ECOLOGÍA MICROBIANA

Ecología Cuantitativa
Ecología Microbiana
 ECOLOGIA: Oikos (Casa o morada) y Logos
(estudio o tratado)
La ciencia estudia las interrelaciones entre los
organismos y su ambiente vivo y no vivo.

 La Ecología Microbiana explora las relaciones entre

los microorganismos y sus
ambientes biótico y abiótico.
Objetivos
 Apreciar la biodiversidad de los microorganismos
en la naturaleza y entender la interacción existente
entre los diferentes gremios que componen las
comunidades microbianas.

 Medir la actividad de los microorganismos en la

naturaleza y controlar sus efectos en los ecosistemas
Métodos de E. Microbiana

La ecología microbiana se centra en dos aspectos

principales
 Biodiversidad: Aislamiento, identificación y

cuantificación de los microorganismos en diferentes

hábitats
 Actividad Microbiana: Lo que los microorganismos
hacen en su hábitat
Temas que aborda…..
 Diversidad microbiana
 Cultivos microbianos
 Interacciones microbianas
 Ambientes: Acuático, Terrestre, Atmosfera,
Ambientes extremos
 Papel de los microorganismos: ciclos biogeoquímicos
 Aplicaciones de la ecología
CONCEPTOS
 Ecosistema: comunidad de organismos y su entorno
natural

 Ambiente: Todo lo que rodea y actúa sobre un

organismo vivo: factores físicos, químicos y
biológicos.

 Microambiente: Ambiente que rodea a una célula o

grupo de células microbianas
CONCEPTOS
 Hábitat: es el lugar donde vive, donde se encuentra, el
espacio físico real donde se mueve, relaciona, se
alimenta y se reproduce

 Nicho: la especialidad que tiene una especie en su

hábitat, de qué manera utiliza los factores ambientales
físicos y biológicos que la rodean para desarrollar
todas sus actividades vitales.

La temperatura, pH, disponibilidad de agua, luz,

oxigeno y nutrientes son factores que definen el nicho
ecológico de cada microorganismo
 Micro hábitats y nicho
21
3 mm

1 10
Diferentes
concentraciones de
0 oxigeno crean
0 mm
diferentes nichos,
5 aun que el hábitat
sea la misma
partícula de suelo.

3 mm

3 mm 0 mm 6 mm
CONCEPTOS
 Población: reunión de organismos individuales que
tienen características comunes

 Gremio : Población de Microorganismos relacionados

metabólicamente.

 Comunidades microbianas: Conjunto de gremios que

llevan a cabo procesos fisiológicos complementarios.

 Consorcio: Colección de organismos que se asocian

funcionalmente
Diversidad Microbiana
¿¿¿Biodiversidad ???

Incluye todas las formas de vida, los ecosistemas y los procesos

ecológicos y reconoce la jerarquía en los niveles genéticos,
taxones y de los ecosistemas (IUCN)

La variabilidad de organismos vivos de cualquier fuente,

incluidos, entre otras cosas, los ecosistemas terrestres y marinos
y otros ecosistemas acuáticos y los complejos ecológicos de los
que forman parte; comprende la diversidad dentro de cada
especie, entre las especies y de los ecosistemas (CDB)
Biodiversidad
 Riqueza: Número total de especies
 Equidad: Similitud de abundancia de las especies

La mayor diversidad se presenta en las

comunidades con presencia de diferentes especies
(riqueza) en abundancia relativamente igual
(uniformidad).
Diversidad Microbiana

ADAPTABILIDAD
Diversidad microbiana
Diversidad microbiana
 Gran reserva de vida
 Inexplorada

 Su conocimiento estaba ligado a técnicas cultivables

 < 10 % de los microorganismos han sido cultivados

 Fuente de bienes y servicios

para el hombre
Diversidad inexplorada
 Desconocimiento de factores nutricionales
 Condiciones fisicoquímicas
 Poca información sobre las relaciones que presentan en
el medio natural
 Capacidad para reproducir en laboratorio todas las
condiciones necesarias

Limitación
Biodiversidad en Colombia

Hotspots
Métodos de estudio
Métodos no dependientes del
cultivo microbiano
 Extracción directa de
ácidos nucleícos
 Amplificación de ADN
 Permite conocer los
responsables de
importantes procesos
biológicos
 Metagenomas: conjunto de
genomas de M.O en una
muestra
Métodos dependientes de cultivo
microbiano
 M.O aislados en un medio
de cultivo
 Caracterización fenotípica
 Ácidos nucleícos extraídos
posteriormente
 Condicionado
Técnicas moleculares no dependientes del cultivo microbiano

Lozada et al., 2004

Ventajas de métodos no dependientes del
cultivo

 Obtener información sobre composición y estructura

de poblaciones y comunidades microbianas
 Establecer el impacto de los factores ambientales
sobre la diversidad microbiana
 Diseñar marcadores con fines de diagnostico e
identificación de MO cultivables y no cultivables
 Métodos dependientes de cultivo
Caracterización fenotípica
 Característica única o múltiples
 Organismos pocos relacionados entre sí pueden presentar
fenotipos similares
 Basados en la disposición de células microbianas viables
sobre un medio que contiene nutrientes necesarios e
incubación bajo condiciones que favorezcan la
observación de los fenotipos
Caracterización fenotípica

Separación de diferentes MO:

cultivo axénico

Colonias diferenciadas
Amplificación mediante
reproducción celular de la señal
que debe observarse

Limitación cuando la población

blanco esta en bajas
concentraciones
 Métodos dependientes de cultivo
Abundancia
Directos Indirectos
Observación directa del  Evidencia presuntiva de
microorganismo MO por medio de la
Datos en cortos periodos de búsqueda de productos
tiempo metabólicos en ensayos
cultivables

 Análisis relacionados con la

actividad metabólica
Directos vs. Indirectos
Métodos directos
Recuento al microscopio
- En cámara

- Marcadores específicos ( DAPI, FITC, PI)

- Viables no cultivables, Viables cultivables y no

viables
- Directamente proporcional a la biomasa
Cámara de
Neubauer
Recuento directo

ventajas Desventajas
 Rápido  No distingue células vivas de
 Inmediato muertas
 Aplicación en diferentes tipos de  Requiere de experticia
hábitats, con poblaciones de  Cuando las células no se tiñen se
diferentes tamaños y estados requiere un microscopio de
fisiológicos. contraste de fases
 No adecuado para muestras con
baja densidad celular <106
 Se recomienda inmovilizar las
células antes del recuento
 Recuento Indirecto: Conteo de Viables

Viabilidad: capacidad de una célula de reproducirse.

Cada célula es capaz de formar un colonia

Recuento en placa o de colonias

# colonias x FD x FC: UFC/mL ó g

35 x 104x10: 35 x 105 UFC/mL

Conteo de Viables

- Siembra por extensión

- Siembra por vertido en placa

Recuento Viables

ventajas Desventajas

 Muestras con baja densidad –  Afectada por el medios de

sensible cultivo, el tiempo de incubación,
 Permite contar diferentes tipos tamaño de las colonias.
de microorganismos – medios
selectivos
 Bajo costo
Turbidimetria
 El crecimiento de los microorganismos en un medio
de cultivo liquido genera turbidez, la cual puede
ser medida y tomada como medida de crecimiento
debido a la absorción de la luz.

 La turbidez se determina por la densidad óptica

(DO) que puede ser expresada como Absorbancia
ó % de Transmitancia.
Patrón de Mac Farland
Número Más Probable

 Es una estrategia eficiente de estimación de

densidades poblacionales, especialmente cuando
no es posible una evaluación de células
individuales.

 La técnica se basa en la determinación de

presencia o ausencia en réplicas de diluciones
consecutivas de atributos particulares (metabólicos)
de microorganismos presentes en una muestra.
 Número Más Probable

 La densidad poblacional se obtiene

del patrón de ocurrencia de ese atributo en diluciones
seriadas y el uso de una tabla probabilística
 Técnica probabilística

 Dos condiciones: los MOs deben estar distribuidos

al azar y que la presencia de un solo MO viable

en el volumen inoculado, dé lugar a desarrollo
visible (Atributo particular) luego de la incubación.
CRECIMIENTO
Características de la célula
 Auto-alimentación o nutrición – Metabolismo
 Auto-replicación o crecimiento
 Diferenciación: Formación de estructuras
especializadas, dispersión o supervivencia
 Señalización química: Taxis, comunicación
 Evolución
Metabolismo
Transformaciones a través de enzimas
 Anabolismo: Biosintesís, Consumen energía.

 Catabolismo: Degradación, Liberan energía

Crecimiento – Replicación Celular

Fisión binaria

1.Elongación y duplicación
del material genético o
ADN

2. Separación de ADN
dentro de las células

3. Citocinesis o
separación celular
 Curva de Crecimiento

1. Fase de latencia:
preparación
2. Fase Exponencial:
Crecimiento Logarítmico
3. Fase estacionaria:
Ausencia de incremento
4. Fase de muerte
Nutrición Microbiana
Suministrar a las células los ingredientes químicos
necesarios para hacer monómeros

 Ingredientes químicos = Nutrientes

 Macronutrientes: Se requieren en grandes
cantidades. C, N,P,S, K, Mg, Ca, Na
 Micronutrientes: Se requieren en pequeñas
cantidades. Son elementos traza, metales. Función
estructural en Enzimas.
Nutrición Microbiana

 Factores de crecimiento:
Compuestos orgánicos que se
requieren en pequeñas cantidades.
Dependiendo de las células.

Por ejemplo: Vitaminas, aminoácidos,

purinas, pirimidinas.
 Elemento % peso seco Función fisiológica
celular
Carbono 50 Componentes orgánicos celulares
Oxigeno 20 Agua, aceptor final de electrones, Componentes
orgánicos celulares
Nitrógeno 14 Proteínas, ácidos nucleicos, coenzimas
Hidrógeno 8 Agua, Componentes orgánicos celulares

Fósforo 3 Ácidos nucleicos, fosfolípidos y enzimas

Azufre 1 Proteínas (aa), coenzimas
Potasio 1 Catión inorgánico y cofactor reacciones
enzimáticas
Sodio 1 Catión inorgánico, transporte de membrana
Cloro 0.5 Anión inorgánico
Magnesio 0.5 Catión inorgánico y cofactor reacciones
enzimáticas
Hierro 0.2 Citocromos y proteínas Agua y
Otros 0.3 Funciones diversas vitaminas
TALLER
Taller
 1) Cual es el objetivo del artículo
 2) Explique cual es la importancia de los conceptos ecológicos
en los estudios de microbiología de alimentos
 3) Indique que tipo de información sobre el estudio de los
microorganismos en alimentos es posible obtener por métodos
moleculares.
 4)Elabore un cuadro con las técnicas no dependientes de
cultivo que pueden ser empleadas para el estudio de las
poblaciones microbianas en alimentos (Estructura, detección y
cuantificación de actividad microbiana, estudio In situ),
describa en que consiste cada una de ellas, sus ventajas y
desventajas.