UNIVERSIDAD DISTRITAL FRANCISCO JOSÉ DE CALDAS

FACULTAD DE CIENCIAS Y EDUCACIÓN

PROYECTO CURRICULAR DE LICENCIATURA EN BIOLOGÍA
GENÉTICA MOLECULAR

Alejandra Rodríguez, Stephanny Gil y Esteban Gutiérrez

TOPOLOGÍA CUANTIFICACIÓN DEL GRADO DE ENROLLAMIENTO

La topología es la rama de las matemáticas que se encarga de estudiar las propiedades de

posición relativa de las partes de un objeto, propiedades que no cambian cuando es sometido
a deformación. Los aspectos topológicos de las moléculas bicatenarias de DNA comprenden
la formación de super hélices, o superenrollamientos de la doble hélice sobre sí misma, y la
existencia de varios estados de superenrollamiento (topoisómeros) distintos y no
interconvertibles. Esta restricción topológica es la base de propiedades que resultan
interesantes no sólo para los biólogos, sino también para físicos y matemáticos.
El ADN humano es una cadena de tres mil millones de subunidades químicas repetitivas
empaquetadas dentro del núcleo celular. Para que el empaquetamiento sea posible, el ADN se
asocia con proteínas con carga positiva, las histonas. El complejo «ADN histonas» se
denomina cromatina.
Como es bien conocido el ADN es una doble hélice formada por 2 cadenas antiparalelas
complementarias. Def :«número de enlace» (Lk, de Linking) definido como el número de
veces que una cadena rodea completamente a la otra. Cuando la estructura se “rompe” y se
vuelve a unir de una forma diferente, el «número de enlace» puede variar, pero a costa de
otros dos parámetros topológicos, la «torsión(Wr)» y el«giro(Tw)» (​Garcia, 2017​).

Experimento:

1​- Un fragmento de DNA lineal de 2000 bp se circulariza por tratamiento con ligasa.
a) Calcular Lk y Tw si el plásmido está relajado y suponiendo que una vuelta de hélice
tiene 10 bp.
a) ​Tw=2000 pb/10 pb por vuelta= 200 como está relajado Wr= 0 lk=200.
b) Si ahora introducimos 10 super vueltas negativas calcular Lk, Tw y el nº medio de pares
de base por vuelta.
b)​ Tw= 200+10= 210 Lk= 200 Pb por vuelta= nº pb/ Tw= 2000/210= 9,5.

Si al fragmento inicial quitamos 10 vueltas de hélice antes de tratar con ligasa, calcular Lk,
Tw y el nºc) Lk= 190 Tw=190 Pb por vuelta= 200/190= 10,52.

TRATADO CON GIRASA Lk= 190-2= 188 porque la girasa Hace que Lk- Lkº= -2
Tw=200 Wr= -12 T
RATADO CON TOPOISOMERASA I Lk= 191 ; Tw= 201 ; Wr= -11. Pero al soltar se
relaja y Lk= 191; TW=200; Wr= -9

El plásmido pGJ se aisló por centrifugación en gradiente de ClCs. Una alícuota se linearizó y
ligó formándose un DNA circular covalentemente cerrado. Ambas formas se juntaron,
trataron con distintas concentraciones de bromuro de etidio y corrieron en electroforesis
obteniéndose el resultado mostrado en la figura. Interpretar el resultado.

En la 1ª muestra parece que parte de la alícuota no ha circularizado correctamente, y no migra

como el plásmido nativo por estar linearizada, aunque también podría ser una contaminación
de otro ADN en el experimento.
En la 2ª muestra el bromuro de etidio da lugar a un super desenrollamiento de los DNA
cerrados covalentemente, por lo que se produce una disminución de la migración en el gel
respecto a la muestra anterior. A su vez el efecto del bromuro de etidio sobre el DNA lineal
es disminuir su densidad, con lo que migra más rápido que en la muestra anterior.
En la 3ª muestra el efecto es el mismo que en la 2ª, pero aumentado.
En la 4ª muestra el efecto es el mismo que en la 2ª y 3ª muestras pero aún mayor que en la 3ª.
En la 5ª muestra el lineal sigue aumentando su migración por el efecto del bromuro de etidio,
que sigue uniéndose al DNA y disminuyendo su densidad por lo que al pesar cada vez
menos,y migra cada vez más. El DNA circular superenrollado positivamente por el efecto del
bromuro que sigue introduciéndose en la molécula, y por lo tanto vuelve a migrar más
rápidamente desde el punto de relajación al volver a super enrollarse aunque sea en sentido
positivo
En la 6ª muestra el DNA línea ya se ha saturado de bromuro de etidio y ya no migra más allá,
porque ha llegado a la mínima densidad posible por este efecto. El DNA sigue super
enrollándose positivamente y aumentando en su migración por lo tanto.
En la 7ª ambos tipos de DNA han llegado a su máxima capacidad de intercalar moléculas de
bromuro de etidio y han llegado a su máximo de punto de migración, coincidiendo en la
misma banda del gel.

BIBLIOGRAFÍA

López, E. (2017). Superenrollamiento del ADN. Recuperado de:

https://www.academia.edu/8948076/Problemas_gen%C3%A9tica_1

García, A. (2017). Dinámica de la topología del dna durante la replicación. Tesis doctoral.
Facultad de ciencias Biológicas. Universidad Complutense de Madrid.