Cinética enzimática

CONCEPTO DE ENZIMA

• Los enzimas son catalizadores muy potentes y

eficaces, químicamente son proteínas. Como
catalizadores, los enzimas actúan en pequeña cantidad
y se recuperan indefinidamente.
• No llevan a cabo reacciones que sean
termodinámicamente desfavorables (no varian el ∆Gr),
no modifican el sentido de los equilibrios químicos, sino
que aceleran su consecución.
aumenta la fracción de moléculas que tienen las energía
suficiente para alcanzar el estado de transición
Continuación…

• Las enzimas, a diferencia de los catalizadores

inorgánicos catalizan reacciones específicas. Sin
embargo hay distintos grados de especificidad.
• La enzima sacarasa es muy específico: rompe el
enlace b-glucosídico de la sacarosa o de compuestos
muy similares.
• Entre los enzimas poco específicos están las
proteasas digestivas como la quimotripsina, que rompe
los enlaces amida de proteínas y péptidos de muy
diverso tipo.
 NOMENCLATURA DE LOS ENZIMAS

– nombres particulares
– Nombre sistemático:
3 partes:
el sustrato preferente - el tipo de reacción realizado – terminación “asa“.
Ej: glucosa fosfato isomerasa que cataliza la isomerización de la glucosa-6-
fosfato en fructosa-6-fosfato. Si es hidrólisis, el segundo componente del
nombre se omite y por ejemplo, la lactosa hidrolasa se llama simplemente
lactasa.
– código de la comisión enzimática (enzyme comission): encabezado por las
letras EC (enzyme commission), seguidas de cuatro números separados
por puntos:
Clase . Subclase . grupos químicos específicos que intervienen en la reacción.
Clase 1: OXIDORREDUCTASAS

Clase 2: TRANSFERASAS

Clase 3: HIDROLASAS

Clase 4: LIASAS

Clase 5: ISOMERASAS

Clase 6: LIGASAS
 Enzimas

Factores físicos y termodinámicos que desfavorecen

una Rx enzimática:

• Variación de entropía Barreras superadas por

la ENERGÍA DE
• Capa de solvatación FIJACIÓN
• Distorsión de los sustratos
• Alineamiento inadecuado
Energía procedente de
de los grupos funcionales
la interacción enzima-
sustrato
La enzima superóxido dismutasa (SOD) cataliza la dismutación de
superóxido en oxígeno y peróxido de hidrógeno.
 Simulación de la droga PPI a la proteina Src
quinasa: topología y cargas complementarias (sitios de
reconocimiento en regiones de unión de elem. de estr. secundaria)
Simulación de la droga PPI a la proteina Src
quinasa: topología y cargas complementarias (sitios de
reconocimiento en regiones de unión de elem. de estr.
secundaria)
El sitio activo involucra aminoacidos separados
en la secuencia primaria (ejemplo: lizosima)
Estructura y función de enzimas
Metodos de catálisis enzimatica

• Provee una superficie de reacción (sitio activo)

• Provee un entorno adecuado (hidrofóbico)
• Permite el acercamiento de los reactivos
• Posiciona a los reactivos correctamente para la reacción
• Forma interacciones débiles con los reactivos
• Provee catálsis ácida/básica
• Provee nucleófilos
Unión al sustrato
Fuerzas de enlace
• Ionicas
• Pte de H
• van der Waals

Ejemplo: Unión de piruvico a LDH

O O
H-Bond H
C O
H3 C C O
Ionic
C O bond
O H3 C C
H3N
O
Interacciones posibles vdw-interactions

H-Bond
van der Waals
Ionic
Mecanismos catalíticos
Catálisis ácido/base

• Histidine
+H
NH NH
N -H N
H
No-ionizada Ionizado
Actua como base Actua como ácido
(sumidero de protones) (fuente de protones)

Ataque nucleofílico

H H
H3N CO2 H3N CO2

L-Serine L-Cysteine
OH SH
Estabilizacion de
este complejo
 Mecanismo de la ribonucleasa pancreatica

Hidroliza polirribonucleótidos en los enlaces Py-X, siendo Py un

nucleótido pirimidínico (C, U) y X cualquier otro nucleótido.
 Definiciones
•Consideramos una reacción arbitraria
aA+bBcC+dD
•Se define velocidad de reacción como:
1 d [ A] 1 d [ B ] 1 d [C ] 1 d [ D]
v   
a dt b dt c dt d dt

•Se llama ley de velocidad a:

El quid de la cuestión es
v  f (T , composición) hallar esta f.
Debe determinarse
experimentalmente
Orden de reacción y constante de
velocidad
En muchos casos: v  k (T )[ A] [ B] [ F ] ...
k = constante de velocidad
de reacción.
 = orden de reacción respecto
al componente A.
 = orden de reacción respecto
al componente B.
 +  +…+  = orden total de
reacción.
 Ejemplos sencillos
• Primer orden • Segundo orden

f (T , composició n)  k[ R] f (T , composició n)  k[ R]2

d [ R] d [ R]
v  k[ R] v  k[ R]2
dt dt
integrando integrando

[ R]  [ R]0 e  kt 1

1
 kt
ln [ R]  ln [ R]0  kt [ R] [ R]0
 Gráficos de primer orden
CH3NC  CH3CN v= [CH3NC]
 Gráficos de segundo orden
NO2 + CO  NO + CO2 v= [NO2]2
 Para una reacción química común, la
velocidad en el tiempo cae debido a:

• Disminuye la concentración de reactivo

• La reacción inversa se hace importante al aumentar la [P]
• La reacción alcanza un equilibrio

PoS

tiempo
 Para una enzima, la velocidad en el tiempo
cae debido a:
Disminuye la concentración de reactivo (sustrato)
• La reacción inversa se hace importante al aumentar la [P]
• El producto puede inhibir a la enzima
• Cambios de PH o temperatura pueden modificar a la
enzima en el curso de la reacción
• Al disminuir la [S] puede disminuir la saturación de la
enzima
 Unidades de actividad enzimática

Unidad internacional: cantidad de enzima que cataliza la formación

de 1 micromol de producto por minuto en condiciones óptimas
Katal: cantidad de enzima que cataliza la formación de 1 mol de
producto por segundo en condiciones óptimas.

La cantidad de una enzima entonces se expresa usando una

VELOCIDAD
La concentración de una enzima es la cantidad de enzima
(expresada en unidades) por unidad de volumen
La actividad específica de una enzima es la cantidad de enzima
(expresada en unidades) por miligramo de proteína
El mecanismo de Michaelis-Menten
 La representación más utilizada, no es la más recomendable ya que da
impresiones extremadamente engañosas de los errores experimentales: así para
pequeños valores de v, pequeños errores en la medida de v, conducen a grandes
errores en 1/v, mientras que para valores grandes de v los mismo pequeños
errores en la medida de v conducen a errores apenas apreciables en 1/v.

1/v

1/[S])
 2.2. Representación de Hanes
Si multiplicamos ambos miembros de la ec. de dobles inversos, por [S], obtendremos,

1 Km 1 
  S 
1
  
 v V max V max S  

S   Km

S
v V max V max

S   
La representación de [S]/v frente a [S], da una recta:

Km   1 
  S 
v  V max   V max 
y = b + m x
- Esta representación se conoce como representación de Hanes, representación de
Woolf o de Hanes-Woolf.
 Pendiente = 1/Vmax
[S]/v corta en el eje [S]/v en un punto = Km/Vmax,
corta en el eje [S] en un punto = - Km

m = tg = 1/Vmax


- Km

Km/Vmax

[S]
 ¿Cómo afectarán los errores de medida de la velocidad de reacción en esta
representación?

* En esta representación, como puede verse en la siguiente figura, los errores en [S]/v
son un reflejo mucho más fiel de los errores cometidos al medir el valor de v. Por este
motivo, la representación de Hanes es preferible a otras linealizaciones de la ecuación
de Michaelis-Menten.

[S]/v

[S]
 2.3.Representación de Eadie-Hofstee.

1 1 Km 1 
     vV max
 v V max V max S  
Si multiplicamos ambos miembros de la ecuación de inversos por v * Vmax
obtenemos,
Vmax = v + (Km v)/[S]
v
y reordenando
v  V max  Km
S 
y = b - m x

Esta representación se conoce como representación de Eadie-Hofstee

 v Vmax

m = tg = -Km


Vmax/Km

v/[S]
La representación de v frente a v/[S] nos da una recta de:
- pendiente = -Km
- corte en el eje v = Vmax
- corte en el eje v/[S] = Vmax/Km
 Aspectos Positivos

Esta representación en general proporciona resultados

realmente buenos, ya que v aparece en ambas coordenadas
como factor multiplicativo, por lo que los errores cometidos en la
medida de v, harán que la curva se acerque o aleje del origen en
v lugar de hacerlo paralelamente al eje de ordenadas.

Aspectos Negativos

Esta representación, contrariamente a la

de dobles inversos que hace aparecer
como buenos malos resultados, hace
aparecer como malos, buenos resultados,
v/[S] dificultando grandemente el ocultamiento
de puntos que se desvíen de la recta.

Por lo que esta representación es la más adecuada para el

estudio de comportamientos que se desvíen del modelo de
Michaelis-Menten.
 L v  k cat E 0  vmax
M
e
c
an
i
smo
d
eM
i
ch
ae
l
i
s-
Me
nt
e
n

S  0
.
5
v

k cat E 0
m
a
x

0
.
4

L v
S 0
S 0
.
3

KM 0
,
5vm
a
x

d[P]/t
0
.
2

vS   K M   vmax 2 0
.
1

0
.
0
K
M
0 1
0 2
0 3
0
[
S]
 Competicion de sustratos
KM y Vmax dependen del enzima y del sustrato

Supongamos 2 proteinas A y B hidrolizadas por el mismo enzima

Si las [A] y [B] son chicas ([A] <<KM,A y ([B] <<KM,B)

EFECTO DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA