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Plasmídios, incompatibilidade, transferência lateral de gens. Conjugação.
Descrição geral de plasmídios:
Geralmente DNA circulares, feixe duplo, em forma de círculo fechado na célula,
contendo uma origem de replicação. Forma supertorcida é a principal vista em gel de
agarose (e uma minoria de "círculo aberto").
Também existem alguns plasmídios lineares (ex, ë e
).
Maioria das bactérias contem plasmídios. Algumas diferenças entre plasmídios de gram
positivas e gram negativas.
Tamanho de plasmídio: pode ser bem pequeno, da ordem de 2kb ou bem grande da
ordem de 200kb.
Número de cópias de um determinado plasmídio pode ser pequena (1 cópia por célula),
ou grande (100 cópias por célula), mas cada plasmídio mantem seu número
característico de cópias.
Pode ter mais de um tipo de plasmídio diferente dentro da mesma célula.
Tipo de informação contida nos plasmídios. Geralmente informações não essenciais,
mas podendo dar vantagem ecológica.
Plasmídios encontrados até em organismos eucarióticos tais como leveduras, onde o
plasmídio denominado de 2u é bem estudado.
Espectro de hospedeiras:
Alguns plasmídios são de espectro de hospedeiro estreito, presentes em só uma ou
poucas espécies. Outros são denominados de promíscuos, se replicando em muitas
espécies.
Os de gram negativas geralmente não se replicam em muitas espécies, mas tem
exceções importantes. RK2 e outros da familia P se replicam em muitas espécies gram
negativas.
Plasmídios de gram positivas geralmente se replicando em várias gram positivas.
Replicação e sua regulação em gram negativas:
Geralmente origem de replicação (centenas de bp), e elementos controladores, em 3kb
ou menos. Inclui sítios de reconhecimento para proteinas envolvidas na iniciação.
A maioria dos plasmídios tem tambem gen rep, plasmidial, necessário para o início da
replicação. Esta proteina Rep pode normalmente atuar em trans.
Para a maioria dos plasmídios de gram negativas, a replicação pode ser uni ou
bidirecional, mas em forma da letra teta, ou seja, sem desfazer o círculo. Alguns poucos
plasmídios se replicando por círculo rolante.
Diferente de gram positivas, onde a maioria se replica por círculo rolante.
Geralmente uma única origem de replicação, mas às vezes tem mais. Plasmídio R6K
tem 3 origens de replicação.
Gram negativas e regulação da replicação: feedback negativo responsável pela
manutenção do plasmídio em certo numero de cópias.
Controle do número de cópias deve ter ajuste fino para equilibrar pequenas flutuações
no número de plasmídios ou conseguir replicar bastante no caso de entrada numa nova
célula após transformação por exemplo.
Dois modos básicos de regulação estudados em gram negativas: Regulação por RNA
(transcrito antisenso), fazendo uma regulação negativa num ponto chave da replicação.
Outro modo: plasmídios com iterons, série de repetições diretas na origem de
replicação, necessárias para início e regulação.
Plasmídios regulados por RNAs: mais estudados é ColE1.
ColE1 pequeno RNA, RNAI controla funcionamento do iniciador de RNA, RNAII que
é necessário para a iniciação.
ColE1 não tem proteina Rep de iniciação de replicação.
ColE1 usa DNA polI para síntese inicial de feixe lider (lembrar que a replicação geral
do DNA é feita pela DNApolIII).
Hibridização do RNAII com o DNA depende da formação de estrutura secundária na
parte 5', que permite a formação de uma região secundária na parte 3'. Esta estrutura
secundária na parte 3' é reconhecida por RNase H que faz um corte no ponto onde vai
ser a origem. Aí a DNA polI começa a sintetisar.
Controle negativo feito por pequeno RNAI, de 108bp. Ele se pareia ao RNAII,
impedindo a formação de híbrido RNAII/DNA.
ColEI tem proteina Rop que baixa número de cópias, estabilizando complexo
RNAI/RNAII, se ligando a ambas as moleculas. Com isso menos iniciação de
replicação.
Alguns outros plasmídios também dependem de DNA polI.
Plasmídios regulados por iterons, de gram negativas, por exemplo, pSC101 e F.
Um ou mais grupos de repetições diretas na região da origem, chamados iterons, com
tamanho da ordem de 20bp.
Servem para ligação de proteina de iniciação.
Uma região típica de iniciação deste tipo de plasmídio contem uma regiao rica em A/T,
alguns sítios de ligação de DnaA da hospedeira, e a série de repetições (iterons) onde se
liga a proteina Rep feita pelo plasmídio.
Forma-se um complexo DNA-proteina. DNA polIII usada na replicação.
Dois caminhos possíveis para os plasmídios. Ou tem pouco plasmídio e vai replicar, ou
tem muito plasmídio e 2 plasmídios se acoplam via Rep, modelo de algemas ou
acoplamento.
Replicação de plasmídios e sua regulação em bactérias gram positivas.
Circulares, dupla fita, supertorcidos, tamanho variável. Alguns plasmídios são lineares.
Tipos de replicação descritas em gram positivas.
Por círculo rolante, maioria dos plasmídios, geralmente plasmídios menores, até
10kb.
Replicação em forma teta.
inear, do tipo de Borrelia, com grampo nas extremidades.
inear, do tipo de Streptomyces. Proteina covalentemente ligada nas
extremidades 5' terminais.
resolução de multímeros,
equipartição,
morte pos segregação (sistemas toxina-anti-toxina.)
Processo de conjugação de F:
contato: ponta de pilus e superficie da célula recipiente. Retração do pilus,
despolimerização no envelope da doadora e/ou na receptora.
Depois ocorre a estabilização do contato doadora/receptora, região maior do que so
ponto de passagem.
Formação de poro para passagem de DNA, diretamente para o citoplasma da receptora.
(Obs: DNA não passa através do pilus!)
Mecanismo de transferência do DNA: oriT forma complexo com proteina TraI. Um
feixe então cortado. TraI funciona no corte de DNA e como helicase, na separação dos
feixes. Esta proteina fica ligada na extremidade 5' do DNA. O feixe de DNA vai sendo
separado e transferido, mas região 5' fica associada a ponto de passagem intercelular
TraI fica associada com a conexão intercelular durante a transferência, e também
cataliza a recircularização do feixe transferido.
Organização da região de transferência tra do plasmídio F.
36 ORFs na região. Um grande transcrito, e alguns outros. O transcrito maior comeca
em pTraY e tem uns 34 gens, e 32kb.
Existem na região tra vários gens envolvidos com a síntese e a montagem do pilus.
Estrutura e formação do pilus F.
Pilina F é produto do gen traA. Proteina fica arranjada de forma helicoidal no pilus.
Inicialmente prepilina é formada, de 12,8kDa, depois vira pilina de 7,2kDa.
Para processamento depende da expressão de traQ, usada no transporte da membrana
interna, e traX, usada na acetilação da extremidade N da pilina.
As subunidade de pilina estão na maioria na membrana interna, em grupos em
determinados locais, que também contem as outras proteinas de montagem de F,
formando um "complexo de montagem".
A montagem do filamento depende de energia, e começa a partir da base do pilus.
Proteinas TraN e TraG envolvidas na estabilização dos pares. TraN está na membrana
externa e tra G na membrana interna.
Pode haver interações entre porções periplasmáticas destas proteinas.
Fenômeno de exclusão de superfície (Sfx):
células hospedeiras de F não atuam como receptoras na conjugação. Pilus F não a
reconhece como receptora, por ter proteinas codificadas por F
traS na membrana interna e traT na membrana externa, responsáveis por diferentes
aspectos do fenômeno.
Existem 5 classes de exclusão de superfície descritas, de SfxI a V, para diferentes
plasmídios.
A proteina TraT é comum ou pelo menos similar em todas elas. A TraS é diferente.
Função de TraT inibição da formação de agregados e TraS previne o início do
metabolismo de DNA da doadora.
Regulação da expressao da região tra.
O promotor principal é traYp, que dá origem ao transcrito longo, envolvendo quase
todos os gens. A proteina TraJ faz a regulação positiva de traYp.
Assim, a expressão de TraJ é importante, pois ela por sua vez regula os outros gens.
A expressão do gen traJ é regulada por um fenômeno denominado inibição de
fertilidade FinOP.
Ocorre com a maioria de plasmídios semelhantes a F, mas não com o F propriamente
dito.
A expressão de traJ é inibida pelos produtos combinados dos gen finO e finP.
O produto de finP é um pequeno RNA, estabilizado pelo polipeptideo que é o produto
de finO.
No caso de F em si mesmo não tem FinO porque existe um elemento de inserção IS3
inserido dentro do gen finO.
FinP é um RNA de 78 nucleotídeos, sintetisado na direção oposta a traJ, e na região
lider de traJ.
RNA finP se pareia ao mRNA traJ, e acontece o corte por RNase III.
FinO estabiliza RNA finP, mudando a vida média de 2 min para mais de 40min.
Assim, um plasmídio que tenha uma sistema de inibição de fertilidade, será
transmissível com frequência logo após a sua introdução dentro da célula, mas depois
terá a região tra reprimida, diminuindo a frequência de transferência do plasmídio.
Existem outros sistemas de inibição de fertilidade, pelo menos outros 5 sistemas
descritos, atuando sobre diversos plasmídios.
Plasmídios mobilizáveis e sua transferência para receptoras:
Estes plasmídios não fazem todos os produtos para transferência autônoma, mas
conseguem se transferir na presença de plasmídios conjugativos.
A passagem do plasmídio mobilizável se faz de forma independente ao plasmídio
transmissível. Para uma receptora pode passar só um dos plasmídios, ou o outro, ou os
dois, e eles não estão ligados entre si.
Na presença de plasmídios transmissíveis, a passagem do plasmídio mobilizável se faz
com alta frequência, comparável à do outro plasmídio.
Em particular o plasmídio mobilizável deve ter a oriT, e geralmente tem ainda gens
envolvidos na transferência de DNA, mas não na formação do pilus.
Plasmídios não mobilizáveis e sua transferência para receptoras.
Estes plasmídios não se transferem nem na presença de plasmídios transmissíveis.
No entanto, com baixa frequência, podem ainda ser transferidos por eles. Isto ocorre,
quando os dois plasmídios sofrem fusão, havendo então a transferência deste plasmídio
maior.
Este processo recebe o nome de "condução" de um plasmídio por outro.
Mecanismo de passagem de marcadores cromossômicos por plasmídios.
Alguns plasmídios podem também se incorporar ao cromossoma bacteriano e fazer a
passagem de gens cromossômicos para uma receptora.
Formação de linhagens Hfr (alta frequência de recombinação.
Mecanismos de integração de plasmídio F ao genoma: geralmente mediado por
recombinação homóloga entre elementos de inserção do plasmídio e sequências iguais
presentes no cromossoma, em diferentes posições.
F pode se integrar nas duas orientações possíveis, dependendo da orientação da
sequência de inserção homóloga que encontra no cromossoma. Os gens cromossomicos
que vão ser transferidos inicialmente podem estar à direita ou esquerda do local onde F
se integrou. Isto depende da orientação de entrada do plasmídio F.
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m a destruição ou remoção (por filtração)
de todos os microorganismos, incluindo bactmrias, vírus,
fungos e príons. Foi concebida como um absoluto.
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Indicadores biológicos fabricados hoje são geralmente
impregnado com uma população de esporos para atender a
uma exigência de desempenho de sobreviver a um
determinado período de tempo em uma atmosfera de
esterilização, mas ser morto em um período maior de
tempo na esterilização nas mesmas condições. O número
de esporos, que deve estar presente quando a esterilização
está sendo monitorado m 10 abril - 10 junho de
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vapor a baixa temperatura com formol são exemplos
marcantes desses tratamentos combinados.
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curante a radiação,
se determinados produtos químicos tambmm estão
presentes, os esporos obter esterilizados e responder
melhor à ação da radiação. Estes resultados ainda têm que
encontrar aplicação.
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O uso simultâneo de calor e radiação
ionizante pode proporcionar bons resultados desde que a
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