Engler Y Karl Prantl (1849-1893) publican una gran
obra, Die Natürlichen Pflanzenfamilien, donde se revisa la clasificación de Jussieu y en la que establecen un total de 17 divisiones: 15 para Criptógamas y 2 para Fanerógamas. Respecto a las Criptógamas la modificación más importante es la separación de Pirrófitos y Carófitos del resto de algas verdes, y la delimitación definitiva entre algas y hongos. Los Cormófitos son escindidos en dos divisiones independientes: Embriófitas asifonógamas y Embriófitas sifonógamas (el gameto masculino llega hasta el femenino a través de un tubo polínico).
El principal fallo de esta clasificación fue igualar lo simple con lo
primitivo, ignorando en su mayor parte el significado de la reducción. Este sistema no es de extracción totalmente filogenética y esta es la razón de que, asimismo, se le haya criticado mucho, pero dominó esde entonces el mundo de la taxonomía vegetal, ya que numerosos botánicos e instituciones lo adoptaron en todo el mundo. El primer sistema admitido como filogenético fue el contenido en el Syllabus der Planzenfamilien (1ª. ed. 1892; revisada por Gilg en 1924, 10ª ed.; por Dields en 1936, 11ª ed.; última ed. 1964 editada por Melchior) de Adolf Engler (1844-1930), en donde se aportan además importantes ideas acerca del origen de la flor.
En síntesis, para Engler la flor más primitiva deriva de una inflorescencia
Gimnospérmica del tipo de las Gnetatas y, por lo tanto, debía de ser apétala, unisexual y anemófila. Consideró a las plantas con flores unisexuales y polinización anemógama como las más primitivas de las Angiospermas; posteriormente aparecería un perianto con dos verticilos y la soldadura de las piezas. En las Dicotiledóneas consideró como más primitivos los órdenes Piperales, Salicales, Juglandales, etc, con flores unisexuales, sin envoltura periántica o sólo con piezas bracteiformes y típicamente reunidas en amentos. A continuación situó los órdenes con corola dialipétala, tales como Ranales, Rosales, Geraniales, etc y, por último, los órdenes con corola gamopétala: Ericales, Cucurbitales, etc. Reune las apétalas y dialipétalas en el grupo ARCHICLAMIDEAE, y los grupos con corola gamopétala en METACLAMIDEAE, grupo más evolucionado pero con origen polifilético. Merece destacarse por el nivel de profundidad que alcanza la clasificación de las Gimnospermas, divididas en siete clases: