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Proteins
Joshua Wand and Kim A. Sharp
El reconocimiento molecular por proteínas es fundamental para las bases moleculares de la biología. La
disección del paisaje termodinámico que gobierna las interacciones proteína-ligando ha demostrado ser difícil
porque la determinación de varias contribuciones entrópicas es bastante desafiante. Las mediciones de la
resonancia magnética nuclear, la teoría y las simulaciones sugieren que se puede acceder a la entropía
conformacional a través de un proxy dinámico.
Aquí, repasamos la relación entre las medidas del movimiento rápido de la cadena lateral y la entropía
conformacional subyacente. El proxy dinámico revela que la contribución de la entropía conformacional
puede variar de altamente favorable a altamente desfavorable y demuestra el potencial de esta variable
termodinámica clave para modular las interacciones proteína-ligando.
Los modelos estructurales detallados de resolución atómica proporcionan una gran comprensión de los
orígenes de la entalpía de unión. Mucho menos ciertas son las diversas contribuciones a la entropía total
vinculante. En principio, varios tipos de entropía son potencialmente importantes (ver el lado derecho de la
Ecuación 1). Históricamente, la entropía ha entrado con mayor frecuencia en la discusión en términos de los
cambios en la entropía del agua solvente (Ssolvente) y enmarcada en términos del llamado efecto hidrofóbico
(3, 14, 32, 98).
Ssolvent ha sido, con cierto éxito, relacionado empíricamente con los cambios en el área
superficial accesible (ASA) de la proteína y el ligando después de la complejación (32).
Cambios en la entropía conformacional (Sconf) y la entropía rotacional-traduccional (Sr-t)
de las especies que interactúan ha recibido mucha menos atención, presumiblemente
porque han resistido la medición experimental. Sother se refiere a otros procesos, como la
unión o liberación de protones, que pueden contribuir a la entropía de unión total (50).
El objetivo es medir estas contribuciones a la unión de ligandos por moléculas de proteína. Resulta que un
enfoque indirecto que utiliza un proxy dinámico obtenido por métodos de relajación NMR ha demostrado ser
bastante exitoso ...
La espectroscopía de NMR de la solución ha surgido como un medio poderoso para la medición del
movimiento interno resuelta en el sitio en moléculas de proteínas en un rango impresionante de escalas de
tiempo en proteínas de tamaño y complejidad significativos (88). La espectroscopía de RMN tiene una gran
cantidad de capacidades para caracterizar los fenómenos dependientes del tiempo y puede acceder a los
regímenes de tiempo desde los picosegundos hasta los días (8, 90). Como se ve a continuación, se anticipa
que el movimiento en la escala de tiempo rápida será rico en la conformación subyacente
entropía, y nos enfocamos en las características de la solución de relajación NMR que muestra este régimen
de tiempo. Aquí, en última instancia, estamos más enfocados en aquellos movimientos que expresan grandes
contribuciones a la entropía conformacional de proteínas (es decir, movimientos que muestrean ampliamente
los muchos estados disponibles para el estado nativo plegado de la molécula de proteína).
Desde hace mucho tiempo se ha reconocido a partir de simulaciones tempranas que las oscilaciones
torsionales en modo suave extremadamente rápidas de las cadenas laterales de aminoácidos contienen
entropía significativa y que la entropía vibratoria variará poco a medida que las proteínas se mueven de estado
a estado (41). Los fenómenos de relajación de RMN clásica sondearán la interconversión de estos estados en
la escala de tiempo del picosegundo-nanosegundo.
ENTROPÍA CONFORMACIONAL Para evitar las diversas limitaciones del enfoque del
inventario del oscilador, nos embarcamos en una estrategia que calibraría empíricamente
la relación entre los cambios en el movimiento interno de las cadenas laterales portadoras
de metilo y el cambio correspondiente en la entropía conformacional de la cadena lateral
total. Aquí, la vista cambia. Ahora buscamos usar el grupo metilo como reportero no solo
de su propio trastorno sino también como respuesta al desorden de su entorno.
Los factores de ponderación (a y b) sirven para proyectar los cambios medidos en el movimiento de los
reporteros del grupo metilo a través de toda la proteína y el ligando.
En su formulación original (74), los factores de ponderación eran simplemente el número de residuos de
aminoácidos [el ligando era un péptido; los ligandos no péptidos pueden requerir un análisis más detallado
(ver 13, por ejemplo)], pero posteriormente se ha demostrado que es insuficiente (42, 108), como se describe
a continuación.
Parece que persiste una relación lineal entre los cambios en el parámetro de orden L-S y la entropía para los
parámetros de orden entre 0.1 y 0.9 (34). El factor de escala sd es lo que deseamos. En efecto, las objeciones
que podrían hacerse contra el enfoque del inventario del oscilador se incluyen en este parámetro empírico
Para obtener una idea de esta aparente discrepancia, recurrimos a las simulaciones MD. Las simulaciones MD
han mejorado mucho en la última década en su capacidad para recapitular los valores del eje O2 de la orden
experimental, y las simulaciones de múltiples nanosegundos son ahora suficientemente precisas para
proporcionar una guía útil (por ejemplo, 5, 15, 25, 42, 48, 49, 57-59, 87). Utilizando un conjunto de proteínas
con un rango de propiedades dinámicas, examinamos algunas de las suposiciones básicas del enfoque del
medidor de entropía descrito anteriormente (42, 95).
Quizás la premisa más sólida del metro de entropía es la necesidad de un vínculo cuantitativo entre el
promedio móvil del eje de simetría del grupo metilo y la entropía conformacional subyacente. Para examinar
esta cuestión, se calcularon las distribuciones de poblaciones de rotámeros de todos los aminoácidos que
contienen metilo a partir de las trayectorias MD de cada proteína (42).
Se observó una excelente correlación lineal entre la entropía rotámera (Sb) de cada aminoácido que contiene
metilo normalizado por el número de ángulos de torsión de la cadena lateral (Nχ) en ese residuo y los
parámetros de orden de la cadena lateral de metilo correspondientes calculados a partir de las simulaciones
MD
(Figura 2). La normalización local por el número de ángulos de torsión (modos suaves) ha sido recomendada
por simulaciones anteriores (57, 58).
Es importante destacar que resulta que esta linealidad se extiende globalmente cuando el acoplamiento entre
cadenas laterales es débil (95). Además, como era de esperar, las distribuciones de las diferentes proteínas se
superponen una a la otra, lo que sugiere fuertemente que la escala empírica del movimiento a la
correspondiente entropía debe ser universal.
La segunda suposición crítica en la construcción del medidor de entropía es que el movimiento del grupo
metilo está lo suficientemente acoplado a su entorno para informar fielmente sobre el desorden local.
(74) Esta cuestión central se exploró comparando la entropía del rotámero de las distribuciones de
probabilidad para todos los ángulos de torsión de la cadena lateral con el proxy dinámico (es decir, el
movimiento del grupo metilo).
Se encontró una excelente correlación lineal que indica que los movimientos de metilo
(desorden) realmente informan cuantitativamente sobre el desorden de las cadenas
laterales de aminoácidos circundantes (Figura 3). El último factor es la medida en que los
movimientos de las cadenas laterales individuales están acoplados y en qué medida este
acoplamiento reduce la entropía conformacional interna total.
La ecuación 6 está escrita para la situación de tener un ligando con modos de torsión suaves y sería
modificado para una molécula rígida. Violaciones de las pocas suposiciones usadas para construir la
calibración
Es importante apreciar que los efectos del movimiento correlacionado señalados anteriormente en el contexto
de las simulaciones de MD son inherentemente atendidos por la calibración experimental de sd. También es
notable que, en este tratamiento, hemos ignorado la contribución a la entropía vinculante de la columna
vertebral de la proteína.