Química Farmacéutica

Universidad Nacional Mayor de San Marcos

Facultad de Farmacia y Bioquímica
E.A.P Farmacia y Bioquímica

Asignatura de Química Farmacéutica

Modelaje Computacional de Fármacos I

PhD. Christian Solís Calero
c180276@dac.unicamp.br
Facultad de Farmacia y Bioquímica- UNMSM, Abril 2019
Facultad de Farmacia y Bioquímica – UNMSM. 2019
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AGENDA
• Introducción
• Geometria
Molecular –
Mecànica
molecular
• Polaridad – Mapas
de potencial
electrostático

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INTRODUCCION

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Ácido
acetilsalicílico

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Geometria
Molecular

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Polaridad

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 El efecto
Química analgésico del ácido acetilsalicílico se debe a su
Farmacéutica

interacción con su molécula blanco

Que depende de su Geometria molecular y Polaridad

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Geometria Molecular

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DEFINICION DE ESTRUCTURA MOLECULAR

Coordenadas de posición de los átomos XYZ

Coordenadas Internas

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Representaciones gráficas

Ball and Stick

Model

Space Filling
Model

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OPCIONES PARA PROTEíNAS

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OPCIONES PARA PROTEíNAS

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Pero las moléculas no son estructuras estáticas…

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Pero las moléculas no son estructuras estáticas…

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Entonces, ¿Cómo
representar su
comportamiento, para
predecir sus propiedades?

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Modelaje Matemático/Físico Modelaje Computacional

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1. Mecánica Molecular
Los enlaces dentro de una molécula y
las interacciones entre los átomos son
representadas en función a las
fuerzas clásicas.

CAMPOS DE FUERZA
Un conjunto de parámetros y ecuaciones
que definen el comportamiento molecular
Ej: amber, charmm, opls, mm3, mmff96

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Mecánica Molecular (MM)

Descripción clásica de Moléculas como serie de masas
unidas por resortes. MM representa moléculas como
conjunto de esferas y de diferente m y V conectadas por
muelles. Sistemaelástico (Ley de Hooke).

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Mecánica Molecular (MM)

Ecuaciones de mecánica clásica

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Bond stretching

r12 = (x2 − x1 )2 +(y2 − y1 )2 +(z2 − z1 )2

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Angle bending

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Stretch-bend interaction

Symmetrical Asymmetrical Scissoring

stretching stretching (Bending)
Extensión Doblado

Ejemplo

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Proper dihedral torsion

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Out-of-plane bending (Improper torsion)

Angulo
(Torsional
/ Dihedral)

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Electrostatic interactions

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van dar waals interaction

Interacción repulsiva, que resulta de Interacción atractiva

la superposición de las nubes de entre los átomos, que
electrones de los dos átomos, cuando resulta de los dipolos
se acercan demasiado entre sí. inducidos.

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 Merck Molecular Force Field (MMFF)
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EMMFF = ΣEBij + ΣEAijk + ΣBAijk + ΣEOOPijk;l + ΣETijkl +ΣEvdWij + ΣEQij

EBij = Energy of bond stretching.

Eaijk = Energy of angle bending
EBAijk = Energy of stretch-bend interaction
EOOPijk;l = Energy of out-of-plane bending
ETijkl = Energy of torsion interaction
EvdWij = Energy of van dar waal interaction
EQij = Electrostatic interactions

Journal of Computational Chemistry, 1996, 17(5-6):490-519

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MMFF94
Force
Field

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 Problema 1
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Queremos optimizar la estructura de la molécula de CO2 usando el

campo de fuerza MMFF94. ¿Como plantearíamos la función de
energía a minimizar?
EMMFF = ΣEBij + ΣEAijk + ΣBAijk + ΣEOOPijk;l + ΣETijkl +ΣEvdWij + ΣEQij

Solución

EBij ETijkl

EAijk
EQij
O1-C2-O3
EOOPijk;l EvdWij

Energy= Ebond_stretching(1-2) + Ebond_stretching(2-3) +

Eangle bending(1-2-3) + Estretch-bend_interaction(1-2-3)

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 Problema 2
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Queremos optimizar la estructura del siguiente sistema

molecular usando el campo de fuerza MMFF94. ¿Como
plantearíamos la función de energía a minimizar?
EMMFF = ΣEBij + ΣEAijk + ΣBAijk + ΣEOOPijk;l + ΣETijkl +ΣEvdWij + ΣEQij
Solución

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 Problema 3
Química Farmacéutica

Queremos optimizar el siguiente sistema

molecular usando el campo de fuerza
MMFF94. ¿Como plantearíamos la función
de energía a minimizar?
EMMFF = ΣEBij + ΣEAijk + ΣBAijk + ΣEOOPijk;l + ΣETijkl +ΣEvdWij + ΣEQij
Solución

4H H6
O
5

3H H7
O2 Mg 2+ O
8
13
H1 H9

O
H 11 H
12 10

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Hasta la siguiente clase.…

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