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BIOFISICA

2018
La Biofísica es una Ciencia que
aplica las leyes de la física para
describir los sistemas biológicos,
con el objetivo final de
comprender como la estructura
y dinámica de las moléculas, sus
interacciones en el contexto
celular dan origen a una
característica observable del
sistema biológico (fenotipo).

OBJETOS DE ESTUDIO: Moléculas, células, organismos,


ecosistemas complejos (BIOLOGIA DE SISTEMAS)

@BIOFISICAUNR
La biofísica es el arte de ponerle números a la
biología
La BIOFISICA NO ES “Física para Biólogos” o “Métodos
Físicos aplicados a la Biología”.
Es una ciencia moderna, interdisciplinaria, con nuevos
enfoques para comprender la complejidad en Biología que
requiere SU PROPIO IDIOMA, o traducir entre
distintos IDIOMAS.
PARADIGMA: Un sistema biológico no es la mera
suma de sus componentes moleculares, sino su
integración funcional. Este concepto implica varias
escalas, estructura, dinámica, interacciones y
diversas escalas de tiempo (de años a
femtosegundos).
Los primeros Biofísicos
Heraclito, 500 A.C., uno de los
primeros filosofos fisicos.
Teorias mecanisticas de los procesos
vitales

Epicuro, 300 A.C.


Atomista – Materialista
Los organismos vivos siguen las
mismas leyes que los objetos
inanimados
Los primeros Biofísicos
Luigi Galvani
Descubrio la
“electricidad animal”
Transduccion de
senal en musculo

Alessandro Volta
Creo la pila
reemplazando
el musculo por un
electrolito
El paradigma molecular:
Watson y Crick

1953 1990
• Qué preguntas intenta
responder la Biofísica
moderna?
• Qué problemas puede
resolver la Biofísica
moderna?
¿De que modo un polímero lineal de sólo
20 aminoácidos diferentes se pliega en
proteínas con estructuras 3D y funciones
biológicas específicas?

Información

????

Cinética Termodinámica

Solvente
¿Cómo hace la membrana (una barrera
impermeable al agua) para transportar
moleculas polares?
¿Cómo encuentra un factor de transcripción
la secuencia de ADN correcta?
¿Cómo hace una célula muscular para
convertir la energía química del ATP en
fuerza mecánica y movimiento?
¿Por que los lípidos se distribuyen con
patrones simétricos?
¿Podemos “ver” las moléculas?
Microscopio electrónico de
transmisión

Microscopio electrónico
de barrido
Planeta tierra

“En Biofísica, el tamaño


importa” (Anónimo Popular)
Ballena

Longitud DNA en
genoma humano

Nematodo
Para ver un objeto, la
l no debe ser superior
Celula eucariota
al tamaño del objeto
que quiero ver Celula bacteriana

Ribosoma
Proteina
Atomo
Para ver un objeto, la l no debe ser superior
al tamaño del objeto que quiero ver
El método biofísico ideal debería ser capaz de medir
las posiciones de los átomos en las moléculas in
vivo.
También debería permitir visualizar las estructuras que se
forman durante los cambios conformacionales, las
reacciones, las interacciones y las translocaciones de una a
otra estructura celular, independientemente de la escala de
tiempo del proceso.
Hoy no existe ninguna técnica experimental que pueda
brindar TODA ESTA INFORMACION a la vez.

Para eso utilizamos distintas técnicas, modelos,


simplificaciones dentro del paradigma molecular en biología.
La comprensión de los alcances y limitaciones de cada
técnica es crucial para poder elegir el enfoque y diseño para
cada sistema a estudiar, y (finalmente) aprovechar la
complementariedad entre las distintas técnicas.
Impacto del Hacinamiento Molecular en la
estructura, interacciones y estabilidad
BIOLOGÍA ESTRUCTURAL:
Estructura tridimensional de biomoléculas
• Estructuras atómicas 3D experimentales (Rayos X,
RMN, CryoEM)

• Predicción de Estructuras 3D

• Forma molecular (SAXS, DLS)

• Técnicas Espectroscópicas de baja resolución

• Correlación de parámetros medibles (observables)


con parámetros geométricos y/o estructurales

• Necesitamos siempre conocer la estructura atómica?


Tamaño

L.Scat SAXS NMR


C
a X-ray cryst
n
t
i
d
a
d Cryo EM

Single
Molec
g N
PDB Content Growth

28/03/2017:
128.330 estructuras
Public Database content

 No experimental
structure for most
protein sequences
• Vale la pena determinar TODAS las
estructuras de proteinas?

• Cual es la capacidad predictiva


actual?

• Cómo interaccionan?
Estructura 3D:
prediccion, simulacion, refinamiento

Critical Assesment of Protein


Structure Prediction CASP

http://predictioncenter.org/
Ab initio prediction

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

http://robetta.bakerlab.org/
Evolucion molecular
“The picture of a horse does
not tell you how the horse runs”
(Jeremy Knowles)

Sintesis de proteinas

Catalisis enzimatica
Union de ligandos
Unfolding DNA

Fluctuaciones termicas

Vibraciones

Reorg. Electronica (vision)


Database of Protein Disorder
http://www.disprot.org/
Yendo a los bifes….
Cómo vamos a aprender Biofísica?

TEORICAS
Martes 14:30 - 16:00
Jueves 15:00 – 16:30
Viernes 14:00 - 15:30

LABORATORIOS
PROBLEMAS

PARCIAL – JUEVES 24/05

RECUPERATORIO – JUEVES 06/06

Clases de consulta. (sigan el web site!!!)


Apuntes de clase y material (web site!!!)
/Para dejar en el salón de TP/
Necesitamos materiales e insumos varios.
Por favor coordinar con el Jefe TP

10 COMISIONES

/Para uso personal/cuidado personal/


1. Cabello recogido
2. Propipeta
3. Guardapolvo
4. Marcador indeleble
5. Calculadora
6. Guantes (si decide usar) o elementos de seguridad personales
7. Disco, memoria usb, o algún medio de grabación de datos.
8. Anotador/birome/ etc.
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