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Flores se graduó en 1773 de Bachiller en Medicina, en la Universidad de San Carlos, donde fue un
alumno aventajado de Manuel Ávalos y Porres, cinco años después ganó por oposición la cátedra de
Prima de Medicina y en 1780, entre abril y mayo obtuvo los grados de Licenciado y Doctor en
Medicina (Diccionario Histórico Biográfico de Guatemala, 2004).
Elaboró tres maniquíes de cera coloreada de tamaño natural y piezas desmontables, para mostrar la
anatomía y la fisiología humana. El primero de aquellos maniquíes exhibía los sistemas óseos, vascular
y nervioso, el segundo el sistema muscular y el tercero el conjunto visceral. Sostuvo que en el estudio
de la Anatomía y de la Fisiología se encontraban los fundamentos de la patología y de la terapéutica
(Diccionario Histórico Biográfico de Guatemala, 2004).
Propuso la inoculación de la viruela como medida preventiva, pero las autoridades de la Audiencia y
del Ayuntamiento no aprobaron el plan. Reformó los planes de estudio en la carrera de Medicina e
introdujo nuevos métodos en la enseñanza de esta disciplina. Junto con fray Antonio Liendo y
Goicoechea introdujo el estudio de la Física Experimental y montó el primer gabinete natural, así
mismo organizó una biblioteca, con fondos variados y actualizados. Fue miembro fundador de la
Sociedad Económica de Amigos del País, en Guatemala