NOMBRE: BROMURO DE ETIDIO ESTRUCTURA: C21H20BrN3

MODO DE PREPARACIÓN:
FUNCIONALIDAD:
Solución stock 1000X……………………0.5 mg/ml
En la electroforesis, se utiliza para "teñir" el DNA,
Bromuro de etidio……………………………. 50 mg
para revelar su posición en el gel. Se puede bañar
Agua……………………………………..100 ml de H2O
el gel tras la electroforesis en una disolución de
bromuro de etidio, o bien incorporar éste a la
Solución de trabajo: 0.5 µg/ml:
disolución de agarosa con la que se prepara el gel.
Diluir la solución stock 1:1000

ESTRUCTURA: C19H10Br4O5S
NOMBRE: AZUL DE BROMO FENOL

FUNCIONALIDAD: En la electroforesis, por su

menor tamaño, se mueve más rápido que las
proteínas o que la mayoría de moléculas de DNA
(siempre que éstas sean superiores a 300 pb), es MODO DE PREPARACIÓN:
decir, marca el "frente de avance". Puesto que su Azul de bromofenol= 0.25%
color azul-violeta es bien visible, permite detener Azul de bromofenol =0.025%
la electroforesis con la confianza de que las
moléculas de proteína o DNA no se hayan salido
del gel.
 NOMBRE. GEL DE AGAROSA ESTRUCTURA:

MODO DE PREPARACIÓN:

FUNCIONALIDAD: En la electroforesis, forma la matriz

del gel y provoca el retardo dependiente del tamaño
que marca la separación.

 En un matraz Erlen-Meyer de 500 mL pese la cantidad correspondiente de agarosa

según el porcentaje, volumen y grosor del gel deseado.
 Agregue al matraz Erlen-Meyer el volumen de buffer de electroforesis 1x (ya sea TAE
o TBE,) correspondiente al grosor del gel deseado
 Agregue una barra magnética al matraz y mezcle vigorosamente con el agitador
magnético.
 Coloque el matraz (con todo y barra magnética) en el horno microondas y caliente a
potencia total durante 1 o 2 minutos evitando en lo posible la ebullición de la agarosa.
 Retire el matraz del horno microondas con el guante de protección térmica y coloquelo
nuevamente sobre el agitador magnético hasta que disminuya su temperatura a 50ºC.
 Agregue la cantidad correspondiente de Bromuro de Etidio al gel de agarosa (a razón
de 5 µL de Bromuro de Etidio por cada 100 mL del gel). Mezcle vigorosamente con el
agitador magnético.
 Permítasele al matraz enfriarse durante tres minutos y luego vacie su contenido sobre
el casette de electroforesis previamente sellado con cinta adhesiva o con los sellos de
acrílico originales. Coloque los peines necesarios en el gel
 ESTRUCTURA: CH3CH2OH
ETANOL ABSOLUTO

FUNCIÓN:

Para la purificación de ácido nucleico y la

precipitación de biomoléculas tales como ácidos
nucleicos y proteínas, ya que, el ADN es insoluble
DEFINICIÓN:
en alcohol, por lo que se puede precipitar y
Alcohol puro que no contiene más de uno por recuperar mediante una centrifugación. El
ciento de agua. Libre de DNasa, RNasa y proteasa alcohol del sobrenadante se llevará las sales
añadidas previamente.

FÓRMULA:
AGUA BIDESTILADA
H2O

DEFINICIÓN: Agua que ha sido sometida a un

doble proceso de destilación: se han eliminado
iones (cloruros, magnesio, calcio y fluoruros),
además de otros líquidos de diferentes puntos de
ebullición, metales, amonio, sales de amonio,
materia oxidable y ácido carbónico.
FUNCIÓN:
El agua debe estar previamente estéril, de esta
manera se evita algún tipo de contaminación o
interacción con algún metal o sal. Con ella se
preparan las soluciones y se lava el ADN.
 ESTRUCTURA:

TAMPON TRIS BORATO EDTA

MODO DE PREPARACIÓN TEB 0.5X (Tris Borato

EDTA):
SOLUCIÓN VOLUMEN TOTAL
0.5 l 1.0 l
FUNCIONALIDAD: EDTA 0.5 M 10ml 20ml
pH=8
Ácido etilendiamino tetraacético.
TRIS BASE 27g 54g
quelante de cationes divalentes, cuya función es pH=8
secuestrar Mg2+, con lo que se evita que las ÁCIDO BÓRICO 13.8g 27.5g
posibles nucleasas presentes degraden el ADN de
H2O 0.5l 1.5l
la muestra durante la preparación y la
DESTILADA
electroforesis, ya que la mayoría de las nucleasas
(aforar hasta)
requieren de Mg2+ como cofactor.
Prepare 2.5 l de una solución 0.5X agregando 250
ml de TBE 5X en 2.250 ml de agua destilada. Esta
solución es 0.045 M en Tris Borato y 0.001M en
EDTA

Diferencias entre el buffer TBE y TAE:

– Migración: El TAE es mejor para el análisis electroforético de fragmentos grandes de ADN (900 –
2000bp) ya que corren más rápido y tiene mayor capacidad de discriminación en un gel de agarosa
a 0.8%. Mientras que en TBE para fragmentos pequeños de ADN (100 – 500bp) corren más rápido y
tiene mayor capacidad de discriminación en gel de agarosa al 2%.

– Capacidad tamponante: el TBE es más estable y tiene una capacidad tampón más alta que el TAE.

– Reciclaje: el TAE no aguanta más de 3 corridas de electroforesis seguidas sin alterar sus
propiedades, mientras que el TBE dura 3 o 4 días independientemente de las corridas de
electroforesis realizadas.

– Recuperación del ADN: el TBE tiene una interacción pegajosa con la agarosa, lo que provoca una
recuperación baja del ADN.

ÁCIDO BÓRICO
FUNCIONALIDAD: contribuye a ajustar el pH La concentración que se suele realizar para el
deseado y a mantenerlo
NOMBRE. SDS
Dodecilsulfato sódico
FUNCIONALIDAD:
Es un detergente aniónico que
se une a las proteínas,
desnaturalizándolas en una
conformación extendida
recubierta de moléculas de
SDS.
Se usa para desnaturalizar las
proteínas de la muestra antes
de aplicar ésta y como
componente del gel para
mantenerlas desplegadas
durante la electroforesis.
ESTRUCTURA:
MODO DE PREPARACION:
ajuste de Ph es de 1 molar
ESTRUCTURA:
MODO DE PREPARACIÓN:
Solución 10 % de SDS
 Para pesar el SDS (dodecilsulfato sódico) debe utilizarse
una mascarilla, ya que el SDS se dispersa fácilmente, y
debe limpiarse cuidadosamente la balanza y el área de
pesado. La solución se prepara en una botella estéril de
vidrio Pyrex
 Disolver 25 mL de SDS en 175 mL de agua Milli-Q estéril,
calentando para favorecer la disolución.
 Llevar el volumen a 250 mL con agua Milli-Q
 Ajustar el pH a 7.2, con soluciones estériles de HCI (1%
V/V) o NaOH (1% P/V)
 Aflojar el tapón y poner en el microondas durante 2 o 3
minutos, para inactivar posibles enzimas.
 Almacenar a temperatura ambiente (no refrigerar, por
que el SDS precipita)
 ESTRUCTURA:

NOMBRE. EDTA
Ácido etilendiamino tetraacético

FUNCIONALIDAD:
En sus formas desprotonadas (2− y 4−), es un
conocido agente quelante de cationes divalentes,
en especial Ca2+ y Mg2+.
Dado que el Mg2+ es un cofactor requerido por
la mayoría de nucleasas, su secuestro por el EDTA
evita la degradación del DNA durante la
preparación y la electroforesis.
MODO DE PREPARACIÓN:
EDTA 0.5 M (1L)
 Disolver 186.1g de EDTA disódico-2H2O
en 800 ml de agua Milli-Q.
 Ajustar el pH a 8 mediante la adicción de
unos 20 g de lentejas de NaOH. El EDTA
no se disuelve hasta que el pH está
ajustado a 8
 Llevar el volumen a 1 L con agua Milli-Q
 Autoclavar durante 30 minutos
 Almacenar a 4 °C

ESTRUCTURA:
Nombre: ÁCIDO ACÉTICO

MODO DE PREPARACION:
FUNCIONALIDAD: contribuye a ajustar el pH La concentración que se suele realizar para el
deseado y a mantenerlo ajuste de Ph es de 1 molar
 ESTRUCTURA: HO-CH2
|
NOMBRE. Glicerol
HO-CH
|
HO-CH2

FUNCIONALIDAD:
El glicerol (glicerina) se utiliza como agente denso
en la composición del tampón de carga.
La muestra + tampón de carga se deposita al
fondo del pocillo y no difunde por el tampón que
llena la cubeta y cubre el gel. De ese modo no se
pierde y se mantiene concentrada.
MODO DE PREPARACIÓN:
Glicerol (10 % V/V)
 Diluir 1 volumen de glicerol grado
molecular en 9 volúmenes de H2O estéril
 Esterilizar la solución pasándola a través
de un filtro de 0.22 micrómetros
 Almacenar en alícuotas de 200 mL a 4
°C.

NOMBRE. NaCI Cloruro de sodio ESTRUCTURA:

MODO DE PREPARACIÓN:

NaCI (Cloruro de sodio, 5 M)

FUNCIONALIDAD:
Con el NaCl conseguimos producir el estallido de
los núcleos para que queden libres las fibras de
cromatina.
 Disolver 292 g de NaCI en 800 mL de
H2O
 Ajustar el volumen a 1 litro con H2O
 Distribuir en alícuotas y esterilizar en
autoclave.
 Almacenar a temperatura ambiente.
 NOMBRE. Solución PCI (fenol: cloroformo:
alcohol isoamílico)
Solución PCI (fenol: cloroformo: alcohol
isoamílico) (25:24:1) (250 mL)
FUNCIONALIDAD:
El fenol es un desnaturalizante potente
(despliega a las proteínas) y por lo tanto los
aminoácidos hidrofóbicos quedan expuestos al
solvente y se solubilizan
Posteriormente a la extracción con fenol, se
realiza una partición con fenol:cloroformo.
Este paso, así como la posterior extracción con
cloroformo solo, se realizan para eliminar el fenol
La inclusión de alcohol isoamílico en la mezcla
ayuda a la dispersión de agregados y hace
disminuir la formación de espuma.
ESTRUCTURA:
MODO DE PREPARACIÓN:
 Preparar la mezcla en una campana de
gases, con guantes. La solución PCL es
inflamable y el fenol y el cloroformo son
potencialmente cancerígenos. A
solución se prepara en una botella
estéril de vidrio Pyrex.
 Añadir 5 mL de alcohol isoamílico
 Añadir 120 mL de cloroformo
 Añadir 125 mL de fenol
 Mezclar bien
 Cubrir la botella con papel de aluminio
para evitar la incidencia de la luz
 Almacenar a 4 °C.

ESTRUCTURA:

TRIS (hidroximetil) aminometano

PREPARACIÓN (100ml)
Pesar 18,17 g de Tris base
Disolver en 80 ml de H2O Milli-Q
Ajustar a pH 8,8 agregando HCl concentrado
FUNCIONALIDAD: Enfriar a temperatura ambiente antes de
En la electroforesis, es el agente tamponante realizar el ajuste final del pH de la solución
que mantiene el pH. Se incluye tanto en el gel Ajustar el volumen de la solución a 100 ml
como en el tampón de cubeta. con agua Milli-Q en una probeta
Filtrar la solución antes de guardar
Nota: El pH de la solución de Tris es
dependiente de la temperatura, y disminuye
aprox. 0.03 unidades de pH por cada grado
centígrado de incremento de temperatura.
 ESTRUCTURA:

NOMBRE. Tampón de carga azul de bromofenol

MODO DE PREPARACIÓN:

Preparación de Buffer de Azul de Bromofenol 6x

FUNCIONALIDAD:
(Migración nominal 300 bp)
Como marcador del frente de avance de la
• 25 mg de Azul de Bromofenol
electroforesis. Asimismo, su color es una ayuda
visual durante la carga de muestra en los pocillos.
• 3 mL de Glicerol o 1.5 grs de Ficoll-400 o 4 grs
Tampón para estabilizar el pH.
de Sucrosa

• Aforar a 10 mL con dH20

Midori Green
ESTRUCTURA:

Preparación:
FUNCIONALIDAD: es una alternativa al bromuro
de etidio (EtBr) ; su sensibilidad y uso son
idénticos (EtBr).
Sirve para verificar la progresión del DNA o de
proteínas en la electroforesis.
 Preparad 100 ml de gel de agarosa en
solución (0.8-3.0%) y calentar hasta que la
solución se vuelve totalmente clara sin
partículas flotantes.
 Añadir 2-5 µl de Midori Green DNA Stain a la
solución del gel y mezclar
 Enfriar hasta alcanzar los 50-60ºC y echar en
la bandeja del gel
 Cuando se solidifique, cargar las muestras y
realizar la electroforesis
 Ver las bandas a través de un transiluminador
de luz UV
 ESTRUCTURA:

BROMURO DE CETIL-TRIMETIL AMONIO (CTAB)

FUNCIONALIDAD: PREPARACIÓN:
solución tamponante para la extracción de ADN.
Y es uno de los compuestos del antiséptico
tópico Cetrimide. El catión cetiltrimetilamonio es
un agente antiséptico efectivo contra bacterias y
hongos. El CTAB es un detergente catiónico que
tiene la propiedad de precipitar ácidos nucléicos
y polisacaridos ácidos en soluciones de baja
concentración iónica
 NOMBRE. GEL DE POLIACRILAMIDA
ESTRUCTURA:

FUNCIONALIDAD: En la electroforesis, forma la matriz

del gel y provoca el retardo dependiente del tamaño
que marca la separación.

MODO DE PREPARACIÓN:

 En un matraz Erlen-Meyer de 500 mL agregue correspondiente de acrilamida según

el porcentaje, volumen y grosor del gel deseado.
 Agregue al matraz Erlen-Meyer el volumen de buffer de electroforesis 5x (TBE,)
correspondiente al grosor del gel deseado
 Agregue una barra magnética al matraz y mezcle vigorosamente con el agitador
magnético.
 Coloque el matraz (con todo y barra magnética) en el horno microondas y caliente a
potencia total durante 1 o 2 minutos evitando en lo posible la ebullición de la
policrilamida
 Retire el matraz del horno microondas con el guante de protección térmica y
coloquelo nuevamente sobre el agitador magnético hasta que disminuya su
temperatura a 50ºC.
 Agregue la cantidad correspondiente de APS o TEMED correspondiente

 Permítasele al matraz enfriarse durante tres minutos y luego vacie su contenido
sobre el casette de electroforesis previamente sellado con cinta adhesiva o con los
sellos de acrílico originales. Coloque los peines necesarios en el gel
MARCADOR MOLECULAR