1.

DEGRADACIÓN DEL PETRÓLEO Y DETERGENTES CON

MICROORGANISMOS

La degradación de contaminantes no es nada nuevo; lo que sí es

novedoso, es la degradación del petróleo y detergentes por medio de
microorganismos. De hecho, las grandes compañías petroleras
transnacionales se han interesado cada vez más en un campo de estudio
llamado la Microbiología del Petróleo, que tiene, entre otras líneas de
investigación, la degradación microbiana de este combustible fósil.

Si bien la degradación del petróleo y sus derivados es un proceso natural,

pero muy lento por la complejidad molecular de sus compuestos, la
acumulación de los contaminantes en la biósfera va en aumento debido a la
utilización, por ejemplo, de hidrocarburos como fuente de energía. Pero
también debido a derrames marinos de petróleo, por accidentes, cada vez
más frecuentes, de buques- tanque; a derrames de petróleo crudo en las
zonas de donde se lo extrae; o a los múltiples talleres de automotores que
dejan al aire libre residuos de derivados del "oro negro" y que carecen de
métodos de reciclaje.

Estudios actuales pretenden implementar una tecnología que comprende la

liberación de los microorganismos al medio ambiente para llevar a cabo "in
situ", en el mismo lugar, los procesos de recuperación de metales o la
eliminación de contaminantes, ya sean derivados del petróleo, metales
pesados o detergentes.

Una de las consecuencias más interesantes de las investigaciones es que

se ha logrado una colección de microorganismos, aislados de fuentes
petroleras, de casi 200 variedades, que abren un enorme potencial para
estudiar el metabolismo de hidrocarburos del petróleo con microorganismos
nativos.
El obtener microorganismos capaces de crecer en condiciones ambientales
que puedan facilitar la eliminación de contaminantes, y capaces de
degradar hidrocarburos, representa una serie de retos y problemas como
son las condiciones ambientales de temperatura. Sobre todo, deben poder
crecer y vivir con petróleo como única fuente de carbono y energía en
condiciones de alta temperatura, salinidad y baja tensión de oxígeno.
Para degradar detergentes se busca una especie de Pseudomonas
capaces de degradarlo.

Un estudio sostiene que la mayor parte de los detergentes de uso

doméstico e industrial utilizados en México se preparan con derivados
llamados "de cadenas ramificadas" de alki-bencen-sulfonato de sodio;
moléculas muy resistentes a la acción de los microorganismos y que
causan un grave problema ecológico de aguas y campos. De hecho, en
muchos países está prohibida su utilización, pero en el país azteca continúa
en aumento. Por eso es importante encontrar los microorganismos que, en
medio natural, puedan degradar a niveles aceptables los contaminantes
que se acumulan y empeoran la situación ambiental.

Esta molécula de los detergentes es orgánica y es derivada del petróleo, y

su uso desmedido causa trastornos irreversibles en la calidad del agua y
suelo. Una solución sería que PEMEX (la enorme petrolera estatal
mexicana) dejara de producir los precursores ramificados, pero, o no tienen
la tecnología o no quieren incrementar el costo del producto con
precursores lineales que son biodegradables. Cabe señalar que los
microorganismos del estudio son de los géneros Bacilus y Pseudomonas,
en algunos casos modificados genéticamente y manejados de tal forma que
no causen daños a la salud humana, es decir, que no sean patógenos; por
otro lado, se debe tratar de encontrar un microorganismo que degrade a los
contaminantes, pues hay métodos que eliminan contaminantes pero
producen algo peor.
Por el momento, los investigadores han clasificado algunos
microorganismos capaces de crecer a expensas de algún hidrocarburo;
hasta ahora, se está trabajando con Diesel. Los microorganismos producen
una enzima que degrada o rompe algún enlace molecular de los
compuestos y los utiliza como fuente de carbono. Lo que para todos es un
contaminante, para el microorganismo es un alimento, ya sea la molécula
completa o parte de ella; o la actividad propia del microorganismo en el
ambiente tiene la capacidad colateral de actuar sobre la molécula
indeseable, aunque no la pueda utilizar, pero la modifica para que otro
microorganismo, que exista en el mismo medio, la utilice. De esta manera,
existen muchas posibilidades.

Hay que ver cómo actúan los microorganismos y cuál es la factibilidad de

usarlos. Al respecto, en principio, se trató de obtener microorganismos
capaces de producir sustancias viscosas que ayudaran a la extracción del
petróleo, y se encontró un organismo útil, pero es más importante en este
momento encontrar la degradación de los contaminantes que obtener
mayor cantidad de crudo.
El petróleo tiene cientos de sustancias diferentes en proporciones variables,
y se está trabajando para encontrar un microorganismo ideal para la
degradación de los contaminantes mayoritarios, como la gasolina. Por ello,
en la actualidad, el grupo de investigadores trabaja con el Diesel para
después intentarlo con los aceites lubricantes.

En cuanto a los detergentes, es un poco más fácil pues se trata de un grupo

muy definido de moléculas no tan variadas como en el caso del petróleo. El
problema fundamental del detergente es su molécula ramificada que cuenta
con ramificaciones de átomos de carbono, elemento difícil de descomponer.
Los microorganismos se han obtenido tanto de pozos petroleros como de
aguas negras o de tierra contaminada de talleres de automotores. De
 acuerdo a la experiencia de investigaciones de otros países en
microbiología, se señala que así se pueden encontrar en la naturaleza,
aunque no son muy abundantes.

Todos los microorganismos que se cuentan en el laboratorio de

microbiología se están sometiendo a pruebas bioquímicas para
caracterizarlos y saber bajo qué condiciones pueden trabajar y reproducirse
mejor. Una vez que se tiene el microorganismo, se ve el medio de cultivo en
el que mejor se desarrolla de acuerdo al medio ambiente en el que se lo va
a liberar.

Este proceso es muy lento y a largo plazo, pues para cultivar los
microorganismos se necesitan, por lo menos, ocho horas de "reproducción".
Si bien esta línea de investigación es abordada en muchos países, sobre
todo Estados Unidos y Europa.

DEGRADACIÓN DE HIDROCARBUROS

Como se ha comentado en la introducción debido a la amplitud del tema

vamos a centrarnos mas concretamente en la bioremediación de hidrocarburos del
petróleo el cual es un producto natural que se origina por la transformación
anaeróbica de la biomasa en condiciones de temperatura y presión elevadas.

El petróleo, debido a la existencia de filtraciones naturales, ha mantenido siempre

contacto con la biosfera. Sin embargo, la magnitud de este fenómeno natural es
pequeña si se compara con la cantidad de crudo extraído en las perforaciones
petrolíferas, que se calcula en unos 2000 millones de toneladas anuales. Por eso
de la preocupación actual. Aún así podemos decir que los componentes del
petróleo son biodegradables gracias a la acción de los microorganismos aunque
su degradación es relativamente lenta. También decir que los vertidos
accidentales de petróleo en tierra suelen ser más fáciles de contener y limpiar que
si se producen en agua.

Es importante mencionar primero antes de describir en general como se degradan

los hidrocarburos, que el petróleo es una mezcla compleja de hidrocarburos
alifáticos, alicíclicos y aromáticos. También contiene una menor proporción de
compuestos que no son hidrocarburos como ácidos nafténicos, fenoles, tioles,
compuestos heterocíclicos de nitrógeno, compuestos de azufre y metaloporfirinas.
Además cada tipo de crudo tiene varios cientos de componentes diferentes. Por
todo ello hay que tener en cuenta que se necesitan muchas vías catabólicas
diferentes, por lo tanto muchas poblaciones diferentes que puedan utilizar estos
compuestos como fuente de energía y carbono.

A continuación se contempla de manera breve y general los sistemas que

utilizan los microorganismos para degradar los diferentes tipos de hidrocarburos:

1- Degradación de hidrocarburos alifáticos en presencia de oxigeno:

Los hidrocarburos alifáticos los podemos clasificar en alcanos, alquenos y

alquilos dependiendo de lo saturados que estén sus enlaces. Como norma
general decir que como mas insaturado sea una cadena carbonatada (más dobles
y triples enlaces) más difícil o lenta será su degradación. De igual manera los
alcanos de cadena larga son más resistentes a la biodegradación a medida que la
longitud de su cadena aumenta. Cuando alcanzan un peso molecular superior a
500 dejan de servir como fuente de carbono para el crecimiento microbiano. En
general también la presencia de ramificaciones reduce la tasa de biodegradación
porque los átomos de carbono terciario y cuaternario interfieren con los
mecanismos de degradación o lo bloquean totalmente.

Los microorganismos que utilizan hidrocarburos como sustrato deben de tener

enzimas denominada monooxigenasas que son dependientes de oxigeno. La
mayoría de los microorganismos en teoría si son capaces de sobrevivir en ese
ambiente pueden degradar sin más problemas hidrocarburos de cadena larga.

Para que sea de fácil comprensión y sin entrar en demasiados detalles

metabólicos podemos decir que para que los microorganismos puedan degradar
alcanos primero deben de oxidar con oxigeno el último carbono de la molécula
gracias al complejo multienzimático que no hacen más que incorporar esta
molécula de oxigeno. Así se obtiene un hidrocarburo con un grupo alcohol siendo
así una molécula mas reactiva. Mediante otras enzimas este grupo alcohol se
oxida más hasta grupo aldheído y finalmente carboxílico. Así se obtiene una
molécula similar a un ácido graso y puede ser degradado a acetil-CoA por -
oxidación. Este proceso de oxidación también puede darse en carbonos no
terminales dando lugar a dos ácidos grasos que se procesarán por -oxidación.
Todo este proceso se puede ver representado esquematizado en la imagen de la
izquierda.

Pero como decía aunque la mayoría de microorganismos en teoría sean capaces

de utilizar este mecanismo pocos pueden vivir en esas condiciones. Para hacerlo
deben ser capaces de vivir en un medio muy hidrófobo como es el petróleo. Por lo
tanto para colonizar las interfases petróleo-agua tienen que variar
sustentiblemente la membrana. Además para introducir los hidrocarburos en la
célula lo hacen vía vesícula. Por lo tanto si hablamos de requerimientos genéticos
no solo es necesario el sistema monooxigenasa sino otros genes que permitan
variar la envoltura y formación de esas vesículas. Por esta razón son pocos las
especias que puedan realizar esta biodegradación. Sin duda la especie con más
posibilidades y la mas estudiada en el campo es Pseudomonas.
 2-Degradación de hidrocarburos aromáticos en presencia de
oxigeno:

En el caso de los hidrocarburos aromáticos, el principal problema para

degradarlos es romper este anillo aromático que pueden ser muy variados. Los
microorganismos que utilizan estos compuestos aromáticos como fuente de
carbono ,lo que hacen es que en lugar de utilizar una enzima monooxigenasa
específica para cada molécula diferente, utilizan unas vías bioquímicas llamadas
vias altas o periféricas que consisten en modificar los diferentes anillos aromáticos
absorbidos en protocatechuate y catechol. Es decir, la gran variedad de
compuestos aromáticos que se pueden encontrar son modificados y convertidos a
estas dos moléculas. A partir de estas dos moléculas que convergen todos los
compuestos, ya se puede llevar a cabo el rompimiento del anillo mediante enzimas
específicas. Esta segunda fase en la degradación seria lo que se conocería como
vías bajas. La imagen de la derecha ilustra la ruta metabólica de estas vías bajas.

A nivel génico decir que los genes que intervienen en las vías bajas suelen
encontrarse a nivel cromosómico. Sin embargo los genes que intervienen en las
vías altas debido a su gran variedad, suelen codificarse en plásmidos,
aumentando así la probabilidad de adquirir nuevas vías por transferencia génica
horizontal. Por ejemplo, el plásmido TOL ( pWWO) contiene los genes implicados
en transformar el tolueno a protocatechuate o catechol.( En el apartado de
regulación génica se hace un esmento especial).

3-Degradación anaeróbica:

El hecho que en todos los ambientes donde los hidrocarburos naturales se

forman el oxígeno no está presente, ha hecho pensar a la comunidad científica
que los hidrocarburos no podrían ser degradados anaeróbicamente. Pero a finales
de 1980s se descubrieron algunos microorganismos que si tenían cierta actividad
degradadora bajo condiciones totalmente extrictas.
Este conocimiento es tan reciente que aún no se comentan ni en los libros de
textos mas especializados en el tema ni siquiera la posibilidad. Actualmente se
está trabajando mucho en este insólito campo por la importancia que tiene y las
aplicaciones potenciales que pueda tener en la biorremediación. Hay que tener en
cuenta que en la mayoría de los lugares contaminados donde se quiere aplicar
estas técnicas de biorremediación hay condiciones anoxigénicas o de seguida se
consume el oxigeno. Lo que se hacía hasta ahora en estas situaciones es insuflar
aire en estos ambientes mediante una bomba para favorecer la degradación
aeróbica.

Evidentemente esta técnica hace encarecer el proceso aparte que a veces la

difusión de oxigeno no puede ser posible. Los pocos estudios realizados hasta
ahora han desvelado que los mecanismos de degradación en estas condiciones
son totalmente diferentes a los utilizados en presencia de oxigeno excepto la -
oxidación que también se da en condiciones anóxicas. En general se dan
procesos de reducción o condensación con otras moléculas para activar primero
los compuestos.

Como en esta pagina se quiere dar una idea general sobre el campo de la
biorremediación si se desea saber mas sobre mecanismos de degradación de
diferentes compuestos aromaticos en condiciones anaeróbias se recomienda la
lectura del siguiente review. y para los mecanismos que se utilizan para degradar
compuestos recalitrantes se recomienda este otro review.

2.- BIORREMEDIACION DE PETRÓLEO

La descomposición del petróleo por la vía microbiana es un mecanismo ágil y

seguro para eliminar la contaminación. Por esto es importante estudiar las formas
por las cuales los microorganismos asimilan los compuestos del petróleo y de qué
manera se puede acelerar el proceso de descontaminación. Se han desarrollado
 tecnologías de biorremediación en las cuales actúan microorganismos o plantas
que permiten la descomposición de compuestos tóxicos. Las tecnologías de
biorremediación tienen como objetivo degradar contaminantes orgánicos a
concentraciones que sean de una u otra forma indetectables, o si son detectables,
a concentraciones por debajo de los límites establecidos como seguros o
aceptados por las agencias de regulación (Gilbert, 1998).

2.1.- LOS CRITERIOS EN UN PROCESO DE BIORREMEDIACIÓN SON

 Los microorganismos existentes in situ o aquellos que se vayan a agregar deben

tener capacidad catabólica.
 Los microorganismos utilizados deben ser capaces de transformar los compuestos
a velocidades razonables y llevar la concentración de los compuestos a niveles
estándar.
 No deben generar productos tóxicos a las concentraciones finales esperadas para
el desarrollo de la biorremediación.
 El sitio no debe presentar concentraciones o combinaciones de químicos que
hayan sido identificados como inhibitorios para las especies biodegrada doras, o al
menos deben estar diluidas.
 Los compuestos deben estar disponibles a los microorganismos.
 Las condiciones del sitio o del reactor deben ser favorables para el crecimiento o
la actividad microbiana.
 El costo debe ser menor o al menos igual que el de otras técnicas utilizadas para
destruir el compuesto químico. (Gilbert, 1998)

Para establecer qué técnica de biorremediación utilizar en el lugar contaminado

con petróleo es importante tener en cuenta cómo asimilan los organismos el
petróleo metabólicamente. El petróleo es una fuente muy rica en materia orgánica,
y los hidrocarburos que contiene son fácilmente atacados aeróbicamente por una
variedad de microorganismos; cuando el petróleo entra en contacto con el agua y
es expuesto al aire se somete a la descomposición microbiana
(Bruck, 1993).
Estudios realizados en lugares donde se han presentado derrames de petróleo
demuestran que más del 80% de los compuestos no volátiles son oxidados por las
bacterias 6 meses a un año después. Sin embargo, algunas fracciones
permanecen en el ambiente por un tiempo mayor. El petróleo derramado tiende a
acumularse en los sedimentos, lo que hace más difícil su degradación.

Los hidrocarburos del petróleo se clasifican en cuatro clases: saturados,

aromáticos, asfáltenos y resinas.

Los saturados, entre los que se encuentran los alifáticos, presentan una tasa
mayor de degradación con respeto a los aromáticos. El petróleo crudo es el más
susceptible a la descomposición microbiana. Una variedad de bacterias y hongos
tienen la capacidad para degradar o utilizar los hidrocarburos como sustrato. La
utilización de hidrocarburos por bacterias y hongos es bastante variable; se
reporta una capacidad de 6% del 80% de los hongos del suelo, 0,13% del 50% de
las bacterias del suelo y 0,003% del 100% de las bacterias marinas.

Las bacterias individualmente pueden metabolizar un rango ilimitado de

compuestos, en contraste con los consorcios microbianos que pueden degradar
mezclas complejas de hidrocarburos en diferentes ambientes. La biodegradación
de compuestos alifáticos n-alcanos en condiciones oxigénicas ocurre normalmente
por ataque monoterminal; usualmente se forma un alcohol primario seguido por un
aldehído y un ácido monocarboxílico, la degradación subsiguiente del ácido
carboxílico ocurre por B-oxidación y formación de ácidos grasos cortos de dos
unidades de carbono y A-Coa con la liberación eventual de CO2. Los ácidos
grasos se acumulan durante la degradación y algunos son tóxicos. Para la
descomposición anaeróbica de los hidrocarburos debe existir un receptor de
electrones alternativo al oxígeno. Bioquímicamente puede darse un proceso de
reducción de sulfato o denitrificación. Las bacterias del sulfato actúan en la fase
inicial pero no pueden degradar grandes cantidades de hidrocarburos. Eso explica
la razón por la cual no se produce la descomposición del petróleo en un sistema
anaeróbico.
2.2.- BIODEGRADACION POR BACTERIAS

Gracias a su capacidad metabólica los microorganismos pueden transformar una

gran cantidad de hidrocarburos en compuestos menos tóxicos al ambiente por lo
cual juegan un papel importante en la degradación natural del petróleo. El Golfo de
México por ser una zona con una alta actividad tanto petrolera como marítima está
expuesto a la contaminación por hidrocarburos. Por ello es de gran interés
estudiar la participación ambiental y ecológica que juegan las bacterias en la
biodegradación del petróleo, por lo que en este capítulo se hace una breve
recopilación de los ultimos trabajos llevados a cabo acerca de la degradación de
hidrocarburos en el Golfo de México, así como algunas experiencias en la
identificación de bacterias degradadoras que intervienen en los diferentes
procesos de degradación.

(PDF) Biodegradación de petróleo por bacterias:.... Available from:

https://www.researchgate.net/publication/273002971_Biodegradacion_de_petroleo
_por_bacterias_algunos_casos_de_estudio_en_el_Golfo_de_Mexico [accessed
Jul 20 2018].