BIOCHIMICA I

STRUTTURA TRIDIMENSIONALE DELLE PROTEINE

(1) La struttura tridimensionale o le strutture assunte da una proteina sono determinate dalla sua
sequenza amminoacidica;
(2) La funzione di una proteina dipende dalla sua stesa struttura;
(3) La maggior parte delle proteine isolate presenta un’unica o poche conformazioni stabili;
(4) Le forze più importanti che stabilizzano la specifica struttura di una data proteina sono interazioni
non covalenti;
(5) Tra le numerosissime strutture delle diverse proteine, si possono individuare alcuni modelli;
strutturali comuni che ci consentono di classificare le varie strutture proteiche;
(6) Le strutture delle proteine non sono statiche.

UNO SGUARDO ALLA STRUTTURA DELLE PROTEINE

La disposizione spaziale degli atomi di una proteina, o di una porzione di una proteina è detta
conformazione.
Le conformazioni che la proteina assume in condizioni diverse sono in genere quelle termodinamicamente
più stabili, cioè quelle che possiedono il più basso valore di energia libera di Gibbs (G).
Quando si trovano in uno dei loro stati conformazionali funzionali le proteine sono dette native.

LA CONFORMAZIONE DELLE PROTEINE È STABILIZZATA DA INTERAZIONI DEBOLI

Una data catena polipeptidica può in teoria assumere innumerevoli conformazioni, e quindi lo stato non
avvolto di una proteina è caratterizzato da un elevato grado di entropia conformazionale. Questa entropia
e le interazioni dei numerosi gruppi delle catene polipeptidiche con il solvente (l’acqua) tendono a
mantenere le proteine nel loro stato non avvolto. Le interazioni chimiche che si oppongono a questi effetti
e stabilizzano la conformazione nativa comprendono i ponti disolfuro e le interazioni deboli non covalenti
per lo più le interazioni idrofobiche.
Le catene laterali idrofobiche degli amminoacidi tendono a raggrupparsi all’interno delle proteine, lontano
dall’acqua.
Anche se i legami idrogeni contribuisce poco alla stabilità della struttura nativa, la presenza di gruppi che
possono formare legami idrogeno nei nuclei idrofobici delle proteine senza controparte corretta può essere
destabilizzante.
I legami idrogeno svolgono un ruolo fondamentali nel processo di ripiegamento delle proteine.

IL LEGAME PEPTIDICO È RIGIDO E PLANARE

I legami C—N, a causa del loro
parziale carattere doppio legame,
non possono ruotare liberamente;
è invece permessa la rotazione tra i
legami N—Cα e Cα—C. Lo scheletro
della catena polipeptidica può
quindi essere considerato come
una serie di piani rigidi in cui i piani
consecutivi hanno in comune un
punto di rotazione, in
corrispondenza di Cα.
Questo limita considerevolmente il numero delle conformazioni che la catena polipeptidica può assumere.
La conformazione del peptide è definita da tre angoli diedrici (detti anche angoli di torsione) chiamati φ
(phi), ψ (psi) e ꙍ (omega), che riflettono la rotazione nello scheletro del peptide.
Il grafico di Ramachandran riporta i valori permessi di φ e ψ.
STRUTTURA SECONDARIA DELLE PROTEINE
L’espressione struttura secondaria si riferisce a un segmento polipeptidico della proteina e descrive
l’organizzazione spaziale della catena principale, senza tener conto della conformazione delle catene
laterali o della relazione con altri segmenti della proteina.

L’α-ELICA È UNA COMUNE STRUTTURA SECONDARIA

Nell’α-elica lo scheletro carbonioso polipeptidico si avvolge strettamente intorno a un asse immaginario
che attraversa longitudinalmente la parte centrale della spirale, mentre i gruppi R dei residui amminoacidici
sporgono al di fuori dello scheletro elicoidale.
L’α-elica destrorsa costituisce la forma più comunemente presente, quelle sinistrorse estese sono
teoricamente meno stabili e non sono state osservate nelle proteine.
L’α-elica è la struttura che si forma più facilmente perché in questa struttura la disposizione dei legami
idrogeni è la migliore possibile.
La struttura è stabilizzata dai legami idrogeno che si formano tra l’atomo di idrogeno legato all’azoto
elettronegativo di un legame peptidico e l’atomo di ossigeno carbonilico del quarto amminoacido
successivo nella direzione dell’estremità amminica.
I gruppi laterali dei singoli residui amminoacidici adiacenti possono facilitare o difficoltare la formazione di
α-eliche poiché in alcuni casi questi si respingono dovuto alle loro caratteristiche (polarità) oppure per
interferenze steriche.

LA CONFORMAZIONE β ORGANIZZA LE CATENE POLIPEPTIDICHE IN FOGLIETTI

Nella conformazione β lo scheletro della catena polipeptidica si estende in una conformazione a zig-zag,
anziché in una conformazione a spirale. (foglietto β) o legami idrogeno si formano tra regioni adiacenti
delle catene polipeptidiche all’interno del foglietto. I gruppi R di amminoacidi adiacenti sporgono dalla
struttura a zig-zag in direzioni opposte, creando un’alternanza “sopra-sotto”.
Le catene polipeptidiche adiacenti di un foglietto-β possono essere parallele o antiparallele.
La disposizione antiparallela offre dei vantaggi in quanto i legami idrogeni sono meglio allineati.

I RIPIEGAMENTI β SONO PRESENTI NELLE PROTEINE

Nelle proteine globulari, che hanno una struttura ripiegata compatta, alcuni residui amminoacidici si
trovano in ripiegamenti o anse, dove la catena polipeptidica inverte la sua direzione.
Molto comuni sono i ripiegamenti β, che collegano le estremità di due segmenti adiacenti di un foglietto β
antiparallelo.
La struttura è costituita da un ripiegamento di 180° di una sequenza di quattro residui, dove il gruppo
carbonilico del primo residuo forma un legame idrogeno con l’idrogeno legato all’azoto del quarto.
Spesso partecipano a questi ripiegamenti residui di glicina e prolina per i suoi motivi :P

STRUTTURA TERZIARIA E QUATERNARIA DELLE PROTEINE

La struttura terziaria tiene conto delle relazioni a lungo raggio nella sequenza amminoacidica, cioè della
disposizione nello spazio di tutti gli atomi di una proteina.
Alcune proteine contengono due o più catene polipeptidiche distinte, o subunità, che possono essere
identiche o diverse. La disposizione di queste subunità in complessi tridimensionali prende il nome di
struttura quaternaria.

Le proteine fibrose hanno catene polipeptidiche disposte in lunghi fasci o in foglietti; Sono costituite in
gran parte da un unico tipo di struttura secondaria e la struttura terziaria è relativamente semplice; Di
solito determinano resistenza, la forma e la protezione esterna delle cellule dei vertebrati.

Le proteine globulari hanno invece catene polipeptidiche ripiegate e assumono forme globulari o sferiche.
Contengono più tipi di struttura secondaria. Sono di solito gli enzimi e le proteine regolatrici.