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PROTEÍNAS

PROFESSOR DR. CÍCERO CAVALCANTE


Aminoácidos - Fórmula Geral
Aminoácidos- Zwitterion
AMINOÁCIDOS
Podem ser classificados como naturais (são produzidos pelo organismo)
ou essenciais ( recisam ser adquiridos com alimentação)
Os 20 aminoácidos que compõem as proteínas são classificados como
primários para diferenciar dos outros.
São designados por três letras derivados do seu nome em inglês
Todos apresentam carbono quiral, exceto a glicina. Assim , são
opticamente ativos
Aminoácidos - Classificação
Aminoácidos - Classificação
a) Grupos R não polares e alifáticos: são hidrofóbicos, se apresentando
com aspectos oleoso e se comportando como lipídios em relação à
água. Tendem a se agrupar no interior das proteínas, estabilizando a
estrutura proteica por meio de interações hidrofóbicas.
b) Grupos R Aromáticos: relativamente apolares
c) Grupos R não carregados, mas polares: são mais hidrofílicos, contêm
grupos que podem formar pontes de hidrogênio com a água.
Aminoácidos - Classificação
d) Grupos R carregados positivamente (Básicos): hidrofílicos
e) Grupos R carregados negativamente (Ácidos): Hidrofílicos
OBS: A Citrulina e a Ornitina aparecem no ciclo da uréia, mas não em
proteínas.
Os aminoácidos podem agir como ácido ou base ( anfóteros)
Aminoácidos – Curva de Titulação
Aminoácidos – Curva de
Titulação
1) Dissociação do grupo Carboxila
2) A equação de Henderson- Hasselbach: A constante de ionização do
ácido é K1 e não Ka, pois a molécula contêm um segundo grupo
titulável. A equação pode ser utilizada para analisar a dissociação
do grupo carbonila.
3) Dissociação do grupo amino
4) O pK será o pK2
Aminoácidos – Curva de
Titulação
5) Curva de titulação da alanina: A cada grupo disponível é possível
calcular a curva de titulação de um ácido fraco.
Para tampões:
-COOH/ -COO- pode servir de tampão em pH ao redor de pK1
-NH3+/- NH2 tamponam ao redor de pK2
Quando pH=pK existem iguais quantidades das formas I e II
Ponto Isoelétrico : é o ponto, onde o AA é eletricamente neutro
Aminoácidos – Curva de
Titulação
6) Carga Líquida do Aminoácido em pH neutro: em pH fisiologicamente
neutro os AA se encontram na forma Zwitterion
Aminoácidos – Curva de
Titulação
- Em resumo, o pKa de qualquer grupo funcional é em grande parte
afetado pelo seu ambiente químico, fenômeno algumas vezes
explorados nos seus sítios ativos de enzimas para promover
mecanismos de reação extraordinariamente adaptados que dependem
dos valores do pKa perturbados de grupos doadores/receptores de
prótosn de resíduos específicos.
Aminoácidos – Curva de
Titulação
- A segunda informação fornecida faz referencia às duas regiões de
tamponamento promovida pelo aminoácido.
Aminoácidos – Ligações
Peptídicas
Ocorre entre os grupos alfa-carboxila de uma AA e o grupo alfa-amino
de outro.
Essas ligações são covalentes e não são rompidas por condições
desnaturantes, como aquecimento ou altas concentrações de uréia.
Deve haver uma exposição prolongada a um ácido ou a uma base forte
a temperaturas elevadas para hidrolisar essas ligações de forma não-
enzimática
Ocorre por desidratação
Peptídeos e Proteínas
Os aminoácidos são chamados de resíduos. O aminoácido presente na
extremidade que exibe um grupo alfa-amino é o resíduo aminoterminal
( ou N-terminal), o resíduo na outra extremidade, a que exibe grupo
carboxila livre é o resíduo carboxiterminal.
As ligações peptídicas são muito estáveis, devido sua elevada energia de
ativação para ocorrer a hidrólise
Peptídeos e Proteínas
São polímeros de AA
2AA→ Dipeptídeo
3AA→ Tri peptídeo
4AA→ Tetrapeptídeo
5AA→ Pentapeptídeo
Oligopeptídios: Poucos AA
Polipeptídios: Muitos AA
Proteinas: Peso molecular acima de 10000
Peptídeos biologicamente
ativos
Ocitocina: 9 resíduos de AA→ contrações uterinas durante o parto
Bradicinina: 9 resíduos de AA→ inibe a inflamação
Insulina: 2 cadeias polipeptídicas ligadas por pontes dissulfeto→
estimula a captação de glicose pelas células
Glucagon: 24 resíduos de aminoácidos→ aumenta os níveis de glicose
sanguíneo.
Alterações nas Proteínas
Podem ser provocadas por:
1) Alterações nas seqüências de aminoácidos (AA)
2) Acréscimo ou retirada de um ou mais AA na molécula
3) Troca de um AA da molécula
4) Mudança de posição de um AA
OBS:
Estima-se que 20 a 30% das proteínas humanas são polimórficas,
possuindo variações em sua seqüência de AA na população
humana. Muitas produzem pouco ou nenhum efeito na função da
proteína.
Proteínas
Definições Básicas:
Simples; formadas só por AA
Conjugadas: parte protéica e não protéica (grupo prostético) que
podem ser lipídios, glicídios, ácidos nucléicos metais)
Proteínas Homólogas: são proteínas relacionadas evolutivamente,
geralmente possuem a mesma função em espécies diferentes. Ex:
Citocromo b
PROTEÍNAS- ESTRUTURAS
PROTEICAS
1- É determinada por uma seqüência de aminoácidos
2- A função depende da estrutura
3- Uma proteína isolada tem uma estrutura singular ou quase singular
4- As interações covalentes são as forças mais importantes que
estabilizam a estrutura específica
PROTEÍNAS- ESTRUTURAS
PROTEICAS
Conformação:
“ Arranjo espacial dos átomos de uma proteína”.
Incluem qualquer estado estrutural que possa ser atingido sem
romper as ligações covalentes. Normalmente predomina uma ou
algumas em condições biológicas, predomina a termodinamicamente
mais favorável.
PROTEÍNAS- ESTRUTURAS
PROTEICAS
a) A conformação é estabilizada em grande parte por interações
fracas:
- Ligações dissulfeto
- Ligações não covalentes: ligações de hidrogênio, interações
hidrofóbicas e iônicas. são predominante para a manutenção da
estrutura protéica.
- Camada de solvatação; quando a água envolve uma molécula
hidrofóbica, a disposição ótima resulta em uma envoltório
altamente estruturado
PROTEÍNAS- ESTRUTURAS
PROTEICAS
A ligação peptídica é rígida e plana: as ligações C-N de um peptídeo são
incapazes de possuir rotação livre, por causa de seu caráter parcial de
dupla ligação. Isso limita a faixa de conformações que pode ser
assumida por uma cadeia polipeptídica
Proteínas- Estrutura
Secundária
Refere-se ao arranjo espacial dos resíduos de aminoácidos adjacentes
em um segmento polipeptídico.
Refere-se a porção local de alguma porção de um polipeptídio.
a) alfa-hélice:
- É o arranjo mais simples de uma cadeia polipeptídica
- A cadeia polipeptídica é fortemente retorcida em torno de um eixo
imaginário longitudinal, que passa pelo centro da hélice, com
grupos R projetando-se para fora.
- A hélice é sempre orientada para a direita
Proteínas- Estrutura
Secundária
-Otimiza o uso das ligações de hidrogênio internas
-A estabilização é feita por uma ligação de hidrogênio entre o átomo de
hidrogênio ligado ao nitrogênio de uma ligação e o oxigênio
eletronegativo de outra.
Proteínas- Estrutura
Secundária
Afetam a estabilidade da alfa-hélice:
-Repulsão ou atração eletrostática entre resíduos de aminoácidos
sucessivos com grupos R carregados
-Volume dos grupos R
-Interações entre as cadeias laterais de AA espaçados entre si por 3 ou
mais resíduos
-Ocorrência de resíduos de Prolina (impedem a rotação N-C) e Glicina (
possui uma flexibilidade conformacional maior que a dos demais
resíduos de AA, tendendo a assumir estruturas enoveladas diferentes
de alfa-hélice).
Proteínas- Estrutura
Secundária
OBS: A prolina não é encontrada em alfa hélice.
-Interação entre resíduos de AA das extremidades do segmento
helicoidal e o dipolo elétrico inerente a uma alfa hélice .
Proteínas- Estrutura
Secundária
b) Beta pregueada
É a conformação mais estendida das cadeias polipeptídicas. Estende-se
em ziguezague. Essas podem ser postas lado a lado, para formar uma
estrutura que se assemelha a uma série de pregas. As ligação de
hidrogênio são formadas entre os segmentos adjacentes da cadeia
polipeptídica.
Paralela: a orientação aminoterminal-carboxiterminal das cadeias
adjacentes é a mesma na antiparalela é inversa.
Proteínas- Estruturas Terciária
e Quaternária
Estrutura terciária: “É o arranjo tridimensional global de todos os
átomos de uma proteína.” Inclui aspectos envolvendo distâncias mais
longas dentro da seqüência de aminoácidos.
Estrutura quaternária: nome dado ao arranjo de duas ou mais
subunidades polipeptídicas separadas ou subunidas que podem ser
idênticas ou não.
Proteínas- tipos
PROTEÍNAS FIBROSAS PROTEÍNAS GLOBULARES

-Possuem cadeias polipeptídicas -Possuem cadeias polipeptídicas


em arranjos de folhas ou feixes enoveladas em formas esféricas
ou globulares
-Possuem um único tipo de
estrutura secundária -Possuem diversos tipos de
estruturas secundárias
-Fornecem suporte, forma e
proteção externa aos vertebrados -Enzimas e proteínas reguladoras
Proteínas Fibrosas
-Alfa-queratina, colágeno, fibroína, elastina
-Apresentam propriedades que conferem resistência e/ou flexibilidade
às estruturas nas quais aparecem.
-São insolúveis em água devido a grande quantidade de AA hidrofóbicos,
tanto no interior como na superfície da proteína.
Proteínas Fibrosas- alfa
queratina
-Constituem quase todo o peso seco do cabelo, lã, unhas garras,
espinhos, chifres, casco e a maior parte da camada externa da pele.
-Duas fitas de alfa queratina, orientadas em paralelo enovelam-se uma à
outra para formar uma super espiral super retorcida. Esses a resistência
da estrutura como um todo, como se fosse uma corda resistente
-A resistência é aumentada por ligações covalentes cruzadas entre as
cadeias polipeptídicas no interior das cordas e entre as cadeias
adjacentes em uma estrutura supra molecular.
Proteínas Fibrosas- alfa
queratina
A capacidade de se esticar bem como suas numerosas ligações
dissulfeto cruzadas formam a base das ondulações do cabelo
Proteínas Fibrosas- Colágeno
-Proteína mais abundante do corpo
-Dar resistência mecânica a tecidos conjuntivos, tendões, cartilagens,
matriz orgânica dos ossos e córnea dos olhos.
-É pobre em AA essenciais apresentando um pequeno valor nutricional (
rico em prolina e glicina)
-Formação da gelatina
-A seqüência de AA e a estrutura quaternária super enovelada permite
um empacotamento denso de três polipeptídios. Esse empacotamento
fornece uma força tensional maior do que a de um fio de aço de
idêntica secção transversal.
Proteínas Fibrosas- Colágeno
A aumento da rigidez e inelasticidade do tecido conjuntivo à medida
que as pessoas envelhecem resultam de uma acumulação de ligações
covalentes cruzadas nas fibrilas de colágeno
Biossíntese do colágeno
São formados nos fibroblastos, osteoblastos ou condroblastos e
secretados na matriz extracelular.
A vitamina C e o oxigênio ajudam na hidroxilação de prolina e lisina
encontradas na posição Y da sequência Gly-X-Y. Sem essas substâncias
as enzimas hidroxilantes ficam incapazes de atuar. A deficiência de
vitamina C impede a formação das ligações cruzadas diminuindo a
resistência nas fibras.
Doenças do colágeno
Osteogênese imperfeita: cicatrização demorada e corcunda retorcida,
são características comuns da doença.
OBS: Osteogênese Imperfecta: ocorre a substituição da Glicina por um
AA com grupo R maior. Isso rompe a repetição Gly-X-Pro que dá ao
estrutura helicoidal característica do colágeno
Proteínas Fibrosas- Fibroína da
Seda
Produzida por insetos e aracnídeos.
A seda não sofre estiramento porque a conformação beta já é
altamente estendida. Entretanto a estrutura é flexível, porque as folhas
são mantidas juntas por numerosas interações fracas e não por ligações
covalentes, como é o caso das ligações dissulfeto nas alfa queratinas.
Proteínas Globulares
Os diferentes segmentos de uma cadeia enovelam-se uns sobre os
outros. Esse enovelamento gera a diversidade estrutural necessária
para que as proteínas executem um grande conjunto de funções
biológicas.
Incluem as enzimas, as proteínas transportadoras, as motoras,
regulatórias, imunoglobulinas e diversas outras.
Proteínas Globulares -
Mioglobina
É uma proteína ligante de oxigênio relativamente pequena, presente
nas células musculares.
Armazena o oxigênio nos tecidos e facilita a difusão deste no tecido
muscular em contração rápida.
Abundante no músculo de animais aquáticos como baleias, foca e boto
cujos tecidos são tão ricos em mioglobina que são marrons. Permitindo
a submersão nesses animais.
Apresente um núcleo hidrofóbico característico desse tipo de proteínas
Proteínas – Desnaturação e
Enovelamento
A perda da estrutura protéica resulta na perda da função. Uma perda da
estrutura tridimensional suficiente para causar perda da função é
denominada desnaturação.
Pode ocorrer pelo calor que afeta as interações fracas em uma proteína
(ligações de hidrogênio); extremos de pH)
As assistentes moleculares (chaperones) são proteínas que interagem
com polipeptídios parcialmente enovelados, facilitando as vias certas de
enovelamento ou fornecendo microambientes nos quais os
enovelamentos passam a ocorrer
Proteínas - príon
Doença da vaca louca, Kuru e Creutzfeldt-Jacob. Essas doenças são
geralmente denominadas de encefalopatias espongiformes. Os
sintomas incluem a demência e a perda de coordenação, são fatais.
Stanley Prusiney. O príon seria uma proteína constituinte normal do
tecido cerebral em todos os mamíferos. Sua função não é conhecida
Proteínas - príon
A doença só aparece quando a PrPsc ( Sc vem de scrapie- arranhadura
em ovinos) passa a converter a PrPc iniciando um efeito dominó pelo
qual quantidades crescentes da proteína celular são convertidas na
forma causadora da doença.
O mecanismo pelo qual a PrPsc leva a encefalopatia espongiforme não é
conhecido
PROTEÍNAS-FUNÇÕES
A estrutura tridimensional de uma proteína permite entender como ela
funciona
As funções de muitas proteínas envolvem a ligação com outras
moléculas. As moléculas que se liga reverssivelmente a uma proteína
são denominadas ligantes.
A interação proteína-ligante é essencial à vida permitindo que o
indivíduo possa responder a mudanças ambientais e metabólicas de
maneira rápida e reversível.
PROTEÍNAS-FUNÇÕES
O ligante se combina a um sítio particular, é o sítio ativo, que lhe é
complementar em forma, tamanho, carga e caráter hidrofóbico ou
hidrofílico.
Essa interação é específica: a proteína pode discriminar entre as
milhares de moléculas diferentes de seu meio ambiente e se combinar,
seletivamente, somente a uma particular ou a algumas dessas
PROTEÍNAS-FUNÇÕES
Uma proteína pode ter sítios de ligações distintos para vários ligantes
diferentes.
As proteínas são flexíveis e as mudanças de conformação podem ser
sutis, refletindo vibrações moleculares e pequenos movimentos de
resíduos de AA por toda a extensão protéica.
Ajuste induzido: adaptação estrutural que ocorre entre a proteína e o
ligante
Modelo Chave Fechadura x Ajuste induzido
PROTEÍNAS-FUNÇÕES
Em uma proteína multimérica, uma mudança da conformação em uma
subunidade freqüentemente influencia a conformação de outra. Ex:
hemoglobina e oxigênio
As interações entre ligantes e proteínas podem ser reguladas, em geral,
por interações específicas com um ou mais ligantes adicionais. Esse
ligantes adicionais podem causar deformações de conformação da
proteína que interferem na ligação com o primeiro ligante.
PROTEÍNAS-FUNÇÕES
Estrutural;
Defesa ( Anticorpos);
Transporte de Gases (Hemoglobina);
Movimento ( Actina e Miosina);
Hormonal (insulina);
Catálise ( enzimas);
Receptoras;
Proteínas ligadoras de
oxigênio-
O oxigênio é pouco solúvel em soluções aquosas.
Nenhuma das cadeias laterais das proteínas é adequada para a ligação
reversível de moléculas de oxigênio. Esse papel é desempenhado por
certos metais de transição, entre os quais o ferro e o cobre.
O Ferro livre favorece a formação de espécies de oxigênio altamente
reativas, que podem danificar o DNA e outras moléculas, por isso o
ferro está ligado a estruturas que o sequestram e/ ou o tornam menos
reativo
Proteína Alostérica
É aquela na qual a ligação de um ligante a um sítio influencia as
propriedades de outro sítio da mesma. Possuem outras formas ou
conformações, induzidas pela ligação de ligantes denominados
modulares. Esses moduladores podem ser inibidores ou ativadores.
Moduladores homotrópicos: o modulador e o ligante são os mesmos.
Moduladores heterotrópicos: o modulador é uma molécula que não o
ligante
Enzimas
C ÍCERO A N TONIO
Enzimas
São catalisadores biológicos que aumentam a velocidade da reação,
sem sofrer alteração no processo global.
Canalizam substratos para rotas úteis, fornecendo uma rota de reação
alternativa, energeticamente favorável, diferentemente da reação não
catalizada
Comandam todos os eventos metabólicos.
São específicas
Enzimas
O sítio ativo facilita a catálise, sendo complementar ao substrato
Energia de ativação: barreira de energia que separa os reagentes dos
produtos. É a diferença entre a energia dos reagentes e aquela de um
intermediário de alta energia, que ocorre durante a formação do
produto.
A enzima não altera a energia livre dos reagentes ou dos produtos e,
assim não altera o equilíbrio da reação. Entretanto ela altera a
velocidade na qual o equilíbrio é atingido.
Enzimas
Eleva a reação de 103 a 108 vezes
Número de turnover ou Kcat: número de moléculas de substratos
convertidas em moléculas de produto por uma molécula de enzima em
um segundo
Enzimas- nomenclatura
Substrato + ase
Descrição da reação + ase
- Lactato desidrogenase
- adenilato ciclase
Nome sistemático:
- D-gliceraldeido-3-fosfato: NAD+- oxirredutase
Enzimas
Apoenzima: enzima inativa sem seu componente não-proteico. Caso
esse componente não-proteico seja um íon metálico ele é chamado de
cofator, caso seja uma molécula orgânica pequena ele é chamado de
coenzima.
Holoenzima: enzima ativa com seu componente não proteico.
Muitas enzimas estão localizadas dentro de organelas.
Fatores que afetam a velocidde da
reação enzimática
a) Concentração do Substrato: a velocidade de uma reação catalisada
por uma enzima aumenta com a concentração do substrato, até
uma velocidade máxima ser atingida. A obtenção de um platô
reflete a saturação pelo substrato, de todos os sítios de ligação
disponíveis nas moléculas enzimáticas presentes.
-Formato hiperbólico da curva: a maioria mostra uma cinética de
Michaelis- Menten. Em contraste as enzimas alostéricas mostram uma
curva sigmóide.
Fatores que afetam a velocidde da
reação enzimática
b) Temperatura: a velocidade de reação aumenta com a temperatura,
até um pico de velocidade ser atingido. Esse aumento é devido ao
aumento do número de moléculas com energia suficiente para
atravessar a barreira de energia e formar os produtos da reação. Uma
elevação maior da temperatura resulta em redução da velocidade de
reação como resultado da desnaturação da enzima induzida pela
temperatura.
Fatores que afetam a velocidde da
reação enzimática
c) pH: o processo catalítico requer que a enzima e o substrato tenham
determinados grupos químicos em estado ionizado ou não-ionizados de
modo a interagirem. Isso é possibilitado por alterações nas
concentrações de íons H+.valores extremos de pH podem levar à
desnaturação da enzima, pois a estrutura da molécula proteica
cataliticamente ativa depende do caráter iônico das cadeias laterais dos
aminoácidos
Equação de Michaelis-
Menten
Equação de Michaelis-
Menten
Descreve como a velocidade da reação varia com a concentração do
substrato
-O Km é característico da enzima e de seu substrato específico e reflete a
afinidade da enzima por seu substrato.
a) Um km baixo: reflete alta afinidade da enzima pelo seu substrato
b) Um Km alto: reflete baixa afinidade da enzima pelo seu substrato.
Inibição Enzimática
Inibidores: diminuem a velocidade das reações catalisadas por enzimas.
-Irreversíveis se ligam por ligações covalentes
-Reversíveis pode ser competitiva ou não competitiva.
Inibição Enzimática
a) Competitiva: ocorre competição pelo sítio ativo da enzima.
-Ex: estatinas inibem o primeiro passo comprometido com a síntese do
colesterol. A reação é catalisada pela hidroximetilglutaril-CoA- redutase
(HMG-CoA-redutase). As estatinas, tais como a atorvastatina e a
sinvastatina são análogos estruturais do substrato natural dessa enzima
e competem efetivamente para a inibição da enzima. Inibindo a síntese
do novo colesterol.
O efeito pode ser revertido pelo aumento da concentração do substrato
Inibição Enzimática
Não-competitiva: O inibidor e o substrato ligam-se a sítios diferentes na
enzima. O inibidor pode se ligar tanto na enzima livre quanto no
complexo ES. Não pode ser superada pelo aumento na concentração
dos substratos.
-Ex: o chumbo forma ligações covalentes com grupos sulfidrila da cadeia
lateral da cisteína nas proteínas. A ferroquelase, enzima que catalisa a
inserção do Fe2+ na protoporfirina ( precursor do grupo heme) é um
exemplo de enzima sensível à inibição pelo chumbo. Outro exemplo são
os inseticidas que inibem a acetilcolinestase.
Regulação da atividade
enzimática
Sítios alostéricos de ligação: são regulados por moléculas denominadas
de efetoras ( modificadores ou moduladores), que se ligam de forma
não covalente a outro sítio ativo que não o sítio catalítico. Esses podem
aumentar ou diminuir a afinidade pelo substrato.
-Efetor homotrópico: o próprio substrato atua como efetor
-Efetor heterotrófico: o efetor é diferente do substrato. Ex: inibição por
retroalimentação.
Regulação da atividade
enzimática
Regulação por modificação covalente: ocorre mais frequentemente pela
adição ou remoção de grupos fosfatos.
-Fosforilação e defosforilação: essas reações são catalisadas por um
grupo de enzimas denominadas proteína-cinases, as quais utilizam o
ATP como doador de fosfato.
-Resposta da enzima à fosforilação: dependendo da enzima , a forma
fosforilada pode ser mais ou menos ativa Ex: glicogênio sintase, diminui
a atividade.
Regulação da atividade
enzimática
Indução e repressão da síntese de enzimas: as enzimas sujeitas a essa
situação são frequentemente aquelas que são necessárias em apenas
um estágio do desenvolvimento ou em condições fisiológicas especiais.
Enzimas no Diagnóstico Clínico
Um grande número de enzimas é liberado pela célula durante a
renovação celular normal. Essas enzimas quase sempre atuam
intracelularmente e não tem função fisiológica no plasma. Em
indivíduos normais os níveis dessas enzimas é razoavelmente constante.
Assim, elevações no nível dessas enzimas podem ser indicativas de
estados patológicos
Enzimas no Diagnóstico Clínico
Alanina-aminotransferase (ALT)→ lesão no fígado.
Creatina-Cinase (CK) → infarto do miocardio, particularmente útil
quando o eletrocardiograma é de difícil interpretação. Ocorre na forma
de três isozimas. Após o infarto agudo do miocárdio, essa enzima
aparece cerca de 4 a 8 horas da dor toráxica, atingindo o nível de
atividade em aproximadamente em 24 horas e retorna aos níveis basais
de 48 a 72 horas.
Enzimas no Diagnóstico Clínico
Troponina T e Troponina I→ infarto do miocardio
Sendo a TroponinaI muito específica para o tecido cardíaco,
aparecendo no plasma dentro de 4 a 6 horas após o infarto do
miocardio com pico de atividade máxima entre 8 e 28 horas,
permanecendo elevada de 3 a 10 dias.

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