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RESUMO BIOMOL 2018/1

Dogma central
● Genes são perpetuados como sequências de ácidos nucléicos;
● Os genes só apresentam função quando são expressos na forma de proteína;
● A replicação é responsável pela herança da informação genética.

Dogma atualizado
● A informação no ácido nucléico (DNA ou RNA) pode ser perpetuada e transferida;
● A tradução é irreversível.

Natureza química do material genético: O material genético, a molécula da hereditariedade, em organismos celulares é
sempre ácido nucleico, podendo ser DNA ou RNA (em alguns vírus).
Nucleotídeos: Os nucleotídeos são “blocos” constituintes dos ácidos nucleicos, que podem ser: ribonucleotídeos, que
compõem o RNA (ácido ribonucleico), e desoxirribonucleotídeos, que fazem parte do DNA (ácido desoxirribonucléico).
Todos os nucleotídeos são formados por três partes distintas: um açúcar, uma base nitrogenada e um grupamento fosfato.
Açúcar (pentose): Há fórmula estrutural dos dois tipos de pentose:
● D-Ribose: que tem um grupamento OH ligado ao carbono C2', presente nos ribonucleotídeos;
● 2’-Desoxi-D-ribose: átomo de H ligado ao carbono C2', que está presente nos desoxirribonucleotídeos.

Bases nitrogenadas: São anéis com átomos de nitrogênio essencialmente planos, para que permita o empilhamento. Esta
característica é importante para o arranjo espacial das moléculas dos ácidos nucleicos. Além disso, o nitrogênio confere um
caráter básico fraco ao anel, de forma que as bases nitrogenadas apresentam-se sem carga em pH fisiológico, mas podem se
apresentar carregadas em valores extremos de pH. O comportamento das bases nitrogenadas em pH fisiológico é fundamental
sob o ponto de vista estrutural dos ácidos nucleicos. As bases nitrogenadas dividem-se em:

● Purinas: apresenta dois anéis heterocíclicos fundidos, no C4 e no C5, um de seis e um de cinco átomos, contendo ao
todo quatro átomos de nitrogênio. Adenina e guanina são encontradas tanto no DNA como no RNA.

• Pirimidinas: apresenta um único anel heterocíclico de seis átomos, contendo dois átomos de nitrogênio.

Regra de Chargaff: O nº de A = T, e o nº G = C. A partir dessas relações pode-se afirmar que a soma de nucleotídeos
purínicos é igual a soma de nucleotídeos pirimidínicos. A ligação mais difícil de ser quebrada é Guanina – Citosina por
estarem ligadas por 3 pontes de hidrogênio.
Grupamento fosfato: O caráter ácido dos nucleotídeos é devido à presença de resíduos de fosfato, derivados do ácido
fosfórico, que se dissociam em pH intracelular, liberando íons H+ e deixando o fosfato carregado negativamente. Esta carga
negativa ajuda a estabilizar a dupla hélice da fita de DNA que encontra-se em meio aquoso, permitindo que a parte carregada
fique para o lado de fora (parte hidrofílica), protegendo a parte hidrofóbica.

Importância dos nucleotídeos: Além de serem unidades monoméricas constituintes dos ácidos nucléicos, os nucleotídeos
desempenham outras funções celulares relevantes:
● Carreadores de energia química: o ATP e outros nucleotídeos, CTP, TTP e GTP, desempenham função de armazenamento
energético.
● Componentes de cofatores enzimáticos: alguns nucleotídeos são componentes de NAD+ (oxidada) e NADH (reduzida), e de
FMN (oxidada) e FAD (reduzida). Estes compostos, por existirem nas formas oxidada e reduzida, são cofatores importantes
para as reações de oxirredução catalisadas enzimaticamente.

Formação dos ácidos nucleicos: Os ácidos nucléicos são polímeros lineares, sem ramificações, de nucleotídeos unidos por
ligações fosfodiéster (covalentes), formadas entre o grupo hidroxila do carbono C3' de um nucleotídeo e o grupo fosfato do
carbono C5' do nucleotídeo adjacente.

A cadeia de nucleotídeos tem orientação definida pelo suporte açúcar-fosfato. Um dos nucleotídeos terminais tem a
extremidade 5’ livre, contendo um fosfato, e o outro tem a extremidade 3’ livre, contendo uma hidroxila.
DNA: A molécula de DNA tem de armazenar informações, duplicar-se, para a perpetuação delas, e permite mutações
em sua molécula, garantindo assim, a variabilidade genética e, consequentemente, o processo evolutivo.

● O modelo de estrutura do DNA consiste em duas cadeias polinucleotídicas helicoidais enoveladas (para a direita) ao
redor de um eixo comum para formar uma dupla hélice. As duas fitas de DNA são “antiparalelas” (a natureza
antiparalela da dupla hélice assegura o alinhamento ótimo das bases e, portanto, maximiza a interação do tipo
ponte de hidrogênio) “complementares” e são unidas por interações de hidrogênio entre as bases, formando os pares de
bases.

Regras de pareamento de bases: forma como os nucleotídeos de cada fita se ligam (A -T/ C-G), cada fita preexistente
funcionaria como um molde para guiar a síntese de uma fita complementar.

● O diâmetro da molécula de DNA é constante ao longo de sua extensão, ocasionado pelo pareamento
entre purina e pirimidina, e pela distâncias entre as bases.

Como uma interação fraca, como a ponte de hidrogênio, pode conferir estabilidade à molécula de DNA? Mesmo
equivalente a 3% de uma ligação covalente, são muitas ligações que conferem a resistência da dupla hélice. Sulcos: Dentro
dos limites do contorno cilíndrico da dupla hélice, encontram-se dois sulcos. O sulco menor, resulta da depressão entre as
duas cadeias complementares, enquanto que o sulco maior resulta da depressão existente entre os giros adjacentes da hélice.
Eles são importantes porque deixam livres superfícies para a interação entre o DNA e as proteínas.

Forças que estabilizam a dupla hélice


● Empilhamento de bases: a disposição planar dos anéis das bases nitrogenadas contribui para minimizar o contato das bases
com água. As forças de empilhamento estabilizam a dupla hélice quase tanto quanto as pontes de hidrogênio.
● Posicionamento: os pares de bases se posicionam no interior da dupla hélice e o suporte açúcar-fosfato, hidrofílico, localiza-
se no exterior, em contato com a água.
● Estabilidade da estrutura helicoidal: é de alguma forma, diminuída pela repulsão entre os grupos fosfatos. Por isso, eles
devem ser mantidos afastados o máximo possível um do outro para reduzir a repulsão eletrostática.

Variações da estrutura de DNA: A “tripla hélice do DNA” se forma pelo pareamento de certas bases com um par A=T ou
C≡G. Por exemplo, uma citosina protonada (com carga positiva) pode parear com a guanina, e a timina pode parear com a
adenina, a terceira fita se acomoda no sulco maior formando pontes de hidrogênio específicas impedindo, assim, o acesso de
proteínas que, por exemplo, ativam ou reprimem a expressão de um gene. Essa estrutura não dura muito tempo por ser bem
instável.
Desnaturação e renaturação do DNA: Na desnaturação, a dupla hélice da molécula de DNA pode ser rompida, por calor
ou extremos de pH, resultando inicialmente em um DNA parcialmente desnaturado até a separação total das duas fitas. As fitas
simples, separadas, assumem então, uma conformação aleatória.
Diferente das proteínas, que raramente se renaturam, o DNA pode ser renaturado ao se retirar o agente causador do
processo. A transcrição, por exemplo, é baseada na desnaturação da dupla fita. As condições em que isso ocorre são
conhecidas como condições de anelamento. Essa peculiaridade representa uma vantagem em diversas metodologias
empregadas na tecnologia de DNA recombinante.
Hibridização: Ocorre a aplicação de uma sonda, com especificidade a determinados pares de bases no DNA desnaturado que
se juntará a um gene complementar. Este, leva ao gene que se quer localizar em estudos, ocorrendo depois a renaturação da
dupla fita.
RNA: O papel do RNA como material genético se restringe a grupos específicos de vírus. Além da função de
armazenamento de informação genética, funções variadas podem ser exercidas por diferentes moléculas de
RNA, sendo que a principal delas está associada a sua participação no “fluxo da informação genética”.

Transcrição reversa: processo característico de alguns vírus de RNA, como, por exemplo, o HIV. Após a infecção da
célula hospedeira, o material genético desse vírus, o RNA, é convertido a DNA, que se integra ao genoma do hospedeiro.
● RNA mensageiro: Dos principais tipos de RNA, os mRNAs são os menos abundantes do RNA celular total. Os mRNAs
são sintetizados utilizando a mensagem contida na sequência de bases de porções específicas do genoma de um organismo.
As sequências de bases do mRNA, por sua vez, determinarão a ordem dos aminoácidos nas proteínas sintetizadas nos
ribossomos.
● RNAs funcionais
1 – RNA transportador: são moléculas responsáveis por levar o aminoácido correto para o mRNA no processo de
tradução. Aproximadamente 15% do total de RNA celular correspondem aos tRNAs. Para a síntese de proteínas, os tRNAs
precisam:
● Primeiramente, as moléculas de tRNA ativam os aminoácidos, o que favorece energeticamente a
formação das ligações peptídicas. Os aminoácidos ativados são, então, transportados para os ribossomos,
onde são transferidos para a cadeia polipeptídica nascente.
● A segunda função dos tRNAs é reconhecer a informação contida no mRNA, mais especificamente nos
códons do mRNA, assegurando que o aminoácido correto seja incorporado na cadeia peptídica crescente.
Os tRNA apresentam uma estrutura secundária comum que se assemelha a uma folha de trevo, onde os braços do trevo são
fundamentais para as etapas de ativação e de transferência de aminoácido para a cadeia peptídica nascente no ribossomo.

2 – RNA ribossômico: principais componentes dos ribossomos, que são máquinas macromoleculares que guiam a
montagem da cadeia de aminoácidos pelo mRNA e tRNA.

3 - Pequenos RNAs nucleares (snRNA): presentes em eucariotos, já que em procariotos não há a fase de
processamento. Como o mRNA não pode ler os íntrons pelo seu caráter não codificante, a função do snRNA é retirar essas
partes do material, liberando para o mRNA apenas os éxons. O reconhecimento do ínicio e fim dos íntrons, se dá pela presença
das bases GU (início) e AG (fim). Após a remoção, tem-se o mRNA maduro enquanto os íntrons são degradados.
4 - Auto – Recomposição de Íntrons: RNA que retiram seu íntrons sem a necessidade do snRNA. Ou seja, este possui
função catalítica.
5 - As ribozimas: RNA com função catalítica. Apresentam variações consideráveis de tamanho, podem ser
constituídas por um ou mais filamentos e, de maneira análoga às enzimas, sua estrutura tridimensional é importante para sua
função. As ribozimas atuam no processamento de mRNAs e são capazes de cortar e remover sequências específicas de sua
própria molécula ou de outros RNAs.
6 - RNA de interferência (RNAi): A interferência por RNA (RNAi) é um mecanismo celular responsável pelo
silenciamento gênico pós-transcricional que atua sobre o RNA mensageiro (mRNA), ou seja, é esse mecanismo que determina
o fim da vida útil do mRNA, para que não sejam produzidas proteínas além do necessário.
Quais são os papéis vitais desempenhados pela via de RNAi em condições naturais?
Características químicas do RNA: Embora o RNA seja um dos componentes mais estáveis da célula, o DNA é mais. A
presença do grupo 2’-hidroxila adjacente faz com que a ligação fosfodiéster do RNA seja mais suscetível às hidrólise química
e enzimática do que a ligação fosfodiéster do DNA. Os RNAs de eucariotos, apresentam sequências de bases complementares
às sequências de porções específicas de uma fita de DNA. O resultado é que todos os RNAs celulares analisados até o
momento são lineares e apresentam uma única cadeia polinucleotídica, uma única fita. Assim, diferentemente da composição
de bases do DNA, as razões entre A + U e C + G nos RNAs não são iguais, e a regra de Chargaff não se aplica.
Principais diferenças entre DNA e RNA

Aspectos estruturais dos principais tipos de RNA: Como essa molécula é constituída por um único filamento, ela não forma
uma dupla hélice. De fato, a estrutura do RNA é o resultado do pareamento INTRAMOLECULAR de bases em regiões
relativamente pequenas da molécula. As estruturas tridimensionais de muitos RNAs, assim como das proteínas, são complexas
e únicas. As interações de empilhamento de bases desempenham, portanto, um importante papel na estabilização da
conformação da molécula.
● O pareamento entre G e U, que é raro em DNA, é muito comum em RNA. O par de bases G U só
ocorre em fitas de RNA já sintetizadas, uma vez que as RNA polimerases (enzimas responsáveis pela
síntese de RNA) não inserem U em local oposto ao molde G ou vice-versa.
A estrutura de dupla fita nas regiões que apresentam complementaridade de bases é uma dupla hélice voltada para a direita,
como a da forma A do DNA. As quebras na hélice regular da forma A do RNA são causadas por bases mal emparelhadas ou
desemparelhadas, e geram alças internas e saliências. As regiões helicoidais duplas no RNA são chamadas hastes e alças.
Muitos RNAs têm capacidade de formar estruturas helicoidais geradas por pareamentos de bases em uma grande extensão de
sua cadeia.

Superespiralamento do DNA: O superespiralamento


significa o espiralamento de uma espiral. Se o eixo da
dupla hélice for girado sobre si mesmo, formará uma
nova hélice (super-hélice). Ele ocorrerá quando o DNA
estiver sujeito a uma forma de tensão estrutural.
Normalmente, essa tensão é provocada por um
subenrolamento da dupla hélice de DNA, ou seja, o DNA
apresenta menos voltas.
Topoisomerases: O superespiralamento do DNA é um processo precisamente regulado que influencia muitos aspectos do
metabolismo do DNA. Toda célula possui enzimas cuja única função é subenrolar e/ou relaxar o DNA. Enzimas que
aumentam ou diminuem o grau de subenrolamento do DNA são chamadas topoisomerases, e a propriedade do DNA que elas
afetam é o número de ligação. Essas enzimas desempenham um papel importante em processos como a replicação e o
empacotamento do DNA. As topoisomerases catalisam quebras nas moléculas de DNA, mas usam ligações covalentes entre
elas para segurar as moléculas de DNA que foram quebradas. Existem dois tipos de topoisomerase:
a) topoisomerase I: produz quebras em uma única fita do DNA e permite o giro da fita quebrada sobre a fita intacta.
Elas são eficientes energeticamente, pois conservam a energia do rompimento da ligação fosfodiéster, estocando-a na forma da
ligação covalente que ocorre entre elas e os grupamentos fosfato, presentes o ponto de clivagem. Posteriormente, elas utilizam
essa energia para restaurar a ligação fosfodiéster e selar a quebra.

b) topoisomerase II: produz quebras nas duas fitas do DNA. As enzimas topoisomerase II quebram as duas fitas ao
mesmo tempo e podem introduzir ou retirar superespiras, duas de cada vez, em um mecanismo dependente de ATP.

Estrutura de cromossomos em eucariotos


Cromatina: Formada principalmente por DNA, proteínas e RNA. As proteínas podem ser divididas em duas classes:
histonas (proteínas básicas, carregadas positivamente em pH neutro) e proteínas cromossomais não histonas (grupo
heterogêneo de proteínas acídicas, carregadas negativamente em pH neutro).
Histonas: Desempenham um papel estrutural importante na cromatina, elas estão presentes em todos os eucariotos em
quantidades equivalentes à quantidade do DNA. Os grupamentos NH3+ expostos na arginina e lisina, aminoácidos
das histonas, permitem que às histonas atuem como policátions (+), e isso é importante para a sua interação com o
DNA, que é polianiônico (-) devido aos grupamentos fosfato carregados negativamente. As histonas se ligam ao
DNA, permitindo a formação de subunidades estruturais conhecidas como nucleossomos.
Nucleossomo: A subunidade da cromatina, formado por histonas que se organizam na forma compacta de um
octâmero, formando um nucleossomo e protegem o segmento do DNA no centro do nucleossomo da clivagem pela
nuclease.
ETAPAS NAS QUAIS A EXPRESSÃO GÊNICA PODE SER REGULADA: Para que um gene presente no núcleo se
expresse, devem ocorrer as seguintes etapas: transcrição, processamento do transcrito, transporte para o citoplasma, tradução,
endereçamento e ativação do polipeptídeo formado.

Esses diversos passos, essenciais para a expressão de cada gene, podem ser individualmente regulados. Se algum
destes passos sofrer interferência, a quantidade ou a funcionalidade do produto final do gene em questão serão também
afetadas.
REGULAÇÃO PÓS-TRANSCRICIONAL: O processo da transcrição resulta na produção de um transcrito primário
denominado pré-RNAm. Em seguida, tal molécula sofre várias modificações para formar o RNAm que, após ser exportado
para o citoplasma, será interpretado para a tradução. Existem três mecanismos principais de regulação pós-transcricional:
● Regulação do processo de edição do RNAm;
● Regulação do sistema de “retirada dos íntrons e emenda dos éxons
para a composição do RNAm final” (emenda alternativa dos éxons);
● Regulação da estabilidade do RNAm.

Regulação do processo de “emenda alternativa de éxons”: A retirada de íntrons e emenda dos éxons compõem um passo
crucial do processamento do RNA em eucariotos.
● Íntrons: seções não codificante do DNA. São retirados.
● Exons: sequências codificantes do DNA. São emendados.
Muitos genes de eucariotos apresentam um elevado número de íntrons, que devem ser retirados durante o processamento do
pré-RNAm. Assim, no decorrer do processo, os diversos éxons deverão ser emendados.