El Imperio Romano y La India en Epoca D

PLoS Uno . 2015; 10 (6): e0129839.
Publicado en línea el 8 de junio de 2015. doi: [ 10.1371 / journal.pone.0129839 ]

PMCID: PMC4460043
PMID: 26053380
Los portadores de linajes de macrohaplogrupo N de ADN

mitocondrial llegaron a Australia hace aproximadamente
50,000 años siguiendo una ruta en el norte de Asia
Rosa Fregel , # 1, * Vicente Cabrera , # 1 Jose M. Larruga , 1 Khaled K. Abu-Amero , 2 y Ana M.
González 1
Francesc Calafell, editor académico.
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acceso KM245130-KM245152).
Resumen
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Resumen
Fondo
La colonización humana moderna de Eurasia y Australia se explica principalmente por
una salida única fuera de África que sigue una ruta costera del sur a lo largo de Arabia y
la India. Sin embargo, la dispersión a través del Levante explicaría mejor la introgresión
con los neandertales, y más de una salida encajaría mejor con los diferentes
componentes genómicos antiguos descubiertos en los australianos indígenas y en los
europeos antiguos. La existencia de una ruta del Norte adicional utilizada por los
humanos modernos para llegar a Australia se dedujo previamente a partir de la
filogeografía del macrohagogrupo N del ADNmt. Aquí, presentamos nuevos datos de
ADNmt y nueva información multidisciplinaria que agregan más apoyo a esta ruta del
norte.
Métodos
Se analizaron los segmentos hipervariables de MtDNA y las posiciones de codificación
de diagnóstico de haplogrupos en 2,278 árabes sauditas, de los cuales 1,725 son
muestras nuevas. Además, utilizamos 623 genomas de ADNmt publicados
pertenecientes al macrohaplogrupo N, pero no a R, para construir árboles filogenéticos
actualizados para calcular sus edades de coalescencia, y se analizaron más de 70.000
secuencias de ADNmt parciales para establecer sus respectivos rangos geográficos.
Resultados
El perfil de mtDNA de Arabia Saudita confirma la ausencia de linajes autóctonos de
mtDNA en Arabia con edades de coalescencia lo suficientemente profundas como para
respaldar la continuidad de la población en la región desde el episodio de fuera de
África. A diferencia de Australia, donde los haplogrupos N (xR) se encuentran en alta
frecuencia y con edades de coalescencia profundas, no hay linajes autóctonos de N (xR)
en India ni ramas de N (xR) con edades de coalescencia tan profundas como las
encontradas en Australia. Estos patrones están en desacuerdo con la suposición de que
los colonizadores australianos que albergan linajes N (xR) utilizan una ruta que
involucra a la India como escenario. Los linajes N (xR) más antiguos en Eurasia se
encuentran en China, e inconsistentemente con la ruta costera, los haplogrupos N (xR)
con el rango geográfico más al sur tienen todas las radiaciones más recientes que los
australianos.
Conclusiones
Aparte de un solo evento de migración a través de una ruta sur, la filogenia y la
filogeografía de los linajes N (xR) admiten que las personas que tienen linajes de
ADNmt N podrían haber llegado a Australia siguiendo una ruta del norte a través de
Asia. Los datos de otras disciplinas también apoyan este escenario.
Introducción
Existe un amplio acuerdo interdisciplinario sobre el origen africano de los seres
humanos anatómicamente modernos (AMH) hace unos 200 mil años (kya), y también
sobre la idea de que se expandieron fuera de ese continente para colonizar el resto del
mundo en reemplazo, con solo una genética menor. Los intercambios, los homínidos
indígenas ya presentes en Eurasia [ 1 , 2 ]. Sin embargo, aún existe un desacuerdo inter
e interdisciplinario sobre el tiempo y las rutas utilizadas por AMH en su dispersión
fuera de África.
Basados principalmente en la edad de coalescencia de los linajes L3 del ADN
mitocondrial (ADNmt), la mayoría de los genetistas proponen una ventana temporal de
60–70 kya como el tiempo para la salida, coincidiendo con la etapa anterior del último
glaciar (MIS 4). Esta hipótesis implica una ruta hacia el sur a Arabia a través del
estrecho de Bab al Mandab, que en ese momento presentaría un nivel del mar muy bajo
[ 3 - 6 ]. Algunas dificultades con esta propuesta son: la necesidad de cruzar el estrecho
del mar, las condiciones climáticas inhóspitas en Arabia en ese momento, la falta de
registros fósiles pertinentes a lo largo del camino y la colonización temprana de
Australia. Especialmente problemática es la fecha de la llegada de AMH a Australia, la
última etapa de la fase inicial de la colonización AMH del mundo, que ocurrió al menos
45 kya [ 7].] atendiendo al registro fósil, pero eso podría ser tan antiguo como 62 a 75
kya basado en datos genómicos aborígenes australianos [ 8 ]. Sin embargo, todos estos
problemas se han superado apelando a las habilidades de navegación, la especialización
de los recursos costeros, el registro actual de fósiles sumergidos y una propagación muy
rápida en la costa de la India, Myanmar, Malasia e Indonesia para llegar a Australasia a
tiempo. Recientes estudios arqueológicos de conjuntos de piedra del Paleolítico Medio
en varios sitios de la Península Arábiga [ 9 - 11] han agregado apoyo arqueológico a la
ruta sur, aunque ingresaron a Arabia durante el último interglacial, alrededor de 120
kya, mucho antes de las fechas estimadas a partir de ADNmt por los genetistas. Vale la
pena mencionar que una zambullida en la orilla del estrecho de Bab al Mandeb en ese
período sería más difícil que durante una etapa glacial.
Por otro lado, una ruta norte por tierra a través de la península del Sinaí, para la
migración fuera de África, está fuertemente sostenida por evidencia paleontológica y
arqueológica, ya que la presencia de HAM y el material de piedra asociado en el
Levante es de alrededor de 100 kya [ 12 , 13]. La coincidencia temporal de esta fecha
con un período interglacial mejoraría las condiciones climáticas de este corredor
facilitando esta salida hacia el norte. Sin embargo, en este caso, la falta de continuidad
fósil de AMH en el área llevó a los investigadores a considerarla como una salida
improductiva. Contra esta idea, estudios recientes sobre genomas antiguos han
detectado un componente euroasiático basal en el Cercano Oriente, que se separó antes
de la separación de los antepasados de los europeos y los asiáticos orientales. Este
hallazgo refuerza la idea de que la presencia temprana de los humanos modernos en el
Levante no fue un episodio fallido [ 14 ].
A principios de este siglo, los estudios basados en genomas completos de ADNmt
[ 15 - 18 ] confirmaron que solo dos linajes de ADNmt (denominados M y N), ramas
hermanas de los linajes del macro-haplogrupo L3 de África, abarcaban todas las
variaciones de ADNmt que existen de africa. Sobre la base de la filogeografía de M y N
en Eurasia, se propuso que M y N podrían representar respectivamente las señales
maternas de una ruta del sur y del norte fuera de África [ 19]. La gran cantidad de datos
recopilados durante estos años por los campos de paleontología, arqueología y genética,
incluidos los campos de genómica y arqueogenómica, sostienen que los primeros
colonizadores humanos modernos de Australia, portadores de linajes de ADNmt N
(xR), siguieron una ruta hacia el norte, a través del norte de Asia y a través del lado
oriental indonesio de la línea Wallace. Eso refuerza nuestra visión anterior de la
existencia de una ruta del norte basada en la filogenia y la filogeografía del haplogrupo
N del ADNmt. El objetivo de este trabajo es agregar más datos experimentales y poner
todas estas pruebas en una imagen coherente.
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Material y métodos
Declaración de Ética
La aprobación ética fue proporcionada por el Comité de Ética para la Investigación
Humana en la Universidad de La Laguna. El consentimiento por escrito se registró de
todos los participantes antes de participar en el estudio.
Muestras
En este estudio, recolectamos 1,725 muestras de sangre / saliva de donantes saudíes no
relacionados y sanos para la amplificación del ADNmt HVR. Sólo se consideraron los
individuos con todos sus ancestros conocidos nacidos en Arabia Saudita. También
seleccionamos 28 muestras de origen de Asia occidental (cinco de ellas publicadas
previamente en Maca-Meyer et al. [ 17 ]) y 11 de origen de Arabia Saudita para la
secuenciación completa del ADNmt. El consentimiento informado por escrito se obtuvo
de todos los individuos.
Secuenciación MtDNA
Las regiones hipervariables de ADNmt I y II de 1,725 nuevas muestras de Arabia
Saudita fueron amplificadas y secuenciadas como se detalla en otra parte [ 20 ]. Cuando
fue necesario, los SNP de diagnóstico de haplogrupo se tipificaron mediante PCR-RFLP
o reacciones múltiplex de SNaPshot [ 21 ]. Las 1,725 nuevas secuencias de ADNmt
parciales se han depositado en GenBank con los números de
acceso KP960570 - KP962294 . Además, se llevó a cabo la secuenciación completa del
genoma de ADNmt en 28 individuos de Asia occidental con una adscripción de
haplogrupo incierta o atípica. Estos incluyen el nuevo análisis de cinco muestras
pertenecientes al haplogrupo N (xR) previamente publicadas en Maca-Meyer et
al. [ 17]. Para la secuenciación del genoma de ADNmt, los cebadores de amplificación y
las condiciones de la PCR fueron los publicados previamente [ 17 ]. Los productos
amplificados con éxito se secuenciaron para ambas cadenas complementarias utilizando
el kit terminador de tinte DYEnamic ET (Amersham Biosciences) y las muestras se
ejecutaron en MegaBACE 1000 (Amersham Biosciences) de acuerdo con el protocolo
del fabricante. Las 23 nuevas secuencias de ADNmt completas se han depositado en
GenBank con los números de acceso KM245130-KM245152 . Las cinco secuencias
publicadas anteriormente [ 17 ] y reanalizadas aquí han mantenido sus números de
acceso de GenBank anteriores ( Tabla S3 ).
Recopilación de datos previamente publicados

Las secuencias completas y parciales que pertenecen a haplogrupos específicos se
obtuvieron de bases de datos públicas como NCBI, MITOMAP the1000 Genomes
Project y de la literatura. Buscamos linajes de mtDNA directamente mediante el uso de
SNP de diagnóstico o mediante el envío de fragmentos cortos, incluidos los SNP de
diagnóstico, a una búsqueda BLAST ( http://blast.st-
va.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ). Los haplotipos extraídos de la literatura se
transformaron en secuencias utilizando el programa HaploSearch [ 22 ]. Las secuencias
se alinearon manualmente y se compararon con la rCRS [ 23 ] con el programa de
alineación de secuencias BioEdit [ 24]. La asignación de haplogrupos se realizó de
forma manual, seleccionando las posiciones de diagnóstico o los motivos de diagnóstico
en las regiones hipervariables y en las regiones de codificación siempre que sea posible.
Recuperamos 623 secuencias completas publicadas de origen eurasiático y oceánico de
bases de datos públicas para construir los árboles filogenéticos de haplogrupos N (xR)
(linajes que pertenecen a N pero no a su subclaca R): N1a3a (n = 29 mitogenomas), X
(n = 2), N7 (n = 13), N8 (n = 2), N9 (n = 269), N10 (n = 4), N11 (n = 18), O / N12 (n =
4), N13 ( n = 2), N21 (n = 11), N22 (n = 7), A (n = 247) y S (n = 15). Para establecer
con precisión los rangos geográficos de los haplogrupos relativamente raros, se
buscaron 73,215 secuencias parciales (las referencias están en la Tabla S1 ) de la
literatura. Un total de 328 de estas secuencias parciales previamente publicadas podrían
clasificarse inequívocamente en haplogrupos: N7 (n = 13), N8 (n = 33), N10 (n = 71),
N11 (n = 58), N21 (n = 113). ), y N22 (n = 40) ( Tabla S2). Para los haplogrupos de
Eurasia occidental nos basamos en revisiones recientes realizadas por otros: N1
[ 6 , 25 - 29 ], N2 [ 6 , 27 - 29 ], N3 [ 26 , 28 - 30 ], N5 [ 27 , 31 ] y X
[ 6 , 26 , 27 , 32 ]. Además, 553 muestras árabes publicadas previamente en Abu-Amero
et al. [ 19 ]) también fueron incluidos en nuestro estudio.
Análisis filogenético
Los árboles filogenéticos se construyeron mediante el programa Network, v4.6.1.2
utilizando, en orden secuencial, el algoritmo de Mediana Reducida, el algoritmo de
unión de mediana y el algoritmo de Steiner (MP) [ 33 ]. Las reticulaciones restantes se
resolvieron manualmente. Las sucursales de Haplogroup fueron nombradas siguiendo la
nomenclatura propuesta por la base de datos de PhyloTree [ 34 ] (Build
16; http://www.phylotree.org/ ). Las edades de coalescencia se estimaron utilizando las
estadísticas rho [ 35 ] y sigma [ 36 ], y la tasa de calibración propuesta por Soares et
al. [ 37 ]. Las diferencias en las edades de coalescencia se calcularon mediante pruebas t
de dos colas.
Análisis filogeográfico
En este estudio, nos ocupamos de los primeros períodos de la propagación fuera de
África, y el crecimiento demográfico y las expansiones posteriores probablemente
erosionaron esos movimientos tempranos. Por esa razón, omitimos las distribuciones
geográficas espaciales de haplogrupos basados en frecuencias o diversidades
contemporáneas, y utilizamos un simple criterio de presencia / ausencia de linajes
basales N para establecer el rango geográfico actual del haplogrupo y el área geográfica
superpuesta de esos haplogrupos como el más probable centro de la antigua expansión.
Análisis de correlación
Para probar la correlación entre las edades de coalescencia de los haplogrupos N (xR) y
sus distancias geográficas relativas de África utilizamos pruebas de Pearson
paramétricas y modelamos una correlación de rango de Kendall no paramétrica [ 38]
formulando una función monótonamente decreciente en la cual a un valor de longitud
de aumento geográfico, desde Djibouti hacia el este hasta Australia, se asocia un valor
de edad media coalescente haplogrupo decreciente. Los primeros y últimos puntos de
esta función corresponden, respectivamente, a las edades empíricas coalescentes del
macro-haplogrupo L3 y el haplogrupo S en las longitudes geográficas de Djibouti y
Australia. Los límites superior e inferior de esta función están marcados por los
correspondientes intervalos de confianza del 95% (IC del 95%) asociados a cada media
de edad. En la correlación de rango de Kendall, consideramos un par concordante
cuando, en una longitud dada, el IC del 95% asociado con el modelo y las edades
coalescentes experimentales del haplogrupo se superponen, siendo un par discordante si
no lo hacen. El centro de gravedad geográfico para cada haplogrupo se estimó como el
punto en el que se cruzaron los segmentos latitudinales más distantes y los segmentos
que unían los límites longitudinales más distantes del rango geográfico del
haplogrupo. Se obtuvieron mapas y coordenadas geográficas utilizando el software
Google Earth (https://earth.google.com).
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Resultados
Macrohaplogrupo n
Las edades de coalescencia, basadas en secuencias completas de mtDNA, para las ramas
principales del macrohaplogrupo N (xR), y sus distribuciones geográficas actuales se
muestran en la Tabla 1 y S1 - S2 . Las Figs. El haplogrupo N11 presenta la divergencia
más antigua (alrededor de 76 kya) con dos ramas principales, N11a y N11b. El N11a se
propaga en el centro, el oeste de China y Mongolia Interior, y también en el sur de
China y en Makatao desde Taiwán [ 39 - 42 ], mientras que el N11b se encuentra en
Filipinas [ 43 , 44 ]. El segundo linaje más antiguo es el N10 (alrededor de 66 kya) se
detecta principalmente en el sur de China, el Tíbet y en Lingao desde Hainan
[ 39 , 45]. Es importante mencionar aquí que, aunque en una proporción más pequeña,
los asiáticos tibetanos y del sudeste, como los filipinos, han introgresado el ADN tipo
Denisovan en sus genomas [ 46 , 47 ]. Alrededor de 50 kya N (xR) representantes
divergieron al mismo tiempo en áreas geográficas muy distantes como Eurasia
occidental (N1 y N2) y Australia (S). Incidentalmente, como la más parsimoniosa,
proponemos el linaje N14 australiano [ 48 ] como una rama de S1a, compartiendo la
transición 5291 con otra secuencia S australiana ( Fig. S1). Más tarde, los diferenciales
de N (xR), alrededor de 40 kya, ocurrieron en un rango geográfico global desde Asia
occidental, incluido el norte de África (haplogrupo X), el sureste de Asia (N7 en
Camboya), hasta el noreste de Asia (N9) que se extiende también a Australia (O / N12).
). Otros haplogrupos como derivados M y R, también presentes en Australia, podrían
haber llegado a este continente en ese período como una onda migratoria
secundaria. Los análisis de ADN antiguos de un humano moderno temprano de la cueva
Tianyuan en el norte de China, datan de alrededor de 40 kya [ 49 ] y un humano
moderno del oeste de Siberia datan de alrededor de 45 kya [ 50]], mostraron que estos
dos individuos ya pertenecían a los linajes del haplogrupo R del ADNmt, la rama
derivada principal del macrohaplogrupo N. Además, portaban partes del ADN derivado
de neandertales similares a las personas de la China continental actual, pero carecían del
componente Denisovan detectados en Negritos de Filipinas, papuanos y australianos
aborígenes y, en menor proporción, en los asiáticos y tibetanos del sureste [ 47 , 51 ], lo
que refuerza la idea de que las expansiones asiáticas en ese período fueron impulsadas
por portadores de linajes de ADNmt derivados y que el espécimen de Tianyuan fue
Genéticamente un humano totalmente moderno.
tabla 1
Estimaciones de edad, en miles de años, para L3, M y las ramas principales del
haplogrupo N.
Haplogrupo Este Behar et al. 2012 Otros autores 2 n° Rango
estudio 1 definiendo geográfico
mutaciones
L3 70.8 67.3 71.6 h(57.1– 78.3 c(62.4– 94.3 d± 3 África

(52.7– ± 86.6) 94.9) 9.9
88.1) 4.4
METRO 48.4 49.6 3 Asia

(42.0– ±
54.8) 1.8
norte 60.2 58.9 65.1 b(52.8– 5 Eurasia

(46.1– ± 77.8)
74.2) 2.4
R 54.5 56.5 54.5 g ± 2.0 2 Eurasia

(45.2– ±
65.6) 2.1
N1 51.9 51.6 54.2 h(41.3- 3 Eurasia

(37.1– ± 67.5) Occidental,
68.3) 5.6 Africa del
Norte
N2 48.3 44.5 50.9 b(30.5– 5 Eurasia del

(31.5– ± 72.5) sur y del
69.2) 7.4 oeste
mutaciones
N3 11.9 15.4 a ± 11.9 f(4.0– 17 Eurasia

(4.0– 11.9 20.3) Occidental
20.3)
N5 35.7 36.7 7 Eurasia del

(19.8– ± sur y del
51.5) 8.2 oeste
N7 36.4 7 Camboya
(22.5–
50.9)
N8 20.4 12 sur de China

(9.8–
31.6)
N9 37.9 45.7 49.1 h(34.2– 1 este de Asia

(37.5– ± 64.6)
48.7) 7.9
N10 66.4 50.4 63.4 e(53.1– 4 Sudeste de

(39.2– ± 74.0) china
93.4) 6.5
mutaciones
N11 75.9 56.3 1 Filipinas,

(48.4– ± china, tibet
104.9) 3.6
O / N12 43.0 52.1 3 Australia

(26.8– ±
60.1) 6.4
N13 29.3 13 Australia

(16.2–
43.0)
N21 17.5 22.4 7 Indonesia,

(8.7– ± malasia
26.6) 9.0
N22 17.0 25.2 7 El sudeste de

(8.8– ± Asia
25.5) 8.8
UNA 27.6 24.2 29.2 h(19.1– 33.7 c(22.4– 8 Asia Central

(19.3– ± 39.8) 45.1) y Noreste
38.3) 4.9
mutaciones
S 46.8 53.5 1 Australia

(37.0– ±
56.9) 5.5
X 31.9 31.7 33.8 b(22.5– 7 Eurasia

(20.7– ± 45.7) Occidental,
45.6) 11.7 Africa del
Norte
Abrir en una ventana separada

1.- Estimaciones de edad de secuencias completas usando rho y la calculadora proporcionada por Soares
et al. 2009.
2.- a = Derenko et al. 2013; b = Fernandes et al. 2012; c = Fu et al. 2013; d = Gonder et al. 2007; e =
Kong et al. 2011; f = Kushniarevich et al. 2013; g = Pierron et al. 2011; h = Soares et al. 2009.
Los haplogrupos N (xR) con los rangos geográficos más al sur como N8, N21 y N22
tuvieron todas las radiaciones significativamente más recientes que las de los
haplogrupos chinos N10 (p <0,0001 en todos los casos) y N11 (p <0,0001 en todos los
casos) y los linajes australianos S (p <0,0001 en todos los casos) y O (p <0,0001 para
N21 y N22 yp = 0,0074 para N8). Estos resultados son inconsistentes con una ruta del
sur para N (xR). Además, también son significativamente más jóvenes (p <0,0001 en
todos los casos) que el haplogrupo A más joven del norte de Asia ( Tabla 1 ). Hay que
mencionar que, de nuestro análisis de 247 secuencias completas del haplogrupo A ( S2
Fig.), hemos detectado 32 nuevas ramas filogenéticas de este haplogrupo,
tentativamente representadas en rojo en el árbol A. También inconsistente con la
hipótesis de la ruta sur es el hecho de que las diversidades relativas apuntan a un origen
en la isla del sudeste asiático para estos linajes del sur y dispersiones recientes hacia el
oeste en la península de Malay [ 52 ].
El papel de la península arábiga

La hipótesis de la ruta costera del sur coloca a la Península Arábiga como el puesto de
puesta en escena inicial en la salida de los humanos modernos fuera de África. Nuestros
análisis previos de ADNmt de las poblaciones de Arabia Saudita [ 19 , 53 ]
evidenciaron la falta de linajes árabes autóctonos filogenéticos profundos necesarios
para apoyar la continuidad de la población antigua en Arabia. Por el contrario, los
linajes indígenas putativos más antiguos tienen edades de coalescencia en el límite del
Pleistoceno-Holoceno y, el perfil genético actual de la Península Arábica encaja mejor
como receptor de inmigraciones relativamente recientes que como fuente de los
colonizadores pioneros de Eurasia [ 54]. Sin embargo, un estudio reciente de linajes N
(xR) en la península arábiga ha considerado la existencia de ramas N1 derivadas en el
área como reliquias de la etapa más temprana de la dispersión costera del sur de los
humanos modernos desde el Cuerno de África hasta el resto del mundo. mundo [ 6 ].
Un aumento en el tamaño de la muestra, que incluye 2,278 secuencias parciales del
ADN mt árabe ( Tabla S4 ) y la secuenciación completa del ADNmt de 28 muestras de
Asia occidental, que comprende algunos linajes raros de Arabia Saudita y África del
Norte ( Tabla S3 y Fig. S3 ), no ha cambiado significativamente nuestros resultados
anteriores y conclusiones [ 19 , 53 , 54 ]. Como antes, los haplogrupos J (21%) y R0a
(17%) son los clados predominantes. Análisis filogeográfico de estos haplogrupos
[ 19 , 53 , 55 ] y otros linajes con menor prevalencia en el área como HV1 [ 56 ] y R2
[ 57]] parece indicar expansiones poblacionales en la Península Arábiga, principalmente
después del último máximo glaciar que coincide con el mejoramiento climático en el
área. En cuanto a las cuatro secuencias completas del macrohaplogrupo R de origen
árabe analizadas en este estudio ( S3 Fig ), una pertenecía al haplogrupo R0a2c, y la otra
a R1a con una secuencia armenia y una secuencia abjasia como ramas hermanas
[ 58 ]. Las otras dos secuencias pertenecen a los clados indios R6 y R8 y se clasificaron
como sublinajes específicos R6a1 [ 59 ] y R8a3 [ 60 ]. Además, una secuencia
georgiana rara se ha clasificado como un linaje R2d ( Fig . S3 ).
Aunque la mayor parte de las secuencias árabes (70%) pertenecen a diferentes clados
del macrohaplogrupo R, el 13% de las muestras árabes pertenecen al haplogrupo L, con
un claro origen africano subsahariano. Una de las dos muestras L completamente
secuenciadas en árabe fue un linaje L2a1 típico con una reversión en la posición
16309. El segundo es una secuencia L3i1a derivada, con su contraparte más cercana
observada en Etiopía (Este estudio y [ 61 ]) apuntando a una importación reciente desde
el noreste de África ( S3 Fig.). El siete por ciento de las muestras árabes se asignaron al
macro-haplogrupo M, de las cuales el 4% son miembros del haplogrupo M1 del norte de
África, y el 3% restante conforma un grupo misceláneo de secuencias de orígenes del
sur, sureste y este de Asia y representantes exclusivos. de Melanesia (Q1), Madagascar
(M32c) o Australia (M42). En particular, la muestra de Arabian M rara secuenciada
completamente en este estudio ( Fig. S3 ) pertenece al clado M42b1 indio,
compartiendo solo la transversión 95C con una secuencia Munda (MUN22) en el
mismo clado. Una rama hermana del M42b indio, con una estimación del tiempo de
coalescencia de alrededor de 55 kya, se ha extendido en Australia [ 62]. Finalmente, el
diez por ciento de las secuencias de Arabia Saudita fueron de N (xR), siendo los clados
mejor representados la rama X2 del haplogrupo X (2.8%) y las ramas derivadas N1a3
(2.1%), N1b (2.0%), N1a1a ( 1.1%) e I (1.3%) del haplogrupo N1.
No hay evidencia de profundos clados autóctonos de N (xR) en la Península
Arábiga. Además, en los pocos casos en que se asigna más de una secuencia árabe en la
misma rama, sus edades de coalescencia se encuentran dentro del período Pleistoceno-
Holoceno observado para otros miembros del haplogrupo R. Además, en la mayoría de
los casos estas secuencias árabes tienen una hermana linajes con raíces más profundas
en el Cercano Oriente, Irán, el Cáucaso o más al norte. Por ejemplo, las dos muestras
sauditas N1a3a completamente secuenciadas ( Fig. S3 ) tienen una edad de coalescencia
de solo 11.9 kya. La única muestra saudí N3a ( Fig. S3 ) se puede colocar como una
rama derivada en un árbol compuesto de secuencias N3 iraníes y bielorrusas [ 28 ]. Una
vez más, la única secuencia saudita X1 detectada ( S3 Fig) tiene una contraparte
hermana en el norte de África, que conforma una rama secundaria X1c2 con una edad
de apenas 6,5 kya. Una inspección detallada de las secuencias árabes completas
presentadas por Fernandes et al. [ 6 ] en su árbol filogenético N (xR) corrobora este
escenario. Para empezar, hay dos secuencias de Dubai (DL63 y DL60) que están
arraigadas a 22 kya con un Buryat N1e del norte de Asia, [ 63]; sin embargo, la edad de
coalescencia para los dos miembros árabes es de solo 5,216 (103–10,501) ya. Además,
el hecho de que N1e es una rama hermana del haplogrupo I, un subclave de N1, merece
ser mencionado. El aislado Y1 de Y1 de N1a se une a 15 kya con un conjunto de
secuencias somalíes y etíopes. Su N1c (ahora N1a3a) aisla DL247 de Dubai conforma
un clado con secuencias europeas y caucásicas con una edad de alrededor de 18 kya,
pero nuestro clado N1a3a actualizado ( S3 Fig.) conformada por 31 secuencias,
incluidas 6 de la península arábiga, tiene en realidad una edad de solo 11,9 años (9,2–
14,6) kya. Una secuencia yemení (JT196), perteneciente al haplogrupo W, tiene la edad
de coalescencia más antigua con ramas hermanas en Turquía y en el Cáucaso, alrededor
de 20 kya. En este punto, parece pertinente mencionar que una rama hermana N2a de
todo el clado W tiene como miembros representativos a los norteños asiáticos Ket [ 64 ]
y Mansi aislados [ 65 ] y un armenio del Cáucaso [ 34 ]. Además, la secuencia W más
ancestral es la de un linaje Sherpa de las tierras altas tibetanas [ 66 ].
Nuestro análisis detallado de los linajes N árabes (xR) confirma la falta de clados N
ancestrales en esa Península que podrían sostener una continuidad humana moderna, ya
que la propagación fuera de África es de alrededor de 60 kya propuesta por genetistas, o
alrededor de 120 kya según arqueólogos [ 9 - 11 ]. Es importante mencionar que un
estudio reciente, que utiliza genomas completos de ADNmt, corrobora completamente
nuestros resultados negativos también en Yemen [ 67]]. Para realizar una evaluación
estadística, la rama N1a3a, que une la mayoría de los linajes árabes con otros de origen
asiático occidental, tiene una edad de coalescencia de solo 11.9 ± 2.7 ky siendo
significativamente más joven (P <0.0001) que el clado más joven O (43.1 ± 16.5 ky ) de
Australia. Mejor que la cuna de un humano moderno africano recién nacido, la
Península Arábiga podría definirse como un centro de peregrinación reciente de recién
llegados en todo el mundo.
El papel del sur de Asia en la propagación de macrohaplogrupo N

El principal problema de una ruta costera única fuera de África fue la falta en Asia
meridional de linajes autóctonos N (xR) que predominan en Australia, la última etapa
de la expansión fuera de África [ 17 , 68 ]. Sin embargo, la detección de un supuesto
linaje autóctono N5 en India [ 31]fue suficiente para reforzar la hipótesis de la
migración del sur única, con la importante afirmación adicional de que los tres linajes
fundadores de ADNmt en Eurasia (M, N, R) viajaron juntos en una expansión principal
única. Sin embargo, desde entonces, se ha publicado una cantidad impresionante de
datos de mtDNA en India y Asia occidental. Esta nueva información respalda la
ausencia real de haplogrupos autóctonos basales N (xR) en la India. Primero, no se han
detectado nuevos linajes N básicos. Segundo, N5 no podría ser un clado autóctono indio
basado en la reconstrucción filogenética, ya que comparte la transición 1719 con su
clado N1, que es un haplogrupo de origen indiscutible de Asia Occidental [ 34 ], y
también se ha encontrado en el Cáucaso, Pakistán. Irán y Nepal [ 26 , 69 -71 ]. En tercer
lugar, otros linajes N detectados en la India como I, W, X2 o N9a, Y2 y A4, son ramas
derivadas de los clados basales N1, N2, X o N9 y A, de orígenes de Asia occidental y
oriental respectivamente. Por lo tanto, la presencia de linajes N en la India se explica
mejor como el producto de la migración tardía desde las áreas del noroeste y noreste. A
pesar de que el haplogrupo N5 se acepta como un linaje indio autóctono, su edad de
coalescencia (35.7 ± 8.2) es significativamente más joven (p <0.0055) que la del linaje
S australiano (46.8 ± 5.5). Este escenario contrasta fuertemente con la enorme presencia
de M autóctona [ 40 , 72 ] y R [ 31 , 59 , 60 , 73] linajes con profundas edades de
coalescencia en la India. Podría alegarse que los linajes N autóctonos primarios existían
en la India pero se extinguieron debido a la deriva genética, pero esta hipótesis está en
contradicción con el rápido crecimiento de la población detectado en el sur de Asia
prehistórico [ 74 ]. En resumen, parece que los primeros colonizadores de Australia, que
tienen linajes de haplogrupo N (xR) de ADNmt, podrían usar una ruta que no involucre
a la India como etapa. Esto no excluye la existencia de una ruta del sur a través del sur
de Asia según lo propuesto por nosotros mismos [ 17 , 68 ] y otros [ 4 , 75 ] basado
también en otros linajes de ADNmt.
Llegada anticipada a Australia

La edad de coalescencia del ADNmt autóctono haplogrupo S, alrededor de 50 kya, es
compatible con la datación arqueológica para la ocupación humana en el norte de
Australia [ 76 ], pero está fuera del período glacial MIS 4 (74–59 kya), cuando los
niveles bajos del mar Facilitaría el viaje de Sunda a Sahul. Sin embargo, a partir de la
secuenciación del genoma de un aborigen australiano [ 8], se dedujo que los aborígenes
australianos son descendientes de una dispersión humana en el este de Asia que se
produjo desde 62 a 75 kya. También se informó que la secuencia de ADNmt de esa
muestra pertenece al haplogrupo O, uno de los linajes básicos N (xR) en Australia, pero
con una divergencia posterior a la de S. Además, se confirmó que había trazas de ADN
de Neandertal y Denisovan en ese individuo. . En particular, el componente Denisovan
está presente principalmente en los melanesios, indonesios orientales y Negrito de
Filipinas, en comparación con otros asiáticos del sudeste, y está ausente en Andamanese
[ 77]]. Es decir, solo las poblaciones situadas al este del límite biológico trazado por
Alfred Russell Wallace en 1869 parecen compartir constantemente el material genético
de los denisovanos, lo que apunta a una relación cercana entre ellos. A este respecto, la
presencia de linajes de ADNmt en Negrito de Filipinas, relacionada con el haplogrupo
N11 más antiguo, merece una mención especial. Además, sobre la base de datos de todo
el genoma, una asociación antigua, paleolítica, entre Australia de Nueva Guinea y
Mamanwa de Filipinas ha sido confirmada recientemente [ 78 ].
Falta de correlación en ambas rutas entre las edades de los haplogrupos y sus
distancias geográficas de África
Paramétrico y métodos de correlación no paramétricas utilizadas para la prueba de una
asociación negativa entre el aumento de los valores de longitud de África oriental a
Australia y la edad coalescencia de las actuales haplogrupos N (XR) a lo largo de las
rutas del sur y del norte propuestos (Tablas (Tables22 y AND3 ),3), dio valores de
asociación no significativos en ambos casos (R = -0.33 y -0.19; Ʈ = 0.02 y 0.15). Las
causas más probables de estos resultados negativos para la ruta del sur son la falta de
linajes autóctonos de N (xR) en Arabia y el sur de Asia, incluso aceptando N1a3a y N5
como indígenas de la Península Arábiga y la India, respectivamente, y las jóvenes
radiaciones del extremo sur. Los haplogrupos N (xR) en el sureste de Asia en
comparación con los de Australia. Para la ruta del norte, los resultados negativos pueden
explicarse por las muy antiguas edades de radiación de los haplogrupos N10 y N11 en el
sur de China en comparación con los de los haplogrupos A y N9 del norte de Asia, que
probablemente se re-expandieron durante la mitad del MIS-3 último intersticial glacial
(60–25 kya).
Tabla 2
Coordenadas de los haplogrupos asignados a la ruta sur con valores de edad
observados y esperados.
Haplogrupo Centro geográfico Coordenadas Edad observada Edad esperada

(Kya) (Kya)
L3 Khor Angar 12 ° 23Ń-43 ° 70.8 (52.7–88.1) 70.8 (52.7–88.1)

(Djibouti) 21É
N1a3a Damqawt (Yemen) 16 ° 34Ń-52 ° 11.9 (9.2–14.6) 68.2 (56.1–80.0)

51É
N3 Kerman (Irán) 30 ° 00Ń-58 ° 11.9 (4.0–20.3) 66.7 (54.7–78.7)

00É
N5 Nagpur (India) 21 ° 08Ń-79 ° 35.7 (19.8–51.5) 60.9 (48.9–72.1)

05É
N7 Phnom Penh 11 ° 00Ń-104 ° 36.4 (22.5–50.9) 54.1 (42.9–65.3)

(Camboya) 00É
N8 DaNang (Vietnam) 16 ° 00Ń-108 ° 20.4 (9.8–31.6) 53.0 (42.5–63.5)

00É
(Kya) (Kya)
N22 Kuching (Malasia) 01 ° 34Ń-110 ° 17.0 (8.8–25.5) 52.4 (40.3–64.4)

20É
N21 Samarinda 01 ° 31´S-118 ° 17.5 (8.7–26.6) 50.2 (39.5–60.3)

(Indonesia) 00É
S Darwin (Australia) 12 ° 28´S-130 ° 46.8 (37.0–56.9) 46.8 (37.0–56.9)

50É
Tabla 3
Coordenadas de los haplogrupos asignados a la ruta norte con valores de edad
observados y esperados.

(Kya) (Kya)
L3 Khor Angar (Djibouti) 12 ° 23Ń-43 ° 70.8 (52.7–88.1) 70.8 (52.7–88.1)

21É
X Krasnovodsk 40 ° 10Ń-53 ° 31.9 (20.7–45.6) 66.6 (57.8–75.7)

(Turkmenistán) 00É
N1 Samarkanda 39 ° 37Ń-66 ° 51.9 (37.1–68.3) 64.4 (54.6–74.1)

(Uzbekistán) 58É
(Kya) (Kya)
N2 Almaty (Kazajistán) 43 ° 13Ń-76 ° 48.3 (31.5–69.2) 61.6 (71.8–50.8)

51É
UNA Urumchi (China) 43 ° 49Ń-87 ° 27.6 (19.3–38.3) 58.9 (50.0–67.8)

37É
N11 Kunming (China) 24 ° 53Ń-102 ° 75.9 (48.4–104.9) 54.5 (44.7–64.2)

49É
N10 HoChíMinh (Vietnam) 10 ° 49Ń-106 ° 66.4 (39.2–93.4) 53.4 (42.3–64.4)

49É
N9 Taiyuan (China) 37 ° 52Ń-112 ° 37.9 (27.5–48.7) 51.8 (41.2–62.3)

33É
S Darwin (Australia) 12 ° 28´S-130 ° 46.8 (37.0–56.9) 46.8 (37.0–56.9)

50É
Ir:
Discusión
Prácticamente todos los humanos fuera de África pertenecen a los macrohaplogrupos N
o M de ADNmt, ambas ramas hermanas del clado L3 africano. N muestra una
distribución global de Eurasia, pero la mayoría de sus linajes en todas partes son
miembros de la subclase R. Solo en los aborígenes australianos, los linajes N (xR)
alcanzan frecuencias superiores al 50% [ 5 , 79 ], y en algunas regiones de Asia oriental
y central, los haplogrupos N9 y A pueden, respectivamente, superar el 10%
[ 30 , 39 , 58 , 68 , 80]. En el resto de su rango geográfico, la presencia de linajes N
(xR) es residual y representa pequeñas expansiones más jóvenes impulsadas por la
posterior propagación de grupos humanos, que albergan principalmente derivados de R
en Asia occidental y derivados de R y M en el sur y este de Asia.
Nuestro análisis filogenético y filogeográfico del macrohaplogrupo N en Eurasia apoya
la existencia de una ruta adicional hacia el norte fuera de África, que no involucre a la
Península Arábiga o al subcontinente indio como se previó anteriormente [ 17 ]. Este
largo viaje terminó en Australia cuando todavía era parte del Sahul, muy probablemente
en la última etapa glacial MIS-4 ( Fig. 1A). En la parte superior del tronco L3 * común,
el macrohaplogrupo N acumuló un tallo de cinco mutaciones sin ninguna bifurcación
conocida. De este hecho, se puede deducir que, después de los países fuera de África,
los portadores de este linaje parecen haber tenido dificultades demográficas y
permanecieron como una población estancada durante mucho tiempo. Por lo tanto, las
primeras etapas de la ruta norte del haplogrupo N propuesto serían especulativas y
tendrían que encontrar apoyo indirecto en otras evidencias genéticas, arqueológicas y
antropológicas.
Figura 1
Rutas de dispersión geográfica de (A) AMH fuera de la migración de África y (B)
expansiones humanas secundarias en todo el mundo, deducidas de la edad y localización
geográfica de los haplogrupos de ADNmt L3 y N (xR), incluidos los linajes O y S de
Australia.
Se representan las etapas climáticas de isótopos marinos (MIS) y los lugares más probables de
mezcla genética con neandertales y denisovanos. Las líneas de puntos en B significan el flujo
genético probable entre poblaciones de diferentes dispersiones.
La vista desde otros marcadores genéticos.

Los primeros estudios globales del cromosoma Y también confirmaron el origen
reciente de los humanos modernos en África y su expansión a lo largo de Eurasia en
reemplazo de otros homínidos arcaicos. También se dedujo que un escenario de dos
rutas, una desde el Cuerno de África y otra para el corredor Levantine, sería suficiente
para explicar la filogeografía del cromosoma Y fuera de África [ 81 ]. Sin embargo,
estudios posteriores, principalmente en el subcontinente indio, favorecieron la ruta del
sur a través del estrecho de Bab el Mandeb como el primer paso migratorio que explica
la colonización posterior hacia el norte como sus derivaciones secundarias [ 75].]. En
los últimos años, se han introducido cada vez más análisis amplios del genoma y la
secuenciación del genoma completo para aclarar aún más el origen y la dispersión de los
humanos modernos. La reducción de la diversidad genética y las tasas de recombinación
observadas en poblaciones situadas cada vez más lejos de África fueron consideradas
por algunos autores en apoyo de un origen africano reciente de los humanos modernos,
seguido de una colonización gradual única del resto del mundo a través de sucesivos
pasos fundadores [ 82 - 84 ]. Además, se sugirió que la ola de migración fuera de África
ocurrió alrededor de 56 kya [ 85]. Además, otro artículo sugirió que los patrones de
diversidad de recombinación se correlacionan con la distancia de África a través de una
ruta del sur de Arabia, pero no de Sinaí y, dentro de las poblaciones de Eurasia, la
distancia de recombinación se correlaciona con la distancia del sur de la India, lo que
respalda una rápida expansión de África al este. Asia con Asia del Sur jugando un papel
importante [ 86 ]. Sin embargo, otros autores previeron un escenario más complejo,
sugiriendo distintas dispersiones tempranas de África [ 87 ]. Para algunos autores, la
dispersión más temprana ocurrió alrededor de 130 kya después de una ruta hacia el sur a
Australia y Melanesia y la dispersión posterior hacia el norte de Eurasia alrededor de 50
kya [ 88].], otros situaron a los que estaban fuera de África en un rango de 140 a 80 kya,
distinguiendo cuellos de botella posteriores en europeos y asiáticos orientales alrededor
de 20 kya [ 89 ], lo que podría explicarse como debido a la última glaciación tardía de
MIS2 (24 a 12 kya). El reciente crecimiento explosivo de la población humana en los
últimos 3,000 a 4,000 años detectado por estudios centrados en regiones genómicas
neutrales [ 90 , 91 ], también se confirma gráficamente a nivel de ADNmt como las
radiaciones más importantes en el árbol filogenético de ADNmt [ 34] brotan de nodos
secundarios con edades post-neolíticas. Tal vez, los patrones de las dispersiones
humanas primarias, inferidas de estudios que comparan la diversidad de genes en las
poblaciones actuales, deben tomarse con precaución. De todos modos, la ruta del norte
deducida a partir del cromosoma Y y los estudios genómicos globales está en
contradicción, en el tiempo y la dirección con nuestra propuesta basada en el
haplogrupo N (xR) de ADNmt. De hecho, en un rango de 30 a 50 kya, detectamos
dispersiones secundarias que colonizaron Eurasia occidental y el norte de África ( Fig.
1B ). Estos movimientos fueron nombrados como migraciones de regreso a África por
nosotros ([ 17 , 92 - 94 ]) y otros ([ 32 , 95 - 97]). Curiosamente, los retornos a África
también se han detectado en los análisis del cromosoma Y ([ 98 - 101 ]) y del genoma
([ 102 - 106 ]), pero en edades más jóvenes, desde tiempos históricos hasta 23
kya. Estas discrepancias podrían atribuirse a la existencia real de varias oleadas de
migrantes de regreso a África, detectados preferentemente por diferentes tipos de
marcadores genéticos, a diferencias en los métodos de datación o por ambas causas.
Fuera de África a través del Levante

Desde la perspectiva del ADNmt, fue la amplia radiación del macro-haplogrupo L3 en
África, durante un período climático moderado, lo que provocó la salida africana de los
humanos modernos a Eurasia [ 61 ]. Al principio, esta expansión putativa se estimó en
alrededor de 89 ± 69 kya [ 107 ], pero una escala de tiempo de mtDNA revisada
posteriormente colocó esta radiación en una ventana de edad entre 59 y 95 kya
[ 1 , 27 , 49 , 61 ], que comprende la última Fase de un período interglacial húmedo y el
comienzo de un período glacial árido. Además, hay que mencionar que, utilizando una
tasa de mutación revisada del genoma [ 108]], la división entre poblaciones no africanas
y africanas se situó en un rango de 90 a 130 kya. Estos rangos se superponen con la
presencia de humanos modernos en el Levante, como lo atestiguan las pruebas fósiles
obtenidas de las cuevas de Qafzeh y Skhul [ 109 ]. También coincide con un período
climático húmedo que facilitaría una expansión de África subsahariana hacia el norte a
las costas mediterráneas a través del desierto sahariano actual, no solo a través del Valle
del Nilo sino también a través de Libia y el Magreb [ 110 - 112 ]. En la misma ventana
temporal está la industria de la piedra de Ateria que se extendió en general en el norte
de África y el desierto del Sahara, desde la costa atlántica hasta el valle del Nilo y hacia
el Levante [ 113]]. De importancia primordial es la evidencia de que Aterian presenta
indicios del comportamiento humano moderno como lo sugiere la inclusión de perlas de
concha ornamentales en sus conjuntos africanos y levantinos, y la ventaja tecnológica
de sus herramientas de tallo, adecuadas para el transporte [ 114 , 115 ]. Además, se han
descrito afinidades entre los cráneos de Ateria y Levantine Homo
sapiens anterior [ 116 ], así como afinidades morfométricas craneales entre Levantine y
Pleistoceno posterior / Holoceno temprano poblaciones de Australia [ 117 ]. Todas estas
evidencias apuntan a una salida exitosa del Paleolítico a través de la Península del Sinaí
durante el último período interglacial ( Fig. 1A).). Finalmente, como los niveles del mar
serían más altos en ese tiempo que en los episodios de glaciares, las rutas alternativas
que involucran el cruce de los estrechos marítimos como Bab al Mandeb a través de
Arabia o Gibraltar a través de Iberia tendrían menos posibilidades de éxito. Esto deja el
cruce de la península del Sinaí por tierra como la puerta de salida más
plausible. Durante esta favorable ventana climática, el África mediterránea y el corredor
Levantino presentaron un ambiente bastante uniforme que permitió la continua
dispersión en el Cercano Oriente de pequeños grupos de humanos modernos con
vínculos familiares cercanos. Estos grupos llevarían linajes basales de ADNmt L3 *
como sus contrapartes africanas. Solo dos de esos linajes han sobrevivido hasta nuestros
días, dando a los macro-haplogrupos M y N que comprenden toda la diversidad
mitocondrial existente no africana.27 ] permite una expansión hacia el norte más
temprana de al menos un grupo que porta un linaje de ADNmt que, a lo largo de la ruta
de migración, dio lugar a un macro-haplogrupo N que comprende todos los linajes N
actuales, incluido el derivado R caracterizado por la reversión de la transición de 16223
y la presencia de la sustitución 12705 [ 17 ].
Hasta el Cáucaso y más allá

Hay varias rutas posibles para penetrar en el interior de Asia desde el Levante [ 13 ], sin
embargo, la arqueogenómica señala al Cáucaso como el camino más probable ( Fig.
1A ). En efecto, la recuperación confiable y la secuenciación del ADN antiguo de
homínidos arcaicos como Neanderthal y Denisovan han iluminado enormemente sus
interacciones genéticas con los humanos modernos. Secuenciación genómica neandertal
[ 118 , 119], y su comparación con los humanos modernos, detectó una tasa limitada de
flujo de genes (1.5 a 2.1%) de neandertales a humanos modernos no africanos antes de
su división en grupos europeos y asiáticos. A medida que el rango geográfico de los
neandertales abarcaba Europa y partes de Asia occidental, incluido el Levante, se
propuso que el cruce se produjera en el Levante, donde se reunían por primera vez los
grupos humanos de fuera de África y los neandertales. Otros análisis que involucran
poblaciones humanas más modernas demostraron que los neandertales contribuyeron
significativamente más ADN a los asiáticos orientales modernos y los melanesios que a
los europeos modernos o asiáticos del sur [ 120 - 122 ], y que los neandertales y los
humanos modernos podrían haber interactuado en una ventana temporal de 40-90 kya
[ 123]. Más recientemente, se afirmó que el ADN del neandertal introgestionado en los
humanos está más estrechamente relacionado con el neandertal Mezmaiskaya del
Cáucaso que con el neandertal de Altai en Siberia o con los neandertales de Vindija de
Croacia [ 119 ]. Claramente, este escenario está en conflicto con la hipótesis de una sola
dispersión fuera de África de los humanos modernos a través del estrecho de Bab al
Mandeb hacia Arabia, y una única migración de la costa sur a través del sur de Asia
hacia el sureste de Asia y Australasia. Aunque el rango sudeste de neandertales podría
haberse extendido a la orilla occidental del río Indo [ 124], es difícil explicar por qué los
asiáticos orientales tienen una mayor contribución del ADN neandertal que los europeos
y los asiáticos del sur. Por el contrario, estas diferencias en el flujo del gen Neanderthal
encajan mejor dentro de la hipótesis de un origen, múltiples dispersiones y dos rutas,
este y norte desde el Levante. Gracias, una vez más, a los antiguos estudios de ADN
sobre restos de homínidos de Uzbekistán y las montañas de Altai, se sabe sin
ambigüedades que los neandertales extendieron su área nororiental hasta el centro de
Asia y el sur de Siberia [ 125 ]. Además, al utilizar secuencias de ADNmt de
Neanderthal en el análisis demográfico, se infirió que las poblaciones de Neanderthal
occidentales y orientales divergieron aproximadamente de 55 a 70 kya y que hubo
fragmentación y cambio de población en el oeste, pero continuidad genética en el área
del este [ 126]. En estas circunstancias, los grupos humanos modernos que iban hacia el
norte tenían que convivir con los neandertales a lo largo del camino. No sabemos cómo
fue la relación entre los humanos modernos y los neandertales. Quizás cuando la presa
era abundante, cooperaron y cuando escaseaban, estaban en conflicto. Sin embargo,
parece seguro que los humanos modernos tuvieron que pagar un peaje sexual pero, a
cambio, siguieron las rutas hacia el norte a través del Cáucaso ya abierto por los
neandertales. Al menos, los antepasados de los futuros colonizadores australianos
subieron a las montañas Altai en Siberia del Sur, donde un homínido diferente, los
Denisovans, ya coexistían con los Neandertales ( Fig. 1A ). Al igual que en el caso de
los neandertales, la secuenciación genómica genómica [ 127 ] y de alta cobertura [ 120]
de un individuo denisovano reveló que los humanos modernos y los denisovanos
también se cruzaron, pero esta vez afectó principalmente a los ancestros australianos,
melanesios, indonesios orientales y mamanwa, una tribu negrita de Filipinas [ 77 ]. Se
ha propuesto que el rango geográfico de Denisovans cuando podría ocurrir la
introgresión fue mayor, alcanzando el sureste de Asia [ 127 ]. Sin embargo, en contra de
esa suposición, es el hecho de que los denisovanos de Altais analizados tenían una
variación genética extremadamente baja en alrededor de 70 kya [ 120 ], por lo que si
existiera un mayor rango geográfico, sería demasiado pronto para mezclarse con los
humanos modernos en el sureste Asia. Además, la introgresión sustancial del ADN
neandertal en Denisovans [ 119], Y la estrecha relación de un genoma de ADNmt de un
hominin de España, con H . La semejanza morfológica de Heiderbergensis con el
ADNmt de Denisovans [ 128 ] podría sugerir que los rangos geográficos Neandertal y
Denisovan tuvieron una superposición sustancial en el pasado.
Hasta Australia
Las condiciones climáticas podrían conducir a los primeros portadores de N desde el sur
de Siberia hasta el sureste de Asia y desde allí a Australia ( Fig. 1A ). Esto ocurrió
probablemente durante el enfriamiento progresivo continental en el período glacial
MIS4 (70–55 kya). Podrían haber seguido una ruta interior o costera, ya que hay
evidencia de una presencia temprana de humanos modernos en China Central al menos
desde 80 kya [ 129 ], en el sur de China alrededor de 100 kya [ 130 , 131 ] y en Laos por
50 kya [ 132 ]. Se han reportado fechas similares para Indonesia [ 133 ] y Filipinas
[ 134]. Los únicos indicios de ADNmt de estos movimientos podrían ser las ramas
altamente divergentes del haplogrupo N11 ubicadas en Filipinas [ 43 ], y en China
occidental y central, incluyendo el Tíbet y Mongolia [ 39 , 41 ], quizás restos aislados
de una mayor ocupación geográfica erosionada por las subsiguientes ondas humanas. A
este respecto, es importante llamar la atención sobre el hecho de que todas las
radiaciones de ADNmt que se produjeron después de 50 kya en otras partes de Eurasia
fueron más jóvenes que la primera colonización de Australia por los haplogrupos N.
linajes.
Las radiaciones secundarias.

Poco después de esta aventura pionera, hay claros signos filogenéticos y filogeográficos
de expansiones secundarias de ADNmt en todo el mundo en las que los tres
macrohaplogrupos euroasiáticos (M, N y R) participaron activamente ( Fig. 1B ). Estas
expansiones demográficas y geográficas posteriores se produjeron durante el
calentamiento del período intersticial MIS-3 de 59 a 24 kya. Fueron particularmente
impresionantes en el subcontinente indio para los macrohaplogrupos M [ 40 , 72 , 105 ]
y R [ 59 , 60 , 135], pero también en Eurasia occidental que afectan al África oriental y
septentrional como lo previeron nuestros estudios [ 17 , 92 - 94] y otros
[ 32 , 95 - 97 ]. Se debe enfatizar que, en nuestra opinión, la expansión de 45 kya del
Levante a Europa propuesta por otros [ 136 ] en realidad señala una importante entrada
del norte que afecta a ambas áreas ( Fig. 1B ), como se sugirió anteriormente en el
campo de Arqueología [ 137 - 139 ].
Ir:
Conclusiones
Una ruta única del sur para las migraciones de AMH desde África se ha colocado como
el camino más probable para el viaje que llevó a nuestra especie a colonizar el mundo
entero. Sin embargo, como lo demuestra este estudio, una ruta norte adicional de
Levante es más congruente con los datos multidisciplinarios disponibles. Además, la
evidencia genética, arqueológica y bioclimática combinada sugiere que, aunque el
humano anatómicamente moderno primitivo nació en África, el vivero de los humanos
modernos que colonizaron Eurasia, Oceanía y el Nuevo Mundo podrían ser los primeros
en el sur de Siberia al noroeste de China y más tarde en el sudeste asiático.
Ir:
información de soporte
S1 Fig
Árboles de haplogrupo de N básico (excepto N1'5, N2, N3, X y A) que muestran
edades de coalescencia y origen geográfico de la muestra.
(XLSX)
Haga clic aquí para el archivo de datos adicionales. (315K, xlsx)
S2 Fig
Árbol para el haplogrupo A basado en secuencias completas que muestran edades
de coalescencia y origen geográfico de la muestra.
(XLSX)
S3 Fig
Árbol que clasifica nuevas secuencias completas árabes y de Asia occidental en los
haplogrupos correspondientes.
(XLSX)
Tabla S1
Referencias utilizadas en la búsqueda de haplotipos N básicos.
(XLSX)
Tabla S2
Regiones, tamaños de muestra y referencias donde se detectaron los haplotipos
pertenecientes a los haplogrupos N7, N8, N10, N11, N21 y N22.
(XLSX)
Tabla S3
Veintitrés secuencias de ADNmt completas, y cinco reanalizadas, de Arabia
Saudita o Asia occidental.
(XLSX)
Tabla S4
Haplotipos, codificación de posiciones diagnósticas analizadas y frecuencias de
haplogrupos obtenidas de una muestra de 2,278 individuos árabes.
(XLSX)
Ir:
Expresiones de gratitud
Este trabajo fue apoyado por el Ministerio de Ciencia e Innovación [CGL2010–16195 a
AMG].
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Declaración de financiación
Este trabajo fue apoyado por el Ministerio de Ciencia e Innovación [CGL2010–16195
para AMG] ( http://www.idi.mineco.gob.es ).
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Disponibilidad de datos
Todos los datos relevantes se encuentran en el documento y en sus archivos de
Información de respaldo, así como en la base de datos GenBank (números de acceso
KM245130-KM245152).
Ir:
Referencias
1. Gonder MK, Mortensen HM, Reed FA, de Sousa A, Tishkoff SA (2007) Análisis de
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Publicado en línea el 10 de noviembre de 2016 doi: [ 10.1186 / s12862-016-0816-8 ]
PMCID: PMC5105315
PMID: 27832758
Los portadores del macrohaplogrupo M de ADN mitocondrial

humano colonizaron la India desde el sureste de Asia
Patricia Marrero , 1 Khaled K. Abu-Amero , 2 José M. Larruga , 3 y Vicente M. Cabrera 3

licencia Renuncia
Resumen
FONDO:
Desde una perspectiva dominante de mtDNA, la salida de África de los
humanos modernos para colonizar Eurasia ocurrió una vez, alrededor de 60
kya, siguiendo una ruta costera del sur a través de Arabia e India para llegar
a Australia poco después. Estos pioneros llevaron consigo los linajes
euroasiáticos actualmente dominantes M y N. Basados también en los
argumentos filogenéticos y filogeográficos del ADNmt, algunos autores han
propuesto la existencia de una ruta norte a través del Levante que llevó el
macrohagogrupo N del ADNmt a Australia. Para contrastar ambas hipótesis,
aquí reanalizamos la filogeografía y las edades respectivas de los
haplogrupos de ADNmt pertenecientes al macrohaplogrupo M en diferentes
regiones de Eurasia y Australasia.
RESULTADOS:
El macrohaplogrupo M tiene una implantación histórica en Eurasia
Occidental, incluida la Península Arábiga. Las edades de los fundadores de
los linajes M en India son significativamente más jóvenes que en Asia
oriental, sudeste asiático y cerca de Oceanía. Además, existe una
correlación positiva significativa entre la edad de los haplogrupos M y su
distribución geográfica longitudinal. Estos resultados apuntan a una
colonización del subcontinente indio por humanos modernos que
transportan M linajes desde el este en lugar del lado oeste.
CONCLUSIONES:
Aquí se confirma la existencia de una ruta hacia el norte, propuesta
anteriormente para el macrohaplogrupo N de mtDNA, para el
macrohaplogrupo M. Ambas macrolineaciones de mtDNA parecen haberse
diferenciado en el sudeste asiático de los linajes L3 ancestrales. Tomando
esta evidencia genética y las reportadas por otras disciplinas, hemos
construido un modelo nuevo y más conciliatorio para explicar la historia de
los humanos modernos fuera de África.
Fondo
Desde una perspectiva dominante de mtDNA, la salida de África de los humanos
modernos para colonizar Eurasia ocurrió una vez, alrededor de 60 kya, siguiendo una
ruta costera del sur a través de Arabia e India para llegar a Australia poco
después. Estos pioneros llevaron consigo los linajes euroasiáticos actualmente
dominantes M y N. Basados también en los argumentos filogenéticos y filogeográficos
del ADNmt, algunos autores han propuesto la existencia de una ruta norte a través del
Levante que llevó el macrohagogrupo N del ADNmt a Australia. Para contrastar ambas
hipótesis, aquí reanalizamos la filogeografía y las edades respectivas de los haplogrupos
de ADNmt pertenecientes al macrohaplogrupo M en diferentes regiones de Eurasia y
Australasia.
Resultados
El macrohaplogrupo M tiene una implantación histórica en Eurasia Occidental, incluida
la Península Arábiga. Las edades de los fundadores de los linajes M en India son
significativamente más jóvenes que en Asia oriental, sudeste asiático y cerca de
Oceanía. Además, existe una correlación positiva significativa entre la edad de los
haplogrupos M y su distribución geográfica longitudinal. Estos resultados apuntan a una
colonización del subcontinente indio por humanos modernos que transportan M linajes
desde el este en lugar del lado oeste.
Conclusiones
Aquí se confirma la existencia de una ruta hacia el norte, propuesta anteriormente para
el macrohaplogrupo N de mtDNA, para el macrohaplogrupo M. Ambas
macrolineaciones de mtDNA parecen haberse diferenciado en el sudeste asiático de los
linajes L3 ancestrales. Tomando esta evidencia genética y las reportadas por otras
disciplinas, hemos construido un modelo nuevo y más conciliatorio para explicar la
historia de los humanos modernos fuera de África.
Ir:
Fondo
Desde una perspectiva genética basada principalmente en datos de ADNmt, el reciente
origen africano de los humanos modernos [ 1 , 2 ] y su difusión en Eurasia y Oceanía,
que reemplazan a todos los humanos arcaicos que habitan allí, ha ocupado una posición
dominante en la comunidad científica. Los recientes descubrimientos paleogenéticos de
introgresión limitada en el genoma de humanos modernos no africanos, de material
genético de homininos arcaicos, Neandertal [ 3 , 4 ] y Denisovan [ 5 - 7 ] se han resuelto
agregando una nota de asimilación arcaica modesta a la declaración de reemplazo
[ 8]. Sin embargo, en la región de Asia oriental, la hipótesis alternativa de una evolución
regional continua de humanos modernos a partir de poblaciones arcaicas se apoya en la
lenta evolución de su registro arqueológico del Paleolítico [ 9] y la presencia irrefutable
de humanos primitivos y completamente modernos en China, al menos desde entonces.
80 kya [ 10 - 12 ]. Además, recientemente se ha detectado un flujo genético antiguo de
los humanos modernos tempranos en los neandertales orientales de las montañas de
Altai en Siberia a aproximadamente 100 kya [ 13 ]. Estos datos contrastan con la
hipótesis filogenética de una dispersión única y rápida de humanos modernos fuera de
África alrededor de 60 kya siguiendo una ruta del sur [ 14 - 17]. En principio, se podría
aducir, como lo fue en el caso de los primeros restos humanos de Skhul y Qafzeh en el
Levante [ 18 ], que la presencia en China y en Siberia de los humanos modernos en ese
momento fue el resultado de un fracaso genético salida de africa.
Sin embargo, el registro fósil muestra una variación clinal a lo largo de un gradiente
latitudinal, con edades decrecientes desde China hasta el sudeste asiático [ 19 - 22 ] que
terminan en Australia [ 23].]. Este gradiente está en la dirección opuesta a la esperada
por la ruta de dispersión del sur. Claramente, el registro fósil en el este de Asia sería
más compatible con un modelo que proponía una salida más temprana de África de los
humanos modernos que llegaron a China siguiendo una ruta del norte, alrededor de 100
kya. De hecho, este modelo de ruta del norte se evidenció a partir de las relaciones
relativas obtenidas para poblaciones humanas en todo el mundo utilizando marcadores
genéticos clásicos [ 24 , 25 ] y por el registro arqueológico [ 26 ]. Sobre la base de la
filogeografía del macrohaplogrupo N del ADNmt, la existencia de una ruta del norte
desde el Levante que colonizó Asia y llevó a los humanos modernos a Australia
también se dedujo hace mucho tiempo [ 27]. Sin embargo, esta idea fue ignorada o
considerada una interpretación simplista [ 28 ]. Por el contrario, desde el principio, la
hipótesis de la ruta costera del sur solo ha recibido críticas ocasionales del campo de la
genética [ 29 ], y las discrepancias con otras disciplinas se basaron principalmente en la
edad de salida de África de los humanos modernos [ 30 ].
Sin embargo, investigaciones posteriores de los campos de genética, arqueología y
paleoantropología [ 31 ] han brindado un apoyo adicional a la alternativa de la ruta del
norte temprano. A este respecto, un análisis reciente del genoma completo que evalúa la
presencia de antiguos componentes euroasiáticos en egipcios y etíopes señaló a Egipto y
Sinaí como la puerta de entrada más probable en el éxodo de humanos modernos fuera
de África [32 ]. Además, después de una revisión exhaustiva de la evidencia en apoyo
de una ruta del norte señalada por mtDNA macrohaplogroup N [ 31 ], nos dimos cuenta
de que la filogenia y la filogeografía de mtDNA macrohaplogroup M encajan mejor en
una ruta del norte acompañada de N que una ruta costera del sur como Fue sugerido
previamente [ 27 ]. De hecho, M en la Península Arábiga parece tener una implantación
histórica reciente como en toda Eurasia occidental. Además, la edad fundadora de M en
la India es más joven que en Asia oriental y cerca de Oceanía, por lo que el sur de Asia
podría ser percibido como un receptor más que un emisario de los linajes
M. Recientemente, la detección inesperada de los linajes M en los cazadores-
recolectores europeos del Pleistoceno tardío [ 33] ha sido explicado como resultado de
una migración hacia atrás desde el Este, posiblemente reflejando la llegada a África del
haplogrupo M1 en el Paleolítico [ 34 - 36 ], aunque otros han formulado una
interpretación más ambiciosa [ 37 ]. En este estudio, proponemos un modelo más
conciliatorio para explicar la historia del Homo sapiens en Eurasia bajo la premisa de
una salida temprana de África siguiendo una única ruta hacia el norte a través del
Levante para colonizar el Viejo Mundo.
Ir:
Métodos
Información de muestreo
En este estudio se analizaron un total de 206 muestras de donantes sanos sauditas no
relacionados que pertenecen al macrohaplogrupo MtDNA, 163 de ellas publicadas
previamente [ 31 , 38 ]. Para caracterizar completamente estos linajes M, se
secuenciaron 17 genomas completos de ADNmt de muestras sauditas. Además, se
incluyeron 7 genomas completos de mtDNA no publicados de estudios anteriores
[ 35 , 39]. En este estudio solo se consideraron los individuos con ancestros maternos
conocidos durante al menos tres generaciones. Además, 4107 publicaron genomas
completos o casi completos de ADNmt pertenecientes al macrohaplogrupo M de origen
euroasiático y de Oceanía que se incluyeron en el análisis. Para establecer con precisión
los rangos geográficos de los haplogrupos M relativamente raros, se seleccionaron
73,215 secuencias parciales de la literatura como se detalla en [ 31]. El procedimiento
de muestreo de la población humana se adhirió a los principios de la Declaración de
Helsinki y se registró el consentimiento por escrito de todos los participantes antes de
participar en el estudio. El estudio se sometió a una revisión formal y fue aprobado por
el Comité Ético de la Facultad de Medicina de la Universidad King Saud (propuesta N °
09-659) y por el Comité de Ética para la Investigación Humana en la Universidad de La
Laguna (propuesta NR157).
El ADN total se aisló de muestras bucales o de sangre utilizando el kit de aislamiento de
ADN POREGENE de Gentra Systems (Minneapolis, EE. UU.). Las regiones
hipervariables I y II de ADNmt de 43 nuevas muestras de Arabia Saudita se
amplificaron y secuenciaron para ambas cadenas complementarias como se detalla en
[ 40 ]. Cuando fue necesario para un surtido inequívoco en M subclades específicas, las
206 muestras Saudi M fueron analizadas adicionalmente para SNP diagnósticos de
haplogrupo utilizando una secuenciación parcial de los fragmentos de ADNmt,
incluidos esos SNP, o tipificados por las reacciones múltiplex SNaPshot [ 41 ]. Las
condiciones de PCR y la secuenciación del genoma del ADNmt fueron las publicadas
previamente [ 27]. Los productos amplificados con éxito se secuenciaron para ambas
cadenas complementarias utilizando el kit terminador DYEnamic ™ ETDye
(Amersham Biosciences). Las muestras se ejecutan en MegaBACE ™ 1000 (Amersham
Biosciences) de acuerdo con el protocolo del fabricante. Las 24 nuevas secuencias
completas de mtDNA se han depositado en GenBank con los números de
acceso KR074233 a KR074256 (archivo adicional 1 : Figura S1).
Recopilación de datos previamente publicados

Las secuencias pertenecientes a haplogrupos M específicos se obtuvieron de bases de
datos públicas como NCBI, MITOMAP, el Proyecto de los 1000 genomas y la
literatura. Buscamos linajes de mtDNA directamente usando SNPs de diagnóstico
( http://www.mitomap.org/foswiki/bin/view/MITOMAP/WebHome ), o enviando
fragmentos cortos que incluyen esos SNP de diagnóstico a una búsqueda de BLAST
( http: // blast .st-va.ncbi.nlm.nih.gov / Blast.cgi ). Los haplotipos extraídos de la
literatura se transformaron en secuencias utilizando el programa HaploSearch [ 42 ]. Las
secuencias se alinearon manualmente y se compararon con la rCRS [ 43 ] con el
programa BioEdit Sequence Alignment [ 44]]. La asignación de haplogrupos se realizó
de forma manual, seleccionando las posiciones o motivos de diagnóstico en las regiones
hipervariables y codificantes siempre que sea posible. La alineación de la secuencia y la
asignación del haplogrupo se llevaron a cabo dos veces por dos investigadores
independientes y cualquier discrepancia se resolvió de acuerdo con la base de datos de
PhyloTree [ 45 ].
Los árboles filogenéticos se construyeron por medio del programa Network v4.6.1.2
utilizando los algoritmos de Mediana Reducida y de Adherencia de Mediana en orden
secuencial [ 46 ]. Las reticulaciones en reposo se resolvieron manualmente atendiendo a
la tasa de mutación relativa de las posiciones involucradas. Las sucursales de
Haplogroup fueron nombradas siguiendo la nomenclatura sugerida por la base de datos
PhyloTree [ 45 ]. Las edades de coalescencia fueron estimadas por las estadísticas rho
[ 47 ] y sigma [ 48 ], y la tasa de calibración propuesta en [ 49 ]. Las diferencias en las
edades de coalescencia se calcularon mediante pruebas t de dos colas. Se consideró que
la media y el error estándar estimados para las edades de los haplogrupos de diferentes
muestras y métodos se distribuyeron normalmente.
Análisis filogeográfico global

África. Dado que los eventos demográficos posteriores probablemente erosionaron esos
movimientos tempranos, se omitieron las distribuciones geográficas espaciales de
haplogrupos basadas en sus frecuencias o diversidades contemporáneas. La presencia /
ausencia de linajes M basales en diferentes áreas se utilizó para establecer el rango
geográfico actual de cada haplogrupo. Los haplogrupos con superposición geográfica
extensa se consideraron como pertenecientes a la misma región subcontinental. Se
realizaron análisis de AMOVA, CLUSTER y PCA para evaluar el nivel de la estructura
geográfica de los M haplogrupos. Para AMOVA utilizamos el software GenAlEx6.5, se
obtuvo la agrupación k-means con el software estadístico XLSTAT, y la PCA se realizó
con el paquete Multibase de Excel (Numerical Dynamics, Japón). La posible asociación
entre el haplogrupo y las edades fósiles con sus respectivas posiciones geográficas
longitudinales y latitudinales se probó mediante los análisis de correlación de Pearson
utilizando el software estadístico XLSTAT. Para este propósito, tomamos el punto de
intersección entre los dos segmentos que unen las áreas latitudinales y longitudinales
más grandes de cada haplogrupo como su centro geográfico. Las coordenadas
geográficas fueron obtenidas por el software Google Earth (https://earth.google.com ).
Subdivisión geográfica de la India y asignación de haplogrupo regional.

Atendiendo solo a criterios geográficos, la India se subdividió aproximadamente en
cuatro áreas de muestreo diferentes: Noroeste, incluidos los estados de Kashmir,
Himachal Pradesh, Punjab, Haryana, Uttarakhand, Rajasthan, Uttar Pradesh, Gujarat y
Madhya Pradesh; Suroeste, incluyendo Maharashtra, Karnataka y Kerala; Noreste,
incluidos Bihar, Sikkim, Arunachal Pradesh, Assam, Nagaland, Meghalaya, Tripura,
Jharkhand, West Bengal, Chhattisgarh y Orissa; y Sudeste, representado por Andhra
Pradesh, Tamil Nadu y Sri Lanka. Somos muy escépticos ante la posibilidad de que la
estructura genética real de la India sea el resultado de su colonización original, por lo
que no se consideró la afiliación étnica o lingüística de las muestras, sino solo su origen
geográfico. Por la misma razón, La frecuencia actual y la diversidad de los haplogrupos
no se utilizaron, pero sus rangos geográficos y edades de radiación. Los criterios
seguidos para asignar haplogrupos a diferentes regiones dentro de la India fueron una
detección consistente en un área (al menos el 90% de las muestras) y ausencia o
presencia limitada en las áreas alternativas (igual o menos del 10% de las
muestras). Consideramos generalizados aquellos haplogrupos que se encuentran
sistemáticamente en todas las áreas de la India y también en algunas de las áreas
circundantes como Pakistán o Irán en el oeste, Tíbet o Nepal en el norte, y Bangladesh o
Myanmar en el este. Los criterios seguidos para asignar haplogrupos a diferentes
regiones dentro de la India fueron una detección consistente en un área (al menos el
90% de las muestras) y ausencia o presencia limitada en las áreas alternativas (igual o
menos del 10% de las muestras). Consideramos generalizados aquellos haplogrupos que
se encuentran sistemáticamente en todas las áreas de la India y también en algunas de
las áreas circundantes como Pakistán o Irán en el oeste, Tíbet o Nepal en el norte, y
Bangladesh o Myanmar en el este. Los criterios seguidos para asignar haplogrupos a
diferentes regiones dentro de la India fueron una detección consistente en un área (al
menos el 90% de las muestras) y ausencia o presencia limitada en las áreas alternativas
(igual o menos del 10% de las muestras). Consideramos generalizados aquellos
haplogrupos que se encuentran sistemáticamente en todas las áreas de la India y también
en algunas de las áreas circundantes como Pakistán o Irán en el oeste, Tíbet o Nepal en
el norte, y Bangladesh o Myanmar en el este.
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Resultados y discusión
Haplogrupo M en Eurasia occidental con énfasis en Arabia Saudita

La falta de linajes de ADNmt antiguos y autóctonos en Eurasia occidental es, al menos,
sorprendente si se piensa que la colonización del Viejo Mundo por los humanos
modernos comenzó en esa región. De hecho, la presencia de linajes de haplogrupo M1
en Europa mediterránea y Medio Oriente se ha explicado como resultado de
propagaciones secundarias desde el norte de África, donde este haplogrupo tuvo una
implantación paleolítica [ 34 - 36 ]. Del mismo modo, los linajes M de Asia oriental
pertenecientes a los haplogrupos C, D, G y Z, principalmente en las poblaciones de
habla finlandesa-ugrica del norte y este de Europa, parecen ser las huellas de sucesivas
oleadas migratorias hacia el oeste de nómadas asiáticos ocurridos desde el Mesolítico
hasta tiempos históricos. [ 50 - 58]. Las influencias del sur de Asia en el oeste también
se han evidenciado por la presencia de los linajes indio M4, M49 y M61 en los restos
mesopotámicos [ 59 ]. Además, los enlaces de ADNmt ancestrales entre los grupos
romaníes europeos y las poblaciones del noroeste de la India se demostraron al
compartir los linajes M5a1, M18, M25 y M35b [ 60 - 64 ].
El perfil de haplogrupo M mDDD en Arabia Saudita representa aproximadamente el 7%
del acervo genético materno [ 38 , 65 ]. De los 206 M de haplotipos muestreados
(archivo adicional 2 : Tabla S1), el 53% pertenece al haplogrupo M1 del norte de
África, siendo las ramas de M1a del este de África oriental y M1b del norte de África
bien representadas (archivo adicional 2 : Tabla S1 y archivo adicional 1 : Figura
S1). Este hecho contrasta con la presencia exclusiva de representantes de M1a del este
en Yemen [ 66]. Por lo tanto, es muy probable que los linajes M1b hayan llegado a
Arabia Saudita desde el Levante. Los linajes M con indudable origen indio
representaron el 39% del grupo saudí M, mientras que el 8% restante tendría una fuente
del sudeste asiático. El origen geográfico de la contribución india parece no estar
sesgado, ya que el 53% de los linajes se puede asignar a las regiones de la India oriental
y el 47% a la occidental [ 67 - 69 ]. Sin embargo, merece mencionar que los dos linajes
M de los aborígenes de Andaman [ 15 , 70 , 71 ] están presentes en las muestras
sauditas. El aislado Ar2461 (archivo adicional 2: La Tabla S1) tiene las mutaciones de
diagnóstico de la rama de Andaman M31a1 en las regiones regulatorias (249d, 16311) y
de codificación (3975, 3999). Por otro lado, la secuencia completa de ADNmt de
Ar1076 (archivo adicional 1: Figura S1) pertenece a la rama andamanesa M32c, que se
corresponde con otra secuencia completa de Madagascar [ 72 ].
Debe destacarse que esta rama se ha encontrado constantemente en todos los informes
de ADNmt en Madagascar [ 73 - 75 ]. Aunque estos haplogrupos se tomaron como
evidencia de que los indígenas andamaneses representan a los descendientes de la
primera dispersión de humanos modernos en África [ 15 , 70 ], estudios más recientes
apoyan una colonización tardía del Paleolítico en las islas de Andamán [76 , 77 ]. De
hecho, se han encontrado diferentes sucursales de M31 en el noreste de India, Nepal y
Myanmar [ 71 , 77 - 80 ], mientras que M32c también se ha detectado en Indonesia
[ 81 ] y Malasia [ 82 , 83 ]. Otro enlace interesante que involucra a India, Arabia Saudita
y la Isla de Mauricio es el caso del haplogrupo M81. Se detectó por primera vez como
una única secuencia en un paciente con LHON de India [ 84 ]. La muestra saudita
Ar567 comparte 215, 4254, 6620, 13590, 16129 y 16311 sustituciones con esta
secuencia india y, además, comparte las sustituciones 151, 6170, 7954 y 16263 con una
secuencia completa de la Isla Mauricio [85 ]. A primera vista, la secuencia de Mauricio
difiere de la de Arabia Saudita en cuatro mutaciones diferentes que ocurren en un
segmento corto de 11 pb, de 5742 a 5752. Sin embargo, una inspección más cercana
revela que pueden representar dos interpretaciones diferentes: la transversión de C a G
en la posición 5743 en la lectura de Ma12 corresponde a la eliminación de C en la
misma posición en la conferencia Ar567, y la transición de G a A en la posición 5746
en Ma12 corresponde a la inserción A en la posición 5752 en Ar567.
Por lo tanto, ambas secuencias solo pueden distinguirse por la transición 12522,
presente en la muestra de Arabia Saudita y ausente en Ma12 (archivo adicional 1:
Figura S1). Curiosamente, estas afinidades entre las muestras de Arabia Saudita y las de
las islas del Océano Índico se pueden extender a Arabia Saudita Q1a1 en Ar196
(archivo adicional 2 : Tabla S1), que solo tiene coincidencias exactas con la muestra
MA405 de Madagascar [ 75 ]. Además, diferentes linajes pertenecientes a la rama india
(M42b) en Arabia Saudita [ 31 ] y Mauricio [ 85 ] se vinculan profundamente con la
rama australiana M42a [ 86].]. Otros linajes en el grupo de mtDNA de Arabia Saudita,
como M20, E1a1a1 y M7c1 apuntan a llegadas específicas desde el sureste de Asia. El
hecho de que todos estos linajes representen aislados en Arabia Saudita estrechamente
relacionados con los encontrados en sus áreas originales, apoya firmemente la idea de
que se incorporaron a la reserva saudí en tiempos históricos como resultado de la
expansión islámica y por la importación de trabajadores de la India. y el sudeste de Asia
por los colonizadores europeos en el pasado y por los propios saudíes en la actualidad
[ 38 ]. En conclusión, Arabia Saudita carece de M haplogrupos antiguos y autóctonos,
así como el resto de Eurasia occidental.
Sobre el origen del haplogrupo M1 norteafricano.

La existencia de linajes haplogrupo M en África se detectó por primera vez en
poblaciones etíopes mediante análisis RFLP [ 87 ]. Aunque se contempló una influencia
asiática para explicar la presencia de este componente M en el grupo materno etíope, la
escasez de linajes M en el Levante y su abundancia en el sur de Asia dio fuerza a la
hipótesis de que el haplogrupo M1 en Etiopía era un indicador genético del Ruta del sur
fuera de África. Además, se señaló que probablemente esta fue la única dispersión
temprana exitosa [ 88 ]. Sin embargo, el rango geográfico limitado y la diversidad
genética de M en África en comparación con India se usaron como un argumento en
contra de esta hipótesis [ 27 , 34 , 35 , 67 ,78 , 89 ], en lugar de proponer M1 como una
señal de retorno hacia África desde el subcontinente indio. Sin embargo, después de un
extenso análisis filogenético y filogeográfico para este marcador [ 34 - 36 , 67 , 90 ], no
se encontró la supuesta conexión entre India y África.
La detección en el sureste de Asia de nuevos linajes que comparten con M1 la
sustitución 14110 [ 90 , 91 ], dio lugar a la definición de un nuevo macrohaplogrupo
llamado M1′20′51 por PhyloTree.org Build 16 [ 44]. Sin embargo, esta sustitución no es
una posición invariable (archivo adicional 2 : Tabla S2) y, por lo tanto, su compartición
por ascendencia común no está justificada [ 36 ]. Nos dimos cuenta de que, además, los
haplogrupos M1 y M20 comparten la transición 16129 que, aunque altamente variable,
agregaría apoyo a esta unificación basal como la reconstrucción filogenética más
parsimoniosa (archivo adicional 1: Figura S1). Sin embargo, un estudio reciente
informó un nuevo haplogrupo de ADNmt de Myanmar, llamado M84, que también
tiene sus raíces en el nodo basal representado por la transición 14110 [ 92 ]. Este
haplogrupo comparte con M20 la transición 16272 que es más conservadora que 16129
[ 48 ], por lo que debilita cualquier relación específica entre los haplogrupos M1 y M20
más allá de su nodo basal común. Con la excepción de M84, que parece estar limitado a
las poblaciones de Myanmar, India y el sur de China [ 92 ], la filogeografía de estos
haplogrupos es extensa y compleja (archivo adicional 2: Tabla S3).
M1 se encuentra desde Portugal y Senegal en el oeste hasta el Cáucaso, Pakistán y el
Tíbet en el este y, desde Guinea-Bissau y Tanzania en el sur hasta Rusia en el norte
[ 34 - 36 , 93 - 98 ], pero su mayor diversidad. Se encuentra en etiopía y en el
magreb. Los aislamientos detectados en las fronteras son linajes derivados de la rama
M1a en Rusia y Tanzania y la rama M1b en Guinea Bissau y el Tíbet. Los rangos
geográficos de M20 y M51 se superponen en gran medida y muestran una amplia área
común en el sudeste de Asia, incluyendo Myanmar y Malasia en el oeste, Filipinas y
Hainan en el este y el Tíbet en el noroeste (archivo adicional 2: Tabla S3). Además, la
frontera occidental de M20 se extiende más a Bangladesh [ 99 ] e incluso a Assam en
India [ 100 ] y la frontera oriental de M51 a Fujian y Taiwán [ 91 ]. La división primaria
entre los ancestros de estos cuatro haplogrupos probablemente ocurrió en su área central
alrededor de 56 kya, coincidiendo con un período de clima cálido. Por lo tanto, podría
ser posible que el nacimiento del antepasado M1 fuera en el sureste de Asia en lugar de
en India. Basado en la escasez y baja diversidad de M1 a lo largo de la ruta sur [ 66 ], y
en afinidades arqueológicas entre Levante y África del Norte [ 34 , 35], se ha sugerido
que la ruta seguida por los portadores de la M1 para llegar a África fue a través del
Levante, no al estrecho de Bab el Mandeb. Sin embargo, los representantes actuales de
M1, desde el Levante hasta el Tíbet, son linajes derivados de los ancestros en
África. Hasta ahora, los linajes basales de M1 no se han detectado en las rutas
hipotéticas del norte y del sur, por lo que el único soporte para una ruta levantina de M1
es el hecho de que todos los otros linajes euroasiáticos que regresaron a África en flujos
secundarios secundarios, como N1, X1 o U6 tuvieron sus orígenes más probables en
Eurasia central u occidental en lugar de India.
Estructura geográfica de la genealogía del macrohaplogrupo M

A nivel global, la variación del ADNmt está estructurada filogeográficamente
[ 101 ]. Para el macrohaplogrupo M, las regiones del sur de Asia, este de Asia y el
sudeste de Asia tienen sus conjuntos característicos de haplogrupos con solo una
pequeña superposición. Lo mismo ocurre en Melanesia y Australia. Es de suma
importancia señalar que estos conjuntos de haplogrupos solo comparten mutaciones de
diagnóstico que definen el nodo M * básico. Esta imagen se interpreta como el resultado
de expansiones secundarias de varios centros geográficamente aislados a los que
llegaron los transportistas de linajes M * básicos durante las migraciones primarias
primarias. Congruente, el análisis de AMOVA de 176 poblaciones que cubren las
principales regiones de Asia, Melanesia y Australia (archivo adicional 2: Tabla S4),
muestra que el 85% de la varianza se encontró dentro de las poblaciones y el 15% entre
las principales regiones ( p <0,0001). Además, cuando las poblaciones se dividieron
sucesivamente en k-clusters para minimizar la varianza dentro del cluster, se obtuvo la
mejor partición para k = 5 (Tabla 1).
Las principales diferencias regionales explicaron el 90.55% de la varianza. En este
nivel, tres grupos agruparon poblaciones que solo pertenecían a Australia, Melanesia y
el sur de Asia, respectivamente, un cuarto grupo se unió a todas las poblaciones de Asia
Central y la mayoría de las poblaciones del este y norte de Asia, junto con unos pocos
(4) e islas (8). ) poblaciones del sudeste asiático. Finalmente, el quinto grupo
comprendió la mayoría de las poblaciones del sudeste asiático de las islas del continente
y de la isla y unas pocas poblaciones asiáticas del este (2) y del sur (3). Estos resultados
se visualizan gráficamente en la gráfica PCA (Fig. 1) donde los componentes primero
(34.4%) y segundo (23.6%) representaron el 58% de la variabilidad. El sur de Asia,
Melanesia y Australia son áreas casi inconexas, mientras que el resto muestra una
importante superposición. Como estas genealogías regionales pueden transformarse en
edades de coalescencia, se puede abordar el papel relativo de cada área subcontinental
en las migraciones humanas primitivas.
tabla 1
AMOVA y k-mean Resultados de agrupamiento
Estadística Varianza (%)
Dentro de las poblaciones Entre regiones
AMOVA 85.00 15.00
K-2 Clustering 54.27 45.73

Estadística Varianza (%)
Dentro de las poblaciones Entre regiones
Figura 1
Gráfico de PCA que muestra el nivel de estructura geográfica de los haplogrupos M
El papel de la India en el origen y expansión del macrohaplogrupo M

El macrohaplogrupo M en el sur de Asia se caracteriza por una gran diversidad, una
profunda era de coalescencia y la naturaleza autóctona de sus linajes. Estas
características se han utilizado para respaldar el origen in situ de los linajes M de la
India y su rápida dispersión hacia el este para colonizar el sureste de Asia siguiendo una
ruta costera del sur [ 14 , 15 , 68 ]. Sin embargo, hay varios argumentos en contra de
esta hipótesis. En primer lugar, dado que las barreras geográficas no parecen ser más
fuertes en la frontera occidental que en la frontera oriental del subcontinente [ 102],
debe esperarse que el macrohaplogrupo M se irradie simultáneamente a ambas áreas con
India como su primer centro de expansión. Sin embargo, mientras que en el este, su
expansión cruzó el Ganges y llegó rápidamente a Australia, en el oeste parece haber
encontrado una barrera insuperable en el banco Indus, ya que las frecuencias M se
redujeron de 65.5 ± 4.3% en India a 5.3 ± 1.0% en Irán ( p <0,0001)
[ 67 , 103 - 105]. Además, a diferencia del sureste de Asia y Australia, no se han
detectado linajes M autóctonos en el oeste del sur de Asia. Podría aducirse que las
expansiones masivas posteriores de los linajes de ADNmt occidentales reemplazaron a
los linajes M en esas regiones, pero estos linajes occidentales no se han detectado en la
India. En cambio, se ha señalado que la mayoría de los límites de ADNmt existentes en
el sur y el sudoeste de Asia probablemente se formaron durante el asentamiento inicial
de Eurasia por humanos anatómicamente modernos [ 67 ]. De hecho, solo una pequeña
fracción de los linajes específicos de ADNmt de Asia occidental encontrados en
poblaciones indias se pueden atribuir a una mezcla relativamente reciente [ 106 ].
En segundo lugar, cuando se ha comparado, la edad fundadora de M en India es
significativamente ( p = 0,002) más joven que en los centros de Asia oriental y
sudoriental y australo-melanesio (Tabla 2 ). Se ha argumentado que esto podría deberse
a una distribución y muestreo desigual de los linajes M en la India [ 78 , 90 ]. Sin
embargo, cuando se le da el mismo peso a cada linaje independientemente de su
abundancia respectiva (Tabla 1 ), la edad del fundador disminuye ligeramente en la
India y aumenta en Asia Oriental en comparación con sus respectivas edades del
fundador ponderado. Recientemente, se ha admitido que la radiación inicial del
macrohaplogrupo M podría haber ocurrido en el este de la India después de la ruta sur
[ 17].]. De hecho, la posibilidad de que la primera radiación de M fuera en el este de
Asia en lugar de la India se propuso hace mucho tiempo [ 27 ]. Creemos que sería una
tarea difícil detectar hoy el enfoque original de la expansión del macrohaplogrupo M en
la India si realmente ocurriera. De hecho, la edad media de radiación (30,1 ± 9,3 ky) de
los haplogrupos M, que podría considerarse una implantación generalizada en la India,
fue significativamente más antigua (valor de p de dos colas = 0,0147) que la edad media
de radiación (22,2 ± 9,6 ky) de aquellos con rangos más localizados (archivo
adicional 2 : Tabla S3). Sin embargo, las comparaciones entre las edades de radiación
medias de los haplogrupos M de la India con el este frente al oeste ( p = 0,275) y el
norte frente al sur ( p = 0.580) los rangos geográficos no fueron estadísticamente
significativos. Además, se debe tener en cuenta la posibilidad de que algunos
haplogrupos M con implantación dominante en el noreste de la India, como el M49,
sean radiaciones secundarias de Myanmar [ 107 , 108 ]. Es evidente que la edad del
fundador del macrohaplogrupo M aumenta hacia el este desde el sur de Asia. La edad
fundadora de M en Asia Oriental no solo es significativamente mayor que en Asia
Meridional, sino que la primera es más joven que la estimada para Asia Sudoriental a
pesar del valor de probabilidad ( p = 0.0998) que no alcanzó significación
probablemente porque la estimación para el el área calculada por [ 90 ] fue anterior a la
detección de clados M con edades muy profundas en el sudeste asiático
[ 91], 92 , 109 ]. A su vez, la edad del fundador para M en Oceanía fue
significativamente mayor que la estimada para Asia oriental ( p = 0,004) y sudeste
asiático ( p = 0,032). Además, existe una correlación positiva significativa ( R =
0.554; p <0.0001) entre la edad de los haplogrupos M y su posición longitudinal
relativa (archivo adicional 2: Tabla S4). Este declive de edad decreciente hacia el oeste
está de acuerdo con la hipótesis de que los portadores de los linajes del
macrohaplogrupo M colonizaron la India del este en lugar del oeste. Se podría
argumentar que el sur de Asia fue colonizado hacia el este muy temprano por la
expansión costera del sur de los humanos modernos fuera de África, pero esos linajes
primitivos de ADNmt se extinguieron por deriva genética, y el subcontinente fue
recolonizado por grupos orientales que se fueron a Australia. Sin embargo, este
argumento está en contradicción, primero, con la sugerencia basada en la predicción del
tamaño de la población pasada, de que la mayor parte de la humanidad vivía en el sur de
Asia aproximadamente entre 45 y 20 kya [ 110 ], y el segundo, con los más viejos ( p =
0,004) media de edad fundadora del macrohaplogrupo R en Asia del Sur (62.5 ± 3.5 ky)
que su contraparte M (45.7 ± 7.8 ky). Estos datos concuerdan con una colonización del
sur de Asia por dos oleadas de colonos independientes, ya propuestas para las
poblaciones indias según la filogenia y la filogeografía de haplogrupos M y U
[ 106 ]. Curiosamente, esta idea se abandonó en favor de una única ruta del sur que
transportaba simultáneamente los tres linajes de ADNmt de Eurasia (M, N y R). Ahora,
si se acepta el nacimiento del macrohaplogrupo M en algún lugar entre el sudeste de
Asia y cerca de Oceanía, la conexión putativa entre Australia e India se basa en la
radiación casi simultánea de las ramas M42a y M42b respectivamente [ 86] podría
explicarse por la expansión desde un centro de radiación casi equidistante, y no como
una colonización direccional desde la India hasta Australia siguiendo una ruta del sur. A
este respecto, parece pertinente citar que la complejidad de M42 en Australia podría ser
mayor que la conocida actualmente [ 111 ]. Además, la unión tentativa de M42 con el
linaje M74 del sudeste asiático [ 45 ] basado en una transición compartida en 8251
brinda apoyo adicional a esta hipótesis.
Tabla 2
Edad de fundador (kya) para el macrohaplogrupo M en el sur y este de Asia
Asia del Sur este de Asia El sudeste de Asia Oceanía un Referencias
40.2 (20.8; 60.9) 55.2 (26.0; 86.7) Este estudio
38.4 (19.1; 58.9) b 56,4 (27,1; 88,1) b Este estudio
51.6 (40.4; 63.1) 60.7 (47.4; 74.4) 68,3 (53,5; 83,6) Este estudio
72.1 ± 8.0 [ 142 ]
44.6 ± 3.3 69.3 ± 5.4 55.7 ± 7.4 73.0 ± 7.9 [ 89 ]
58.9 ± 13.6 [ 80 ]
Asia del Sur este de Asia El sudeste de Asia Oceanía un Referencias
66.0 ± 9.0 c 69.0 ± 7.0 c [ 67 ]
36.0 ± 3.0 d 46.0 ± 5.0 d [ 67 ]
49.4 (39.0; 60.2) 60.6 (47.3; 74.3) [ 48 ]
a
Incluyendo Australia como en [ 143 ]
b
rho no ponderado
c
Basado solo en la región de codificación
d
Basado solo en posiciones de sinónimos
Basha M superhaplogrupos que involucran el sur de Asia

Como la topología más parsimoniosa, la existencia de varios superhaplogrupos M, que
abarcan diferentes linajes basados en una o unas pocas mutaciones moderadamente
recurrentes, se ha reconocido en PhyloTree.org Build 16 [ 44 ]. Siguiendo esta
tendencia, tenemos, provisionalmente, el haplogrupo M11 unificado y el haplogrupo
M82 [ 92 ] recientemente definido en el macrohaplogrupo M11′82 porque ambos
comparten una transición muy conservadora 8108 (archivo adicional 2 : Tabla
S2). Atendiendo a su filogeografía, estos superhaplogrupos generalmente vinculan áreas
geográficas muy amplias (archivo adicional 2: Tabla S2). De acuerdo con nuestra
sugerencia de que los portadores de Macrohaplogrupo M colonizaron el sur de Asia más
tarde que el sureste de Asia y Oceanía y que este flujo de genes de ADNmt tuvo un
origen oriental, hemos observado que la edad media de radiación de los
superhaplogrupos que involucran al sur de Asia (39.70 ± 3.24 ky) es significativamente
más joven ( p = 0,003) que el que se relaciona con Asia oriental y sudoriental (55,60 ±
2,94 ky). En esta comparación, consideramos que el enlace entre el sur de Asia, el
sureste de Asia y Australia se dedujo del superhaplogrupo M42′74 como
específicamente relacionado con la India. Sin embargo, consideramos que el
superhaplogrupo M62′68 es indicativo de un enlace Asia Oriental-Sudeste Asiático
porque M62 se ha encontrado de manera consistente en el Tíbet [ 112 , 113 ] pero solo
esporádicamente en el noreste de la India [67 ].
La perspectiva desde otros marcadores genéticos.

Sobre la base de la ausencia de linajes N autóctonos en India y su profunda edad en el
sureste de Asia, recientemente reafirmamos [ 31 ] la hipótesis de que el
macrohagogrupo N de ADNmt llegó a Australia siguiendo una ruta hacia el norte
[ 27 ]. Esta vez, encontramos apoyo adicional de Paleogenetics, que ha demostrado la
introgresión del ADN de los neandertales [ 3 , 4 ] y Denisovans [ 7 , 114 ] de los rangos
geográficos más probablemente del norte, en el genoma de los humanos modernos
[ 115]]. Para el caso específico de India, propusimos que los linajes N y R llegaran
como olas secundarias desde el norte siguiendo los bancos Indus y Ganges-
Brahmaputra. En nuestra opinión, la India fue colonizada por primera vez por humanos
modernos de dos centros geográficos externos situados en las fronteras noroeste y
noreste de este subcontinente [ 31 ]. La misma imagen fue representada, hace mucho
tiempo, por otros autores también basados en la variación del ADNmt en la India
[ 106 ], aunque sugiere una ruta del sur hacia el este para el macrohaplogrupo M de la
misma manera que la propuesta por nosotros [ 27]. Debido a la falta de evidencia
genética de mtDNA en apoyo de una migración temprana a lo largo de la ruta del sur,
ahora proponemos una salida temprana de los humanos modernos de África por el
Levante y una ruta única hacia el norte hasta las montañas de Altai y luego, obligados
por severos clima, hasta el sur de China y más allá [ 31 ]. Pruebas sólidas, que respaldan
la colonización primitiva de la India por parte de los humanos modernos en dos oleadas,
provienen del análisis del genoma amplio. Después de analizar 132 muestras de 15
estados de la India en más de 500,000 SNP autosómicos, se detectó la existencia de dos
poblaciones antiguas genéticamente divergentes en la India [ 116]. Estos son los indios
ancestrales del norte cercanos a los del medio oriente, los asiáticos centrales y los
europeos, y los indios ancestrales del sur, distintos del componente del norte y los
asiáticos orientales, ya que son unos de otros. En realidad, el componente sur es la
población más prevalente en Andaman. De particular interés es el hecho de que cuando
se incorporaron las poblaciones del sudeste de Asia y cerca de Oceanía a estos análisis
genómicos amplios, los isleños de Andaman mostraron una afinidad más estrecha con
las poblaciones del sureste en lugar de las del sur de Asia [ 117 , 118 ]. Es evidente que
nuestra interpretación de mtDNA y los resultados autosómicos dan una imagen muy
similar. Además, recientemente se ha documentado más ascendencia denisovana en el
sur de Asia de lo que se espera según los modelos de historia existentes [119 ] pero,
nuevamente, el gradiente decreciente de la ascendencia denisovana detectada desde las
poblaciones de Oceanía a las poblaciones del sudeste y el sur de Asia encaja fácilmente
en nuestro modelo de una expansión temprana del macrohaplogrupo M desde el este
para colonizar el subcontinente indio. Además, el apoyo independiente para la
existencia de un centro temprano de humanos primitivos modernos en el sudeste de
Asia originando expansiones muy tempranas ha provenido recientemente de una
resolución filogenética mejorada del haplogrupo K-M526 del cromosoma Y. Se ha
detectado un rápido proceso de diversificación de este haplogrupo en el sudeste de Asia-
Oceanía con expansiones posteriores hacia el oeste de los ancestros de los haplogrupos
R y Q que constituyen la mayoría de los linajes paternos en Asia central y Europa
[ 120 ].
La evidencia fósil.
Existe una fuerte contradicción entre las interpretaciones paleontológicas y genéticas
sobre el origen de los humanos modernos en el este de Asia. Las nuevas y confiables
técnicas de datación cronométrica aplicadas a los restos humanos clasificados
morfológicamente han demostrado la presencia de humanos primitivos y
completamente modernos en el sur de China, al menos desde 80 kya, que está de
acuerdo con una continuidad regional, o evolución in situ, de los humanos modernos en
Asia Oriental [ 11 , 121 ]. Por otro lado, no se detectó una contribución genética
aparente de los homínidos anteriores en la maternidad [ 39 , 91 ] y paterna [ 122 - 124]
grupos genéticos de poblaciones existentes en el este de Asia que se han tomado como
apoyo a un reciente reemplazo de humanos arcaicos por incomprendedores africanos
modernos en el este de Asia. Aunque recientemente, el análisis del genoma ha detectado
una introgresión de Neanderthal [ 4 ] y Denisovan [ 7 ] ADN a los genomas existentes
[ 125 ] y antiguos [ 126 ] de los humanos modernos en el este de Asia, esta contribución
genética se puede explicar como un episodio de asimilación limitada . Análisis de ADN
antiguo de un humano moderno morfológicamente temprano de la cueva de Tianyuan
en el noreste de China [ 126 ] y un humano moderno de Siberia occidental de 45 ky
[ 127]] evidenció que ambos eran portadores de linajes de ADNmt B y U
respectivamente. Estos linajes son ramas del haplogrupo R que, a su vez, se derivan del
macrohaplogrupo N, lo que indica que las personas en el norte de Asia portaban ya
linajes de ADNmt completamente modernos en torno a 45 kya, lo que es un indicio de
una expansión secundaria hacia el norte de los humanos modernos en ese
momento. Parece pertinente mencionar aquí que en este estudio encontramos una
correlación negativa débil pero significativa ( r = -0.254; p = 0.029) entre la edad de
los haplogrupos M y sus centros geográficos latitudinales. Por otro lado, las fechas del
registro fósil de Asia oriental (archivo adicional 2 : Tabla S4) también mostraron una
correlación positiva significativa ( r = 0.772; p = 0.0008) con sus respectivas latitudes
hacia el sur desde China. Esto está de acuerdo con nuestra propuesta de que la salida de
África de los humanos modernos ocurrió en todo el Levante y que los restos de Skhul y
Qafzeh en Israel podrían ser los primeros puntos de referencia de esa salida exitosa
[ 31 ]. La evolución posterior de esos primeros humanos modernos en Asia podría
reconciliar los modelos de reemplazo y continuidad en una síntesis inclusiva. En el lado
del ADNmt, el principal problema para esta reconciliación sería una adhesión estricta al
límite superior cronológico marcado para la salida de África por la era coalescente del
macrohaplogrupo L3 [ 17].]. Sin embargo, creemos que los métodos de datación de
ADNmt todavía no son confiables en términos absolutos, principalmente porque
necesitamos una calibración independiente precisa para los nodos profundos y, además
de la selección, tener en cuenta los efectos de los parámetros demográficos en la
variación temporal de la tasa de sustitución. .
Volviendo a la probable existencia de un centro primitivo de expansión humana
moderna en el sureste de Asia, como se propone aquí sobre la base de la filogeografía
de ADNmt del haplogrupo M, la existencia de un gradiente longitudinal positivo hacia
el oeste ( r = 0.551) de las fechas de los registros fósiles en el sureste de Asia , con las
edades más avanzadas en Filipinas y las más jóvenes en Sri Lanka (archivo adicional 2 :
Tabla S4), merece una mención. Sin embargo, la correlación en esta ocasión no fue
estadísticamente significativa ( p = 0.199), principalmente debido a la falta de evidencia
fósil paleolítica en Myanmar y la India. Ciertamente, esta tendencia contraria al reloj ha
sido percibida por otros autores como un argumento en contra de la dispersión reciente
del modelo Homo sapiens en África [ 102 ].
La evidencia arqueológica.
El registro arqueológico en Asia oriental también parece apoyar el modelo de
continuidad regional. La persistencia y el dominio de los conjuntos simples de escamas
de núcleo en todo el Paleolítico en esta área contrasta fuertemente con las innovaciones
técnicas y culturales del Paleolítico Superior en Eurasia occidental [ 128 ]. Diferentes
ensamblajes líticos con posibles semejanzas en África y en el sureste de Asia son
cruciales para interpretar la ruta de dispersión del sur de los humanos modernos en toda
la India. Las tecnologías blade-microblade y core-flake están presentes en el
subcontinente indio. Suelen ser contemporáneos y, en algunos casos, industrias de
escamas, como la Soanian, incluso después de la fecha [ 129 ]. Los microlíticos se han
fechado alrededor de 35-30 kya en el sur de la India y Sri Lanka [130 ], aunque
recientemente, se ha establecido que la tecnología microblade presenta continuidad en la
India central desde 45 kya [ 131 ]. Algunos autores han propuesto que los microlíticos
indios tenían una fuente original africana [ 17 ]. Este modelo tiene problemas para
explicar la ausencia de microcuchillas hacia el este del subcontinente en esa época, y la
brecha cronológica entre las fechas más antiguas del microlítico en la India y la llegada
de los humanos modernos a Australia. Otros autores consideran que los microlíticos en
la India son innovaciones locales [ 130 ], sin embargo, la ausencia de una tecnología
blade anterior en el registro del Paleolítico de la India hace que un desarrollo indígena
sea improbable [ 131]]. Finalmente, a partir de la era de la tecnología microblade en la
India, otros autores han deducido que los humanos modernos bordearon el
subcontinente indio en la primera dispersión fuera de África que tomaba una ruta hacia
el norte a través del Medio Oriente, Asia central y el sureste de Asia a través del sur de
China [ 131 ]. Para estos autores, los humanos modernos no ingresaron realmente a la
India hasta el momento marcado por el clima glacial de MIS 4. Por otra parte, algunas
industrias centrales y en escamas en la India han sido consideradas como un vínculo
entre los presentes en el África subsahariana, Asia sudoriental y Australia
[ 132 - 134]. Los sitios centrales en la India con edades de alrededor de 77 ky serían
compatibles con una temprana dispersión de los humanos modernos de África. Este
modelo enfrenta problemas con el límite posterior del reloj molecular de ADNmt
propuesto por algunos genetistas [ 16 ] y la falta de registros fósiles contemporáneos
para confirmar que esta tecnología primitiva fue fabricada por los humanos
modernos. Finalmente, algunos tipos de escamas centrales del Pleistoceno tardío como
el Soanian parecen estar relacionados con industrias similares en el sureste de Asia,
como las de los Hoabinhian [ 135 ]. Sugerimos que la tecnología microlítica podría
mostrar la llegada de mthDNA macrohaplogroup R a la India, siguiendo el paso
noroeste, como una rama de una dispersión secundaria global de humanos modernos de
un área central en Asia occidental / central que también afectó a Europa [26 ] y que más
tarde, llegó al norte de China a través de Siberia y Mongolia [ 136 ]. Por otro lado, el
macrohaplogrupo M llegó a la India desde el sureste de Asia siguiendo el pasaje del
noreste y llevando consigo una tecnología simple de escamas de núcleo.
Ir:
Conclusiones
En este estudio se propone un modelo nuevo e integrador que explica el tiempo y las
rutas seguidas por los humanos modernos en su salida de África (Fig. 2 ).
Primero, creemos que la salida de África siguió una ruta hacia el norte a través del
Levante, y que los fósiles de los humanos modernos tempranos en Skhul y Qafzeh
podrían ser señales de esta dispersión exitosa. Estos primeros humanos modernos
portaron linajes de ADNmt L3 indiferenciados y trajeron tecnología primitiva de
escamas de núcleo a Eurasia [ 26 ]. Las fechas estimadas para los restos de Skhul y
Qafzeh (archivo adicional 2 : Tabla S4) están ligeramente fuera del rango calculado
para la edad del mtDNA macrohaplogroup L3 (78.3, IC 95%: 62.4; 94.9 kya) según los
genomas de mtDNA antiguos [ 137].
Sin embargo, están de acuerdo con la presencia de los primeros humanos modernos en
China alrededor de 100 kya, y con su posterior presencia en el sureste de Asia
alrededor de 70 kya. Si agregamos el hecho, también basado en genomas antiguos, que
los linajes de ADNmt en el norte de Asia ya pertenecían a haplogrupos B y U derivados
de alrededor de 45 kya [ 126 , 127], opinamos que los genetistas deben volver a
sincronizar el reloj molecular de mtDNA con los registros de fósiles de Levante y Asia
Oriental en lugar de considerarlos como resultado de migraciones sin éxito.
En segundo lugar, los primeros humanos modernos fueron más hacia el norte, algunos
al menos hacia las montañas de Altai, y en la forma en que ocasionalmente se
mezclaron con otros homínidos como Neanderthal y Denisovans. Las duras condiciones
climáticas los dispersaron hacia el sur, borrando las huellas genéticas del ADNmt de
esta pionera fase norte [ 31 ].
Tercero, los pequeños grupos supervivientes ya tenían linajes básicos de N y M. Uno de
ellos, con solo linajes maternos de N, se extendió hacia el sur hasta el actual sur de
China y, probablemente, a través de la plataforma de Sunda llegó a Australia y Filipinas
[ 31].
Cuarto, otros grupos dispersos eran los portadores de otras ramas de N, incluido el
macrohaplogrupo R, que ingresan a la India desde el norte, llevando consigo la
tecnología blade-microblade detectada en este subcontinente. Esta tecnología también se
extendió con otras sucursales N y R al norte y al oeste de Eurasia, llegando a Europa, el
Levante e incluso el norte de África.
Quinto, poco después, otro grupo del sudeste que transportaba linajes M no
diferenciados irradiaba desde un área central, muy probablemente localizada en el
sureste de Asia (incluido el sur de China), llegando a India hacia el oeste y cerca de
Oceanía hacia el este. Estos portadores de haplogrupos M trajeron con ellos al menos
una de las tecnologías primitivas de escamas de núcleo presentes en la India que, por lo
tanto, tenían que tener un origen del sudeste asiático. Sexto, en subsecuentes ventanas
climáticas suaves,
Figura 2
Rutas propuestas seguidas por humanos modernos en su salida de África: ( a ) Ruta del norte
para llegar al sur de Asia, Filipinas y casi Oceanía, y ( b ) expansiones secundarias hacia el
norte a través de Asia a las Américas y al sudoeste a África del Norte y Europa
Parece que, bajo los terrenos arqueológicos, hay datos que respaldan la salida del sur de
África y de toda la Península Arábiga y el subcontinente indio
[ 30 , 130 , 132 , 133 , 138 - 141 ], pero la falta de registros fósiles coetáneos en esto
sitios asociados a homínidos con estas herramientas de piedra lo deja sin
resolver. Incluso si fueran humanos modernos, no dejaron ningún rastro en el acervo
genético de ADNmt de las poblaciones existentes de Arabia o India. Sin embargo, no es
necesario invocar la existencia de una ruta del sur para interpretar el paisaje
representado por la filogenia y la filogeografía del ADNmt.
Ir:
Agradecemos a la Dra. Ana M. González por su contribución y comentarios útiles a este
trabajo. P. Marrero recibió el apoyo de una subvención postdoctoral del Ministerio de
Educación español (EX2009-950).
Ir:
Disponibilidad de datos y material.

Los conjuntos de secuencias que respaldan los resultados de este artículo están
disponibles en el repositorio de GenBank (números de acceso: KR074233-KR074256),
archivo adicional 2 : tabla S1 y archivo adicional 1 : figura S1. Las referencias de las
secuencias publicadas utilizadas en este estudio se enumeran en complementarias.
Archivo adicional 2 : Tabla S4 y se puede recuperar directamente de GenBank. Todos
los resultados obtenidos de nuestros análisis estadísticos se presentan en las tablas y
figuras de este artículo y en los archivos adicionales.
Ir:
Contribuciones de los autores

VMC: concibió y diseñó el estudio, analizó los datos y escribió el manuscrito. PM: Se
editaron y enviaron secuencias de ADNmt y contribuyeron al análisis de datos. KKAA:
Llevó a cabo la secuenciación de las muestras árabes. JML: Contribuyó a la
recopilación de datos de secuencia y su análisis. Todos los autores leyeron y aprobaron
el manuscrito final.
Ir:
Información de los autores

PM y KKAA contribuyeron igualmente al estudio. VMC es en realidad retirado.
Ir:
Conflicto de intereses
Los autores declaran que no tienen intereses en competencia.
Ir:
Consentimiento para publicación
No aplica.
Ir:
Aprobación ética y consentimiento para participar.

El procedimiento de muestreo de la población humana se adhirió a los principios de la
Declaración de Helsinki. El consentimiento por escrito se registró de todos los
participantes antes de participar en el estudio. El estudio se sometió a una revisión
formal y fue aprobado por el Comité Ético de la Facultad de Medicina de la Universidad
King Saud (propuesta N ° 09-659) y por el Comité de Ética para la Investigación
Humana en la Universidad de La Laguna (propuesta NR157).
Archivos adicionales
Archivo adicional 1: Figura S1. (67K, xlsx)
Árbol filogenético de M secuencias completas de este estudio. (XLSX 66 kb)
Archivo adicional 2: Tabla S1. (91K, xlsx)
Haplogrupo M en Arabia Saudita. En negrita haplotipos de este estudio. Tabla
S2. Super-haplogrupo edades y enlaces geográficos. Tabla S3. Haplogrupo M rangos
geográficos y edades en kiloyears (kya). Tabla S4. Poblaciones utilizadas en los análisis
de agrupamiento de AMOVA y k-means. Tabla S5. El haplogrupo de ADN
mitocondrial M envejece y coordina para sus respectivos centros geográficos utilizados
en el análisis de correlación. Tabla S6. Fósiles humanos más antiguos modernos que
datan en diferentes regiones de Asia y dataciones arqueológicas más antiguas en el lado
este de la Línea Wallace. (XLSX 91 kb)
Ir:
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Publicado en línea el 23 de mayo de 2017. Doi: [ 10.1186 / s12862-017-0964-5 ]
PMCID: PMC5442693
PMID: 28535779
Los portadores de macrohaplogrupo R de ADN mitocondrial

colonizaron Eurasia y Australasia desde un área central del
sudeste asiático
Jose M Larruga , 1 Patricia Marrero , 2 Khaled K Abu-Amero , 3 Maria V Golubenko , 4 y Vicente
M Cabrera 1

licencia Renuncia
Datos asociados
Resumen
Ir:
Fondo
Aunque el ADN mitocondrial (ADNmt) es solo una pequeña molécula con herencia
materna, ha desempeñado un papel principal en la interpretación de la evolución
humana. El origen reciente de los humanos modernos tempranos en África y su
posterior propagación a través de Asia y Australasia, que reemplazó a otros homininos
cuando habitaban allí, se describió por primera vez comparando los niveles de
polimorfismo de ADNmt en África y Eurasia [ 1 , 2 ]. Después de una fuerte oposición
inicial del campo multirregional [ 3 ], la hipótesis de un origen africano único y reciente
de los humanos modernos finalmente ha logrado un acuerdo multidisciplinario [ 4 ]. La
evidencia reciente proporcionada por estudios de ADN antiguos de hibridación menor
de humanos modernos con otros homininos como neandertales [ 5, 6 ] y Denisovans
[ 7 , 8 ], se ha considerado como el resultado de una tasa muy baja de mestizaje (2–5%)
compatible con el escenario de reemplazo. No obstante, la aparente evolución continua
de los fósiles humanos y sus restos culturales en el este de Asia durante todo el
Pleistoceno todavía se interpreta como una prueba de que esta área fue uno de los
orígenes de los humanos modernos [ 9 - 11]]. El tiempo y las rutas de migración
tomadas por los humanos modernos fuera de África también se han propuesto a partir
de la filogenia y la filogeografía de linajes de ADNmt a través de Eurasia y
Australasia. Aunque el registro fósil apuntaba al Levante como el camino más obvio, la
colonización tardía de Europa en comparación con Australia y la detección en África
oriental de linajes de ADNmt M que estaban ausentes en Eurasia occidental pero
predominantes en India y Asia oriental [ 12 ], dieron ascienda a la hipótesis de la ruta
costera del sur, lo que sugiere una onda dispersa fuera de África de humanos modernos
que cruzan el estrecho de Bab el-Mandab desde el Cuerno de África hasta el sur de
Arabia y luego, bordeando el Océano Índico, llegaron rápidamente al sudeste de Asia y
Australia. En este contexto, la colonización de Europa se consideró una derivación
tardía de esta ruta [13 ]. Sorprendentemente, a pesar de cualquier evidencia fósil que
corrobore esta idea y en contra de la tendencia regresiva en la tecnología lítica
evidenciada por el registro arqueológico [ 14 ], esta hipótesis ha sido seguida con
entusiasmo por la mayoría de los genetistas para explicar sus interesantes conjuntos de
datos genéticos recopilados de Asia y Poblaciones indígenas austronesias
[ 15 - 19 ]. Contra la corriente principal, se propuso hace mucho tiempo una ruta
alternativa del norte a través del Levante que transportaba el macrohaplogrupo N del
ADNmt hacia Australia [ 20 , 21]. Esta idea ha sido revivida recientemente por el apoyo
brindado por los nuevos datos genéticos y los datos recopilados de otras disciplinas
[ 22]. Además, sobre la base de los datos filogenéticos y filogeográficos del ADNmt,
también se ha sugerido que el macrohaplogrupo M del ADNmt probablemente ingresó a
la India desde el este de Asia, en oposición a la migración hacia el este propuesta por los
partidarios de la ruta sur [ 23]. Estos artículos anteriores han explicado
satisfactoriamente la falta de linajes de macrohaplogrupo N (xR) autóctonos en India y
la falta de linajes de macrohaplogrupo M primitivos en el lado noroeste de los
Himalayas. La ausencia de recombinación hace que el ADNmt sea especialmente
susceptible de tratamiento genealógico. La coalescencia de todos los linajes de ADNmt
de mtDNA L existentes dio una fecha de alrededor de 150 a 250 mil años (kya) para el
ancestro común de todos los humanos en África. Al aplicar el mismo enfoque a los
linajes M y N existentes, que comprenden toda la diversidad del ADNmt en el resto del
mundo, se obtuvo una fecha de coalescencia de alrededor de 50–65 kya que se ha
considerado como el marco temporal para la dispersión fuera de África. humanos
modernos [ 24 , 25]. Estas inferencias filogenéticas están en desacuerdo con las fechas
obtenidas del registro fósil que apuntan a la presencia de humanos modernos alrededor
de 100 kya en el Levante [ 26 ], y en el sur de China [ 11 , 27 - 29].]. La explicación
genética habitual de esta discrepancia es que estos fósiles no han dejado ninguna
contribución genética a los humanos existentes, al menos desde una perspectiva materna
de ADNmt. A su vez, los paleoantropólogos cuestionan la consistencia y el valor
absoluto de la tasa de mutación. En un futuro cercano, el ADN antiguo probablemente
mediará en este tema. Mientras tanto, el antiguo análisis de ADN de un fósil de
Tianyuan de 40,000 años de antigüedad, clasificado anatómicamente como un humano
moderno temprano, resultó en un humano genéticamente moderno que llevaba un linaje
de ADNmt del haplogrupo B ya derivado del macrohaplogrupo euroasiático [ 30 ].
A diferencia de M y N, el tercer macrohaplogrupo R de Eurasia eurasiático presenta
distribuciones indígenas de todo el mundo fuera de África. En este artículo, nuestro
principal objetivo es integrar la filogenia y la filogeografía del macrohaplogrupo R, con
sus contrapartes euroasiáticas M y N, en una ruta de dispersión norte congruente de los
primeros humanos modernos fuera de África. Con este fin, primero comparamos la
expansión coeval de dos haplogrupos R, el haplogrupo U en Eurasia occidental y el
haplogrupo P en cerca de Oceanía. Para el caso del haplogrupo U, analizamos 69
secuencias no publicadas de su rama U3 y secuenciamos completamente 41 de ellas
para mejorar su filogenia. Para poner U3 en el contexto filogenético, agregamos 15
secuencias completas adicionales no publicadas que pertenecen a las ramas principales
del macrohaplogrupo U. Para el haplogrupo P solo pudimos agregar una secuencia
completa no publicada que pertenece al clado filipino P9. El análisis filogeográfico de
U3 se basó en 1328 secuencias parciales de U3, prestando especial atención a la
posterior colonización de África por parte de los portadores de este haplogrupo
euroasiático. Para el análisis filogeográfico del resto de las ramas del macrohaplogrupo
R, utilizamos 109,497 secuencias parciales o completas ya publicadas.
Ir:
material y métodos
Para el análisis específico de haplogrupo U3, se seleccionaron un total de 103,313
secuencias parciales de origen mundial (archivo adicional 1 : Tabla S1), de las cuales
2757 pertenecen a nuestros datos no publicados. Obtuvimos un total de 1328 muestras
de U3 de las cuales 69 fueron de nuestros registros no publicados (archivo adicional 1 :
Tabla S1). Para el análisis filogeográfico y de genética de poblaciones, trabajamos con
un total de 1017 secuencias U3, luego de excluir las pertenecientes a gitanos / gitanos y
judíos debido a su origen geográfico incierto y las de origen indio, ya que consideramos
esta área como un centro secundario de expansión de U3. (Archivo adicional 1 : Tabla
S2). Para caracterizar completamente estas muestras, se secuenciaron 41 genomas
completos de mtDNA U3 (archivo adicional 1: Tabla S3). Ampliamos nuestro árbol U3
(archivo adicional 2 : Figura S1) con 10 secuencias completas publicadas porque
presentan una transversión ( AY882383 ) o una reversión
( AY882385 , HQ404665 , JX153143 ) en el diagnóstico de transición de U3 en np
16,343, o pertenecemos a personas mal caracterizadas linajes como U3b2a1
( EU935438 ) y U3c ( HM852803 ), o tienen mutaciones en la región reguladora que
ayudan a clasificar las secuencias de U3 parciales en sus clados más probables que
aquellos con 16,104 ( KC851932 ), 16,148 ( KJ445940 ), 16166dA ( JN969086 ), 16666
( AY714023 ) y 16,274 (AY882383 ). Además, agregamos al árbol 15 genomas
completos de mtDNA no publicados, pertenecientes a los linajes principales del
haplogrupo U (archivo adicional 1 : Tabla S3), para colocar las secuencias de U3 en el
contexto filogenético (archivo adicional 2 : figura S1). Para el estudio específico de
haplogrupo P, solo una (archivo adicional 1 : Tabla S3), secuencia completa no
publicada del linaje filipino P9a (Flp107) se pudo agregar a la filogenia de haplogrupo
(archivo adicional 2 : Figura S2). Sin embargo, se seleccionaron un total de 10,962
secuencias de ADNmt completas o parciales, 10,591 pertenecientes a las islas del
Pacífico Occidental (archivo adicional 1 : Tabla S4) y 371 pertenecientes al continente
australiano (archivo adicional1 : Tabla S5). Para el estudio del macrohaplogrupo R
global, se seleccionaron 109,497 secuencias ya completas y parciales ya publicadas
(archivo adicional 1 : Tabla S6) que se superponen en gran medida con las utilizadas
para el estudio específico de U3 (archivo adicional 1 : tabla S1). Todas las secuencias
descritas anteriormente se utilizaron para obtener las frecuencias relativas del
macrohaplogrupo M, N y R en las principales regiones de Eurasia y Australasia
(archivo adicional 1: Tabla S7). Los procedimientos de muestreo de la población
humana siguieron las pautas delineadas por el Comité de Ética para la Investigación
Humana en la Universidad de La Laguna y por la Junta de Revisión Institucional en la
Universidad King Saud. Todas las muestras fueron recolectadas en las Islas Canarias o
en Arabia Saudita en centros académicos y / o centros de salud. El consentimiento por
escrito se registró de todos los participantes antes de participar en el estudio.
ADN POREGENE de Gentra Systems (Minneapolis, EE. UU.). Las regiones
hipervariables de ADNmt I y II de las muestras de U3 se amplificaron y secuenciaron
para ambas cadenas complementarias como se detalla en otra parte [ 31 ]. Cuando fue
necesario para un surtido inequívoco en subclades específicos, las muestras de U3 se
analizaron adicionalmente para SNP diagnósticos de haplogrupo utilizando una
secuenciación parcial de los fragmentos de ADNmt, incluidos esos SNP, o se tipificaron
mediante reacciones multiplex instantáneas [ 32 ]. Para la secuenciación del genoma de
ADNmt, los cebadores de amplificación y las condiciones de PCR fueron los publicados
previamente [ 20]. Los productos amplificados con éxito se secuenciaron para ambas
cadenas complementarias utilizando el kit terminador DYEnamic ™ ETDye
(Amersham Biosciences) y las muestras se ejecutaron en MegaBACE ™ 1000
(Amersham Biosciences) de acuerdo con el protocolo del fabricante. Las 57 nuevas
secuencias de ADNmt completas se han depositado en GenBank con los números de
acceso KY411439-KY411495 (archivo adicional 1 : Tabla S3; archivo adicional 2 :
Figuras S1 y S2).
MtDNA macrohaplogroup R secuencias de compilación

Las secuencias que pertenecen a haplogrupos R específicos se obtuvieron de bases de
datos públicas como NCBI, MITOMAP, el Proyecto 1000 Genomas y de la
literatura. Buscamos linajes de mtDNA directamente usando SNP de diagnóstico
( http://www.mitomap.org ), o enviando fragmentos cortos que incluyen esos SNP de
diagnóstico a una búsqueda BLAST ( http: //blast.st-va.ncbi.nlm.nih .gov /
Blast.cgi). Los haplotipos extraídos de la literatura se transformaron en secuencias
utilizando el programa HaploSearch [ 33 ]. Las secuencias se alinearon manualmente y
se compararon con la rCRS [ 34 ] con el programa de alineación de secuencias BioEdit
[ 35]]. La asignación de haplogrupos se realizó de forma manual, seleccionando las
posiciones o motivos de diagnóstico en las regiones hipervariables y codificantes
siempre que sea posible. La alineación de secuencias y la asignación de haplogrupos
fueron realizadas dos veces por dos investigadores independientes y cualquier
discrepancia se resolvió de acuerdo con la base de datos PhyloTree Building 17 [ 36 ].
Los árboles filogenéticos se construyeron por medio del programa Network v4.6.1.2
utilizando los algoritmos de Mediana Reducida y Median Joining en orden secuencial
[ 37 ]. Las reticulaciones en reposo se resolvieron manualmente atendiendo a la tasa de
mutación relativa de las posiciones involucradas [ 38 ]. Las sucursales de Haplogroup
fueron nombradas siguiendo la nomenclatura propuesta por la base de datos de
PhyloTree [ 36 ]. Las edades de coalescencia se estimaron utilizando las estadísticas rho
[ 39 ] y sigma [ 40 ], y la tasa de calibración propuesta por [ 38]. Las diferencias en las
edades de coalescencia se calcularon mediante pruebas t de dos colas. Se consideró que
la media y el error estándar estimados a partir de las edades medias de haplogrupo
calculadas a partir de diferentes muestras y métodos se distribuyeron normalmente.
África. Dado que los eventos demográficos posteriores probablemente erosionaron esos
movimientos tempranos, omitimos las distribuciones geográficas espaciales de
haplogrupos en función de sus frecuencias o diversidades contemporáneas. La presencia
/ ausencia de los linajes basales R, omitiendo regiones con solo ramas derivadas o
regiones de colonización reciente conocida, se utilizó para establecer el rango
geográfico actual de cada haplogrupo. Utilizamos el centro geométrico de estas áreas
como el centro hipotético de dispersión para cada haplogrupo y lo definimos por sus
coordenadas geográficas. Después de eso, para situar el foco hipotético de la radiación
primitiva de R * en toda el área,
Partición geográfica de Eurasia y Australasia.

Con el fin de evaluar la prevalencia de haplogrupo de ADNmt geográfico y la
superposición relativa, hemos considerado las siguientes áreas geográficas: Asia
Occidental / Central (WCA): tomando todos los países europeos, todos los países de
Asia occidental y todos los países de Asia central, incluidos Afganistán y el Tíbet. Asia
del Sur (SA): comprende Pakistán, India, Bhután, Nepal, Bangladesh y Sri Lanka. Asia
oriental (EA): Mongolia, China, Corea, Japón y Siberia oriental y septentrional. Sudeste
asiático (SEA): Todos los países de la parte continental e insular, excluyendo la Papua
indonesia. Cerca de Oceanía (NO): toda la isla de Nueva Guinea, incluida la Papua
indonesia y los archipiélagos que la rodean. Australia (UA): considerando solo muestras
indígenas.
Subdivisión geográfica de la India y asignación de haplogrupo regional.

India se subdividió en cuatro áreas de muestra diferentes: Noroeste, incluidos los
estados de Cachemira, Himachal Pradesh, Punjab, Haryana, Uttarakhand, Rajasthan,
Uttar Pradesh, Gujarat y Madhya Pradesh; Suroeste, incluyendo Maharashtra, Karnataka
y Kerala; Noreste incluyendo Bihar, Sikkim, Arunachal Pradesh, Assam, Nagaland,
Meghalaya, Tripura, Jharkhand, West Bengal, Chhattisgarh y Orissa; y Sudeste,
representado por Andhra Pradesh, Tamil Nadu y Sri Lanka. Somos muy escépticos ante
la posibilidad de que la estructura genética real de la India sea el resultado de su
colonización original, por lo que no se consideraron las afiliaciones étnicas o
lingüísticas de las muestras, sino solo su origen geográfico. Por el mismo motivo no
utilizamos la frecuencia y diversidad actuales de los haplogrupos, sino sus rangos
geográficos y edades de radiación. Los criterios seguidos para asignar haplogrupos a
diferentes regiones dentro de la India fueron: detección consistente en un área (al menos
el 90% de los casos) y ausencia o presencia limitada en las áreas alternativas (igual o
menos del 10% de los casos). Consideramos generalizados aquellos haplogrupos que se
encuentran sistemáticamente en todas las áreas de la India y también en las áreas
circundantes como Pakistán o Irán al oeste, Tíbet o Nepal al norte, y Bangladesh o
Myanmar al este.
Asignación geográfica de haplogrupos de ADNmt

Siguiendo a otros autores, y después de un enfoque de agrupamiento confirmativo,
hemos clasificado todos los haplogrupos de ADNmt principales en sus áreas nativas
más probables de la siguiente manera: a) Eurasia occidental / central (WCA): N1, N2,
N3, N5, X; R0, R1, R2, JT, U. b) Sur de Asia (SA): M2, M3, M4, M5, M6, M18, M25,
M30, M32, M33, M34, M35, M36, M37, M38, M39, M42b, M61, M62, M63, M64,
M65, M66, M67, M70, M81; R5, R6, R7, R8, R30, R31. c) Asia oriental (EA): M7,
M8, M9, M10, M11, M12, G, D; N9, A; B, F, R11. d) Sudeste de Asia (SEA): M13,
M17, M19, M20, M21, M22, M23, M24, M26, M46, M47, M50, M51, M55, M68,
M69, M71, M72, M73, M74, M75, M75, M76, M77, M78, M79, M80, M82, M83,
M84, M90; N7, N8, N10, N11, N21, N22, N23; P9, P10, R9, R21, R22, R23, R24. e)
Cerca de Oceanía (NO): M27, M28, M29, Q; P1, P2, P3b, P4a, R14. f) Australia (AU):
M14, M15, M42a; N13, N14, O, S; P3a, P4b, P5, P6, P7,
Análisis genético de poblaciones.

Las distancias genéticas, las identidades y las diversidades de haplotipos, así como el
análisis AMOVA, se calcularon mediante el software GenAlEx6.5 [ 41 ]. Para las
pruebas MANTEL y el análisis de correlación de Pearson, utilizamos el software
estadístico XLSTAT. La PCA se realizó utilizando el paquete Multibase del
complemento de Excel (Numerical Dynamics, Japón). Las distribuciones de Poisson se
implementaron utilizando la calculadora en línea ( http://stattrek.com ). Los mapas y las
coordenadas geográficas fueron obtenidos por el software Google Earth
( https://earth.google.com ).
Ir:
La propagación del haplogrupo U en Eurasia occidental con énfasis en la rama

U3
MtDNA haplogrupo U tiene un rango geográfico prominente de Eurasia Occidental /
Central. Su primera radiación parece haber ocurrido en la fase de calentamiento estable
inicial de la MIS 3 interestadio alrededor de 50 kya (Tabla (Tabla 1).1 ). Nos situamos
su centro hipotético de expansión en la provincia Dahoguz de Turkmenistán
(tabla (Tabla 1).1 ). Las siguientes expansiones, alrededor de 43 y 33 kya, involucraron
las ramas U1, U2 y U8 y las ramas U3, U5 y U6, respectivamente, y ocurrieron también
en períodos de temperaturas relativamente suaves. Una radiación más reciente estuvo
dominada por las ramas U4, U7, U9 y K alrededor de 24 kya, justo antes del último
máximo glaciar. Todas estas ondas de dispersión tenían rangos bastante superpuestos y,
preferiblemente, expansiones hacia el sur [ 42]. Probablemente, U1, U3 y U9 fueron a
Oriente Medio [ 43 - 46 ]; U2i y U7 principalmente a Asia del Sur [ 47 - 49 ]; U2e, U4,
U5 y U8 para Europa [ 50 - 52 ], y U6 para el norte de África y la cuenca del
Mediterráneo [ 53 - 57 ]. El reciente análisis del mitogenoma de un humano moderno de
35 ky de edad proveniente de Rumania, resultó en una secuencia U6 * básica, apoyando
un origen euroasiático paleolítico para este linaje africano [ 58]]. Las ramas secundarias
de estos haplogrupos han revelado migraciones humanas más recientes y limitadas en
todas las regiones mencionadas anteriormente. Ejemplos interesantes son las
expansiones a las regiones de Volga-Ural y Siberia de numerosas subramas de U1a,
U2e, U3b, U4, U5b, U7a, U8a y K1a [ 59 , 60 ], a la India de U2i y U7 [ 61 ], a Europa
de K [ 62 ], o en África del Norte de U5b [ 63 ]. Los avances en la tecnología de ADN
antiguo también han hecho posible los estudios diacrónicos de poblaciones
humanas. Un caso sobresaliente fue la secuenciación del genoma de un humano
moderno de 45 ky de la Siberia occidental que ya tenía un linaje básico de ADNmt U *
[ 64]. Los haplogrupos U4, U5 y U8 fueron los linajes U más prominentes en los
cazadores-recolectores paleolíticos del norte y centro de Europa, pero sus frecuencias
disminuyeron drásticamente con la expansión neolítica en el área [ 65 - 69 ], mientras
que otras linajes U como U2, U3 , y K, aumentó drásticamente en los períodos
subsiguientes [ 66 , 70 - 73 ]. El hecho de que las migraciones neolíticas y de la Edad de
Bronce introduzcan los linajes U5a1b1e y U5b2a2 del sur de Siberia en Irlanda también
es digno de mención [ 74 ]. También se ha informado de la presencia de los linajes U2e,
U5a y U7 occidentales en restos prehistóricos hasta la cuenca del Tarim y el noreste de
Mongolia [ 75 , 76 ].
tabla 1
Edades y centro geográfico de haplogrupos R de Asia Occidental / Central
Haplogrupo Edad media ky Longitud e Latitud n Centrar
R0 39.6 ± .6 40.198143 44.644106 Oktiabria
R1 58.6 ± .8 48.059934 46.358804 Astracan
R2 17.7 ± 2.2 66.974973 34.627012 Samarkanda
J 31.0 ± 4.4 47.149943 39.683415 Jarkov
T 24.3 ± 2.9 45.681486 43.316880 Grozni
U1 40.6 ± 7.7 44.380392 35.465576 Kirkuk
U5 28.7 ± 5.7 36.156224 51.709196 Kursk
U6 33.8 ± 4.9 - - -
U2 40.0 ± 12.4 74.872264 31.633979 Amritsar

U3 35.1 ± 3.7 49.589123 37.268218 Rasht
U3 (1) 34.7 (20.4 / 49.7) - - -
U3a'c (1) 28.1 (15.3 / 41.7) - - -
U3a (1) 13.4 (8.0 / 18.9) - - -
U3c (1) 19.0 (13.5 / 24.7) - - -
U3b (1) 20.6 (7.4 / 34.7) - - -
U3b1 (1) 16.2 (4.1 / 29.1) - - -
U3b2 (1) 22.8 (14.8 / 31.0) - - -
U3b3 (1) 12.5 (2.0 / 26.0) - - -
U4 22.6 ± 4.4 73.324236 54.988480 Omsk
U7 22.0 ± 7.3 71.633333 40.483333 Chimkent

U8 (xK) 49.3 ± 3.6 51.817392 44.243036 Shayyr
K 26.7 ± 3.8 59.616754 36.260462 Mashhad
U9 24.7 ± 1.1 69.207486 34.555349 Kabul
U 49.6 ± 1.6 58.955245 ± 14.928846 40.734181 ± 8.037318 Dahoguz
R 59.0 ± 0.2 55.675835 ± 13.243427 41.088417 ± 6.833329 Uzbekistán
(1) Basado solo en nuestros datos.
Atendiendo a nuestros propios datos, debe mencionarse que nuestra secuencia U9a
árabe (Ara073) es idéntica a una muestra yemení publicada ( KM986517 ) [ 77 ]. The
Arab (Ara717), de U8b1a1 adscripción, comparte transversión 6515G y transición
10.632 con cuatro ( JX153780 , JX153902 , JX153925 , KF161759 ) U8b Secuencias
danesas [ 78 , 79 ]. Árabes (Ara 224 y Ara 136), pertenecientes a la rama U7a
comparten, respectivamente, las transiciones 11,353, 14,110 y 15,218 con dos iraníes
[ 46 ] y un Pathan [ 80 ], y la transición 16,234 con un persa (9_IRE_PS) linaje U7a
[ 46]. Curiosamente, nuestro U4d árabe (Ara815) comparte las transiciones 11.914 y
16.189 con una secuencia U4a ( JQ705609 ) y la transición 6260 con una
secuencia U4c ( JQ709993 ) que apunta a eventos mutacionales paralelos.
Enfocado en el haplogrupo U3, este clado tiene la transición 16,343 como posición de
diagnóstico, sin embargo, es bastante inestable como lo demuestra una transversión
( AY882383 ) y tres reversiones ( AY882385 , HQ404665 , JX153143 ) que ocurren en
paralelo en el árbol filogenético (archivo adicional 2 : Figura S1). Por lo tanto, buscar
secuencias U3 usando solo esta posición podría no ser lo suficientemente
exhaustivo. Sin embargo, varias posiciones HVSI son bastante confiables para asignar
haplotipos a sucursales específicas. Así, la transición 16.148 con 16.343 y 16.390 define
un nuevo clado U3a del norte de África detectado hace mucho tiempo en los bereberes
mozabitas [ 81]; transición 16,356, en el mismo 16,343, el fondo 16,390 caracteriza la
sub-rama U3a1c. Además, la transición HVSII en np 200 es un buen indicador para la
asignación de U3a2. La rama U3c también tiene un motivo HVSI adicional
característico (16,193, 16,249, 16,526), aunque algunos de sus haplotipos pueden
carecer de todo el conjunto. La presencia de 16,086 es indicativa de la membresía de
U3b1a, la de 16,168 de U3b3 y la eliminación 15944dT de U3b2. Sin embargo, los
clados identificados dentro de U3b y en U3b2, basados en compartir la eliminación de
523dCA, deben considerarse provisionales debido a la alta inestabilidad de esta
mutación (archivo adicional 2 : Figura S1).
Edades coalescencia estimados para las principales ramas de U3 (Tabla (Tabla 1)1 )
son, en su mayor parte, comparables a los publicados anteriormente [ 38 , 46 ]. Sin
embargo, hay pequeñas discrepancias. Por ejemplo, la rama U3a'c es más antigua en
nuestro estudio (28.1; 15.3 / 41.7 kya) en comparación con 18–26 kya en Derenko et
al. [ 46 ], pero en el último estudio, U3c estuvo representado por una sola secuencia
azerí que hemos aumentado al agregar una muestra marroquí (Mor459) y una jordana
(823). Por el contrario, la sub-rama U3b3 (17.6; 8.8 / 26.8 kya) es más antigua en
Derenko et al. [ 46] que en este estudio (12.5; 5.0 / 26.0 kya) pero, en este caso, nuestra
rama U3b3 solo comprende tres secuencias periféricas ibéricas y tres norteafricanas
(Archivo adicional 2 : Figura S1), mientras que las de Derenko et al. [ 46 ] pertenecen a
Irán y las áreas centrales del Cáucaso. Finalmente, hemos detectado un nuevo clado
dentro de la rama U3b1 definido por la transición 2833 que incluye tres secuencias
ibéricas y una jordana y que tiene una edad de coalescencia de 14.8 (8.8; 20.9)
ky. Parece que la mayoría de las ramas U3 se expandieron en los períodos paleolítico y
mesolítico a horcajadas en la LGM. Dispersiones más recientes ocurrieron en el
Neolítico y en períodos subsecuentes como se comentó anteriormente.
Geográficamente (tabla (Tabla 2),2 ), básicos (16343) U3 * linajes están muy
extendidas pero concentran sus frecuencias más altas en los Balcanes, Europa del Este y
Rusia. U3a, principalmente la rama U3a1 (definida por la transición 3010), tiene un
rango europeo prominente, con especial énfasis en las áreas norte, oeste y sur y una
incidencia notable en el noroeste de África, lo que denota una colonización común de
ambas regiones, tal vez, por vía marítima contactos desde tiempos neolíticos, como ya
sugirió el patrón de otros haplogrupos de ADNmt y otros marcadores genéticos
[ 31 , 63 , 82 - 90 , 90]. A este respecto, es significativa la presencia de sucursales
específicas (U3a2) en el Medio Oriente (archivo adicional 2 : Figura S1). La rama U3c
parece estar concentrada en el Cáucaso, el Medio Oriente y hasta el este de África, sin
que afecte a la Península Arábiga. Por su parte, U3b también es más abundante en el
Cáucaso, Oriente Medio y, en este caso, en la Península Arábiga y, después de eso, en el
noroeste de África, apuntando a una colonización dual de esta región como se había
previsto anteriormente [ 87 , 88 ]. Haplotypic la diversidad es mayor en el Medio
Oriente, la Península Arábiga y el sur de Europa, y la riqueza haplotypic y porcentaje de
haplotipos exclusivos también su punto máximo en Arabia (tabla (Tabla 3),3),
apuntando a esta península como un importante centro de expansión en el pasado. Las
correlaciones entre la diversidad de U3 y las coordenadas geográficas mostraron que
existe una correlación negativa significativa ( r = −0.672; p <0.012) solo con la latitud,
lo que indica claramente una colonización más reciente de las áreas del norte. Sin
embargo, los resultados de la prueba de Mantel indican que aunque las distancias e
identidades genéticas por pares son negativas y están significativamente correlacionadas
( r = −0.365; p <0.0001), no lo son con sus distancias geográficas, p = 0.298 yp =
0.071 respectivamente (Adicional archivo 1 : Tabla S8).
Tabla 2
Frecuencias de subhaplogrupos U3 en las diferentes regiones
Regiones Muestra U3 * U3a * U3c * U3b *
Arabia 34 0.088 0.294 0 0.618
este de Africa 25 0.160 0.360 0.120 0.360
África occidental 62 0.032 0.500 0.016 0.452
Cerca del este 148 0.338 0.311 0.040 0.311
medio este 176 0.188 0.233 0.074 0.505
Cáucaso 68 0.220 0.147 0.118 0.515
Asia Central 45 0.267 0.333 0 0.400
Rusia 30 0.467 0.300 0 0.233
norte de Europa 51 0.176 0.667 0.020 0.137
Europa occidental 84 0.262 0.548 0.047 0.143
Europa del este 29 0.448 0.173 0 0.379

Regiones Muestra U3 * U3a * U3c * U3b *
Los balcanes 79 0.430 0.342 0 0.228
Sur de europa 186 0.210 0.435 0.027 0.328
Tabla 3
Estimaciones de la variabilidad genética U3 en las principales regiones estudiadas.
Región Rh Diversida Riqueza Haplotipo Haplotipo Por Otros Por

o d haplotípic s mayor * cient abundante cient
haplotípic a (%) exclusivos o s o
a (%) haplotipos.
Arabia 2.5 0.904 64.7 72.7 086119 17.6 343 (U3 *) 8.8
3± (U3b1a)
1.1
9
este de 2.0 0.881 64.0 43.8 343 (U3 *) 16.0 148,343,39 12.0
Africa 8± 0 (U3a)
1.1
5
África 2.0 0.890 30.6 52.6 260,343,39 17.7 148,343,39 16.1

occidenta 0± 0 (U3a) 0 (U3a)
l 1.0
4
a (%) haplotipos.
Cerca del 1.3 0.855 32.4 56.3 343 (U3 *) 33.8 343,390 12.2
este 7± (U3a)
1.1
4
medio 1.5 0.918 38.1 64.2 343 (U3 *) 18.7 086343 17.0
este 7± U3b1a)
1.1
1
Cáucaso 1.6 0.804 33.8 30.4 168,192,34 35.3 343 (U3 *) 22.1
5± 3 (U3b3)
1.0
0
Asia 1.1 0.841 31.1 35.7 343 (U3 *) 26.7 343,390 20.0
Central 8± (U3a)
1.3
9
Rusia 0.9 0.720 36.7 36.4 343 (U3 *) 46.7 343,390 13.3
0± (U3a)
1.0
3
a (%) haplotipos.
norte de 1.7 0.882 45.1 43.5 189 19.6 343 (U3 *) 17.6
Europa 4± 343,390
1.0 (U3a3)
5
Europa 1.5 0.868 38.1 40.6 343 (U3 *) 26.2 343,390 17.9
occidenta 5± (U3a)
l 1.1
1
Europa 1.1 0.746 48.3 28.6 343 (U3 *) 44.8 343,390 6.9
del este 0± (U3a)
1.1
5
Los 0.9 0.741 26.6 38.1 343 (U3 *) 43.0 343,390 24.1
balcanes 4± (U3a)
1.0
5
Sur de 1.6 0.901 32.8 59.0 343 (U3 *) 21.0 343,390 17.7
europa 2± (U3a)
1.7
8
* menos 16,000
Creemos que los resultados sobre el haplogrupo U apuntan a un período de maduración

primitivo de este clado en las regiones centro / este de Eurasia. Durante este período
acumuló las tres mutaciones diagnósticas que lo diferenciaron de otros linajes
R. Después de eso, se ramificó en algún lugar de Asia Central. A través de largas
migraciones, en condiciones climáticas desfavorables y expansiones demográficas en
entornos óptimos, U ha alcanzado su rango geográfico actual y su ramificación
filogenética. No hay duda sobre el importante papel desempeñado por la Península
Arábiga como receptor de estos insumos migratorios sucesivos y como centro de
expansiones secundarias, como lo hemos evidenciado nosotros y otros mediante el
análisis de otros haplogrupos de ADNmt como R0a, antes del preHV1, [ 91 - 93 ]; J1
[ 45 ,94 ]; N1a [ 77 , 95 , 96 ]; HV1 [ 97 ] y R2 [ 98 ]. Sin embargo, no podemos
encontrar ninguna evidencia de mtDNA en apoyo de un centro de expansión primario
de la Península Arábiga de los macrohaplogrupos básicos M, N y R después de la salida
fuera de África de los humanos modernos según lo propuesto por otros [ 96 ], ni para el
Golfo Pérsico, el nuevo candidato sugerido por los partidarios de la ruta del sur [ 99 ].
La propagación del haplogrupo P en Wallacea

En el otro extremo de Asia, al este de la línea Wallacea según lo propuesto por Huxley
sobre consideraciones biológicas, existe otro linaje R, llamado P [ 100 ], nativo de esta
región. La edad de coalescencia de P, alrededor de 52 kya, es al menos tan antigua
como la calculada para el haplogrupo U de Asia occidental (archivo adicional 1 : Tabla
S9). El haplogrupo P está geográficamente bien estructurado con ramas P9 y P10
autóctonas de las poblaciones filipinas de Negrito [ 101 - 103 ]; ramas P1 y P2 nativas
de los aborígenes de Nueva Guinea [ 17 , 104 - 106 ] y ramas P5, P6, P7 y P8 exclusivas
de los aborígenes australianos [ 17 , 107 - 109], 109 ]. Finalmente, hay dos clados
adicionales, P3 y P4 que contienen las ramas específicas de Nueva Guinea (P3b, P4a) y
australiana (P3a, P4b) (archivo adicional 2 : Figura S2). Se ha dicho que estos linajes
señalan una profunda ascendencia común para los primeros colonizadores de Nueva
Guinea y Australia [ 17 , 106 ]. La edad fundadora de P en Cerca de Oceanía (55 kya) es
ligeramente más joven pero no significativamente diferente a la de Filipinas (62 kya) y
Australia (61 kya). Sin embargo, existen diferencias aparentes ( p = 0.001) en el número
promedio de mutaciones acumuladas en las secuencias del linaje P10 de Filipinas (25.5)
y las acumuladas en el linaje P2 de Nueva Guinea (14.7) ya que ambos se separaron de
un nodo ancestral común, definido por una transición en np 3882 (Adicional archivo 2 :
figura S2). De la misma manera, hay diferencias significativas ( p = 0.033) en la
longitud media de la rama del clado P3a australiano (8.5) en comparación con la de la
rama hermana Nueva Guinea P3b (15.7), y también ( p = 0.001) entre número
promedio de mutaciones acumuladas en el clado P4b australiano (15.3) y las (7.8)
acumuladas en su rama hermana P4a en Nueva Guinea (archivo adicional 2: Figura
S2). Dado que se observaron diferencias en la tasa de sustitución entre diferentes clados
intraespecíficos, se dieron explicaciones alternativas que favorecen diferentes presiones
selectivas [ 110 ] o diferentes historias de población [ 53 ], que actúan sobre diferentes
linajes, aunque se han invocado escenarios más complejos [ 111 , 112]. En este caso,
como las estimaciones regionales de la edad del haplogrupo P son similares, pensamos
que las diferencias en el tamaño de la población en el proceso de colonización, debido a
los efectos fundadores sucesivos y las expansiones sucesivas en el aislamiento relativo,
es la mejor explicación para la tasa de mutación heterogénea observada entre Hermanos
clados en las diferentes áreas. A partir de una población madre fija o casi fija para un
linaje R con la mutación diagnóstica del haplogrupo P en np 15.607 en la parte superior
de la raíz R ancestral común (12.705, @ 16.223), las secuencias acumularán nuevas
mutaciones en un proceso simple de Poisson, con una tasa de éxito de una mutación
cada 3624 años para toda la molécula [ 38]. Incluso en un largo intervalo de 10.000
años, la probabilidad de que no ocurran mutaciones en una secuencia es de 0.063 y que
para acumular cinco mutaciones es de 0.084. Por lo tanto, en una población compuesta
por cien hembras, incluso después de 10.000 años de evolución, podría haber alrededor
de seis hembras que llevan el mismo ADNmt que sus ancestros iniciales, y alrededor de
ocho hembras que han acumulado cinco nuevas mutaciones. Ahora, si esta población ha
atravesado varios cuellos de botella debido a las subdivisiones y expansiones sucesivas
hacia nuevos territorios, sería posible encontrar subpoblaciones separadas por 10,000
km (suponiendo una tasa de migración de 1 km por año para cazadores-recolectores)
que tienen linajes Diferentes en cinco mutaciones a pesar de su origen común. Como la
probabilidad de que los nuevos fundadores tengan algún linaje particular es una función
de su frecuencia en la población madre, suponemos que, en promedio, las mutaciones en
los migrantes se acumularán más tarde que en la población de origen. Bajo estas
premisas, podríamos delinear la colonización de Wallacea por los portadores del
haplogrupo P. Lo más probable es que los linajes del macrohaplogrupo R se diferencien
de N en el sureste de Asia [22 ]. De ellos, los que tenían el estatus de primitivo
haplogrupo P * emigraron a Wallacea, tal vez antes de llegar a las Filipinas y la parte
australiana del Sahul que las tierras altas de Nueva Guinea. Esto parece más probable
porque, mientras que los linajes guineanos acumularon una mutación adicional (16176)
antes de su propagación, los migrantes australianos parecen haberse expandido desde el
principio, como lo atestigua el surgimiento simultáneo de linajes independientes desde
la raíz (archivo adicional 2 : Figura S2) . Lo más probable es que este número crezca
cuando se liberen los linajes P * australianos aún sin clasificar [ 113]. Además, las
siguientes radiaciones más antiguas de P también ocurrieron en Australia, dentro de P6
(52.8 ± 4.5 kya) y dentro de P4 (58,2 ± 4.5), para las cuales, como su rama más antigua,
P4b es australiana, también proponemos un origen australiano (Adicional archivo 1 :
Tabla S9). La primera expansión en Filipinas ocurrió más tarde, dentro del linaje P9
alrededor de 46.5 kya, involucrando principalmente a ancestros de las tribus Negrito
indígenas Aeta y Agta de Luzón [ 102 , 103 ], aunque también se han detectado
miembros de este clado en las Visayas y Manila [ 101]. Incidentalmente, nuestra
muestra Flp107 P9 fue donada voluntariamente en el puerto de Gran Canaria, por un
pescador filipino de Cebú, hace 30 años. El lugar donde se originó la radiación P3 (37.2
± 3.1 kya) es incierto. Siguiendo nuestro criterio de la rama más evolucionada, se
asignaría un origen de Nueva Guinea. Sin embargo, mientras que las secuencias de
Nueva Guinea son específicas de la rama P3b, hay secuencias australianas en ambas
ramas (archivo adicional 2 : Figura S2). Además, P3b es significativamente más
abundante ( p = 0.0033) en las tierras bajas e islas de Nueva Guinea que en las tierras
altas donde se presenta la mayor diversidad y frecuencia para los linajes autóctonos P1 y
P2 (archivo adicional 1: Tabla S4). Así, un origen australiano es también una alternativa
posible. Se necesitan más secuencias P3 para llegar a una decisión más
documentada. Aunque más joven, la radiación tipo estrella de P2 en Nueva Guinea
(33,5 ± 1.2 kya) se extendió al este y al oeste a islas adyacentes, con ramas indígenas
identificadas en Melanesia [ 106 ] y Timor Oriental [ 114 ], y detecciones más erráticas
más allá. Ambos lados (archivo adicional 1 : tabla S4). La presencia de haplotipos P1d1
aislados y derivados en Barrineanos australianos [ 115 ], en Filipinas [ 103 ] y en
Malasia [ 116].], podría reflejar contactos más recientes, incluso históricos. Finalmente,
tenemos la expansión de P2 (18.6 ± 3.9), un joven linaje de Nueva Guinea que es una
rama hermana del muy evolucionado linaje filipino P10 (Archivo adicional 2 : Figura
S2). Aunque la radiación de P10 es la más joven (5.2 kya), creemos que la alternativa
más probable es un origen filipino para el ancestro P2'10. En Nueva Guinea (archivo
adicional 1 : Tabla S4), tanto P1 como P2 son significativamente más abundantes en las
tierras altas que en la costa e islas cercanas ( p <0,0001 en ambos casos), y menos
frecuentes en el oeste que en el este de La Isla ( p = 0.0026 para P1 yp = 0.0004 para
P2). Esta distribución peculiar desafía ambas rutas de expansión hacia Wallacea, que
desde el oeste a través de Timor, así como desde el norte a través de las Molucas. En
cuanto a Australia, el muestreo aún insuficiente del Continente y la falta de
disponibilidad total de algunos datos publicados dificultan el enfoque filogeográfico
pero, a pesar de su carácter incompleto, la distribución global del haplogrupo P en
Australia (archivo adicional 1 : Tabla S5) paralelos que se encontraron en Nueva
Guinea, con frecuencias significativamente más altas de P en el Este en comparación
con el Oeste ( p = 0,0002). Curiosamente, este también es el caso del haplogrupo
australiano M42 que muestra frecuencias más altas significativas ( p <0.0001) en el este
del continente. Esta distribución coincidente se parece a la de P y Q en Nueva Guinea
[ 106 ], y la implantación antigua de haplogrupos M autóctonos en el norte de la isla
Melanesia [ 117 ]. Sin embargo, no todos los linajes de ADNmt australiano se ajustan a
este patrón. Por el contrario, el haplogrupo R12, menos frecuente, es más abundante en
Occidente ( p = 0.0321) como otros linajes raros M (XM42) australianos ( p =
0.0087). Haplogroup R12 comparte con R21 tres mutaciones en sNPS 10,398, 11,404 y
16,295 como se muestra en Phylotree build17 [ 36 ]. Como R21 se encontró primero en
los grupos de Negrito en Malasia [ 15 , 118 , 119 ], más tarde en Sumatra [120 ] y en
Dayak de Borneo [ 121 ], su raíz compartida apuntaría a un posible antepasado común
en algún lugar del sudeste asiático que sea congruente con un occidental; es necesario
tener en cuenta esta hipótesis porque una secuencia Burman R * ( KP346030 )
encontrado en Myanmar [ 19 ], comparte con R21 también tres mutaciones en NPS
1709, 1719 y 15,613. Al contar las homoplasias y las reversiones en phylotree build 17
para cada trío de mutaciones, obtuvimos un total de 45 eventos independientes para la
raíz R12 / R21 y un total de 44 para la alternativa R21 / R *. En el otro lado, otra rama
R (R14) pasó por las islas menores de Sunda en Bali, Flores, Lembata, Timor
[ 114 , 118 , 122 ,123 ], y Borneo y Sulawesi [ 121 , 123 ], que alcanzan las tierras altas
[ 17 ] y las tierras bajas [ 124 ] de Nueva Guinea siguiendo un patrón diferente al
haplogrupo P. Todavía hay otra rama (R24) indígena de Filipinas
[ 101 , 103 , 125 , 126 ], también con una dispersión más joven que P9 (archivo
adicional 1 : Tabla S9). Recientemente, este clado también se ha detectado en el norte
de Moluccas [ 121 ]. Además, los dos principales representantes del haplogrupo N en
Australia (O y S) también tienen frecuencias más altas significativas ( p <0.0001 en
ambos casos) en el oeste que en el este del continente (archivo adicional 1 : Tabla
S5). Esto es a pesar del hecho de que S ha sido detectada tan al sureste como Tasmania
[ 127 ]. Curiosamente, los dos antiguos australianos indígenas secuenciados hasta ahora
pertenecían al haplogrupo O [ 128 ] y S [ 129 ] del ADNmt , que tienen respectivamente
un origen geográfico al sudoeste y al sureste. No se han detectado linajes N autóctonos
en Nueva Guinea o Melanesia. En Filipinas y Borneo, los representantes N más
antiguos son ramas de los linajes N11 y N10 del sur de China, respectivamente
[ 18 , 121 , 126]. En Nusa Tenggara, los linajes N21 y N22 son más jóvenes que el N en
Australia [ 22]. El patrón materno de Wallacea que se acaba de describir es congruente
con el siguiente escenario: 1) Al igual que en otras áreas centrales de Eurasia, los
primeros colonizadores de esta región tenían linajes básicos de ADNmt M *, N * y R *
que evolucionaron de forma independiente y se vieron afectados de manera desigual por
los siguientes. Migraciones asiáticas; 2) Aunque suponiendo que solo una ola de
asentamientos sería la más parsimoniosa, hay indicios de que la colonización de
Wallacea ocurrió al menos en dos oleadas, una del norte llevó a los ancestros M * y P *
que se asentaron en Filipinas, Nueva Guinea, Isla. Melanesia y Australia oriental; el
otro, desde el oeste, llegó al noroeste de Australia llevando distintos linajes maternos N
* y R *. 3) Sorprendentemente, tenemos que deducir que las barreras marítimas no
fueron un obstáculo insuperable para estos pobladores primitivos. Naturalmente, un
modelo es válido si no es rechazado por los resultados de otras investigaciones. Sobre la
base de los polimorfismos del cromosoma Y, se propuso un origen común e historias
independientes para Melanesia y Australia [130 ]. También se descubrió una inesperada
diversidad en el cromosoma Y en el norte de la isla Melanesia [ 131], y en el perfil del
cromosoma Y de los filipinos, con algunos grupos de Negrito profundamente asociados
a los australianos indígenas [ 132 ]. Recientes estudios genómicos del cromosoma Y
han confirmado el origen compartido de los aborígenes australianos y papuanos y
también un tiempo de divergencia profunda entre ellos de alrededor de 50 kya. Parece
que solo el haplogrupo M melanesio podría participar en contactos más recientes con
aborígenes australianos después de 12 kya [ 133 ]. También el análisis de todo el
genoma da resultados congruentes, apuntando a una divergencia temprana de los
aborígenes australianos y papuanos de los euroasiáticos, alrededor de 51–75 kya
[ 113 , 128 ,134 ], un profundo origen común entre ellos y poca evidencia de una
importante migración posterior, aunque se infirió una expansión de la población en el
noreste de Australia en los últimos 10.000 años [ 113 ]. La singularidad de Wallacea
también se ha inferido por el hecho de que la introgresión de Denisova en humanos está
concentrada en esta región, incluyendo Filipinas [ 135 , 136 , 136 , 137 ]. Por otro lado,
la evidencia fósil de homínidos de Wallacea apunta a Filipinas como el primer punto de
entrada a la región a una edad mínima de 67 ± 1 ky, si el hominino metatarsiano
recuperado en la cueva del Callao en el norte de Luzón se acepta como perteneciente a
un humano moderno [ 138]. Finalmente, se debe enfatizar que el primer colono de
Australia poseía una colección de industrias simples que incluyen núcleos de pezuña o
herramientas que también se han detectado en Filipinas, Borneo y Sulawesi [ 139 ]. Se
podrían contemplar contactos más recientes entre Nueva Guinea y Australia
compartiendo hachas de borde y entalladas [ 140 ]. Los dos ejemplos de expansiones
profundas del haplogrupo R coval ADNmt en Asia occidental (U) y Wallacea (P) son
difíciles de explicar bajo el principio de una ruta sur, rápida y única, fuera de África,
para los colonizadores de Eurasia. Al igual que para los casos de macrohaplogrupos M
[ 23 ] y N [ 22], suponiendo que una ruta norte para R explicaría mejor la filogenia y la
filogeografía de este linaje materno.
Filogeografía y edades de los linajes del macrohaplogrupo R

Los principales linajes del macrohaplogrupo R están bien estructurados
geográficamente pero, debido a la migración, las ramas secundarias se entrelazaron en
áreas de transición de tal manera que los enfoques de la genética de poblaciones
desdibujan la filogenia. Afortunadamente, la fusión en el tiempo devuelve claridad. Por
lo tanto, el análisis AMOVA de 242 poblaciones que cubren las principales regiones de
Eurasia y Australasia (archivo adicional 1 : Tabla S6) muestra que el 82% de la varianza
se encontró dentro de las poblaciones y solo el 18% entre las regiones
( p <0.0001). Estos resultados se visualizan gráficamente en el gráfico de PCA (Fig. 1)
donde los componentes primero (32.9%) y segundo (18.3%) representan el 51% de la
varianza. Claramente, Australia es la región más aislada, mientras que Melanesia
muestra una pequeña superposición con la isla del sudeste asiático, que a su vez
comprende algunas poblaciones excéntricas con frecuencias anómalas de haplogrupos
debido a la deriva genética. Los haplogrupos P y R12 tienen un gran impacto en este
patrón. Para Eurasia continental se observa una población compacta que comienza en el
oeste de Asia y termina en el sudeste de Asia continental, lo que revela un importante
flujo de genes entre las regiones adyacentes. Los haplogrupos occidentales R2'JT y R0 a
la derecha y los R11'B y R9'F orientales a la izquierda son los principales responsables
de este gradiente de población longitudinal.
Al prestar atención a la edad de R y sus ramas principales (archivo adicional 1 : Tabla
S9), no hay diferencias significativas entre las edades fundadoras de macrohaplogrupo
R en las cinco regiones principales (archivo adicional 1 : tabla S9). Sin embargo, la
edad media de radiación en el sudeste asiático (17.6 ± 10.4) es significativamente más
joven que en Asia occidental central (51.2 ± 6.8), Asia oriental (48.8 ± 1.5) y cerca de
Oceanía (61.3 ± 6.4), pero no es diferente de la Asia del sur significa (47.0 ± 10.7) que,
a su vez, no tiene diferencias con el resto de las regiones. Como en el caso del
macrohaplogrupo N [ 22], la expansión comparativamente tardía de R en el sureste de
Asia está en contra de la hipótesis de la ruta costera del sur y contrasta con la edad
profunda del macrohaplogrupo M en el área y con su disminución gradual hacia el oeste
desde Cerca de Oceanía hasta el sur de Asia [ 23 ]. Hemos rastreado los rangos
geográficos básicos para las principales haplogrupos Western / central Eurasia R,
entonces, obtuvimos coordenadas decimales por sus centros geométricos (Tabla (Tabla
1).1 ). Al promediarlos, calculamos un punto medio hipotético que hemos considerado
el centro de radiación para R en Eurasia centro-oeste. Coordenadas para este centro
señala un área central entre el mar Caspio y la meseta Pamir (Tabla (Tabla 1).1). Por
otro lado, todos los autores, sin excepción, han situado el área central de expansión de
las ramas básicas de R de Asia oriental en el sur de China / norte de Indochina
[ 18 , 21 , 118 , 141 - 145 ]. Como hemos discutido anteriormente, también había un
área central de expansión de R en Wallacea. Todavía tenemos el caso de R en el sur de
Asia. Atendiendo a su edad, podemos considerar dos grupos, uno compuesto por
personas con edades inferiores a 40 ky (R0, R5, R7 y R8) y el otro con edades
superiores a 40 ky (R6, R30, R31, U, JT) con una gran importancia diferencias
( p <0.0001) entre la edad media de cada grupo, 36.8 ± 1.59 y 53.4 ± 2.69 ky
respectivamente. Por otro lado, atendiendo a su distribución geográfica, hemos
encontrado un conjunto de haplogrupos (R0, R5, R6, R30, R31, J, T, U1, U5, U2 "9)
caracterizados porque son más frecuentes en el noroeste de la India. y luego en el
sureste de la India ( p = 0.0154). Por el contrario, los haplogrupos R7 [ 146 , 147 ] y R8
[ 148 ] tienen sus frecuencias y diversidades más altas en el noreste de la India. Un
tercer grupo (B, R1, R2, R21, R22, R9'F) tiene un rango prominente del norte de la
India ( p <0.0001) probablemente debido a una penetración posterior en el
subcontinente indio. También existe el caso anecdótico del linaje P del Pacífico que
solo se detecta en el sureste de la India (archivo adicional 1 : Tabla S6). Por lo tanto,
proponemos que R se introdujo en la India a través del noroeste y los corredores del
noreste. Los colonizadores del noroeste, que provenían del área central de Pamir /
Caspio, también se expandieron a Asia occidental llegando a Europa más tarde que la
India. Los del noreste podrían llegar a la India junto con los transportistas del
haplogrupo M [ 23 ]. Sin embargo, todas las ramas N (xR) en India parecen tener un
origen noroeste [ 22 ]. Aunque numerosos datos que favorecen esta colonización dual en
el sur de Asia se han informado anteriormente [ 22 ,23 ], nos gustaría añadir algunos
ejemplos más. El gen EDAR (ectodisplasina-receptor A) es un determinante genético
principal del grosor del cabello [ 149 ]. Su alelo 1540C muestra una alta frecuencia en
las poblaciones del este de Asia, pero está esencialmente ausente de los europeos y tiene
una baja frecuencia en los melanesios [ 150 ]. Sin embargo, en la India, se ha observado
en altas frecuencias, asociadas con poblaciones austroasiáticas y tibetano-birmanas,
aunque está ausente entre los indoeuropeos y los dravidianos [ 151]. Otro caso es el gen
OAS 1 (2'-5'-oligoadeylato sintetasa 1) que tiene un haplotipo característico profundo y
diverso en papúes que fue, probablemente, el resultado de la introgresión de Denisovan
y parece estar restringido al este de Indonesia y Melanes. poblaciones Sin embargo,
ocasionalmente se ha detectado en Pakistán y Sri Lanka. Los análisis de diversidad
comparativa sugieren que este profundo linaje migró al sur de Asia desde Melanesia
[ 152 ]. Por otro lado, parece que el fenotipo de piel clara en latitudes altas evolucionó
de forma independiente en Eurasia oriental y occidental [ 153].]. Sin embargo, se ha
demostrado que un color de piel más claro en la India se correlaciona con la frecuencia
del alelo derivado rs1426654-A del gen SLC24A5, que es casi fijo en los europeos,
mientras que el alelo ancestral africano G predomina en el este de Asia. Por lo tanto, el
alelo de piel clara en asiáticos del sur y europeos comparte identidad por descendencia
[ 154 ]. Además, se ha encontrado que el alelo rs142665-A tiene frecuencias
significativamente más altas en las regiones norte y noroeste en comparación con las
regiones del noreste de la India, que tienen las frecuencias más altas en las poblaciones
indoeuropeas y muy bajas o prácticamente ausentes en Tibeto-Burman y Austro
Poblaciones asiáticas [ 154]. Finalmente, el análisis de todo el genoma del indoeuropeo
Kalash, en el noroeste de Pakistán, los consideró como una antigua población
euroasiática extremadamente desviada que también contribuyó a la ascendencia europea
y del Oriente Próximo [ 155 ]. Una pregunta desconcertante ha sido dónde
evolucionaron los linajes L3 en haplogrupos M, N y R en Eurasia. Nuestro análisis
anterior apuntaba fuertemente al sudeste de Asia, incluido el sur de China, como el área
más probable [ 22 , 23]. Congruente con esta hipótesis, es el hecho de que el área central
del sur de China es un punto medio geográfico entre las áreas centrales de Asia Central
y Wallacea descritas anteriormente para R. Esta es la región donde se expandieron por
primera vez los haplogrupos N10 y N11 más antiguos. También existe el hecho de que
el fundador y las edades de expansión de R y N en las regiones principales están
significativamente correlacionados ( R = 0,892; p = 0,0028). Sin embargo, la falta de
correlación entre R y M ( R = 0.354; p = 0.315) apunta a una expansión independiente,
aunque superpuesta para el macrohaplogrupo M, quizás, desde un enfoque geográfico
del este, incluso más, [ 23]. También se debe enfatizar que se detectaron trazas de
ADNmt del Paleolítico de Eurasia de expansión humana del Este al Oeste, destacando el
papel predominante de las regiones orientales dentro de Eurasia durante los tiempos del
Paleolítico [ 156 ]. Además, la resolución definitiva aportada por la secuenciación
genómica a la filogenia y la filogeografía del cromosoma Y también reveló el sudeste de
Asia como un centro primitivo de la expansión humana moderna. Se ha detectado un
proceso rápido de diversificación del haplogrupo K-M526 del cromosoma Y en esta
área con expansiones posteriores hacia el oeste de los ancestros de los haplogrupos Q y
R que originaron la mayoría de los linajes paternos de Asia Central y Europa
[ 157]. Además, recientemente se ha detectado un raro linaje F * en Vietnam que es un
grupo externo de un mega-haplogrupo Y GHIJK-M3658 que comprende la India H. Sin
embargo, los linajes F * Indios anteriores se han incluido en un clado designado como
H0 que se separó del resto del haplogrupo H [ 158 - 160 ]. Se ha formulado una
hipótesis de expansión demorada para explicar la divergencia temprana de las
poblaciones euroasiáticas con respecto a los africanos (90–110 kya) y la divergencia
comparativamente tardía entre diferentes poblaciones euroasiáticas (50–70 kya). Según
esta teoría, una población ancestral euroasiática permaneció aislada mucho después de
la diáspora de fuera de África antes de expandirse por toda Eurasia [ 161]]. Un largo
viaje de linajes maternos L3 * desde fuera de África a lo largo de Eurasia, su
diversificación en los linajes M, N y R en el sureste de Asia, y las diásporas
subsiguientes para repoblar Eurasia, como se propuso anteriormente [ 22 , 23 ], y en
este El papel, para el ADNmt, encaja extraordinariamente bien con el escenario de
retraso basado en la diversidad genómica. Observe que este paisaje molecular ayudaría
a incorporar en un modelo coherente la existencia de humanos modernos en el sur de
China, al menos desde 70 kya [ 11 ]. Además, este escenario de ADNmt también
recupera el contacto con la brillante hipótesis de Turner, quien, basándose en la
variación dental, propuso al sudeste de Asia como el centro de la evolución de los
humanos modernos [ 162]. Finalmente, se debe mencionar que durante el proceso de
publicación, se han publicado dos nuevos artículos que tratan los aspectos mencionados
aquí. En el primero [ 163 ], los autores sugieren que el haplogrupo U7 tuvo una edad de
coalescencia muy reciente, alrededor de 16–19 kya. Sin embargo, su valor rho basado
en mitogenomas completos (18.6 kya; IC del 95%, 13.6–23.7 kya) se superpone
ampliamente con nuestra propia estimación (22.0 ± 7.3 kya). Además, los autores
proponen el Cercano Oriente como el centro de expansión más probable de U7 mientras
situado el nacimiento de este haplogrupo por el sur de Kazajstán (tabla (Tabla 1).1 ). En
el segundo artículo [ 164], los autores pretenden reconstruir la historia filogeográfica del
ADNmt australiano antes del asentamiento europeo. Los patrones fuertemente
diferenciados detectados entre las regiones continental oriental y occidental coinciden
en gran medida con los propuestos en este estudio.
Ir:
Archivo adicional 1: Tabla S1. (267K, xlsx)
MtDNA mundial haplogrupo U3 secuencias. Tabla S2. MtDNA haplogrupo U3
frecuencias haplotípicas (%) en las principales regiones de Eurasia y el norte de
África. Tabla S3. MtDNA completa las secuencias U y P obtenidas en este
estudio. Tabla S4. Frecuencias del haplogrupo P del ADN mitocondrial (%) en las islas
del Pacífico occidental. Tabla S5. Frecuencias del haplogrupo de ADN mitocondrial
(%) en Australia. Tabla S6. Frecuencia (%) de las principales ramas del
macrohaplogrupo R de mtDNA en diferentes regiones de Eurasia y Australasia. Tabla
S7. MtDNA macrohaplogrupo M, N y R frecuencias (%) en Eurasia y
Australasia. Tabla S8.Pruebas de mantel basadas en correlaciones entre distancias
geográficas (a), distancias genéticas (b) e identidades genéticas (c). Tabla S9. Las
edades de coalescencia de las principales ramas del ADNmt haplogrupo R en diferentes
áreas geográficas. (XLSX 266 kb)
Archivo adicional 2: (175K, xlsx)
Figura S1. MtDNA haplogrupo U filogenia con énfasis en la rama U3. Figura
S2. MtDNA haplogrupo P filogenia. (XLSX 175 kb)
Ir:
Agradecemos a la Dra. Ana M. González por su contribución experimental y brillantes
ideas aportadas a este trabajo. Esta investigación fue apoyada por Grant n ° CGL2010-
16195 del Ministerio de Ciencia e Innovación español a JML.
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Disponibilidad de datos y materiales.

Los conjuntos de secuencias compatibles con los resultados de este artículo están
disponibles en el repositorio de GenBank (KY411439-KY411495), archivo adicional 1 :
Tablas S1 y S3, y archivo adicional 2 : Figuras S1 y S2. Las referencias de las
secuencias publicadas utilizadas en este estudio se enumeran en el archivo adicional 1 :
Tablas S1, S6, S7 y S8. Estas secuencias se han recuperado directamente de los autores
o de GenBank. Todos los resultados obtenidos de nuestros análisis estadísticos se
presentan en tablas y figuras de este artículo y en los archivos adicionales.
Ir:

VMC concibió y diseñó el estudio, analizó los datos y escribió el manuscrito. JML llevó
a cabo la secuenciación de muestras de La Laguna y contribuyó a la recopilación de
datos de secuencia y su análisis. El PM editó y envió secuencias de ADNmt y
contribuyó al análisis de datos. KKAA llevó a cabo la secuenciación de las muestras
árabes e hizo correcciones en el manuscrito. MVG trajo secuencias inéditas y resultados
de análisis confirmados de forma independiente. Todos los autores leyeron y aprobaron
el manuscrito final.
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VMC es en realidad retirado.
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Consentimiento para publicación

No aplica.
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formal y fue aprobado por el Comité Ético de la Facultad de Medicina de la Universidad
Humana en la Universidad de La Laguna (propuesta NR157).
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Nota del editor

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mapas publicados y afiliaciones institucionales.
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La versión en línea de este artículo (doi: 10.1186 / s12862-017-0964-5) contiene material

complementario, que está disponible para usuarios autorizados.
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Publicado en línea en 2018 el 19 de junio. Doi: [ 10.1186 / s12862-018-1211-4 ]
PMCID: PMC6009813
PMID: 29921229
Los portadores de los linajes basales del macrohaplogrupo

L3 del ADN mitocondrial migraron de regreso a África desde
Asia hace aproximadamente 70.000 años
Vicente M. Cabrera , 1 Patricia Marrero , 2 Khaled K. Abu-Amero , 3, 4 y Jose M. Larruga 1

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Datos asociados
Resumen
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Resumen
Fondo
La principal conclusión inequívoca después de tres décadas de estudios filogeográficos
de ADNmt es el origen africano de todos los humanos modernos existentes. Además, se
ha argumentado que una ruta costera del sur explica la colonización euroasiática de
estos pioneros africanos. Basado en la edad del macrohaplogrupo L3, de donde se
originaron todos los eurasiáticos maternos y la mayoría de los linajes africanos, el
evento fuera de África se ha fechado alrededor de 60-70 kya. En el lado opuesto, hemos
propuesto una ruta hacia el norte a través de Asia Central a través del Levante para esa
expansión y, en consonancia con el registro fósil, lo hemos fechado alrededor de 125
kya. Para ayudar a salvar las diferencias entre las edades de registro molecular y fósil,
en este artículo evaluamos la posibilidad de que el macrohaplogrupo L3 de mtDNA
madurara en Eurasia y regresara a África como linajes L3 basales alrededor de 70 kya.
Resultados
Las edades de coalescencia de todos los linajes euroasiático (M, N) y africano (L3),
ambos alrededor de 71 kya, no son significativamente diferentes. Los clados
eurasiáticos M y N más antiguos se encuentran en el sudeste de Asia en lugar de África,
como se espera en la hipótesis de la ruta del sur. La división del haplogrupo DE
compuesto del cromosoma Y es muy similar a la edad del ADNmt L3. Se ha propuesto
un origen euroasiático y una migración de regreso a África para el haplogrupo E del
cromosoma Y de África. En África, las distribuciones de frecuencia de los linajes L3
materno y E paterno están correlacionadas positivamente. Esta correlación no se explica
completamente por afinidades geográficas o étnicas. Esta correlación parece ser más
bien el resultado de un reemplazo conjunto y global de los antiguos linajes autóctonos
de africanos masculinos y femeninos por los nuevos inmigrantes eurasiáticos.
Conclusiones
Estos resultados son congruentes con un modelo que propone una migración fuera de
África a Asia, siguiendo una ruta hacia el norte, de los primeros humanos
anatómicamente modernos que portaban linajes de ADNmt pre-L3 en torno a 125 kya,
la subsiguiente diversificación de pre-L3 en los linajes basales de L3 , un regreso a
África de humanos eurasiáticos completamente modernos alrededor de 70 kya que
transportan los linajes L3 basales y la subsiguiente diversificación de los linajes L3
restantes de Eurasia en los linajes M y N en el contexto fuera de África, y una segunda
expansión global euroasiática por 60 kya, muy probablemente, fuera del sudeste
asiático. Las condiciones climáticas y la presencia de neandertales y otros homínidos
podrían haber jugado un papel importante en estos movimientos humanos. Además,
estudios recientes basados en el ADN antiguo y la secuenciación del genoma completo
también son compatibles con esta hipótesis.
Fondo
Sobre la base de los análisis de la genética molecular, la hipótesis de un origen africano
reciente de los humanos modernos que ocurrió aproximadamente en la edad de 200 mil
años (kya) se formuló hace tres décadas [ 1 ]. Hoy esta hipótesis es ampliamente
aceptada. También existe un acuerdo multidisciplinario de que la expansión fuera de
África de los humanos modernos promovió la extinción de otros homininos en Eurasia
con solo una pequeña introgresión de sus genomas en el ADN humano moderno
[ 2]]. Sin embargo, a pesar de la enorme cantidad de datos acumulados hasta la fecha,
principalmente del análisis de los marcadores haploides de ADNmt y del cromosoma Y,
existe una falta de consenso con respecto al tiempo (s) de la dispersión humana moderna
fuera de África y las rutas seguidas . Toda la diversidad de ADNmt indígena fuera de
África se compone de los clados M y N, que son ramas derivadas del haplogrupo
africano L3 [ 3 - 5 ]. Este hecho sitúa el marco de tiempo genético para la dispersión
fuera de África en aproximadamente 55-70 kya, que es la edad de coalescencia del
haplogrupo L3 [ 6 ]. De manera similar, el análisis reciente de la secuencia del
cromosoma Y detectó un grupo de haplogrupos fundadores no africanos importantes
que se originaron en un corto intervalo de tiempo a 47-52 kya [ 7]]. Sin embargo, las
estimaciones basadas en un reloj molecular dependen de la tasa de mutación empleada
[ 8 , 9 ]. Estas ventanas temporales para la salida de los humanos modernos de África
están en conflicto con datos de ADN fósiles, arqueológicos y antiguos sobre el
momento de la migración inicial de humanos anatómicamente modernos (AMH) desde
África. Los restos óseos desenterrados en las cuevas de Skhul y Qafzeh demostraron
que los humanos modernos primitivos estaban presentes en el Levante entre 125 y 80
kya [ 10 ]. El descubrimiento de los dientes humanos modernos en el sur de China se
remonta a 120-80 kya [ 11], también apoya la presencia de AMH en el este de Asia
durante este período. Varios estudios arqueológicos descubrieron ensamblajes líticos de
la Edad de la Piedra Media (MSA), datados en aproximadamente 125-75 kya, en
diferentes regiones de la Península Arábiga, presentando afinidades con ensamblajes del
noreste de África del mismo período [ 12 - 14 ]. Estos hallazgos sugieren que el AMHS
africano puede haber extendido su rango geográfico al este y norte de Arabia, así como
al sur de Asia, tan pronto como 125 kya, mucho antes del marco temporal de la
migración que dio forma al conjunto genético global moderno como lo sugieren los
datos moleculares. .
El análisis del ADN antiguo (aDNA) es una herramienta importante en la
reconstrucción de la historia humana pasada. Sobre la base de los análisis de ADN, la
introgresión neandertal en los humanos modernos en Europa se remonta a 35-65 kya
[ 15 ], lo que está bien dentro del marco temporal del reloj molecular establecido para la
salida africana de los humanos modernos. Sin embargo, un antiguo flujo genético de los
humanos modernos tempranos a los ancestros de los neandertales orientales más de 100
kya se informó recientemente [ 16 ]. Estos datos evidenciaron que los humanos
modernos y los ancestros de los neandertales de la región siberiana de Altai se cruzaron
mucho antes de lo que se pensaba. Además, los estudios basados en el genoma
completo sitúan la división de euroasiáticos de las poblaciones africanas en 88-112 kya
[ 17]], y la presencia de AMHS fuera de África se ha documentado antes de 75 kya
[ 18 ]. Una forma de reconciliar estas pruebas contradictorias es afirmar que todos estos
antiguos movimientos fuera de África, antes de los 70 kya, no contribuyeron
significativamente genéticamente a las poblaciones humanas actuales [ 18 ]. Sin
embargo, los mayores esfuerzos deben dedicarse a resolver la evidencia conflictiva.
En cuanto a las rutas potenciales que siguen los humanos modernos fuera de África,
existen dos alternativas principales que no se excluyen mutuamente: una dispersión al
norte a lo largo del corredor Nilo-Sinaí y una dispersión al sur desde el Cuerno de
África a través del Estrecho de Bab al Mandeb. En los primeros estudios filogeográficos
de ADNmt, la ausencia virtual de haplogrupo M en el Levante, y su presencia en
Etiopía, sur de Arabia, el subcontinente indio y Asia oriental, convirtió a M en el primer
indicador genético de una salida desde el sur de África del este [ 19 ]. Poco después de
estos estudios, basados en la rareza del haplogrupo N (xR) de mtDNA en India y su
presencia continua sobre el Himalaya, propusimos una ruta adicional hacia el norte a
través del Levante [ 4]]. Desde entonces, se han llevado a cabo investigaciones
intensivas y extensas sobre el ADNmt, en poblaciones no solo de Asia Central
[ 20 - 23 ] y Asia Oriental [ 24 - 26 ], sino también de regiones a lo largo de la
hipotética ruta del sur, como India [ 27]. - 30 ], Asia sudoriental continental [ 31 - 33 ],
isla sudeste de Asia [ 34 - 39 ], Nueva Guinea, Isla Norte, Melanesia y Australia
[ 40 - 44]]. Los resultados más inesperados fueron que algunos haplogrupos N en el sur
de China (N10, N11) eran más antiguos que los linajes N más antiguos de Asia
occidental (N1, N2), y que algunos haplogrupos M en Melanesia (M27, Q) eran más
antiguos que los indios más antiguos. Linajes M (M2, M33). Diferentes investigadores
han proporcionado interpretaciones conflictivas de estos resultados. Algunos
percibieron que confirmaban una rápida propagación de la costa sur de los humanos
modernos de África [ 30 , 45 - 47 ]. Otros postulan la diferenciación de la población
local antigua en cada región sin ninguna evidencia de la ascendencia compartida
esperada por el modelo de dispersión del sur [ 48 - 50 ]. La existencia de una ruta norte,
deducida de la filogeografía del macrohaplogrupo N [ 4], ha recibido apoyo adicional
del registro fósil [ 11 ], estudios de genoma completo que comparan poblaciones
egipcias y etíopes [ 51 ] y el hecho de que todas las poblaciones no africanas presentan
una señal de introgresión neandertal [ 52 ]. Sin embargo, nos dimos cuenta de que lo
que realmente sugiere el macrohaplogrupo N es un movimiento humano desde el
sureste de Asia al oeste de Asia [ 53 ]. Observamos la misma tendencia para el
macrohaplogrupo M, en este caso, expandiéndose hacia el oeste a la India [ 54 ]. Una
tendencia similar se observó para el macrohaplogrupo R, la rama hermana principal de
N [ 55]. Por lo tanto, confirmamos que el macrohaplogrupo M y N indicaban las
principales expansiones del sur y del norte, respectivamente, de los humanos modernos,
pero, en el sentido opuesto, habíamos predicho previamente [ 4 ]. Los estudios basados
en secuencias del cromosoma Y también sugirieron el sudeste de Asia como un centro
temprano de expansiones humanas [ 56 - 59]]. Si se acepta que los linajes L3 basales
(M, N) evolucionaron independientemente en el sureste de Asia y no en África o cerca
de las fronteras del continente africano donde se expandieron los linajes L3 restantes,
uno se enfrenta a la pregunta de dónde evolucionó el tronco basal de L3 . Un punto
medio gravitante entre el este de África y el sureste de Asia situaría el origen de L3 en
el interior de Asia, con posibles expansiones en dirección opuesta hacia África y hacia
el este de Asia. Esta posibilidad ha sido modelada, junto con otras opciones, por otros
que obtienen el valor de probabilidad más alto entre los modelos competidores
[ 60 ]; Sin embargo, no ha recibido la atención que merece. El paralelismo de este
escenario temprano de regreso a África del haplogrupo L3 de ADNmt con el propuesto
para el haplogrupo E del cromosoma Y [ 61] es llamativo.
En este trabajo, hemos mejorado la filogenia de algunos subclades de mtDNA L3 de
África. Además, hemos comparado la distribución de frecuencia del haplogrupo L3 y el
haplogrupo E del ADNmt africano más joven en las principales regiones del continente
africano. Con estos datos a la mano, evaluamos la posibilidad del siguiente escenario:
L3 salió de África como un linaje pre-L3 que evolucionó como L3 basal en el interior
de Asia. A partir de ahí, se expandió, regresó a África y se expandió al sudeste asiático,
dando lugar a las sucursales africanas L3 en África oriental y las sucursales M y N L3
de Eurasia en el sudeste asiático, respectivamente. Este modelo, que implica una salida
anterior de los humanos modernos fuera de África, ha sido probado contra resultados
independientes de otras disciplinas.
Ir:
Métodos
Un total de 69 genomas de ADNmt completos se secuenciaron en este estudio (archivo
adicional 1 : Tabla S1). Comprenden los principales haplogrupos africanos L, excepto
L6. Para remediar esta falta, se incluyeron 12 secuencias L6 previamente publicadas y
completas en nuestro árbol filogenético (archivo adicional 2 : Figura S1). Las diferentes
ramas del haplogrupo L3 están representadas por 45 de estas secuencias. Para establecer
la frecuencia relativa de macrohagogrupo L3 de mtDNA en las principales regiones
africanas, se seleccionaron un total de 25.203 secuencias de mtDNA disponibles parcial
y total públicamente disponibles. De ellos, 1,138 representan nuestros datos no
publicados (archivo adicional 1: Tabla S2). Para establecer la frecuencia relativa del
macrohaplogrupo E del cromosoma Y en las principales regiones africanas, se
seleccionaron un total de 21,286 muestras de cromosoma Y disponibles públicamente
en África. De ellos, 737 representan nuestros datos no publicados (archivo adicional 1 :
Tabla S2). Todas nuestras muestras fueron recolectadas en las Islas Canarias o Arabia
Saudita de centros académicos y de salud. El procedimiento de muestreo de la población
humana se adhirió a los principios de la Declaración de Helsinki, y se obtuvo un
consentimiento por escrito de todos los participantes antes de participar en el estudio. El
estudio se sometió a una revisión formal y fue aprobado por el Comité Ético de la
Facultad de Medicina de la Universidad King Saud (propuesta N ° 09-659) y por el
Comité de Ética para la Investigación Humana de la Universidad de La Laguna
(propuesta NR157).
ADN POREGENE de Gentra Systems (Minneapolis, EE. UU.). Las condiciones de la
PCR y los procedimientos para la secuenciación del genoma del ADNmt fueron los
publicados previamente [ 4 ]. Los productos amplificados con éxito se secuenciaron
para ambas cadenas complementarias utilizando el kit terminador DYEnamic ™ ETDye
(Amersham Biosciences). Las muestras se ejecutaron en el secuenciador MegaBACE ™
1000 (Amersham Biosciences) de acuerdo con el protocolo del fabricante. Las 69
nuevas secuencias de ADNmt completas se han depositado en GenBank con los
números de acceso MF621062 a MF621130 (archivo adicional 1 : Tabla S1).
Recopilación de datos previamente publicados.

Las secuencias que pertenecen a haplogrupos específicos de mtDNA L se obtuvieron de
bases de datos públicas como NCBI, MITOMAP, el Proyecto de los 1000 genomas y la
literatura. Buscamos linajes de mtDNA directamente mediante el uso de SNP de
diagnóstico ( http://www.mitomap.org/foswiki/bin/view/MITOMAP/WebHome ), o
enviando fragmentos cortos que incluyen los SNP de diagnóstico a una búsqueda de
BLAST ( http: // blast.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Los haplotipos extraídos de la
literatura se transformaron en secuencias utilizando el programa HaploSearch
(http://www.haplosite.com/haplosearch/process/) [ 62 ]. Las secuencias se alinearon
manualmente y se compararon con la rCRS [ 63 ] con el programa de alineación de
secuencias BioEdit [ 64]]. La asignación de haplogrupos se realizó de forma manual,
con la detección de posiciones o motivos de diagnóstico en las regiones de
hipervariables y de codificación siempre que fue posible. La alineación de secuencias y
la asignación de haplogrupos fueron realizadas dos veces por dos investigadores
independientes y cualquier discrepancia se resolvió de acuerdo con la base de datos de
PhyloTree (Build 17; http://www.phylotree.org/) [ 65 ]. Para la selección del
haplogrupo E del cromosoma Y, consideramos que las muestras pertenecían a este
haplogrupo si se encontraron positivas para, al menos, los marcadores de diagnóstico
DE-YAP o E-M40, E-M96.
El árbol filogenético se construyó mediante el programa Network, v4.6.1.2, utilizando
el algoritmo de Mediana Reducida, el algoritmo de unión de mediana y el algoritmo de
Steiner (MP) en orden secuencial [ 66 ]. Las reticulaciones restantes se resolvieron
manualmente. Las sucursales de Haplogroup fueron nombradas siguiendo la
nomenclatura propuesta por la base de datos de PhyloTree [ 65 ]. Nuestras edades de
coalescencia se estimaron utilizando las estadísticas rho [ 67 ] y Sigma [ 68 ] y la tasa de
calibración propuesta por Soares et al. [ 6 ].
Para calcular la edad media total de cada haplogrupo, compilamos todas las diferentes
edades de estimación de la literatura sin tener en cuenta el segmento de secuencia de
ADNmt analizado, la tasa de mutación considerada o la superposición parcial observada
de las muestras utilizadas. En los casos en los que se utilizó el mismo conjunto de
muestras para calcular su edad utilizando varios métodos, seleccionamos la edad
calculada según el método rho como el método más generalizado (archivo adicional 1:
Tabla S3). Para calcular las edades de coalescencia media de haplogrupo para la región
no recombinante del cromosoma Y (NRY), compilamos las estimaciones basadas
preferiblemente en polimorfismos de nucleótido único (SNP) obtenidos por
secuenciación. Cuando se utilizaron diferentes tasas de mutación en el mismo estudio,
elegimos la edad calculada en función de la tasa de mutación más lenta (archivo
adicional 1 : Tabla S4).
En este estudio, nos centramos en los primeros períodos de la propagación fuera de
África de los humanos modernos y el probable regreso a África de los portadores de los
linajes primarios de ADNmt L3 y Y del cromosoma Y.
Como la filogeografía de las diferentes ramas de estos linajes ha sido ampliamente
estudiada por otros autores para revelar los movimientos humanos más recientes en el
continente, nos centramos aquí en las distribuciones continentales en las principales
regiones africanas. Para fines filogeográficos, dividimos el continente africano en las
siguientes ocho regiones principales: 1. África noroccidental (incluido Marruecos,
Sahara Occidental, Argelia y Túnez), 2. África nororiental (incluida Libia y Egipto), 3.
Sahel occidental (incluida Mauritania) , Malí y Níger), 4. Sahel Oriental (incluidos
Chad, Sudán, Etiopía, Somalia y Eritrea), 5. Guinea Occidental (incluidos Senegambia,
Guinea-Bissau, Guinea-Conakry, Sierra-Leona, Liberia, Costa de Marfil) , Burkina-
Faso, Ghana, Togo, Benin y Nigeria), 6. África Central (incluyendo Camerún,
República Centroafricana (CAR), República Democrática del Congo (CDR),
Para evaluar el nivel de estructura geográfica en el macrohaplogrupo L3 de mtDNA y el
macrohaplogrupo E del cromosoma Y en África, realizamos los análisis de
agrupamiento AMOVA y K-means. Utilizamos el software GenAlEx6.5 para
implementar el software estadístico AMOVA y XLSTAT para realizar el análisis de
agrupamiento de K-means. Las posibles asociaciones entre las frecuencias de mtDNA
macrohaplogroup L3 y las del macrohaplogroup E del cromosoma Y, tanto para el
continente africano completo como para cada una de sus principales subdivisiones
geográficas, se analizaron mediante análisis de correlación de Pearson utilizando el
software XLSTAT. Como existe una superposición extensa entre las edades de
expansión de las ramas de L3 con las del macrohplogrupo L2 de mtDNA africano, las
frecuencias globales de L2 se incluyeron en la mayoría de los análisis filogeográficos
realizados.
Ir:
Filogenia y afinidades de nuestras secuencias completas africanas.

En general, nuestras 69 secuencias completas de mtDNA (archivo adicional 2 : Figura
S1) podrían asignarse a clados previamente definidos en la base de datos de
PhyloTree. Sus afinidades más cercanas fueron con otras secuencias de los mismos
haplogrupos. Por lo tanto, nuestra secuencia Kenyan L3a1a (Kn028) comparte
mutaciones de punta 514, 3796 y 4733 con una secuencia de Tanzania ( EF184630 )
pero solo mutación 514 con una secuencia de Somalia ( JN655813 ) del mismo
clado. La secuencia de L3b1a de Sudán (Su238) comparte la transición muy
conservadora en 12557 con una secuencia de L3b ( KF055324 ) de un paciente afro-
americano con glaucoma [ 69 ]. Nuestra secuencia L3b1a2 (Su002) tiene coincidencias
en 195, 12490 y 16311 con varias secuencias africanas
( EU092669 ,EU092744 , EU092795, EU092825 , EU9355449) con la que compone
una nueva rama, L3b1a2a, definida por estas tres transiciones. De manera similar, la
secuencia L3f2a1 (Su004) tiene coincidencias en las posiciones mutadas 6182, 8676,
9731, 12280, 12354 y 13105 con otras secuencias senegalesas publicadas
( JN655832, JN655841 ) con las cuales se compone una nueva rama
derivada. Esperábamos que las secuencias L detectadas en las Islas Canarias tuvieran
sus parientes más cercanos entre las secuencias del continente africano. Esto se observó
en algunos casos; por ejemplo, la secuencia L3d1b3 (Go764) de la isla La Gomera
comparte las transiciones de puntas 14040 y 16256 con un aislado de Ovimbundu
( KJ185837 ) de Angola [ 70]. Sin embargo, inesperadamente, la secuencia canaria
TF0005, asignada a la subclase L3f1b, tiene sus parientes más cercanos en la Península
Ibérica, compartiendo la transición 8994 con dos secuencias asturianas L3f1b
( KJ959229 , KJ959230 ) [ 71 ]. Además, la secuencia L3x2 (TF116) de Tenerife
comparte todas sus variantes terminales (650, 7933, 8158, 15519, 16261) con
secuencias de Galicia ( HQ675033 , JN214446 ) y Andalucía ( KT819228).), no con
secuencias africanas. Arabia Saudita ha sido identificada como un receptor importante
de los linajes euroasiáticos de ADNmt, así como los de origen africano. Las secuencias
árabes que pertenecen a los haplogrupos L3i1a (AR429) y L3x1a1 (AR260) tienen sus
parientes más cercanos con las secuencias JN655780 y DQ341067 , respectivamente, de
la cercana Etiopía, y la secuencia L3h1b1 (AR381) es idéntica a un aislado de Yemen
publicado anteriormente ( KM986547 ). Sin embargo, la secuencia L3h1b2 (AR221)
está más relacionada con el linaje JQ044990 de Burkina Faso [ 72], con el que comparte
transiciones particulares en las posiciones 7424, 13194, 16192 y 16218. Las afinidades
del árabe L1c2b1a'b (AR1252) con otras secuencias son las más inesperadas. Esta
secuencia, caracterizada particularmente por la presencia de una inserción de 11
nucleótidos en la posición 16029 en la región de control, tiene una coincidencia exacta
con un aislado L1 de la República Dominicana ( DQ341059 ). Sus parientes más
cercanos en África, aunque carecen de la inserción mencionada, se encuentran en
Angola ( KJ185814 ) y Zambia ( KJ185662 ) entre los hablantes de bantú [ 70 ]. La
región de control de este aislado AR1252 se publicó previamente ( KP960821). Con
respecto a los clados L4, L5 y L6 menos frecuentes, nuestra secuencia L4b1a (Iv136) de
Costa de Marfil comparte mutaciones de punta 789, 7166 y 14935 con secuencias
geográficamente cercanas ( JQ044848 , JQ045081 ) de Burkina Faso [ 72 ]. Del mismo
modo, la secuencia árabe L4a2 (AR1116) está estrechamente relacionada con otras
secuencias africanas L4a2 ( EU092799 , EU092800 ), y el aislado L4b2a1 (AR197) es
idéntico a una secuencia ( KM986608 ) de Yemen [ 73 ]. Del análisis de secuencias
parciales [ 53 , 74], podemos estar seguros de que en Arabia Saudita existen
representantes de las sucursales L4a1, L4a2 y L4b2. Sin embargo, todavía no hemos
detectado secuencias que pertenecen al gran clado L4b1b de Sudán (archivo
adicional 2 : Figura S1). Publicado [ 53 , 74] y los datos no publicados nos permiten
confirmar que L5a está representado en Arabia Saudita por al menos un linaje que tiene
el siguiente haplotipo en / cerca de la región de codificación: 15884, 16093, 16129,
16148, 16166, 16187, 16189, 16223, 16265C, 16311, 16355, 16362/73, 152, 182, 195,
198, 247, 263, 315iC, 455i2T, 459iC, 513, 522dCA, 709, 750, 769, 825A, 851 y 930.
Representa el 0.58% de los saudíes. mtDNA gen pool. También hay un linaje L5b
caracterizado por mutaciones en 15927, 16111, 16129, 16148, 16166, 16187, 16189,
16223, 16233, 16254, 16265C, 16278, 16360, 16519/73, 195, 247, 249d, 263, 315iC,
459iC, 501, 535, 750, 769 y 825A, con presencia menor (0.09%) en Arabia
Saudita. Además, aunque carecemos de secuencias L6 completas, podemos confirmar
en función de la secuenciación parcial y el análisis SNP específico, que L6a1 (0,13%) y
L6b (0.53 , 74 ]. Con 12 secuencias completas, L3h es el haplogrupo mejor
representado en nuestra filogenia (archivo adicional 2 : Figura S1). En él, hemos
definido provisionalmente algunas de las nuevas sucursales de la siguiente manera: La
retromutación en la posición 16223 define una sucursal L3h1a1a sudanesa. Dos clados,
L3h1a2a1a y L3h1a2a1b se caracterizan por las transiciones 3892, 7705 y 15346 y las
transiciones 5108 y 16165, respectivamente. Una subclase adicional, definida por las
transiciones 7310, 13153, 14407 y transversión 9824A se denomina provisionalmente
L3h1a2b1. Además, después de introducir la secuencia AR221, la antigua rama L3h1b2
se caracteriza únicamente por las transiciones 294, 8842, 9758, 12882, 13437, 16129 y
16362.
Nuestra única discrepancia con la filogenia PhyloTree se refiere al raro y antiguo clado
L5. Hemos identificado una nueva rama, llamada provisionalmente L5c (archivo
adicional 2 : Figura S1). A la luz de la información proporcionada por este linaje, el
nodo PhyloTree L5b, que une los haplogrupos L5b1 y L5b2 al compartir
retromutaciones en las posiciones 182, 13105 y 16311 y una transición en la posición
16254 parece carecer de solidez filogenética. El clado PhyloTree L5b2 se considera más
apropiadamente una rama hermana de nuestra nueva secuencia L5c de Sudán (Su412),
que comparte una retromutación en la posición 195 y transiciones en las posiciones
6527 y 11809.
A pesar de los pequeños tamaños de muestra empleados, nuestros resultados de la edad
de coalescencia se encuentran dentro de las desviaciones estándar calculadas para los
diferentes haplogrupos (archivo adicional 1 : Tabla S3). Sin embargo, el valor de edad
promedio para el macrohaplogrupo L3 en África (71 ± 12 kya), que teóricamente marca
el tiempo límite superior para el movimiento fuera de África de los humanos modernos,
se queda corto en comparación con los estimados a partir del registro fósil en el Levante
[ 75 ].
El origen eurasiático de mtDNA macrohaplogroup L3

La hipótesis de la ruta del sur propone que las ramas euroasiáticas (M y N) del
macrohaplogrupo L3 se diferenciaron en o cerca del continente africano y se
extendieron rápidamente a través de las penínsulas asiáticas para llegar a Australia y
Melanesia [ 45 ]. Bajo esta hipótesis, se espera que, por lo general, las edades de
coalescencia de los haplogrupos disminuyan de África a Australia. Sin embargo, hemos
demostrado que este no es el caso [ 53 - 55 ]. Por el contrario, los haplogrupos M y N
más antiguos son del sur de China y Australasia, no de la India, y las asociaciones entre
distancias geográficas longitudinales y edades relativas de los haplogrupos M y N se
ejecutan, contrariamente a lo esperado, de este a oeste [ 53 , 54]. Esto nos presenta un
dilema: parece que existen dos centros de gravedad de expansión L3, uno en África y
otro en el sureste de Asia. Un punto medio equidistante geográfico situaría la radiación
primaria de L3 en la India si los colonizadores africanos siguieran una ruta del sur y
sobre el Himalaya, entre el Tíbet y Pamir, si se siguiera la ruta del norte. Además, como
la edad coalescencia de las ramas L3 africanos y el de la Eurasian L3 (MN) ramas son
muy similares (Tabla (Tabla 1),1), a aproximadamente 71 kya, los puntos medios
temporales y espaciales también podrían coincidir. Dado que se espera que el grupo de
humanos modernos que hipotéticamente regresó a África incluya tanto mujeres como
hombres, la búsqueda de información filogenética y filogeográfica del cromosoma Y
podría proporcionar información adicional.
tabla 1
MtDNA y NRY significan valores para MRCA, fuera de África y coalescencias de
haplogrupo
Marcador MRCA Fuera de Africa Haplogroup se divide
MtDNA 184 ± 61.0 71.0 ± 12.0 a L3'4'6: 95.8 ± 14.0
71.0 ± 8.0 b L3'4: 84.1 ± 8.6
NRY 171.5 ± 13.7 93.9 ± 25.3 DE: 69.0 ± 6.7
E: 65.5 ± 8.5
a
L3 Africa; b L3 Eurasia
El origen euroasiático del haplogrupo E del cromosoma Y

Se propuso un origen en Asia y el regreso a África, hace mucho tiempo, para el
haplogrupo E africano del cromosoma Y [ 61 ]. Esta hipótesis se basó en el estado
derivado de sus haplotipos de YAP + africanos 4 y 5 (haplogrupo E) con respecto
al haplotipo 3 de YAP + asiático ancestral (haplogrupo D). El descubrimiento posterior
de nuevos marcadores evidenció que D y E eran ramas hermanas del nodo YAP +. El
haplogrupo D mostró el estado derivado para M174 y el estado ancestral para M40 en
Asia, mientras que el haplogrupo E se caracterizó por el estado derivado para M40 y el
estado ancestral M174 en toda África, por lo que no se pudo asegurar el sentido
migratorio entre los continentes de ambos haplogrupos [ 76 ]. Unos pocos YAP +Se
detectaron individuos, ancestrales para ambos marcadores, en África occidental [ 77 ] y
en Tíbet [ 78 ]. Aunque asignado al para-haplogrupo DE *, su estado ancestral real no
pudo ser confirmado. Además, una nueva mutación (P143) unió a los otros dos
haplogrupos euroasiáticos C y F como hermanos y, a su vez, DE y CF se unieron a un
nodo ancestral definido por las mutaciones M168 y M294 [ 79 ]. El escenario inicial
propuesto para explicar esta complicada situación fue que ocurrieron dos migraciones
independientes fuera de África: una marcada por D y la otra marcada por el par de
linajes CF [ 80]. Sin embargo, surgió una nueva interpretación luego del descubrimiento
de más de 60,000 variantes de nucleótidos simples mediante técnicas de secuenciación
de próxima generación. La interpretación más parsimoniosa de la filogenia del
cromosoma Y construida con estas variantes es que el haplogrupo E predominante
africano surgió fuera del continente y emigró a África [ 59 ]. La DE divide como un
límite inferior (69,0 ± 14,7 KYA) y la radiación de E en África como un límite superior
(65,5 ± 8,5 kya) proporciona un marco de tiempo muy coincidente con las fechas
estimadas para las expansiones haplogrupo L3 ADNmt (Tabla ( Tabla1).1). Además, la
distribución espacial del haplogrupo D residual del cromosoma Y en Asia es un buen
indicador de la ubicación geográfica de la supuesta división DE. La mayor frecuencia y
diversidad de D se encuentran en la región del Tíbet. Aunque D también está presente
con baja incidencia en todo el sureste de Asia, otros dos centros con notable frecuencia
se encuentran en Japón y las Islas Andamán [ 78 , 81 , 82], posiblemente representando
áreas de reliquia de borde de una distribución más amplia hace mucho tiempo. No hay
linajes D nativos en la India, lo que disminuye la posibilidad de que este subcontinente
fuera el centro de la partición DE, que discute en contra de una ruta del sur. Es probable
que la divergencia de los haplogrupos de los cromosomas D y E ocurriera hasta el
Himalaya y hacia el oeste del Tíbet, que coincide con el hipotético centro de bifurcación
propuesto para el macrohaplogrupo de ADNmt L3.
Expansiones coetáneas hacia el este y el oeste de humanos modernos de Asia

Central
Las divergencias coincidentes descritas anteriormente de los linajes femenino y
masculino ocurrieron durante un período de glaciación (70 - 100 Kya), es posible que
las condiciones climáticas frías forzaran a los humanos hacia el sur y que, al enfrentarse
a los Himalayas, los humanos se dispersaran por el sudeste y el sudoeste de Asia. Es
probable que este cambio climático también llevó a los neandertales para ampliar su
gama sur y, en consecuencia, aumentar su superposición geográfica con los seres
humanos y, posiblemente, Denisovanos, outcompeting ellos en la búsqueda de recursos
(Figura (Figura 1).1 ). Esta retirada hacia el sur fue más extensa en el oeste, como lo
demuestra la ocupación total del Levante por parte de los neandertales de
aproximadamente 70 kya [ 83].] y el retorno forzado de los humanos modernos que
llevan el ADNmt L3 y los linajes basales del cromosoma E a África. Sin embargo, 20
ky después la situación cambió. Los humanos modernos avanzaron hacia el oeste desde
el interior de Asia, desplazando a los neandertales a lo largo del camino y colonizando
Asia oriental, Asia meridional y Asia central, desde donde alcanzaron el Levante
aproximadamente 50 kya [ 84 ] y Europa poco después [ 85 - 87 ]. Esta colonización
hacia el oeste de humanos modernos también se propuso sobre la base de una
perspectiva arqueológica [ 87 , 88 ]. Bajo el modelo propuesto, los humanos modernos
primitivos habrían dejado África mucho antes que el marco de tiempo propuesto por los
genetistas bajo las restricciones del reloj molecular mitocondrial [ 89]]. En un intento de
resolver esta discrepancia, se podría solucionar este período en el L3'4 o nodo
coalescencia L3'4'6 ADNmt, es decir, aproximadamente a 80 a 100 kya (Tabla (Tabla
1),1), tal que las mutaciones 769 , 1018 y 16311, que definen el linaje L3 * basal,
habrían surgido después del movimiento fuera de África. En consecuencia, la salida de
los hombres de compañía podría estar fechada en la división de la rama CDEF-M168 de
B-M181 aproximadamente 86-120 kya [ 59 , 90 ]. Sin embargo, dadas las imprecisiones
del reloj molecular, preferimos confiar en los registros fósiles y climáticos para
establecer el momento del movimiento fuera de África de los humanos modernos en el
Levante, que arroja aproximadamente 125 kya como el período más probable.
Figura 1
Origen geográfico y dispersión de haplogrupos de ADNmt L: una expansión secuencial de
haplogrupos L dentro de África y salida del precursor L3 a Eurasia. b Regreso a África y
expansión a Asia de linajes L3 basales con diferenciación posterior en ambos continentes. Los
rangos geográficos de Neandertales, Denisovans y Erectus son solo estimaciones
La filogeografía de los linajes L3 y E dentro de África

Las frecuencias medias continentales de los haplogrupos de ADN mitocondrial y NRY
en las seis regiones principales del continente africano se presentan en la
tabla Tabla2.2. El haplogrupo L3 mtDNA es más frecuente en el África subsahariana
que en el norte de África o el Sahel. En contraste, los haplogrupos de ADNmt de
Eurasia, incluidos M1 y U6, son más frecuentes en el norte de África y el Sahel que en
el África subsahariana. En general, el haplogrupo E del cromosoma Y es más frecuente
en África occidental que en el este, mientras que los haplogrupos euroasiáticos Y
muestran una tendencia opuesta. Esta distribución geográfica confirma que la historia de
África está marcada por múltiples olas migratorias euroasiáticas que trajeron a África
las primeras portadoras del haplogrupo femenino L3 * y los linajes basales del
haplogrupo masculino E *. Se ha sugerido que los pocos haplogrupos subsaharianos
presentes en el norte de África son el resultado de recientes incorporaciones históricas
[ 91].]. Los estudios de ADN antiguo en el área parecen confirmar este escenario tanto
en el noroeste [ 92 ] como en el noreste [ 93 ]. El hecho de que L3k, el único linaje
autóctono de L3 en el norte de África, tenga solo una presencia residual en el área
también apoya este escenario [ 94 ]. Bajo esta suposición, los linajes E masculinos,
actualmente presentes en el norte de África, habrían alcanzado el área como una ola
secundaria que acompañaría a los linajes femeninos de Eurasia como M1 y U6. Los
principales clados E indígenas en la región, E-M81 en el noroeste y E-M78 en el
noreste, se derivan del haplogrupo E-M35, que también incluye las ramas E-V13 y E-
V22 del Mediterráneo europeo y de Asia occidental [ 95]. En conflicto con estudios
anteriores que consideraron una implantación paleolítica de E-M81 en el Magreb
[ 96 , 97 ], un trabajo posterior sugirió que la baja diversidad de microsatélites de este
clado en el noroeste de África se explica mejor como resultado de un gen neolítico o
posneolítico Flujo de episodios del Cercano Oriente [ 98 ]. Sin embargo, el
descubrimiento posterior de una nueva rama hermana de la E-M81, llamada E-V257
[ 99 ], sin raíces del Cercano Oriente, pero presente en las costas europeas del
Mediterráneo central y occidental y en las poblaciones de Camerún y Kenia [ 99 , 100],
apoyo debilitado para la conexión levantina sugerida. Además, los precursores de E-
M81 y E-M78 son linajes muy antiguos que acumularon 23 y 16 mutaciones,
respectivamente, en sus ramas basales. Se ha informado que la E-M78 irradió en África
oriental entre 20 y 15 kya, mientras que la E-M81 no lo hizo, probablemente porque ya
estaba en el Magreb en ese momento. Este momento coincide con la edad de expansión
del haplogrupo mtDNA U6a en el área [ 101 ]. Por lo tanto, una reciente reexpansión
después de un gran cuello de botella es la mejor explicación para la baja varianza de E-
M81 en la actualidad [ 102 ]. La persistencia de un sustrato demográfico masculino aún
más viejo en esta área se evidenció mediante la detección de representantes de los
clados filogenéticos Y más profundos A0 y A1a en la región [ 103]. Existe un consenso
general al atribuir un origen de África oriental a la expansión inicial del haplogrupo E
NRY en el continente [ 100 ]. Curiosamente, se han detectado linajes E * ancestrales en
la Península Arábiga [ 104 ] y en el Levante [ 105 ]. Independientemente de su origen,
el haplogrupo E muestra frecuencias más bajas en el noreste de África y el este del
Sahel que en el oeste. El patrón opuesto se observa en las frecuencias de Y haplogrupos
euroasiáticos en las mismas áreas (Tabla (Tabla2),2 ), lo que sugiere más adelante más
fuerte flujo de genes macho Eurasian todo el lado noreste.
Tabla 2
MtDNA y Y-Chromosome significan frecuencias de haplogrupos en las principales
regiones del continente africano.
Haplogrupo NW NE W E Sahel W C Guinea S.frica

África Africa Sahel Guinea africa oriental
mt-l0 0.90 ± 2.50 ± 1.52 ± 7.56 ± 2.27 ± 4.35 ± 30.55 ± 56.5 ±

0.88 1.00 0.91 3.94 3.03 2.10 6.58 8.03
mt-l1 5.01 ± 2,72 ± 17.83 ± 3,47 ± 15.78 ± 34.85 ± 4.72 ± 2.13 ±

1.31 0,62 2.90 2,77 7.30 6.55 3.14 0.50
mt-l2 7.96 ± 6.03 ± 30,88 ± 19.07 ± 36.21 ± 22.35 ± 10.70 ± 16.15 ±

6.37 3.28 15,52 12.91 11.26 12.99 6.99 16.17
mt-l3 12.06 ± 13.93 ± 31.85 ± 27.06 ± 36.82 ± 33.10 ± 35.59 ± 23.84 ±

7.05 5.74 17.83 12.64 10.66 17.51 11.57 18.80
mt-l4 0.24 ± 1.34 ± 0 4.94 ± 0 0.20 ± 9.14 ± 0,57 ±

0.14 0.21 3.19 1.25 4.78 0,31
mt-l5 0.02 ± 0.49 ± 0 4.23 ± 0 0.10 ± 2.47 ± 0.45 ±

0.04 0.68 3.54 1.30 1.84 0.23
Haplogrupo NW NE W E Sahel W C Guinea S.frica
África Africa Sahel Guinea africa oriental
mt-l6 0.04 ± 0.08 ± 0 0.91 ± 0 0 0.27 ± 0

0.09 0.12 1.41 0.38
mtMN 73.77 ± 72.91 ± 17,92 ± 32.76 ± 8.92 ± 5.05 ± 6.56 ± 0.36 ±

10.88 7.70 5,02 4.56 3.34 3.13 4.73 0.28
YA 0.09 ± 0.68 ± 0 10.72 ± 1.18 ± 0,59 ± 7.95 ± 8.45 ±

0.15 0.95 4.73 1.85 0,42 8.54 2.90
YB 0.34 ± 0 0 8,96 ± 2.14 ± 7.23 ± 17,48 ± 10.70 ±

0.31 13,18 3.23 3.48 10,97 3.34
S.M 76.65 ± 49.64 ± 84.10 ± 51.01 ± 92.76 ± 79.16 ± 73.24 ± 69.51 ±

15.46 17.76 13.72 23.12 6.46 22.13 20.48 25.70
YF 22.92 ± 49.68 ± 15.90 ± 29.31 ± 3.92 ± 13.02 ± 1.33 ± 11.34 ±

7.35 8.00 5.36 6.08 2.87 3.44 1.21 4.12

Las frecuencias detalladas para los haplogrupos L2 y L3 del ADNmt y el haplogrupo E
del cromosoma Y, en todo el continente africano, se enumeran en el archivo
adicional 1 : Tabla S2. Hemos incluido L2 en el análisis porque es el clado hermano del
nodo compuesto de África oriental L3'4'6 que, a través de expansiones de rango
consecutivas, promovió la salida del precursor L3 fuera de África. Además, dentro de
África, varios diferenciales derivados de L2 coinciden en el tiempo con la expansión
posterior de las sucursales de L3 en el continente. Además, existe una asociación
positiva sugestiva entre las estimaciones de frecuencia media para L2 y la Y-
cromosoma haplogroup E a través de las principales regiones de África
(Tabla (Tabla2).2). De hecho, hay correlaciones positivas significativas entre la
frecuencia del haplogrupo E y tanto L3 (r = 0,400; p <0,0001) como L2 (r =
0,347; p <0,0001) de la frecuencia del haplogrupo de ADNmt en África. Se observa una
correlación aún más fuerte entre la frecuencia del haplogrupo E y la frecuencia
combinada de los dos haplogrupos L2 y L3 (r = 0,477; p <0,0001). Sin embargo, la
fuerza de la asociación varía entre las diferentes regiones consideradas, sin una
correlación significativa en el norte de África, como se puede esperar de la discusión
anterior. La correlación es apenas significativa en la región del Sahel (r = 0.246; p =
0.045), pero es altamente significativa en las regiones restantes, particularmente en el
sur de África (r = 0.615; p<0.0001). Sin embargo, estas correlaciones son sólo
ligeramente relacionado con la geografía, como se indica por los resultados AMOVA
que muestran que sólo el 4% de la varianza se explica por diferencias entre las regiones
(Tabla (Tabla 3).3 ). Parece ser que el E y expansiones L2 / L3 fueron más fuertes en el
oeste de Sahel y el oeste de Guinea, donde sustituyeron la mayoría de la ADNmt más
antigua (L0 y L1) y del cromosoma Y (A y B) linajes (tabla (Tabla 2).2 ). Aplicamos el
algoritmo de agrupamiento de k-means a nuestros datos de frecuencia L3 y E (archivo
adicional 1 : Tabla S2). La división consecutiva de las muestras en las funciones de
clústeres para minimizar la varianza dentro de los grupos, mientras que aumentar la
varianza entre ellos (Tabla(Tabla 3).3 ). En k = 5, menos del 20% de la varianza se debe
a diferencias dentro de los grupos. En este valor de k, las cinco clases obtenidas tienen
medios centroide para L3 y E que minimizan la distancia media cuadrática de las
muestras agrupadas a este centro (Tabla(Table44 y archivo adicional1: Tablas S5, S6 y
S7). La clase I, caracterizada por frecuencias relativamente bajas para los haplogrupos
L3 y E, abarca la mayoría de los grupos de habla khoesana de Sudáfrica, Namibia y
Angola y Hadza de Tanzania, así como varios grupos pigmeos de Camerún, Gabón,
CAR y Congo, como los Baka y los Babinga. Además de tener diferentes ubicaciones
geográficas, estos grupos se diferencian por las frecuencias de otros haplogrupos. Por lo
tanto, las muestras de los grupos que hablan Khoesan albergan altas frecuencias de
haplogrupos de ADNmt L0d y L0k y linajes del cromosoma A Y, mientras que los
pigmeos de África Central se caracterizan por las frecuencias más altas de los linajes
ADNmt L1c y cromosoma Y B-M60. Hadza comparte con grupos pigmeos altos
porcentajes de cromosomas B-M60 y la mayor frecuencia de haplogrupo L4 de ADNmt
en todo el continente africano. Otros grupos que pertenecen a esta clase son la mayoría
de los nilotes de Sudán y Uganda, caracterizados por sus altas frecuencias de
haplogrupo de ADNmt L2a1, y muestras de varios grupos de habla afroasiática de
Egipto y Sudán que también muestran altos niveles de linajes L2a1 y tienen muchos
representantes del ADNmt L0a1 y del cromosoma Y. El resto de las muestras de los
grupos de habla khoesan se clasifican en la Clase II, con una baja frecuencia de L3 y
una frecuencia intermedia de E (Tabla y muestras de varios grupos de habla afroasiática
de Egipto y Sudán que también muestran altos niveles de linajes L2a1 y tienen muchos
representantes de ADNmt L0a1 y cromosoma Y. El resto de las muestras de los grupos
de habla khoesan se clasifican en la Clase II, con una baja frecuencia de L3 y una
frecuencia intermedia de E (Tabla y muestras de varios grupos de habla afroasiática de
Egipto y Sudán que también muestran altos niveles de linajes L2a1 y tienen muchos
representantes de ADNmt L0a1 y cromosoma Y. El resto de las muestras de los grupos
de habla khoesan se clasifican en la Clase II, con una baja frecuencia de L3 y una
frecuencia intermedia de E (Tabla(Table4),4 ), sugiriendo el flujo de genes-macho
sesgado desde el oeste de los subsaharianos. Esta clase también contiene los pigmeos de
África central restantes, incluidos Sanga, Mbenzele, Biaka y Mbuti, que albergan altas
frecuencias de los linajes Y B-M60 y L1c. Esta clase incluye principalmente muestras
del noreste de África y etíopes de individuos que hablan idiomas afroasiáticos; algunos
grupos de habla nilo-sahariana, como los fur de Sudán, los anuak de Etiopía y los masai
de Kenia; y hablantes bantúes como el Shona de Zimbabwe y Botswana y el Tswana de
Botswana y Sudáfrica. Sin embargo, la mayoría de los grupos de habla afroasiáticas
africanos noroeste caen en la clase III, definido por las bajas frecuencias de L3 y altas
frecuencias de E (Tabla(Table4).4). Una baja frecuencia general del ADNmt haplogrupo
L2 también es una característica de esta clase. La mayoría de las muestras bereberes y
tuareg pertenecen a esta clase, incluidos los Gossi, Tamashek y Douentza de Mali y el
Gorom de Burkina Faso. Curiosamente, el Sandawe que habla con un clic y el Datog
que habla Nilo-Sahariano de Tanzania también pertenecen a la Clase III. En el lado
materno, estas muestras tanzanas se caracterizan por frecuencias relativamente altas de
los haplogrupos L0a y L4. Sin embargo, los componentes más abundantes de esta clase
son las muestras de los hablantes de Níger-Congo, incluida la mayoría de las muestras
senegalesas, así como los hablantes de bantú específicos del sur de África, como el zulú
y el xhosa. Curiosamente, Xeg Khoesan y Khwe, que hacen clic, pertenecen a este
grupo, lo que indica un flujo genético sustancial de inmigrantes de habla
bantú.106 ]. Otra clase dominada por hablantes de Níger-Congo es la Clase IV, la clase
más grande. Incluye muestras que poseen frecuencias intermedias de L3 y altas
frecuencias de E (Tabla (Table4).4 ). Linia y Kanembou de Chad, Rimaibe de Burkina-
Faso, Songhai de Nigeria y Masalit de Sudán son los únicos hablantes nilo-saharianos
en esta clase. Todos los países de África occidental están representados por diferentes
grupos que hablan Níger-Congo, incluidos los pigmeos Bateke del Congo. También hay
casos de representantes bantúes del este o sur de África. Por último, la clase V incluye
aquellas muestras que presentan altas frecuencias tanto para el L3 y E haplogrupos
(Tabla (Table4).4). Nuevamente, los hablantes de Níger-Congo conforman la mayoría
de esta clase, aunque se incluyen nilo-saharianos de países occidentales como Menaka
de Mali, Diffa de Níger y Kanuri de Nigeria y los de países del este como Bongor de
Chad y Luo de Kenia en esta clase. Los dos países mejor representados son el África
subsahariana occidental, Nigeria y Camerún, que proporcionó la mayoría de las
muestras de personas que hablan Níger-Congo. Sin embargo, hay oradores específicos
de bantú de Kenia y África del sur en esta clase. Este grupo incluye a los oradores de
clic Damara de Namibia y Sudáfrica, que genéticamente han sido asociados con grupos
de habla bantú en lugar de otros grupos de habla khoesan [ 107 ].
Tabla 3
AMOVA y k-mean clustering results
Estadística Varianza% dentro de las poblaciones entre regiones
AMOVA 96.00 4.00
agrupación k-2 43.57 56,43

Estadística Varianza% dentro de las poblaciones entre regiones
agrupación k-3 29.68 70.32
Tabla 4
Valores de frecuencia para k-medias centroides en 1 a 5 clases
Clase valores L3 / E mt-l3 S.M
1 bajo bajo 16.9 25.9
2 medio bajo 17.6 57.4
3 bajo / alto 17.2 86.6
4 altura media 36.2 92.9

Clase valores L3 / E mt-l3 S.M
5 alta alta 55.0 87.2
Los resultados anteriores muestran que la correlación positiva encontrada entre los
linajes del haplogrupo E del cromosoma Y y del haplogrupo L3 (y L2) del ADNmt no
está fuertemente asociada con la geografía ni con el lenguaje. Se explica mejor como
resultado de una sustitución gradual de los linajes más basales de ADNmt (L0, L1, L5)
y del cromosoma Y (A, B) por los clados filogenéticamente más jóvenes L2 / L3 y E,
respectivamente, en toda África. Los datos también sugieren una importante dispersión
sesgada por sexo entre las poblaciones. Estos evidentes reemplazos genéticos en África
se han atribuido principalmente a las recientes expansiones geográficas de las
poblaciones de pastores y agricultores de África oriental y occidental a expensas de los
habitantes de la selva tropical de África central cazadores-recolectores [ 108 - 110], las
áreas boscosas del este de África alrededor de los Grandes Lagos [ 111 - 114 ] y los
espacios abiertos semidesérticos de Sudáfrica [ 115 - 118 ]. Bajo nuestra hipótesis de un
regreso temprano a África desde Eurasia de ADNmt L3 basal y los linajes del
cromosoma E Y y su expansión de aproximadamente 70 kya, al este y posteriormente a
África occidental, estos reemplazos de linaje deben haber comenzado muy
temprano. Parece que en esta primera expansión, el ADNmt haplogrupo L2 se incorporó
por asimilación femenina, mientras que sus hipotéticos homólogos del haplogrupo B del
cromosoma Y fueron superados por los cromosomas E entrantes. Una antigua
expansión de una fuente de África central en África oriental a 70-50 kya se ha asociado
con el haplogrupo L2 [ 119]. De manera similar, hace mucho tiempo se detectó una
expansión temprana en África de 60-80 kya con L3 y posiblemente L2 [ 120 ]. Esta
última expansión fue considerada el evento crucial en la salida de los humanos
modernos de África a Eurasia. Sin embargo, nuestra propuesta es que marcó un
retroceso desde Eurasia y la posterior expansión a África.
Además, nuestra hipótesis de un retorno temprano y posterior expansión dentro de
África de los portadores de haplogrupos L3 y E podría ayudar a explicar, la introgresión
neandertal detectada en el Yoruba de África occidental [ 121 , 122 ] y en el norte de
África tunecina Berbers [ 122 ].
Un nuevo modelo de ADNmt del origen y dispersión del Homo sapiens.

A nivel de mtDNA, los datos acumulados durante los últimos treinta años, incluidos los
aportados por estudios de ADN antiguo, nos permiten proponer un modelo más
detallado del origen y la propagación mundial de los humanos modernos que los
propuestos hace tres décadas. Hay tres series de fósiles en el noroeste, noreste y sur de
África que recapitulan cronológicamente y morfológicamente la evolución de Homo
sapiens de los humanos arcaicos primitivos de aproximadamente 600 kya a los humanos
modernos tempranos en 200 kya [ 123 ]. Esta estructura geográfica ancestral es
compatible con los valores de diversidad más altos observados en las poblaciones
africanas en comparación con las poblaciones de países fuera de África [ 124]]. La
reciente datación de las herramientas de la Edad de la Piedra Media (315 ± 34 kya) y de
los fósiles humanos modernos (286 ± 32 kya) de Jebel Irhoud en Marruecos sitúa el
surgimiento de nuestra especie y de la Edad de la Piedra Media, cercanas entre sí en el
tiempo. y mucho antes de la edad de aproximadamente 200 kya sugerida previamente
para el origen común de todos los seres humanos en África oriental [ 125 ]. Estos datos
coinciden en el tiempo con la existencia de un antiguo linaje del cromosoma Y (A00)
detectado en muestras de ascendencia africana centro-occidental y con fecha de 338 kya
(95% CI: 237-581 kya). Esta edad es mucho mayor que las estimaciones comunes
basadas en los TMRCAs del cromosoma Y y el mtDNA [ 126]. El hecho de que los
siguientes linajes más divergentes del cromosoma Y (A0, A1a) también tengan una
ubicación en el centro-oeste de África, apoya firmemente a esta región como el origen
de una población humana ancestral de la que emergieron los ancestros de los humanos
modernos primitivos [ 90 , 103 ]. Las divisiones y expansiones más antiguas de los
linajes de ADNmt también se encuentran en el origen hipotético de todos los linajes
maternos existentes alrededor de esta área. Aunque el primer clado L0 divergió
aproximadamente 145 kya (archivo adicional 1: Tabla S3) y tuvo sus primeras
expansiones en el sur de África (L0d, L0k), las divisiones posteriores dieron lugar a L1
y L5 de aproximadamente 131 kya y 123 kya, respectivamente, extendiéndose a África
occidental y oriental respectivamente. Estas dispersiones africanos de largo alcance
colocan el origen putativo de L en algún lugar en el África Central (Figura (Figura
1a).1a ). Otros autores han utilizado el mismo argumento del "centro de gravedad" para
sugerir un origen centroafricano [ 127 ]. Mientras que las poblaciones ancestrales del
sur de África que hablan Khoesan mantienen altas frecuencias de linajes primarios L0d
yk [ 94 , 106 , 128 , 129] y mientras que el haplogrupo L1c es dominante en las
poblaciones de cazadores-recolectores de África central-occidental [ 108 , 109 ], L5 en
África oriental tiene hoy solo una presencia marginal [ 114 , 130 ]. Esta presencia
marginal es probable debido a su desplazamiento después de las ondas entrantes de los
recién llegados mejor adaptados. La presencia de L5 en el sur de África y en los
pigmeos de Mbuti oriental [ 70 , 109 , 118 , 128 ] es el resultado de migraciones
posteriores. Es probable que la próxima split, aproximadamente 100 kya, también
ocurrió en África central, lo que resulta en racimos hermanas L2 y L3'4'6 que
produjeron expansiones hacia el oeste y hacia el este iniciales, respectivamente
(Fig.(Fig.1a).1a ). Aunque los linajes L2 más antiguos se han muestreado en África
occidental [131], hoy, como resultado de sucesivas expansiones dentro del continente,
este clado tiene un rango panafricano [119]. En África oriental, el grupo L3'4'6 fue el
progenitor de toda la diversidad materna de Eurasia. Su primer linaje fue el haplogrupo
L6, que actualmente es un raro linaje oriental con una profunda era fundadora
(alrededor de 100 kya) pero una expansión bastante reciente (alrededor de 25 kya). Se
ha encontrado en frecuencias inferiores al 1% en egipcios [132], somalíes [133],
kenianos [134] y nilotes orientales de Uganda [114].]. Una mayor frecuencia se observa
en Etiopía (3,15 ± 1,15%) y la frecuencia máxima (15,8%) se observa en Ongota, un
aislado lingüístico extintor de adscripción incierta [ 130 ]. Fuera de África, L6 no se ha
detectado en el Levante [ 135 ]. Está presente en la Península Arábiga a frecuencias por
debajo del 1% en muestras sauditas y tan alto como 12% en algunas muestras yemeníes
[ 136 ]. Basado en la filogenia L6 (archivo adicional 2: Figura S1), parece que no todos
los linajes yemeníes son un subconjunto de los linajes del este de África, ya que hay al
menos uno para el cual su nodo común coincide con la expansión de todo el
haplogrupo. Sobre la base de su filogeografía peculiar, se ha sugerido la posibilidad de
que L6 se originara a partir de la misma migración del sur de África que colonizó
Eurasia [ 136 ]. Si este fuera el caso, esta temprana expansión de L6 proporcionaría
apoyo genético a la presencia reportada de humanos modernos en la Península Arábiga,
aproximadamente 125 kya según la evidencia arqueológica [ 12 - 14 ]. Esta sugerencia
también recibe apoyo climático ya que este período coincide con las condiciones
ambientales húmedas en Arabia [ 137]]. Sin embargo, parece que esta expansión
humana potencial no se extendió más allá de la península, ya que los linajes derivados
de L6 aún no se han detectado en Eurasia. Es probable que el regreso a las condiciones
áridas causara el declive de las poblaciones que portaban el linaje L6 que tuvieron que
retirarse a zonas de refugio como las tierras altas de Yemen y Etiopía hasta que las
condiciones más favorables permitieron su posterior recuperación en África oriental y
Yemen. El largo vástago mutacional que precede a la expansión de L6 (archivo
adicional 2 : Figura S1), es consistente con un cuello de botella tan fuerte a largo
plazo. La bifurcación posterior del linaje produjo los ancestros de los haplogrupos L3 y
L4 (archivo adicional 2: Figura S1). Actualmente, las frecuencias más altas y
diversidades de L4 se encuentran en África del este, pero el haplogrupo se ha extendido
por todo el continente (Tabla (Tabla 3).3 ). Además, se ha detectado en frecuencias
inferiores al 1% en el Levante [ 138 ] y en la Península Arábiga [ 74 , 139 ]. Algunas
poblaciones muestran frecuencias sobresalientes de L4 probablemente debido a los
efectos de la deriva. En África occidental, los hablantes de Samoya (28,6%) y Kassena
(21,2%) de la familia lingüística Gur muestran altas frecuencias L4 [ 72 ]. En Etiopía,
las muestras de Hamer de habla omótica (18.2%), Daasanach de habla cusítica (22.2%)
y Gumuz de habla nilótica (24.0%) y Nyangatom (21.6%) también muestran frecuencias
altas [130 , 140 ]. Hadzá (58%) y Sandawe (43%) son los que muestran las frecuencias
más altas de L4 en África [ 111 - 113 ]. Este último hallazgo, junto con las elevadas
frecuencias del haplogrupo B-M112 del cromosoma Y entre Hadza (50%) y Sandawe
(15%) [ 141 ], sugiere que las expansiones humanas desde el Norte fueron las que más
influyeron en la reserva genética de estos grupos. Teniendo en cuenta la edad de
bifurcación de L3 (alrededor de 95 kya), estas expansiones de L4 podrían haber
ocurrido antes de nuestro regreso propuesto de linajes de L3 basales a África. Sin
embargo, como las principales expansiones de sus grupos descendientes L4a (54.8 kya)
y L4b (48.9 kya) [ 94 , 139] ocurrió aproximadamente en la misma ventana de tiempo
que las de la mayoría de las sucursales L3 y L2 en África, la explicación más probable
es que las condiciones climáticas mejoradas después de 60 kya motivaron el crecimiento
demográfico en el continente africano. Observó que la evidencia de una primera
expansión de L3 en África Oriental [ 89 ] también respalda el escenario de fuera de
África que un flujo de Eurasia como se propone aquí. Nos situamos hipotéticamente el
nodo L3'4 en África noreste o el Cercano Oriente (Fig. (Figura 1a)1a) para permitir una
expansión fuera de África del clado pre-L3. El antecesor CDEF del cromosoma Y debe
ser el equivalente masculino de este clado. Otros linajes femeninos y masculinos
podrían haberse movido con ellos; de ser así, se supone que se extinguieron sin
contribuir al acervo genético materno o paterno de las poblaciones humanas vivas de
Eurasia.
Bajo el escenario propuesto aquí, los primeros humanos anatómicamente modernos
viajaron fuera de África aproximadamente 125 kya con una tecnología simple de la
Edad Media de la Piedra que no era superior a la fabricada por los
neandertales. Favorecidos por las condiciones climáticas moderadas, estos pioneros
africanos progresaron a través de Asia occidental y siguieron más allá del límite sur de
Asia Central, posiblemente superponiéndose en ruta al rango geográfico sur ocupado
por los homínidos ahora extintos. Además, como los neandertales y los humanos
modernos tempranos se asocian con las mismas industrias líticas en el Levante, parece
plausible que una nueva visión del fósil paleolítico temprano y medio y los registros
arqueológicos de esas regiones [ 87 , 142 , 143] podría descubrir el camino seguido por
aquellos primeros colonizadores africanos. En condiciones favorables para ambos
grupos de homínidos, podríamos predecir un intercambio limitado de habilidades,
tecnología lítica y sexo. Sin embargo, cuando los ambientes glaciales se volvieron
dominantes después de 75 kya, los neandertales se retiraron hacia el sur, posiblemente
desplazando a los humanos a medida que avanzaban. Enfrentados a las estribaciones del
norte de los Himalayas, los humanos avanzaron en dos direcciones: hacia el oeste, y
eventualmente regresaron a África; y hacia el este, hasta alcanzar el sureste de Asia a
través de China (Fig. (figura 1b).1b ). La segunda parte de este modelo se ha descrito en
los artículos anteriores [ 53 - 55 ].
Ir:
Tabla s1. Completa mtDNA macrohaplogroup L secuencias. Tabla S2. Frecuencias de
los haplogrupos de ADNmt L2 y L3 y de los linajes haplogrupo E del cromosoma Y en
África. Tabla S3. La coalescencia envejece en mil años (kya) con intervalos de
coeficiente (IC) del 95%, o desviaciones estándar, para los principales haplogrupos
africanos de ADN mitocondrial. Tabla S4. La coalescencia envejece en mil años (kya)
con intervalos de coeficiente (IC) del 95%, o desviaciones estándar, para el ancestro
común más reciente del cromosoma Y (MRCA), el evento de fuera de África y las
fracturas del haplogrupo DE y E. Tabla S5. Población agrupada en cinco clases. Tabla
S6. k-significa resultados en grupos utilizando poblaciones africanas caracterizadas por
ADNmt L3 y frecuencias de haplogrupo del cromosoma Y E. Tabla S7. k-significa
resultados en grupos utilizando poblaciones africanas caracterizadas por ADNmt L2 y
L3 y frecuencias de haplogrupo del cromosoma E E. (XLSX 403 kb)
Figura S1 . El árbol filogenético de mtDNA macrohaplogrupo L completa las
secuencias africanas producidas en este estudio. (XLSX 71 kb)
Ir:
Agradecemos a la Dra. Ana M. González por su contribución experimental y brillantes
ideas aportadas a este trabajo. Esta investigación fue apoyada por Grant n ° CGL2010-
16195 del Ministerio de Ciencia e Innovación español a JML.
Ir:
Disponibilidad de datos y materiales.

El conjunto de secuencias que respalda los resultados de este artículo está disponible en
el repositorio de GenBank (MF621062 a MF621130), archivo adicional 1 : tabla S1 y
archivo adicional 2: figura S1. Las referencias para las frecuencias de haplogrupos
utilizadas en este estudio se enumeran en el archivo adicional 1: Tabla S2. Todos los
resultados obtenidos de nuestro análisis estadístico se presentan en tablas y figuras de
este artículo y en los archivos adicionales.
Ir:
VMC concibió y diseñó el estudio, analizó los datos y escribió el manuscrito. El PM
editó y envió secuencias de ADNmt, diseñó figuras y contribuyó al análisis de datos,
confirmando de forma independiente los resultados del análisis. KKAA llevó a cabo la
secuenciación de las muestras de África árabe y oriental y realizó correcciones en el
manuscrito. JML llevó a cabo la secuenciación de las muestras de las Islas Canarias y
África occidental, y contribuyó a la recopilación de datos publicados y su
análisis. Todos los autores leyeron y aprobaron el manuscrito final.
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Notas
Ir:

VMC es en realidad retirado.
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formal y fue aprobado por el Comité Ético del Colegio de Medicina de la Universidad
Humana de la Universidad de La Laguna (propuesta NR157).
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Nota del editor

Springer Nature se mantiene neutral respecto a las reclamaciones jurisdiccionales en
mapas publicados y afiliaciones institucionales.
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Notas al pie
Material suplementario electronico.
La versión en línea de este artículo (10.1186 / s12862-018-1211-4) contiene material

complementario, que está disponible para usuarios autorizados.
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El Imperio Romano y La India en Epoca D

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PLoS Uno . 2015; 10 (6): e0129839.

Publicado en línea el 8 de junio de 2015. doi: [ 10.1371 / journal.pone.0129839 ]

Los portadores de linajes de macrohaplogrupo N de ADN

Francesc Calafell, editor académico.

Información del autor Notas del artículo Información de derechos de autor y de

Este artículo ha sido citado por otros artículos en PMC.

Recopilación de datos previamente publicados

L3 70.8 67.3 71.6 h(57.1– 78.3 c(62.4– 94.3 d± 3 África

METRO 48.4 49.6 3 Asia

norte 60.2 58.9 65.1 b(52.8– 5 Eurasia

R 54.5 56.5 54.5 g ± 2.0 2 Eurasia

N1 51.9 51.6 54.2 h(41.3- 3 Eurasia

N2 48.3 44.5 50.9 b(30.5– 5 Eurasia del

N3 11.9 15.4 a ± 11.9 f(4.0– 17 Eurasia

N5 35.7 36.7 7 Eurasia del

N8 20.4 12 sur de China

N9 37.9 45.7 49.1 h(34.2– 1 este de Asia

N10 66.4 50.4 63.4 e(53.1– 4 Sudeste de

N11 75.9 56.3 1 Filipinas,

O / N12 43.0 52.1 3 Australia

N13 29.3 13 Australia

N21 17.5 22.4 7 Indonesia,

N22 17.0 25.2 7 El sudeste de

UNA 27.6 24.2 29.2 h(19.1– 33.7 c(22.4– 8 Asia Central

S 46.8 53.5 1 Australia

X 31.9 31.7 33.8 b(22.5– 7 Eurasia

Abrir en una ventana separada

El papel de la península arábiga

El papel del sur de Asia en la propagación de macrohaplogrupo N

Llegada anticipada a Australia

Haplogrupo Centro geográfico Coordenadas Edad observada Edad esperada

L3 Khor Angar 12 ° 23´N-43 ° 70.8 (52.7–88.1) 70.8 (52.7–88.1)

N1a3a Damqawt (Yemen) 16 ° 34´N-52 ° 11.9 (9.2–14.6) 68.2 (56.1–80.0)

N3 Kerman (Irán) 30 ° 00´N-58 ° 11.9 (4.0–20.3) 66.7 (54.7–78.7)

N5 Nagpur (India) 21 ° 08´N-79 ° 35.7 (19.8–51.5) 60.9 (48.9–72.1)

N7 Phnom Penh 11 ° 00´N-104 ° 36.4 (22.5–50.9) 54.1 (42.9–65.3)

N8 DaNang (Vietnam) 16 ° 00´N-108 ° 20.4 (9.8–31.6) 53.0 (42.5–63.5)

N22 Kuching (Malasia) 01 ° 34´N-110 ° 17.0 (8.8–25.5) 52.4 (40.3–64.4)

N21 Samarinda 01 ° 31´S-118 ° 17.5 (8.7–26.6) 50.2 (39.5–60.3)

S Darwin (Australia) 12 ° 28´S-130 ° 46.8 (37.0–56.9) 46.8 (37.0–56.9)

Haplogrupo Centro geográfico Coordenadas Edad observada Edad esperada

L3 Khor Angar (Djibouti) 12 ° 23´N-43 ° 70.8 (52.7–88.1) 70.8 (52.7–88.1)

X Krasnovodsk 40 ° 10´N-53 ° 31.9 (20.7–45.6) 66.6 (57.8–75.7)

N1 Samarkanda 39 ° 37´N-66 ° 51.9 (37.1–68.3) 64.4 (54.6–74.1)

N2 Almaty (Kazajistán) 43 ° 13´N-76 ° 48.3 (31.5–69.2) 61.6 (71.8–50.8)

UNA Urumchi (China) 43 ° 49´N-87 ° 27.6 (19.3–38.3) 58.9 (50.0–67.8)

N11 Kunming (China) 24 ° 53´N-102 ° 75.9 (48.4–104.9) 54.5 (44.7–64.2)

N10 HoChíMinh (Vietnam) 10 ° 49´N-106 ° 66.4 (39.2–93.4) 53.4 (42.3–64.4)

N9 Taiyuan (China) 37 ° 52´N-112 ° 37.9 (27.5–48.7) 51.8 (41.2–62.3)

S Darwin (Australia) 12 ° 28´S-130 ° 46.8 (37.0–56.9) 46.8 (37.0–56.9)

La vista desde otros marcadores genéticos.

Fuera de África a través del Levante

Hasta el Cáucaso y más allá

Las radiaciones secundarias.

BMC Evol Biol . 2016; 16: 246.

Los portadores del macrohaplogrupo M de ADN mitocondrial

Información del autor Notas del artículo Información de derechos de autor y de

Este artículo ha sido citado por otros artículos en PMC.

Recopilación de datos previamente publicados

Análisis filogeográfico global

Subdivisión geográfica de la India y asignación de haplogrupo regional.

Haplogrupo M en Eurasia occidental con énfasis en Arabia Saudita

Sobre el origen del haplogrupo M1 norteafricano.