Que sería de los ácidos nucleicos y demás componentes si no estuvieran en los procesos del ARN

y ADN

Friedrich Miescher Biólogo suizo trabajo con la muestra de vendajes quirúrgicos el cual estudio el pus
(polimorfonucleares y linfocitos) analizando su composición y características generales, utilizo ácido
clorhídrico para separar la membrana celular y el citoplasma preservando intactos los núcleos celulares
llegando a la conclusión de llamarla nucleína. Los ácidos nucleicos contienen pentosa (ribosa y desoxi
ribosa), fosfato y púrico (contiene un anillo purinico) o pirimidínico (citosina, timina para el ADN y
uracilo para el ARN), la biología molecular empezó como el boom en el siglo xx donde el ADN se
reconoció como material genético dependiente del ARN donde se lleva a cabo la trasmisión de genes y
síntesis de proteínas fue ahí donde el nombre cambio a ácido nucleico (1). Con el tiempo se obtuvieron
componentes similares, un órgano linfoide (timo) con altos ácidos nucleicos.

Los ácidos nucleicos adoptan conformaciones dependiendo de la composición base, concentración,

proteínas, secuencia de ADN o ARN y ambiente (temperatura, pH), los organismos vivos su ADN esta
principalmente en los polimorfos de doble hélice de ADN y el ARN está conformado por dos polimorfos
muy similares. El campo de fuerza del nucleico, llamado CHARMM27, tiene pequeños cambios
importantes en los parámetros internos relativos al CHARMM22, al igual se ha mejorado el campo de
fuerza AMBER4.1; estos dos parámetros se encargan en reproducir los resultados oligómeros del ácido
nucleico (2). La ATPasa de helicasas es activada tras la unión al sustrato (ADN o ARN con cadena simple
o doble, dependen de la enzima), todas las helicasas se definen como traslocaciones ya que se requieren
para mantener el movimiento repetido de la pista de polinucleótidos, produciendo un desenrollamiento
dúplex o un complejo nucleoproteínico; las enzimas EcoP15I y EcoPI actúan en el cambio molecular y
ayudan en la actividad de ATPasa para conformar las proteínas e iniciar el movimiento de la enzima. En
ausencia de ATP, RE tipo III se unen a sitios de reconocimiento 5'-CAGCAG-3 'para EcoP15I o 5'-
AGACC-3' para EcoPI. La heparina atrapa cualquier enzima de Tipo III cuando se disocia del ADN (3).

Los genomas codifican información genética en una doble cadena de ADN; cada que, una célula es
dividida el genoma es copiado y transferido a una célula hija para obtener herencia genética. El primero
es ADN polimerasas replicativas la cual lee una cadena en dirección 3 'a 5' y sintetiza el ADN en
dirección 5 'a 3'. A causa de la naturaleza antiparalela de doble hélice de ADN y la dirección de su
síntesis, cada cadena se copia como única; la hebra principal se replica con la dirección de la horquilla
en cambio la del ADN naciente se sintetiza en dirección opuesta a esto se le conoce como fragmentos de
Okazaki formando una cadena continua. Los pols tienen polimerasa rigurosos y exonucleasa esto quiere
decir que no acomodan alguna distorsión que ocurra en la secuencia del ADN, aun así, este está en
constante daño ya sea por mutaciones ambientales o metabólicas, una ves se encuentra la región afectada
la cadena se detiene abruptamente, la mejor manera es, llevar la síntesis del ADN por medio de la
translación; donde un pols o más intercambian. En las células de los seres humanos tiene un aumento en
mutaciones, capacidad de contrarrestar los quimioterapéuticos provocando la lisis celular. Una de las
causas más frecuentes es por medio de la radiación ultravioleta (4). La helicasa se compone de proteínas
MCM y unas accesorias Cdc45 y GINS, el filamento principal ingresa a través del núcleo MCM mientras
el codón esta ocluido; el complejo bifuncional pol a-primasa (es una subunidad que ARN primasa como
de la ADN polimerasa) interactúan gracias a un puente Ctf4 con GINS en la mitad del complejo helicasa,
la Ctf4 es un homotrimero con sitios de unión idénticos, uno esta ocupado por el ADN polimerasa de pol
a-primasa, otro por GINS y por ultimo el cual esta disponible para la proteína no identificada (4). Las
roturas en la molécula de doble cadena de ADN es la escisión de la cadena de fosfato y azúcar en ambos
lados, dentro de 10 pares de bases como máximo. Esta es uno de los tipos de lesiones de ADN que puede
ocurrir o sufrir una célula en cualquier momento; la ruptura de la cadena sencilla es la pérdida de base
(purina o pirimidina), los DSB son las lesiones más críticas ya que destruyen los cromosomas y el genoma
y algunas lesiones mencionadas anteriormente pueden llegar al punto de la DSB, la inducción de este en
células malignas esta en la mira para las quimioterapias de cáncer, uno de los antibióticos que utilizan es
el enediyne C 1027 el cual tiene la estructura de la ribosa. La partícula del nucleosoma contiene 147 pb
de ADN envueltos alrededor del octámero que contiene cuatro proteínas histonas (H2A, H2B, H3 y H4).
Al envolver el ADN en el núcleo octamérico ayuda a introducir heterogeneidad en el dúplex dando como
resultado apilamientos deformes, así mismo aumenta la cantidad de lisina y arginina en la proteína
histona volviendo así la estructura nucleosoma menos compacta; una gran ayuda es la simulación
dinámica molecular la cual es utilizada para seguir el sistema de escala de tiempo y longitud
aproximándose a lo real (5). Las interacciones postraduccionales ayudan a la interacción proteína-
proteína para poder localizar células, los AMPylators bacterianos se denominan filamentación el cual es
inducido por el dominio de AMP cíclico, haciéndose responsable de la transferencia de AMP.

El ácido ribonucleico (ARN) ha sido importante para la construcción y evolución de la biología

molecular, siendo un polímero lineal constituyendo cuatro monómeros como citosina, adenina, guanina
y uracilo, formándose en encales fosfodiéster en residuos de azúcar, el carbono 3 y carbono 5 se une a
un grupo fosfato dejando una posición libre en cada extremo de modo que, 5 'ACGU-3' y 3'-ACGU-5
sean diferentes moléculas, en el 5' es donde inicia la síntesis de los organismos vivos; ya que el ARNm
(mensajero) es el que transporta la información genética, el ARNt (transferencia) traduce la información
en secuencia de proteínas; la traducción se da por medio de enzimas catalizadoras en el ribosoma
logrando aceleraciones enzimáticas y dando como resultado enlaces peptídicos. La estructura del
ribosoma proporciona gran cantidad de información de los principios evolutivos y estructurales del ARN
como genotipos y fenotipos los cuales apoyan la hipótesis de que los primeros sistemas que existieron
en la tierra estaban pasados en el ácido ribonucleico. Durante los últimos 25 años se ha encontrado que
el ARN en las bacterias controla su expresión génica por medio de riboswitches, en los metazoos
participa en procesos esenciales como la regulación, información genética (6). Las interacciones
proteína-molécula ha estado en el ámbito llamativo debido estructura y su afinidad con los fármacos, sus
interacciones están siendo estudiadas por estadísticos para comprender la interacción proteínas-ligasas y
proteína-ADN/ARN se sugiere que los patrones de átomos interactúan diferente a los ligandos. ARN
(híbridos de ADN) pueden ocurrir en la transcripción y replicación del ADN; los híbridos cortos se
forman en la transcripción del ADN por las polimerasas del ARN en el caso de los híbridos largos del
ARN/ADN ocurre durante el bloqueo del ARN o la replicación de ADN en la mitocondria, de este
estancamiento resulta la formación de R-bucles conduciendo cadenas no moldeadas, en el caso del ARN
largo se produce cuadruplosG promoviendo la recombinación de clases en células B, ambas ocurren con
frecuencia en la estabilidad del genoma y expresión génica. Se descubrió la presencia de ssDNA y
dsDNA en células B aumentando el daño del ADN llevando a que se activen las vías del sensor y receptor
inmune NKG2D. ARN polimerasa III consta de 17 subunidades en el que se incorpora un sitio de unión
al ADN, productos de oncogenes, supresores tumorales tales como p53 catalizando la transcripción de
genes para el proceso del ARNt y elementos repetidos en el genoma; la inhibición anula al ARN
citosólico en las células, uniéndose entre proteínas de microARN como la DDX17 Y AGO2 también
reguladas por Por III (7). Cas9 es la endonucleasa tipo II de CRISPR, Cas9 se une al ARN CRISPR
diciéndose al ADN el cual contiene 20 pares de bases llamados protospacers (complementarios a 20
nucleótidos de ARN), para que Cas9 actúe debe ser programada por moléculas de ARN, el sgARN ayuda
a que Cas9 se introduzca en organismos con rupturas en la doble cadena.

Reparación de la escisión de la base (BER) es la vía central del ADN, estando sujetas a modificaciones
químicas como alquilación por electrófilos exógenos, desaminación hidrolítica, oxidación de varias
especies proporcionadas por oxigeno; este ayuda a contrarrestar las mutaciones y citotóxicos que se
producen en las bases nucleoticas, la desmetilación del ADN borra la marca epigenética convirtiéndolos
en citosina; la conversión de citosina 5-metilcitosina a enzimas genera una señal que es critica para
procesos celulares en el ADN. La ruta VER se inicia en la glucosilasas empleando un mecanismo de
nucleótidos para reconocer bases modificadas en el ADN siendo eliminadas por el enlace N-glucosilo
que se unen a un azúcar 2-desoxirribosa, en el caso de algunas glicosilasas bacterianas eliminan bases
sin expulsar dúplex de ADN; algunas pueden actuar sobre la lesión uracil ADN glicosilasa otras eliminan
bases modificadas. Se conocen dos categorías de glucosilasas de ADN con reacciones que catalizan,
ambos tipos presentan epigenética de BER. La glucosilasas monofuncionales catalizan N-glucosilo del
sitio AP y nucleobase liberada y las glicosilasas bifuncional usan nucleófilo de amina para N-glucosilo
siendo el intermediario de la base schiff, este inicia su segunda actividad en el fosfodiéster del lado 3'
eliminación β, otra pueden del lado 5 'de la lesión eliminación δ (8).

Las reacciones de transferencia de electrones son procesos fundamentales, estas ocurren entre dos
proteínas que manejan metales entre ellos están el Mn, Fe o Cu, ayudan a facilitar las reacciones redox
de u electrón para los procesos como la fotosíntesis, respiración. Según Gray, “las reacciones de
transferencia de electrones abarcan distancias superiores al límite”, las metaloproteínas son las que
coordinan las reacciones usando un túnel de electrones a través de la matriz proteica. Los electrones de
transferencia a través de matrices proteicas se dan en un microsegundo mediado por enlaces de
hidrogeno, ocurriendo en el ADN dúplex, en el caso del trasporte de interacciones con bases nitrogenadas
la escala de tiempo es en picosegundos; el ADN dúplex es un medidor con eficacia al trasportar carga,
se descubrió que, el ADN genómico tiene un cofactor 4Fe4S, el factor SoxR se une al ADN para activar
soxSgenes que defienden las células durante el estrés oxidativo conteniendo un cofactor 2Fe2S. Los
cofactores hierro-azufre son a menudo agentes redox con un rango de potencia de 300mV - 500mV frente
al NHE esto nos lleva a decir que surgieron cuando la tierra tenía abundante sulfato ferroso y
generalmente están asociados a la cisteína requiriendo un gran grupo de proteínas receptoras. La
incorporación de hierro-azufre es compleja ya que, requiere biogénesis, proteínas chaperonas para el
transporte celular. El proceso de biogénesis en bacterias es responsable en generaciones de cofactores
como el SUF o ISC implicados durante el estrés oxidativo (9).

Los cromosomas son parte de los genomas de los humanos, plantas y animales, los cuales se pueden
aislar en suspensión acuosa y pueden clasificar utilizando citometría con la dispersión de luz y
fluorescencia; la clasificación se lleva a cabo en tasas de 2-10 cromosomas por segundos, jugando un
papel de gran importancia en la estructura nuclear del genoma acoplándose perfectamente con la matriz
del ADN y secuenciaciones tecnológicas; la secuenciación permite que el genoma tenga una
producciones de secuencias haploides. Algunos genomas en animales y plantas sufren excepciones
debido a que su molécula está hecha de varias valga la redundancia moléculas, los cromosomas se forman
en el ADN mediante la histona y proteínas de histona las cuales regulan la expresión génica; algunos
creen que el tamaño del cromosoma se debe a la distribución e interacción de las estructuras
cinetocorficas en la replicación de células hijas en la mitosis y la producción de gametos en la meiosis.

Las células de los animales y plantas están inmersas en la interfase del núcleo conteniendo cromosomas
descondensados que no se separan por si solos, ocurriendo en la metafase (división celular) los primeros
aisladores de cromosomas se hicieron gracias a un micro manipulador identificando los cromosomas
aislados; una de las desventajas que presenta es la recolección de un pequeño numero de cromosomas y
el ADN puede ser usado solo para algunos tipos de análisis. La separación basada en densidad relativa
de los cromosomas es mediante la centrifugación permitiendo pequeños y grandes cromosomas también
se puede usar otra manera en la cual el cromosoma es marcado con biotina para la hibridación de una
sonda (10). El fosforo como componente importante en la tierra se encuentra en distintas fases como
organofosforados. La fosforilación es acuosa, la cual enfrena la molécula de agua que reacciona con el
fosforilante y se hidroliza volviéndose ineficaz, algunas ocasiones la fosforilación elimina la molécula
de agua volviéndola desfavorable; los fosfitos en los carbonados también son fuente primaria para reducir
fosforo, según Lauretta y Pasek el fosfato tiene enlaces P-N el cual puede solucionar lo que ocurre con
la fosforilación que se da en el agua, teniendo de apoyo a los derivados Amidofosfato, trimetafosfato y
pirofosfato son reactivos excelentes para la fosforilación. Estos son considerados promotores para el
medio acuoso, tripolifosfato y pirofosfato ayudan a la salida del flujo volcánico y detener reacciones de
apatita, si su temperatura aumentara se vería una alineación haciendo que la apatita fuera una fuente de
P4 hasta 10; el pirofosfato se obtuvo de cromatóforos aislados estando en procesos enzimáticos como la
conversión de ADP a ATP en cambio el trimeratofosfato ha sido ineficiente debido a los derivados que
presenta pero si ha ayudado a contribuir con el aminodotrifosfato al reaccionar con amoniaco en el agua.

Los aminoácidos están en gran abundancia pero hay unos que se destacan por estar intervenidos en
procesos proteicos como la alanina, tirosina, glicina, cisteína, asparagina entre otros y pueden contener
carga negativa o neta positiva esto se puede identificar por medio del grupo amino, estas cargas nos
ilustran y ayudan a ver si pueden ser solventes o solubles en agua; estos no pueden absorber luz gracias
a eso son incoloros con excepción de la tirosina y triptófano ellas absorben los luz uv a una longitud de
onda de 290 nm. Los enlaces peptídicos tienen a tener perdidas netas de cargas, debido sus grupos
carboxílicos y amino manejan una carga de pH, hay muchos métodos para la obtención de aminoácidos
uno de ellos es por medio de la cromatografía (papel filtro), otro es reaccionar los aminoácidos
hidroxisuccinimidil esto forma derivados fluorescentes mediante la cromatografía liquida todo esto es
llevado a cabo gracias a la separación de los componentes polares y no polares que se llevan en una fase
móvil.
Referencias Bibliográficas

1. Simes L, Brich T. Bioquímica orientada al análisis químico.pdf [Internet]. 1° edicion. Sarmiento

J, editor. orientada al analisis clinico. 2015. 13-371 p. Available from:
https://ebookcentral.proquest.com/lib/bibamazoniasp/reader.action?docID=4183447&query=aci
dos+nucleicos

2. Reddy SY, Leclerc F, Karplus M. DNA polymorphism: a comparison of force fields for nucleic
acids. Biophys J [Internet]. 2003 Mar [cited 2018 Aug 25];84(3):1421–49. Available from:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12609851

3. Tóth J, Bollins J, Szczelkun MD. Re-evaluating the kinetics of ATP hydrolysis during initiation
of DNA sliding by Type III restriction enzymes. Nucleic Acids Res [Internet]. 2015 Dec 15 [cited
2018 Aug 25];43(22):10870–81. Available from:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26538601

4. Hedglin M, Benkovic SJ. Eukaryotic Translesion DNA Synthesis on the Leading and Lagging
Strands: Unique Detours around the Same Obstacle. Chem Rev [Internet]. 2017 Jun 28 [cited 2018
Aug 25];117(12):7857–77. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28497687

5. Cleri F, Landuzzi F, Blossey R. Mechanical evolution of DNA double-strand breaks in the

nucleosome. PLoS Comput Biol [Internet]. 2018 Jun [cited 2018 Aug 25];14(6):e1006224.
Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29902181

6. Šponer J, Bussi G, Krepl M, Banáš P, Bottaro S, Cunha RA, et al. RNA Structural Dynamics As
Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview. Chem Rev [Internet]. 2018 Apr
25 [cited 2018 Aug 26];118(8):4177–338. Available from:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29297679

7. Koo CX, Kobiyama K, Shen YJ, LeBert N, Ahmad S, Khatoo M, et al. RNA polymerase III
regulates cytosolic RNA:DNA hybrids and intracellular microRNA expression. J Biol Chem
[Internet]. 2015 Mar 20 [cited 2018 Aug 26];290(12):7463–73. Available from:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25623070

8. Drohat AC, Coey CT. Role of Base Excision "Repair" Enzymes in Erasing Epigenetic
Marks from DNA. Chem Rev [Internet]. 2016 Oct 26 [cited 2018 Aug 26];116(20):12711–29.
Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27501078
9. O’Brien E, Silva RMB, Barton JK. Redox Signaling through DNA. Isr J Chem [Internet]. 2016
Oct [cited 2018 Aug 26];56(9–10):705–23. Available from:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28090121

10. Doležel J, Vrána J, Safář J, Bartoš J, Kubaláková M, Simková H. Chromosomes in the flow to
simplify genome analysis. Funct Integr Genomics [Internet]. 2012 Aug [cited 2018 Aug
27];12(3):397–416. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22895700