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Orden del día

• Elementos génicos y recombinación en


bacterias
• Regulación de la Expresión génica
• Los virus
Elementos genéticos
• Genoma  complemento total de genes de
una célula o virus.
El cromosoma
Procariota Eucariota
• En procariotas es No hay nucleosomas. Empaquetado en
una sola molécula nucleosomas.

de DNA circular. No hay intrones. Presencia de


secuencias no
• En eucariotas hay codificadoras 
intrones.
varias moléculas de
El 90% del genoma es Poseen más DNA por
DNA y son lineales. codificante. genoma de lo que se
necesita para
codificar las
proteínas requeridas
para funciones
celulares.
Presentes en pocas Muchas copias de
copias. ciertos genes.
Elementos no cromosómicos
• Plásmidos
– Elementos que existen y se
replican independientemente
del cromosoma.
– La gran mayoría son DNA de
doble cadena y circulares.
– No causan daño a la célula.
– No tienen formas
extracelulares como los virus.
– Pueden haber uno o más por
célula procariota.
– Contienen genes cuyos
productos proteicos confieres
características importantes a
la célula hospedadora.
• Resistencia a antibióticos
Elementos no cromosómicos
• Mitocondrias y
cloroplastos
– Su DNA se replica
independientemente.
– Su complejidad es mayor
que la de plásmidos y virus
en tanto que poseen
maquinaria propia para
traducción.
– Sin embargo, muchas de
sus proteínas son
codificadas por DNA
cromosómico.
Elementos no cromosómicos
• Elementos transponibles
– Piezas del DNA que pueden
moverse de un lugar a otro
del cromosoma.
– Existen en proca y euca y son
importantes en la variabilidad
genética.
– Se replican como parte de
una molécula de DNA.
– Procariotas
• Secuencias de inserción
– Son simples y llevan
información para moverse
de un lado a otro.
• Transposones
– Más grandes y contienen
genes adicionales.
• Virus especiales
Recombinación genética
• Proceso por el cual uno
o más moléculas de
ácidos nucleicos se
rearreglan o combinan
para producir una
nueva secuencia.
– Recombinación general
u homóloga 
intercambio genético
entre secuencias
homólogas de DNA 
entrecruzamiento.
Recombinación en procariotes

• Recombinación
reciproca
Recombinación en procariotes
• Recombinación no
reciproca
Recombinación en procariotes
Procesos que transfieren DNA en procariotes
Conjugación
• Transferencia de DNA
entre bacterias que
involucra contacto
directo y la presencia de
un plásmido.
• En algunos casos el DNA
de la bacteria donante
puede intercambiar
segmentos con el DNA
de la receptora.
Plásmidos bacterianos
• Factores de fertilidad
– Posee genes responsables de
la unión de las células y la
transferencia de del plásmido
durante la conjugación.
– Tra operon  formación de pili
sexual que une la célula F+ con
la célula F-. otros genes ayudan
a la transferencia del DNA.
– Posee secuencias de inserción
que facilitan la integración del
plásmido en el cromosoma.
– Es un episoma  puede estar
integrado al cromosoma o
independiente.
Conjugación bacteriana

• Experimento de
Lederberg y Tatum en
1946.
Conjugación bacteriana
• El plásmido F
además de ser
conjugativo tiene la
capacidad de
movilizar el
cromosoma.
• Plásmido no
integrado  F+.
• Plásmido integrado o
episoma  Hfr
– Alta frecuencia de
recombinación ya
que hay
transferencia de
regiones
cromosómicas del
donante al receptor.
Mecanismo de la
conjugación bacteriana
El factor F posee genes para la formación
del pili y la transferencia del plásmido.
Conjugación F’
• Un plásmido F integrado puede
separarse del cromosoma y en
este proceso pueden
incorporarse genes
cromosómicos en el plásmido.

• La transferencia de plásmidos
F’ permite la formación de
diploides en una región
limitada del cromosoma 
merodiploides.

• Se conoce también como


sexducción.
Transformación
Experimento de
Griffith (1928) 
• Demuestra la
transferencia de
la virulencia de
S. pneumoniae
a través de un
proceso
conocido como
transformación.
Transformación
• Una célula toma una molécula de DNA desnudo o un
fragmento de ella.
• De manera natural el DNA viene de una bacteria donante.
• 1 célula de cada mil integran un gen.
• Puede hacerse con temperatura o por electroporación.
• Cuando el cultivo celular está en fase exponencial llega a ser
competente  capaz de ser transformada.
– Secreción de pequeñas proteínas llamadas factores de competencia
que estimulan la producción de 8 a 10 proteínas para la
transformación.
– Streptococcus, Bacillus, Thermoactinomyces, Haemophilus,
Neisseria, Moraxella, Acinetobacter, Azotobacter y Pseudomonas.
Transformación
Transfección ?
Mecanismo de la transformación
Bien estudiado en S. pneumoniae.
• Mecanismo:
1. Una célula competente une
una molécula de DNA .
2. El DNA es partido en
fragmentos.
3. Una de las cadenas es
hidrolizada y la otra se asocia
a proteínas y atraviesa la
membrana.
4. El fragmento de cadena
sencilla se alinea con su
región homóloga en el
cromosoma y es integrado.
5. Durante la replicación del
DNA heterodúplex se forma
una molécula de DNA
parental y una de DNA
recombinante.
Transducción
• La transducción se puede definir como el proceso de
transferencia genética desde una célula donadora a
otra receptora gracias a bacteriófagos que
contienen DNA genómico de la célula donadora.
• Participación de virus bacterianos o bacteriófagos.
• Tras la infección el bacteriófago fuerza a la célula a
hacer copias del virus.
• Eventualmente el hospedador bacteriano revienta
liberando los nuevos virus.
Transducción
• Descubierta por Lederberg y Zinder en 1951.
• Trabajaron con Salmonella para verificar si
presentaba conjugación así como en E. coli.
• Mezclaron dos cepas de Salmonella, cada una
con un juego distinto de marcadores genéticos
y obtuvieron recombinantes.
– Descartaron transformación, ya que los resultados
eran similares si añadían Dnasa. al sistema.
– Descartaron conjugación pues usaron tubo en “U”
separando las cepas y obtuvieron recombinantes.
– Se postuló que debía existir un “agente filtrable”
resistente a las nucleasas, responsable último de la
transferencia genética.
• Cuál era la naturaleza exacta del misterioso
agente filtrable? Por experimentos
independientes se sabía que una de las dos
cepas de Salmonella producía un fago (P22),
de tipo moderado. Con una serie de ensayos se
demostró que era precisamente este fago el
responsable de los recombinantes.
Ciclo Lítico vs Lisogénico
Transducción generalizada
• Puede transferir cualquier
trozo de genoma
bacteriano.

• La partícula transductora
(pseudovirión) se forma
por empaquetamiento
anómalo del DNA
bacteriano.

• El pseudovirión solo
posee DNA bacteriano.
No DNA del fago.

• Los pseudoviriones se
forman como
consecuencia de
infecciones líticas.
Transducción generalizada
Destino del DNA exogenote
1. Puede ser destruido por exo- y endonucleasas citoplásmicas.
2. Puede recombinarse con la región homóloga del genoma del receptor. Se
produce una recombinación con dos sobrecruzamientos (“crossing-overs”), que
conduce a la integración de doble cadena de ese exogenote, con eliminación de
la zona homóloga del endogenote.
3. Puede ocurrir que el exogenote no sea ni destruido ni recombinado; este DNA
puede persistir en la célula sin replicarse. La consecuencia de esto es que cuando
la célula que originalmente recibió ese DNA exógeno se divida, lo pasará solo a
una de las dos células hijas, la cual a su vez la pasará a una hija en la siguiente
división, y así sucesivamente. Tenemos entonces que el exogenote se va
diluyendo en el clon por transmisión unilinear  transducción abortiva.
4. Si el exogenote es un plásmido, al llegar a la célula receptora, puede replicarse
autónomamente.
5. Si el exogenote contiene un transposón, éste puede insertarse en el genoma de la
célula receptora.
Transducción especializada
• Descubierta en 1956 por
Lederberg y su equipo.

• Se produce por inducción


de un cultivo lisogénico.

• Se transfiere un número
determinado de
marcadores adyacentes al
sitio de integración del
profago.

• El DNA bacteriano va
unido al DNA del fago.
Mecanismo de la transducción especializada
promovida por el fago λ de Escherichia coli

El fago λ infecta celulas de E. coli y se une al cromosoma entre los operones


gal y bio.

1ª fase:
• Se Induce artificialmente el cultivo lisogénico.
• El profago entra en un ciclo lítico. Con una baja frecuencia (10-5 a 10-6) se
producen escisiones anómalas del profago: llevan una porción del
cromosoma bacteriano (gal o bio) y un trozo del genoma del fago. De esta
forma se pueden formar fagos λ defectivos (λd).
• Este lisado contiene muy pocas partículas transductantes por lo que se le
llama LTF (baja frecuencia de transducción).
Mecanismo de la transducción especializada promovida por el fago λ de Escherichia coli
2ª fase:
• Se infecta una cepa receptora con • Se infecta la cepa receptora con el lisado LTF a una
el lisado anterior (LTF) a baja alta multiplicidad de infección.
multiplicidad de infección. • Algunas bacterias reciben el fago λdgal+ junto con el
• Dado que el fago es defectivo, el DNA del fago silvestre.
DNA solo puede integrarse • El fago silvestre actúa como auxiliador respecto del
mediante recombinación homóloga. defectivo: le suministra sitios para la recombinación
• El resultado es y la función de la integrasa. Por lo tanto, a
+ -
un heterogenote gal /gal con un continuación se produce otro evento de
profago λd (no provoca lisogenia). recombinación específica entre ambos DNA de λ.
Cada copia del gen gal es en • El resultado es un heterogenote gal+/gal- que es
realidad un “mosaico”, con una doble lisogénico (λ+/λd). Su fenotipo sería Gal+ y λ+,
porción derivada del exogenote y capaz de producir, por inducción partículas de fago
otra del endogenote. Este silvestres y defectivas.
heterogenote con fenotipo Gal+ es • Se induce el clon doble lisógeno. El resultado de
estable. esta inducción es un lisado con 50% de λ+ y un 50%
de fagos portadores del gen gal+. Si este lisado lo
usamos para infectar de nuevo una cepa gal-, la
proporción de transductantes Gal+ será muy alta.
Por esta razón, al lisado obtenido por inducción del
doble lisógeno λ+/λd se le denomina lisado
HTF (alta frecuencia de transducción).
Transducción
especializada
por el fago λ
sobre E. coli
Conversión fágica
• Son cambios provocados por la lisogenización con
un fago temperado normal (no defectivo).
– Una bacteria lisogénica es inmune a una nueva infección
por un fago del mismo tipo.
– Cambio en la estructura de un polisacárido de superficie
celular de S. anatum.
– Conversión de cepas no productoras de toxinas de
Corynebacterium diphteriae en cepas productoras tras la
lisogenización con el fago β.
– La lisogenia otorga entonces un nuevo fenotipo
produciendo alteraciones genéticas eficientes en las
células hospedadoras  supervivencia de la célula.
Regulación de la expresión génica
• Los procariotas son
bastante versátiles pues
perciben metabolitos y
pueden regular sus
patrones metabólicos.
• Control enzimático
– Cambios alostéricos
– Mecanismos de inhibición
– Control de la transcripción
• Variar cantidades o
velocidad de la síntesis
proteica.
Control negativo
• La síntesis del mRNA procede eficientemente en ausencia del
factor controlador activo.

• Inducción y represión son formas de control negativo.

• La velocidad de síntesis del mRNA es controlada por proteínas


represoras que se unen a centros operadores en el DNA.

• En sistemas inducibles el gen regulador dirige la síntesis de un


represor activo.

• En sistemas represibles, la proteína represora inicialmente esta


inactiva y se torna activa cuando un correpresor se une a ella.
– El correpresor inhibe la transcripción activando el aporrepresor.
Inducción y Represión

Inductor Represor
• Pequeña molécula que • Moléculas que inhiben la
eleva los niveles de una formación de las enzimas
enzima. encargadas de su biosíntesis.
• Enzima inducible. – Aporrepresor
– Correpresor
• Lactosa.
• Enzimas represibles.
• Aminoácidos.
Operón Lactosa (lac)
• Secuencia de bases que codifican para uno o más polipéptidos,
junto con una secuencia que controla su expresión.
• E. coli.
Descubrimiento de un gen regulador
• Jacob y Monod dedujeron que la
velocidad de síntesis de las 3
cromosoma
proteínas esta gobernada por un
i+ z-
elemento común que es diferente
de los genes que especifican su
estructura.
• Trabajaron con mutantes
Represor
constitutivos. difusible

Impide la
síntesis

i- z+
episoma
Control positivo
• La síntesis del mRNA
procede eficientemente en
presencia del factor
controlador  proteína
activadora de genes
catabólicos CAP.

• CAP funciona unida a cAMP


formando un complejo
(cAMP-CAP) que se une a
centros promotores y
estimula la trasncripción.
Operón
Arabinosa

-Proteína C
-cAMP-CAP

+Proteína C
-cAMP-CAP

+Arabinosa
+cAMP-CAP
El operón Arabinosa ilustra diversos principios
generales de la regulación génica…

1. Una proteína puede regular su propia síntesis al reprimir la


transcripción del gen estructural que la codifica.

2. La unión de una molécula señal a una proteína puede


transformarla, pasando de ser un inhibidor a un activador de la
transcripción.

3. Los centros reguladores del DNA a los cuales se une la proteína no


tienen por qué estar necesariamente situados junto a los genes
que controlan.

4. Los cambios inducidos por las moléculas señal se revierten


fácilmente.
Operón Triptófano
Control negativo

in
• La regulación en la síntesis de triptófano tiene otros componentes que
fueron descubiertos por Charles Yanofsky  ATENUACIÓN.
• Existe una secuencia llamada centro de terminación controlada 
atenuador localizado entre el operador y el gen para la primer enzima.
• La atenuación está mediada por un estrecho acoplamiento entre
transcripción y traducción.
Regulación de la expresión en el fago λ
• Debe darse una transcripción secuencial de los genes víricos
para sincronizar la síntesis de las proteínas requeridas para:
– Replicación y recombinación.
– Cabeza y cola.
– Lisis celular.
• Expresión de las dos posibles vías de desarrollo:
– Ciclo lítico.
– Ciclo lisogénico.
• Fases:
– Etapa temprana inmediata.
– Etapa temprana diferida.
– Etapa tardía.
• Producción de la proteína N, la cual actúa como reguladora.
• En su ausencia, los transcritos tempranos inmediatos finalizan en uno de los
posibles puntos de terminación.
• En su presencia, la transcripción continúa y se permite entrar a la etapa temprana
diferida.
• Se fabrican proteínas para la replicación y recombinación del DNA del fago.
• Se da la transcripción de Q, quien actúa como regulador de la misma manera que lo
hace N. Permite la etapa tardía, con la que se transcriben los genes involucrados
con el ensamblaje de las partículas virales y la lisis celular.
• Así, N y Q son los reguladores positivos que regulan el desarrollo lítico.
• Para la vía de desarrollo lisogénica, se requiere de establecimiento, mantenimiento
y liberación.
• En el profago solo se expresa el gen cI. Éste codifica el represor λ que se une a las
regiones operadoras OL y OR y bloquea la transcripción hacia la derecha y hacia la
izquierda.
• Mientras el represor λ esté unido a los centros operadores, el genoma está
silenciado a excepción del gen cI.
• La inactivación del represor λ permite que se transcriban los genes líticos.
• El represor λ controla su propia síntesis.
Cómo regresa el fago λ a su ciclo lítico?

• Los niveles del


represor λ
disminuyen y
comienza la
transcripción del cro Los filamentos ssDNA-recA desencadenan la
autoproteolisis de los represores λ y lexA
 Cro.
Degradación del Degradación del
represor λ represor lexA
• Cro se une a OR3 e
impide la Expresión de la Expresión de las
transcripción de cI. proteína Cro proteínas SOS

Cambio de Reparación del


lisogenia a lisis DNA
Otros procesos de regulación y control
celular

• Existen además procesos de control de la


transcripción relacionados con:
– Transferencia de grupos fosforilo  quinasas y
reguladores.
• Esporulación y quimiotaxis
– Control del ciclo celular
Quimiotaxis La
quimiotáctica
respuesta
es un
proceso complejo que
involucra:
1. El control de la
fosforilación de CheA
por niveles de
atrayentes o
repelentes.
2. La rotación como el
reloj promovida por
CheY fosforilada.
3. Un circuito de
regulación por
retroalimentación que
involucra CheR, CheB
fosforilada y
variaciones en la
metilación de MCP.
Ciclo celular
LOS VIRUS
• Agentes infecciosos.
• Organización acelular.
• Poseen DNA o RNA
encapsulado en una
cubierta proteica.
• Poseen 2 fases:
– Extracelular  virión. Poseen
pocas enzimas o ninguna y no
pueden reproducirse sin
ayuda de una célula.
– Intracelular  existen como
ácidos nucleicos replicantes
que inducen el metabolismo
del hospedador, sintetizan sus
componentes, se ensamblan
y eventualmente se liberan.
Características de los virus
• Los virus se diferencian de las
células en:
1. Organización simple: acelular.
2. Presencia de DNA o RNA pero
no ambos en casi todos los
viriones.
3. Inhabilidad para reproducirse
independientemente de las
células y llevar a cabo la
reproducción tal como una
célula.
• Pueden causar la lisis celular o
bien cambios degenerativos
macroscópicos o anormalidades
de la célula hospedadora 
efectos citopáticos. También
pueden presentarse lesiones
necróticas.
Breve historia de la Virología
• Grandes epidemias del
imperio romano 
sarampión y viruelas.
• Viruela en la conquista
del Imperio Azteca por
Hernán Cortés.
• Siglo 18  Lady
Montagu observó que
las mujeres turcas
inoculaban a sus hijos
contra la viruela.
• Edward Jener descubre
una chica inmune a la
viruela por haber tenido
viruela de las vacas. 23
vacunaciones efectivas.
Estructura de los virus
• Se han estudiado
por microscopía
electrónica,
difracción por
rayos X, análisis
bioquímicos e
inmunología.
• Tamaño:
– 10-300 o 400nm
en diámetro.
• Poseen:
– Nucleocápside.
– Cápside.
Estructura de los virus
Estructura de los virus
Genomas víricos
Genomas víricos
• Tamaño
– Tan pequeños como para
codificar hasta 3 proteínas.
• MS2, Qβ
– Tan grande como para 100
proteínas.
• Genoma lineal o circular
– Extremos cohesivos.
• Virus de RNA
– Si el RNA genómico es el
mismo mRNA  cadena
positiva.
• Polio, mosaico del tabaco
– Si el RNA genómico es
complementario al mRNA 
cadena negativa.
• Rabia, paperas, sarampión,
influenza.
Genomas víricos
Estructura de los virus:
Cápside
Envolturas virales
• Son membranas
externas compuestas
por lípidos y
carbohidratos.
– En virus animales
son parte de las
células
hospedadoras.
• Cuando hay proteínas,
estas son codificadas
por el genoma vírico y
son como espinas 
peplómeros.
– Capacidad infecciosa.
• Pueden haber
enzimas en cápside 
replicación.
Taxonomía viral
Replicación viral
1. Fijación-Adsorción.
• Alta especificidad mediada por
receptores  determinan
susceptibilidad.
2. Penetración.
• Ingreso de genoma vírico y proteínas.
• Células permisivas.
• Descapsidación en membrana celular,
citoplasma o membrana nuclear.
• Restricción vírica por enzimas de
restricción vs glucosilación o metilación.
3. Replicación.
• Producción de ácidos nucleicos.
• Producción de proteínas virales
• Proteínas tempranas  replicación.
• Proteínas tardías cubierta.
4. Ensamblaje.
5. Liberación.
• Lisis, gemación, expulsión.
Clasificación viral según la formación del RNAm
Curva de crecimiento
de una etapa
Replicación viral: Bacteriófagos

Ciclo lítico
Fago T4:

1. Adsorción.
2. Penetración.
3. Replicación.
4. Ensamblaje.
5. Liberación.
Replicación viral: Bacteriófagos

Ciclo lisogénico
Fago λ
Generalidades de los virus animales
• Procesos de adsorción. • Infección lítica.
• Considerar la compartimentalización de las • Infección persistente.
células eucarióticas.
• Para la transcripción • Infección latente.
– Eliminación de intrones.
– Cola 3’ poli-A.
– Casquete 5’.
– RNA monocistrónico.
Replicación viral:
Virus animales
• Tropismo de tejidos.
• Adsorción y penetración
diferentes a la observada en
fagos.
• Vía endocitosis.
• La replicación se da dentro
del núcleo.
• Los productos de la
traducción regresan al
núcleo para empacar las
nuevas partículas.
• La liberación es por lisis o
«gemación», dependiendo
de si hay o no envoltura.
Replicación de un Virus
dsDNA.
Replicación viral:
Virus de RNA
• La replicación
ocurre en el
citoplasma.
• El genoma de los +
funciona como
mRNA
policistrónico.
• Además se produce
un RNA
complementario
para ser molde de
los nuevos RNA+.
Replicación viral:
Virus de RNA
• El genoma de los –
actúa como molde
para la formación de
un complementario
gracias a una RNA pol
viral.
• La hebra + formada:
• Actúa como
RNAm.
• Actúa como
molde para los
genomas -.
Replicación viral:
Retrovirus
• Su genoma existe como RNA
o DNA en diferentes puntos
del ciclo.
• Poseen un ssRNA+ que sirve
de molde para fabricar un
DNA complementario gracias
a la transcriptasa reversa. El
RNA es degradado y se fabrica
la cadena complementaria de
DNA  dsDNA.
• El DNA proviral va al núcleo y
se incorpora al cromosoma
del hospedador.
• La transcripción produce un
RNAm que sirve para la
traducción y como genoma
de los nuevos virus.
Efectos de virus animales sobre células hospedadoras
Viroides
• Pequeñas moléculas de RNA
monocatenario circular.
• Causan enfermedades
importantes a las cosechas.
• Su forma extracelular es de
RNA desnudo.
• No codifica proteínas.
• Usan las RNA polimerasas
de la célula eucariótica para
su replicación.
• Se presume que causan
enfermedad interviniendo
con la regulación génica 
eliminación de intrones y
empalme de exones.
La configuración alterada que da lugar a la enfermedad
Priones priónica se caracteriza en que:
• Tiene un alto contenido de hoja-beta.
• Es insoluble frente a los detergentes.
• Es una proteína • Es resistente a la proteolisis o degradación de la proteína
mediante enzimas y resistente a radiaciones ionizantes y
patógena (partícula UV.
infecciosa • Se localiza mayoritariamente en el espacio extracelular.
proteinacea). • Tiene tendencia a agregarse.
• No provoca respuesta inmune.
• Se producen cuando
una proteína ha tenido
un mal plegamiento.
• Este prión degenera a
las demás proteínas de
su tipo.
• Enfermedad de las
vacas locas.
• En humanos,
enfermedad de
Creutzfeldt-Jakob.

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