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Book List
Human Molecular Genetics. T. Strachan and
❂
❂ ❂ Cancer Medicine. 6th ed. Kufe, Donald W.; Pollock, Raphael E.;
A.P. Read. Garland Science. 2004 Weichselbaum, Ralph R.; Bast, Robert C., Jr.; Gansler, Ted S.; Holland,
James F.; Frei III, Emil, editors. Hamilton (Canada): BC Decker Inc.;
❂ The Metabolic and Molecular Bases of c2003.
Inherited Diseases. C.R. Scriver et al. ❂ The Cell - A Molecular Approach. 2nd ed. Cooper, Geoffrey M.
Sunderland (MA): Sinauer Associates, Inc.; c2000.
McGraw-Hill. ❂ Clinical Guidelines on the Identification, Evaluation, and Treatment of
Overweight and Obesity in Adults. Bethesda (MD): National Institutes
❂ Principles of Molecular Medicine. J.L. of Health, National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI); 1998.
Jameson et al. Humana Press. ❂ Endocrinology: An Integrated Approach. Nussey, S.S. and Whitehead,
S.A. Oxford, UK: BIOS Scientific Publishers, Ltd; 2001.
❂ Genes and Disease. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US),
NCBI.
1
Libros en la red de acceso libre: Libros en la red de acceso libre:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books
❂ Introduction to Genetic Analysis. 7th ed. Griffiths, Anthony J.F.; Miller, ❂ The Genetic Landscape of Diabetes [Internet]. Dean, Laura; McEntyre,
Jeffrey H.; Suzuki, David T.; Lewontin, Richard C.; Gelbart, William M. J.R. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI; 2004 Jun.
New York: W. H. Freeman & Co.; c1999. ❂ Genomes. 2nd ed. Brown, T. A. Oxford, UK: BIOS Scientific Publishers
❂ Modern Genetic Analysis. Griffiths, Anthony J.F.; Gelbart, William M.; Ltd; 2002.
Miller, Jeffrey H.; Lewontin, Richard C. New York: W. H. Freeman & Co.; ❂ The Human ATP-Binding Cassette (ABC) Transporter Superfamily.
c1999. Dean, Michael. Bethesda (MD): National Library of Medicine (US), NCBI;
❂ Molecular Biology of the Cell. 4th ed. Alberts, Bruce; Johnson, 2002 Nov.
Alexander; Lewis, Julian; Raff, Martin; Roberts, Keith; Walter, Peter. New ❂ Human Molecular Genetics 2. 2nd ed. Strachan, Tom and Read,
York: Garland Publishing; 2002.
Andrew . Oxford, UK: BIOS Scientific Publishers Ltd; 1999.
❂ Molecular Cell Biology. 4th ed. Lodish, Harvey; Berk, Arnold; Zipursky,
S. Lawrence; Matsudaira, Paul; Baltimore, David; Darnell, James E.. New
York: W. H. Freeman & Co.; c1999.
Interpretación
Muestra Biológica
❂ Presencia y concentraciones de proteínas
de los resultados
particulares
Control
Análisis de calidad ❂ Actividad de enzimas
2
¿Cómo se expresan los ¿Por qué cambian las
resultados bioquímicos? concentraciones de un analito?
3
Muestras de Referencia
Variaciones pre-analíticas: factores Criterios para obtener muestras
biológicos Individuos de referencia
• hora toma de muestra: ritmos circadianos • No haber estado en un hospital o gravemente enfermo en el último
mes.
• ejercicio
• No haber tomado mas de 24g de alcohol en las últimas 24h
• stress
• No haber donado sangre en los últimos 5 meses
• postura
• No haber tomado ningún medicamento en las últimas 2 semanas
• alimentos (excepto mujeres que estén tomando la pildora)
• medicación • No haber fumado en la hora anterior a la toma de la muestra de
• drogas sangre
• Fiebre, trauma, shock
4
Errores comunes sobre ¿Cómo evoluciona el desarrollo
validación de un ensayo de un método analítico?
❂ Validar un método de ensayo no es Desarrollo
Implementación
Exactitud
❂ Exactitud es una medida de lo próximo que
esta el valor obtenido por un test respecto
Precisión
Sensibilidad. a un valor considerado como verdadero
Validación Limite de Detección obtenido por otro metodo, o respecto a un
Limite de Cuantificación
de un valor de referencia.
método Especificidad/Selectividad
❂ La determinación de la exactitud de un
Rango y Linearidad
Ruggedness/Robustness
método requiere un “gold standard” o un
Rudeza/Robusteza método aceptado con el cual comparamos
Adecuación del sistema el nuevo método
La inexactitud de un ensayo:
siempre que se conozca no es un problema Precisión
❂ La inexactitud es la diferencia numérica entre la Es el grado de concordancia entre los
media de una serie de mediciones de una misma resultados obtenidos de un determinado
muestra y el valor real de la muestra. test cuando el procedimiento se aplica
❂ Es debida a errores sistemáticos. repetidamente a múltiples muestras
sacadas de una especimen único
❂ Puede ser:
• Positiva (resultado mayor que el valor real), Misma muestra, mismo método, idénticas
• Negativa (resultado menor que el valor real), condiciones
• Constante (igual diferencia en un rango de
cantidades)
• Proporcional (valor relativo proporcional al valor real)
5
Precisión de un método: indica la Precisión y exactitud
reproducibilidad del ensayo
❂ EXACTITUD: COMO DE CERCA ESTA EL VALOR MEDIDO DEL VALOR
REAL DE LA MUESTRA
❂ En el mismo ensayo ❂ PRECISION : REPRODUCIBILIDAD DE UN METODO ANALITICO
❂ En el mismo día (Repetitividad): 10 or 20
replicas por ensayo diario
• ¿Qué tipo de errores refleja la precisión
intraensayo?
❂ En distintos días (Reproducibilidad) : Se
recomienda controles de precisión cada
20 días
• ¿Qué tipo de errores refleja la precisión
interensayo en diferentes días? IMPRECISO PRECISO E INEXACTO PRECISO Y EXACTO
6
Ejemplo: qué nos dice este
Ejemplo: y este?
diagrama sobre la precisión?
+3sd
+3sd
+2sd
+2sd
+1sd
+1sd
media
media
-1sd
-1sd
-2sd
-2sd
-3sd
-3sd
❂ 12s Un valor control excede la media por mas de 2SD y menos de 3SD
❂ 13s Un valor control excede la media por mas de 3SD arriba o abajo ❂ 12s 1 in 20 Alerta
❂ 22s Dos valores control consecutivos exceden la media por más de ❂ 13s 1 in 300 Rechazo
2SD y menos de 3SD y en la misma dirección
❂ 22s 1 in 400
❂ R4s La diferencia entre dos controles consecutivos es mayor de 4 SD
❂ R4s 1 in 800
(van en direcciones opuestas respecto a la media)
❂ 41s Cuatro valores control consecutivos exceden la media en 1SD y
❂ 41s 1 in 600
en la misma dirección ❂ 10x 1 in 1000
❂ 10x Diez valores de control consecutivos exceden la media en la
misma dirección
7
Medida de la precisión de un
método
Medida de la precisión de un
método Medición de la varianza
Varianza (simplificación de la
Varianza formula)
La varianaza es el promedio de las diferencias al 1 N
❂
cuadrado entre losNvalores individuales
V= ∑ (x i
− x)2
1 N i =1
❂
V=
N
∑(x − x)
obtenidos y la media de dichos valores
i
2
o lo que es lo mismo la media de los cuadrados,
i=1de las medias (después de
=
1
N
∑ xi2 − N1 ∑ 2 xi x + N1 ∑ x 2
menos el cuadrado
simplificar) 1 1 1
=
N
∑x i
2
−
N
2 x ∑ xi + x 2 ∑ (1)
N
1 N
V = ∑(xi − x)2 = x 2 − 2x 2 + x 2
N i=1 = x2 − x 2
8
Desviación standard SD: es la
Varianza raíz cuadrada de la varianza
❂ ¿En qué unidades se expresa? SD no es el promedio de la diferencia entre
los valores individuales y la media
¿es eso un problema? 1 N
❂
σ= V = ∑ ( xi − x ) 2
N i =1
1 1
N
∑ x−x ≠
N
∑ ( x − x )2
σ
CV =σ ⋅ 100 ¿Cuántas medidas debemos realizar para
CV = x⋅ 100
mejorar nuestra precisión por un factor de
de 2 ?
*Algunas veces se denomina desviación
9
Respuesta Ejercicio
¿Cuántas medidas debemos realizar para mejorar
Para mejorar nuestra precisión por un factor
nuestra precisión por un factor de de 2 ?
de 10
¿Cuántas medidas debemos realizar para mejorar
1 1 nuestra precisión por un factor de de 10 ?
= 01
. =
10 N ❂ Si un ensayo tiene un CV de 7%, y decides
1 ensayar muestras por duplicado y
N= = 10 promediar las medidas ¿cúal será el CV de
.
01 las mediciones realizadas?
N = 102= 100 Veces!
10
Variación biológica Objetivo analítico
❂ La variación interindividuo suele ser mayor que la ❂ El objetivo de un test es que la imprecisión
intraindividual (verde). Pero no siempre es así analítica sea menor o igual a la mitad de la
(amarillo). Cuando no es así, indica que el grado variabilidad biológica intrínseca.
de variación natural alrededor de los valores ❂ Expresandolo en coeficientes de variación , el objetivo es
homeostásicos de un individuo es mayor que el que CVA < o = CVi/2. Puesto que la imprecisión total es
rango de varíación entre esos valores igual a la raíz cuadrada de los cuadrados de las
homeostáticos entre diferentes individuos imprecisiones CVTotal= (CVA2 +CVi2). Esto
indica que el objetivo se consigue cuando
CVTotal ≅ 1.12 CVi
Sensibilidad de un método
Umbral Señal/Ruido
❂ La sensibilidad de un método se refiere a la
menor concentracion de un analito que
Señal
❂ Límite de detección (LOD) se define como la Con una relacción S/N (S/R) de 5, ¿Cuál es el
concentración de analito que produce una mínimo coeficiente de variación de la
relacción señal/ruído S/N > 3. medida? CV= SD/X (media) x 100
❂ Límite de Cuantificación (LOQ) se define como la
concentración de analito que produce una Si S/N es 5, 20% de la señal medida es ruido,
relacción señal/ruído (S/R) S/N >5. por tanto al azar. Como consecuencia, el
CV tiene que ser por lo menos de un 20%.
11
¿Por qué es útil saber el limite
de detección? Especificidad/Selectividad
❂ Porque aquellos valores que se obtienen La Especificidad de un método define la
próximos al límite de detección no son ni habilidad del método para medir un
analito de interés con exclusión de otros
precisos, ni exactos. No sirven como datos
componentes que puedan ser relevantes.
analíticos.
La Selectividad describe la habilidad de un
método analítico para diferenciar
diferentes sustancias en un misma
muestra.
Evaluación de un metodo
Linearidad del método
analítico
❂ Precisión
❂ Una relación lineal entre concentración y señal
❂ Sensibilidad no es requerida de forma absoluta, pero es
❂ Linearidad y Rango altamente deseable. ¿ Por qué ?
❂ La linearidad de los métodos analíticos hay que
comprobarla periódicamente en el laboratorio
Correlación
Linearidad y rango de un método
50
45
❂ La linearidad de un método es la capacidad de
40
producir resultados que son directamente, o
través de un transformación matemática bien 35
definida, proporcionales a la concentración de 30
analito en la muestra.
25
Señal
10
❂ Dentro del rango del método, los resultados son
exactos, precisos y “lineales” 5
0
0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 Analito
12
Regresión lineal (mínimos Correlación
cuadrados) 50
45
La regresión lineal genera una recta cuya 40
ecuación es 35 y = 1.031x - 0.024
y = mx + b 30 ρ = 0.9986
donde m es la pendiente de la línea y b es el 25
Señal
valor de y cuando x = 0 (punto de corte con el 20
10
La ecuación calculada minimiza las diferencias
entre el valor real de y, el valor obtenido en la
5
0
recta de regresión. 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 Analito
y = f (x ) = a + bx
13
Regresión cuadrática
Signal
Señal
y=f (x)=a+bx+cx2
cuadrática
14
“If your experiment needs
statistics, you ought to have done El proceso clínico
a better experiment.” Historia / Examen
15
Probabilidades útiles de la
Distribución gaussiana distribución gausiana
Individuos
Fuera del rango
Probablidad
Media
Probabilidad
-2SD +2SD
x log x
+2SD
16
Significación de un valor Representación directa de
respecto al rango de referencia rangos
El rango de referencia de un analito nos indica el
Concentración de analito
❂
intervalo entre la media y 2 S.D. Esto es el 95% de
los casos se dará un valor comprendido entre los
límites del rango de analito.
❂ Por tanto, para que sea significativa la diferencia
esta tiene que ser 2.8 x S.D. del test.
❂ Porque un valor de un analito exceda ese limite,
no necesariamente se puede concluir que es
clinicamente significativo.
❂ Se tiene que juzgar en referencia a otros datos
clínicos o analíticos - Enfermedad +
17
Análisis de la sensibilidad Análisis de especificidad clínica
clínica de un test: (TP/ TP+FN) x 100 de un test= (TN/ TN + FP ) X 100
Resultado del test Totales Resultado del test Totales
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El test ideal Sensibilidad vs. especificidad
❂ El test ideal sería aquel que tiene una ❂ Sensibilidad y especificidad están
• alta sensibilidad inversamente relacionadas
• alta especificidad ❂ ¿Cómo determinamos el mejor
compromiso entre sensibilidad y
❂ En la práctica es muy poco habitual: especificidad?
• un test muy sensible suele ser poco
específico.
• un test muy específico suele ser poco sensible
Receiver Operating
Characteristic: Curvas ROC de
varios test Valor predictivo de un test
Especificidad
19
Incidencia de una enfermedad Ejemplo
20
El valor predictivo negativo sería: Resumen del valor predictivo
Eficiencia en el screening de
Addison “To call in the statistician after the
experiment is done may be no more
than asking him to perform a
postmortem examination: he may be
98 + 997900
, able to say what the experiment died
⋅ 100= 998%
.
98 + 2000+ 997900
, +2 of.”
21
Otros parámetros que ayudan a
interpretar clínicamente un test Ritmo diario de Cortisol
❂ Limites para actuación 1000
• cortisol. Ritmo de cortisol 900
800
• glucosa. Tolerancia oral a la glucosa
700
• colesterol. Patolología coronaria 600
Cortisol
• paracetamol. Toxicidad hepática (mmol/L)
500
400
❂ Rangos terapeúticos - para drogas
300
• litio: alteraciones conductales bipolares 200
• barbitúricos. Tratamiento Epilepsia 100
• digoxina. Insuficiencia Cardíaca. 0
0 4 8 12 16 20 24
Disparan acción clínica independiente de los valores de
Hora del día
rango por considerar otros parámetros
Glucosa Y/o
300
(mmol/L) >7.8 mmol/L Riesgo Ideal
@ 0 horas Relativo 5.2
200
5
Rango referencia ayunas 100
0
0 0.00 2.50 5.00 7.50 10.00 12.50
0 1 2
Colesterol (mmol/L)
Tiempo (horas)
Monitorización de drogas -
Limites de acción: Paracetamol Barbitúricos
1000
Daño severo Reducción de
Hepático. Trata dosis
mietno urgente 25
Daño 20
Hepático
Paracetamol Posible - Phenytoin 15
(mmol/L) Tratamiento Tratamiento (mmol/L) 10
100 Demasiado
Deseable ineficaz
pronto 5 Aumento dosis
para
decir 0
algo 01/01/90 01/06/92 01/08/93 01/11/94 01/12/94
No se requiere
tratamiento Tiempo (meses)
10
0 4 8 12 16 Comienzo
Tiempo tras ingesta (horas)
22
Conclusión
❂ Los resultados de un test analítico por sí
solos, son insuficientes para una correcta
actuación.
❂ Los resultados deben evaluarse con
criterio analítico, conjuntamente todos
ellos , y con una perspectiva clínica
23