Aminoácidos - Fórmula Geral Aminoácidos- Zwitterion AMINOÁCIDOS Podem ser classificados como naturais (são produzidos pelo organismo) ou essenciais ( recisam ser adquiridos com alimentação) Os 20 aminoácidos que compõem as proteínas são classificados como primários para diferenciar dos outros. São designados por três letras derivados do seu nome em inglês Todos apresentam carbono quiral, exceto a glicina. Assim , são opticamente ativos Aminoácidos - Classificação Aminoácidos - Classificação a) Grupos R não polares e alifáticos: são hidrofóbicos, se apresentando com aspectos oleoso e se comportando como lipídios em relação à água. Tendem a se agrupar no interior das proteínas, estabilizando a estrutura proteica por meio de interações hidrofóbicas. b) Grupos R Aromáticos: relativamente apolares c) Grupos R não carregados, mas polares: são mais hidrofílicos, contêm grupos que podem formar pontes de hidrogênio com a água. Aminoácidos - Classificação d) Grupos R carregados positivamente (Básicos): hidrofílicos e) Grupos R carregados negativamente (Ácidos): Hidrofílicos OBS: A Citrulina e a Ornitina aparecem no ciclo da uréia, mas não em proteínas. Os aminoácidos podem agir como ácido ou base ( anfóteros) Aminoácidos – Curva de Titulação Aminoácidos – Curva de Titulação 1) Dissociação do grupo Carboxila 2) A equação de Henderson- Hasselbach: A constante de ionização do ácido é K1 e não Ka, pois a molécula contêm um segundo grupo titulável. A equação pode ser utilizada para analisar a dissociação do grupo carbonila. 3) Dissociação do grupo amino 4) O pK será o pK2 Aminoácidos – Curva de Titulação 5) Curva de titulação da alanina: A cada grupo disponível é possível calcular a curva de titulação de um ácido fraco. Para tampões: -COOH/ -COO- pode servir de tampão em pH ao redor de pK1 -NH3+/- NH2 tamponam ao redor de pK2 Quando pH=pK existem iguais quantidades das formas I e II Ponto Isoelétrico : é o ponto, onde o AA é eletricamente neutro Aminoácidos – Curva de Titulação 6) Carga Líquida do Aminoácido em pH neutro: em pH fisiologicamente neutro os AA se encontram na forma Zwitterion Aminoácidos – Curva de Titulação - Em resumo, o pKa de qualquer grupo funcional é em grande parte afetado pelo seu ambiente químico, fenômeno algumas vezes explorados nos seus sítios ativos de enzimas para promover mecanismos de reação extraordinariamente adaptados que dependem dos valores do pKa perturbados de grupos doadores/receptores de prótosn de resíduos específicos. Aminoácidos – Curva de Titulação - A segunda informação fornecida faz referencia às duas regiões de tamponamento promovida pelo aminoácido. Aminoácidos – Ligações Peptídicas Ocorre entre os grupos alfa-carboxila de uma AA e o grupo alfa-amino de outro. Essas ligações são covalentes e não são rompidas por condições desnaturantes, como aquecimento ou altas concentrações de uréia. Deve haver uma exposição prolongada a um ácido ou a uma base forte a temperaturas elevadas para hidrolisar essas ligações de forma não- enzimática Ocorre por desidratação Peptídeos e Proteínas Os aminoácidos são chamados de resíduos. O aminoácido presente na extremidade que exibe um grupo alfa-amino é o resíduo aminoterminal ( ou N-terminal), o resíduo na outra extremidade, a que exibe grupo carboxila livre é o resíduo carboxiterminal. As ligações peptídicas são muito estáveis, devido sua elevada energia de ativação para ocorrer a hidrólise Peptídeos e Proteínas São polímeros de AA 2AA→ Dipeptídeo 3AA→ Tri peptídeo 4AA→ Tetrapeptídeo 5AA→ Pentapeptídeo Oligopeptídios: Poucos AA Polipeptídios: Muitos AA Proteinas: Peso molecular acima de 10000 Peptídeos biologicamente ativos Ocitocina: 9 resíduos de AA→ contrações uterinas durante o parto Bradicinina: 9 resíduos de AA→ inibe a inflamação Insulina: 2 cadeias polipeptídicas ligadas por pontes dissulfeto→ estimula a captação de glicose pelas células Glucagon: 24 resíduos de aminoácidos→ aumenta os níveis de glicose sanguíneo. Alterações nas Proteínas Podem ser provocadas por: 1) Alterações nas seqüências de aminoácidos (AA) 2) Acréscimo ou retirada de um ou mais AA na molécula 3) Troca de um AA da molécula 4) Mudança de posição de um AA OBS: Estima-se que 20 a 30% das proteínas humanas são polimórficas, possuindo variações em sua seqüência de AA na população humana. Muitas produzem pouco ou nenhum efeito na função da proteína. Proteínas Definições Básicas: Simples; formadas só por AA Conjugadas: parte protéica e não protéica (grupo prostético) que podem ser lipídios, glicídios, ácidos nucléicos metais) Proteínas Homólogas: são proteínas relacionadas evolutivamente, geralmente possuem a mesma função em espécies diferentes. Ex: Citocromo b PROTEÍNAS- ESTRUTURAS PROTEICAS 1- É determinada por uma seqüência de aminoácidos 2- A função depende da estrutura 3- Uma proteína isolada tem uma estrutura singular ou quase singular 4- As interações covalentes são as forças mais importantes que estabilizam a estrutura específica PROTEÍNAS- ESTRUTURAS PROTEICAS Conformação: “ Arranjo espacial dos átomos de uma proteína”. Incluem qualquer estado estrutural que possa ser atingido sem romper as ligações covalentes. Normalmente predomina uma ou algumas em condições biológicas, predomina a termodinamicamente mais favorável. PROTEÍNAS- ESTRUTURAS PROTEICAS a) A conformação é estabilizada em grande parte por interações fracas: - Ligações dissulfeto - Ligações não covalentes: ligações de hidrogênio, interações hidrofóbicas e iônicas. são predominante para a manutenção da estrutura protéica. - Camada de solvatação; quando a água envolve uma molécula hidrofóbica, a disposição ótima resulta em uma envoltório altamente estruturado PROTEÍNAS- ESTRUTURAS PROTEICAS A ligação peptídica é rígida e plana: as ligações C-N de um peptídeo são incapazes de possuir rotação livre, por causa de seu caráter parcial de dupla ligação. Isso limita a faixa de conformações que pode ser assumida por uma cadeia polipeptídica Proteínas- Estrutura Secundária Refere-se ao arranjo espacial dos resíduos de aminoácidos adjacentes em um segmento polipeptídico. Refere-se a porção local de alguma porção de um polipeptídio. a) alfa-hélice: - É o arranjo mais simples de uma cadeia polipeptídica - A cadeia polipeptídica é fortemente retorcida em torno de um eixo imaginário longitudinal, que passa pelo centro da hélice, com grupos R projetando-se para fora. - A hélice é sempre orientada para a direita Proteínas- Estrutura Secundária -Otimiza o uso das ligações de hidrogênio internas -A estabilização é feita por uma ligação de hidrogênio entre o átomo de hidrogênio ligado ao nitrogênio de uma ligação e o oxigênio eletronegativo de outra. Proteínas- Estrutura Secundária Afetam a estabilidade da alfa-hélice: -Repulsão ou atração eletrostática entre resíduos de aminoácidos sucessivos com grupos R carregados -Volume dos grupos R -Interações entre as cadeias laterais de AA espaçados entre si por 3 ou mais resíduos -Ocorrência de resíduos de Prolina (impedem a rotação N-C) e Glicina ( possui uma flexibilidade conformacional maior que a dos demais resíduos de AA, tendendo a assumir estruturas enoveladas diferentes de alfa-hélice). Proteínas- Estrutura Secundária OBS: A prolina não é encontrada em alfa hélice. -Interação entre resíduos de AA das extremidades do segmento helicoidal e o dipolo elétrico inerente a uma alfa hélice . Proteínas- Estrutura Secundária b) Beta pregueada É a conformação mais estendida das cadeias polipeptídicas. Estende-se em ziguezague. Essas podem ser postas lado a lado, para formar uma estrutura que se assemelha a uma série de pregas. As ligação de hidrogênio são formadas entre os segmentos adjacentes da cadeia polipeptídica. Paralela: a orientação aminoterminal-carboxiterminal das cadeias adjacentes é a mesma na antiparalela é inversa. Proteínas- Estruturas Terciária e Quaternária Estrutura terciária: “É o arranjo tridimensional global de todos os átomos de uma proteína.” Inclui aspectos envolvendo distâncias mais longas dentro da seqüência de aminoácidos. Estrutura quaternária: nome dado ao arranjo de duas ou mais subunidades polipeptídicas separadas ou subunidas que podem ser idênticas ou não. Proteínas- tipos PROTEÍNAS FIBROSAS PROTEÍNAS GLOBULARES
em arranjos de folhas ou feixes enoveladas em formas esféricas ou globulares -Possuem um único tipo de estrutura secundária -Possuem diversos tipos de estruturas secundárias -Fornecem suporte, forma e proteção externa aos vertebrados -Enzimas e proteínas reguladoras Proteínas Fibrosas -Alfa-queratina, colágeno, fibroína, elastina -Apresentam propriedades que conferem resistência e/ou flexibilidade às estruturas nas quais aparecem. -São insolúveis em água devido a grande quantidade de AA hidrofóbicos, tanto no interior como na superfície da proteína. Proteínas Fibrosas- alfa queratina -Constituem quase todo o peso seco do cabelo, lã, unhas garras, espinhos, chifres, casco e a maior parte da camada externa da pele. -Duas fitas de alfa queratina, orientadas em paralelo enovelam-se uma à outra para formar uma super espiral super retorcida. Esses a resistência da estrutura como um todo, como se fosse uma corda resistente -A resistência é aumentada por ligações covalentes cruzadas entre as cadeias polipeptídicas no interior das cordas e entre as cadeias adjacentes em uma estrutura supra molecular. Proteínas Fibrosas- alfa queratina A capacidade de se esticar bem como suas numerosas ligações dissulfeto cruzadas formam a base das ondulações do cabelo Proteínas Fibrosas- Colágeno -Proteína mais abundante do corpo -Dar resistência mecânica a tecidos conjuntivos, tendões, cartilagens, matriz orgânica dos ossos e córnea dos olhos. -É pobre em AA essenciais apresentando um pequeno valor nutricional ( rico em prolina e glicina) -Formação da gelatina -A seqüência de AA e a estrutura quaternária super enovelada permite um empacotamento denso de três polipeptídios. Esse empacotamento fornece uma força tensional maior do que a de um fio de aço de idêntica secção transversal. Proteínas Fibrosas- Colágeno A aumento da rigidez e inelasticidade do tecido conjuntivo à medida que as pessoas envelhecem resultam de uma acumulação de ligações covalentes cruzadas nas fibrilas de colágeno Biossíntese do colágeno São formados nos fibroblastos, osteoblastos ou condroblastos e secretados na matriz extracelular. A vitamina C e o oxigênio ajudam na hidroxilação de prolina e lisina encontradas na posição Y da sequência Gly-X-Y. Sem essas substâncias as enzimas hidroxilantes ficam incapazes de atuar. A deficiência de vitamina C impede a formação das ligações cruzadas diminuindo a resistência nas fibras. Doenças do colágeno Osteogênese imperfeita: cicatrização demorada e corcunda retorcida, são características comuns da doença. OBS: Osteogênese Imperfecta: ocorre a substituição da Glicina por um AA com grupo R maior. Isso rompe a repetição Gly-X-Pro que dá ao estrutura helicoidal característica do colágeno Proteínas Fibrosas- Fibroína da Seda Produzida por insetos e aracnídeos. A seda não sofre estiramento porque a conformação beta já é altamente estendida. Entretanto a estrutura é flexível, porque as folhas são mantidas juntas por numerosas interações fracas e não por ligações covalentes, como é o caso das ligações dissulfeto nas alfa queratinas. Proteínas Globulares Os diferentes segmentos de uma cadeia enovelam-se uns sobre os outros. Esse enovelamento gera a diversidade estrutural necessária para que as proteínas executem um grande conjunto de funções biológicas. Incluem as enzimas, as proteínas transportadoras, as motoras, regulatórias, imunoglobulinas e diversas outras. Proteínas Globulares - Mioglobina É uma proteína ligante de oxigênio relativamente pequena, presente nas células musculares. Armazena o oxigênio nos tecidos e facilita a difusão deste no tecido muscular em contração rápida. Abundante no músculo de animais aquáticos como baleias, foca e boto cujos tecidos são tão ricos em mioglobina que são marrons. Permitindo a submersão nesses animais. Apresente um núcleo hidrofóbico característico desse tipo de proteínas Proteínas – Desnaturação e Enovelamento A perda da estrutura protéica resulta na perda da função. Uma perda da estrutura tridimensional suficiente para causar perda da função é denominada desnaturação. Pode ocorrer pelo calor que afeta as interações fracas em uma proteína (ligações de hidrogênio); extremos de pH) As assistentes moleculares (chaperones) são proteínas que interagem com polipeptídios parcialmente enovelados, facilitando as vias certas de enovelamento ou fornecendo microambientes nos quais os enovelamentos passam a ocorrer Proteínas - príon Doença da vaca louca, Kuru e Creutzfeldt-Jacob. Essas doenças são geralmente denominadas de encefalopatias espongiformes. Os sintomas incluem a demência e a perda de coordenação, são fatais. Stanley Prusiney. O príon seria uma proteína constituinte normal do tecido cerebral em todos os mamíferos. Sua função não é conhecida Proteínas - príon A doença só aparece quando a PrPsc ( Sc vem de scrapie- arranhadura em ovinos) passa a converter a PrPc iniciando um efeito dominó pelo qual quantidades crescentes da proteína celular são convertidas na forma causadora da doença. O mecanismo pelo qual a PrPsc leva a encefalopatia espongiforme não é conhecido PROTEÍNAS-FUNÇÕES A estrutura tridimensional de uma proteína permite entender como ela funciona As funções de muitas proteínas envolvem a ligação com outras moléculas. As moléculas que se liga reverssivelmente a uma proteína são denominadas ligantes. A interação proteína-ligante é essencial à vida permitindo que o indivíduo possa responder a mudanças ambientais e metabólicas de maneira rápida e reversível. PROTEÍNAS-FUNÇÕES O ligante se combina a um sítio particular, é o sítio ativo, que lhe é complementar em forma, tamanho, carga e caráter hidrofóbico ou hidrofílico. Essa interação é específica: a proteína pode discriminar entre as milhares de moléculas diferentes de seu meio ambiente e se combinar, seletivamente, somente a uma particular ou a algumas dessas PROTEÍNAS-FUNÇÕES Uma proteína pode ter sítios de ligações distintos para vários ligantes diferentes. As proteínas são flexíveis e as mudanças de conformação podem ser sutis, refletindo vibrações moleculares e pequenos movimentos de resíduos de AA por toda a extensão protéica. Ajuste induzido: adaptação estrutural que ocorre entre a proteína e o ligante Modelo Chave Fechadura x Ajuste induzido PROTEÍNAS-FUNÇÕES Em uma proteína multimérica, uma mudança da conformação em uma subunidade freqüentemente influencia a conformação de outra. Ex: hemoglobina e oxigênio As interações entre ligantes e proteínas podem ser reguladas, em geral, por interações específicas com um ou mais ligantes adicionais. Esse ligantes adicionais podem causar deformações de conformação da proteína que interferem na ligação com o primeiro ligante. PROTEÍNAS-FUNÇÕES Estrutural; Defesa ( Anticorpos); Transporte de Gases (Hemoglobina); Movimento ( Actina e Miosina); Hormonal (insulina); Catálise ( enzimas); Receptoras; Proteínas ligadoras de oxigênio- O oxigênio é pouco solúvel em soluções aquosas. Nenhuma das cadeias laterais das proteínas é adequada para a ligação reversível de moléculas de oxigênio. Esse papel é desempenhado por certos metais de transição, entre os quais o ferro e o cobre. O Ferro livre favorece a formação de espécies de oxigênio altamente reativas, que podem danificar o DNA e outras moléculas, por isso o ferro está ligado a estruturas que o sequestram e/ ou o tornam menos reativo Proteína Alostérica É aquela na qual a ligação de um ligante a um sítio influencia as propriedades de outro sítio da mesma. Possuem outras formas ou conformações, induzidas pela ligação de ligantes denominados modulares. Esses moduladores podem ser inibidores ou ativadores. Moduladores homotrópicos: o modulador e o ligante são os mesmos. Moduladores heterotrópicos: o modulador é uma molécula que não o ligante Enzimas C ÍCERO A N TONIO Enzimas São catalisadores biológicos que aumentam a velocidade da reação, sem sofrer alteração no processo global. Canalizam substratos para rotas úteis, fornecendo uma rota de reação alternativa, energeticamente favorável, diferentemente da reação não catalizada Comandam todos os eventos metabólicos. São específicas Enzimas O sítio ativo facilita a catálise, sendo complementar ao substrato Energia de ativação: barreira de energia que separa os reagentes dos produtos. É a diferença entre a energia dos reagentes e aquela de um intermediário de alta energia, que ocorre durante a formação do produto. A enzima não altera a energia livre dos reagentes ou dos produtos e, assim não altera o equilíbrio da reação. Entretanto ela altera a velocidade na qual o equilíbrio é atingido. Enzimas Eleva a reação de 103 a 108 vezes Número de turnover ou Kcat: número de moléculas de substratos convertidas em moléculas de produto por uma molécula de enzima em um segundo Enzimas- nomenclatura Substrato + ase Descrição da reação + ase - Lactato desidrogenase - adenilato ciclase Nome sistemático: - D-gliceraldeido-3-fosfato: NAD+- oxirredutase Enzimas Apoenzima: enzima inativa sem seu componente não-proteico. Caso esse componente não-proteico seja um íon metálico ele é chamado de cofator, caso seja uma molécula orgânica pequena ele é chamado de coenzima. Holoenzima: enzima ativa com seu componente não proteico. Muitas enzimas estão localizadas dentro de organelas. Fatores que afetam a velocidde da reação enzimática a) Concentração do Substrato: a velocidade de uma reação catalisada por uma enzima aumenta com a concentração do substrato, até uma velocidade máxima ser atingida. A obtenção de um platô reflete a saturação pelo substrato, de todos os sítios de ligação disponíveis nas moléculas enzimáticas presentes. -Formato hiperbólico da curva: a maioria mostra uma cinética de Michaelis- Menten. Em contraste as enzimas alostéricas mostram uma curva sigmóide. Fatores que afetam a velocidde da reação enzimática b) Temperatura: a velocidade de reação aumenta com a temperatura, até um pico de velocidade ser atingido. Esse aumento é devido ao aumento do número de moléculas com energia suficiente para atravessar a barreira de energia e formar os produtos da reação. Uma elevação maior da temperatura resulta em redução da velocidade de reação como resultado da desnaturação da enzima induzida pela temperatura. Fatores que afetam a velocidde da reação enzimática c) pH: o processo catalítico requer que a enzima e o substrato tenham determinados grupos químicos em estado ionizado ou não-ionizados de modo a interagirem. Isso é possibilitado por alterações nas concentrações de íons H+.valores extremos de pH podem levar à desnaturação da enzima, pois a estrutura da molécula proteica cataliticamente ativa depende do caráter iônico das cadeias laterais dos aminoácidos Equação de Michaelis- Menten Equação de Michaelis- Menten Descreve como a velocidade da reação varia com a concentração do substrato -O Km é característico da enzima e de seu substrato específico e reflete a afinidade da enzima por seu substrato. a) Um km baixo: reflete alta afinidade da enzima pelo seu substrato b) Um Km alto: reflete baixa afinidade da enzima pelo seu substrato. Inibição Enzimática Inibidores: diminuem a velocidade das reações catalisadas por enzimas. -Irreversíveis se ligam por ligações covalentes -Reversíveis pode ser competitiva ou não competitiva. Inibição Enzimática a) Competitiva: ocorre competição pelo sítio ativo da enzima. -Ex: estatinas inibem o primeiro passo comprometido com a síntese do colesterol. A reação é catalisada pela hidroximetilglutaril-CoA- redutase (HMG-CoA-redutase). As estatinas, tais como a atorvastatina e a sinvastatina são análogos estruturais do substrato natural dessa enzima e competem efetivamente para a inibição da enzima. Inibindo a síntese do novo colesterol. O efeito pode ser revertido pelo aumento da concentração do substrato Inibição Enzimática Não-competitiva: O inibidor e o substrato ligam-se a sítios diferentes na enzima. O inibidor pode se ligar tanto na enzima livre quanto no complexo ES. Não pode ser superada pelo aumento na concentração dos substratos. -Ex: o chumbo forma ligações covalentes com grupos sulfidrila da cadeia lateral da cisteína nas proteínas. A ferroquelase, enzima que catalisa a inserção do Fe2+ na protoporfirina ( precursor do grupo heme) é um exemplo de enzima sensível à inibição pelo chumbo. Outro exemplo são os inseticidas que inibem a acetilcolinestase. Regulação da atividade enzimática Sítios alostéricos de ligação: são regulados por moléculas denominadas de efetoras ( modificadores ou moduladores), que se ligam de forma não covalente a outro sítio ativo que não o sítio catalítico. Esses podem aumentar ou diminuir a afinidade pelo substrato. -Efetor homotrópico: o próprio substrato atua como efetor -Efetor heterotrófico: o efetor é diferente do substrato. Ex: inibição por retroalimentação. Regulação da atividade enzimática Regulação por modificação covalente: ocorre mais frequentemente pela adição ou remoção de grupos fosfatos. -Fosforilação e defosforilação: essas reações são catalisadas por um grupo de enzimas denominadas proteína-cinases, as quais utilizam o ATP como doador de fosfato. -Resposta da enzima à fosforilação: dependendo da enzima , a forma fosforilada pode ser mais ou menos ativa Ex: glicogênio sintase, diminui a atividade. Regulação da atividade enzimática Indução e repressão da síntese de enzimas: as enzimas sujeitas a essa situação são frequentemente aquelas que são necessárias em apenas um estágio do desenvolvimento ou em condições fisiológicas especiais. Enzimas no Diagnóstico Clínico Um grande número de enzimas é liberado pela célula durante a renovação celular normal. Essas enzimas quase sempre atuam intracelularmente e não tem função fisiológica no plasma. Em indivíduos normais os níveis dessas enzimas é razoavelmente constante. Assim, elevações no nível dessas enzimas podem ser indicativas de estados patológicos Enzimas no Diagnóstico Clínico Alanina-aminotransferase (ALT)→ lesão no fígado. Creatina-Cinase (CK) → infarto do miocardio, particularmente útil quando o eletrocardiograma é de difícil interpretação. Ocorre na forma de três isozimas. Após o infarto agudo do miocárdio, essa enzima aparece cerca de 4 a 8 horas da dor toráxica, atingindo o nível de atividade em aproximadamente em 24 horas e retorna aos níveis basais de 48 a 72 horas. Enzimas no Diagnóstico Clínico Troponina T e Troponina I→ infarto do miocardio Sendo a TroponinaI muito específica para o tecido cardíaco, aparecendo no plasma dentro de 4 a 6 horas após o infarto do miocardio com pico de atividade máxima entre 8 e 28 horas, permanecendo elevada de 3 a 10 dias.