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CONTINUACIÓN DE BIOINFORMÁTICA
Entregar por equipo el día lunes 12 de marzo del 2018.
1.- Ejercicio para ORF FINDER.
Secuencia de interés para búsqueda de ORF:
GTTAAATATTCTATAGCTAATTAAACCTAACAACTATGGTTTCCCCTACAACACCAATATCGTATACGTT
ATTACCAGATTTTTTCCACCCATTTTCAAGTTTAACCTCTTTGTCATATAGTCTGTAATTTCTGGAAAAC
ACATTTCTTTGCATTAACACCTCTGACCACATCCAATCATTGTTAATAATGCGTGGTATTAACTCTCTCA
TTAAAGGATGCTTTATTACTATGTTTTCATTTATTGGTGCATACGGTTCTGTGCCAATGAATTTTATATT
TTTTTTGTCTCTTCCAAATCCAAGATAATCTATGTCTTGAGATATTCTATTTACAATGCTTTCCTCAAGC
TGAAACTGTGCATTTATGGCATTGTAAGCACCATAAGAAAATATTGTTGATATTAAAAGAATAAAAGAAA
AATATATTCTTGATATTAACTGTTTATCTTCAAAAGCATAGAATACGCATAGGCAACAAAAAAACATAAA
GCCACCCATACCAATCAATACCCTCGGTGCGTATATTGGTGATTTTAGAAAAATCATTGGTCCAATGATG
AAGAACATTGATGCTAATAAAATTAAAACTACTAGCAATAACTTTGTTTTCTTATTTTCATCTCTTTTGA
TTGCTTTTAAAACTATGACTATCAAAGAAATGATTAGCGCAAAGAATAGCGAGTAGTAGATTAAGTAATT
ATCGCCATTCAAGATCGTGCTAAACATTCTATAAAATGATAAGACGTTAGAAATTATCCCTTCAAATAAA
CTTGAGTTTATCTCTATAATCTTACTATGTTCGATATTGTAAGAACCTGTTACAAGTCTTTTTGCAATAA
AGTAAGAATAGGCAAAATATCCTACTATTAAACCAGCGACAGAAGATGCTGTATTTTTTGTGATATTTGA
AATTGAGTTTTTCTTAACCACATCTGAAATTATAAAGGCCAACAAGAATATTGCGTAAGTATTCAGCGCA
GCCTGATAAAGACTAAGGAATGCAATGGTTAAAATGGATGATATTATGATATTTATAGGCTTGTATTGAT
AAGCGACATACGATGAGATAATAGATATTGCCACACTCATGCACATTGTTAATGAATCATATCTATATGA
TAGATTTTCAATAAAGAATGGGTTTGCCAAAATCATCATAAAACAAAGAGATGCTGTGATGTAGTCATCT
CCAAACAGCTTTTCCCTGATGCAGGATAGTGCCAATGCTAAAATAACTATCCCTAGCATTAAAGGTAGCG
GAGAAGCATCTATAATTGGGGTTCCAAAATTAATGATATAGAAAATAAAGTCGGAAAGTGGGCGACCATT
GCCTGACCAACCCAACCCGCCATATAAAGACCTACCCAAGTCATCAACGAAAAATGATTGATGTGTCAAT
AAAGGAAATGTATATATAATCGCCAATCCAAGAAAGATTGATATAAATATCCTGTCATTACTATTAAATT
TCACTTTTAAAACCCTTACGCTTTAATATGTATTTAGGCCGCTGTTTGGTTTCTATGTAAATTCTACCAA
TATATTCTCCAAGAATACCTATTCCTATCAATTGAACGCCACCCAGGAAAAGAACAGAAACAAGAAGAGA
CGGGTAGCCAGGAACATTATTTCCAAATATTAATTTATCAATAATCATCCATGCACCGTAAAGGAATGAC
ATACCTGCAATAAACAATCCAATGTAAGTCCATATGCGGAGCGGAAATGTTGAGAAAGAAGTTATTCCCT
CCAGCGCCAGGTTCCATAATTTCCAGCCGTTGAATTTCGAATCACCGGCCACGCGTTCGGCACGGGCATA
TTTAACAACATCCGTTTTTCCGCCAACCCAACTGAGCACACCCTTCATAAACAAGTTGCGTTCTGGCATT
TGTTTGATGTTCTCGACAACCGCACGGCTCATTAACCGAAAGTCGCCAACATTTTCTTCGATTTTTGGAT
TGCTGATTTTATTGTGCAGCTTATAAAACCACTCAGCTGTCTTACGCTTCATGCGCCCGTCAGTTGAGCG
GTCTGAGCGCTTAGCCAGCACCATATCCGCGCCAGCCTGCCACTTCTCAATGAGATGAGGGATAACTTCT
ATCGGATCCTGTAAATCGACATCAATAGGAATGACCGCATCCCCGGTTGCATGGTCGAGACCCGCGAAAA
GAGCAGGTTCTTTACCGAAGTTTCGCGTAAACGAAAGCGGAATAACGAGCGGATCAGATGCAGCTATTTT
GTTAATTATTGATTCAGTCGCATCTTTACTACCATCATTAATAAAAACGATCTCAATTTCATATTCTTTT
AGCTCATTAAACTCACGTACCGTTTTATAGAAAATCGGTATCGTGTCTTCTTCGTTAAAAACTGGAACGA
CAAGAGAGATTTTCATCTTATATCCCTGAAAACAATGAATCTGGAATAGATAAAGCCGCATACCAGGCTA
ATTGCCGAGAAAGTGATAAGGGTAATCAATGGTGGCAAGGAACATTGGTCAGCCATCCAGCCAACAACAG
CGCTCAGTGTTCCCATGAATCCCACATACATCATGTAGCGAAGCGTGGTGGTGGTGGCATTAAAGGTGAA
ACGCGCATTGGCATAGAAGCTGAACGATACGGCGATAACAAAACCGGAAAAGTTCGCCAGCGCCTGATGC
GTATGCATCCCATACACACAAAAAGCAAATACGCCCCAATGAATAAGCGTGTTAAGAACACCGATCGATG
TGTACTTAGCGAATAACTTCAACATTATGAAAATCAGCGGATTCGGAAAGGTCTGAAGTGTAGCACTACA
AATTGTTTTGATCGATACAAGCGATCAATAATGTATAATTTGATAGTTTTTATCTATATAATGCATGTTA
ATTGATCGTTGTTACCGATCAATTTTTATTGCTGATTGCTAAGTGGTTTGGGACAAAAATGGGACATACA
AATCTTTGCATCGGTTTGCAAGGCTTTGCATGTCTTTCGAAGATGGGACGTGTGAGCGCAGGTATGACGT
GGTATGTTGTTGACTTAAAAGGTAGTTCTTATAATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTA
TCGGCACCAGTTAAATCAAATACTTACGTATTATTCGTGCCTTCCTTATTTTTACTGTGGGACATATTTG
GGACAGAAGTACCAAAAATCGAGTCAATTTGTCGAGCATGTTCAGTCAGGTGATTTGGTGCCAGATGAGC
ATATCGGCGAACCATTTCGATAGACTCCCAGCCACCCATTTCCTGCAATACCGAAATCGGAACGCCAGCC
TGAACTAACCAACTTGCCCACGTGTGCCTCAGGTCATGAAAACGGAAGTCTTCAATGCCCGCTCGTTTTA
ATGCTGCCCTCCATGCAGTATTAGCGTCATAGCGCATCTTCCTCACTACAGGTGATTTAGTTCCGTCTGG
TTTGGTGCTGCTTTCCTTGTAGACGAACACCCATTTGTGATGATTGCCGATTTGCTTTTTCAGCACCCGG
CAAGCGGTATCATTCAGCGCCACTCCAATGGCATGATTAGACTTGCTTTGTTCCGGGTGTATCCATGCCA
CCTTTCGTTGCATGTCTATCTGCTGCCACTCCAGATTGATAATGTTAGACCGCCTTAAGCCAGTAGAAAG
CGCAAACTCTACGACTGACTTTAGCGGTTCCTGGCATTCATCAATCAACCTTTTTGCCTCGTGAGGCTCA
AGCCAGCGGATACGCTTATTTTTCGGCTGAGGAACTTTGATGATCGGAGCCTTATCCAGCATCTTCCATT
CGCGTTCAGCAGCCCGGAGGAGTGCCTTAATGAATGAAAGGTGAGTTGCTTTTGTAGCTACTGCTGCCGG
CTTAGGCTTGAATACCGGAGGCTGCTTCCCATTCTTCCTGCAAGCTTCATCCATTAACTTCCAGTTTTCC
TCATGCCGCCGATTAGTTATCTTCTGGATGGCGGAGTAAATCTTCGTCTCGGTAATATCCTTCAACTGCA
TTCCTGCAAAATGCTGGAGCCAGAATCCTATCCGACTCTTGTCATCATCCAGCGACTTCTTATGCGCCTT
CTCCTCTAACCACCTGACACAGGCCCCCTCAAAAGTCATGTCAGGCGTCTCTCCTAATTTACTTACCCTC
CATGCTTCTGCCTTCAGCTTGTCATGAAGCTCTGTGGCCTGCCTTTTGTCCTTTGTCCCAAGAGACTGCT
TAAATCTTTTGCCGTTCGGCAATGTGAAACTGGCGTACCAGGTTTCACCTCTGCGGAATAGTGACATTTC
AGTTCCTCTGTTATGTCATCACCCGCGCTCACCTGGACAGTATGCAGCGGAGATTGAAGTGCCGCAATGC
AGGCTTGTCGTGTGGTGAGGTAAGGGGATTTCGGTTTGGTGGGGTCTTTACGTGTTGCCTGTAGTCGGCC
TGTGCGAATCCAGTTGGTGGCGGTAGGTCTGGATATCTTGAGAAATGCACAGGCCTCATCAAGTGTGAGG
CTGTGTGATTCCATGTTTACTCCGCTGTTTCTTCTTCGTCTTCTTTTGCGTTAGGCATGTCGTAGAATTG
CCCGTAAGTTATTTTCTTGAATGCATCAGGGATAACAACTACGCCATGCCTTTCTTCTTTGTTATTTGGT
ATTGCAAAAATAAGACAATCATCGCGTTGCGGGTGCTTGCCGCCGTACGTTGATAACATAACGAAACCAA
AGCCACGGCCCGATTGACCACCAATTCCTGTACGCATAATCCCGTAGTGGTTGGTTATGTAGTAATTCCA
TTCAGGCAAGGATTTTAGCTTGGCGTTAGCGTTATGCATGATTGCATCCAGCTCTTTGTTGTATGCGCGG
CCTTCCTTTGTGTTTCCCTTTCCTCGCGCTATCACAACTCTCTTCCCGTCCAAAAAATCCTCGCGTTTGA
TTGTTATCTGGCATGGGAATTCATATCCTTTTTCCCAAACGAAGCTTTGTAGAAGTCCGCCTTCTCCACC
CCAGCTACGGGCTGTAGTCCATGCGATTGCGCCAACCTTTTCAGCGGCTGTGGTTAGGATTGAATTTCGT
TGATCGTTAATGGTGTCGTATGACTGGATAAGCTCCTTAACATCCTCACCCTCTACCATGTAGTAGTCGT
AATATTTGCTCTGGCCTGACATTTATTGTCTCCAATAAAAAACCGCCATCAGGCGGCTTGGTGTTCTTTC
AGTTCTTCAATTCGAATATTGGTTACATTGTTTTCATATATGAATAAATAAATTAGCTTTTTTCGTTGCC
TTTGCGTTCCTTATTAATTCTGACAAACTCGTTTTTACCACGCTCTCCAAATGCGTCTTTAGAGTCGTTG
TATCCGCAATCGCAGCACACATAATCATCAGACCATCCACGCATTGTTTTTTCTTTTGCAATATTTCCAG
AACCGCATTTTGGACAAGACATGTCACTACCTCCAAAGCATGAGTGAGATGACAACGTAACATTGATTGG
AGATTAACAATAGATTGCTGATGTAAAAGATATGTATAAGCTTCGCTATCAAAGGGGAGGATCTGGTAGC
TGCATCCAGTGGCTTACACCGATAATTTCCATACCCTCCCAATAGTCAAAGAACCCATCATCGTCGTATG
TAGCAACGAACATCCCCTGACCCAGACATTTTCCGGTAAAAATTGCGATGGGTTTAGATTCATCATTATC
TGGCATTCGCTCACTACAGCTTATCCAGCCACCCGGAATTACCGGAGAGTTGCCTGCCAGCGCTTCTTGC
AGTCGTTCAAGCTTCACGTATTCCTGAACGCAAGTTCCCGAGTAGTTATTTATCCAGATGGTCGCCTTTT
CTGGGTCAGGCGTATAAGTAACCACTTCTCCCGACTGCCAGCACAGGGCGTACAGGTCAGCGACTGCCTT
AACCTGTGCGTATGGCAACTCGGCAGGGCATTCCTCCGGCACTACCGACTCTGGCTGCTCTTTGATATGC
AGTCGTGGCTCGCCGTCTTTCGGTTCAGGCCACTGGCGTGTTTTGTTTATCTCCAGTTTTTCAATCATCG
CCCTCGTAATGAATTCGTCGGAAATTCCCATGCGCCGCTGGGCATCCCACAATAAAAACTGCATATCAGC
CCATTCAAGCGGGTCTGATGGGTCGGCAGCGGCTTCCAGCGCTTCTTTCGAAAGATGTTTAAGCGGGCCG
ACTGGACCAACATCGCCGAACGTCTTATCTGACCACTCGGCGTGCTCACGGCGAATACGTTCGCGTTCTG
GCACTGGCGGGGCGGCGTAGAGCGGTATATACACGGCAACATCATCAGCAGCATTTGGCTGCTGCTCTAA
TGTCACGCATGTACCGGAAAATTTATTCAGGTATCGCACAGTCTCAGCATCCAGCGATGCCAGCGCAATC
CGTGCCAGCTCCATTTGTTCGCCACGGGTAAGCCCGTTTTCAAGCGGCGATTTAACGAACAATTCAATAC
GTTCTTTGGTAATAGTGGTCATGGGTTAGTCCTCAACGCTGATATCAACGGCCACTTTCATTCTCCCGGC
AGAAACTTCAAAACCGGTGACATCCGCATTAAGCATGTATTCAGATATAACCAGCGCAAGAAGTTTTAAC
TTCGCGTCTGTATCGTTACCGTTCAATTCTTCAAGAAGCTCAATAACTGGCTTCATATGTTCACCAATCT
TCATGCTCATTCCCCCTTAACCTTGATGCCAGCGCGTGTGCTATATGCAGACATGCACTGCGTGAACCCG
GATTGGTCATCTGTCTGCCCATAACTGAACCCTGCTTTCAGGCCGTCACGGAATGCGCCATCCTGCAACT
TGTCGTCAGTTTCAAGCTTCGCCTCCAGTTCTTGAATACGCTGGCGTAACGCTGTAATTTCCACCTCAGC
AGCGTCTGCGTAATGAACGTTTTCATGCTCAAGTGGTGGTAAATCCGGCGTAATGACACCAAAAAGTTTT
GCCAGCGCCCGGTAATTCAGTTCGCTGTGATAACGACCTTTGCAGCGAACCAGTTTTTCAGCAGCAGCTA
CAATCGCGCTTTGTTCTGTCATGCGCTTTTTTGCTGCTTCCAGCTCAACTCGCAGCTTCCCAACCGTAAG
CGCAATATCCTCGTCCTCCTGGTCGCGGAGTTTGATGTATTGCTGTTTTTTATCCAGCTCATCCAGCAGC
GCCTCTGCGGCGATATAAATAACCTGGCGTGCACGGTCTGCTGGGTCGCTGTAATGGTCTTGCATGTACT
GGAATTCTTCACGCAGCGCCTGTTTGTCGATGTTGCTCATTGGGCTGTCTCCGGTGGATAACAAATATCG
TCGAAATATTTTTCTGCAACGCACATGTTGAAGTGATCGAGATTCATCTCCTCCACCTGGAGTTTTGCCC
CAACAATACCCGTGCATCGATTGACGTAATCCCGATTTTCTGGGGATTCCGCTACCCACTCCATAAGGTC
TTCGGTGACACGTTTTAAGCAACGTAAGGCGCAGTCCATATCAGTAAAATGCTGAGCATCTGTGATGCAG
GAGACGACATAATACGTGGTGATTTTTGGCCCTTCAGCGCGTCGCTTAAGTTCTCTCTCTATATCTCTTT
TCAGATCAACCAGTTCATGGTCATTGAGTTTGTCGATGTTGCTCATTGGGCTGGCCCTCGCATTTGTGAT
TTTCTGGATCATCGGCTTTGAAATAACCGCCGCAGATTTTGCAGGGTATCGTCGGCACTTCGTCGTAATT
TGAGGTTCCCGTAATCATGACTGCACTCCTTTGCGAAGCTGGGCGGCGATATCTTCGATAACGCCATCGG
CGAATGAGCGATCAAAATCGCCTTCCGGTGCATCAGCCATAAATTCTGTGGAGGTCAGTATCATTCGTGC
GATGTCCGCAGCGTTCTTTGCTGTGTCGTCGATAAATCCTGCATCCCATGCGGCCAGCATTCGGTTAGCA
ACAAAGTAAGCGCCTTCCTTGTGAGCCTGCGCCCGCATCTCCGCCAGAAAGGCGTCTGTCGCCGGGGTCT
CAGTGAAATCGTCTACCCACGTATCGCCAACGTCCTCGCACTCGTGACGACAATAATCGTTGAATTCGAC
CTCTGATTTTTTCAGTGCCCCATTCTCCACCACCAGTGCCGCGCATTTCGCCTCCAGTTCCCGATAATCC
GACGCCAGCACCAGATCCACACAGAACGATTCAGACTGTACCGGTGGGGATAAATCTGATGGGGATGCGG
TGTAAATTTTTACCTGTTGCATTTATCTTTCCTCAGTATCGCATTCAAATATTTATTCTCGTTAATAGAA
GGAAATGAATTGCGCTGCAATAATTCTTCGCGTGTAGGCATTGGTTTAATTTTGTGCCTAATAATAAGTT
CGGCTGGTAGAATGTCGGGATTGTATGCAAGTCCTCTCATCGTAAACTCCTCAGTTATTGCTGATAGCTC
CGTAACGCGAACGGTAATCACGAAGACGCGGGTCTATTTCAATGAATTTGGTGTAAGTGGCTTTGCGGAA
TGGCCGGATGGCTGTCTGGTAAATTCGCTCGCGTTCTTCTTTCTCTGCAAGCCATATACAGTGGCGAAAT
TCCTTTTCCTCTTTCGTTTCCTGCGGTAGTGACATTATCAGGTCGTAGTTTTTTCTGAATTTATCCAGCA
CCTCCGATACGGAATTGCCGGAACAGCGGCGCGGGTCATCCGCACCATACAAAGGCGCTGGCATAATTTA
CTCCAGGGTAGGTTATCCGAATAATGTGGTACGTATAGGGTTATTTCTTTCGTAAACGTGATAGCCTGCT
TTTTACCGACTCTTCACTTCGCCCGAGAATTTTTGCTACATTTCTTTGTGTATAGCCTGATGAGATAAGC
GTCTGCATTCTTTTGTCTTCGTCGTCGCTCCATCTTGGCTTAATGAATGCCGTTTTTAATGACAGTTTTT
TTGCTATGTAATAAAACTGATTTATGTTTAGGCCCAGATGTTCTGCTGCACGGCAAGCTACCATGCGACC
GCAAACTGACTCCATCTCCGCTGTAGTTATGTTTAATCTTCTCATTAAGCCACCTGTTTAAGCTCATTTA
TTCTGATATTCATTACCTGAACGCATTTTGTCTGCTCATCATCGTGACCAGTCAATAATTGCCAGTCGTG
CTGGTATCTCTCAATTAGCTTTTTCTTGTCCGTTTCTGTTGCTGCATATTCACTGAATGCCTTAAGAACC
TGTTCAGGAGCAGGGGAGGAAGGCGATGATTTAGTTTGCTTAGCAGGTGCTGCATTCTGCTGCTGTTTGT
GCTCCTCAGTATCAGCGTCTTTGGCGTCGTCGATACCAAACAAACCGTTAAGGCAATATTTGCGAGCGTA
AGAGCTTGTAGCGCCCGTTACCTGAGCTGCATCCATTCCCTTCTTGTTTTCTTCTTCTCGCGCTATAGCG
a) Seleccione 600nt de longitud mínima de ORF (observe y cheque los diferentes tipos de
códigos genéticos que existen, nosotros usaremos el standard).
b) Seleccione a la derecha Desplegar la traducción de los seis marcos abiertos de lectura
(“display six-frame translation”).
c) Despliegue los ORF en traducción de secuencia codificante (“CDS translation”)
ORF1 CDS translation
1 ATGCACGGGTATTGTTGGGGCAAAACTCCAGGTGGAGGAGATGAA
M H G Y C W G K T P G G G D E
46 TCTCGATCACTTCAACATGTGCGTTGCAGAAAAATATTTCGACGA
S R S L Q H V R C R K I F R R
91 TATTTGTTATCCACCGGAGACAGCCCAATGAGCAACATCGACAAA
Y L L S T G D S P M S N I D K
136 CAGGCGCTGCGTGAAGAATTCCAGTACATGCAAGACCATTACAGC
Q A L R E E F Q Y M Q D H Y S
181 GACCCAGCAGACCGTGCACGCCAGGTTATTTATATCGCCGCAGAG
D P A D R A R Q V I Y I A A E
226 GCGCTGCTGGATGAGCTGGATAAAAAACAGCAATACATCAAACTC
A L L D E L D K K Q Q Y I K L
271 CGCGACCAGGAGGACGAGGATATTGCGCTTACGGTTGGGAAGCTG
R D Q E D E D I A L T V G K L
316 CGAGTTGAGCTGGAAGCAGCAAAAAAGCGCATGACAGAACAAAGC
R V E L E A A K K R M T E Q S
361 GCGATTGTAGCTGCTGCTGAAAAACTGGTTCGCTGCAAAGGTCGT
A I V A A A E K L V R C K G R
406 TATCACAGCGAACTGAATTACCGGGCGCTGGCAAAACTTTTTGGT
Y H S E L N Y R A L A K L F G
451 GTCATTACGCCGGATTTACCACCACTTGAGCATGAAAACGTTCAT
V I T P D L P P L E H E N V H
496 TACGCAGACGCTGCTGAGGTGGAAATTACAGCGTTACGCCAGCGT
Y A D A A E V E I T A L R Q R
541 ATTCAAGAACTGGAGGCGAAGCTTGAAACTGACGACAAGTTGCAG
I Q E L E A K L E T D D K L Q
586 GATGGCGCATTCCGTGACGGCCTGAAAGCAGGGTTCAGTTATGGG
D G A F R D G L K A G F S Y G
631 CAGACAGATGACCAATCCGGGTTCACGCAGTGCATGTCTGCATAT
Q T D D Q S G F T Q C M S A Y
676 AGCACACGCGCTGGCATCAAGGTTAAGGGGGAATGA
S T R A G I K V K G E *
-----
2.- BLAST, alineamiento y comparación de dos secuencias:
A)
tgttgagggc ggagaaatgc aagtttcatt
5041 acaaaagtta acgtaacaaa gaatctggta gaagtgagtt ttggatagta aaataagttt
5101 cgaactctgg cacctttcaa ttttgtcgca ctctccttgt ttttgacaat gcaatcatat
5161 gcttctgcta tgttaagcgt attcaacagc gatgattaca gtccagctgt gcaagagaat
5221 attcccgctc tccggagaag ctcttccttc ctttgcactg aaagctgtaa ctctaagtat
5281 cagtgtgaaa cgggagaaaa cagtaaaggc aacgtccagg atagagtgaa gcgacccatg
5341 aacgcattca tcgtgtggtc tcgcgatcag aggcgcaaga tggctctaga gaatcccaga
5401 atgcgaaact cagagatcag caagcagctg ggataccagt ggaaaatgct tactgaagcc
5461 gaaaaatggc cattcttcca ggaggcacag aaattacagg ccatgcacag agagaaatac
5521 ccgaattata agtatcgacc tcgtcggaag gcgaagatgc tgccgaagaa ttgcagtttg
5581 cttcccgcag atcccgcttc ggtactctgc agcgaagtgc aactggacaa caggttgtac
5641 agggatgact gtacgaaagc cacacactca agaatggagc accagctagg ccacttaccg
5701 cccatcaacg cagccagctc accgcagcaa cgggaccgct acagccactg gacaaagctg
5761 taggacaatc gggtaacatt ggctacaaag acctacctag atgctccttt ttacgataac
5821 ttacagccct cactttctta tgtttagttt caatattgtt ttcttttctc tggctaataa
5881 aggccttatt catttcagtt
Compare con
B)
tcttaaactctgaagaagagacaagttttgggactggtgacaattgtctagagagcatggagggccatgt
caagcgccccatgaatgcatttatggtgtggtcccgtggtgagaggcacaagttggcccagcagaatccc
agcatgcaaaatacagagatcagcaagcagctgggatgcaggtggaaaagccttacagaagccgaaaaaa
ggccctttttccaggaggcacagagattgaagatcctacacagagagaaatacccaaactataaatatca
gcctcatcggagggctaaagtgtcacagaggagtggcattttacagcctgcagttgcctcaacaaaactg
tacaaccttctgcagtgggacaggaacccacatgccatcacatacaggcaagactggagtagagctgcac
acctgtactccaaaaaccagcaaagcttttattggcagcctgttgatatccccactgggcacctgcagca
gcagcagcagcagcagcagcagcagcagttccataaccaccaccagcagcaacagcagttctatgaccac
caccagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagttccatgaccaccaccagcagaagcagcagt
ttcatgaccaccaccagcagcaacagcagttccatgaccaccaccaccaccaccaggagcagcagttcca
tgaccaccaccagcagcaacagcagttccatgaccaccagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcag
ttccatgaccaccaccagcagaagcagcagttccatgaccaccaccaccaccaacagcagcagcagttcc
atgaccaccagcagcagcagcagcagttccatgaccaccagcagcagcagcatcagttccatgaccaccc
ccagcagaagcagcagttccatgaccacccccagcagcaacagcagttccatgaccaccaccaccagcag
cagcagaagcagcagttccatgaccaccaccagcagaagcagcagttccatgaccaccaccagcagaagc
agcagttccatgaccaccaccagcagcaacagcagttccatgaccaccaccagcagcagcagcagcagca
gcagcagcagcagcagcagttccacgaccagcagcttacctacttactaacagctgacatcactggtgag
catacaccataccaggagcacctcagcacagccctgtggttggcagtctcatgacactggccttttctcc
tacctatgccaacactcccccttgctatgatttttaagtctgagattcctagttggtttagatactgact
tttctcctgtcatgaaaaaggtcctgctccttccttttgggttctaaaatgtgtgtaaagatgtgtagtg
tgtaaggaaggagaaagcttagaaatgcttctacatagtttttgtttaacatagtactagttgcattgtt
gtggcatttaatccacagaagaaaccagagatttacactcag
NOTA: “STS”, sequence tagged sites. Secuencia de DNA corta (200 a 500 pares de bases)
que ocurre una vez en el genoma y cuya ubicación y secuencia de bases son conocidas.
3.- Haga BLASTP con el identificador que le proporciono:
NP_387887 Seleccione base de datos swiss-prot/uni-prot, realice protein-protein blast
A qué organismo corresponde, y qué proteína es: Subunidad de ADN girasa B [Bacillus
subtilis subsp. subtilis str. 168]
En la parte superior de sus resultados de BLAST, verá una gráfica de dominios
conservados, a qué tipo de súper-familia corresponde, qué dominios funcionales
observa y qué residuos de la proteína abarca:
Super familia: TOP2c
Dominios funcionales:
Lista de éxitos de dominio
Valor
Nombre Adhesión Descripción Intervalo
E
gyrB PRK05644 Subunidad de ADN girasa B; Validado 1-638 0e +
00
gyrB TIGR01059 DNA girasa, subunidad B; Este modelo describe la 8-638 0e +
topoisomerasa de ADN tipo II común (ADN girasa). ... 00
GyrB COG0187 DNA girasa / topoisomerasa IV, subunidad B [Replicación, 4-638 0e +
recombinación y reparación]; 00
TOP2c smart00433 TopoisomeraseII; ADN eucariota topoisomerasa II, GyrB, ParE 37-631 0e +
00
TopoII_Trans_DNA_gyrase cd00822 TopoIIA_Trans_DNA_gyrase: dominio del transductor, que 224-378 5.41e-
tiene un doblez del dominio ribosómico S5 2 veces, del ... 88
DNA_gyraseB pfam00204 DNA girasa B; Esta familia representa el segundo dominio de la 225-378 2.21e-
ADN girasa B que tiene un ribosoma ... 76
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nuevo artículo en @ PLOSCompBiol explica cómo nos movimos a una base de datos de
gráficos @ neo4j y sus beneficios en términos de rendimiento, escalabilidad y mantenimiento
de código https: // doi.org/10.1371/journa l.pcbi.1005968 ... # biology # bioinformatics # cypher
# NoSQL
Seria este
En este otro ejemplo del genoma del jitomate, cuál sería el alineamiento menos significativo,
cuántas secuencias similares encontraríamos por mero azar en la base de datos:
Seria este
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/smartblast/smartBlast.cgi
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/smartblast/smartBlast.cgi
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/smartblast/smartBlast.cgi
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/1070066923?report=genbank&log$=smartblast
https://reactome.org/content/query?q=protein+kinase&species=Homo+sapiens&species=E
ntries+without+species&cluster=true