Analisis keragaman genetik dari breed kerbau asli China dan hibrida berdasarkan data

mikrosatelit W.C. Yang1, K.Q. Tang1, J. Mei2, W.B. Zeng3 dan L.G. Yang1
1Key Laboratorium Genetika Hewan Ternak, Pembiakan dan Reproduksi, Departemen
Pendidikan, Universitas Pertanian Huazhong, Wuhan, P.R. Cina 2Hubei Bull Station, Wuhan,
P.R. China 3Hubei Jin Niu Husbandry Co. Ltd., Jingmen, China
Penulis yang sesuai: L.G. Yang E-mail: yangliguo2006@yahoo.com.cn
Genet. Mol. Res. 10 (4): 3421-3426 (2011) Diterima April 8, 2011 Diterima 15 Agustus 2011
Dipublikasikan 5 Desember 2011 DOI http://dx.doi.org/10.4238/2011.December.5.1

ABSTRAK.
Kerbau asli China menghadapi ancaman kepunahan, seiring dengan peningkatan persilangan
silang dengan kerbau jinjing; Akibatnya, konservasi sumber daya genetik kerbau lokal telah
menjadi prioritas. Jenis keturunan asli Tiongkok, Jianghan, sering disilangkan dengan sengaja
dan tidak disengaja dengan keturunan impor dari India dan Pakistan, Murrah, dan Nili-Ravi.
Sebanyak 128 kerbau dari breed Jianghan, Murrah, dan Nili-Ravi dan keturunan hibrida
mereka yang diduga genotip untuk 10 penanda mikrosatelit. Heterozygosity dan statistik F
Wright dihitung untuk menentukan variasi genetik pada populasi tersebut. Rata-rata
heterozygositas yang diamati berkisar antara 0,836 (Murrah) sampai 0,986 (Jianghan), lebih
tinggi dari perkiraan heteroziginitas dan semua nilai inbreeding dalam populasi negatif. Jarak
genetik antara kerbau hibrida yang diduga dan dua breed kerbau susu jenis impor (Murrah
dan Nili-Ravi) lebih rendah dari pada tanaman asli Jianghan, yang menunjukkan kontribusi
kuat dari breed impor untuk populasi kerbau hibrida yang diduga ini. Informasi ini akan
berguna untuk pengembangan pembiakan rasional untuk industri kerbau susu dan untuk
strategi konservasi kerbau Jianghan.
Kata kunci: Kerbau asli cina; Mikrosatelit; Konservasi; Keturunan hibrida

PENGANTAR
Kerbau (Bubalus bubalis) memberikan kontribusi signifikan terhadap ekonomi pertanian dan
ketahanan pangan di China selatan dan negara-negara di Asia Tenggara. Ini berkontribusi
melalui susu, daging, kulit, dan rancangan listrik. Kerbau asli Cina berasal dari jenis rawa,
yang secara historis dipekerjakan terutama sebagai hewan kerja karena produksi susu mereka
sangat rendah dengan hasil susu tahunan 500-700 kg (Yang et al., 2007). Oleh karena itu,
jenis kerbau susu rivertype terkenal berkembang biak Murrah dan Nili-Ravi, diperkenalkan
dari India dan Pakistan pada tahun 1957 dan 1974, masing-masing, untuk disilangkan dengan
kerbau lokal. Setelah beberapa dekade melakukan penelitian dan praktik, lebih dari satu juta
kerbau silang telah lahir, dan produksi susu setinggi 1200-2000 kg, namun sebagian besar
tersebar di pedesaan karena kurangnya penyimpanan rekaman yang sistematis. Dalam
beberapa tahun terakhir, pemerintah China meningkatkan masukan dalam industri kerbau
susu dan negara tersebut mengemukakan bahwa industri susu kerbau adalah titik
pertumbuhan baru bagi ekonomi negara tersebut, yang telah mempromosikan pengembangan
industri susu kerbau (Huang dan Huang, 2006 ). Namun, kerbau asli China menghadapi
ancaman kepunahan dengan peningkatan kerbau silang, dan konservasi sumber daya genetik
kerbau lokal telah menjadi topik prioritas dalam banyak diskusi. Di sini, kami menggunakan
10 penanda mikrosatelit untuk menganalisis struktur genetik kerbau Jianghan dari jenis
kerbau asli China untuk meletakkan dasar bagi pembiakan rasional dalam industri kerbau
susu dan strategi konservasi untuk kerbau Jianghan.

BAHAN DAN METODE Kumpulan sampel untuk analisis DNA

Sebanyak 128 ekor kerbau dari empat populasi diperiksa dalam penelitian ini. Sperma dari 15
ekor kerbau Murrah dan 31 kerbau Nili-Ravi yang diperoleh dari Stasiun Bull di Provinsi
Hubei. Sampel darah diperoleh dari 30 kerbau Jianghan dari beberapa desa yang terletak di
daerah terpencil di Kabupaten Jingmen dan dari 52 kerbau hibrida yang diasumsikan dari
kota Jingzhou, provinsi Hubei di China. DNA genom diambil dari sperma atau darah dengan
menggunakan protokol ekstraksi fenol-kloroform standar. Sampel DNA dilarutkan dalam
buffer TE, yang terdiri dari 10 mM Tris-Cl (pH 7,5) dan 1 mM EDTA (pH 8,0), dan disimpan
pada suhu -20 ° C untuk digunakan. Pemilihan mikrosatelit dan amplifikasi PCR

Penanda mikrosatelit yang digunakan dalam penelitian ini dipilih berdasarkan rekomendasi
dari pertemuan gabungan antara International Society of Animal Genetics (ISAG) dan FAO
(Hoffmann et al., 2004) untuk studi keragaman genetik. Sebanyak 10 lokus mikrosatelit
heterolog dipilih untuk penelitian ini. Lokus ini adalah BM2113, ETH225, BM1862,
TGLA53, BMS510, BM1824, BM1818, CSSM019, ILSTS030 dan ILS058. Kondisi PCR
distandarisasi untuk semua 10 pasangan primer yang dipilih untuk penelitian ini. Polymerase
chain reaction (PCR) dilakukan pada campuran 20-μL yang mengandung 10 pmol primer,
200 μM dNTPs (deoxyribonucleotide triphosphate), buffer reaksi 2 μL 10X yang terdiri dari
1,5 mM MgCl2, 0,5 U Taq-DNA polymerase (Promega, Madison, WI ), dan DNA genom 50
ng sebagai template. Setelah denaturasi pada suhu 94 ° C selama 5 menit diikuti oleh 34
siklus 94 ° C selama 45 detik, 55 ° sampai 64 ° C (primer spesifik) selama 45 detik, dan
perpanjangan pada 72 ° C selama 45 detik. Siklus terakhir diikuti dengan langkah ekstensi
pada suhu 72 ° C selama 10 menit lagi. Produk PCR dipisahkan oleh 8% PAGE (akrilamida:
bisakrilamida = 29: 1) elektroforesis gel, dan ukuran fragmen dilakukan dengan
menggunakan perangkat lunak GENESCAN (3.1) dan GENOTYPE.

Analisis data
Untuk menentukan variasi genetik di dalam dan di antara breed, parameter seperti
heterozigositas dan statistik F Wright (FST, FIS, dan FIT) dihitung. Jumlah alel dan frekuensi
alel dan kesetimbangan Hardy-Weinberg ditentukan dengan menggunakan GENEPOP (Versi
3.3) (Raymond dan Rousset, 1995). Jumlah alel yang efektif diperkirakan menurut formula
Kimura dan Crow (1964). Perangkat lunak Genes in Population (Versi 2.0) (May et al., 1995)
digunakan untuk menganalisis statistik Wright, perkiraan heterozigositas (He), dan
mengamati heterozigositas (Ho) pada setiap populasi. Jarak genetik DA Nei (Nei, 1978)
dihitung dan kemudian digunakan untuk membangun pohon tetangga-bergabung
menggunakan paket DISPAN (Ota, 1993).

zsaaaHASIL Frekuensi alel, heterozigositas, dan statistik F

Frekuensi alel tersedia dari penulis yang sesuai atas permintaan. Relativitas heterozigositas
(HS) yang diamati, heterozigositas (HT) yang diharapkan, statistik F Wright (FIS, FIT, dan
FST) pada masing-masing lokus semuanya ditunjukkan pada Tabel 1. Jumlah alel per lokus
bervariasi dari 3 sampai 11, yang mengindikasikan bahwa semua mikrosatelit yang
digunakan cocok untuk analisis keragaman genetik. HT bervariasi dari 0 (TGLA53) sampai
0,618 (BM1818). FST per lokus bervariasi dari 0 (ETH225, TGLA53 dan BM1824) sampai
0,881 (BM1862), dan rata-rata FST dari semua lokus adalah 0.177. Nilai FST multilokus
menunjukkan bahwa sekitar 17,7% dari total variasi genetik dijelaskan oleh perbedaan
populasi, dengan 82,8% sisanya sesuai dengan perbedaan antara individu dalam populasi. Uji
HWE menunjukkan bahwa semua lokus menyimpang dari HWE saat dianalisis di seluruh
populasi. Penyimpangan ini kemungkinan disebabkan oleh ukuran populasi kecil yang efektif
dan kesulitan dalam mengumpulkan individu yang tidak terkait. Mean yang diamati
heterozigositas (HO), mean expected heterozygosity (HE), mean polymorphic information
content (PIC) dan mean jumlah alel yang diamati, serta jumlah alel efektif untuk seluruh
populasi dan data yang diamati untuk perkawinan sedarah di dalam populasi yang berbeda.
(FIS) disajikan pada Tabel 2. Meskipun bervariasi antar populasi, heterozigositas rata-rata
yang diamati lebih tinggi dari rata-rata heterozigositas yang diharapkan untuk semua
populasi, dan semua nilai perkawinan silang dalam populasi negatif.

Jarak genetik
Jarak genetik standar Nei (1972) dari 4 populasi terdaftar pada Tabel 3. Jarak genetik antara
populasi kerbau hibrida yang diasumsikan dan dua breed kerbau susu rivertype yang terkenal,
Murrah dan Nili-Ravi, lebih rendah dari pada antara hibrida dan Kerbau Jianghan (Tabel 3).
Jarak genetik terbesar adalah 0,230, antara kerbau Jianghan dan kerbau Murrah. Dendrogram
yang menggambarkan hubungan antara populasi ini ditunjukkan pada Gambar 1. Kerbau
Murrah dan kerbau Nili-Ravi berkerumun paling dekat, dan jenis yang paling dekat terkait
berikutnya adalah dengan kerbau hibrida yang diasumsikan.

DISKUSI
Jumlah alel rata-rata dan heterozigositas digunakan sebagai estimator untuk mengevaluasi
karakteristik dan keragaman genetik. Dalam penelitian ini, mean yang diharapkan
heterozigositas untuk Jianghan dan diasumsikan populasi kerbau hibrida adalah 0,701 dan
0,734, yang lebih tinggi dari pada kerbau rawa Asia Tenggara (0.506) (Barker et al., 1997;
Zhang et al., 2007). Ini mungkin karena tekanan seleksi rendah pada breed asli Tionghoa
karena kurangnya program perbaikan dan mengindikasikan bahwa kedua populasi kerbau ini
memiliki sumber daya genetik yang melimpah. Mean diharapkan heterozigositas untuk
populasi kerbau Murrah dan Nili-Ravi adalah 0,581 dan 0,647, yang lebih rendah dari pada
kerbau sungai di India (0,71-0,78, Kumar et al., 2006). Keanekaragaman genetik yang rendah
pada populasi kerbau Murrah dan Nili-Ravi dalam penelitian kami dapat dijelaskan dengan
penggunaan tekanan seleksi tinggi untuk karakteristik produksi susu. Dalam penelitian ini,
heterozigositas mean yang diamati lebih tinggi dari rata-rata heterozigositas yang diharapkan
untuk semua populasi, dan semua nilai inbreeding dalam populasi negatif, yang
mengindikasikan tidak adanya perkawinan sedarah dalam populasi tersebut.

Rata-rata kandungan PI pada populasi lokal yang berbeda dalam penelitian ini adalah antara
0,469 dan 0,671, dengan Murrah terendah dan Jianghan melihat tertinggi. Kandungan PI yang
tinggi dari Jianghan mungkin karena tekanan seleksi yang lebih rendah dalam jenis ini. Jarak
genetik antara populasi kerbau hibrida yang diasumsikan dan dua breed kerbau jenis sungai
yang terkenal, Murrah dan Nili-Ravi, lebih rendah dari pada antara hibrida dan kerbau
Jianghan. Hal ini dapat dijelaskan oleh adanya banyak keturunan hibrida pada populasi
kerbau hibrida yang diasumsikan, karena diperkenalkannya Murrah dan Nili-Ravi ke wilayah
ini dari India dan Pakistan masing-masing pada tahun 1957 dan 1974. Jarak genetik tertinggi
adalah 0,230 antara kerbau Jianghan dan kerbau Murrah. Hal ini diharapkan karena jarak
geografis yang jauh antara kedua kerbau ini. Dendrogram yang menggambarkan hubungan
antara populasi ini ditunjukkan pada Gambar 1. Kerbau Murrah dan kerbau Nili-Ravi yang
paling dekat; Hubungan dekat mereka konsisten dengan kedekatan geografis mereka dan
karakterisasi jenis kerbau susu jenis sungai mereka.
Jenis breed berikutnya yang paling erat kaitannya adalah kerbau hibrida yang diasumsikan
terdiri dari banyak keturunan hibrida antara kerbau Jianghan dan dua breed kerbau susu jenis
sungai yang terkenal, Murrah dan Nili-Ravi. Hasil ini menyiratkan bahwa ada banyak potensi
sumber daya untuk perkembangbiakan sapi perah di dalam negeri. Sebagai kesimpulan, kami
menyajikan studi pertama keragaman genetik kerbau Jianghan menggunakan penanda
mikrosatelit yang direkomendasikan oleh FAO dan ISAG. Hasilnya menunjukkan variasi
genetik yang melimpah dan tidak adanya perkawinan sedarah dalam populasi. Temuan ini
akan berguna untuk pengembangan pembiakan rasional dalam industri kerbau susu dan
strategi konservasi untuk kerbau Jianghan

UCAPAN TERIMA KASIH

Penelitian didukung oleh Program R & D Teknologi Kunci Nasional (# 2008BADB2B09-05)
dan dana yang dialokasikan untuk Sistem Penelitian Teknologi Agroindustri Modern (#
nycytx-10)

REFERENSI
Arora R, BD Lakhchaura, Prasad RB, Tantia MS, dkk. (2004). Analisis genetik diveristy
terhadap dua populasi kerbau di India utara menggunakan penanda mikrosatelit. J. Anim
Berkembang biak. Genet. 121: 111-118. Barker JSF, Moore SS, Hetzel DJS, Evans D, dkk.
(1997). Keanekaragaman genetik kerbau (Bubalus bubalis) Asia: variasi mikrosatelit dan
perbandingan dengan lokus pengkode protein. Animasi Genet. 28: 103-115. Flamand JRB,
Vankan D, Gairhe KP, Duong H, dkk. (2003). Identifikasi genetik kerbau liar Asia di Nepal.
Animasi Konservatif 6: 265-270. Hoffmann I, Marsan PA, Barker JSF, Cothran EG, dkk.
(2004). Marker MoDAD Baru Digunakan untuk Studi Keanekaragaman untuk Spesies
Peternakan Utama: Rekomendasi Kelompok Kerja ISAG / FAO Bersama. Dalam: Prosiding
Konferensi Internasional ke 29 tentang Genetika Hewan, Tokyo. Huang P dan Huang F
(2006). Review dan Prospek Pengembangan Ilmiah dan Teknis Buffalo di China. Prosiding
Kongres Buffalo Buffalo ke-5.
Central Compilation and Translation Press, Nanning, China, 40-63. Kimura M dan Crow JF
(1964). Jumlah alel yang bisa dipertahankan dalam populasi terbatas. Genetika 49: 725-738.
Kumar S, Gupta J, Kumar N, Dikshit K, dkk. (2006). Variasi genetik dan hubungan antara
delapan breed kerbau sungai India. Mol. Ecol. 15: 593-600. Mei B, Krueger CC, Eng C dan
Paul E (1995). Gen dalam Populasi, Versi 2.0: Program Komputer untuk Analisis Data
Genetik. Laboratorium Cornell untuk Genetika Ekologi dan Evolusioner, Cornell University,
Ithaca, New York. Moioli B, Georgoudis A, Napolitano F, Catillo G, dkk. (2001).
Keanekaragaman genetik antara populasi kerbau Italia, Yunani dan Mesir. Livest. Melecut.
Sci. 70: 203-211. Nei M (1978). Estimasi rata-rata heterozigositas dan jarak genetik dari
sejumlah kecil individu. Genetika 89: 583-590. Ota T (1993). DISPAN: Analisis Jarak Jauh
Genetik dan Filogenetik. Pennsylvania State University Park, Pennsylvania. Raymond M dan
Rousset F (1995). Genepop (versi 3.3): perangkat lunak genetika populasi untuk tes yang
tepat dan ekumenisisme. J. Hered. 86: 248-249. Yang B, Zeng XLQ, Qin J dan Yang C
(2007). Kerbau sapi berkembang biak di pedesaan China. Ital. J. Anim Sci. 6: 25-29. Zhang
Y, Sun D, Yu Y dan Zhang Y (2007). Keanekaragaman genetik dan diferensiasi kerbau
domestik China berdasarkan 30 penanda mikrosatelit. Animasi Genet. 38: 569-575