Estrutura tridimensional das

proteinas
 Talvez as características mais notáveis (mioglobina) sejam
a sua complexidade e ausência de simetria, Nature,1958
John Kendrew
Kendrew & Perutz
PN 1962 “pelos estudos
de estruturas de
proteínas globulares”
1920’s várias proteínas cristalizadas

urease (MM 483 000)

hemoglobina (MM 64 500)
Como é que uma sequência de aminoácidos se traduz
numa estrutura tridimensional?

•A estrutura tridimensional de uma proteína é determinada

pela sequência de aminoácidos.

•A função de uma proteína depende da sua estrutura.

•Uma proteína isolada existe em várias formas estáveis.

•As forças mais relevantes na estabilização das estruturas

específicas são não covalentes.

• Apesar do grande nº de estruturas únicas, é possível

reconhecer padrões estruturais.
Conformação – arranjo espacial dos átomos numa
proteína.

Muitas conformações são teoricamente possíveis,

mas só algumas predominam em condições
biológicas – as que são termodinamicamente mais
estáveis.

Quais os princípios que determinam a

conformação mais estável de uma proteína?
Estabilidade de uma proteína – tendência para
manter uma conformação nativa (funcional).

Interacções químicas que estabilizam a

conformação nativa:

Ligações dissulfureto

Interacções fracas :
Ligações de H,
Ligações iónicas
Interacções hidrofóbicas
A conformação mais estável é que tem um
maior nº de interacções fracas

As interacções hidrofóbicas predominam

Aumento de entropia das moléculas da H2O

Formação de ligações de hidrogénio

Cada grupo polar ou carregado deve ter o seu

“contraponto”.
As ligações iónicas limitam a flexibilidade estrutural.
•Os resíduos hidrofóbicos estão no interior
da proteína.

•O número de pontes de hidrogénio e de

interacções iónicas no interior da proteína é
maximizado.
Níveis de estrutura de uma proteína
 A ligação peptídica

Nível primário de estrutura

As ligações covalentes impõem

constrangimentos à conformação de um
polipéptido
Estrutura primária das proteínas

Pauling PN 1954 (Q)

PN 1962 (Paz)
“Stop the war!”
Pauling propôs em 1950 o primeiro modelo
aceitável para a molécula de proteína!
 A unidade peptídica é planar e rígida. Tem em parte
carácter de ligação dupla

Lig simples-1.47 Å
Lig dupla-1,20 Å

O oxigénio do grupo carbonilo tem uma carga parcial

negativa e o azoto da amida uma carga parcial positiva
criando um dipolo.
 O grupo peptídico planar

As ligações peptídicas limitam a gama de

conformações possíveis para a cadeia polipeptídica.
 ψ
(graus)

Φ (graus)
Gráfico de Ramachandran
para L-Ala Valores permitidos para Φ e ψ
• Todas as proteínas têm uma estrutura que reflecte a
sua função.

• A estrutura de uma proteína é estabilizada por

múltiplas interacções fracas.

• A natureza das ligações covalentes no esqueleto da

proteína impõe constrangimentos. A dupla ligação
tem em parte carácter de ligação dupla colocando os
átomos do grupo peptídico numa configuração
planar rígida. As ligações N-Cα e Cα-C podem rodar
definindo os ângulos diedro Ψ e Φ respectivamente.
Nível secundário de estrutura
Estrutura secundária de uma proteína (geometria
local)

•Refere-se a um segmento de uma cadeia polipeptídica

•Descreve os arranjos espaciais locais dos átomos da

cadeia principal, sem considerar a conformação das
cadeias laterais ou relações com outros segmentos da
cadeia.

Hélice α e conformação β (previstas por Pauling e Corey,

1951).

hélice α é a mais comum

 Extremo
amina
Modelo da
hélice α

Extremo carboxilo
Modelo da
hélice α
 Hélice α

É estabilizada por ligações de H entre o átomo de H

ligado ao N electronegativo da ligação peptídica e o
átomo de oxigénio electronegativo do grupo carbonilo
do 4º aminoácido seguinte.

Todas as ligações peptídicas participam nestas ligações

de H
A sequência de aa afecta a estabilidade da hélice α

A alanina tem a maior tendência para formar hélices α

em modelos experimentais.

Um conjunto de resíduos Glu não forma uma hélice α.

Muitos resíduos Lys e/ou Arg também não formam

hélices α.

O volume e a forma de Asn, Ser, Thr e Cys, desestabilizam

a hélice se estiverem perto

Os resíduos Pro e Gly têm a menor tendência para formar

hélices α por motivos diferentes.
N

O dipolo da hélice

C
A estabilidade da hélice α é afectada por:

1.Propensão intrínseca de cada resíduo de aa para

formar hélice α.

2.Interacções entre grupos R (sobretudos os separados

por 3 ou 4 resíduos).

3.Tamanho dos grupos R adjacentes.

4.Ocorrência de resíduos Pro e Gly.

5. Interacções entre resíduos de aa nos extremos e o

dipolo inerente à hélice.
 Insulina (51 resíduos)
Mioglobina (153 resíduos)
52% hélice α
79% hélice α

Citocromo c (104 resíduos)

39% hélice α
 A conformação β (folhas pregueadas β)
Também previstas por Pauling e Corey
Confirmadas por difracção de Raios X
Antiparalelas

Vista de topo

Vista de lado
 Paralelas

Vista de topo

Vista de lado
Na conformação β, as ligações de hidrogénio formam-
se entre segmentos adjacentes de uma cadeia
polipeptídica.

Os segmentos podem estar próximos na cadeia

polipeptídica mas também podem estar distantes na
sequência linear do polipéptido.

Em algumas estruturas os aa empacotados nas

conformações β têm que ter grupos R pequenos.

A alanina e glicina são frequentes nestas estruturas.

 Estrutura de “β turns” (elementos de
ligação)

A glicina e a prolina são comuns nestas estruturas

 tripla
folhas hélice de
folhas
pregueadas β
pregueadas colagéneo folhas pregueadas β
antiparalelas
β paralelas enroladas à direira

α-hélice
ψ esquerda
(graus)

α-hélice direita

Φ (graus)
Gráfico de Ramachandran
 ψ
(graus)

Φ (graus)
Ramachandran para piruvatocinase de músculo coelho
Estrutura terciária – conformação tridimensional
biologicamente activa

Aminoácidos que estão afastados na sequência linear e

estão em diferentes tipos de estrutura secundária podem
interactuar.

Estrutura quaternária – arranjo espacial das subunidades

em complexos tridimensionais
A forma das proteínas

Proteínas fibrosas : constituídas em geral por um

único tipo de estrutura secundária e uma estrutura
terciária relativamente simples.

Alongadas, insolúveis

Proteínas globulares : Em geral contêm vários tipos

de estrutura secundárias.

Compactas, esféricas solúveis

Estruturas secundárias e propriedades de algumas
proteínas fibrosas
Estrutura Características Exemplos
Hélice α (entrecruzada Rija, estruturas α- queratina do
por ligações S-S) protectoras com cabelo, penas e unhas
dureza e flexibilidade
variadas)

Conformação β Filamentos flexíveis Fibroína da seda

Hélice tripla Elevada força de Colagéneo dos

tensão sem tendões ossos, etc
flexibilidade
Enrolamento ao acaso Elevada flexibilidade e Elastina dos vasos
(ligações covalentes elasticidade sanguíneos
entre cadeias laterais)
 Estrutura da α – queratina (cabelo)
α-hélice

2 cadeias
enroladas
para a
esquerda

protofilamentos

protofibrila

As α –queratinas pertencem à família dos filamentos intermediários

 células
filamento
intermediário
protofibrila
protofilamento

2 cadeias

α-hélice

Secção de um cabelo
Secção de um cabelo
As superfícies das duas cadeias são constituídas por
resíduos de aa hidrofóbicos → empacotamento
forte . Ala, Val, leu, Ile, Met e Phe

Estrutura terciária simples dominada por estrutura

secundária em hélice α.

Estrutura quaternária - interligação dos dois

polipéptidos em hélice α

Ligações S-S entre cadeias estabilizam a estrutura

quaternária (18% das cisteínas estão envolvidas em ligações S-S no corno do
rinoceronte)
As “permanentes” são Engenharia Bioquímica
 Estrutura do colagéneo – hélice tripla

Gly

Gly–X–Pro
Gly–X–4-Hyp

Hélice esquerda de prolinas(3res/volta)

 Estrutura das fibrilas de
colagéneo

Tendão-100% colag.
Cartilagem-colag.
embebido em matriz
poliosídica
Osso-matriz colag.
cabeças da
cimentada por
molécula de zonas
depósitos de
colagéneo cruzadas(64nm)
Ca10(PO4)6(OH)2

Nos vertebrados
há muitos tipos
secção da de colagéneo
molécula de
colagéneo
 Estrutura das fibrilas de
colagéneo

Tendão-100% colag.
Cartilagem-colag.
embebido em matriz
poliosídica
Osso-matriz colag.
cabeças da
cimentada por
molécula de zonas
depósitos de
colagéneo cruzadas(64nm)
Ca10(PO4)6(OH)2

Colagéneo típico:
35% Gly
11% Ala
secção da
molécula de 21% Pro(Hyp)
colagéneo
 Estrutura das fibrilas de
colagéneo

Tendão-100% colag.
Cartilagem-colag.
embebido em matriz
poliosídica
Osso-matriz colag.
cabeças da
cimentada por
molécula de zonas
depósitos de
colagéneo cruzadas(64nm)
Ca10(PO4)6(OH)2

Cross-links
invulgares entre
Lys, 5-HyL ou
secção da His (X)
molécula de
colagéneo
Vitaminas – grupo de pequenas moléculas –
nutrientes essenciais para muitos organismos
multicelulares (humanos em particular).

“vitamin” = “vital amine”

 Vitaminas – grupo de pequenas moléculas –
nutrientes essenciais para muitos organismos
multicelulares (humanos em particular).

“vitamin” = “vital amine”

Walter Norman Paul Karrer

Haworth PN 1937(Q)
PN 1937(Q)
“for his work Albert Szent-Györgyi
“for his work in
on Vitamins” PN 1937(M)
determining
the structure “for his studies of the biological
of ascorbic functions of L-ascorbic acid”
acid”
•20% dos mamíferos não sintetizam Vit C
•A China fornece 80% da Vit C mundial
•Dose discutível: <2g/dia ?
•Obrigatório fumadores, grávidas, stress
•Panaceia universal
•Apenas 20% dos marinheiros de Fernão de Magalhães
sobreviveram (1820)
•Na viagem à India de Vasco da Gama morreu 2/3 da
tripulação
•Entre 1600-1800 - +1 milhão de mortos com escorbuto
 Vitamina C e Escorbuto

Formação da hidroxiprolina – A prolina é

hidroxilada em C-4 por acção da prolil
hidroxilase, um enzima que activa o oxigénio
molecular
 prolil 4-hidroxilase

resíduo Pro α-oxoglutarato resíduo 4-Hyp succinato

prolil 4-hidroxilase

α-oxoglutarato ascorbato succinato ascorbato oxidado

•A reacção é assistida por um ião Fe2 + ligado ao
enzima e que é necessário para activar o O2 .

•O enzima também converte α-cetoglutarato em

succinato sem hidroxilar a prolina. Nesta reacção
forma-se um complexo Fe3+ - O, que inactiva o
enzima.

•O enzima é regenerado por acção do ascorbato (vit

C) que reduz o Fe3+ a Fe2 + sendo ele próprio
oxidado a ácido desidroascórbico.
Consequências da não hidroxilação da prolina

poli (Pro-Pro-Gly) Tm = 24ºC

poli(Pro-Hypro-Gly) Tm = 58ºC

A hidroxiprolina estabiliza a hélice tripla

promovendo ligações de H entre cadeias.
Estrutura da seda: as fibras da seda e da teia da
aranha são constituídas pela proteína fibroína

A fibroína consiste
em camadas de
folhas β
antiparalelas ricas
em resíduos Ala e
Gly

Cadeia lateral Cadeia lateral

da alanina da glicina
Cadeias de fibroína (azul) em microscopia
electrónica
 folhas β antiparalelas

Ala

Gly

Não extensível
Flexível
 As proteínas globulares são compactas. Incluem
enzimas, proteínas de transporte, proteínas
motoras, proteínas reguladoras,
imunoglobulinas, etc.

Conformação β

Hélice α Forma globular nativa

Representações da estrutura terciária da
mioglobina de cachalote
Mioglobina MM16 7000 (cachalote)

Músculo
Funções:
Cadeia única com 156 Transporte e armazenamento de O2
resíduos+heme Difusão facilitada de O2 (contracção
muscular)
 resíduos hidrófobos Leu, Ile, Val, Phe

A maior parte dos resíduos Compacta

hidrófobos no interior Interior hidrófobo
4 H2O no interior
70% hélice α
4 S-S
40% hélice α
algumas folhas β

Lisozima PDB ID 3LYM

 MM 14 600;129 res.;
clara de ovo;
lágrima humana;
4 S-S catalisa a hidrólise
40% hélice α de poliósidos de
algumas paredes
algumas bacterianas(agente
bactericida)
folhas β

Lisozima PDB ID 3LYM

hélice α MM 13 700; 124 res.;
produzido no
muitas pâncreas e activo no
folhas β intestino delgado

4 S-S

Ribonuclease PDB ID 3RN3

 % aproximada de hélices α e estruturas β
nalgumas proteínas globulares de cadeia única
resíduos

Proteína (nº resíduos) hélice α conformação β

quimotripsina
ribonuclease
carboxipeptidase
citocromo c
lisozima
mioglobina
Comum
•Interacções hidrófobas no interior
•grupos hidrófilos no exterior
•muitas ligações de H
•algumas interacções Iónicas
 Proteínas globulares “grandes”

Estruturas supersecundárias (motivos)-

arranjos estáveis de elementos de estruturas
secundárias
Motivos β com ligações Motivos β com ligações
típicas crossover (não observado)
Domínio- parte da cadeia polipeptídica que é
estável independentemente da proteína
total(clivagem hidrolítica). Às vezes é um
segmento contínuo da sequência.

Pode sofrer movimentos relativamente à

totalidade da proteína.

As proteínas pequenas têm um só domínio.

O domínio é a proteína!
 Troponina C (PDB ID 4TCN)

Alguns domínios são suficiente/ estáveis para existirem

autónomos em meio aquoso (experiências de clonagem e
expressão do domínio)
Repressor Lac de E. coli (tetrâmero com dois domínios)
Domínio de α hemolisina
de Staphilococcus aureus
(toxina que mata células
criando poros na
membrana)
Nível
quaternário
Hemoglobina (MM 64 500; 2 cadeias α - 2x141 res.+ 2
cadeias β - 2x146 res.)
Tetrâmero α2β2 ou dímero (αβ)2
 Homodímero a2
Multímeros(subunidades=
protómeros)

Heterodímero ab Regulação
Funções ≠ mas
relacionadas (catálise e
regulação)
Heterotetrâmero a2b2

Heteropentâmero a2bcd
As proteínas multiméricas com subunidades idênticas podem
ter uma simetria rotacional ou helicoidal

Simetria icosaédrica (rotacional)

Poliovirus:diâmetro 300 Å
Simetria helicoidal

Subunidade
proteica

Virus do mosaico do tabaco:

diam. 180 Å; comp. 3 000 Å
 Há limite à dimensão da proteína?

Maior dimensão Maior complexidade funcional

Factores limitantes:

1. Capacidade codificadora do DNA

É mais “fácil” fazer muitas cópias de um

pequeno polipéptido do que uma cópia de
uma grande estrutura!
Ex: capside do vírus, citoesqueleto,
enzimas… (MM 100 000 ≡ múltiplas
subunidades)
 Há limite à dimensão da proteína?

Maior dimensão Maior complexidade funcional

Factores limitantes:

2. Precisão do processo de tradução

Frequência do erro:
1 /10 000 resíduos
Desnaturação e “folding” de proteínas

A desnaturação de uma proteína resulta da

perda da estrutura tridimensional que dá
origem à perda da sua função.

Agentes desnaturantes: calor, pHs extremos,

solventes orgânicos, detergentes.
A sequência de Estado nativo,
cataliticamente
aminoácidos determina a activo
estrutura terciária Adição de ureia e
mercaptoetanol

A desnaturação de algumas
proteínas é reversível. Estado
desenrolado.
(a maioria necessita de Inactivo. Ligações
ajuda). –S-S- reduzidas

Remoção da ureia e
mercaptoetanol

Nativa,
cataliticamente
Desnaturação e renaturação activa. Ligações –S-S-
da ribonuclease reformuladas
O “folding” das proteínas - os polipéptidos dobram-se
num processo sequencial.

Via simulada de “folding”

 O “folding” correcto das proteínas é facilitado por
proteínas - chaperones moleculares

Proteínas Hsp70

Chaperoninas
As vias de “folding”de algumas proteínas requerem 2 enzimas
que catalisam reacções de isomerização:

Isomerase dissulfito de proteínas (PDI) – catalisa a troca de

ligações dissulfureto até que as ligações da conformação nativa
estejam formadas. Elimina intermediários com ligações S – S
incorrectas.

Isomerase prolil cis-trans peptídico – catalisa a interconversão

dos isómeros cis e trans do resíduo prolina que é um passo
limitante no “folding” de proteinas que contêm Pro.

Defeitos no “folding” podem ser a base molecular de doenças

humanas
Doenças associadas a “folding” incorrecto de proteínas: doença de
Alzheimer, Parkinson, BSE, etc