Agammaglobulinemia X-link disebabkan oleh pewarisan gen yang terletak pada kromosom X.

Manusia
biasanya memiliki 46 kromosom total, atau 23 pasang di setiap sel dari tubuh mereka. 23 Pasangan
menentukan gender; perempuan
memiliki dua kromosom X, dan laki-laki memiliki satu X dan
satu kromosom Y. Wanita dapat memiliki gen penyebab
penyakit pada salah satu kromosom X mereka, tetapi tidak
menunjukkan gejala penyakit, mereka disebut sebagai
"pembawa" untuk kondisi tersebut. Pria, di sisi lain, hanya
mendapatkan satu kromosom X. Jadi jika kromosom X
membawa gen yang menyebabkan penyakit, mereka akan
memiliki gejala penyakit. Perempuan pembawa memiliki
kesempatan 50/50 dengan setiap kehamilan untuk lulus
kromosom X dengan gen yang rusak untuk anak. Jika anak
perempuan menerima gen, ia akan menjadi pembawa sehat
seperti ibu. Namun, jika seorang anak menerima gen, ia akan
memiliki X-linked agammaglobulinemia.
Kelainan ini ditandai oleh kegagalan prekursor sel B (sel pre-
B dan pro-B) berkembang menjadi sel B matur. Hal ini
disebabkan oleh adanya defek pada gen pada kromosom X
(q21.22) yang mengkode tirosin kinase sitoplasma yang
bernama Bruton tyrosine kinase (Btk). Btk dibutuhkan
sebagai suatu signal transducerdalamrearrangement dari
light-chain imunoglobulin sehingga komponen yang
dibutuhkan untuk maturasi sel B lengkap. Penyakit ini paling
sering ditemukan pada pria, walau terdapat kasus sporadik
pada wanita.