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Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos y su
velocidad crece solo con algunas reacciones, el conjunto (set) de enzimas presentes
en una c�lula determina el tipo de metabolismo que tiene esa c�lula. A su vez, esta
presencia depende de la regulaci�n de la expresi�n g�nica correspondiente a la
enzima.
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas en las
reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio qu�mico. Sin embargo, las
enzimas difieren de otros catalizadores por ser m�s espec�ficas. La gran diversidad
de enzimas existentes catalizan alrededor de 4000 reacciones bioqu�micas
distintas.8? No todos los catalizadores bioqu�micos son prote�nas, pues algunas
mol�culas de ARN son capaces de catalizar reacciones (como la subunidad 16S de los
ribosomas en la que reside la actividad peptidil transferasa).9?10? Tambi�n cabe
nombrar unas mol�culas sint�ticas denominadas enzimas artificiales capaces de
catalizar reacciones qu�micas como las enzimas cl�sicas.11?
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras mol�culas. Los inhibidores
enzim�ticos son mol�culas que disminuyen o impiden la actividad de las enzimas,
mientras que los activadores son mol�culas que incrementan dicha actividad.
Asimismo, gran cantidad de enzimas requieren de cofactores para su actividad.
Muchas drogas o f�rmacos son mol�culas inhibidoras. Igualmente, la actividad es
afectada por la temperatura, el pH, la concentraci�n de la propia enzima y del
sustrato, y otros factores f�sico-qu�micos.
�ndice
1 Etimolog�a e historia
2 Estructuras y mecanismos
2.1 Especificidad
2.1.1 Modelo de la �llave-cerradura�
2.1.2 Modelo del encaje inducido
2.2 Modo de acci�n
2.2.1 Estabilizaci�n del estado de transici�n
2.2.2 Funci�n
2.3 Modulaci�n alost�rica
3 Cofactores y coenzimas
3.1 Cofactores
3.2 Coenzimas
4 Termodin�mica
5 Cin�tica
6 Inhibici�n
7 Funci�n biol�gica
8 Control de la actividad
9 Implicaciones en enfermedades
10 Clasificaci�n y nomenclatura de enzimas
11 Aplicaciones industriales
12 V�ase tambi�n
13 Notas
14 Referencias
15 Lecturas complementarias
16 Enlaces externos
Etimolog�a e historia
Eduard Buchner.
Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conoc�a la digesti�n
de la carne por las secreciones del est�mago12? y la conversi�n del almid�n en
az�car por los extractos de plantas y la saliva. Sin embargo, no hab�a sido
identificado el mecanismo subyacente.13? La primera enzima fue descubierta por
Anselme Payen y Jean-Fran�ois Persoz en 1833.14?
En 1878 el fisi�logo Wilhelm K�hne (1837-1900) acu�� el t�rmino enzima, que viene
del griego e???�?? "en levadura", para describir este proceso. La palabra enzima
fue usada despu�s para referirse a sustancias inertes como la pepsina. Por otro
lado, la palabra "fermento" sol�a referirse a la actividad qu�mica producida por
organismos vivientes.
Tras haber mostrado que las enzimas pueden funcionar fuera de una c�lula viva, el
pr�ximo paso era determinar su naturaleza bioqu�mica. En muchos de los trabajos
iniciales se not� que la actividad enzim�tica estaba asociada con prote�nas, pero
algunos cient�ficos (como el premio Nobel Richard Willst�tter) argumentaban que las
prote�nas eran simplemente el transporte para las verdaderas enzimas y que las
prote�nas per se no eran capaces de realizar cat�lisis. Sin embargo, en 1926, James
B. Sumner demostr� que la enzima ureasa era una prote�na pura y la cristaliz�.
Summer hizo lo mismo con la enzima catalasa en 1937. La conclusi�n de que las
prote�nas puras pod�an ser enzimas fue definitivamente probada por John Howard
Northrop y Wendell Meredith Stanley, quienes trabajaron con diversas enzimas
digestivas como la pepsina (1930), la tripsina y la quimotripsina. Estos tres
cient�ficos recibieron el Premio Nobel de Qu�mica en 1946.18?
El descubrimiento de que las enzimas pod�an ser cristalizadas permit�a que sus
estructuras fuesen resueltas mediante t�cnicas de cristalograf�a y difracci�n de
rayos X. Esto se llev� a cabo en primer lugar con la lisozima, una enzima
encontrada en las l�grimas, la saliva y los huevos, capaces de digerir la pared de
algunas bacterias. La estructura fue resuelta por un grupo liderado por David
Chilton Phillips y publicada en 1965.19? Esta estructura de alta resoluci�n de las
lisozimas, marc� el comienzo en el campo de la biolog�a estructural y el esfuerzo
por entender c�mo las enzimas trabajan en el orden molecular.
Estructuras y mecanismos
Casi todas las enzimas son mucho m�s grandes que los sustratos sobre los que
act�an, y solo una peque�a parte de la enzima (alrededor de 3 a 4 amino�cidos) est�
directamente involucrada en la cat�lisis.24? La regi�n que contiene estos residuos
encargados de catalizar la reacci�n es denominada centro activo. Las enzimas
tambi�n pueden contener sitios con la capacidad de unir cofactores, necesarios a
veces en el proceso de cat�lisis, o de unir peque�as mol�culas, como los sustratos
o productos (directos o indirectos) de la reacci�n catalizada. Estas uniones de la
enzima con sus propios sustratos o productos pueden incrementar o disminuir la
actividad enzim�tica, dando lugar as� a una regulaci�n por retroalimentaci�n
positiva o negativa, seg�n el caso.
Al igual que las dem�s prote�nas, las enzimas se componen de una cadena lineal de
amino�cidos que se pliegan durante el proceso de traducci�n para dar lugar a una
estructura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible de presentar
actividad. Cada secuencia de amino�cidos es �nica y por tanto da lugar a una
estructura �nica, con propiedades �nicas. En ocasiones, prote�nas individuales
pueden unirse a otras prote�nas para formar complejos, en lo que se denomina
estructura cuaternaria de las prote�nas.
La mayor�a de las enzimas, al igual que el resto de las prote�nas, pueden ser
desnaturalizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como el calor, los
pHs extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes destruyen la
estructura terciaria de las prote�nas de forma reversible o irreversible,
dependiendo de la enzima y de la condici�n. Una consecuencia de la
desnaturalizaci�n es la p�rdida o merma de la funci�n, de la capacidad enzim�tica.
Especificidad
Las enzimas suelen ser muy espec�ficas tanto del tipo de reacci�n que catalizan
como del sustrato involucrado en la reacci�n. La forma, la carga y las
caracter�sticas hidrof�licas/hidrof�bicas de las enzimas y los sustratos son los
responsables de dicha especificidad. La constante de especificidad, es una medida
de la eficiencia de una enzima, ya que la velocidad de la reacci�n se encuentra
directamente relacionada con la frecuencia con la que se encuentran las mol�culas
de enzima y sustrato. Las enzimas tambi�n pueden mostrar un elevado grado de
estereoespecificidad, regioselectividad y quimioselectividad.25?
Modelo de la �llave-cerradura�
Las enzimas son muy espec�ficas, como sugiri� Emil Fischer en 1894. Con base en sus
resultados dedujo que ambas mol�culas, la enzima y su sustrato, poseen
complementariedad geom�trica, es decir, sus estructuras encajan exactamente una en
la otra,32? por lo que este modelo ha sido denominado como modelo de la �llave-
cerradura�, refiri�ndose a la enzima como a una especie de cerradura y al sustrato
como a una llave que encaja de forma perfecta en dicha cerradura. Una llave s�lo
funciona en su cerradura y no en otras cerraduras. Sin embargo, si bien este modelo
explica la especificidad de las enzimas, falla al intentar explicar la
estabilizaci�n del estado de transici�n que logran adquirir las enzimas.
Diagrama que esquematiza el modo de acci�n del modelo del encaje inducido.
En 1958, Daniel Koshland sugiere una modificaci�n al modelo de la llave-cerradura:
las enzimas son estructuras bastante flexibles y as� el sitio activo podr�a cambiar
su conformaci�n estructural por la interacci�n con el sustrato.33? Como resultado
de ello, la cadena aminoac�dica que compone el sitio activo es moldeada en
posiciones precisas, lo que permite a la enzima llevar a cabo su funci�n
catal�tica. En algunos casos, como en las glicosidasas, el sustrato cambia
ligeramente de forma para entrar en el sitio activo.34? El sitio activo continua
dicho cambio hasta que el sustrato est� completamente unido, momento en el cual
queda determinada la forma y la carga final.35?
Modo de acci�n
Las enzimas pueden actuar de diversas formas, como se ver� a continuaci�n, siempre
dando lugar a una disminuci�n del valor de ?G�:36?
Reducci�n de la energ�a de activaci�n mediante la creaci�n de un ambiente en el
cual el estado de transici�n es estabilizado (por ejemplo, forzando la forma de un
sustrato: la enzima produce un cambio de conformaci�n del sustrato unido el cual
pasa a un estado de transici�n, de modo que ve reducida la cantidad de energ�a que
precisa para completar la transici�n).
Reduciendo la energ�a del estado de transici�n, sin afectar la forma del sustrato,
mediante la creaci�n de un ambiente con una distribuci�n de carga �ptima para que
se genere dicho estado de transici�n.
Proporcionando una ruta alternativa. Por ejemplo, reaccionando temporalmente con el
sustrato para formar un complejo intermedio enzima/sustrato (ES), que no ser�a
factible en ausencia de enzima.
Reduciendo la variaci�n de entrop�a necesaria para alcanzar el estado de transici�n
(energ�a de activaci�n) de la reacci�n mediante la acci�n de orientar correctamente
los sustratos, favoreciendo as� que se produzca dicha reacci�n.
Incrementando la velocidad de la enzima mediante un aumento de temperatura. El
incremento de temperatura facilita la acci�n de la enzima y permite que se
incremente a�n m�s su velocidad de reacci�n. Sin embargo, si la temperatura se
eleva demasiado, la conformaci�n estructural de la enzima puede verse afectada,
reduciendo as� su velocidad de reacci�n, y solo recuperando su actividad �ptima
cuando la temperatura se reduce. No obstante, algunas enzimas son termol�biles y
trabajan mejor a bajas temperaturas.
Cabe destacar que este efecto entr�pico implica la desestabilizaci�n del estado
basal,37? y su contribuci�n a la cat�lisis es relativamente peque�a.38?
Funci�n
La din�mica interna de las enzimas est� relacionada con sus mecanismos de
cat�lisis.40?41?42? La din�mica interna se define como el movimiento de diferentes
partes de la estructura de la enzima, desde residuos individuales de amino�cidos,
hasta grupos de amino�cidos o incluso un dominio proteico entero. Estos movimientos
se producen a diferentes escalas de tiempo que van desde femtosegundos hasta
segundos. Casi cualquier residuo de la estructura de la enzima puede contribuir en
el proceso de cat�lisis por medio de movimientos din�micos.43?44?45?46? Los
movimientos de las prote�nas son vitales en muchas enzimas. Dichos movimientos
podr�n ser m�s o menos importantes seg�n si los cambios conformacionales se
producen por vibraciones peque�as y r�pidas o grandes y lentas, y dicha importancia
depender� del tipo de reacci�n que lleve a cabo la enzima. Sin embargo, aunque
estos movimientos son importantes en el proceso de uni�n y liberaci�n de sustratos
y productos, a�n no est� claro si estos movimientos ayudan a acelerar los pasos
qu�micos de las reacciones enzim�ticas.47? Estos nuevos avances tambi�n tienen
implicaciones en la comprensi�n de los efectos alost�ricos y en el desarrollo de
nuevos f�rmacos.
Modulaci�n alost�rica
Cofactores y coenzimas
Las enzimas que requieren un cofactor pero no lo tienen unido son denominadas
apoenzimas o apoprote�nas. Una apoenzima junto con cofactor(es) es denominada
holoenzima (que es la forma activa). La mayor�a de los cofactores no se unen
covalentemente a sus enzimas, pero s� lo hacen fuertemente. Sin embargo, los grupos
prost�ticos pueden estar covalentemente unidos, como en el caso de la tiamina
pirofosfato en la enzima piruvato deshidrogenasa. El t�rmino "holoenzima" tambi�n
puede ser aplicado a aquellas enzimas que contienen m�ltiples subunidades, como en
el caso de la ADN polimerasa, donde la holoenzima es el complejo con todas las
subunidades necesarias para llevar a cabo la actividad enzim�tica.
Coenzimas
Debido a que las coenzimas sufren una modificaci�n qu�mica como consecuencia de la
actividad enzim�tica, es �til considerar a las coenzimas como una clase especial de
sustratos, o como segundos sustratos, que son comunes a muchas enzimas diferentes.
Por ejemplo, se conocen alrededor de 700 enzimas que utilizan la coenzima NADH.54?
Termodin�mica
Gr�fica de las energ�as de las diferentes fases de una reacci�n qu�mica. Los
sustratos precisan mucha energ�a para alcanzar el estado de transici�n, pero una
vez alcanzado, se transforman en productos. La enzima estabiliza el estado de
transici�n, reduciendo la energ�a necesaria para formar los productos.
Al igual que sucede con todos los catalizadores, las enzimas no alteran el
equilibrio qu�mico de la reacci�n. Generalmente, en presencia de una enzima, la
reacci�n avanza en la misma direcci�n en la que lo har�a en ausencia de enzima,
solo que m�s r�pido. Sin embargo, en ausencia de enzima, podr�a producirse una
reacci�n espont�nea que generase un producto diferente debido a que en esas
condiciones, dicho producto diferente se forma m�s r�pidamente.
Adem�s, las enzimas pueden acoplar dos o m�s reacciones, por lo que una reacci�n
termodin�micamente favorable puede ser utilizada para favorecer otra reacci�n
termodin�micamente desfavorable. Por ejemplo, la hidr�lisis de ATP suele ser
utilizada para favorecer otras reacciones qu�micas.56?
Cin�tica
Art�culo principal: Cin�tica enzim�tica
Mecanismo para una reacci�n catalizada por una enzima con un �nico sustrato. La
enzima (E) une un sustrato (S) y genera un producto (P).
La cin�tica enzim�tica es el estudio de c�mo las enzimas se unen a sus sustratos y
los transforman en productos. Los datos de equilibrios utilizados en los estudios
cin�ticos son obtenidos mediante ensayos enzim�ticos.
Algunas enzimas presentan una cin�tica m�s r�pida que la velocidad de difusi�n, lo
que en principio parecer�a ser imposible. Se han propuesto diversos mecanismos para
tratar de explicar este fen�meno. Uno de los modelos propone que algunas prote�nas
podr�an tener la capacidad de acelerar la cat�lisis secuestrando el sustrato y
orient�ndolo mediante campos el�ctricos dipolares. Otro modelo propone un mecanismo
de efecto t�nel cu�ntico, donde un prot�n o un electr�n pueden formar un t�nel a
trav�s de barreras de activaci�n, aunque existe cierta controversia en cuanto al
efecto t�nel que pueda generar un prot�n.67?68? El efecto t�nel mediado por
protones ha sido observado en triptamina.69? Esto sugiere que la cat�lisis
enzim�tica podr�a ser definida m�s exactamente como una "barrera", en lugar de como
hace el modelo tradicional, donde el sustrato requiere a la enzima para alcanzar
una barrera energ�tica m�s baja.
Inhibici�n
Art�culo principal: Inhibidor enzim�tico
Funci�n biol�gica
Las enzimas presentan una amplia variedad de funciones en los organismos vivos. Son
indispensables en la transducci�n de se�ales y en procesos de regulaci�n,
normalmente por medio de quinasas y fosfatasas.74? Tambi�n son capaces de producir
movimiento, como es el caso de la miosina al hidrolizar ATP para generar la
contracci�n muscular o el movimiento de ves�culas por medio del citoesqueleto.75?
Otro tipo de ATPasas en la membrana celular son las bombas de iones implicadas en
procesos de transporte activo. Adem�s, las enzimas tambi�n est�n implicadas en
funciones mucho m�s ex�ticas, como la producci�n de luz por la luciferasa en las
luci�rnagas.76? Los virus tambi�n pueden contener enzimas implicadas en la
infecci�n celular, como es el caso de la integrasa del virus HIV y de la
transcriptasa inversa, o en la liberaci�n viral, como la neuraminidasa del virus de
la gripe.
Varias enzimas pueden actuar conjuntamente en un orden espec�fico, creando as� una
ruta metab�lica. En una ruta metab�lica, una enzima toma como sustrato el producto
de otra enzima. Tras la reacci�n catal�tica, el producto se transfiere a la
siguiente enzima y as� sucesivamente. En ocasiones, existe m�s de una enzima capaz
de catalizar la misma reacci�n en paralelo, lo que permite establecer una
regulaci�n m�s sofisticada: por ejemplo, en el caso en que una enzima presenta una
actividad constitutiva pero con una baja constante de actividad y una segunda
enzima cuya actividad es inducible, pero presenta una mayor constante de actividad.
Las enzimas determinan los pasos que siguen estas rutas metab�licas. Sin las
enzimas, el metabolismo no se producir�a a trav�s de los mismos pasos, ni ser�a lo
suficientemente r�pido para atender las necesidades de la c�lula. De hecho, una
ruta metab�lica como la gluc�lisis no podr�a existir sin enzimas. La glucosa, por
ejemplo, puede reaccionar directamente con el ATP de forma que quede fosforilada en
uno o m�s carbonos. En ausencia de enzimas, esta reacci�n se producir�a tan
lentamente que ser�a insignificante. Sin embargo, si se a�ade la enzima hexoquinasa
que fosforila el carbono 6 de la glucosa y se mide la concentraci�n de la mezcla en
un breve espacio de tiempo se podr� encontrar �nicamente glucosa-6-fosfato a
niveles significativos. Por tanto, las redes de rutas metab�licas dentro de la
c�lula dependen del conjunto de enzimas funcionales que presenten.
Control de la actividad
La actividad enzim�tica puede ser controlada en la c�lula principalmente de estas
cinco formas:
Otro ejemplo es cuando se produce una mutaci�n en los genes de la l�nea germinal
que codifican las enzimas implicadas en la reparaci�n del ADN. En este caso, al no
repararse adecuadamente el ADN de las c�lulas, se acumulan mutaciones que suelen
derivar en el desarrollo de diversos tipos de c�ncer hereditarios, como la
xerodermia pigmentosa.
Glucosa.
Fructosa.
Amilasas, amiloglucosidasas y glucoamilasas Conversi�n del almid�n en glucosa y
diversos az�cares invertidos.
Glucosa isomerasa Conversi�n de glucosa en fructosa durante la producci�n de jarabe
de ma�z partiendo de sustancias ricas en almid�n. Estos jarabes potencian las
propiedades edulcorantes y reducen las calor�as mejor que la sacarosa y manteniendo
el mismo nivel de dulzor.
Industria del papel
Celulosa en 3D.
Celulasas Utilizadas para degradar la celulosa en az�cares que puedan ser
fermentados.
Ligninasas Utilizada para eliminar residuos de lignina.
Detergentes biol�gicos Principalmente proteasas, producidas de forma extracelular
por bacterias. Utilizadas para ayudar en la eliminaci�n de tintes proteicos de
la ropa en las condiciones de prelavado y en las aplicaciones directas de
detergente l�quido.
Amilasas Detergentes de lavadoras para eliminar residuos resistentes de almid�n.
Lipasas Utilizadas para facilitar la eliminaci�n de tintes grasos y oleosos.
Celulasas Utilizadas en suavizantes biol�gicos.
Limpiadores de lentes de contacto Proteasas Para eliminar restos proteicos de
las lentes de contacto y as� prevenir infecciones.
Industria del hule Catalasa Para generar ox�geno desde el per�xido, y as�
convertir el l�tex en hule espumoso.
Industria fotogr�fica Proteasa (ficina) Disolver la gelatina de las pel�culas
fotogr�ficas usadas, permitiendo as� la recuperaci�n de su contenido en plata.
Biolog�a molecular
New Beer in an Old Bottle: Eduard Buchner and the Growth of Biochemical Knowledge,
edited by Athel Cornish-Bowden and published by Universitat de Val�ncia (1997):
ISBN 84-370-3328-4, Historia del inicio de la enzimolog�a.
Williams, Henry Smith, 1863-1943. A History of Science: in Five Volumes. Volume IV:
Modern Development of the Chemical and Biological Sciences, Libro de texto del sigo
XIX.
Kleyn, J. and Hough J. The Microbiology of Brewing. Annual Review of Microbiology
(1971) Vol. 25: 583-608
Estructura y mecanismos de las enzimas
Price, N. and Stevens, L., Fundamentals of Enzymology: Cell and Molecular Biology
of Catalytic Proteins Oxford University Press, (1999), ISBN 0-19-850229-X
Nutritional and Metabolic Diseases
Convenciones para asignar nombres a enzimas