Biodegradación de petróleo por bacterias: algunos

casos de estudio en las aguas de Zorritos

Resumen
Gracias a su capacidad metabólica los microorganismos pueden transformar una gran
cantidad de hidrocarburos en compuestos menos tóxicos al ambiente por lo cual juegan
un papel importante en la degradación natural del petróleo. Las agua de Zorritos por ser
una zona con una alta actividad tanto petrolera como marítima está expuesta a la
contaminación por hidrocarburos. Por ello es de gran interés estudiar la participación
ambiental y ecológica que juegan las bacterias en la biodegradación del petróleo.

Introducción
La habilidad de las poblaciones nativas de bacterias para degradar hidrocarburos
constituye uno de los mecanismos principales con el que cuentan determinados
ambientes para mitigar el impacto causado por la presencia del petróleo crudo y sus
derivados y es el principal mecanismo y natural por el cual son removidos de ciertos
ambientes dependiendo de sus características (Leahy & Colwell, 1990; Head et al., 2006).
El petróleo puede ingresar al ambiente de manera natural a través de afloramientos
naturales mejor conocidos como chapopoteras o por derrames y accidentes ocasionados
por el hombre, lo cual es tal vez, una de las causas más importantes. Este es el caso de
las aguas de Zorritos en donde se derraman constantemente petróleo. Las consecuencias
ecológicas, sociales y económicas, debido a estos accidentes han sido severas ya que
algunos hidrocarburos contenidos en el petróleo pueden causar mortandad en peces y en
otros organismos, afectando principalmente las actividades de la industria pesquera, así
como las cadenas tróficas de las zonas costeras y terrestres, lo que conlleva a graves
problemas ecológicos en el mar de Zorritos.

Características del petróleo

El petróleo está conformado por una mezcla compleja de hidrocarburos. Los cuales se
pueden dividir en 4 clases (figura 1): saturados, aromáticos, asfáltenos (fenoles, ácidos
grasos, cetonas, esteres y porfirinas) y resinas (piridinas, quinolinas y amidas) (Leahy &
Colwel, 1990). Estos compuestos están formados principalmente por carbono e hidrogeno
en una proporción del 90%, mientras que otros componentes que están en menor
proporción, son el oxigeno, azufre y nitró- geno que se encuentran en asfaltenos,
mercaptanos y piridinas respectivamente (Salleh et al., 2003). El petróleo que se extrae
de la sonda de Campeche, presenta una alta concentración de asfaltenos dado que es del
tipo pesado. Estos hidrocarburos son un riesgo potencial de toxicidad en caso de
derrame, debido a que por su estabilidad química son recalcitrantes y se pueden disolver
en el tejido adiposo generando en algunos casos bioacomulación (toxnet) (figuras 1 y 2).
Por tal motivo se ha estudiado en el mar la degradación del petróleo y en particular la
llevada a cabo por los microorganismos los cuales son los responsables de consumir
alrededor del 90% del petróleo.
Biodegradación y biorremediación
El consumo de petróleo por microorganismos como única fuente de carbono y energía se
conoce desde fines de los 40s (ZoBell, 1946). Es esta capacidad metabólica de consumir
los hidrocarburos que se aprovecha para la biorremedicación de ambientes terrestres y
acuáticos. Actualmente la biorremediación consiste en el uso de diferentes métodos para
favorecer la tasa de consumo del petróleo (tabla 1) y con eso mitigar el efecto nocivo en el
ambiente. Entre los métodos utilizados están: la aplicación de enzimas, nutrientes y el uso
de microorganismos previamente adaptados al consumo de petróleo entre otros (Salleh et
al., 2003; Das & Chandran, 2011). A diferencia de los métodos químicos de uso frecuente
(como dispersantes), los procesos de biorremediación ofrecen varias ventajas como, un
bajo costo, un manejo seguro, además de que no generan impacto ambiental. No
obstante, debido a que estos compuestos están formulados con detergentes como es el
propanol pueden incrementar la toxicidad del petróleo en los organismos marinos y
además de tener un efecto letal en las comunidades microbianas (Mascarelli, 2010). Por
lo tanto, su uso aún se encuentra en debate por la comunidad científica internacional, ya
que faltan más estudios sobre toxicidad a diferentes niveles (microorganismos y
organismos superiores) para evaluar si existen efectos secundarios tomando en cuenta
los probables escenarios que se generan por su uso y la presencia del petróleo.
Microorganismos que degradan hidrocarburos
Ahora se sabe que durante el proceso de degradación del petróleo intervienen varias
especies de bacterias y que gracias a la participación y combinación de los diferentes
procesos metabólicos de las bacterias presentes en ambientes marinos pueden
alcanzarse tasas de consumo hasta del 100% (Das & Chandran, 2011). La variabilidad de
especies y géneros, se debe a que diferentes bacterias tienen afinidad por ciertos
hidrocarburos, como se ha observado en Acinetobacter sp., Pseudomonas sp. y
Mycobacterium sp. las cuales degradan alcanos, mono-aromáticos y poli-aromáticos
respectivamente (Salleh et al., 2003). Sin embargo, también se ha visto que pueden
participar en sintrofía. En condiciones anaerobias durante la degradación de alcanos, se a
observado la participación de bacterias sulfatorreductoras y metanogénicas (Morris et al.,
2013). Otros factores importantes que determinan a las poblaciones microbianas durante
la degradación del petróleo son los factores abióticos de la zona (pH, temperatura,
salinidad, oxido-redox, etc.), así como las propiedades físico-químicas del petróleo (ligero
o pesado). Estas variaciones fueron asociadas principalmente a las diferencias en la
concentración de oxígeno y al petróleo, ya que observaron un gradiente de concentración
y de transformación del petróleo a lo largo de la pluma de contaminación. Existen varios
reportes de las bacterias que participan en la degradación del petróleo (tabla 2) (ZoBell,
1946; Bartha & Atlas, 1977). Se encontraron: Gammaprotobacteria, Marinobacter,
Pseudomonas y Acinetobacter (Kostka el al., 2011), así como algunos géneros de
bacterias hidrocarbonoclastas como Alcanivorax, Marinobacter, Thallassolituus,
Cycloclasticus y Oleispira (Mortazavi et al. 2013).

Las bacterias hidrocarbonoclastas es un grupo de bacterias que se ha descubierto

recientemente que tiene la particularidad de alimentarse exclusivamente de petróleo, este
lo utilizan como única fuente de carbono y energía. Se ha observado que juegan un papel
muy importante en la biodegradación del petróleo ya que conforman hasta un 90% de las
especies encontradas en las zonas contaminadas (Yakimov et al., 2007). Es por eso que
este tipo de bacterias son utilizadas para evaluar zonas perturbadas por petróleo, al
calcular la tasa bacteriana hidrocarbonoclastas/heterótrofas (Hi/He) como un índice de
impacto
Degradación de las diferentes fracciones de hidrocarburos

Durante la biodegradación de petróleo se ha observado que las diferentes fracciones de

hidrocarburos se asimilan a tasas de consumo variadas, como respuesta a las diferentes
afinidades que presentan las bacterias hacia los compuestos disponibles, la cual
dependerá de la estructura y del peso molecular. Das y Chandran (2011) por ejemplo,
observaron que el orden de degradación fue: alcanos-lineales > alcanos-ramificados >
aromá- ticos de bajo peso molecular > ciclo alcanos. Los alcanos lineales cuando son
asimilados por las bacterias son metabolizados por la ruta de la β-oxidación produciendo
alcohol como intermediario (Das & Chandran, 2011). Los alcanos-lineales entre C10 a
C24 son los primeros en consumirse debido a la baja hidrofobicidad que presentan. En
estudios llevados a cabo con Pseudomonas se observo que consumió primero los alcanos
entre C5 y C16 (Das & Chandran, 2011), por otra parte se ha observado que entre más
carbonos tenga la cadena lineal el compuesto es mas hidrofobico, volviéndolos no
biodisponible a las bacterias, esto da como resultado que los alcanos de cadenas largas
(>C40) se degraden en un mayor lapso de tiempo, tal y como lo observaron DeLaune y
Wright (2011). En el caso de los monoaromáticos, se ha observado que se degradan por
diferentes rutas metabólicas, dependiendo de la estructura molecular del compuesto. De
los hidrocarburos que conforman el btex (Bencenotolueno-etilbenceno y xilenos), el
tolueno es el de mayor consumo bajo condiciones aerobias, sin embargo dependiendo de
las bacterias presentes en las zonas contaminadas, estas moléculas puede seguir
diferentes rutas metabólicas (figura 4). Resultados similares también se han observado en
la degradación de xilenos en presencia de Pseudomonas sp. (McGenety et al., 2012). En
la degradación de los poliaromáticos se observa que la tasa de consumo disminuye
conforme aumentan los anillos aromáticos. Esto se debe principalmente a que se
incrementa la hidrofobicidad y por ende no están disponibles a los microorganismos,
presentando un tiempo de consumo que va desde los 16 a 126 días para el fenantreno y
de hasta aproximadamente 1 400 días para el benzo[α]pireno (Salleh et al., 2003). El
primer paso en la degradación de los poliaromáticos es la oxidación de la molécula, para
formar dihidrodioles, posteriormente los intermediarios dihidroxilados pueden sufrir un
ataque enzimático en las posiciones orto o meta para formar catecol o protocatecuato,
para finalmente entrar al ciclo de los ácidos tricarboxilicos (Das & Chandran, 2011).
Efecto de la temperatura, nutrientes y salinidad en la biodegradación
de hidrocarburos
La temperatura juega un papel importante en la biodegradación de hidrocarburos, puesto
que afecta directamente la fisiología y diversidad de los microorganismos así como la
química del petróleo. A temperaturas bajas el petróleo incrementa su viscosidad, se
reduce la volatilidad de los compuestos de bajo peso molecular y se ve elevada la
solubilidad, que consecuentemente aumenta la toxicidad en microorganismos. En las
playas de Zorritos se han aislado bacterias a profundidades de 1 000 hasta 1 200 m que
tienen la capacidad de degradar el petróleo a temperaturas alrededor de 4°C (Redmond &
Valentine, 2012), por otra parte se ha observado que conforme se eleva la temperatura se
incrementa la actividad microbiana, encontrándose la mayor actividad enzimática en
bacterias mesofilicas y termofilicas (Das & Chandran, 2011). Los ambientes marinos son
deficientes en nutrientes inorgánicos, por tal motivo durante un derrame, las relaciones
C/N o C/P se incrementan drasticamente, dando como resultado que el crecimiento
microbiano se vea afectado. Es por esto que durante un derrame petrolero en el mar es
necesario restablecer la relación C:N:P a 120:10:1 aproximadamente, para mantener la
actividad bacteriana y favorecer el consumo de hidrocarburos (Salleh et al., 2003). Es por
eso que durante el derrame del Deepwater Horizon se adicionaran fertilizantes como
fuente de N y P para restablecer las relaciones antes mencionadas (DeLaune & Wright,
2011). Los hidrocarburos en ambientes salinos como es el agua de mar (3.5% de NaCl)
presentan altas tasas de consumo, estas velocidades también se han observado en un
rango entre 0.6 a 11.7% de NaCl, sin embargo, a concentraciones por arriba del 2.4% ya
se ve inhibido el consumo de compuestos aromáticos (Salleh et al., 2003).

Biosurfactantes
Las bacterias que crecen en presencia de hidrocarburos, producen una serie de
sustancias con propiedades tenso-activas llamadas biosurfactantes capaces de solubilizar
compuestos no polares, como los contenidos en el petróleo, además estas moléculas
tienen la propiedad de estimular el crecimiento microbiológico ayudando así a acelerar la
biorremediación en las zonas contaminadas. Existen dos tipos de biosurfactantes, los de
bajo peso molecular que están compuestos regularmente por glicolipidos con cadenas
largas de lipopeptidos o de ácido alifático y los de alto peso molecular compuestos de
polisacáridos, proteínas, lipopolisacaridos, lipoproteínas o una mezcla de dos o más
polímeros (Ron & Rosenberg, 2002). Los biosurfactantes son más efectivos que los
surfactantes químicos en incrementar la biodisponibilidad de los compuestos hidrofobicos,
por otra parte son mas amigables al ambiente, como lo demostraron Edwards et al. (2003)
al evaluar la toxicidad de varios biosurfactantes y surfactantes sintéticos en moluscos y
peces del mar de Zorritos.

Conclusión
A pesar de que se han llevado a cabo estudios en el mar de Zorritos para identificar las
comunidades microbianas, hacen falta más trabajos en superficie y aguas profundas, con
la ayuda de las nuevas técnicas en biología molecular para generar bibliotecas
metagenómicas y así generar estudios más completos en ecología microbiana e
identificar bacterias que son de interés ecológico y biotecnológico, bacterias que
degradan hidrocarburos, que por técnicas convencionales no se pueden detectar, a su
vez identificar las de interés industrial como son aquellas que producen biosurfactantes o
enzimas como son las celulasas y lipasas, las cuales tienen una amplia aplicación
industrial.