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AULA 20
Sistema de Partículas Interagentes
Física Computacional : :
Sistema de Partículas Interagentes Potencial de
Lennard-Jones
Vamos iniciar investigação computacional de um sistema de

muitas partículas interagentes consideramos um sistema no
qual o potencial entre um par de partículas é dado pelo
potencial de Lennard-Jones
σ 12 σ 6

u (r ) = 4 ε − .
r r
Existem diferentes abordagens tal sistema, entre elas

Dinâmica molecular
Método de Metropolis
Fluido de Lennard-Jones Dinâmica Molecular
A simulação via dinâmica molecular é uma técnica inicialmente

desenvolvida para investigar as propriedades de sistemas
clássicos de muitos corpos.

Em nossa abordagem iremos considerar apenas o movimento
de translação, ou seja, consideraremos sistemas constituído de
partícula com simetria esférica, onde os demais graus de
liberdade podem ser descartados.

A ideia básica na dinâmica molecular é resolver a equação do
movimento de Newton para as partículas que constituem o
sistema.

A ideia básica na dinâmica molecular é resolver a equação do
movimento de Newton para as partículas que constituem o
sistema.
Se conhecemos todas as forças entre as partículas podemos
integrar as equações de Newton para obter a dinâmica do
sistema.
Dinâmica Molecular O Algoritmo de Verlet
Para ilustrar a simulação via dinâmica molecular iremos

considerar o algoritmo de Verlet.

Para obter a expressão usada no algoritmo de Verlet, devemos
considerar as expansões em série de Taylor da coordenada de
uma partícula
...
2 f (t ) r
~
3 ~
~r (t ± ∆t ) = ~r (t ) ± ∆t~v (t ) + (∆t ) ± (∆t ) + ...
2m 3!

uma partícula
...
2 f (t ) r
~
3 ~
~r (t ± ∆t ) = ~r (t ) ± ∆t~v (t ) + (∆t ) ± (∆t ) + ...
2m 3!
somando essas equações obtemos
~f (t )
~r (t + ∆t ) + ~r (t − ∆t ) = 2~r (t ) + (∆t )2 + O((∆t )4 )
m

uma partícula
...
2 f (t ) r
~
3 ~
~r (t ± ∆t ) = ~r (t ) ± ∆t~v (t ) + (∆t ) ± (∆t ) + ...
2m 3!
somando essas equações obtemos
~f (t )
~r (t + ∆t ) + ~r (t − ∆t ) = 2~r (t ) + (∆t )2 + O((∆t )4 )
m
ou ainda
~f (t )
~r (t + ∆t ) ≈ 2~r (t ) − ~r (t − ∆t ) + (∆t )2
m
Note que, no algoritmo de Verlet, a estimativa da nova

posição contem um erro da ordem de (∆t )4 , em que ∆t é o
passo de tempo usado na integração.

Além disso, a velocidade não é usada para calcular a nova
posição. Para calcular a velocidade devemos usar
~r (t + ∆t ) − ~r (t − ∆t )
~v (t ) = .
2∆t
Note que, nesse caso, o erro é da ordem de (∆t )2 .

Além disso, a velocidade não é usada para calcular a nova
posição. Para calcular a velocidade devemos usar
~r (t + ∆t ) − ~r (t − ∆t )
~v (t ) = .
2∆t
Note que, nesse caso, o erro é da ordem de (∆t )2 .

Outra observação importante é que, no algoritmo de Verlet, é
necessário o conhecimento da posição atual (tempo t ) e no
tempo anterior t − ∆t . Quando calculamos a posição no
tempo t + ∆t , a posição atual se torna a anterior e a nova se
torna a atual.
Em resumo, no algoritmo de Verlet fazemos uso da expressão
F~ (t )
~r (t + ∆t ) = 2~r (t ) − ~r (t − ∆t ) + (∆t )2
m
para obter a nova posição de uma partícula.
F~ (t )
~r (t + ∆t ) = 2~r (t ) − ~r (t − ∆t ) + (∆t )2
m
para obter a nova posição de uma partícula. Note que, para
executar esse cálculo, devemos calcular a força sobre a
partícula.
F~ (t )
~r (t + ∆t ) = 2~r (t ) − ~r (t − ∆t ) + (∆t )2
m
para obter a nova posição de uma partícula. Note que, para
executar esse cálculo, devemos calcular a força sobre a
partícula.
Ao longo da simulação podemos medir:
A temperatura considerando que
N
mi vi2 (t )
T (t ) =
X
,
i =1 KB Nf
em que Nf é o número de graus de liberdade.
Medidas continuação:
A energia potencial
( " 12 6 #)
σ σ
U=
X
4ε − .
<i ,j >
ri ,j ri ,j
A energia total
E = U + K.
A energia potencial
( " 12 6 #)
σ σ
U=
X
4ε − .
<i ,j >
ri ,j ri ,j
A energia total
E = U + K.
Note que, a energia total deve ser conservada.
A energia potencial
( " 12 6 #)
σ σ
U=
X
4ε − .
<i ,j >
ri ,j ri ,j
A energia total
E = U + K.
Pergunta:
A energia potencial
( " 12 6 #)
σ σ
U=
X
4ε − .
<i ,j >
ri ,j ri ,j
A energia total
E = U + K.
Pergunta: Qual deve ser a estrutura de um algoritmo em

FORTRAN para investigar um uido de Lennard-Jones
considerando a solução proposta por Verlet?
O algoritmo
program MD_Verlet
call inicia !inicialização

t = 0
do while (t<tmax)
call forca !Determinação da força sobre cada partícula
call integrate !integração das equações do movimento
t=t+dt
call medidas !Médias sobre as medidas
enddo
end program MD_Verlet
O algoritmo
program MD_Verlet
call inicia !inicialização

t = 0
do while (t<tmax)
call forca !Determinação da força sobre cada partícula
call integrate !integração das equações do movimento
t=t+dt
call medidas !Médias sobre as medidas
enddo
end program MD_Verlet
Tarefa Construa um algoritmo usando a solução de Verlet

para investigar um uido (bidimensional) de Lennard-Jones.
Considere uma região quadrada de tamanho L = 100,
densidade de partículas ρ = 0.3 e temperatura reduzida 0.4.
Use condições de contorno periódicas.
Fluido de Lennard-Jones Algoritmo de Verlet
A condição inicial:
A posição atual das partículas pode ser sobre uma grade como
no caso do algoritmo de Metropolis.
Para obter a posição anterior, primeiro escolhemos o valor das
componentes da velocidade de cada partícula escolhidos ao
acaso no intervalo [−0.5, 0.5],
acaso no intervalo [−0.5, 0.5], recalculamos todas as
velocidade de maneira que o momento total seja nulo
velocidade de maneira que o momento total seja nulo e, em
seguida, reescalamos todas as velocidade para ajustar a energia
cinética média ao valor desejado, considerando que, no
equilíbrio termodinâmico, a relação

1 2 1
mvα = KB T ,
2 2
é satisfeita.
velocidade de maneira que o momento total seja nulo e, em
seguida, reescalamos todas as velocidade para ajustar a energia
cinética média ao valor desejado, considerando que, no
equilíbrio termodinâmico, a relação

1 2 1
mvα = KB T ,
2 2
é satisfeita. A posição no tempo anterior pode ser obtida

usando essas velocidades.
Para obter o momento total nulo na condição inicial, podemos
Calcular a velocidade do centro de massa, usando
N
1
~vcm = ~v .
X
N i =1 i
N
1
~vcm = ~v .
X
N i =1 i
Recalcular todas as velocidade, usando ~vi = ~vi − ~vCM
N
1
~vcm = ~v .
X
N i =1 i

Para obter a energia cinética desejada, devemos
Calcular a temperatura para a condição inicial usando
N
mi vi2 (t )
T (t ) =
X
.
i =1 2KB N
N
1
~vcm = ~v .
X
N i =1 i

Para obter a energia cinética desejada, devemos
Calcular a temperatura para a condição inicial usando
N
mi vi2 (t )
T (t ) =
X
.
i =1 2KB N
Em seguida, reescalar as velocidade usando a razão

0.5
T

,
T (t )
em que T é a temperatura (parâmetro de entrada).
Para determinar da força sobre uma partícula i usaremos o
fato que
F~ i (t ) = −∇
~ Ui
em que Ui é o potencial de interação entre a partícula e as
demais.
fato que
F~ i (t ) = −∇
~ Ui
demais.
Uma vez que estamos considerando que a iteração entre duas
partículas é dada pelo potencial de Lennard-Jonnes
σ 12 σ 6

u (r ) = 4 ε − .
r r
fato que
F~ i (t ) = −∇
~ Ui
demais.
Uma vez que estamos considerando que a iteração entre duas
partículas é dada pelo potencial de Lennard-Jonnes
σ 12 σ 6

u (r ) = 4 ε − .
r r
A energia potencial entre uma partícula i e as demais pode ser
escrita como
N
Ui = u (ri ,j ),
X
j =1
j 6=i
em que, ri ,j é a distância entre as partículas i e j .
A força ca então
N
F~ i (t ) = f (ri ,j )~ri ,j ,
X
j =1
j 6=i
em que
" 12 6 #
σ σ
f (ri ,j ) = 48ε − 0.5
ri ,j ri ,j
A força ca então
N
F~ i (t ) = f (ri ,j )~ri ,j ,
X
j =1
j 6=i
em que
" 12 6 #
σ σ
f (ri ,j ) = 48ε − 0.5
ri ,j ri ,j
Observação: note que os componentes do vetor distância ~ri ,j
podem assumir no máximo um valor igual L/2.
A força ca então
N
F~ i (t ) = f (ri ,j )~ri ,j ,
X
j =1
j 6=i
em que
" 12 6 #
σ σ
f (ri ,j ) = 48ε − 0.5
ri ,j ri ,j
Observação: note que os componentes do vetor distância ~ri ,j
podem assumir no máximo um valor igual L/2.
Finalmente, conhecendo a força que atua sobre cada partícula
podemos executar a integração usando o algoritmo de Verlet
para obter a nova posição de cada partícula, ou seja,
F~ i (t )
~ri (t + ∆t ) = 2~ri (t ) − ~ri (t − ∆t ) + (∆t )2
m

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Sistema de Partículas Interagentes

Vamos iniciar investigação computacional de um sistema de

Existem diferentes abordagens tal sistema, entre elas

A simulação via dinâmica molecular é uma técnica inicialmente

A simulação via dinâmica molecular é uma técnica inicialmente

A simulação via dinâmica molecular é uma técnica inicialmente

A simulação via dinâmica molecular é uma técnica inicialmente

Para ilustrar a simulação via dinâmica molecular iremos

Para ilustrar a simulação via dinâmica molecular iremos

Para ilustrar a simulação via dinâmica molecular iremos

Para ilustrar a simulação via dinâmica molecular iremos

Note que, no algoritmo de Verlet, a estimativa da nova

Note que, no algoritmo de Verlet, a estimativa da nova

Note que, nesse caso, o erro é da ordem de (∆t )2 .

Note que, no algoritmo de Verlet, a estimativa da nova

Note que, nesse caso, o erro é da ordem de (∆t )2 .

Em resumo, no algoritmo de Verlet fazemos uso da expressão

Em resumo, no algoritmo de Verlet fazemos uso da expressão

Em resumo, no algoritmo de Verlet fazemos uso da expressão

Pergunta: Qual deve ser a estrutura de um algoritmo em

call inicia !inicialização

end program MD_Verlet

call inicia !inicialização

end program MD_Verlet

Tarefa  Construa um algoritmo usando a solução de Verlet

é satisfeita. A posição no tempo anterior pode ser obtida

Recalcular todas as velocidade, usando ~vi = ~vi − ~vCM

Recalcular todas as velocidade, usando ~vi = ~vi − ~vCM

Recalcular todas as velocidade, usando ~vi = ~vi − ~vCM

Em seguida, reescalar as velocidade usando a razão

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