INTRODUCCIÓN 1.

La
caracterización de recursos
genéticos. Objetivos y enfoques.

Introducción 1 1
 El concepto de CARACTERIZACIÓN

• Caracterizar es establecer un elenco lo más amplio posible de caracteres de un ente

animado o inanimado.
 Este conjunto de caracteres permitirá
 Diferenciarlo de otros entes más o menos similares
 Averiguar sus relaciones filogenéticas con otros entes
 En el caso del germoplasma vegetal, un conjunto completo de caracteres debe
ser capaz de diferenciar a nivel de:

Especies cultivadas Especies con menor grado de

domesticación
• Especie • Especie
• Variedad botánica • Variedad botánica
• Variedad de cultivo o • Población?
cultivar • Subpoblación?
• Clon • Individuo?
Introducción 1 2
 Germoplasma
de Características
cierta especie intrínsecas

Problema
que resolver

Tipos y técnicas
de
caracterización
Objetivos de la
caracterización

Introducción 1 3
 Objetivos de la caracterización

– Sistemática: Clasificación de un organismo.

– Conservación y utilización racional del germoplasma, en especial
cultivos olvidados y subutilizados y variedades monoritarias.
– Gestión de bancos de germoplasma.
– Definición y gestión de variedades comerciales.
– Identificación o determinación de la variedad a la que pertenece un
individuo problema.
– Mejora vegetal: marcadores útiles.

Introducción 1 4
 Enfoques de la caracterización vegetal
Tipos de caracteres utilizados:
Morfológicos.
• Morfológicos.
• Citológicos.
• Bioquimicos.
– Compuestos de bajo peso molecular
• Flavonoides; Alcaloides; Aminoácidos no proteicos;Aceites
esenciales.
– Moléculas
Moléculasproteicas:
proteicas:Proteínas
Proteínasreserva;
reserva;Isoenzimas.
Isoenzimas.
• Marcadores
MarcadoresADN.
Marcadores ADN. MARCADORES MOLECULARES
• Ecológicos.
• Geográficos.
• Fisiológicos/Agronómicos
• Organolépticos y bioquímicos de los productos consumidos (fruto)
Introducción 1 5
Introducción 1 6
 Sistemática y Taxonomía
• La sistemática es el estudio científico de las clases, de
la diversidad de los organismos y de sus
interrelaciones.
Consiste en decidir a qué clase pertenece un organismo,
hasta el momento no clasificado o que se prejuzgue
incorrectamente clasificado.
Deberá estudiarse profundamente la diversidad de la
población a la que pertenece el organismo en cuestión, y
sus relaciones con otros grupos de organismos

Introducción (1) 1
 Sistemática y Taxonomía (2)

• La taxonomía es el estudio teórico de la

clasificación, incluyendo sus bases, principios,
procedimientos y reglas.
Es la disciplina que trata de explicar como se
clasifica.
Estudia las clasificaciones 

Introducción (1) 2
 Tipos de clasificaciones

Esencialismo Obsoleta

Cladismo Filogenéticas: Filogenia estudia

relaciones evolutivas entre organismos
Evolucionismo De gran utilidad para analizar la
Feneticismo variabilidad intra-taxon,
variedades de una especie
cultivada

Introducción (1) 3
 Esencialismo
• “La clasificación no se construye sino que se descubre”
• Basado en la lógica Aristotélica: Pre-existe en la naturaleza y
la misión del ser humano es descubrirla.
• Postulados básicos:
– Los seres vivos reflejan una serie básica de tipos y formas inmutables
– Los organismos miembros de un mismo taxon reflejan la misma
naturaleza esencial
– No admite que puede existir variación dentro de un mismo taxon.

Introducción (1) 4
 Cladismo (Henning, 1966)
• Basada en la secuencia hipotética de la historia
evolutiva de los grupos o taxones
• Los únicos grupos que tienen existencia real son los
monofiléticos (grupo constituido por todos los
descendientes de un antepasado común)

Introducción (1) 5
 Cladismo (2)
• Cada grupo filético se denomina “linaje” o “clado” (=
rama en griego), y los dendrogramas “cladogramas”.
• Caracteres utilizados por el cladismo:
– Plesiomórficos (primitivos)
Poco valiosos por aparecer en antepasados del grupo.
– Apomórficos (derivados de los primitivos).
Son los más valiosos por aparecer y evolucionar dentro del grupo.

Introducción (1) 6
 Evolucionismo (Eichler, 1875-1878;
Engler, 1892)
• Enfoque ecléctico que combina información genealógica
(filogenia) con otros criterios:
– Grado de diversificación evolutiva desde un antecesor común.
– Homogeneidad interna en cada taxon.
– Asociación del taxon con un determinado hábitat.
– Rango adjudicado al taxon consecuente con su tamaño.
– Equivalencia entre las categoría adjudicadas a grupos afines.
 Cladismo expresa en la clasificación fielmente las
ramificaciones del árbol evolutivo y evolucionismo solo trata de
se consecuente con él considerando otros criterios.

Introducción (1) 7
Feneticismo (Sneath, Michener, Sokal,
1957)
Clasificaciones basadas en un gran número de
caracteres
... tomados de todas las partes del cuerpo de un
organismo
... de todo su ciclo vital

 No cuestiona la teoría de la evolución, pero excluye

en el proceso de la clasificación la información
filogenética.

Introducción (1) 8
 Feneticismo (2)
Principios teóricos:
1. Clasificación ideal: máximo contenido de información basado
en el mayor número de caracteres posibles.
2. Todos los caracteres misma significación e importancia en la
formación de grupos.
3. Similitud total entre dos entidades es la suma de la similitud
en cada uno de los caracteres utilizados.
4. Se pueden reconocer taxones distintos cuando la correlación
entre caracteres difiere dentro del grupo estudiado.

Introducción (1) 9
 Feneticismo (3)
5. Las relaciones filogenéticas se pueden obtener de la
estructura taxonómica del grupo y de la correlación de los
caracteres cuando se dan ciertas suposiciones acerca de los
pasos y mecanismos evolutivos.
6. La taxonomía se considera y se practica como una ciencia
empírica.
7. Las clasificaciones se basan en semejanzas fenéticas,
independientemente de las consideraciones filogenéticas.
8. El número de taxones establecio en cualquier rango es
arbitrario, aunque debe ser coherente con los resultados
obtenidos.

Introducción (1) 10
 Conservación y utilización racional
del gemoplasma
Finalidad conservacionista

• Conocer diversidad genética

– Interpoblacional Identificar áreas con:
– Intrapoblacional •Mayor diversidad genética
•Alelos complementarios
Conservación in situ:
• Reforzamiento poblaciones.
• Creación de reservas.
• Estudio del sistema reproductivo.
Conservación ex situ:
• Desarrollo de estrategias de recolección.
Introducción (1) 1
 Conservación y utilización racional
del gemoplasma (2).
Utilización de recursos fitogenéticos

• Estudio de la diversidad genética en poblaciones básicas de

partida
- Morfológica (descriptores)
- Molecular (marcadores que ya forman parte de listas de
descriptores)
• Identificación de los materiales más distantes genéticamente
- Sobre los que realizar evaluación agronómica y
organoléptica.
- Germoplasma superior para cruzamientos.
• Identificación del germoplasma con mejores características
agronómicas y organolépticas
Introducción (1) 2
 Caracterización para la gestión de
bancos de germoplasma
• Evitar duplicados.
• Identificar sinonimias (mismo material diferentes nombres).
• Identificar homonimias (materiales diferentes mismos
nombres).
• Detectar pérdida de diversidad en la población inicialmente
recolectada
• Crear la “colección nuclear” (core collection).
Colección más pequeña en la que está representada toda o gran parte
de la diversidad de la colección total, con el mínimo de redundancia.
• Detectar variantes somaclonales en los bancos que conservan
material in vitro.

Introducción (1) 1
 Definición de variedad comercial
“Conjunto de individuos botánicos cultivados que se distinguen por
determinados caracteres morfológicos, fisiológicos, citológicos, químicos u
otros de carácter agrícola o económico y que, en reproducción sexual o en
multiplicación vegetativa conservan sus caracteres distintivos”

• Claramente definida por numerosos caracteres de diversa

índole
• Distinguible de cualquier otra por estos caracteres
• Suficientemente homogénea para esos caracteres
• Debe mantener estos caracteres en sucesivos procesos de
reproducción/multiplicación

Introducción (1) 1
 Regulación legal del registro y
comercialización de variedades

• Evaluación y caracterización de las variedades previa a la

comercialización de sus elementos de reproducción y
multiplicación
– Protección de obtenciones vegetales ......................RV. Protegidas
– Garantizar que las variedades comercializadas cumplen
requisitos mínimos .................................................. R.V. Comerciales
• Control de los elementos de reproducción que se
comercializan ....................................................................... Certificación

Introducción (1) 2
 Registro de Variedades Protegidas

Protección de los derechos de los obtentores

• La variedad se somete a ensayos de identificación para

demostrar que es:
– Nueva
– Diferente/Uniforme/Estable (DUE)

Introducción (1) 3
 Registro de Variedades Comerciales

Requisito para comercializar una variedad

• Con carácter general deben superar ensayos:

– Identificación: Diferente/Uniforme/Estable (DUE)
– Valor agronómico

Introducción (1) 4
 Certificación de semillas
 Garantizar que que la semilla comercializada posee un nivel
de calidad suficiente.
• Para variedades identificadas y aprobadas
• Toda semilla certificada debe tener descendencia directa de
material parental auténtico
• El proceso de producción y el producto final están sometido a
Inspección y Control oficial
• El material vegetal, se somete a
– Comprobación de su identidad para controlar:
• Pertenencia a la variedad a que se atribuye
• Pureza del material
– Análisis de otras características técnicas de las simientes
Introducción (1) 5
 Ensayos de identificación: Caracteres
utilizados
• Fundamentalmente de tipo morfológico, contenidos en la
legislación
Ejemplo: Cereales de invierno
Espigado
Encañado Glauescencia
Maduración
Floración
Ahijamiento Varias
Vellosidad
Forma del cc. superior
nudo
grano de la gluma
Porte de la
Intensidad banderola
Pigmentación
Formaantociánica
de la espiga
pigmentación anterasaurículas banderola
antociánica
Porte de la planta

• ¿Marcadores moleculares?

Introducción (1) 6
 Identificación y determinación
• Ubicación de un vegetal en la clase o grupo al que
corresponde, conforme a una clasificación construida
previamente.
• Suelen existir “claves” adaptadas a determinados
ámbitos.
Están basadas en unos pocos caracteres:
• Claros
• Poco plásticos
• Necesitan métodos y materiales sencillos
En general suelen ser caracteres morfológicos*

Introducción (1) 1
Introducción (1) 2
Búsqueda de marcadores útiles en mejora
vegetal.
• CONCEPTO DE MARCADOR: Cualquier diferencia fenotípica
controlada genéticamente que pueda ser utilizada en el análisis
genético.
Ligado a un gen mayor o a un QTL.
• Utilidad e interés de los marcadores en procesos de mejora y
selección.
–Selección asistida por marcadores
• Introgresión asistida por marcadores.
• Desarrollo de líneas puras.
• Mejora caracteres cuantitativos.
–Desarrollo de plantas transgénicas.
• Introgresión de genes mediante ingeniería genética.
• Clonaje posicional.
• Mapeo comparativo.
Introducción (1) 1
 Naturaleza de los marcadores
de caracteres agronómicos.
• Naturaleza:
–Marcadores morfológicos.
Ej. Tomate: Ausencia antocianina en plántula  resistencia al
TMV.
–Marcadores moleculares.
Ej.

Introducción (1) 2
 INTRODUCCIÓN 2. Caracterización
morfológica vs. caracterización molecular.

Introducción 2 1
 Caracterización morfológica.

• Morfología vs. morfometría

• Niveles
– Macroscópico.
– Microscópico.

Introducción 2 2
 Caracterización morfológica (2).
• Tipos de caracteres morfológicos.
– Según su relación con la planta
• Externos – Internos
• Embriológicos
• Citológicos
• Ultraestructurales
– Según sus características intrinsecas
• Continuos – Discontinuos
• Absolutos – Relativos
• Objetivos - Subjetivos
• Estables – Inestables
• Cuantitativos - Cualitativos

Introducción 2 3
 Caracterización molecular.

CONCEPTO DE MARCADOR MOLECULAR

“Secuencia de ADN o proteína que puede ser fácilmente detectable
y cuyo mecanismo hereditario puede ser analizado.”

Introducción 2 4
 Caracterización molecular (2).
Cualidades que deben cumplirlos marcadores moleculares
• Polimórficos.
• Que sean específicos de un determinado locus.
• Heredable y preferentemente con herencia codominante.
• Neutro
Las sustituciones alélicas no tengan otros efectos fenotípicos sobre los
que actúe la selección.
• Distribución en el genoma amplia o específica: Según objetivos.
• Expresión no afectada por el ambiente.
• Reproducible entre laboratorios y dentro de un mismo laboratorio.
• Fácil, rápido y económico de detectar.

Introducción 2 5
 Comparación caracteres
morfológicos vs. marcadores moleculares.
MOLECULARES. MORFOLÓGICOS .
Más abundantes. MM ADN solo limitados por el Número limitado
tamaño del genoma
MM - ADN no afectados por el ambiente Importante interacción G x E

Un solo cistrón implicado (isoenzimas) o un Con frecuencia caracteres

número limitado de bases del ADN (MM) poligénicos
Mínimo o nulo efecto epistático o pleiotrópico Mayor posibilidad de
epistasia o pleiotropía
Para el análisis suele ser suficiente una Para algunos caracteres
pequeña cantidad de tejido vegetal (en MM - necesario completar ciclo
ADN de cualquier órgano) vital
Introducción 2 6
 ¿Se ha quedado obsoleta
la caracterización morfológica?
• Mejores
Mejoresresultados Integraciónde
resultadosIntegración decaracterización
caracterizaciónmorfológica
morfológicayymolecular.
molecular.
 En definición y gestión de variedades
• Las listas de descriptores están basadas fundamentalmente en caracteres
morfológicos y agronómicos, aunque incluyan algunos moleculares.
• Definición legal de variedades (prueba DUE) basada en caracteres morfológicos,
aunque está en fase avanzada de estudio el uso de MM - ADN.
• Hay un grupo encargado del estudio técnico y legal para incluir marcadores
moleculares: UPOV Working group on Biochemical and Molecular Techniques
and DNA profiling in particular.
• La tendencia actual para identificar variedades de vid: Primero microsatélites,
después ampelografía.
 En estudios de sistemática vegetal basados en la filogenia.
• Es necesario elegir caracteres de probada herencia filogenética: Caracteres
conservados.
• Para esto deben elegirse bien los métodos y los caracteres (no todos valen).
• Ejemplo de marcadores moleculares útiles: Secuenciación del gen ITS.
Introducción 2 7
 Caracterización agronómica.

Muy importante para cualquier cultivo.

Se trata de caracteres influidos por el
ambiente, por lo que es necesario
ensayos repetidos en diferentes
localidades y tratamientos estadísticos
de los resultados.
Algunos ejemplos de caracteres
agronómicos:
– Componentes del rendimiento →
Producción.
– Adaptación a estrés abiótico:
Salinidad, temperaturas altas o
bajas, encharcamiento.
– Resistencia natural a plagas o
enfermedades.

Introducción 2 8
 Caracterización organoléptica y bioquímica.

Ejemplo de caracteres organolépticos (cereza):

– Crocancia
– Jugosidad
– Dulzor
– ...
Ejemplo de caracteres boquímicos: Sala para catas.
– Grados Brix
– Acidez total
– ....

Introducción 2 9
 Descriptor: Concepto.

• Descriptor: Cada uno de los rasgos a describir para la

caracterización de una determinada especie.
• Listas de descriptores:
– Por cultivos.
– Conjunto de descriptores elaborados por los expertos en
cada cultivo, para ser utilizados en ese cultivo.

Introducción 2 10
 Listas de descriptores.
• Bioversity International (CGIAR, antiguo IPGRI e IBPGR) / FAO.
http://www.bioversityinternational.org/?id=3737

 Cada lista de descriptores proporciona un formato internacional y

un lenguaje universalmente comprensible para almacenar e
intercambiar datos referentes a los recursos fitogenéticos.
 Permite intercambio y almacenamiento de información referente a
RR.FF. de un modo rápido, confiable y eficiente

• Otras listas de descriptores.

– Para determinados cultivos (vid OIV, ...)
– Lista de descriptores de pasaporte para cultivos múltiples (DPCM).
Solo contiene información de Pasaporte.
Desarrolladas por Bioversity International para ser compatibles con las listas de
sus descriptores (antiguo IPGRI e IBPGR) y con los descriptores WIEWS – FAO.
– UPOV: Guidelines for the conduct of tests for distinctness, uniformity and stability. Ej.
Tejocote http://www.upov.int/en/publications/tg-rom/tg239/tg_239_1.pdf

Introducción 2 11
 Listas de descriptores de BIOVERSITY

Formato “clásico”.
• DATOS DE PASAPORTE:
– Registro de la accesión en el banco de germoplasma.
– Información proporcionada por los recolectores. Parámetros que se deberían
observar cuando se recolecta originalmente la accesión.
• CARACTERIZACIÓN: Medición o evaluación de aquellos caracteres
que son altamente heredables, que pueden ser fácilmente observados
y que se expresan en todas las condiciones ambientales.

Introducción 2 12
 Listas de descriptores de BIOVERSITY (2)

Formato “clásico” (2)

• EVALUACIÓN PRELIMINAR: Medición o evaluación de un número
limitado de caracteres complementarios y acordados por consenso
entre las personas que trabajan con un material vegetal concreto.
• EVALUACION POSTERIOR:
– Rendimiento, productividad agronómica, susceptibilidad al estrés
(útiles en la mejora de un cultivo)
– Caracteres bioquímicos, citológicos o moleculares.
Muchos de los descriptores de esta categoría son susceptibles a las
variaciones ambientales, por lo que suelen requerir ensayos
replicados dilatados en el tiempo.

Introducción 2 13
 Listas de descriptores de BIOVERSITY (3)

Formato actual
• DATOS DE PASAPORTE
• DESCRIPTORES DE MANEJO: Proporcionan las bases para el manejo
de accesiones en el banco de germoplasma y ayudan durante su
multiplicación / regeneración.
• DESCRIPTORES DEL SITIO Y MEDIO AMBIENTE:
– Parámetros específicos del sitio y ambientales donde realizan
pruebas de caracterización y evaluación. Pueden ser importantes
para la interpretación de los resultados de esos procesos.
– Descriptores del sitio de recolección del germoplasma (también se
incluyen en esta categoría)

Introducción 2 14
 Listas de descriptores de BIOVERSITY (4)

Formato actual (2)

• DESCRIPTORES DE CARACTERIZACIÓN:
– Caracteres altamente heredables, pueden ser fácilmente
detectados a simple vista y se expresan igualmente en todos los
ambientes.
– Además pueden incluir un número limitado de caracteres
adicionales que son deseables según el consenso de los usuarios
de un cultivo en particular.
• DESCRIPTORES DE EVALUACIÓN: (Análogo a evaluación posterior
en el “formato clásico”).

Introducción 2 15
 Descriptores BIOVERSITY para marcadores
moleculares.

DOCUMENTO: De Vicente, C. Metz, T and Alercia, A. 2004. Descriptors

for Genetic Markers Technologies. International Plant Genetic
Resources Institute. Rome, Italy.
http://www.bioversityinternational.org/nc/publications/publication/issu
e/descriptors_for_genetic_markers_technologies.html
– Definen la información mínima que se necesita para describir la
tecnología de un marcador genético (entendiendo como tales a los
marcadores moleculares).

Introducción 2 16
 Descriptores BIOVERSITY para marcadores
moleculares (2).
Información contenida:
1. Identificación del marcador y nombres.
– Universal Marker Identifier (UMI)
Es la identificación única de un marcador y nunca debe ser reasignada.
– Nombre canónico del marcador:
Este nombre debe incluir información sobre el nombre del marcador, y según
corresponda las secuencias de cebadores utilizados, el número de serie de un
kit comercial, una combinación de enzimas de restricción, etc.
2. Taxonomía de la especie
– Número de accesión del material vegetal a caracterizar en el banco de
germoplasma del que procede.
– Sistemática del material vegetal analizado.
Género – Especie – Niveles taxonómicos inferiores.

Introducción 2 17
 Descriptores BIOVERSITY para marcadores
moleculares (3).

3. Naturaleza y tipo de los marcadores

– Marcadores basados en proteínas
• Isoenzimas
• Proteínas de reserva (en las semillas)
• Proteínas solubles totales
– Marcadores basados en compuestos metabólicos
• Perfiles de polifenoles
• Flavonoides
• Carbohidratos
• Aceites
• Otros metabolitos secundarios

Introducción 2 18
 Descriptores BIOVERSITY para marcadores
moleculares (4).
3. Naturaleza y tipo de los marcadores
– Marcadores basados en el ADN
• Basados en técnicas de hibridación: RFLP
• Que utilizan de alguna manera la reacción de la PCR:
– RAPD
– Microsatélites
– AFLP
– CAPS
– EST (no desarrollado explícitamente en el descriptor)
– Inter-SSR (no desarrollado explícitamente en el descriptor)
– SNPs (no desarrollado explícitamente en el descriptor)
– SCAR (no desarrollado explícitamente en el descriptor)
– Secuenciación de productos de PCR (no desarrollado explícitamente
en el descriptor)
– Marcadores basados en el fenotipo
Introducción 2 19
 Descriptores BIOVERSITY para marcadores
moleculares (5).
4. Condiciones experimentales.
Recopila información detallada de acerca de las condiciones técnicas de los procesos
de:
• extracción de isoenzimas o ADN
• amplificación en el caso de la PCR
• electroforesis para la separación de isoenzimas o fragmentos ADN
• visualización o revelado.
5. Interpretación de los marcadores.
– Isoenzimas:
• Control genético: Número de genes involucrados; número de alelos/gen
• Estructura molecular del enzima
– Marcadores moleculares-ADN
• Marcador de tamaños moleculares utilizado
• Longitud de los productos de amplificación
• Número de bandas únicas o alelos obtenidos para los genotipos empleados como
referencia.
• Tipo de dominancia: Si el marcador es dominante o codominante
Introducción 2 20
 Descriptores BIOVERSITY para marcadores
moleculares (6).

6. Utilización de los resultados.

– Fingerprinting (e.g. Identificación duplicados)
– Medición de la diversidad o distancia genética
– Clasificación taxonómica
– Identificación de susceptibilidades al estrés biótico o abiótico.
– Localización en el mapa genético.
– Marcadores de caracteres de interés
– Análisis del sistema reproductivo (porcentajes de alogamia y flujo de genes)

Introducción 2 21
 Técnicas utilizadas en los trabajos de caracterización de
germoplasma vegetal publicados en el quinquenio 2009-
2014 (SCI-JCR)

Morfología,
Isoenzimas solo
marcadores
2%
moleculares e
isoenzimas
0%
Morfología y
marcadores
moleculares
15%

Morfología solo
29%

Marcadores
moleculares solo
54%

Introducción 2 22
 Técnicas moleculares utilizadas en los trabajos de
caracterización de germoplasma vegetal publicados en
el quinquenio 2009-2014 (SCI-JCR)

350

300
Número de artículos incluidos en las lista SCI

250

200

150

100

50

Introducción 2 23
Introducción 2 24