Proteómica
miento exponencial en el número de entradas correspon-
Preparación robótica de muestras para espectrometría de masas
MALDI-TOF
Proteómica es el estudio a gran escala de las proteínas,
en particular de su estructura y función.[1][2] Las proteínas
son partes vitales de los organismos vivos, ya que son los
componentes principales de las rutas metabólicas de las
células. El término proteómica fue acuñado en 1997[3]
como una analogía con genómica, el estudio de los ge-
nes. La palabra “proteoma” es la fusión de "proteína”
y “genoma", y fue acuñada por Marc Wilkins en 1994,
mientras trabajaba en ese concepto como estudiante de
doctorado.[4][5] El proteoma es la dotación completa de
proteínas,[4] incluyendo las modificaciones hechas a un
conjunto particular de proteínas, producidas por un or-
ganismo o sistema. Esto varía con el tiempo y con requi-
sitos diferentes, o debido al estrés, que sufre una célula o
un organismo.
La descripción del proteoma permite tener una imagen
dinámica de todas las proteínas expresadas, en un mo-
mento dado y bajo determinadas condiciones concretas
de tiempo y ambiente. El estudio y comparación siste-
máticos del proteoma en diferentes situaciones metabóli-
cas y/o patológicas permite identificar aquellas proteínas
cuya presencia, ausencia o alteración se correlaciona con
determinados estadios fisiológicos. En el caso concreto
del análisis proteómico asociado a patologías concretas,
es posible identificar proteínas que permitirían diagnosti-
car la enfermedad o pronosticar la evolución de la misma.
Dichas proteínas se conocen con el nombre genérico de
biomarcadores.[6]
La proteómica es una ciencia relativamente reciente. Pa-
ra su despegue definitivo, ha sido necesaria la consolida-
ción definitiva de la espectrometría de masas como técni-
ca aplicada al análisis de moléculas biológicas y el creci-
1
dientes a genes y/o proteínas en las bases de datos. Esto,
combinado con el empleo de potentes métodos de frac-
cionamiento y separación de péptidos y proteínas como el
2D-PAGE[7] (electroforesis de poliacrilamida de dos di-
mensiones) y la cromatografía líquida de alta resolución
(HPLC), ha permitido consolidar la proteómica, desde
mediados de los años 90 del siglo pasado, como ciencia
para el análisis masivo de proteínas.
1 Complejidad del problema
La proteómica es considerada el siguiente paso en el es-
tudio de un sistema biológico, luego de la genómica. Es
más complicada que la genómica porque mientras que el
genoma de un organismo es más o menos constante, el
proteoma difiere de una célula a otra y de un momen-
to a otro. Estos se debe a que en los distintos tipos de
células se expresan genes distintos, lo que implica que
se debe determinar hasta el conjunto básico de proteínas
producido en una célula.Un factor adicional de comple-
jidad son las modificaciones que puede sufrir la estruc-
tura o secuencia básica de la proteína, esto es, aquella
que aparece codificada en el genoma. Dichas modifica-
ciones provienen básicamente de dos fuentes: el recor-
te o Splicing alternativo[8] de los ARNm que codifican
la proteína y las modificaciones postraduccionales (fos-
forilación, metilación, acetilación, etc) que normalmente
sirven para modificar o modular la actividad, función o
localización de una proteína en diferentes contextos fi-
siológicos o metabólicos. Ambas fuentes de complejidad
incrementan sustancialmente el número de proteínas di-
ferentes que pueden existir: se estima que a partir de los
25 000-30 000 genes que codifican proteínas en el geno-
ma humano, podrían generarse un número de proteínas
diferentes que oscilaría entre 500 000-1 000 000.
En el pasado, el análisis de los genes que se expresaban
en diferentes tipos de células y tejidos y en diferentes
contextos fisiológicos era realizado principalmente me-
diante un análisis de ARNm, pero se encontró que a me-
nudo no existe una correlación directa entre el conteni-
do en ARNm y el contenido proteico.[9][10] Se sabe que
el ARNm no siempre se traduce a proteína,[11] y que la
cantidad de proteína producida por una cantidad dada de
ARNm depende del estado fisiológico de la célula. No
obstante, estudios recientes han confirmado que, al me-
nos en levadura, existe una alta correlación entre el nú-
mero de copias de ARNm y el de moléculas de proteína
2 2 ÁREAS DE ESTUDIO

traducidas a partir de aquél.[12] Las técnicas proteómicas 2.2.1 Degradación de Edman

actuales permiten confirmar la presencia o ausencia de
una o más proteínas concretas y determinar su cantidad, 2.2.2 Espectrometría de masas
bien en valores absolutos o relativos[13]
La espectrometría de masas (MS) permite analizar la
composición de diferentes elementos químicos e isótopos
atómicos, separando los núcleos por su relación masa-
2 Áreas de estudio carga. Presenta numerosas ventajas frente al método de
Edman: es más sensible, permite analizar directamente
Las principales áreas de estudio de la proteómica son: las mezclas proteicas y ofrece un mayor rendimiento por
muestra. Por ello, es el método utilizado en las dos técni-
cas de identificación de proteínas más comunes: la iden-
1. Identificación de proteínas y caracterización de sus tificación por huella peptídica y el análisis MS/MS.
modificaciones postraducionales

2. Proteómica de “expresión diferencial” Identificación por huella peptídica

• Digestión en gel: Normalmente, la muestra se redu-

3. Estudio de las interacciones proteína-proteína
2.1 Separación de proteínas
La enorme complejidad (varios miles de proteínas dife-
rentes) del proteoma de la mayor parte de los organismos
vivos obliga al empleo de diversas técnicas para separar
las proteínas. Entre las técnicas más comunes se encuen-
tran la electroforesis mono y bidimensional así como la
cromatografía líquida en sus distintas variantes.
La técnica más extendida es la electroforesis en geles de
poliacrilamida (llamada SDS-PAGE por sus siglas en in-
glés “Sodium Dodecyl Sulfate PolyAcrylamide Gel Elec-
trophoresis”). Se trata de una electroforesis en gel de poli- • Comparación del espectro de masas con la informa-
acrilamida al que se le añade el detergente dodecilsulfato
sódico con el fin de desnaturalizar las proteínas, asegu-
rar que todas se encuentren cargadas y por tanto puedan
migrar en un campo eléctrico en función de su masa mo-
lecular relativa (Mr). Una variante de este tipo de elec-
troforesis es la electroforesis bidimensional o 2D-PAGE,
en la que el fraccionamiento en geles SDS-PAGE es pre-
cedido por una separación basada en el punto isoeléctri- Análisis MS/MS
co de las proteínas. La electroforesis 2D-PAGE permi-
te alcanzar una mayor resolución y es por tanto utiliza-
da en el análisis de proteomas muy complejos. Una vez
realizado el fraccionamiento, distintos métodos de tin-
ción (Azul Coomassie, tinción de plata, tinción Sypro Ru-
bi, etc) permiten visualizar las proteínas separadas. La
cromatografía líquida también se emplea en el fracciona-
miento y separación de proteomas complejos. Las distin-
tas variantes existentes permiten separar las proteínas en
función de su hidrofobicidad (cromatografía de fase re-
versa), carga eléctrica (cromatografía de intercambio ca-
tiónico/aniónico) y tamaño (cromatografía de exclusión
molecular).
ce y alquila. A continuación, se añade una protea-
sa con una patrón de corte conocido (típicamente,
tripsina), generándose una colección o conjunto de
péptidos específicos de proteína. Habitualmente, es-
ta colección de péptidos será lo suficientemente es-
pecífica como para poder identificar la proteína con
la que estamos trabajando.
• Extracción de los péptidos
• Análisis MS MALDI-TOF: este equipo traduce el
tiempo de vuelo en masas, pues aunque todos los
iones tienen la misma estructura y la misma carga,
su peso es distinto.
ción almacenada en bases de datos de secuencias
conocidas, como Swiss-Prot o nr-GenBank. Para
ello existen motores de búsqueda como MASCOT
que ordenan las proteínas identificadas asignándoles
puntos en función del número de coincidencias.
• Digestión solución
• Extracción de los péptidos
• Espectrometría de masas de ionización por electros-
pray
• La comparación de los datos del espectro de frag-
mentación experimental con los almacenados en ba-
ses de datos es similar al llevado a cabo en la identi-
ficación por huella peptídica: las coincidencias entre
los datos experimentales y los datos del servidor se
muestran en orden decreciente de probabilidad.

Para evaluar la identificación de la proteína se ha de te-

2.2 Identificación de proteínas ner en cuenta su presencia en las bases de datos, maximi-
zar la asignación de fragmentos generados y comprobar

si las características de la proteína identificada y la pro-
teína problema coinciden. No obstante, para mejorar la
precisión de la identificación es recomendable repetir va-
rias veces el proceso de identificación del péptido, para
disponer así de varios espectros de fragmentación.
2.3 Interacciones proteína-proteína
La mayoría de las proteínas funcionan en colaboración
con otras proteínas, y una meta de la proteómica es iden-
tificar cuales proteínas interactúan entre sí. Esto es espe-
cialmente útil para determinar asociaciones potenciales
en las rutas de señalización celular.
Se dispone de varios métodos para probar las inter-
acciones proteína-proteína. El método tradicional es el
sistema de doble híbrido de la levadura. Los métodos
nuevos incluyen microarrays de proteína, cromatografía
de inmunoafinidad seguida por espectrometría de masas,
interferometría de doble polarización y métodos experi-
mentales como phage display y métodos computaciona-
les.
3 Véase también
3.1 Bases de datos de proteínas
• Human Protein Atlas
• Cardiac Organellar Protein Atlas Knowledgebase
(COPaKB)
• Human Protein Reference Database
• Model Organism Protein Expression Database
(MOPED)
• National Center for Biotechnology Information
(NCBI)
• Protein Data Bank (PDB)
• Protein Information Resource (PIR)
• Proteomics Identifications Database (PRIDE)
• Proteopedia The collaborative, 3D encyclopedia of
proteins and other molecules
• Swiss-Prot
• UniProt
3.2 Centros de investigación
• European Bioinformatics Institute
• Netherlands Proteomics Centre (NPC)
3
• Proteomics Research Resource for Integrative Bio-
logy (NIH)
• Global map of proteomics labs
4 Referencias
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and proteomics: new technologies, new concepts,
and new words». Electrophoresis 19 (11): 1853-61.
doi:10.1002/elps.1150191103. PMID 9740045.
[2] Blackstock WP, Weir MP (1999). «Proteomics: quan-
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7799(98)01245-1. PMID 10189717.
[3] P. James (1997). «Protein identification in the
post-genome era: the rapid rise of proteomics.».
Quarterly reviews of biophysics 30 (4): 279-331.
doi:10.1017/S0033583597003399. PMID 9634650.
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li Ou, Olivier Golaz, Jean-Charles Sanchez, Jun X. Yan,
Andrew. A. Gooley, Graham Hughes, Ian Humphery-
Smith, Keith L. Williams & Denis F. Hochstrasser (1996).
«From Proteins to Proteomes: Large Scale Protein Iden-
tification by Two-Dimensional Electrophoresis and Ar-
nino Acid Analysis». Nature Biotechnology 14 (1): 61-65.
doi:10.1038/nbt0196-61. PMID 9636313.
[5] UNSW Staff Bio: Professor Marc Wilkins
[6] Hanash SM, Pitteri SJ, Faca VM. Mining the plas-
ma proteome for cancer biomarkers. Nature. 2008 Apr
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[7] Weiss W, Görg A. High-resolution two-dimensional elec-
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PMID 19544015.
[8] Keren H, Lev-Maor G, Ast G. Alternative splicing and
evolution: diversification, exon definition and function.
Nat Rev Genet. 2010 May;11(5):345-55. Epub 2010 Apr
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[9] Simon Rogers, Mark Girolami, Walter Kolch, Katrina
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(2008). «Investigating the correspondence between trans-
criptomic and proteomic expression profiles using coupled
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doi:10.1093/bioinformatics/btn553. PMID 18974169.
[10] Vikas Dhingraa, Mukta Gupta, Tracy Andacht and Zhen
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(1–2): 1-18. doi:10.1016/j.ijpharm.2005.04.010. PMID
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[11] Buckingham, Steven (mayo de 2003). «The major world
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[12] Picotti P, Bodenmiller B, Mueller LN, Domon B, Ae-
bersold R. Full dynamic range proteome analysis of
S. cerevisiae by targeted proteomics. Cell. 2009 Aug
21;138(4):795-806.
4 5 ENLACES EXTERNOS

[13] Wilm M. Quantitative proteomics in biological research.

Proteomics. 2009 Oct;9(20):4590-605.

5 Enlaces externos
• http://www.merriam-webster.com/dictionary/
proteomics.html

• Wikcionario tiene definiciones y otra informa-

ción sobre proteómica.Wikcionario

Wikilibros

• Wikilibros alberga un libro o manual sobre

Proteomics.

• Foro de Investigación Argentina en Biología

• Instituto Nacional de Proteómica

• Servicio de Proteómica del Centro Nacional de

Biotecnología-CSIC, Madrid, España

• Nuevo Máster en Bioinformática para la Genómica

y el Diseño de Fármacos / MSc in Bioinformatics
for Genomics and Drug Design, UAB
 5

6 Origen del texto y las imágenes, colaboradores y licencias

6.1 Texto
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