EXPRESION DEL MATERIAL GENETICO DE LA TRANSCRIPCION A LA

TRADUCCION

De muchas formas, el progreso de la biología en el siglo pasado se refleja en el

concepto cambiante del gen. Como resultado del trabajo de Mendel, los biólogos
aprendieron que los genes son elementos aislados que controlan la aparición de
rasgos específicos. De haber tenido oportunidad, Mendel habría argumentado a favor
del concepto de que un gen determina una característica. Boveri, Weismann, Sutton y
sus contemporáneos descubrieron que los genes y su representación física formaban
parte de los cromosomas. Morgan, Sturtevant y col., demostraron que los genes tienen
una localización específica (se hallan en lugares determinados de cromosomas
particulares y esta ubicación permanece constante de un individuo a otro). Griffith,
Avery, Hershey y Chase probaron que los genes están compuestos de ácido
desoxirribonucleico (DNA, deoxyribonucleic acid), mientras que Watson y Crick
resolvieron el acertijo de la estructura de dicha molécula, lo que explicaba la manera
en que este componente podía codificar información heredable.

A pesar de que las formulaciones de estos conceptos fueron trascendentales para la

comprensión de la genética, ninguno de ellos definió el mecanismo por medio del cual
la información almacenada en un gen controla las actividades celulares. Este es el
tema principal que se revisa en el presente capítulo. Primero se describen las
propiedades de los genes y luego su función en la expresión de los caracteres
hereditarios.

Modelo de la subunidad grande de un ribosoma procariota a una resolución de 2.4 Å, determinado mediante cristalografía de

rayos X. Esta vista se enfoca en la hendidura del sitio activo de la subunidad, que está formada por completo de RNA. Éste aparece

en gris, las proteínas en dorado y el sitio activo se reconoce mediante un inhibidor (verde) unido.

EWLACION ENTRE GENES Y PROTEINAS

En 1908 el médico escocés Archibald Garrod señaló que los síntomas observados en personas
afectadas por ciertas enfermedades hereditarias raras eran efecto de la ausencia de enzimas
específicas; éste fue el primer hallazgo importante de la función de un gen. Uno de los trastornos
que investigó Garrod fue la alcaptonuria, un padecimiento fácil de diagnosticar por el color oscuro
que adquiere la orina cuando se expone al aire. Garrod observó, en personas con alcaptonuria, la
ausencia en la sangre de una enzima que oxida el ácido homogentísico, compuesto formado
durante el procesamiento de los aminoácidos fenilalanina y tirosina. El ácido homogentísico
acumulado se excreta por la orina y le confiere una tonalidad oscura al oxidarse por el aire. Garrod
había descubierto la relación entre un gen, una enzima y una enfermedad metabólica específicos.
Denominó a estas enfermedades “metabolopatías congénitas”. Tal y como ocurrió con

otras observaciones tempranas cruciales en genética, los descubrimientos de Garrod se ignoraron

durante décadas. En 1940, George Beadle y Edward Tatum, del California Institute of Technology,
resucitaron la idea de que los genes controlaban la producción de enzimas. Estos investigadores
estudiaron la Neurospora, un moho tropical del pan que en condiciones normales puede crecer en
medios muy simples con una sola fuente de carbono orgánico (p. ej., un azúcar), sales inorgánicas
y biotina (una vitamina del complejo B). Puesto que sus necesidades para vivir son mínimas, debía
tener capacidad para sintetizar todos los metabolitos requeridos. Beadle y Tatum razonaron que un
organismo con capacidad de síntesis tan amplia debía ser muy sensible a deficiencias enzimáticas,
fáciles de descubrir mediante el protocolo experimental apropiado. En esencia, el plan de Beadle y
Tatum consistía en radiar las esporas del moho y analizarlas en busca de mutaciones que
causaran saran la alteración de alguna enzima. Para detectar tales mutaciones investigaron la
capacidad de las esporas radiadas para crecer en medio mínimo, sin los componentes esenciales
que debía sintetizar el propio organismo. Si una espora era incapaz de crecer en medio mínimo,
pero crecía en medio de cultivo complementado con alguna coenzima particular (p. ej., ácido
pantoténico de coenzima A), entonces los investigadores podían concluir que las células portaban
una deficiencia enzimática que impedía que tales células sintetizaran dichos compuestos
esenciales. Beadle y Tatum radiaron primero a miles de células. Dos de dichas células perdieron
su capacidad de crecer en un medio mínimo: una necesitó piridoxina (vitamina B6) y la otra tiamina
(vitamina B1). Por último, se investigó la descendencia de casi 100 000 esporas radiadas y se aisló
a docenas de diferentes tipos de mutantes. Cada mutante tenía un defecto genético y por tanto
presentaba una deficiencia enzimática que impedía a la célula catalizar una reacción metabólica
particular. Los resultados fueron claros: un gen específico portaba información para elaborar una
enzima particular. Esta conclusión se conoció como la hipótesis de “un gen-una enzima”. Más
tarde, cuando se descubrió que las enzimas se componen por lo general de más de una cadena de
polipéptidos, cada una codificada por un gen distinto, el concepto se denominó “un gen-un
polipéptido”. Si bien esta relación se aproximó mucho más a la función básica de un gen, tuvo que
modificarse debido al descubrimiento de que un solo gen genera con frecuencia varios polipéptidos
vinculados como resultado del empalme alternativo (revisado en la sección 12.5). ¿Cuál es la
naturaleza molecular del defecto en una proteína por una mutación genética? La respuesta a esta
pregunta surgió en 1956, cuando Vernon Ingram de la Cambridge University publicó la
consecuencia molecular de la mutación que causa la drepanocitosis. La hemoglobina posee cuatro
grandes polipéptidos. Pese a que estas moléculas eran muy grandes para secuenciarlas con la
tecnología de esa época, Ingram ideó una forma de hacerlo. Por medio de la enzima proteolítica
tripsina escindió en varios fragmentos específicos preparados de hemoglobina normal y
hemoglobina drepanocítica. Entonces analizó estos fragmentos peptídicos mediante cromatografía
en papel para determinar si eran diferentes algunos de los productos de la digestión por tripsina de
la hemoglobina normal y de la hemoglobina drepanocítica. De los 30 péptidos o más presentes en
la mezcla, uno migró de manera diferente en las dos preparaciones; en apariencia, esta única
diferencia fue la causante de todos los síntomas relacionados con la enfermedad. Una vez que se
separaron los péptidos, Ingram tenía sólo un pequeño fragmento para secuenciar en lugar de la
proteína completa. La diferencia observada fue la sustitución de una valina en la hemoglobina
drepanocítica por un ácido glutámico de la molécula normal. Ingram había demostrado que una
mutación en un solo gen podía causar una sustitución en la secuencia de aminoácidos de un
polipéptido.

SINOPSIS DE LA TRANSCRIPCIÓN EN CÉLULAS PROCARIOTAS Y EUCARIOTAS La

transcripción es un proceso en el cual una cadena de DNA provee la información para la síntesis
de una cadena de RNA. Las enzimas encargadas de la transcripción en células procariotas y
eucariotas se denominan RNA polimerasas dependientes

11.2 SINOPSIS DE LA TRANSCRIPCIÓN EN CÉLULAS PROCARIOTAS Y EUCARIOTAS 423

de DNA, o tan sólo RNA polimerasas. Estas enzimas incorporan nucleótidos, uno a la vez, dentro
de una cadena de RNA cuya secuencia es complementaria de una de las cadenas de DNA, la cual
actúa como plantilla. El primer paso en la síntesis de un RNA es la vinculación de la polimerasa
con el DNA plantilla. Esto plantea un tema de interés general, en este caso las interacciones
específicas de dos moléculas muy diferentes, proteínas y ácidos nucleicos. Así como diferentes
proteínas han evolucionado para unirse a diversos tipos de sustratos y catalizan distintos tipos de
reacciones, también evolucionaron algunas para reconocer y unirse a secuencias específicas de
nucleótidos en una cadena de ácido nucleico. El sitio de la molécula de DNA donde se une la RNA
polimerasa antes de iniciar la transcripción se llama promotor. Las RNA polimerasas celulares no
son capaces de reconocer los promotores por sí mismas y requieren la ayuda de proteínas
adicionales conocidas como factores transcripcionales. Además de suministrar un sitio de enlace
para la polimerasa, el promotor contiene la información que determina cuál de las dos cadenas de
DNA se transcribe y el sitio donde se inicia la transcripción. La RNA polimerasa se mueve a lo largo
de la cadena de DNA que sirve como plantilla hacia el extremo 5' (o sea, en dirección 3' → 5').
Conforme la polimerasa avanza, el DNA se desenrolla de manera temporal y la polimerasa
ensambla una cadena complementaria de RNA que crece del extremo 5' en una dirección a 3' (fig.
11-4a,b). Como se indica en la figura 11-4c, la RNA polimerasa cataliza la reacción RNAn + NTP
→ RNAn+1 + PPi en la que los sustratos del trifosfato de ribonucleósido (NTP) se dividen en
monofosfatos de nucleósido conforme se polimerizan en una cadena covalente. Las reacciones por
las que se sintetizan ácidos nucleicos (y proteínas) se diferencian necesariamente de las
reacciones llevadas a cabo en el metabolismo intermedio discutidas en el capítulo 3. En tanto que
algunas de las reacciones que conducen a la formación de moléculas pequeñas, como los
aminoácidos, pueden acercarse lo suficiente al equilibrio, con la posibilidad de medir una reacción
inversa importante, las reacciones que llevan a la síntesis de ácidos nucleicos y proteínas deben
ocurrir en condiciones en las que no exista reacción inversa. Este fenómeno se ejemplifica durante
la transcripción con la ayuda de una segunda reacción: PPi → 2 Pi catalizada por una enzima
diferente, una pirofosfatasa. En este caso, el pirofosfato (PPi) producido en la primera reacción se
hidroliza en un fosfato inorgánico (Pi). La hidrólisis del pirofosfato genera gran cantidad de energía
libre y hace irreversible la incorporación del nucleótido. A medida que la polimerasa se mueve a lo
largo de la plantilla de DNA, ésta incorpora nucleótidos complementarios dentro de la molécula de
RNA en crecimiento. Un nucleótido se incorpora dentro de la cadena de RNA si es capaz de
aparear pares de bases (Watson-Crick) con el nucleótido de la cadena de DNA que se transcribe.
Esto puede revisarse en la figura 11-4c en la que el 5'-trifosfato de adenosina entrante forma par
con el nucleótido de timina que contiene el DNA plantilla. Una vez que la polimerasa se ha movido
en un segmento en particular de DNA, la doble hélice de DNA se vuelve a formar. En
consecuencia, la cadena de RNA no permanece vinculada con su plantilla como un híbrido DNA-
RNA (excepto por unos nueve nucleótidos justo al lado del sitio donde actúa la polimerasa). Las
RNA polimerasas son capaces de incorporar alrededor de 20 a 50 nucleótidos por segundo en una
molécula de RNA y muchos genes en las células se transcriben de forma simultánea por cientos o
más polimerasas (como se observa en la figura 11-11c). La micrografía electrónica en la figura 11-
4d muestra una molécula de DNA de fago con diferentes moléculas de RNA polimerasa unidas.
Las RNA polimerasas son capaces de formar RNA muy largos. Por consiguiente, la enzima debe
permanecer unida al DNA en largos segmentos de la plantilla de DNA (se dice que la enzima es
procesiva). Al mismo tiempo, la enzima debe tener una vinculación lo suficientemente laxa para
poder moverse de un nucleótido al siguiente de la plantilla. Mediante metodologías bioquímicas es
difícil estudiar ciertas propiedades de las RNA polimerasas, como la procesividad, porque tienden a
promediar las diferencias entre moléculas individuales de proteínas. Por lo tanto, los investigadores
han desarrollado técnicas que hacen posible seguir las actividades de una sola molécula de RNA
polimerasa tal y como las empleadas para estudiar de modo individual los motores del
citoesqueleto. Dos ejemplos de estos estudios se muestran en la figura 11-5. En estos ejemplos,
una molécula de RNA polimerasa está unida a la superficie de un cubreobjetos y se permite que
transcriba una molécula de DNA que contiene unas pequeñas esferas fluorescentes unidas de
manera covalente a uno de sus extremos. El movimiento de la esfera fluorescente puede seguirse
por microscopia de fluorescencia. En la figura 11-5a, la cuenta está libre para moverse en el medio
y su amplitud de movimiento es proporcional a la longitud del DNA entre la polimerasa y la cuenta.
Conforme la polimerasa transcribe la plantilla, la cadena de DNA que conecta se elonga y el
movimiento de la esfera se incrementa. Este tipo de sistema permite a los investigadores estudiar
la velocidad de transcripción de una polimerasa individual y determinar si la polimerasa transcribe
el DNA en un movimiento estable o discontinuo. En la figura 11-5b, la cuenta en el extremo de la
molécula de DNA que se transcribe queda atrapada por un rayo láser. La poca fuerza desarrollada
por el láser puede variarse lo suficiente para detener la transcripción continua del DNA de la
polimerasa. Las mediciones realizadas en moléculas individuales de RNA polimerasa en el acto de
transcripción indican que esta enzima puede moverse sobre la plantilla, una base (3.4 Å) por vez,
con una fuerza más del doble de la de una molécula de miosina. Aunque las polimerasas son
moléculas relativamente poderosas, estas enzimas no se encuentran siempre en un estado de
movimiento continuo, sino que pueden sufrir pausas en ciertos puntos a lo largo de la plantilla de
DNA e incluso retroceder antes de reasumir su avance. En algunos casos, una polimerasa que
permanece detenida debe digerir más allá del extremo 3' de la transcripción sintetizada de manera
reciente y reiniciar la síntesis de la porción errónea antes de continuar su movimiento. Se han
identificado factores de elongación que aumentan la capacidad de la enzima para superar estos
controles. En este punto de la revisión es útil examinar las diferencias en el proceso de la
transcripción entre las células procariotas y las eucariotas.

SÍNTESIS Y PROCESAMIENTO DE RNA MENSAJEROS

Cuando las células eucariotas se incuban por un corto periodo (30 min) en [3H]uridina o
[32P]fosfato y de inmediato se recuperan, la mayor parte de la radiactividad se incorpora en un
gran grupo de moléculas de RNA que tiene las siguientes propiedades: 1) muestran pesos
moleculares altos (hasta 80S o 50 000 nucleótidos); 2) se representan como grupo por RNA
diversos (heterogéneos) con distinta secuencia nucleotídica, y 3) se encuentran sólo en el núcleo.
Por estas propiedades, dichos RNA se conocen como RNA nucleares heterogéneos (hnRNA) y se
indican con la línea roja que representa la radiactividad en la figura 11-17a. Cuando las células
incubadas con [3H] uridina o [32P] fosfato mediante un pulso breve se colocan en un medio sin
marca radiactiva, y se vigilan por varias horas antes de recuperarlas y extraer el RNA, la cantidad
de radiactividad en los RNA nucleares grandes decrece de modo notorio y aparece en su lugar un
RNA mucho más pequeño en el citoplasma (línea roja en la figura 11-17b). Estos experimentos
pioneros, iniciados por James Darnell, Jr., Klaus Scherrer et al., sugirieron que los hnRNA grandes
y marcados con rapidez eran principalmente precursores de los mRNA citoplásmicos más
pequeños. Un gran cuerpo de investigación ha apoyado de manera inequívoca esta interpretación
en los últimos 40 años. Es importante notar que las líneas rojas y azules de la figura 11-17 siguen
un curso muy diferente. Las líneas azules, que indican la densidad óptica (p. ej., la absorbancia de
la luz ultravioleta) de cada fracción, suministran información acerca de la canti - dad de RNA en
cada fracción después de la centrifugación. A partir de los trazos de las líneas azules es evidente
que la mayor parte del RNA en la célula está presente como rRNA 18S y 28S (junto con varios
RNA pequeños que permanecen cerca de la parte superior del tubo). Las líneas rojas, que señalan
la radiactividad en cada fracción, aportan datos sobre el número de nucleótidos radiactivos
incorporados en los RNA de diferente tamaño durante un pulso breve. Es evidente, a partir de
estas gráficas, que ninguno de los hnRNA (fig. 11-17a) o el mRNA (fig. 11-17b) constituyen una
fracción significativa del RNA en la célula. Si esto fuera así, debería existir una gran corresponde a
la Formación del RNA nuclear heterogéneo (hnRNA) y su conversión a mRNA más pequeños. (a)
Las curvas muestran el patrón de sedimentación del RNA total extraído de células sanguíneas de
pato después de la exposición a [32P]fosfato por 30 min. Los RNA más grandes viajan mucho más
durante la centrifugación y más cerca de la región inferior del tubo donde yacen. La absorbancia
(línea azul) indica la cantidad total de RNA en diferentes regiones del tubo de centrifugación,
mientras que las líneas rojas señalan la radiactividad correspondiente. Es evidente que la mayor
parte de los RNA sintetizados de novo es muy grande, más que los rRNA estables 18S y 28S.
Estos RNA grandes son los hnRNA. (b) La absorbancia y los perfiles de radiactividad del RNA se
extrajeron de células marcadas por pulsos durante 30 min como en la parte a, pero después se
continuaron por 3 h en presencia de actinomicina D, que previene la síntesis del RNA adicional. Es
evidente que los hnRNA grandes se han procesado en productos de RNA más pequeños. entre las
líneas azules y las rojas. De esta forma, a pesar de que los mRNA (y sus precursores
heterogéneos nucleares de RNA) son sólo un pequeño porcentaje del RNA total de la mayor parte
de las células eucariotas, forman parte de un gran porcentaje de RNA sintetizado por la célula en
cualquier momento (fig. 11-17a). Las razones de que existe poca o ninguna evidencia de los
hnRNA y mRNA en las gráficas de densidad óptica de la figura 11-17 apuntan a que estos RNA se
degradan después de lapsos relativamente breves. Esto es en particular cierto para los hnRNA,
que se procesan en mRNA (o degradan por completo) incluso mientras se sintetizan. En cambio,
los rRNA y tRNA tienen vidas medias que se miden en días o semanas y de manera gradual se
acumulan para convertirse en las especies predominantes en la célula. Cierta acumulación de
radiactividad en los rRNA maduros 28S y 18S puede detectarse en la recuperación Las semividas
de los mRNA varían según sean las especies en particular: los límites oscilan entre 15 min y un
periodo de días.

DECODIFICACIÓN DE LOS CODONES: LA FUNCIÓN DE LOS RNA DE TRANSFERENCIA Los

ácidos nucleicos y las proteínas son semejantes a dos lenguajes escritos con diferentes tipos de
letra. Ésta es la razón por la cual la síntesis de proteína se refiere como traducción. La traducción
requiere que la información codificada en la secuencia nucleotídica de un mRNA se decodifique y
utilice para dirigir el ensamble secuencial de aminoácidos en una cadena polipeptídica. Los RNA
de transferencia, que actúan como adaptadores, llevan a cabo la decodificación de la información
de un mRNA. Por un lado, cada tRNA se une a un aminoácido específico (como un aa-tRNA) y, por
otro, el mismo tRNA puede reconocer un codón en particular en el mRNA. La interacción entre

codones sucesivos en el mRNA y el aa-tRNA específico lleva a la síntesis de un polipéptido con

una secuencia ordenada de aminoácidos. Para entender cómo sucede esto, primero se considera
la estructura del tRNA.

La estructura de los RNA

En 1965, luego de siete años de trabajo, Robert Holley de la Cornell University publicó la primera
secuencia de bases de una molécula de RNA, la del RNA de transferencia de la levadura que porta
al aminoácido alanina (fig. 11-42a). Este tRNA se compone de 77 nucleótidos, 10 de los cuales son
modificaciones de cuatro nucleótidos estándar.

Estructura bidimensional de los RNA de transferencia. (a) Secuencia nucleotídica de un tRNAAla

de levadura en forma de trébol. El aminoácido se une al extremo 3' del tRNA, mientras que el
extremo opuesto porta el anticodón, en este caso IGC. La función del anticodón se revisa más
tarde. Aparte de las cuatro bases, A, U, G, y C, este tRNA contiene: ψ, seudouridina; T,
ribotimidina; mI, metilinosina; I, inosina; me2G, dimetilguanosina; D, dihidrouridina; meG,
metilguanosina. Los

sitios de las 10 bases modificadas en este tRNA se indican con el sombreado a color. (b)
Representación general del tRNA en forma de trébol. Las bases comunes a todos los tRNA (en
procariotas y eucariotas) se indican con las siguientes letras: R es una purina invariable, Y una
pirimidina invariable y ψ una seudouridina invariable. La variabilidad mayor entre los tRNA ocurre
en el brazo V (variable), que oscila entre cuatro y 21 nucleótidos. Hay dos sitios de menor
variabilidad a lo largo del brazo