A.

Rumusan Masalah
1. Metode apa saja yang digunakan dalam melakukan isolasi DNA terutama pada
buah?
2. Dengan menggunakan metode isolasi yang digunakan, deterjen mana yang lebih
efektif dalam mengamati DNA buah?
3. Bagaimanakah tahapan dalam melakukan pengamatan isolasi DNA?
B. Tujuan
1. Untuk mengetahui cara atau metode mengisolasi DNA pada buah.
2. Untuk mengetahui keefektifan kualitas deterjen pada percobaan isolasi DNA
pada buah.
3. Sebagai acuan belajar, sekaligus sebagai pengetahuan awal dalam penelitian
terutama mengenai materi DNA.
C. Dasar Teori
DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting pada makhluk hidup,
yang membawa materi genetic dari sel khususnya atau dari makhluk dalam
keseluruhannya dari generasi ke generasi. Molekul DNA terdapat pada nucleus,
mitokondria, plastid dan sentriol. Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk
sebagai benang lurus dan tidak bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada
mitokondria dan plastid berbentuk lingkaran.
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian
dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran
inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu
teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan
RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat
dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil.
Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen.
Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti
untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA. Setelah menunggu beberapa saat
terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan lapisan bawah, yang menunjukkan
bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika molekul DNA
terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul
tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut mereka akan menggumpal
sehingga dapat dilihat. DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul
diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis
air. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa
nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida (Istanti, 1999).
Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus,
 mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini merupakan
nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana basa
nitrogen dan kedua ”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan
yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan
nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat.
Selain itu DNA juga bisa diisolasi, melalui tahapan-tahapan antara lain:
preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA.
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada
setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini
karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang
dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel
buah, maka akan memberikan hasil yang berbeda pula. Semakin tinggi kadar air
maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit. Proses isolasi DNA diawali dengan proses
ekstraksi DNA.
Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik
maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau
penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat
dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah
satunya adalah deterjen. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan
karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa ”lipid protein -deterjen komplek s”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik.
D. Alat dan Bahan
Alat
1. Timbangan
2. Corong (6 buah)
3. Kaca pengaduk (4 buah)
4. Pisau
5. Blender
6. Tabung reaksi (12 buah)
7. Beaker glass 500 mL (12 buah)
8. Gelas ukur 50 mL (4 buah)
9. Spatula (4 buah)
10. Rak tabung (4 buah)
11. Lap meja atau serbet (4 buah)
12. Saringan teh (6 buah)
13. Pipet tetes (4 buah)
Bahan
1. Buah semangka, melon, dan jeruk (@200 gram)
2. Aquades (700 mL)
3. NaCl (garam dapur) (1 bungkus)
4. Detergen bubuk, cair, dan krim (@1 bungkus)
5. Alkohol dingin 96% (70 mL)
6. Kertas saring (12 lembar)
7. Kertas tissue (1 pack)
8. Kertas label (1 pack)
E. Prosedur Kerja

Menyiapkan alat dan bahan yang dibutuhkan.

Melarutkan detergen bubuk, krim, dan cair dengan

air secukupnya. Diusahakan jangan sampai
berbusa.

Mengambil 200 gram daging buah dan menambah dengan 200

mL air, kemudian diblender hingga halus. Perlakuan ini dilakukan
pada semangka dan melon saja karena untuk jeruk sari buahnya
diambil dengan cara diperas.

Menyaring setiap jus buah hingga tidak

ada ampas yang tertinggal.

Memasukkan larutan buah yang telah disaring pada tabung

reaksi sebanyak 10 mL.

Menambahkan NaCl dan detergen (bubuk, krim,

dan cair) yang telah disediakan.

Menetesi sari buah dengan alkohol 96% dingin 5 mL dan ditunggu serta
dihitung waktu yang digunakan untuk mengisolasi DNA dan diamati pula
wujud isolat yang terbentuk apakah itu kabut, benang, maupun kapas.

F. Hasil dan Data Pengamatan

NO. Jenis Buah Perlakuan Waktu terbentuk Hasil isolat
1. Buah semangka Sanlight 80 s = 1 menit 20 s Kabut +
Deterjen Butiran 130 s = 2 menit 10 s Kabut ++++
 Krem 70 s = 1 menit 10 s Kabut +++
2. Buah melon Sanlight 11 menit 34 detik Kapas +
Deterjen Butiran 12 menit 43 detik Kabut +++
Krem 8 menit 28 detik Kabut +++
3. Buah jeruk Sanlight 13,38 s Kapas +
Deterjen Butiran 13,59 s Kabut +++
Krem 62 s = 1 menit 2 s Kapas ++

Keterangan
+ = sangat tipis
++ = cukup tebal
+++ = tebal
++++ = sangat tebal
G. ANALISIS DATA
Praktikum kali ini yaitu isolasi DNA bertujuan untuk mengetahui
pengaruh macam buah dan jenis detergen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan
dalam proses isolasi. Pada praktikum ini telah dilakukan percobaan pada 3 buah
yang berbeda diantanya terdapat buah melon, jeruk, dan semangka dengan tiga
reagen yang berbeda yaitu terdapat deterjen cair, deterjen cream, dan deterjen
bubuk. Sebelumnya buah buah ini di blender terlebih dahulu kecuali buah jeruk,
agar nantinya bisa didapatkan alikot. Setelah buah diblender maka diitambahkan
detergen dan selanjutnya ditambah dengan NaCl, dalam mengaduk diusahakan
jangan sampai berbuih. Kemudian menuangkan alkohol dingin melalui dinding
tabung reaksi.

Pada buah yang pertama yaitu buah jeruk didapatkan hasil ketika
ditambahkan reagen deterjen cair munculnya partikel putih (DNA) memiliki
kuantitas cukup tebal yang strukturnya menyerupai kapas., terbentuknya pada
13,38 detik. Pada jeruk dengan penambahan reagen deterjen cream munculnya
partikel (DNA) memiliki kuantitas cukup tebal yang strukturnya menyerupai
kapas dimana hsilnya sama seperti pada penambahan reagen detergen cair,
terbentuknya pada 1 menit 2 detik. Pada jeruk dengan penambahan reagen
deterjen bubuk munculnya partikel (DNA) menyerupai kabut bewarna putih,
strukturnya memiliki kuantitas sangat tipis, terbentuknya pada 13,59 detik.
Pada buah yang kedua yaitu menggunakan buah melon didapatkan hasil ketika
ditambahkan reagen deterjen cair munculnya partikel putih (DNA) memiliki
kuantitas cukup tebal yang strukturnya menyerupai kapas., terbentuknya pada 11
menit 34 detik. Pada melon dengan penambahan reagen deterjen cream
munculnya partikel (DNA) menyerupai kabut bewarna putih, terbentuknya pada
8 menit 28 detik. Pada melon dengan penambahan reagen deterjen bubuk
munculnya partikel (DNA) menyerupai kabut bewarna putih dimana hasilnya
sama seperti pada penambahan reagen detergen cream, strukturnya memiliki
kuantitas sangat tipis, terbentuknya pada 12 menit 43 detik.
Pada buah yang ketiga yaitu buah semangka didapatkan hasil ketika
ditambahkan reagen deterjen cair munculnya partikel putih (DNA) menyerupai
kabut bewarna putih, struktunya memiliki kuantitas sangat tipis, terbentuknya
pada 1 menit 20 detik. Pada semangka dengan penambahan reagen deterjen
cream munculnya partikel (DNA) menyerupai kabut bewarna putih, strukturnya
memiliki kuantitas yang lebih tebal daripada ketika ditambahkan detergen cair,
terbentuknya pada 1 menit 10 detik. Pada semangka dengan penambahan
 reagen deterjen bubuk munculnya partikel (DNA) menyerupai kabut bewarna
putih, struktunya memiliki kuantitas yang sangat tebal atau lebih tebal daripada
penambahan reagen cream, terbentuknya pada 2 menit 10 detik.
Jadi dari praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa pada
masing-masing buah yang ditambah dengan detergent yang berbeda-beda
membutuhkan waktu yang berbeda pula dalam pembentukan benang-benang
DNA. Begitu juga dengan ketebalan dan warnanya.

H. PEMBAHASAN
Isolasi DNA adalah tahapan yang terpenting dalam analisis biologi
molekuler. Teknik-teknik isolasi DNA yang telah dikembangkan sangat mahal dan
memerlukan waktu yang cukup lama. Teknik/ metode isolasi DNA yang digunakan
kali ini sangat sederhana yaitu menggunakan metode Kitchen Preparation.
Metode isolasi ini memanfaatkan bahan- bahan yang biasanya digunakan ibu
rumah tangga yaitu sabun cuci (cair, bubuk atau krim). Isolasi DNA metode
Kitchen Preparation menggunakan detergen sebagai alternatif pengganti EDTA
dan SDS, garam dapur sebagai pengganti NaCl. (Listanto, 1996)
Dari praktikum isolasi DNA pada buah melon, jeruk dan semangka,
terlihat struktur DNA yang berhasil diisolasi. Struktur DNA tersebut berupa
gumpalan serabut yang menyerupai benang yang terletak diantara aliqut dan
alkohol. Dalam pengisolasian DNA, semua bagian dari sel selain DNA harus
dibuang, semisal seperti dinding sel, membran inti, mitokondria, Retikulum
Endoplasma, Aparatus Golgi, vakuola, dan lisosom. Cara membuang beberapa
organel sel tersebut yaitu dengan memblender buah-buahan tersebut. Selanjutnya
dilakukan perusakan membran sel dan membran inti dengan detergent yang
berbeda- beda. Pada dasarnya prinsip isolasi DNA ada prinsip penghancuran
dinding sel, pelisisan sel, ekstraksi dan pemurnian.
Tahap pertama dari pengisolasian DNA yaitu penghancuran dinding sel
(Abdul Hamid, 2001) secara mekanis, yaitu dengan memblendernya dan
selanjutnya menyaring hasil blender. Karena bahan yang digunakan adalah buah-
buahan maka proses menghancurkan dinding sel lebih mudah karena telah
mengandung beberapa selulosa, lignin, pektin, dan bahan pengeras dinding sel
yang lain (kartini, 2001). Selain itu, proses memblender dan menyaring hasilnya
bertujuan untuk memperluas permukaan sel, supaya reaksi-reaksi dapat
berlangsung lebih cepat, karena secara kimiawi semakin luas permukaan reaktan
maka reaksi kimia akan semakin cepat pula (Anshori, 1994).
Tahap kedua pengisolasian DNA adalah melisiskan sel. Proses yang
mesti dilakukan yaitu dengan menambahkan detergen dan garam ke dalam
campuran. Pemberian detergen berfungsi untuk membuka atau memecah
membran sel (baik membran sitoplasma maupun membran nuklelus) atau pelisis
barrier (penghalang). Molekul detergent terdiri dari dua bagian, yaitu bagian
kepala yang suka air (hidrofilik) dan bagian ekor yang tidak suka air (hidrofobik).
Bagian ekor yang tidak suka air akan berikatan dengan molekul lemak dan
protein yang menyusun membran sel. Sedangkan bagian yang kepala yang suka
dengan air, akan berhubungan dengan air (Genetik Science Learning Center The
University of Utah, 2005). Menurut Jamilah (2005) detergen bisa menyebabkan
kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela
interaksi polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung
disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan
dodesil sulfat.
Pemberian NaCl (garam) ini memiliki tujuan yang sama dengan penambahan
detergen, yaitu melisiskan membran sel, tetapi fokus bekerja pada molekul
oligosakarida dan glikoprotein pada membran. Kedua molekul ini akan dilisiskan
oleh NaCl. Selain itu, keadaan hipertonis yang ditimbulkan oleh penambahan
garam juga dapat mengakibatkan sel mengalami lisis. Selain berfungsi dalam
melisiskan membrane sel, pemberian garam juga memiliki fungsi yang sama
dengan SDS pada isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk
memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. (Harley 2005:
410). Jadi dapat disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai
penghilang protein dan karbohidrat, menjaga kesetabilan pH lysing buffer,
garam juga membantu proses pemekatan DNA.
Pada proses pengadukan ini mesti dilakukan secara hati hati supaya tidak
menimbulkan buih. Apabila ditemukan buih maka akan menyebabkan
penghambatan pada isolasi DNA. DNA akan sulit diamati karena terhalangnya
penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak buah,
detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya
buih.
Tahap ketiga adalah pemurnian DNA. Pada tahap ini dilakukan dengan
cara manambahkan alkohol dingin 96%. Alkohol disini difungsikan untuk
memisahkan DNA dengan molekul-molekul lain, misalnya seperti protein.
Alkohol memiliki molekul yang lebih padat dan ringan daripada air sehingga
alcohol ini akan berada di atas permukaan campuran. Protein dan lemak akan
berada pada bagian bawah sedangkan DNA akan memisah dan berada pada
daerah alkohol.
 Dengan adanya perbedaan waktu yang diperlukan untuk memisahkan
DNA atau mengisolasi DNA dapat dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu
semisal jenis buah dan detergent yang ditambahkan. Ditemukannya perbedaan
ini karena tidak semua jenis buah itu letal pada kandungan dari suatu detergent.
Hal ini terjadi karena pada buah memiliki perbedaan pigmen yang masih
berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki tingkat kemampuan yang
berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap detergent, sehingga
perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa
kemampuan setiap detergent dalam merusak membran sel tidak sama.

I. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan disimpulkan bahwa pada
paraktikum kali ini teknik/ metode isolasi DNA menggunakan metode Kitchen
Preparation. Dimana masing-masing buah ditambah dengan detergen yang
berbeda-beda membutuhkan waktu yang berbeda pula dalam pembentukan
benang-benang DNA. Begitu juga dengan ketebalan dan warnanya. Dari hasil
praktikum, buah semangkalah yang memiliki ketebalan yang sangat tebal dari
pada buah yang lain. Maka dapat di tarik kesimpulan deterjen yang berbentuk
butiran sangat efektif dalam peranannya untuk mengisolasi DNA pada buah.
Begitu pula dengan buah yang lain deterjen butiranlah yang sangat efektif dari
pada menggunakan sunlight dan cream. Selain itu garam dapat digunakan
sebagai penghilang protein dan karbohidrat, menjaga kesetabilan pH lysing
buffer, serta garam juga membantu proses pemekatan DNA.
J. DISKUSI
1. Apa yang dimaksud dengan isolasi DNA?
Jawab: Isolasi DNA adalah proses pemisahan molekul DNA dari molekul-
molekul lain di inti sel, mitokondria, maupun kloroplas.
2. Apakah fungsi penambahan detergen?
Jawab: Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen
dapat menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga
dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
3. Apakah fungsi penambahan garam?
Jawab: Menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan
yang kemudian tersaring pada proses penyaringan, serta berperan sebagai ”lysing
buffer”, yakni menjaga pH larutan agar tetap konstan, sehingga diharapkan tidak
terjadi denaturasi DNA.
4. Apakah fungsi penambahan alkohol? Mengapa alkohol yang ditambahkan harus
dalam keadaan dingin?
Jawab: Alkohol berfungsi untuk memperitifikasi DNA. Alkohol yang dingin
akan mempercepat proses tersebut.
5. Mengapa pengadukan campuran setelah ditambahkan detergen tidak boleh sampai
berbusa? Jawab: Agar tidak mengganggu pengamatan, karena DNA yang
berhasil diisolasi nampak tipis, dan dapat dipastikan lapisan DNA tersebut akan
tertutupi jika terdapat banyak buih.
6. Mengapa pada macam detergen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan waktu
pembentukan yang berbeda?
Jawab: Karena kandungan yang ada pada antar detergen berbeda produk satu
dengan produk yang lainnya. Sehingga, kecepatan pembentukan DNA berbeda hal
tersebut dikarenakan kecepatan pemecah sel juga berbeda.

7. Mengapa pada macam buah yang berbeda kuantitas DNA dan waktu pembentukan
yang berbeda?
Jawab: Karena pada buah terdapat perbedaan pigmen yang masih berikatan
dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran kemampuan yang berbeda
dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap deterjen, sehingga perbedaan
waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan
detergent dalam merusak membran sel tidak sama.
 DAFTAR RUJUKAN

Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill Company

Jamilah. 2005. pengaruh berbagai macam detergen, penambahan enzim, dan ekstrak nanas (
Ananas comunis )terhadap hasil isolasi DNA berbagai macam buah sebagia topik
praktikum mata kuliah genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang : Universitas Negeri
Malang.
Kartini, Endang. 2001. Sitologi. Malang : Universitas Negeri Malang
Listanto, E; pardal,s.j; Wang, k. 1996. Jurnal Bioteknologi Pertanian, Indonesian Journal of
Agricultural Biotechnologi. Metode sederhana isolasi DNA dari tanaman jagung
transgenic untuk polymerase chain reaction. Balai penelitian Bioteknologi Tanaman
Pangan. Bogor
Machmud, Wildan. 2006. Penentuan Lc 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya Terhadap
Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe Ploidi yang Berbeda.
Skripsi tidak diterbitkan. Malang : Program Sarjana Biologi
Toha, Abdul Hamid. 2001. Deoxiribosa Nuclear Acid. Bandung : Alfabeta
Zubaidah, siti. 2004. Identifikasi, variasi genetik, distribusi dan upaya eliminasi bakteri penyebab
CVPD ( Citrus Vein Phloem Degeneration ). Desertasi tidakl diterbitkan. Malang :
program pasca sarjana Universitas Brawijaya.
LAMPIRAN