7 Cámara de
calentamiento enfriamiento
Se desarrolló la metodología para una curva de calibración generada en el sistema SIA. La curva
se construyó con 5 puntos con concentraciones de glucosa de 0.0, 0.5, 1.0, 1.5 y 2.0 g/L. Cada
concentración fue tratada con los puntos del 5 al 9 de la metodología antes descrita. Cada punto
se realizó por cuadriplicado y las áreas obtenidas fueron analizadas mediante el software
Statgraphics® Centurion XVI para la obtención de una línea de regresión para la concentración
de glucosa/fructosa liberada en función del área bajo la curva.
59
8. RESULTADOS Y DISCUSIÓN
En esta sección serán presentados los resultados de los experimentos efectuados para el
cumplimiento de los objetivos de este proyecto. Se presentan primero los resultados de la
producción de β-fructofuranosidasas en función de la fuente de carbono; así como correlaciones
de diversas técnicas de medición de la biomasa contra la permitividad. A continuación, se
describen los resultados de los reactores en continuo donde se verifican las condiciones de
máxima producción de fructanasas. Después, se detallará el perfil crecimiento y de actividad β-
fructofuranosidasa en reactores en lote alimentado. Finalmente se describirá el desarrollo de la
metodología para el monitoreo de la actividad β-fructofuranosidasa en línea durante un cultivo
en biorreactor.
El primer cultivo en lote que se realizó se empleó glucosa a una concentración de 25 g/L. En la
figura 8.1 se muestran los resultados obtenidos de este experimento, se observó que, durante la
fase exponencial los métodos de conteo en cámara, densidad óptica y permitividad siguen el
mismo comportamiento; la curva de peso seco se desvío debido a variaciones metodológicas
60
durante el procedimiento. Debido a problemas que se presentaron con el sistema CASY, no se
obtuvieron datos de conteo celular para este cultivo mediante ese método. No se repitieron las
condiciones para este reactor, puesto que los objetivos de estos experimentos fue tener una idea
general del comportamiento de la actividad enzimática en función de la fuente de carbono. La
máxima velocidad específica de crecimiento fue de 0.39 h-1, lo que es menor a lo que se reporta
por otros autores [26], [93]; esto se puede deber a factores que limitaron la velocidad de
crecimiento, tal como la saturación de oxígeno; en las referencias señaladas la aireación se
realizó con oxígeno puro manteniendo la saturación mínima de 40%.
Figura 8.1. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con glucosa.
En la tabla 8.1 se demuestra una correlación mayor al 97%, entre las técnicas de permitividad,
densidad óptica y conteo en cámara. La correlación con el peso seco fue menor debido a lo
expresado en el párrafo anterior. La tabla también indica que la actividad enzimática no presentó
una relación lineal con la biomasa cuando se usa glucosa como fuente de carbono, lo que indica
que la actividad enzimática se ve afectada por otros factores además de la concentración de
biomasa.
En la figura 8.2 se muestra que al agotarse la fuente de carbono se detiene el crecimiento celular,
lo que acurre aproximadamente 7 horas después de iniciado el cultivo. La curva de actividad
enzimática muestra variación en las primeras horas del cultivo, esto se debe a que la glucosa
61
aún presente en el medio interfiere con la técnica y no es posible detectar variaciones de pocas
décimas de unidad de actividad en dichas condiciones. Por otro lado, se observó que al agotarse
el sustrato la actividad tiende a incrementarse, situándose en 1.5 U/ml (0.25 U/mg de biomasa
seca) al final del cultivo. La mayoría de los trabajos relacionados con la producción de β-
fructofuranosidasas empleando glucosa como fuente de carbono y en cultivos en lote han sido
realizados con cepas de Kluyveromyces mutantes, alcanzando actividades de 0.9 U/mg [94] y
0.11 U/mg [63]; mientras que con una cepa nativa se alcanzó una actividad de 0.6 U/ml [95].
Tabla 8.1. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática para el
cultivo en lote utilizando glucosa como fuente de carbono
Permitividad
0.9867 0.8823 DO
Figura 8.2. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con glucosa.
62
8.1.2. Cultivo en lote con fructosa como fuente de carbono
El cultivo en lote se realizó con una concentración de 25 g/L de fructosa. En la figura 8.3 se
observa que, durante toda la cinética los métodos de seguimiento del crecimiento celular fueron
similares entre sí. La curva de conteo en cámara de Neubauer se separó del resto de curvas
debido a la escala; por tanto, la curva obtenida del sistema CASY y de conteo en cámara están
asociadas al mismo eje vertical (Mcel/ml), y debido a que el sistema CASY no discrimina las
células de otras partículas genera un conteo mayor debido los fragmentos celulares acumulados
durante la cinética. La máxima velocidad específica de crecimiento fue de 0.41 h-1, que es
similar a lo reportado por la literatura para esta levadura [93].
Figura 8.3. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con fructosa.
En la tabla 8.2 se muestra las correlaciones lineales entre los sistemas de medición de biomasa,
los resultados obtenidos son próximos al 99% entre todas las técnicas de monitoreo de la cinética
de crecimiento. Así mismo, se realizó la correlación de la actividad enzimática contra el
crecimiento celular utilizando todas las técnicas de medición. Como se observa en la tabla 8.2
la actividad enzimática no está relacionada de manera proporcional con la biomasa cuando se
usa fructosa como fuente de carbono, aunque la correlación es mayor que la que se presenta con
glucosa; aunque al igual que con glucosa, la actividad enzimática debe responder también a
otros factores.
63
Tabla 8.2. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática para el
cultivo en lote utilizando fructosa como fuente de carbono
Permitividad
0.9957 0.9963 DO
Figura 8.4. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con fructosa.
La figura 8.4 muestra que el sustrato se agota aproximadamente a las 7 horas de cultivo,
momento en el que se detuvo por completo el crecimiento de la levadura; comportamiento
similar a cuando se usó glucosa. La curva de actividad enzimática muestra variaciones en las
primeras horas del cultivo, esto se debe a que la fructosa aún presente en el medio también
interfiere con la técnica de DNS. Al agotarse la fructosa, se observó una tendencia a
incrementarse la actividad enzimática, alcanzando su valor máximo al finalizar la cinética de
5.4 U/ml (0.97 U/mg de biomasa seca). La bibliografía reporta valores desde 0.07 U/mg [63],
64
0.7 U/ml [95] y hasta 11.87 U/mg; ésta última a las 24 horas para una cepa hiperproductora de
Kluyveromyces Sp. aislada del proceso de elaboración del pulque y aguamiel [96] lo que explica
la significativa diferencia de actividad con nuestro experimento. Tanto la cepa de la referencia
[96] como la empleada en este trabajo fueron aisladas de procesos donde la fuente principal de
carbono fueron fructanos de agave, por lo que al ser cepas adaptadas a dicha fuente de carbono
se explica la actividad fructanasa mayor con respecto a otros estudios.
Figura 8.5. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con sacarosa.
Este cultivo se realizó con una concentración inicial de sacarosa de 20 g/L. Debido a que el
metabolismo de la sacarosa por las levaduras debe ser hidrolizada para ser asimilada, la
pendiente de la fase exponencial de crecimiento es menor que con glucosa y fructosa (figura
8.5). Además, cabría esperar que la velocidad específica de crecimiento fuera apreciablemente
menor que en los reactores anteriores, fenómeno que no se observó pues fue de 0.41 h-1. La
velocidad específica de crecimiento con sacarosa es igual que con fructosa, lo que indica que la
hidrólisis de la sacarosa no tiene un impacto sobre el crecimiento de la levadura. Tanto la figura
8.5 como la tabla 8.3 muestran que una correlación significativa entre las técnicas de biomasa
se dio entre la permitividad, peso seco y CASY en un grupo; y entre la densidad óptica y el
65
conteo en cámara. Estas variaciones fueron principalmente a la manipulación de las muestras,
no por técnicas en sí mismas. Al igual que en los cultivos con glucosa y fructosa, la actividad
enzimática no está relacionada de manera proporcional con la biomasa cuando se usa sacarosa
como fuente de carbono.
Tabla 8.3. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática para el
cultivo en lote utilizando sacarosa como fuente de carbono
Permitividad
0.9490 0.9466 DO
Figura 8.6. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con sacarosa.
66
evaluar de manera general el impacto de las hexosas en la actividad enzimática; sin embargo, se
midió la concentración de glucosa y fructosa liberadas por la hidrólisis de la sacarosa. Se observa
en la figura 8.6 un aumento sostenido de la concentración de azúcares reductores hasta la hora
6, lo que indica que la hidrólisis de la sacarosa se dio a una mayor velocidad de la que fueron
consumidos los productos; para la hora 7 hubo un descenso abrupto de los azúcares reductores
debido seguramente al consumo total del sustrato, lo que concuerda en el tiempo con los dos
cultivos anteriores. Coincide la aparición de glucosa y fructosa con la presencia de actividad
enzimática, la cual mantiene una tendencia al incremento hasta el final de la cinética, donde la
actividad máxima fue de 6.9 U/ml (1.27 U/mg de biomasa seca) lo que resulta mayor que con
fructosa, probablemente el que glucosa y fructosa no se encuentren directamente libres en el
medio promueve una actividad enzimática mayor al mismo tiempo que se evita la mencionada
represión catabólica. La bibliografía reporta que se ha conseguido desde 0.9 U/ml [95] hasta
127 U/ml, ésta última a las 38 horas de cultivo con un medio complejo resultado de un diseño
de experimentos para favorecer la actividad enzimática y empleando una cepa nativa de
Kluyveromyces marxianus [97]; se puede inferir con esta referencia que el medio de cultivo
influye de manera significativa en la actividad enzimática, así como el tiempo de cultivo, por lo
que se sugiere que estos factores que se tomen en cuenta en futuros experimentos.
Este cultivo se realizó a una concentración inicial de inulina de dalia de 20 g/L. Se observa en
la figura 8.7 que después de 14 horas de cinética no se llegó a la fase estacionaria, aun así, se
decidió finalizar el cultivo debido a que los datos obtenidos hasta ese momento fueron
suficientes para una adecuada comparación con el resto de los biorreactores. Debido que la
inulina es una molécula significativamente más compleja que la sacarosa, su hidrólisis tuvo
efectos sobre la velocidad específica de crecimiento de la levadura, alcanzándose un valor
máximo de 0.25 h-1. Tanto la figura 8.7 como la tabla 8.4 muestran que la correlación entre las
técnicas de monitoreo de la biomasa no fue tan alta como en los reactores de glucosa y fructosa,
pero si lo suficiente para considerar que son estadísticamente similares (a un 95% de confianza).
Podría suponerse por las correlaciones de la actividad con las técnicas de biomasa, que existe
una proporcionalidad directa entre la expresión de fructanasas con la biomasa cuando se utilizó
inulina como fuente de carbono, sin embargo, el cultivo no llegó hasta su fase estacionaria; por
67
lo que la biomasa no se estabilizó. Además, como se puede apreciar mejor en la figura 8.8, la
actividad presentó un incremento al finalizar el cultivo; mientras que la biomasa mantuvo su
pendiente de forma constante.
Figura 8.7. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con inulina.
Tabla 8.4. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática para el
cultivo en lote utilizando inulina como fuente de carbono
Permitividad
0.9875 0.9977 DO
De la misma manera que con el cultivo con sacarosa, para el consumo de sustrato se midió la
liberación de azúcares reductores debido a la hidrólisis de la inulina. Se observa en la figura 8.8,
que la concentración de azúcares reductores se mantuvo siempre en valores mínimos; por lo que
68
la glucosa y fructosa fueron asimilados tan rápido como fueron liberados. Este resultado sugiere
que las β-fructofuranosidasas expresadas por Kluyveromyces marxianus SLP1 en este
experimento mostraron mayor velocidad de hidrólisis sobre sacarosa que sobre inulina. La
máxima actividad enzimática alcanzada en este cultivo fue de 38.33 U/ml (5.5 U/mg de biomasa
seca) lo que resulta significativamente mayor que con las anteriores fuentes de carbono. Cabe
señalar que se dejó de tomar muestras a las 14 horas de cultivo, pero una muestra tomada en el
momento de cosechar el biorreactor (a las 17 horas) arrojó una actividad de 90 U/ml, lo que
indica que la actividad enzimática continuaba en aumento debido probablemente a la presencia
de sustrato aún en el medio. Hay reportes a condiciones similares con valores de actividad
enzimática desde 25 U/ml [98], 43.8 U/ml [95] y 50.0 U/ml [99] con un medio complejo
producto de un diseño de experimentos para favorecer la producción de inulinasa, y hasta 27.74
U/mg a las 24 horas con una cepa hiperproductora de Kluyveromyces sp. aislada del proceso de
elaboración del pulque y aguamiel [96]. Debido que este experimento se detuvo antes de
agotarse la fuente de carbono, la actividad fructanasa alcanzada resultó menor a las referencias
señaladas por lo que los datos no son del todo comparables; pero si ofrecen una idea general del
impacto de la inulina sobre la actividad enzimática con respecto a las fuentes de carbono de los
experimentos anteriores.
Figura 8.8. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con inulina.
69
8.1.5. Cultivo en lote con fructanos de agave como fuente de carbono
Este cultivo se realizó con una concentración inicial de fructanos de agave (FA) de 20 g/L. Se
observa en la figura 8.9 que el crecimiento fue similar al que se presentó con inulina. Al igual
que con el cultivo con inulina, después de 14 horas de cinética no se llegó a la fase estacionaria,
aun así, se decidió finalizar el cultivo debido que los datos obtenidos hasta ese momento fueron
suficientes para una adecuada comparación con el resto de los biorreactores. Debido a la
naturaleza ramificada de los FA, la liberación de unidades de glucosa y fructosa es más lenta
que con inulina debido principalmente a impedimentos estéricos con la enzima; por lo que la
velocidad específica de crecimiento fue la menor con respecto a los 5 experimentos anteriores,
alcanzándose un valor máximo de 0.21 h-1. Tanto la figura 8.9 como la tabla 8.5 muestran que
la correlación entre las técnicas de monitoreo de la biomasa son suficientemente altas para
considerar que son estadísticamente similares (a un 95% de confianza). Al igual que con inulina,
la alta correlación entre actividad y biomasa no indica que haya necesariamente una
proporcionalidad directa entre la actividad β-fructofuranosidasa con la biomasa, pues no se
estudió la actividad durante la fase estacionaria. Al comparar las pendientes de biomasa total y
actividad enzimática, se puede determinar que conforme avanza el cultivo hay mayor actividad
por gramo de biomasa; por lo que se puede formular la hipótesis de que esto se debe a que las
células hijas están “condicionadas” para producir β-fructofuranosidasas desde un inicio.
Figura 8.9. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote con FA.
70
Tabla 8.5. Correlaciones lineales entre técnicas de medición de biomasa y actividad enzimática para el
cultivo en lote utilizando FA como fuente de carbono
Permitividad
0.9925 0.9948 DO
Figura 8.10. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote con FA.
Al igual que con la inulina, no se pudo realizar el seguimiento del consumo de FA; midiéndose
entonces la concentración de glucosa y fructosa liberados por la hidrólisis del mismo. Se observa
en la figura 8.10 la presencia de azúcares reductores al inicio del cultivo, esto se debe a la
hidrólisis parcial que sufren los FA en el momento de la esterilización por calor [25], además
de la que ya contiene de manera libre la fuente empleada. La concentración de dichos azúcares
disminuye hasta dejar de detectarse, lo que indica que desde el inicio del cultivo la velocidad de
71
asimilación de las moléculas de glucosa y fructosa fue mayor que la velocidad de hidrólisis de
los FA. Este resultado indica que las β-fructofuranosidasas expresadas por Kluyveromyces
marxianus SLP1 presentan la menor velocidad de hidrólisis sobre FA que sobre glucosa y
fructosa. La máxima actividad enzimática alcanzada en este cultivo fue de 40 U/ml (5.8 U/mg
de biomasa seca), similar a lo obtenido con inulina. Hay solo 2 estudios que evalúan la actividad
enzimática en un cultivo con FA como fuente de carbono, donde obtiene valores de 12 U/ml
[91] y 4.02 U/mg [73]; cabe señalar que los cultivos de ambos reportes fueron realizados a nivel
matraz, por lo que las condiciones aireación y pH no fueron controladas, lo que pudo afectar la
actividad enzimática.
72
[92], [94], lo que coincide con los resultados obtenidos en este trabajo. Por lo que formulamos
la hipótesis de que al hidrolizarse la inulina o FA la liberación de las unidades de glucosa y
fructosa es lo suficientemente lenta para que los azúcares sean asimilados, manteniendo la
concentración de glucosa/fructosa en niveles mínimos; evitándose la represión catabólica y
manteniendo estresada la célula por limitación de sustrato. Los experimentos que a continuación
se detallan servirán de apoyo para la verificación de tal hipótesis.
La evaluación de los cultivos en lote con las diferentes fuentes de carbono permitió proponer
cultivos en continuo con glucosa como fuente de carbono, pues este tipo de cultivo permite
mantener la concentración de sustrato en el medio a niveles mínimos y favoreciendo la
producción de fructanasas.
A continuación, se presentan los resultados de dos cultivos en estado continuo que se realizaron
con el objetivo de determinar las condiciones de temperatura (Temp), velocidad específica de
crecimiento (µ) y concentración de glucosa en la alimentación (C_S0) que maximicen la
producción de la enzima de interés. Como se mencionó en párrafos anteriores, los niveles
residuales de glucosa/fructosa inducen la actividad β-fructofuranosidasa y al mismo tiempo
impiden la represión catabólica, razones por las cuales se empleó glucosa en los siguientes
experimentos. Asimismo, es deseable diseñar un proceso en el que se consiga una alta actividad
enzimática con una fuente de carbono económica y abundante. Lo que no ocurre con fuentes de
carbono como la inulina y los FA, que pueden ser productos caros y cuyas cantidades
disponibles en el mercado son menores que la glucosa; además se requeriría la caracterización
previa de los fructanos como control de calidad, incrementando los costos de proceso.
El diseño de experimentos que se corrió para el primer sistema en continuo generó una gran
cantidad de datos provenientes tanto de los sensores de monitoreo en línea, como los fuera de
línea. La tabla 8.11 muestra los parámetros asociados a cada condición, así como los resultados
obtenidos de biomasa y actividad para cada caso (en el anexo B se encuentra el resto de la
información generada en este experimento). Las condiciones se propusieron con base en
73
experimentos anteriores realizados por el Dr. Alejandro Arana y el equipo francés del proyecto
SPECTRE (el Dr. Charles Ghommidh y la Dra. Laurence Preziosi-Belloy) que no han sido
publicados.
Tabla 8.11. Resultados de biomasa y actividad enzimática del primer cultivo en estado continuo.
Temp µ C_S0 Biomasa Actividad Actividad
Muestra
-1
(°C) (h ) (g/L) (g/L) (U/ml) (U/g)
T1R1 26 0.05 20 8.64 177.87 20,589
T2R1 34 0.05 20 7.11 812.22 114,303
T3R1 34 0.4 20 3.31 15.34 4,631
T4R1 26 0.4 20 2.92 2.92 1,113
T5R1 26 0.05 60 9.35 128.92 13,785
T7R1 34 0.05 60 6.14 74.86 12,185
T6R1 26 0.4 60 2.35 13.21 5,621
T8R1 34 0.4 60 5.73 0.55 95
T9R1 30 0.225 40 5.13 23.24 4,532
T10R1 30 0.225 40 6.55 16.54 1,814
T11R1 30 0.225 40 6.79 27.04 3,997
T12R1 30 0.225 40 5.42 23.31 4,735
T1R2 26 0.05 20 8.83 182.53 20,676
T2R2 34 0.05 20 6.94 892.24 128,628
T3R2 34 0.4 20 3.25 37.00 11,374
T4R2 26 0.4 20 3.12 3.25 936
T5R2 26 0.05 60 9.44 129.09 13,672
T7R2 34 0.05 60 5.93 71.95 12,135
T6R2 26 0.4 60 2.16 4.42 2,044
T8R2 34 0.4 60 5.87 0.47 80
T9R2 30 0.225 40 5.21 27.12 5,121
T10R2 30 0.225 40 6.78 17.52 1,943
T11R2 30 0.225 40 6.66 32.12 4,823
T12R2 30 0.225 40 5.25 23.29 4,605
T1R3 26 0.05 20 8.94 129.60 14,500
T2R3 34 0.05 20 7.05 562.07 79,748
T3R3 34 0.4 20 3.36 35.75 10,653
74
T4R3 26 0.4 20 3.05 1.87 614
T5R3 26 0.05 60 9.17 108.44 11,823
T7R3 34 0.05 60 6.37 100.91 15,837
T6R3 26 0.4 60 2.61 6.41 2,455
T8R3 34 0.4 60 6.40 1.66 259
T9R3 30 0.225 40 5.43 30.93 5,697
T10R3 30 0.225 40 6.87 19.93 2,149
T11R3 30 0.225 40 6.87 34.53 5,025
T12R3 30 0.225 40 5.36 25.96 4,842
Como se puede apreciar en las columnas de actividad de la tabla 8.11, que en la gran mayoría
de las condiciones se logra una actividad enzimática más elevada que la conseguida con la
misma fuente de carbono en cultivo en lote (en negritas las actividades más altas); incluso, en
varias de las condiciones se detectó una mayor actividad β-fructofuranosidasa que la conseguida
en los cultivos en lote con inulina y FA; probando que los cultivos en estado continuo son una
mejor opción que los cultivos en lote para una alta producción de β-fructofuranosidasas a partir
de Kluyveromyces marxianus SLP1.
Se han publicado diversos reportes en la literatura científica que exploran el impacto de la tasa
de crecimiento de K. marxianus sobre la actividad fructanasa en quimiostato, encontrando que
a velocidades específicas de crecimiento menores mejora la actividad, lo que se encuentra en
concordancia con lo expuesto anteriormente. Uno de estos trabajos alcanza actividades de hasta
52 U/mg de biomasa seca a µ = 0.1 h-1 empleando inulina como fuente de carbono, mientras
que con glucosa alcanzan 3.9 U/ml [92]; por lo que la tasa de dilución tiene un efecto
significativo en la actividad enzimática. En otro reporte encontraron que a µ = 0.05 h-1
alcanzaban la máxima actividad, sin embargo, disminuía al incrementarse µ; los autores no
probaron una tasa de crecimiento menor. La fuente de carbono utilizada fue sacarosa [64]. En
el presente trabajo se detectaron actividades enzimáticas mayores a cualquier reporte y
empleando glucosa como fuente de carbono; por otra parte, la cepa de K. marxianus SLP1
mostró ser una muy buena productora de la enzima de interés.
75
8.2.1.1. Análisis por superficie de respuesta
Con los datos generados se realizó un análisis por superficie de respuesta, o para ser precisos
volumen de respuesta, que muestra el impacto de cada uno de los factores probados sobre la
variable de respuesta, que fue la actividad enzimática en U/ml. Para el análisis estadístico se
recurrió al programa Statgraphics Centurion versión 16.2.04. La tabla 8.12 muestra el análisis
de varianza para la actividad enzimática donde se verifica que tanto los factores como sus
interacciones tiene un efecto estadísticamente significativo sobre la variable de respuesta, con
un nivel de confianza del 95% (P < 0.05).
Según la figura 8.12, la actividad enzimática es más alta cuando la temperatura se sitúa en 34
°C en lugar que a 26; así como una velocidad específica de crecimiento de 0.05 h-1 y una
concentración de 20 g/l de glucosa en la alimentación, en lugar de valores mayores. Así mismo,
la longitud de las barras en cada factor es un indicativo de la magnitud en que éste afecta la
variable de respuesta. De esta manera, el factor que más impacta sobre la actividad enzimática
es la velocidad específica de crecimiento.
76
Figura 8.12. Gráfico de efectos principales.
Tal como lo demuestra el análisis de varianza, la interacción entre los factores tiene un efecto
significativo sobre la variable de respuesta. En la figura 8.13 se puede apreciar que la actividad
enzimática es favorecida cuando los factores se encuentran en la siguiente combinación: Temp
(+) – µ (-), Temp (+) – C_So (-) y µ (-) – C_So (-); es decir, mantener una temperatura que
tienda hacia los 34 °C al mismo tiempo que se mantiene una velocidad de crecimiento y una
concentración de sustrato bajas en ambos casos, concordando con la figura 8.12. Además, las
77
longitudes de las barras indican que la interacción µ – C_So es la que afecta en mayor magnitud
la variable de respuesta.
La superficie de respuesta generada (figura 8.14) con los datos de este experimento indica el
comportamiento que presenta la actividad de fructanasas en función de los factores propuestos.
Como ya se ha indicado, los valores de la actividad β-fructofuranosidasa tendieron a
incrementarse conforme se elevaba la temperatura, se reducía la velocidad específica de
crecimiento, así como la concentración de sustrato en la alimentación; concretamente, la
máxima actividad enzimática alcanzada (755 ± 170 U/ml) se dio a una temperatura de 34 °C,
velocidad específica de crecimiento de 0.05 h-1 y 20 g/l de glucosa en la alimentación. Lo que
representa una frontera de las condiciones analizadas, por lo que el punto óptimo podría
Contours of Estimated Response Surface
encontrarse fuera de la zona del análisis. C_So=60.0
600.0
40 700.0
800.0
30 900.0
0.4
20 0.3
0.2
26 28 0.1
30 32 0 µ, 1/h
34
Temp, °C
Figura 8.14. Superficie de respuesta para la actividad enzimática en función de los factores probados.
78
Los resultados de este experimento apoyan la hipótesis que se presentó en la sección 8.1, que la
actividad de β-fructofuranosidasas está directamente relacionada con la limitación continua de
glucosa durante el cultivo de la levadura Kluyveromyces marxianus SLP1.
Finalmente, se realizó una regresión lineal multivariada para generar un modelo que relaciona
los factores probados y sus interacciones con la variable de respuesta:
𝑔
𝐴𝑐𝑡. 𝐸𝑛𝑧 (𝑈⁄𝑚𝑙 ) = −3175 + 129 𝑇𝑒𝑚𝑝 (°𝐶) + 7502 𝜇 (ℎ−1 ) + 57 𝐶𝑆0 ( ⁄𝑙 ) − 309 𝑇𝑒𝑚𝑝 ∗ 𝜇 − 2 𝑇𝑒𝑚𝑝
El valor R2ajustado del modelo es de 87, por lo que es capaz de explicar el 87% de la variabilidad
de los datos, a un nivel de significancia del 5%.
Con el objetivo de verificar y ampliar la zona de exploración en torno a las condiciones de mayor
producción enzimática del cultivo en continuo anterior, se propuso inicialmente un diseño de
experimentos 22 con puntos al centro, con temperatura de cultivo y velocidad especifica de
crecimiento como factores. Los niveles propuestos fueron 30 y 38 °C para la temperatura, y 0.01
y 0.09 h-1 para la velocidad específica de crecimiento, con 34 °C y 0.05 h-1 como punto central.
El experimento se concentró en la verificación de las condiciones de mayor producción de β-
fructofuranosidasas arrojadas por el primer cultivo en continuo, y el impacto de la temperatura
sobre la variable de respuesta a µ = 0.05 h-1. Las condiciones que si fueron probadas son las que
se muestran en la tabla 8.13, junto con los resultados de biomasa y actividad para cada caso.
Debido al bajo número de condiciones, no fue posible realizar un análisis estadístico similar al
primer cultivo en continuo.
79
experimento es la mitad de la que se obtuvo en el primero. La única deferencia observada
durante los 2 cultivos fue el porcentaje de saturación de oxígeno en el medio durante la
condición de máxima actividad: en el primer cultivo se mantuvo entre 2.5 y 3.5%, mientras que
en el segundo cultivo se mantuvo por debajo del 1%; es importante señalar que debido al margen
de error del propio sensor de oxígeno, la saturación durante el segundo cultivo pudo haber caído
a 0%. Aunque en el segundo experimento la aireación fue del doble que en el primero, los
volúmenes de trabajo fueron diferentes (1.5 L para el primero y 2.2 L para el segundo); lo que
resulta en una diferencia en el flujo neto de aire aún mayor (1.5 L/min para el primer caso y 4.4
L/min para el segundo). La velocidad de aireación puede incrementar el tamaño de burbuja, que
a su vez impacta de manera negativa el coeficiente de transferencia de oxígeno al medio de
cultivo [100]–[102]; para contrarrestar esa consecuencia, se incrementó la agitación de 500 a
550 rpm en el segundo diseño. La estrategia empleada no fue suficiente para mejorar el
porcentaje de saturación de oxígeno disuelto. Por otro lado, no era recomendable incrementar la
agitación por encima de los 550 rpm; pues como lo reporta Silva-Santisteban y Maugeri [65], la
producción de inulinasa comienza a decrecer a partir de una agitación superior a 500 rpm. Estos
resultados sugieren que la producción de β-fructofuranosidasas se encuentra afectada de manera
importante por la disponibilidad de oxígeno disuelto en el medio.
La figura 8.15 muestra cómo se afectó la actividad enzimática por la temperatura a una velocidad
específica de crecimiento de 0.05 h-1. Se aprecia una caída de la actividad más pronunciada a
temperaturas menores de 34 °C que a temperaturas mayores; produciendo hasta 69% menos a
30 °C y 26% menos a 38 °C que a 34 °C. Dentro del equipo de trabajo de biotecnología industrial
de CIATEJ, Núñez-López reportó que la mejor temperatura para la producción de fructanasas
80
fue de 20 °C en cultivo realizados a nivel matraz, con actividades de hasta 7.93 ± 0.6 U/ml [25];
lo que es evidencia del impacto que puede tener el sistema de cultivo en la producción de
metabolitos de interés.
Finalmente, la actividad enzimática medida sobre la muestra 4 obtenida bajo las condiciones de
34 °C y µ = 0.09 h-1 prueba el fuerte efecto que tiene la disponibilidad de glucosa sobre la
actividad de la enzima de interés. Con solo subir la tasa de dilución de 0.05 a 0.09 h-1 a 34 °C,
la actividad enzimática cayó un 84%.
El segundo cultivo en continuo se realizó también con el objetivo de validar la metodología para
el monitoreo en línea de la actividad enzimática mediante un sistema de análisis de inyección
secuencial, cuyos resultados se presentan y discuten en la sección 8.5.3.
81
8.3. Cultivos en lote a 34 °C en biorreactor
Figura 8.16. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote 1 a 34 °C.
82
Figura 8.17. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote 1 a 34 °C.
83
Figura 8.18. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote 2 a 34 °C.
No se detectó actividad proteasa en las muestras del cultivo en lote 2; es necesario aclarar, que
las muestras fueron analizadas varios días después de terminada la cinética. Aunque las muestras
se mantuvieron a -20 °C, la proteasa pudo haberse degradado haciendo imposible su detección
mediante la metodología implementada. También existe la posibilidad que no se haya producido
la proteasa debido a que la mejor aireación redujo los niveles de estrés en la levadura.
Figura 8.19. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote 2 a 34 °C.
84
de azúcares reductores. Como se observa en la figura 8.20, las muestras dializadas mostraron
una mayor actividad que la no dializada; aproximadamente un 10% mayor, lo que concuerda
con lo reportado por Miller y col [90]. Donde los autores mostraron que las sales tienen un
impacto en la coloración de la prueba lo que afectaría la absorción a 540 nm.
Cada vez que se realizó la prueba de actividad con sobrenadante sin diluir, se observó que la
disolución final tendía a quedarse impregnada a las paredes del microtubo, afectando
directamente a la respuesta final de actividad. Estos resultados indican algún tipo de interacción
entre el sobrenadante y los reactivos de la metodología de determinación de actividad
enzimática; el efecto no se observó en muestras diluidas. Todos los valores de actividad
reportados en el presente trabajo se realizaron con muestras diluidas al menos 10 veces.
Cabe señalar que se tomó en cuenta la pérdida de volumen de cultivo por evaporación. A las
condiciones a las que se realizaron los cultivos, se puede perder entre 4 y 5 ml de agua por hora
debido a la aireación. En un cultivo en lote de pocas horas, el volumen perdido no es
significativo; pero después de 100 horas, como fue el caso, la pérdida por evaporación puede
representar hasta el 30% del volumen inicial. Por tanto, es importante tomar en cuenta la
evaporación en cultivos en biorreactores; principalmente en cultivos en lote.
A continuación, se muestran los resultados de los 2 cultivos en lote alimentado que se realizaron
con el objetivo de evaluar la producción de β-fructofuranosidasas en condiciones controladas de
85
restricción de sustrato. El tiempo de cultivo cero y los datos reportados corresponden a partir
del inicio de la alimentación.
Debido que los experimentos anteriores han indicado que al limitar la disponibilidad de glucosa
en el medio promueve la producción de β-fructofuranosidasas, se corrió un primer cultivo en
lote alimentado con velocidad de alimentación constante. Al mantener fija la cantidad de glucosa
suministrado al cultivo por unidad de tiempo, conforme se incrementó la biomasa menor
disposición de sustrato hubo por unidad de biomasa, disminuyendo en consecuencia la velocidad
de crecimiento de la levadura de manera progresiva. Por tanto, se pudo estudiar el impacto de
la velocidad específica de crecimiento sobre la producción de la enzima de interés manteniendo
en todo momento la restricción de glucosa. El flujo de alimentación se mantuvo alrededor de 70
ml/h, mientras que la concentración de glucosa en el medio de alimentación fue de 100 g/L.
Figura 8.21. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote alimentado 1.
86
Una de las cualidades de un cultivo en lote alimentado es que se puede calcular de manera
sencilla el rendimiento biomasa/sustrato, 𝑌𝑥/𝑠 (ver sección 2.5.2). Al graficar la biomasa total
(peso seco * volumen de cultivo) contra el tiempo (figura 8.22), la biomasa total tiende a
incrementarse de manera lineal con el tiempo. El rendimiento 𝑌𝑥/𝑠 se obtiene de dividir la
pendiente de la línea contra la cantidad de sustrato total suministrado (flujo de alimentación *
concentración de sustrato en la alimentación). De esta manera, el valor calculado para el
rendimiento biomasa/sustrato a las condiciones del cultivo en el lote alimentado 1 fue de 0.15 g
de biomasa/g de glucosa, que es un valor bajo comparado con lo reportado en otras fuentes [26],
[32]. Esta diferencia puede deberse a la baja disponibilidad de oxígeno disuelto en el medio,
pues el sistema de aireación empleado no logra elevar el porcentaje de saturación de oxígeno
por encima del 3%.
Durante toda la etapa de alimentación el suministro de glucosa total fue mantenido en niveles
bajos, de modo que la levadura se encontró en todo momento limitada en fuente de carbono,
presentándose un incremento sostenido de la actividad fructanasa durante todo el cultivo (figuras
8.23 y 8.24). Este comportamiento refuerza la hipótesis antes mencionada que propone que la
limitación de glucosa es el impulsor para la producción de β-fructofuranosidasas.
87
Figura 8.23. Biomasa vs actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote alimentado 1.
Se presentó un fenómeno interesante durante este cultivo, como se puede ver en la curva de
sustrato de la figura 8.23 la concentración de glucosa tuvo una tendencia a incrementarse.
Aunque es cierto que la pendiente de acumulación es pequeña. El que haya una concentración
de glucosa presente durante el cultivo más allá de la que puede considerarse residual, indica que
por alguna razón la levadura no pudo consumir toda la glucosa disponible. La única razón que
se encontró para justificar este suceso fue que debía existir otro elemento limitante del
crecimiento. Este limitante fue probablemente la disponibilidad de oxígeno. En la figura 8.24,
la curva de saturación de oxígeno muestra el porcentaje de oxígeno de los gases exhaustos, que
se mantiene en descenso desde el inicio de la alimentación. Es natural que la demanda de
oxígeno se aumente al incrementarse la biomasa total, y por tanto descienda el porcentaje en los
gases de salida; pero ya se ha visto en los cultivos anteriores que 1 vvm de aireación no resulta
suficiente para la cantidad de biomasa alcanzada en el experimento (para este cultivo aún no se
contaba con aire comprimido en el laboratorio). Así que la limitante de oxígeno es un candidato
plausible que explique la acumulación de sustrato.
88
Figura 8.24. Actividad enzimática y velocidad específica de crecimiento para el cultivo en lote
alimentado 1.
La máxima actividad enzimática en U/ml se presentó a las 18 horas de cultivo, justo antes de
detener el cultivo por haber alcanzado el máximo volumen del biorreactor; donde se obtuvo 150
U/ml. Mientras que en kU/g, la máxima actividad se alcanzó a las 13 horas; donde fue de 15.5
kU/g, sin descender de manera significativa durante el resto del cultivo. Esta discrepancia se
debe a que la medición de la actividad enzimática en U/ml, tiende a depender de la concentración
de biomasa; mientras que, la medición de la actividad enzimática en U/g responde a la biomasa
total en el sistema.
Nótese que el incremento de la actividad enzimática es poco o nulo después de la hora 13, lo
que coincide con una caída en la saturación de oxígeno. Este comportamiento refuerza la idea
que limitación de oxígeno en el medio afecta directamente a la producción de β-
fructofuranosidasas. Quizá sea la razón por la que la actividad estuvo por debajo de la detectada
en los reactores en continuo. Hensing y col reportan que en cultivo en lote alimentado de la
levadura K. marxianus CBS 6556 en un rango de temperatura entre 30 – 40 °C y una saturación
de oxígeno en medio por encima del 50% obtuvieron una concentración de biomasa seca de 100
g/l, y hasta 3000 U/ml (30,000 U/g) [32]. El valor reportado resulta hasta 20 veces lo medido en
el primer cultivo en lote alimentado, lo que demuestra que es posible obtener altos valores de
actividad fructanasa al no limitar la oxigenación en el cultivo y consiguiendo una elevada
89
saturación de biomasa. En la misma referencia se reportó que la mayor actividad se incrementó
al disminuir la velocidad específica de crecimiento, siendo la de máxima producción a 0.05 h-1;
no exploraron velocidades de crecimiento menores. Este resultado concuerda con lo que se ha
reportado en este trabajo de tesis; y como lo muestra la curva de velocidad específica de
crecimiento de la figura 8.24, la mayor producción de fructanasas se dio a µ ~ 0.05 h-1.
Figura 8.25. Comparación entre técnicas de biomasa para el cultivo en lote alimentado 2.
90
cámara, que presentó un comportamiento fuera de lo esperado y que se aleja de la tendencia
presentada por el resto de las técnicas de monitoreo de biomasa. Aparentemente el grado de
error en el conteo en cámara de Neubauer se incrementa de manera importante a altas
poblaciones.
𝐹𝑆𝑅
𝑚𝑠 =
𝑋𝑉
91
El modelo calculado por regresión exponencial para la biomasa total en función del tiempo fue:
El modelo presentó un nivel de ajuste del 98.4%. Al evaluar el modelo en un tiempo infinito, la
máxima biomasa total teórica sería de 54.1 g. Por lo que mediante la ecuación 12, el coeficiente
de mantenimiento para la levadura Kluyveromyces marxianus SLP1 a 34 °C fue de 0.031 gramos
de glucosa por gramo de biomasa. Hensing y col. calcularon un valor de 0.024 gramos de
glucosa por gramo de biomasa para un cultivo en lote alimentado; no precisan a qué temperatura
corresponde dicho valor, lo manejan como constante en un rango de 30 a 40 °C [32], lo que
concuerda con el valor obtenido en este experimento. Otros trabajos reportan valores de 0.25
g/g-h a 30 °C con lactosa [103] o hasta 0.46 g/g-h a 35 °C con jugo de achicoria [104]; los
valores difieren de manera significativa con nuestro estudio probablemente al medio de cultivo
complejo empleado en las referencias. Todas con cepas de la levadura K. marxianus.
Figura 8.27. Biomasa, actividad enzimática y sustrato para el cultivo en lote alimentado 2.
La condición de restricción de biomasa de este cultivo también tuvo efectos sobre la producción
de fructanasas. Se esperaba que la actividad enzimática se mantuviera en ascenso durante el
cultivo, pero como lo demuestra la figura 8.27, el máximo de actividad se alcanzó a las 16 horas
de iniciada la alimentación para después descender y mantenerse constante durante las últimas
30 horas. Justamente en torno a esa hora la tasa de producción de biomasa parece haberse
92
reducido a juzgar por el cambio de pendiente en la curva de peso seco en la hora 25. Los
resultados indican que hay un límite en el grado de limitación de la fuente de sustrato; por debajo
de dicho límite, la levadura aparentemente cambia su estado fisiológico provocando que haya
menor actividad enzimática. Lo cual puede deberse a la menor actividad de fructanasas y/o el
incremento de la producción de proteasas.
Por otro lado, la máxima actividad enzimática en este cultivo, 45.9 U/ml, coincide con el
momento en que la velocidad específica de crecimiento es de 0.05 h -1 (figura 8.28), lo que
concuerda con los experimentos anteriores y la literatura revisada. Estos resultados indican que
al manejar una µ < 0.05 h-1, la producción de la enzima de interés también disminuye; por lo
que restringir la glucosa a valores próximos al coeficiente de mantenimiento durante el cultivo
puede resultar contraproducente para la actividad de la enzima de interés. No se presentó
restricción por oxígeno, manteniéndose entre 40 y 50% de saturación durante todo cultivo; por
lo que la disminución de la actividad enzimática solo se debió la limitación de la fuente de
carbono.
93
Figura 8.28. Actividad enzimática y velocidad específica de crecimiento para el cultivo en lote
alimentado 2.
El primer objetivo fue desarrollar una metodología para generar una curva de calibración, en la
cual se relacionará la respuesta del equipo con la concentración de azúcares reductores en una
muestra. Para la generación de la curva se emplearon 5 concentraciones conocidas de glucosa:
0.0, 0.5, 1.0, 1.5 y 2.0 g/L. La tabla 8.14 detalla los parámetros programados en el sistema SIA
para la determinación de la concentración de glucosa en una muestra. La metodología se
describe a continuación de manera general:
1. La muestra (m) fue mezclada a volúmenes iguales con reactivo DNS (r) mediante el
ciclo de succión r/m/r/m/r/m.
94
2. La mezcla se envió a la cámara de calentamiento a 95 °C durante 5 minutos (Al mismo
tiempo se realizó el lavado del sistema de agitación).
3. Después la mezcla fue enviada a la cámara de enfriamiento a 0 °C durante 1 minuto.
4. La mezcla anterior fue diluida en relación 1:4 con acarreador agua y homogenizada en
la cámara de mezclado.
5. La muestra fue inyectada al detector donde fue leída a 540 nm.
6. Se repitió el procedimiento anterior para cada punto de la curva.
Debido a que el sistema SIA posee partes metálicas que están en contacto con la muestra durante
los análisis y debido a que el fenol es corrosivo, se decidió no emplearlo en la preparación del
reactivo DNS. Pruebas preliminares indicaron que la coloración final del ensayo, aunque menos
intensa, continúa siendo proporcional a la concentración de azúcares reductores.
95
Lavado mezclador* 8 7 0 1 125
Agitación* 9 22 0 0 15
A cámara de retención* 10 7 1 0 65
A desecho* 11 5 0 1 75
A cámara de enfriamiento 12 8 1 0 30
Enfriamiento 13 8 0 0 60
A cámara de retención 14 8 1 0 30
A cámara de mezclado 15 7 0 1 40
Agitación 16 22 0 0 30
A cámara de retención 17 7 1 0 28
A espectrofotómetro 18 10 0 1 35
Lectura a 540 nm 19 21 0 1 70
Desecho 20 10 0 1 35
Lavado de cámaras** 21 8 0 1 120
A cámara de retención** 22 8 1 0 65
Desecho** 23 5 0 1 70
* Lavado del sistema de mezclado.
** Lavado completo del sistema SIA
El sistema SIA arrojó como respuesta de la lectura una curva de absorbancia contra tiempo. Por
lo tanto, el área bajo la curva es proporcional a la concentración de azúcares reductores en la
muestra. Los datos de cada curva fueron procesados para ser leídos por un programa diseñado
en el software MatLab® R2014b, con el cual se calculó el área bajo la curva para cada condición
(el código del programa se encuentra en el anexo C). Las áreas finalmente fueron analizadas en
el software Statgraphics® Centurion XVI para la obtención de una línea de regresión para la
concentración de glucosa/fructosa liberada en función del área bajo la curva.
La figura 8.29 muestra las curvas generadas por el sistema SIA para cada una de las 5
concentraciones de la curva de calibración. Se realizaron 3 repeticiones de la misma y se puede
apreciar cómo cada grupo de curvas de una concentración dada quedaron próximas entre sí. La
figura 8.30 muestra el ajuste de los datos con una línea de regresión. El coeficiente de regresión
ajustado, R2, fue de 0.997; lo que demuestra que existe un alto grado de correlación entre la
concentración de glucosa en la muestra y la respuesta que arroja el sistema SIA al implementar
la metodología desarrollada para la curva de calibración. Estos resultados demuestran que se
puede desarrollar e implementar una metodología para el monitoreo de la actividad enzimática
basada en la liberación de azúcares reductores, tal como lo es el ensayo que se empleó para la
actividad en este trabajo de tesis.
96
2.0 g/L
1.5 g/L
1.0 g/L
0.5 g/L
0.0 g/L
R2 = 0.997
Debido a los límites impuestos por la curva de calibración, la metodología desarrollada para la
determinación de la actividad fructanasa teóricamente tiene la capacidad de medir la actividad
enzimática en un rango lineal de 0.01-1.4 U/ml. Para actividades fuera de ese rango debe diluirse
o concentrarse la muestra según se requiera.
97
8.5.2. Metodología para la determinación de actividad β-fructofuranosidasa en el
sistema SIA
98
En la sección 7.12 se describe de manera general la metodología finalmente implementada. La
tabla 8.15 detalla los parámetros programados en el sistema SIA para el blanco de la muestra a
la que se determina la actividad fructanasa. La tabla 8.16 detalla los parámetros programados en
el sistema SIA para la determinación de la actividad β-fructofuranosidasa en una muestra.
Para realizar diluciones mayores a 10, se agregó un módulo con instrucciones que incluyen el
resguardo de la muestra a diluir, la dilución en sí misma y el lavado del sistema para evitar la
contaminación con muestra no diluida. La tabla 8.17 muestra las instrucciones para incrementar
99
la dilución de la muestra 10 veces; es decir, 1:100. Para diluciones mayores se repitió el módulo,
incrementando la dilución hasta 1:1000.
En la figura 8.31 se aprecian las curvas de respuesta que se generaron al aplicar la metodología
para la determinación de la actividad fructanasa desarrollada en el sistema SIA. El programa
aplicado en el ejemplo de la figura fue para una dilución 1:100, con lo que se demuestra que es
posible alcanzar la repetibilidad aún en diluciones sucesivas realizadas de manera automática
por el mismo SIA.
Es necesario puntualizar que la repetibilidad observada solo se pudo conseguir cuando no hay
presencia de burbujas de aire no deseadas en el sistema. Como ya se comentó en el apartado de
la metodología de la curva de calibración, las burbujas de aire se emplean para mantener una
muestra aislada del acarreador y evitar diluciones cuando no se desean. Contrariamente a lo
deseado, la aparición espontánea de burbujas evita que haya una adecuada homogenización
donde si la debe de haber; provocando que la respuesta de actividad sea significativamente
menor a la real. Las burbujas se generaron debido a la acumulación en resquicios del sistema y
que el flujo del acarreador no logra desplazar; así como en la cámara de calentamiento, donde
la temperatura provoca evaporación del acarreador y la liberación de gases disueltos.
100
Muestra
Blanco
En la figura 8.32 se observa el impacto que puede tener la presencia de burbujas de aire en etapas
no deseadas durante la metodología para actividad. La muestra del ejemplo es la misma, con la
misma dilución y bajo los mismos parámetros. La presencia espontánea de burbujas puede
afectar en varias etapas del proceso, tales como: la homogenización del sustrato con el
sobrenadante, una inadecuada hidrólisis del sustrato durante la incubación, problemas de
mezclado con el reactivo DNS, reacción de coloración incompleta durante el calentamiento e
interferencias con el espectrómetro durante la lectura; provocando una reducción de la señal de
actividad y afectando la repetibilidad de la técnica.
101
Sin generación de burbujas
Blanco
Figura 8.32. Respuesta SIA con y sin generación de burbujas espontaneas para la misma muestra.
102
Se realizó una comparación entre los resultados de actividad enzimática arrojados por la
metodología en microplaca y los resultados que se obtuvieron con el procedimiento diseñado en
el sistema SIA. En la tabla 8.18 se muestra el condensado de los resultados.
La desviación que hay entre las repeticiones de una muestra en el SIA pueden llegar a ser hasta
4 veces mayor a las desviaciones que presenta la técnica en microplaca. Como ya se ha
comentado, esto se debe a la variabilidad a la que se ve sometida la respuesta generada en el
SIA debido a la aparición de burbujas en etapas clave de la técnica. Comparando la actividad
promedio entre las dos técnicas, se aprecia que cuanto menor es la actividad mayor es el grado
de separación, pudiendo ser de hasta el 20% de diferencia como en la muestra A2. Resulta que,
al incrementarse la actividad en la muestra, la diferencia entre los promedios de las 2 técnicas
desaparece; con lo que se demuestra que tanto el sistema SIA, como la metodología
implementada en él, tienen el potencial de ser empleados como un método para la determinación
de la actividad fructanasa en una muestra. Claro está que se requiere mayor desarrollo a nivel
del software y hardware para reducir el nivel de variabilidad, ya que por con el diseño probado
la confiabilidad de los resultados solo se puede conseguir con un número elevado de
repeticiones.
Finalmente, las figuras 8.34 y 8.35 muestran que los resultados de las 2 técnicas no son
estadísticamente diferentes a un nivel de confianza del 95%; es decir, estadísticamente las 2
técnicas ofrecen resultados similares. Aunque es necesario señalar, que esta similitud se debe
principalmente a la alta variabilidad presente en la técnica del sistema SIA.
103
Figura 8.34. Gráfica de medias entre las técnicas de microplaca y SIA. Muestras A.
Figura 8.35. Gráfica de medias entre las técnicas de microplaca y SIA. Muestras B.
104
8.5.3. Monitoreo en línea de la actividad β-fructofuranosidasa de un cultivo en
continuo
Durante la realización del segundo cultivo en estado continuo, el biorreactor fue acoplado al
sistema SIA mediante una tubería conectada a una sonda de cerámica en contacto con el cultivo
(figura 8.36 y 8.37), la cual permitió la extracción de sobrenadante libre de células y su inyección
al SIA para la determinación in situ de la actividad fructanasa.
Figura 8.36. 1. Sistema de cultivo en continuo: bioconsola, biorreactor, balanza, bombas de entrada y
salida, tanque de alimentación y recipiente para desecho. 2. Sistema SIA. 3. Línea de acoplamiento.
105
3
106
La lectura se realizó en concordancia con el muestreo de cada una de las condiciones discutidas
en la sección 8.2.2. Uno de los grandes inconvenientes de los métodos diseñados en el sistema
SIA es que, debido a los ciclos de dilución y limpieza, añadidos al tiempo propio de la
metodología, el análisis de una sola muestra podía llevar más de una hora; sumado a que no
todas las repeticiones fueron útiles debido a la interferencia importante de burbujas, no se
pudieron realizar el número de corridas necesarias por punto para lograr absorber la variabilidad
del método. La tabla 8.20 muestra los resultados generados por el sistema SIA comparados con
los que se obtuvieron en microplaca.
El haber contado con pocas mediciones por punto (entre 2 y 3) imposibilitó el descarte de curvas
pues no había manera de identificar valores atípicos. Por tal motivo, la desviación estándar que
se observa para las mediciones con el SIA son considerablemente altas. Además, el grado de
diferencia con la técnica en microplaca es fluctuante.
Estos experimentos demostraron que es posible desarrollar una metodología que permita el
monitoreo de la actividad β-fructofuranosidasa tanto en línea como fuera de línea. Sin embargo,
aún hay trabajo por realizar tanto en software, hardware y método para lograr la repetibilidad y
precisión que demanda cualquier técnica de medición y monitoreo de actividad enzimática.
107
9. CONCLUSIONES
Las técnicas de monitoreo de la cinética de crecimiento tienen un alto grado de
correlación entre sí (> 95%); siendo la correlación entre peso seco y permitividad la de
mayor importancia, pues se puede conocer la cantidad de biomasa de manera confiable
y en tiempo real durante el cultivo.
El sistema de análisis por inyección secuencial (SIA) puede ser usado para el monitoreo
de la actividad β-fructofuranosidasa fuera de línea con un alto número de corridas por
muestra, y tiene el potencial de ser usado en línea durante un cultivo con realizando
modificaciones de software y hardware.
108
10. PERSPECTIVAS
Diseñar e implementar una estrategia de control con base en las técnicas de monitoreo
en línea: espectroscopia dieléctrica y actividad β-fructofuranosidasa (SIA).
Modificar el software y hardware del sistema SIA para hacerlo más robusto, preciso y
confiable para la implementación de metodologías analíticas en y fuera de línea.
109
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118
12. ANEXOS
Soluciones:
Metodología
Blanco Muestra
Mezclar 225 µl de buffer A con 25 µl de Mezclar 225 µl de buffer A con 25 µl de
extracto extracto
Agregar 250 µl de solución stop y agitar Agregar 250 µl de sustrato y agitar
Incubar a 34 °C durante 60 min a 900 rpm. Incubar a 34 °C durante 60 min a 900 rpm.
Agregar 250 µl de sustrato. Agregar 250 µl de solución stop.
Incubar a -20 °C durante 5 minutos. Incubar a -20 °C durante 5 minutos.
Centrifugación a 10,000 g durante 5 minutos Centrifugación a 10,000 g durante 5 minutos
a 4 °C a 4 °C
Recuperar sobrenadante y leer a 366 nm. Recuperar sobrenadante y leer a 366 nm.
𝐴𝑏𝑠𝑜𝑟𝑏𝑎𝑛𝑐𝑖𝑎𝑚𝑢𝑒𝑠𝑡𝑟𝑎366𝑛𝑚 − 𝐴𝑏𝑠𝑜𝑟𝑏𝑎𝑛𝑐𝑖𝑎𝑏𝑙𝑎𝑛𝑐𝑜366𝑛𝑚
𝐴𝑐𝑡𝑖𝑣𝑖𝑑𝑎𝑑 𝑝𝑟𝑜𝑡𝑒𝑎𝑠𝑎 (𝑈⁄𝑚𝑙 ) =
𝑚𝑖𝑛𝑢𝑡𝑜𝑠𝑖𝑛𝑐𝑢𝑏𝑎𝑐𝑖ó𝑛 ∗ 𝑚𝑙𝑚𝑢𝑒𝑠𝑡𝑟𝑎
119
B. Datos del primer cultivo en estado continuo
DO, absorbancia
fructanasa, U/ml
alimentación, g/l
Conteo cámara,
fructanasa, U/g
Temperatura,
Permitividad,
Mconteos/ml
Biomasa, g/l
MUESTRA
Etanol, %
Actividad
Actividad
Mcel/ml
Glucosa
CO2, %
dO2, %
CASY,
pF/cm
O2, %
µ, h-1
°C
T1R1 26 0.05 20 1270 2078 17.7 8.64 3.1 25.727 0.727 11.7 -- 20589 177.87
T1R2 26 0.05 20 1280 2655 19 8.83 2.97 25.391 0.728 16.3 -- 20676 182.53
T1R3 26 0.05 20 1285 2060 20.9 8.94 3.1 25.74 0.878 11.9 -- 14500 129.60
T2R1 34 0.05 20 1050 2297 13 7.11 3.48 21.49 0.149 2.7 -- 114303 812.22
T2R2 34 0.05 20 1015 2081 14.2 6.94 3.53 22.112 0.16 2.6 -- 128628 892.24
T4R2 26 0.4 20 227 231 7.5 3.12 1.78 20.26 1.456 2.6 -- 936 3.25
T2R3 34 0.05 20 1100 2139 14.8 7.05 3.62 22.199 0.149 2.6 -- 79748 562.07
T4R1 26 0.4 20 240 239 6.9 2.92 1.81 20.279 1.448 2.6 -- 1113 2.92
T3R1 34 0.4 20 358 552 8.4 3.31 1.67 20.85 1.857 2.6 -- 4631 15.34
T3R2 34 0.4 20 333 540 8.6 3.25 1.7 20.805 1.801 2.6 -- 11374 37.00
T4R3 26 0.4 20 255 243 7.8 3.05 1.81 20.139 1.496 2.6 -- 614 1.87
T3R3 34 0.4 20 460 502 8.8 3.36 1.69 20.628 1.855 2.6 -- 10653 35.75
T5R1 26 0.05 60 1483 2372 17.5 9.35 3.16 20.082 1.685 100 0.667 13785 128.92
T5R2 26 0.05 60 1465 2350 17.3 9.44 3.19 20.087 1.713 100 0.651 13672 129.09
T5R3 26 0.05 60 1090 2612 15.8 9.17 3.04 19.945 1.782 100 0.717 11823 108.44
T7R1 34 0.05 60 503 302 11.1 6.14 2.45 21.553 1.456 2.7 1.445 12185 74.86
T7R2 34 0.05 60 490 277 11.7 5.93 2.46 21.491 1.45 2.7 1.454 12135 71.95
T7R3 34 0.05 60 518 273 11.6 6.37 -- -- -- -- -- 15837 100.91
T6R1 26 0.4 60 204 227 6.9 2.35 1.11 20.051 2.434 2.6 0.205 5621 13.21
T6R2 26 0.4 60 233 245 6.6 2.16 1.08 20.005 2.339 2.6 0.234 2044 4.42
T6R3 26 0.4 60 255 252 7.3 2.61 1.07 19.884 2.29 2.6 0.127 2455 6.41
120
T8R1 34 0.4 60 458 354 10.1 5.73 2.62 17.92 7.936 2.7 3.222 95 0.55
T8R2 34 0.4 60 435 395 10.8 5.87 2.66 17.849 7.883 2.7 3.103 80 0.47
T8R3 34 0.4 60 470 467 11.4 6.40 2.69 17.639 8.443 2.7 3.289 259 1.66
T9R1 30 0.225 40 620 794 11.2 5.13 2.16 19.48 4.13 2.7 1.837 4532 23.24
T9R2 30 0.225 40 714 917 11 5.21 2.38 19.431 4.194 2.7 1.871 5121 27.12
T9R3 30 0.225 40 738 986 11.9 5.43 2.42 20.186 0.24 2.7 1.832 5697 30.93
T10R1 30 0.225 40 622 1056 11.1 6.55 2.31 18.793 4.296 2.7 1.784 1814 16.54
T10R2 30 0.225 40 673 1142 12.9 6.68 2.73 18.764 4.244 2.7 1.784 1943 17.52
T10R3 30 0.225 40 650 1250 12.7 6.87 -- -- -- -- -- 2149 19.93
T11R1 30 0.225 40 887 1323 13.1 6.79 2.68 17.873 4.209 2.6 1.732 3997 27.04
T11R2 30 0.225 40 768 1243 12.7 6.66 2.85 17.803 4.244 2.7 1.69 4823 32.12
T11R3 30 0.225 40 668 1422 12.9 6.87 2.85 17.761 4.038 2.7 1.76 5025 34.53
T12R1 30 0.225 40 590 965 11.9 5.42 2.33 17.612 4.347 2.7 1.949 4735 23.31
T12R2 30 0.225 40 680 910 10.8 5.25 2.33 17.509 4.246 2.7 1.931 4605 23.29
T12R3 30 0.225 40 575 685 10.4 5.36 2.31 17.573 4.325 2.7 1.941 4842 25.96
121
C. Código del programa para calcular el área bajo la curva de la curva de
calibración SIA
[FileName,PathName]=uigetfile('*.xlsx','Selecciona el archivo de Excel');
addpath(PathName)
dat1=uiimport(FileName);
datos=dat1.data;
a=input('Cuántas corridas se realizaron? '); %Número de puntos de la
curva(suele ser 5)
y=input('Cuántas repeticiones por corrida? '); %Número de veces que se
ejecutó el programa para repetibilidad
z=input('Cuántos conteos tiene cada curva? '); %Número de datos generados
en las curvas
ct=1;
cI=2;
for c=1:y
for f=1:a
for b=1:z
t(f,c,b)=datos(b,ct);
I(f,c,b)=datos(b,cI);
i(b)=t(f,c,b);
j(b)=I(f,c,b);
end
ct=ct+2;
cI=cI+2;
A(f,c)=trapz(i,j);
m(f)=mean(A(f,:));
s(f)=std(A(f,:));
hold on
plot(i,j)
end
end
hold off
A
m
s
legend('0.0 g/l','0.5 g/l','1.0 g/l','1.5 g/l','2.0 g/l')
122
D. Código del programa para calcular el área bajo la curva de muestras para
determinación de actividad β-fructofuranosidasa
[FileName,PathName]=uigetfile('*.xlsx','Selecciona el archivo de Excel');
addpath(PathName)
dat1=uiimport(FileName);
datos=dat1.data;
% Este programa presupone que son repeticiones de un mismo punto
a=input('Cuántas corridas se realizaron? ');
z=input('Cuántos conteos tiene cada curva? ');
ct=1;
cI=2;
for c=1:a
for f=1:2
for b=1:z
t(f,c,b)=datos(b,ct);
I(f,c,b)=datos(b,cI);
i(b)=t(f,c,b);
j(b)=I(f,c,b);
end
ct=ct+2;
cI=cI+2;
A(f,c)=trapz(i,j);
m(f)=mean(A(f,:));
s(f)=std(A(f,:));
hold on
plot(i,j)
end
end
hold off
A
m
s
Ar=m(2)-m(1)
legend('Blanco','Muestra')
123
E. Código del programa para calcular la actividad β-fructofuranosidasa de muestras
provenientes de un biorreactor acoplado al sistema SIA
[FileName,PathName]=uigetfile('*.xlsx','Selecciona el archivo de Excel');
addpath(PathName)
dat1=uiimport(FileName);
datos=dat1.data;
a=input('Cuántas muestras se tomaron? '); %Número de muestras tomadas del
reactor
z=input('Cuántos conteos tiene cada curva? '); %Cantidad de renglones
generados por lectura
d=input('Qué dilución se empleó?'); %Depende del programa del SIA empleado:
10, 100, 1000 ó más
cTb=1;
cAb=2;
cTm=3;
cAm=4;
for c=1:a
for b=1:z
Tb(c,b)=datos(b,cTb);
Ab(c,b)=datos(b,cAb);
Tm(c,b)=datos(b,cTm);
Am(c,b)=datos(b,cAm);
xb(b)=Tb(c,b);
yb(b)=Ab(c,b);
xm(b)=Tm(c,b);
ym(b)=Am(c,b);
end
cTb=cTb+4;
cAb=cAb+4;
cTm=cTm+4;
cAm=cAm+4;
Ab(c)=trapz(xb,yb);
Am(c)=trapz(xm,ym);
if Am(c)>Ab(c)
Aaj(c)=Am(c)-Ab(c);
else
Aaj(c)=0;
end
ActEnz(c)=Aaj(c)*0.06546*d*0.7401;
m=c-1;
figure (c);
hold on
plot(xb,yb)
plot(xm,ym)
title(['Muestra T',num2str(m)])
legend('Blanco','Muestra')
hold off
end
Aaj
mAaj=mean(Aaj)
ActEnz
mActEnz=mean(ActEnz)
124
F. Memorias: “Sustainable and Integrated use of Agave”. III International
Symposium on Agave. Guadalajara, Jalisco, Mexico. November 3-5, 2016
125
126
127
128
129
130