BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Berawal pada tahun 1868, Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium
Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut
luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini
diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan
enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi
terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
kemudian zat ini dinamakan “nuclein” sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein.
Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk
sel dan jaringan normal.
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat
penting dalam biosintesis protein. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada
umumnya terikat pada protein yang mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti
sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini
disebut nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein,
tetapi yang menjadi monomer bukan asam amino, melainkan nukleotida.

1.2 Tujuan
Menjelaskan tentang struktur dasar, jenis, dan peranan asam nukleat, struktur,
dan replikasi DNA pada sel prokaryotik dan eukaryotic, serta menjelaskan struktur,
jenis dan fungsi RNA.

1
 2

BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang
tersusun dari monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan
fosfodiester. Fungsi utama asam nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan
pemindahan informasi genetik. Informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel anak
melalui proses replikasi. Sel memiliki dua jenis asam nukleat yaitu asam
deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid/DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic
acid/RNA). (Marks Dawn, et al., 2000).
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan
informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing sel.
Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida , disebut asam
deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri- dari unit-unit ribonukleaotida disebut
asam ribonukleaotida (RNA).

2.2 Struktur dan Komponen Penyusun Asam Nukleat

2.2.1 Struktur Asam Nukleat
Struktur asam nukleat DNA dan RNA mirip. Struktur ini dibagi menjadi empat
tingkatan yang berbeda, primer, sekunder, tersier dan kuaterner.
 3

Gambar 1. Skema Struktur dan Penyusun Asam Nukleat

a. Struktur Primer
Struktur utama asam nukleat adalah urutan linear nukleotida, yang
dihubungkan satu sama lain dengan sambungan fosfodiester. Nukleotida terdiri dari
tiga komponen - dasar nitrogen, gula 5-karbon dan gugus fosfat.
Basa nitrogen yang purin (adenin, guanin) dan pirimidin {sitosin, timin (hadir
dalam DNA saja), urasil (hadir dalam RNA saja)}. Gula 5 karbon adalah deoksiribosa
untuk DNA dan dan gula ribosa pada RNA. Dasar purin, membentuk ikatan glikosidik
antara mereka nitrogen dan 9 '9 - OH kelompok molekul gula. Dasar pirimidin,
mereka membentuk ikatan glikosidik antara 1 'nitrogen dan 9' OH dari deoksiribosa
tersebut. Dalam kedua purin dan pirimidin basis kelompok fosfat membentuk ikatan
dengan molekul gula antara satu kelompok oksigen bermuatan negatif dan 5 'OH dari
gula. Nukleotida membentuk hubungan fosfodiester antara 5 'dan 3' atom karbon, ini
membentuk asam nukleat. Urutan nukleotida saling melengkapi satu sama lain.
Contoh komplementer urutan AGCT adalah TCGA.
 4

b. Struktur sekunder
Struktur sekunder adalah interaksi antara dasar. Struktur ini menunjukkan
bagian mana helai terikat satu sama lain. Dua untai DNA dalam double helix DNA
terikat satu sama lain dengan batas hidrogen. Nukleotida pada satu untai pasangan
basa dengan nukleotida untai lainnya. Struktur sekunder DNA didominasi pasangan
dasar dua helai polinukleotida membentuk heliks ganda.
c. Struktur tersier
Struktur tersier adalah bentuk tiga dimensi di mana seluruh rantai dilipat.
Tersier pengaturan struktur berbeda dalam empat bentuk struktural:
 Kiri atau kanan wenangan.
 Panjang pergantian heliks.
 Jumlah pasangan basa per giliran.
 Perbedaan ukuran antara utama dan alur kecil.
d. Struktur Kuarter
Struktur Kuarter adalah tingkat yang lebih tinggi dari organisasi asam nukleat.
Struktur ini mengacu pada interaksi asam nukleat dengan molekul lain. Organisasi
paling sering terlihat adalah bentuk kromatin yang menunjukkan interaksi dengan
protein histon kecil.

2.2.2 Komponen asam nukleat

a. Basa Nitrogen Heterosiklik
Basa nitrogen heterosiklik yang merupakan penyusun asam nukleat adalah
turunan Purina dan pirimidina.
b. Purina dan turunannya
Purina atau purin adalah senyawa heterosiklik majemuk yang mempunyai
lingkar pirimidina dan imidazol yang berimit. Turunan purina yang merupakan
penyusun asam nukleat adalah adenine atau 6-aminopurina dan guanine atau 2-
amino-6-oksipurina.
 5

c. Pirimidina dan turun-turunannya

Pirimidina atau pirimidin termasuk senyawa heterosiklik sederhana lingkar 6,
dengan 2 atom nitrogen sebagai heteroatomnya. Turunan-turunan pirimidina yang
meupakan penyusun asam nukleat adalah sitosin atau 2-oksi-4-aminopirimidina yang
disingkat C, timin atau 2, 4-dioksi-5-metilpirimidina yang disingkat T dan urasil atau
2, 4-dioksipirimidina yang disingkat U.
d. Pentosa atau Gula Penyusun
Pentose yang menyusun asam nukleotida adalah ribose dan 2-deoksiribosa.
Dalam struktur kimia asam nukleat, kedua pentose tersebut terdapat dalam bentuk
lingkar furanosa. Ribose merupakan penyusun RNA dan 2-deoksiribosa merupakan
penyusun DNA.
e. Fosfat Penyusun
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam ortofosfat. Fosfat
ini berupa kristal berbentuk orto-rombik, tak stabil dan melebur pada suhu 42,350C.
Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan bervalensi tiga jenis garam natrium.
Garam natrium tersebut dapat terbentuk pada suhu kamar yaitu, Natrium fosfat
Na3PO4, Natrium hidrogen fosfat Na2HPO4, dan Natrium dihidrogen fosfat NaH2PO4.

2.3 Fungsi Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu,
menyimpan informasi genetik dan menerunkannya kepada keturunanya. Susunan
asam nukleat yang menentukan apakah mahluk itu menjadi hewan, tumbuhan,
maupun manusia. Begitu pula susunan dalam sel, apakah sel itu menjadi sel otot
maupun sel darah.
Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara (intermediary metabolism) dan
reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam
asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi
reduksi.
 6

2.4 Nukleosida
Merupakan senyawa yang memiliki purin atau pirimidin yang berikatan secara
kovalen dengan D-ribofuranosa (Deoksiribonukleosida) dalam suatu ikatan N-beta-
glikosidik. Ikatan ini melibatkan gugusan hemiasetal C-1’ dari pentosa dan atom
nitrogen N-9 dari suatu purin atau N-1 dari suatu pirimidin.

Gambar 2. suatu ribo dan deoksiribonukleosida

Dalam nomenklatur kimiawi, atom karbon dari suatu gula dalam suatu
nukleosida diidentifikasi dengan nomor urutan utama untuk membedakannya dari
atom basa nitrogenosa. Satu nukelosida yang ditemukan dalam tRNAs yang memiliki
ikatan berbeda adalah pseudouridin, yang C-1’ ribosanya melekat langsung pada C-
5 Urasil. Campuran urasil pada pH fisiologis memiliki satu gugusan oksi dalam
bentuk keto dan yang lain dalam bentuk enol. Tabel berikut, memberikan data nama
lazim nukleosida utama dari DNA dan RNA.

Gambar 3. Pseudouridin
 7

Tabel 1. Nama Trivial dari Nukleosida

Basa Ribonukleosida Deksiribonukleosida
Adenin Adenosin Deoksiadenosin
Guanin Guanosin Deoksiguanosin
Urasil Uridin Deoksiuridin
Sitosin Sitidin Deoksistidin
Timin Ribotimidin Deoksitimidin/ timidin

2.5 Nukleotida
Merupakan ester fosfat (asam fosforik) dari nukleosida. Terdapat beberapa kelas
nukleotida karena ester fosfat dapat berada pada karbon 2’-, 3’- atau 5’- dari suatu
ribonukelotida atau pada karbon 3’- atau 5’- dari suatu deoksiribonukleotida.
Nukleotida yang terdapat secara alamiah lazimnya merupakan 5’- monofosfat.

Gambar 4. Struktur umum dari suatu ribo dan deoksi ribonukelotida

Tabel 2. Memberikan data dari dua nama dan singkatan mudah yang digunakan
untuk masing-masing 5’ nukleotida dari lima basa utama RNA dan DNA;
klasifikasinya sebagai asam merupakan nomenklatur alternatif yang lebih tua.
Ribonukleosidase 5’-fosfat Deoksinukleosidase 5’-fosfat
Adenosin 5’-monofosfat Deoksiadenosin 5’-monofosfat
Asam 5’-adenilat, AMP Asam 5’-deoksiadenilat, dAMP
Guanosin 5’-monofosfat Deoksiguanosin 5’-monofosfat
Asam guanilat, GMP Asam 5’-deoksiguanilat, dGMP
 8

Sitidin 5’-monofosfat Deoksistidin 5’-monofosfat

Asam 5’-sitidilat, CMP Asam 5’-deoksistidilat, dCMP
Uridin 5’-monofosfat Deoksitimin 5’-monofosfat
Asam 5’-uridilat, UMP Asam 5’-deoksitimidilat, dTMP

Derivat di- dan tri- fosfat dari monofosfonukleosida juga terdapat secara
alamiah. Nukelosida trifosfat merupakan substrat untuk sintesis asam nukleat dan
trifosfat dari ribonukleosida (ATP, GTP, CTP, dan UTP) menyediakan energi yang
diperlukan untuk banyak reaksi biokimiawi. Adenosin 5’-mono, di- dan trifosfat
merupakan kelompok biomolekul yang secara kritis penting, karena peranan kunci
yang dimilikinya dalam pelestarian dan pemanfaatan energi kimiawi dalam semua
sistem biologis.
2.6 Polinukleotida

Gambar 5. Suatu tetranukleotida dengan termin hidroksi -3’ dan 5’

 9

2.7 Metabolisme Asam Nukleat

Jalur metabolisme asam nukleat terbagi 2:
1. Jalur De novo:
Sintesis nukleotida dimulai dengan prekursor metaboliknya: asam amino,
ribosa-5-fosfat, CO2, dan unit satu karbon. Nukleus fosfat yang menyusun purin dan
pirimidin berasal dari PRPP. PRPP berasal dari Ribosa 5 fosfat + ATP. Ribosa 5 fosfat
berasal dari HMP shunt. PRPP ini sendiri akan diubah menjadi fosfo ribosil 1 amin.
Dengan enzim amidofosforibosil transferase dengan bantuan glutamin sebagai
pendonor NH3. Lalu melewati 10 rangakaian reaksi akan membentuk IMP. IMP ini
sendiri akan membentuk adenilosuksinat dan xantilat. Adenilosuksinat akan
membentuk AMP sedangkan xantilat akan membentuk GMP.
2. Jalur Salvage:
Sintesis nukleotida dengan daur ulang dari basa bebas atau nukleosida yg
dilepaskan dari pemecahan asam nukleat.
Disini PRPP akan diubah menjadi purin-ribonukleotida. Contohnya Adenin + PRPP
jadi adenilat + Ppi.

2.8 DNA
2.8.1 Pengertian DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN)
merupakan tempat penyimpanan informasi genetik. Pada tahun 1953, Frances Crick
dan James Watson menemukan model molekul DNA sebagai suatu struktur heliks
beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda Watson-Crick. DNA
merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida yang
berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke
kanan.
 10

2.8.2 Struktur DNA

Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke
kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan
yang sangat khas sebagai pasangan – pasangan basa antara kedua rantai.

Gambar 6. Struktur DNA

Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada
rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan
basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut
menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui, maka
sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.
 11

Gambar 7. DNA pada Sel

Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka
jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap.
Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu
dibaca dari arah 5’ ke 3’, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Jadi,
kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).

2.8.3 Proses Pembentukan DNA

Senyawa dasar kimia yang terlibat dalam pembentukan DNA meliputi asam
fosfat, suatu gula yang disebut deoksiribosa dan empat basa nitrogen, yaitu kelompok
purin (adenin dan guanine) dan kelompok primidin (timin dan sitosin).
Asam fosfat dan deoksiribosa membentuk kedua rantai heliks yang merupakan
tulang punggung molekul DNA, dan basa terletak di antara kedua rantai dan
menghubungkan kedua rantai tersebut.
 12

Basa purin dan pirimidin dihubungkan ke sisi molekul deoksiribosa, dan

dengan bantuan ikatan longgar (garis lurus) antara basa purin dan pirimidin, maka
kedua rantai DNA diikat bersama.
- Basa purin adenin dari satu rantai selalu berikatan dengan basa pirimidin timin
dari rantai yang lain, dan
- Basa purin guanin selalu berikatan dengan basa pirimidin sitosin.
Tiap 2 strand dari molekul DNA masing-masing membawa kode genetik
(kodon) yang terdiri dari 3 susunan basa (triplet) yang dinyatakan dengan huruf awal
dari basa tersebut. Kode genetik ini yang mengatur susunan asam amino dari protein
pada proses sintesa protein.
Kode genetik terdiri atas “tiga” (triplets) basa yang berurutan – artinya, masing-
masing ketiga basa berurutan tersebut adalah sebuah kata kode. Triplets yang
berurutan tersebut akhirnya akan mengatur rangkaian asam amino di dalam sebuah
molekul protein yang disintesis di dalam sel.
Initiator (start) kodon untuk AUG spesifik untuk asam amino methionine, yang
merupakan rantai awal dari semua susunan asam amion protein. 3 kodon (UAA,
UGA, dan UAG) tidak menentukan asam amino yang spesifik, tetapi berfungsi
sebagai terminator (stop) dari setiap rantai asam amino dari suatu protein.
Karena DNA berlokasi pada inti sel, sedangkan hampir semua aktifitas sel
terjadi pada sitoplasma, maka dibentuklah RNA yang dapat berdifusi menuju
sitoplasma untuk mengatur sintesa protein yang spesifik. Proses pembentukan RNA
diatur oleh DNA melalui proses transkripsi.
 13

2.8.4 Replikasi DNA

a. Inisiasi

Gambar 8. Pelepasan untai DNA

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang
memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA.
Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk docking
protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut
helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian) heliks dalam alur
tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang unwound, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah unwound, dan mencegah mereka untuk
annealing (penempelan). Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi
dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
 14

b. Sintesis Primer

Gambar 9. Sintesis DNA Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang
merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan
pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri
dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan
untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai,
DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Unwinding DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral
yang mengganggu) di wilayah berikut garpu. Ini superkoil DNA Unwinding oleh
enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan
garpu replikasi. Ini menciptakan nick di untai DNA dalam rangka untuk meringankan
supercoil tersebut.
 15

c. Sintesis leading strand

Gambar 10. Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3

‘dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3 ‘saja.
Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada
satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal
(leading strand).
Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3 ‘OH akhir primer RNA,
dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Seperti garpu replikasi
berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga
menghasilkan untai baru.
d. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)
Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan
serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3′. Fragmen ini disebut
fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
 16

menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak
proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

Gambar 11. Sintesis Lagging Strand

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai
unwound. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida
baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan
demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu geser lebih lanjut up-stream untuk
memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di
tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.
e. Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui ‘5→ 3′
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru oleh 5 ‘→ 3′ aktivitas polimerase DNA.
 17

Gambar 12. Menghilangkan Primer RNA

f. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah
atau nick antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan
segel nick tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3′
gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.

Gambar 13. Ligasi

g. Pemutusan
Replikasi mesin ini menghentikan di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur
helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan terdekat untai
tunggal protein pengikat.
 18

Gambar 14. Pemutusan

2.8.5 Cara Kerja

DNA dan RNA adalah asam nukleat yang memainkan peran pelengkap dalam
sel hidup. DNA mengandung informasi genetik dari suatu organisme, dan informasi ini
menentukan bagaimana sel-sel tubuh akan membangun protein baru berdasarkan kode
genetik organisme. Dalam struktur sel, DNA disusun dalam struktur yang disebut
kromosom, yang digandakan selama pembelahan sel.
Kromosom ini kemudian akan melepaskan kode-kode genetik yang akan
ditranskripsi dan dibawa oleh RNA (khususnya messenger RNA) ke ribosom. Proses
transkripsi mentransfer informasi genetik sel antara DNA dan RNA. Ribosom
kemudian akan mensintesis protein baru yang akan membantu tubuh tumbuh. Ini
adalah bagaimana DNA dan RNA bekerja sama dalam tubuh.
Translasi adalah proses dimana sel menggunakan RNA untuk membuat protein
penting dalam tubuh. Asam deoksiribonukleat (DNA) terdapat dalam inti sel. Salah
satu jenis asam ribonukleat (RNA) merupakan bagian dari struktur ribosom, sedangkan
dua jenis RNA hanya hadir dalam sel ketika mereka sedang digunakan untuk membuat
protein baru.
Dalam transkripsi, enzim yang disebut RNA polimerase menggunakan gen
dalam DNA sebagai template untuk membuat untai RNA (mRNA). RNA polimerase
pada dasarnya membuka ritsleting bagian dari DNA yang akan disalin. Kemudian
 19

polimerase membaca molekul dasar DNA dan menciptakan untai mRNA

menggunakan molekul basa komplementer.
Translasi terjadi di ribosom sel, di mana ribosom RNA (rRNA) berada. Sel
menggunakan mRNA dan RNA transfer (tRNA) untuk membuat asam amino, yang
kemudian digunakan untuk membentuk protein. Ada 20 asam amino esensial, yang
masing-masing diwakili oleh bagian 3-basa mRNA disebut kodon. Helai tRNA spesifik
ada untuk sesuai dengan masing-masing kodon, dan setiap segmen tRNA membawa
asam amino.
Sebuah ribosom, yang terdiri dari rRNA dan protein, menempel pada sebuah
untai mRNA. Segmen dari tRNA yang sesuai dengan masing-masing kodon pada
mRNA untai juga melampirkan untuk itu. Seperti ikatan tRNA dengan mRNA, asam
amino yang dibawa oleh tRNA mengikat satu sama lain untuk mulai membentuk rantai
asam amino baru.

2.9 RNA
2.9.1 Pengertian RNA
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul
yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik. RNA sebagai
penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama golongan
retrovirus. RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada proses translasi
untuk sintesis protein. RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat
mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain. RNA merupakan rantai
tunggal polinukleotida.

2.9.2 Struktur RNA

Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul
yang dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor dasar
untuk sintesis DNA. Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk
suatu nukleotida atau ribonukleotida. RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu
 20

fragmen DNA, sehingga RNA merupakan polimer yang jauh lebih pendek
dibandingkan DNA.

Gambar 15. Struktur DNA dan RNA

2.9.3 Jenis RNA

a. RNAd atau RNAm

RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah

satu urutan basa rantai DNA. RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari
kromosom (di dalam inti sel) ke ribosom (di sitoplasma). Kode genetik RNAd
tersebut kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino
pada rantai polipeptida. RNAd berupa rantai tunggal yang relatif panjang.
b. RNAr
RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom. Setiap
subunit ribosom terdiri dari 30 – 46% molekul RNAr dan 70 – 80% protein.
 21

c. RNAt
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom.
Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian basa pendek ( disebut antikodon).
Suatu asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan ujung
antikodon. Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya RNAt, yaitu membawa asam
amino spesifik yang nantinya berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam
amino sesuai urutan kodonnya pada RNAd.

2.9.4 Fungsi RNA

 RNA juga mengarahkan produksi protein baru dengan mengirimkan
informasigenetik pada struktur bangunan protein.
 RNA mengarahkan sintesis protein.
 m-RNA mengambil pesan genetik dari RNA.
 transfer t-RNA aktif asam amino, ke tempat sintesis protein.
 r-RNA sebagian besar hadir dalam ribosom, dan bertanggung jawab atas
stabilitas m-RNA.

2.9.5 Proses Pembentukan RNA

Transkripsi adalah langkah pertama dalam pembuatan protein. Transkripsi
memiliki pekerjaan yang luar biasa dari replikasi DNA, dengan dua pengecualian;
pertama, sebuah segmen kecil dari DNA tiruan dan kedua, RNA polimerase, bukan
DNA polimerase, membuat tiruannya.
Pembentukan RNA yang spesifik oleh suatu segmen DNA yang spesifik (gen)
disebut transkripsi. Transkripsi memerlukan enzim RNA polimerase, trifosfat
ribonukleosida yang tepat (ATP, GTP, CTP, dan UTP) dan cetakan DNA. DNA
mentranskripsi kode genetiknya pada pembentukan RNA, yakni kode-kode yang
merupakan rumusan urutan asam amino dari protein yang akan disintesis.
 22

Ketika melakukan transkipsi, suatu segmen dari “double helix” DNA terbuka.
Segmen DNA ini adalah gen yang akan diekspresikan. Salah satu rantai DNA yang
telah terbuka melakukan transkripsi. Rantai DNA ini disebut antisense strand. Rantai
pasangannya yang sudah terbuka tidak mengalami transkripsi, disebut sense strand.
DNA terlihat dalam pita kromosom metafase, walaupun kebanyakan terlihat
jelas pada replikasi penambahan kromosom pada “salivary gland cell of flies”. Pada
interfase inti DNA terlihat lebih awal pada granula kromatin yang memberikan reaksi
positif dengan tes Feulgen.
Proses transkripsi berjalan sebagai berikut. Enzim RNA polimerase melekatkan
diri pada bagian khusus dari molekul DNA dan membuka spiral ganda. Kemudian
kedua rantai yang tadinya membentuk double helix terpisah pada ikatan atom H yang
menghubungkan kedua basa N.
RNA polimerase kini bergerak melalui antisense strand dari arah 3′ –> 5′,
sambil memasang ribonukleotida (terdapat di medium sekitarnya dalam bentuk
trifosfat, misalnya ATP) pada rantai RNA yang sedang terbentuk, dengan urutan basa
N yang komplementer dengan urutan basa N pada rantai antisense strand dari DNA.
Dengan demikian, setiap C pada DNA yang ditranskripsikan akan disisipkan G
ke rantai mRNA; setiap G pada DNA disisipkan C ke mRNA; setiap A pada DNA
disisipkan U pada mRNA; dan setiap T pada DNA disisipkan A pada RNA.
mRNA keluar dari inti menuju sitoplasma, tepatnya di ribosom. Selanjutnya,
mRNA terikat oleh RNA ribosom, pada saat ini 09proses translasi dimulai.
tRNA (RNA transfer) membawa asam amino yang sesuai dengan kode genetic
yang dibawa oleh mRNA.
 23

2.10 Peran Asam Nukleat dalam Bidang Perikanan

• Sebagai Bioinformatika dalam Budidaya Perikanan

Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi

untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan
metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-
masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam
amino. Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan
teknologi informasi dibidang molekular Perkembangan teknologi DNA rekombinan
memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA
rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika
organisme yang dikenal bioteknologi. Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa
pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein,
pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan
data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat. Pangkalan
data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat),
EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data
Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar
data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data.
Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung
dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain
berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada
umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama
organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan
sekuens asam nukleat tersebut. PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah
pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan
asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X,
spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai
 24

koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau
pun asam nukleat.

• Sebagai Metode Diagnosis Virus

Salah satu potensi Indonesia yaitu dibidang perikanan. Indonesia memiliki

potensi di bidang perikanan adalah 65 juta ton/ tahun, namun masih 20% yang
dimanfaatkan. Sedangkan, budidaya perikanan laut saat ini sedang mengalami
kendala akibat adanya serangan penyakit infeksi Viral Nervous Necrosis (VNN)
dengan tingkat kematian yang tinggi seperti pada ikan Kerapu. Viral Nerveus
Necrosis (VNN) (istilah alternatif: virus encephalopathy dan retinopathy (VER)
adalah penyakit yang terdaftar oleh The Office International des Epizooties (OIE),
menjadi masalah utama di dalam produksi perikanan laut di dunia. Identifikasi virus
penyebab VNN ini adalah anggota family Nodaviridae diperoleh dengan menyelidiki
asam nukleat dan protein struktural dari larva virus Pseudocaranx dentex. Serangan
VNN lebih ganas pada ikan yang masih muda terutama pada masa awal
perkembangannya. Larva dan benih ikan kerapu sangat sensitif dimana kekebalan
tubuh pada fase ini relatif masih lemah, sehingga kedaan ini mengakibatkan serangan
VNN menjadi lebih akut. Tanda klinis ikan yang terserang VNN adalah : Hilangnya
selera makan, Kelesuan, Perilaku renang abnormal (gerakan memutar dan menabrak
kasar), Pembesaran gelembung renang pada beberapa jenis ikan, dan Pewarnaan
gelap. Tidak ada jenis antibiotik dan kemoterapi lain yang dapat digunakan untuk
pengobatan penyakit viral. Pencegahan lebih efektif untuk pengendalian penyakit
viral. Saat ini telah dikembangkan berbagai metode diagnosis virus diantaranya
metode konvensional seperti histopatologi, dotblot, hibridisasi, in situ dan PCR dan
RT-PCR. Metode diagnosis dengan PCR merupakan salah satu metode yang cepat
dan menjanjikan tingkat akurasi yang tinggi dibandingkan metode lain. Dengan cara
mengambil otak ikan. Sampel dapat disiapkan dalam awetan alkohol 70% dalam
potongan kecil (0,5 cm), untuk PCR dan penggunaan formalin 10% untuk
 25

pemeriksaan histopatologi. (Nguyen, 1997). Beberapa sistem diagnosa yang efektif

dari VNN :
 Berdasarkan Asan Nukleat misalnya RT-PCR dan PCR serta Hibridisasi secara
in situ
 Berdasarkan Protein misalnya IFA, penandaan IHC, ELISA, Western Blot dan
One-step Immunochromatography
 Berdasarkan Virion misalnya Kultur Sel (Chi, 2006).

• Digunakan Sebagai Teknik Rekombinasi untuk Tujuan Pemuliaan Ikan

Pemuliaan ikan merupakan kegiatan untuk menghasilkan ikan unggul melalui

perbaikan sifat yang terukur. Pemuliaan dapat dilakukan dengan melalui cara atau
proses seleksi, Prinsip dasar dari seleksi adalah mengeksploitasi sifat aditif dari allela-
allela pada semua lokus yang mengontrol sifat terukur untuk memperbaiki suatu stain
ikan (Gustiano et al.,1999 dalam Kristanto dan Eni, 2007). Salah satu pemuliaan ikan
dapat dilakukan dengan rekombinasi gen. Pengertian dan arti definisi rekombinasi
gen merupakan penggabungan beberapa gen induk jantan dan betina ketika
pembuahan ovum oleh sperma yang menyebabkan adanya susunan pasangan gen
yang berbeda dari induknya. Akibatnya adalah lahirnya varian spesies baru. Ilmu ini
mempelajari berbagai aspek yang menyangkut pewarisan sifat dan variasi sifat pada
organisme maupun suborganisme (seperti virus dan prion). Di Inggris manipulasi gen
didefinisikan sebagai pembentukan kombinasi baru materi yang dapat diturunkan
dengan memberlakukan penyisipan molekul-molekul asam nukleat, yang dihasilkan
dengan cara apapun diluar sel, kedalam suatu virus, plasmid bakteri atau sistem
pembawa lainnya yang memungkinkan inang secara tidak alami tetapi selanjutnya
mampu melakukan penggandaan lagi (Old dan Primrose, 2003).
 26

BAB III
KESIMPULAN

Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan semua

Informasi genetika, yaitu seperangkat “cetak biru” tentang karakteristik aktual dan
potensial yang diterima oleh suatu organism dari generasi sebelumnya, untuk kemudian
diwariskan ke generasi berikutnya.
DNA memiliki struktur, yaitu gula pentosa (deosiribosa), fosfat dan basa
nitrogen yang meliputi basa purin (guanin dan adenin) dan basa pirimidin (timin dan
sitosin) dan RNA tersusun atas molekul-molekul, yaitu gula ribosa, fosfat, dan basa
nitrogen yang terdiri atas purin (adenin dan guanin) dan pirimidin (urasil dan sitosin).
Proses replikasi DNA dan RNA dimulai ketika enzim DNA polimerase
memisahkan dua pita DNA heliks ganda. Setiap pita DNA yang “lama” sekarang
berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida di sepanjang pita DNA
komplementer baru yang bersesuain. Nukleotida baru tersebut disambung satu sama
lain untuk membentuk tulang punggung gula fosfat pita DNA baru.
Asam nukleat memiliki fungsi, yaitu menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism) dan
reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam
asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi
reduksi.
 27

DAFTAR PUSTAKA

Diktat Kuliah Biokimia Universitas Gunadarma

Kusuma, Sri Agung Fitri. 2010. PCR. Jatinangor : Fakultas Farmasi Universitas
Padjadjaran
Rahmawan, dkk. 2011. Makalah Biokimia Asam Nukleat. Malang : Fakultas
Pertanian Universitas Brawijaya
Anonim. (2014). Pernah Dengar Viral Nerveus Necrosis (VNN). Melalui:
http://blogs.uajy.ac.id/myovita/2014/05/13/pernah-dengar-viral-nerveus-
necrosis-vnn/
Anonim. 2014. “Hubungan DNA dan RNA”. http://www.sridianti.com/hubungan-
dna-rna.html (Diakses tanggal 20 Oktober 2014 pukul 19:27)
Anonim. 2012. “DNA dan RNA”. http://duniasainsmu.blogspot.com/2012/08/dna-
dan-rna.html (Diakses tanggal 20 Oktober 2014 pukul 19:38)
Chifdhiyah, Alina Nurul. (2011). Peranan Bio Informatikan dalam Bidang Perikanan.
Melalui: http://fisheriesaqua.blogspot.com/2011/11/peranan-bio-informatika-
dalam-bidang.html
Info kedokteran. 2012. Biologi molekuler : mengenal transkripsi. Melalui:
http://www.infokedokteran.com/biologi-molekuler/biologi-molekuler-
mengenal-transkripsi.html
Info kedokteran. 2012. Artikel kedokteran : proses pembentukan DNA. Melalui :
http://www.infokedokteran.com/biologi-molekuler/artikel-kedokteran-proses-
pembentukan-dna.html
Sridianti. 2014. .Tahap Proses Replikasi DNA 7 Langkah. Melalui :
http://www.sridianti.com/tahap-proses-replikasi-dna-7-langkah.html
Tarigan, Rani Rehulina. (2012). Teknik-teknik Rekombinasi untuk Tujuan Pemuliaan
Ikan. Melalui: http://blog.ub.ac.id/ranitarigan/2012/11/teknik-teknik-
rekombinasi-untuk-tujuan-pemuliaan-ikan/