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Aminoácidos são constituídos por um grupo amina, um grupo carboxilo, um hidrogénio e uma

cadeia lateral variável, todos ligados a um carbono central. Podem ser encontrados em proteínas ou
na sua forma livre. Quando incorporados em péptidos ou proteínas os aa passam a ser resíduos de aa.
Ligam-se entre si por ligações peptídicas (ocorrem entre o grupo carboxilo de um aa e o grupo amina
de outro; é rígida pq os átomos estão no msm plano ). Funções: atividade hormonal, proteção, suporte
e catálise enzimática. Desempenham papel central nos sistemas biológicos pois são usados como
blocos básicos para biossíntese de proteínas/substratos. Contribuem para o valor de pH, força iónica
e potenciais elétricos, osmóticos e redox nos sistemas biológicos.

Cadeia lateral características (tipo de grupos funcionais, carga e dimensão) contribuem para a
diferenciação dos aa e são elas que incutem as características de hidrofobicidade. Grupo carboxilo tem
sempre mais tendência para ceder o seu protão do que o grupo amina protonado,
• Glicina: cadeia mais simples, não apresenta grupo carbono assimétrico devido à presença de dois
átomos de H ligados ao carbono α. Cadeia polipeptídica mt flexível nas zonas em que contem este
resíduo de aa pois não a cadeia lateral não tem dimensões apreciáveis
• Alanina, valina, leucina e isoleucina: cadeias laterais são constituídas apenas por grupos, não
reativos, do tipo metilo e metileno. Não intectuarem favoravelmente com a agua mas interactuam
muito + facilmente uns com os outros e com outros grupos apolares, o que promove a estabilização
da estrutura tridimensional das proteínas.
• Prolina: cadeia lateral covalentemente ligada ao átomo de azoto do grupo amina. É um
iminoácido; regiões polopeptidicas contendo prolinas são menos flexíveis devido à estrutura cíclica
destes resíduos, a qual im-pede a livre rotação em torno da lig. entre o azoto e o carbono α.
• Serina e treonina: aa polares não carregados q contem cadeias laterais alifáticas de peq.
dimensões c/ um grupo funcional hidroxilo. Serina-grupo hidroxilo ligado a um carbono sec. Resíduos
podem funcionar como doadores ou aceitadores em pontes de hidrogenio, quer na estabilização da
estrutura tridimensional de proteínas quer na catalise enzimática. Treonina-grupo hidroxilo ligado a
um carbono terciário.
• Aspartato e glutamato: cadeias laterais constituídas por grupos metileno e carboxilo. Participam
na estabilização das estruturais tridimensionais proteicas por pontes salinas. São encontrados em
centros ativos de diversas enzimas, umas contribuindo p/ a lig. do substrato outras na r. catalisada.
Aspartato-grupo metileno ligado a um grupo carboxilo. Glutamato-dois grupos metileno e um grupo
carboxilo
• Asparagina e glutamina: cadeias laterais tem amidas em vez de carboxilo. Ocorrem naturalmente.
Cadeias laterias são polares não ionizáveis
• Lisina, arginina e histidina: possuem cadeias básicas c/ carga positiva p/valores fisiológicos de pH.
Lisina-cadeia lateral com 4 grupos metilado e um grupo amina. Arginina-3 grupos metilenos hidrófobos
e um grupo guanidino c/ características fortemente básicas na sua cadeia lateral.Histidina-grupo
imidazole, características conferem varias propriedades como nucleófilo. Bases + fortes. Aa
extremamente versátil.
• Fenilalanina, tirosina e triptofano: aa aromáticos. São hidrófobos e responsáveis pela maior parte
da radiação UV absorvida pelas proteínas. E- deslocalizados das suas cadeias laterais aromáticas
conseguem estabelecer interações electrostaticas relativamente fracas c/ grupos amina, estabilizam
estruturas tridimensionais proteicas. Fenilalanina-grupo metilo ligado a um anel aromático. Tirosina-
grupo metileno ligado a um anel fenólico. Ionização do grupo hidroxilo altera as propriedades
espectropicas da tirosina, aumentando o seu rendimento quântico. Trp-grupo metileno ligado a um
grupo indolo, sendo esta cadeia a mais volumosa de todas.
• Metionina e cisteína: contem núcleos de enxofre. Metionina-cadeia lateral hidrófoba e inerte,
grupo etileno e metileno ligados entre si por átomo de enxofre. Cisteina-grupo metileno e grupo tiol.
2 residuos de cisteínas podem oxidar-se estabelecer uma lig. cov. entre os grupos tiol-ponte dissulfeto,
papel importante na estabilização da estrutura trimensional de um grande nº de proteínas.

*O caso do cabelo ondulado


As ondulações do cabelo ocorrem devido à existência de aminoácidos polares sem carga, que
reagem com moléculas de H+, ocorrendo a redução, transformando ligações S-S em ligações SH-SH.
Com a curvatização existem ligações que se desfazem, e ficam aminoácidos HS sem ligação a nenhum
outro. Posteriormente, ocorre a oxidação e as moléculas H+ existentes nas pontes SH-SH saem, ficando
no cabelo aminoácidos com cadeia HS e aminoácidos com ligações S-S.
Zwitterião aa que em solução tem 2 grupos ionizados de carga ≠, cargas estas que se anulam
mutuamente.
Em solução aquosa e em condições fisiológicas, os α-aminoácidos encontram-se ionizados,
podendo reagir com o ácidos ou bases por aumento ou diminuição do pH do meio – são anfotéricos
Aa com cadeias laterais não ionizáveis são dipróticos, apresentam 2 grupos c/ capacidade de sofrer
protonação desprotonação (forma protonada, anfotérica-zwitteriónica, totalmente desprotonada)
Aa com cadeias laterais ionizáveis são triproticos, apresenta 3 grupos c/ capacidade de sofrer
protonação/desprotonação (forma totalmente protonada, 2 formas anfotéricas ≠ - 1 delas é a
zwitteriónica e a totalmente desprotonada)
Grau de ionização de um aa a um determinado valor de pH depende da tendência que cada grupo
ionizável tem em sofrer desprotonação ou protonação , depende dos valores das constantes de
equilíbrio associadas a cada r. química parcial.
A conversão da forma anfotérica na forma totalmente desprotonada ou totalmente protonada
depende da extensão das respetivas reações (ka). Ka>Kb→converte-se na forma totalmente
desprotonada. Ka<Kb→converte-se na forma totalmente protonada. Ka=Kb→se Kc for maior que Kb a
forma anfotérica contem mais tendência em converter-se na forma totalmente desprotonada do aa.

Propriedades dos aminoácidos relevantes para as proteínas


Dimensão da cadeia lateral Nucleo hidrófobo das proteínas é responsável pela estabilidade das
macromoléculas. Mutações que provoquem a substituição de cadeias laterais pequenas por cadeias
laterais grandes irao gerar situações em que a conformação tridimensional final terá dificuldades em
acomodar o novo resíduo. Mutações que substituam uma cadeia lateral grande por uma pequena
provocarão a formação de cavidades no núcleo hidrófobo, as quais destabilizam a estrutura
tridimensional das proteínas.
Carga da cadeia lateral As interações electrostaticas nas proteínas ocorrem entre cadeias laterais
de resíduos de aa que possuem carga. Cargas do mesmo sinal repelem-se, propriedade é determinante
no processo de aquisição da estrutura tridimensional de uma proteína.
Polaridade da cadeia lateral Aa c/ cadeia lateral apolar-cadeias hidrofóbicas (incapacidade de
interagir c/ agua e formar lig. eletroestaticas; cadeias laterais apolares voltadas para dentro). Aa
polares s/carga- cadeia lateral destes aminoácidos tem uma carga parcial negativa ou positiva. Podem
formar pontes de hidrogénio com outras moléculas incluindo a da água. Aa polares c/ carga-cadeia
lateral com carga; isto é a cadeia lateral contém ácidos e bases fortes. São capazes de formar ligações
iónicas com outras espécies com carga
Hidrofobicidade da cadeia lateral importante na estabilização das proteínas que os contem, não
tanto pelo tipo de interações que conseguem estabelecer. (fenilalanina ↑ arginina ↓)
Efeito hidrófobo é a força motriz do processo de aquisição da estrutura tridimensional nativa de
uma proteína, estando na base de distribuição assimétrica dos resíduos de aa hidrófobos e hidrófilos
encontrada nas proteínas: em proteínas não membranares os resíduos de aa hidrófobos assumem
posições mais interiores na estrutura tridimensional, os resíduos hidrófilos distribuem-se pela
superfície; em proteínas membranares, os resíduos de aa hidrófobos localizam-se principalmente na
região proteica que atravessa a membrana, os resíduos hidrófilos são encontrados em porções
proteicas expostas aos meios extra e intracelular.
Péptidos cadeia de resíduos de aminoácidos com uma sequência definida, cujas propriedades físico-
químicas apresentadas são as resultantes do somatório das propriedades dos resíduos de aminoácidos
que o constituem. Resultam de junção de aa por condensaçao c/ libertação de agua. Não possuem
estrutura tridimensional bem definida. Apresentam atividade biológica; desempenham funções
metabólicas como sinalização celular- ausencia de estrutura origina tempo de vida mais curto da mol.
e a flexibilidade conformacional de um péptido é uma vantagem na comunicação celular.

Diferença entre pep. e proteínas


Pep. propriedades físico-quimicas são resultantes do somatório das propriedades dos resíduos de
aa q o constituem.
Proteina cadeias polipeptídicas que apresentam uma estrutura tridimensional definida em
condições fisiológicas e das quais emerjam propriedades físico-quimicas que não existiam no
somatório das propriedades dos resíduos de aa que as constituem
Proteínas cadeia polipeptídica que apresenta uma estrutura tridimensional definida em condições
fisiológicas com propriedades físico-químicas que não existiam no somatório das propriedades dos
resíduos de aminoácidos que a constituem. Mol. composta por mais de 50 aa.
Todos temos as mesmas unidades funcionais das células. Porem não existe ninguém igual porque
cada um possui hormonas e mol de sinalização distintas. São as modificações pos-tradução que nos
tornam ≠. Todos temos competência para produzir as msm proteínas, mas é a sinalização que nos
distingue. Se as enzimas tiverem afinidade como substrato faz a catalise enzimática rapidamente, o
que nos distingue é as enzimas funcionarem de maneira ≠. Genoma igual mas a regulação das proteínas
é ≠.
Afinidade capacidade de realizar uma função c/ maior ou menor eficiência. Quando há poucas mol,
a afinidade entre elas é maior, p/ permitir a lig entre mol

Funções das proteínas


1.Catálise enzimática; 2.Transporte e armazenamento grande variedade de partículas;
3.Movimento coordenado; 4.Sustentação mecânica; 5.Protecção imunitária; 6.Geração e transmissão
de impulsos nervosos; 7.Controle do metabolismo, do crescimento e da diferenciação; 8.Proteínas
membranares medeiam o transporte de iões e mol. entre membranas biológicas
Numa proteína polimerica, as varias cadeias polipeptídicas são designadas subunidades ou
protómeros da proteína.
Cadeia principal esqueleto da cadeia polipeptídica linear de uma proteína; consiste em 3 atomos
provenientes de cada resíduo de aa. Corresponde à estrutura covalente da proteína por resultar da lig.
covalente entre os aa.
Proteina camaleónica seq. podem adoptar mais do que uma conformação estável, permitindo que
as proteínas que as possuem possam, eventualmente, assumir estruturas tridimensionais alternativas.
A possibilidade de uma dada proteína poder assumir diferentes arranjos encontra-se na base de certas
patologias como a encefalopatia espongiforme bovina e ou Alzheimer.
A grande diversidade de funções que as proteínas tem capacidade de desempenhar é uma
consequência das suas elaboradas estruturas tridimensionais, as quais lhes permitem converter
formas de energia ou gerar as peças estruturais essenciais a um ser vivo.

Interações físicas que determinam a estrutura tridimensional e propriedades das proteínas


Conformação tridimensional das proteínas é estabilizada essencialmente por interações não
covalentes entre os vários grupos que a constituem e por ligações covalentes entre resíduos de aa com
grupos tiol.
Eletrostaticas (pontes salinas) ocorrem entre grupos que possuem carga, tal como os terminais
amina (NH3+) e carboxilo (COO-) da cadeia principal e as cadeias laterais de resíduos de aminoácidos
ionizáveis; é atractivo quando envolve duas cargas de sinal contrário e repulsivo quando envolve duas
cargas com o mesmo sinal. Força destas interações depende das moléculas de agua que participam na
interação.
Van der Waals ocorrem entre moléculas ou grupos não carregados, polares ou apolares; engloba
interacções dipolo-dipolo (entre grupos polares), dipolo-dipolo induzido (entre grupos polares e
apolares) e dipolo instantâneo-dipolo induzido/forças de London (entre quaisquer dois grupos).
Adaptação da forma, conformação permite a proximidade entre os atomos
Pontes de hidrogénio interacções não covalentes resultantes da partilha parcial de um átomo de
hidrogénio entre um grupo dador e um grupo aceitador
Pontes de enxofre são de natureza covalente e ocorrem entre os grupos tiol de dois resíduos de
cisteína, os quais passam a designar-se cistina; introduzem uma ligação covalente forte entre regiões
relativamente afastadas na cadeia polipeptídica, causando um aumento a rigidez estrutural e por isso
conferem grande estabilidade conformacional às proteínas.
Efeito hidrofóbico resulta na interiorização dos resíduos de hidrofóbicos da proteína e na formação
de um designado núcleo hidrofóbico. É a força motriz inicial no processo de folding de uma proteína
Estrutura 1ª seq. de resíduos de aa especificada pela informação genética, seq. linear de
aminoácidos que constituem a cadeia; fornece a informação necessária que determina a forma
tridimensional da proteína e, assim, a sua função
Macromoleculas com um elevado nº de ligações covalentes c/ capacidade de rotação podem
originar múltiplas conformações.
Esta flexibilidade da cadeia polipeptídica de um determinado tipo de proteína, em condições
fisiológicas de solvente e T, permite adoptar uma conformação predominantemente e relativamente
fixa-conformação nativa, que é estabilizada por interações não covalentes. Esta conformação contem
superfícies complexas, flexíveis, capazes de realizar múltiplas funções.

Estrutura 2ª arranjos estruturais locais dos resíduos de aa que resultam do processo de enrolamento
da cadeia polipeptidica
Hélice α conformação em forma de espiral cilíndrica; é estabilizada por pontes de hidrogénio locais
entre o oxigénio de um grupo carboxilo e o hidrogénio de um grupo amina; as pontes de hidrogénio
estão voltadas para o interior e as cadeias laterais estão voltadas para o exterior. Cada volta da helice
α inclui 3,6 residuos de aa e 14 atomos da cadeia principal. O enrolamento das hélices é sempre para
a direita (aa q as incorporam tem todos configuração L)
Formação da helice depende da seq de resíduos na fração da cadeia polipeptídica em causa, uma
vez q as interações entre as cadeias laterais, podem estabilizar ou destabilizar esta estrutura.
Para alem da carga, a dimensão das cadeias laterais também pode afetar a estabilidade de uma
helice α. Distancia entre cada helice permite a estabilização por pontes de hidrogénio. Hélices
esquerdas tem seq ricas em prolina c/ colagénio
Conformação β conformação em que vários segmentos da proteína se encontram estendidos lado
a lado. É estabilizada por pontes de hidrogénio entre grupos de amina e carboxilo.
Conformação β distingue-se da helice α por ser uma estrutura estendida e por formar pontes de
hidrogenio entre zonas da cadeia polipeptídica distantes.
Cadeias β apresentam geralmente uma torção (twist) para a direita devido a efeitos estéreos
impostos pela conformação L dos aa (paralelas apresentam uma torção menor relativamente às
antiparalelas)
Turn-elemento mais simples da estrutura sec., envolve 3 ou 4 residuos e estabelece uma ponte de
hidrogenio, revertendo o sentido da cadeia polipep.
Motivos: arranjos consecutivos de dois ou três elementos de estrutura secundária e que ocorrem
em diferentes proteínas
Estrutura supersecundária arranjos consecutivos de 2 ou 3 elementos de estutura sec. que se
repetem em ≠ proteína. Tem um nível de organização superior ao da estrutura sec, não constituindo,
um domínio estrutural composto.
Dominios estruturais zonas de enrolamento independente de uma cadeia polipep.
Proteína constituída por 1 dominio → estru. 3ª identifica-se com o domínio
Proteínas monoméricas de peq. Dimensão→1 dominio
Proteínas monoméricas de grande dimensão → 1 ou + dominios
A estrutura tridimensional ou conformação nativa é estabilizada por interações ñ covalentes.

Conformações (arranjo/organização espacial) de partes da cadeia polipeptídica de uma proteína,


resultantes de ligações por pontes de hidrogénio. Cria uma extensa rede de pontes de hidrogenio. A
flexibilidade da cadeia principal permite um elevado nº de padroes espaciais. No estado desnaturado,
a conformação das mol. de uma determinada proteína são todas ≠. Em condições fisiológicas de
solvente e T, todas as mol, de um determinado tipo de proteína adoptam a mesma conformação.
Quando a mobilidade não permite a conformação ocorre a desnaturalização. Liberdade conformaciona
é conferida pela mol de agua c/ interação c/ o exterior e o interiorº

Estrutura 3ª forma tridimensional global assumida pela cadeia polipep.

Estrutura 4ª associação entre varias cadeias polipep. na formação de um unidade funcional; de


varias subunidades - (cadeias polipeptídicas) ligadas por ligações não covalentes
Homodímero: 2 subunidades iguais
Heterodímero: 2 subunidades diferentes
Complexos supramoleculares associação entre proteínas estrutural e funcionalmente ≠. Envolve ≠
enzimas associadas entre si, originando uma estru. 4ª intrincada. Enzimas mantem a sua função
quando dissociadas do complexo mas em conjunto tornam mt mais rápida e eficaz a r.
Proteinas Globulares forma compacta; cadeias polipep. enrolam-se sobre si proprias
Proteínas Fibrosas: apresentam conformações estendidas regulares e insolúveis em agua,
desempenham papel estrutural. (conferem rigidez, flexibilidade e/ou elasticidade)
α-queratina: pertence ao grupo das proteínas filamentosas de dimensões intermediárias; as quais
têm a capacidade se associarem originando filamentos flexíveis de natureza não polar; estrutura com
três domínios: uma região não helical no terminal amina (cabeça); um domínio central constituído por
hélices α; um terminal carboxilo não helical (cauda)
Fibroína: proteína constituinte da seda, sendo produzida pelo bicho-da-seda para a construção do
casulo; constituída por folhas β antiparalelas
Colagénio: proteína estrutural mais abundante, originando filamentos que conferem resistência aos
tendões e redes de fibras que suportam a pele e os órgãos internos; é composto por três cadeias
polipeptídicas que formam uma estrutura denominada hélice tripla de colagénio

Folding processo de enrolamento que uma proteína sofre apos a síntese da cadeia polipep., adquire
uma estrutura tridimensional com curvaturas e cavidades que vao permitir à proteína desempenhar
uma função. As cadeias laterais dos resíduos são em grande parte responsáveis pelas curvaturas e
cavidades na superfície da proteína que a torna capaz de se ligar a outras mol. através de interações
não covalentes.

Interação Proteina-Ligando
Lig entre uma mol efetora (ligando) e uma proteína receptora origina geralmente alterações
conformacionais, suscitando uma resposta biológica que pode ser pos. ou neg. As proteínas ligam-se
eficazmente a outras moléculas e outras proteínas, devido ao tipo de interações que estabelecem, à
sua flexibilidade estrutural e à complementaridade existente. Conformação permite a interação,
despoletando a função
As interações não covalentes (hidrofóbicas, pontes de hidrogénio e iónicas) desempenham um
papel de natureza entálpica muito relevante na ligação entre proteínas e ligandos. Além deste aspecto,
o carácter reversível deste tipo de interações tema a vantagem de tornar a ligação lábil.
As interações hidrofóbicas, apesar de fracas e de ocorrerem para distâncias muito curtas, têm lugar
na interação de proteínas com ligandos de natureza mais hidrofóbica. As pontes de hidrogénio são
interações que ocorrem entre a proteína e o ligando, quando existe a possibilidade de partilha de um
ou mais átomos de hidrogénio
As interações iónicas ou electrostáticas ocorrem entre grupos das proteínas que possuem carga.
Estas cargas existem tanto nos terminais amino e carboxilo das proteínas, como nas cadeias laterias
de resíduos de aminoácidos ionizáveis. As interações electrostáticas são também reversíveis, sendo
efectivas para distâncias superiores às requeridas para os outros tipos de forças.
As proteínas apresentam um equilíbrio entre a sua estabilidade estrutural, a sua flexibilidade e os
parâmetros físicos na qual são funcionais, como o valor de pH, a temperatura e a força iónica. Na
realidade, existe sempre uma relação actividade/estabilidade que sustenta a eficiência funcional das
proteínas em diferentes condições ambientais.
A estabilidade conformacional de uma proteína transmite uma noção quantitativa do equilíbrio de
forças inerentes à sua estrutura tridimensional. Quanto mais negativo for o valor de ∆G para a
estabilidade conformacional, mais estável é a estrutura tridimensional. A estabilidade e a flexibilidade
têm de estar adequadas às condições físicas do meio ambiente onde a proteína desempenha as suas
funções.
Os mecanismos gerias de termoestabilização das proteínas térmicas incluem um maior número de
interações (pontes de hidrogénio, interações electrostáticas, interações hidrofóbicas, pontes
persulfureto, ligação de metais) e uma estruturação conformacional superior (maior rigidez,
empacotamento mais eficiente, redução da entropia de unfolding, estabilização de hélices α).

Forças ñ covalentes
As forças não covalentes e efeitos de maior importância para a estabilidade conformacional de uma
proteína são: Interações de Van der Waals; Pontes de hidrogénio; Interações electrostáticas;
Interações com moléculas de água; Efeito hidrofóbico; Entropia configuracional.

Efeito hidrofóbico na interação proteína-ligando


O denominado efeito hidrofóbico é a força motriz inicial no processo de aquisição da estrutura
tridimensional nativa de uma proteína, sendo responsável pelo esboço da estrutura tridimensional da
proteína que é refinada à medida que as outras interações se vão estabelecendo. O efeito hidrofóbico
resulta na interiorização dos resíduos hidrofóbicos da proteína e na formação de um núcleo
hidrofóbico.

Complementariedade
Para que uma proteína desempenhe a sua função tem de ocorrer interação com outra molécula, a
qual pode ser um substrato, uma molécula efectora ou uma proteína, entre outros ligandos. Por outro
lado, a interação só ocorre eficazmente se existir um determinado grau de complementaridade entre
a proteína e o ligando, o que determina a especificidade. Esta complementaridade é ditada pelo tipo
de interações entre a proteína e o ligando, entre um determinado local da superfície da proteína e a
forma do ligando, designado por local de ligação do ligando, no caso da função ser o reconhecimento,
ou por local activo, se for uma enzima.
O local de interação pode alterar a sua afinidade c/ o ligando na presença de moduladores, os quais
induzem uma alteração conformacional na proteína
Alosteria nas proteínas
O comportamento conformacional e funcional de uma proteína, quando apresenta mais do que um
local de interação com ligandos, é mais complexo que o das proteínas com um único local de interação
com o ligando, devido à emergência de novas propriedades. O exemplo mais simples é o de múltipla
ligação das proteínas oligoméricas com um único local de interação por subunidade. Neste caso
esperam-se três tipos de comportamentos:
- A ligação de uma molécula de ligando a uma subunidade não afecta a interação dos ligandos
com outras subunidades.
- A ligação de uma molécula de ligando a uma subunidade afecta positivamente a interação dos
ligandos com as outras subunidades (aumento de afinidade).
- A ligação de uma molécula de ligando a uma subunidade afecta negativamente a interação dos
ligandos com as outras subunidades (diminuição de afinidade).
Complexidade da resposta aumenta na presença de dois ou mais locais ≠ na proteína ou na
subunidade. A presença de um ligando num dos locais de interação afecta a afinidade do local de lig.
para outra mol. ≠
Quando uma molécula de ligando afecta positiva ou negativamente a interação de outra molécula
idêntica noutro local de ligação idêntico, designa-se por efeito homotrópico positivo ou negativo,
respectivamente. Quando a ligação de uma molécula distinta do ligando modulador afecta a interação
entre o ligando e a proteína, de uma forma positiva ou negativa, designa-se por efeito heterotrópico
positivo ou negativo.

Alterações estruturais hemoglobina


Hemoglobina – a primeira ligação de O2 é mais difícil, seguindo-se ligações progressivamente mais
facilitadas. Como os grupos heme, aos quais se liga o O2, estão localizados em zonas distantes da
proteína, não se trataria de uma influência directa, mas de alterações de conformação na molécula
por ligação do ligando.
A hemoglobina é uma proteína tetramérica que apresenta um grupo prostético heme por
subunidade, que a torna capaz de ligar e transportar oxigénio.
O grupo heme encontra-se numa bolsa hidrofóbica da hemoglobina. Este grupo prostético
encontra-se ligado à histidina, formando um complexo do tipo piramidal tetragonal. Quando o oxigénio
se liga ao ferro no grupo heme, este passa a apresentar uma geometria octaédrica, o que origina uma
redistribuição dos electrões pelas orbitais do ferro e uma concomitante diminuição do raio atómico do
ferro, o qual passa a caber no plano do anel.
A hemoglobina na forma totalmente desoxigenada encontra-se numa conformação mais rígida,
designada por forma T. Por outro lado, a hemoglobina completamente oxigenada encontra-se numa
conformação mais flexível, designada por forma R. Qual é a implicação da substituição de Glu por Val
nas propriedades da hemoglobina? Val é mt fácil ligar a mol de hemoglobina q não tenha o ligando;
faz-se um deposito firilar no eritrócito e deixa de puder alterar a forma, estes depósitos de proteínas
deixam de estar funcionais

O papel da agua na estabilização das proteínas


Agua é crucial ma estabilização da proteínas. A peq dimensão juntamente com o caracter dipolar
permitem à mol. de agua formar uma rede complexa de pontes de hidrogénio, as quais são
responsáveis pela sua coesividade molecular.

Enzimas proteínas c/ funções catalíticas, isto é, aumentam a velocidade com que se atinge o estado
de equilíbrio da r., não afetando esse estado. Resultam do enrolamento espontâneo de uma ou mais
cadeias polipep., permitindo uma elevada eficiência e especificidade. Permanecem inalterados apos a
libertação dos produtos. Aceleram as r. se interferirem no equilíbrios; são um grupo de substâncias
orgânicas de natureza normalmente protéica que têm funções catalisadoras, catalisando reações
químicas que, sem a sua presença, dificilmente aconteceriam. Isso é conseguido através do
abaixamento da energia de activação necessária para que se dê uma reacção química, resultando no
aumento da velocidade da reação e possibilitando o metabolismo dos seres vivos. A capacidade
catalítica das enzimas torna-as adequadas para aplicações industriais, como na indústria farmacêutica
ou na alimentar.
As enzimas convertem uma substância, chamada de substrato, noutra denominada produto, e são
extremamente específicas para a reacção que catalisam. Isso significa que, em geral, uma enzima
catalisa um e só um tipo de reacção química. Consequentemente, o tipo de enzimas encontradas numa
célula determina o tipo de metabolismo que a célula efetua.
A velocidade da reacção catalisada por uma enzima é aumentada devido ao abaixamento da energia
de ativação necessária para converter o substrato no produto. Como são catalisadores, as enzimas não
são consumidas na reação e não alteram o equilíbrio químico dela.
A atividade enzimática pode depender da presença de determinadas moléculas, genericamente
chamadas cofactores. Determinadas substâncias, podem inibir a actividade de algumas enzimas,
diminuindo-a ou eliminando-a totalmente; são os chamados inibidores enzimáticos.
Pelo fato de serem proteínas com estrutura terciária ou quaternária, os enzimas são dotadas de
dobramentos tridimensionais em suas cadeias polipeptídicas, o que lhes confere uma forma
característica e exclusiva. Assim, diferentes enzimas têm diferentes formas e, portanto, diferentes
papéis biológicos. Para que um enzima atue, é necessário que os substratos "se encaixem" na enzima.
Esse "encaixe", porém, depende da forma, isto é, do "contorno" da enzima. Por isso, substratos que se
"encaixam" em uma determinada enzima não se "encaixam" em outras diferentes, e a reação não
ocorre; daí a especificidade das enzimas quanto aos substratos em que atuam. Uma vez ocorrido o
"encaixe", forma-se o complexo enzima-substrato, que se assemelha ao sistema "chave-fechadura". O
local da enzima onde o substrato se "encaixa" é denominado sítio ativo (ou centro ativo). No caso de
substâncias que reagem entre si, sob a ação catalisadora das enzimas, a reação é facilitada, tornando-
se mais rápida, pois a proximidade entre as moléculas "encaixadas" acelera o processo reativo; após a
reação, a enzima desliga-se do substrato e permanece intacta.
As enzimas possuem normalmente uma alta especificidade em relação às reacções que catalizam e
aos substratos que estão envolvidos nessas reacções. A forma complementar, carga e
características hidrofílicas/hidrofóbicas, são responsáveis por esta especificidade.

Modelo chave-fechadura
As enzimas exibem uma elevada especificidade, e foi sugerido por Emil Fischer, em 1894, que esse
facto era devido a que tanto as enzimas como os substratos apresentam formas geométricas
complementares, fazendo com que encaixem de maneira precisa umas nos outros.21 Este processo é
muitas vezes referido como modelo chave-fechadura. No entanto, apesar deste modelo explicar a
especificidade das enzimas, falha em explicar a estabilização dos estados de transição que as enzimas
exibem.

Modelo do encaixe induzido


Em 1958, Daniel Koshland sugeriu uma modificação ao modelo de chave-fechadura: uma vez que
as enzimas exibem estruturas flexíveis, o sítios activo altera a sua forma de maneira continuada através
de interacções com o substrato, enquanto esse mesmo substrato vai interagindo com a enzima.22
Como resultado, o substrato não se liga simplesmente a um sítio activo que é rígido. As cadeias laterais
dos aminoácidos que formam o sítios activo sofrem um reorientação de maneira a que as suas posições
potenciem a acção catalítica da enzima. Em alguns casos, como nas glicosidases, a molécula de
substrato também sofre alterações de conformação à medida que vai se aproximando do sítio
activo.23 O sítio activo continua a sofrer modificações até que o substrato esteja completamente
ligado e é neste momento em que a conformação final e a carga são determinadas.
As enzimas actuam de diversas formas, todas elas baixando o valor de ΔG‡.
Baixando a energia de activação, através da criação de um ambiente no qual o estado de transição
é estabilizado (por exemplo, distorcendo a forma da molécula do substrato - a enzima distorce o
substrato, gastando energia neste passo, de modo a baixar a energia do estado de transição da reacção
catalisada, resultando numa diminuição global da energia requerida para completar a reacção).
Providenciando uma via alternativa (por exemplo, reagindo com o substrato formando um
complexo enzima-substrato, de existência impossível sem a presença da enzima).
Reduzindo a variação da entropia da reacção ao orientar os substratos de forma correcta para
facilitar a reacção. Na ausência de enzima, as moléculas colidem em todas as direcções possíveis de
forma aleatória, um processo menos eficiente que na presença da enzima. Ao considerar-se ΔH‡
isoladamente, este aspecto é negligenciado.
O mecanismo de regulação da atividade enzimática pode ser lento, quando a regulação apresenta
aumento ou diminuição de síntese de enzimas, ou rápido que é por meio molecular, ou seja, por
ligações de moléculas na enzima ou no substrato, podendo ser também por ligações covalentes
“fosforilação”.

Fatores que influenciam atividade enzimática


Temperatura: quando se eleva a T, atividade aumenta, mas acelera-se o processo de desnaturação
da proteína pelo calor, pelo que a T elevadas a enzima encontra-se inactiva. Este efeito depende do
tempo de exposição da mol. de proteína ao calor e a T à qual a desnaturação se torna um fator decisivo
varia ainda com a enzima.
pH: cada enzima tem o seu pH ótimo no qual a atividade é maxima. Acima ou abaixo do pH ótimo,
a atividade diminui. É critico para a enzima manter uma determinada carga. O intervalo de pH que
provoca mod. na atividade de uma enzima pode dar indicações sobre resíduos de aa envolvidos na
catalise.

Cofatores
Algumas enzimas não necessitam de componentes adicionais para mostrarem uma actividade
completa. No entanto, outras requerem ligação a moléculas não proteícas para que possam exercer a
sua actividade. Os cofactores podem ser inorgânicos (iões metálicos e complexos ferro-enxofre) ou
compostos orgânicos (flavina ou heme). Os cofactores orgânicos (coenzimas) são normalmente grupos
prostéticos, que estão intimamente ligados às enzimas a que eles prestam assistência.
Os cofactores que possuem ligação forte às enzimas são distintos de outras coenzimas, tal como a
NADH, visto que não são libertados do sítio activo durante a reacção catalisada.
Enzimas que requerem um cofactor mas que não se ligam a estes, são denominadas apoenzimas.
Uma apoenzima juntamente com o(s) seu(s) cofactor(es) são denominadas holoenzimas. As enzimas
complexas, ou holoenzimas, possuem além da parte protéica (apoenzima), um cofator, podendo ser
um íon ou uma coenzima, que é uma molécula orgânica, vitamina ativada transformando-se em
coenzima. A maioria dos cofactores não se ligam por covalência a uma enzima, mas estabelecem
ligações fortes. No entanto, os grupos prostéticos orgânicos podem ligar-se de maneira covalente. Um
exemplo disso é a ligação da tiamina pirofosfato à enzima piruvato desidrogenase.

Coenzimas
As coenzimas são pequenas moléculas que transportam grupos químicos de uma enzima para
outra. Alguns destes compostos químicos, como a riboflavina, a tiamina e o ácido fólico, são vitaminas,
compostos que não são sintetizados no organismo e que têm de ser assimilados através da dieta. Dado
que as coenzimas são modificadas quimicamente como consequência da acção enzimática, é útil
considerá-las como sendo uma classe especial de substratos, ou substratos secundários, que são
comuns em muitos tipos de enzimas diferentes.
As coenzimas sofrem regeneração e as suas concetrações são mantidas a um nível estável dentro
da célula.

Cinética enzimática
Substrato esta num estado energético maior e passa p/ um estado energético menor. Substrato
tem de estabelecer uma lig transitória c/ a enzima.
Eficacia dos substratos depende da eficácia das lig.
Há medida que os substratos se ligam, as alterações conformacionais ocorrem.
O que se passa no local ativo? Gera-se uma caraga e ocorre a alteração conformacional. Quando
são 2 substratos, há a adaptação cnformacional da enzima de modo a conduzir à maior interação entre
2 substratos. Quando a enzima depende apenas de um subtrato para converter no produto, a
adaptação conformacional é tal que gera as cargas transitórias.
Todos os substratos tem de estar ligados antes da libertação de qq produto.
Mecanismos em que a lig dos substratos e/ou libertação de produtos não ocorre numa ordem
determinada – ao acaso
Mecanismos em que existe uma ordem determinada na lig. – ordenado
Substratos ligam-se ao centro ativo da enzima antes da saída de qq produto – sequencial
Enzima pode catalisar a transformação de um substrato em produto, antes da lig de um segundo
substrato – ping-pong (não sequencial)
- A velocidade inicial aumenta segundo aa concentração de substrato.
- Quanto maior a concentração do substrato ([A]), maior a velocidade inicial (v0).
Se é preciso mt substrato, há pouca afinidade da enzima.
Km indica a afinidade do complexo enzima-substrato
Km elevado traduz baixa afinidade e Km baixos indicam forte afinidade
Kcat corresponde à velocidade limite na saturação. Tempo de permanência do substrato p/ se
converter em produto.
A própria enzima é regulada pelos substratos.

Inibição da atividade enzimática


Inibidores são compostos que diminuem a velocidade de uma reação enzimática. São substratos
que se ligam ao local ativo onde permanecem “bastante tempo”
A inibição enzimática pode ser:
- Inibição irreversível: o inibidor combina-se permanentemente com a enzima, inactivando-a ou
mesmo destruindo-a. Reagem com a enzima e formam ligações covalentes com a cadeia polipeptídica.
- Inibição reversível: o inibidor dissocia-se rapidamente da enzima e a enzima permanece
funcional (exemplo: antibióticos).

Inibição competitiva
Na inibição competitiva, o inibidor e o substrato competem pela enzima, isto é, não se podem ligar
ao mesmo tempo à enzima. Os inibidores são muitas vezes semelhantes ao substrato da enzima.
molécula estruturalmente semelhante ao substrato, mas resistente à ação enzimática, liga-se ao
centro activo da enzima, impedindo a ligação do verdadeiro substrato. Assim, o substrato e o inibidor
competem pelo centro activo

Inibição acompetitiva ou incompetitiva


Na inibição acompetitiva, o inibidor não se pode ligar à enzima no estado livre, mas somente ao
complexo E-S. O complexo E-I-S assim formado, é enzimaticamente inactivo. Este tipo de inibição é
raro, mas pode ocorrer em enzima multiméricas.
Inibição não-competitiva
Os inibidores não-competitivos podem ligar-se à enzima ao mesmo tempo que o substrato, ou seja,
nunca se ligam ao sítio activo. Quer o complexo E-I, quer o complexo E-I-S, são enzimaticamente
inactivos. Tanto o KM aparente como o Vmax mudam neste caso, pois o inibidor não pode ser desligado
da enzima por aumento da concentração de substrato (em contraste com o que acontece na inibição
competitiva).

Inibição mista
Este tipo de inibição assemelha-se à inibição não-competitiva. Neste caso, o complexo E-I-S possui
actividade enzimática residual.
Em muitos organismos, os inibidores podem agir como parte do mecanismo de retroalimentação.
Se uma enzima produz um determinada substância em demasia, essa substância poderá agir como
inibidor da enzima, no início da via que a produz, causando a redução ou paragem da produção da
substância quando esta se acumula. Esta é um forma de retroalimentação negativa.

Usos de inactivadores são muitas vezes usados como medicamentos, mas também poderão actuar
como venenos. No entanto, a diferença entre um medicamento e um veneno é normalmente uma
questão de dosagem, visto que a maior parte dos medicamentos e drogas são tóxicas a partir de certo
nível.

Funções biológicas
As enzimas exercem uma grande variedade de funções nos organismos vivos. São indispensáveis
para a transdução de sinais, na regulação celular, muitas vezes por acção de cinases e fosfatases.

Enzimas Reguladoras
São responsáveis por várias vias metabólicas e sequenciais do organismo, sendo que pelo menos
uma delas determina a velocidade de toda a sequência.
Podemos dividir em dois grandes grupos:
- Enzimas alostéricas, regulação não covalente (reversível);
-Enzimas reguladas por modificações covalentes (reversíveis);

As enzimas alostéricas são determinadas por moduladores alostéricos, ou seja, a ligação de algum
modulador alterará a conformação da proteína para inibir ou estimular a ligação do substrato. Quando
o substrato e o modulador são o mesmo composto, diz-se que a enzima é homotrópica.
Quando são diferentes, chamamos de heterotrópica. Os moduladores positivos aumentam a
afinade de E por S, enquanto os moduladores negativos diminuem a afinidade de E por S.
Para enzimas alosteras c/ subunidades idênticas: cada cadeia tem local ativo e local regulador
Para enzimas c/ cadeias não idênticas: os locais ativo e de regulação podem estar em cadeias ≠

Numa via metabólica, quando o produto final é formado em excesso, as moléculas desse produto
vão inibir a enzima1, provocando a paragem da sequência. Esta só será retomada quando deixar de
haver excesso do produto final. Este controlo representa uma economia celular, pois evita que a célula
produza uma substância em excesso relativamente às respectivas necessidades.

A desnaturação proteica
Consiste na perda de estrutura secundaria e terciária por meio de pH’s muito desviados do ponto
ideal de atuação, por temperaturas muito altas, por solventes orgânicos, por compostos químicos, etc.
A desnaturação em casos normais é permanente embora por técnicas de renaturação se consiga que
a estrutura se volte a assemelhar à inicial. Ao invés deste resultado, a temperaturas muito baixas as
proteínas não desnaturam, ficam inibidas/inativas.
A desnaturação das proteínas leva é perda das suas funções devido à modificação da sua estrutura,
podendo resultar em mutações, deficiências, entre outros problemas.