1.

Describa un CNV (copy number variation) que haya sido asociado a esta patología y un
gene que haya sido resecuenciado para el estudio de este trastorno

Copy number variation

Pequeñas delaciones e inserciones pueden ocurrir a través de slippage y mal apareamiento de los strands
en regiones de repeticiones tándem cortas de DNA durante la replicacion. Si la delicion o la inserción no
es múltiplo de tres se da una mutación tipo Frameshift que lleva a la translación alterada de la secuencia
de proteína del sitio de la mutacion.
A gran escala los errores de replicaron o recombinacion cromosómica pueden generar inversiones,
traslocaciones, delaciones, duplicaciones o inserciones.

Cuando la region de la delación o duplicación es mayor a 1 kb se llama una Copy Number variation
(CNV). Estas son mas comunes de lo que antes se crea y se estima que el genoma humano varia al menos
un 4% en el numero de copias. Sin embargo algunas CNV raras son patológicas como la duplicación
recurrente del cromosoma 17p12 son causas de los dientes de charcot-marie tipo 1A o la triplicación de
alfa- synucleina puede generar Parkinson.

Hay translaciones que no interrumpen la expresión de genes clave, en especial si son balanceadas donde
el material genético se arregla entre los cromosomas y no se pierde ninguna porción importante.

Un individuo con esta condición puede ser normal pero su descendencia puede recibir material
cromosómico desvalanceado y desarrollar un genotipo clinico.

Las CNV ocurren muy comúnmente comparado con cambios en un solo nucleotido. Las CNV representan
de 4-13% del genoma total, esto refleja que puede tener un beneficio evolutivo como mecanismo de
producción de diversidad genética pero que son mas problables que ocurran que una mutación puntual.

Las CNV producen enfermedad alterando una región codificadora de genes o alterando la expresión
regulada de los genes por medio de efectos dosage positivos o negativos.
Si la CNV genera enfermedad puede ser transmitida de manera mendeliana.

Se detect por microarrray

Genera varias enfermedades:

- Charcot–Marie–Tooth type 1A

- hereditary liability to pressure palsies

- spastic paraplegia type 4

- juvenile PD 2

- Williams syndrome
Gene sequencing

La secuenciacion genetica permite buscar alteraciones potencialmente dañinas. El método

standard es la Sanger sequencing

Para el estudio del Alzheimer se han estudiado los genes: APP , PSEN1 y PSEN2.

2. Indique si se han reportado mutaciones de novo en pacientes con este diagnóstico, cuál es un
factor de riesgo que se ha descrito para la aparición de este tipo de mutaciones este trastorno y
como se hace el diseño del estudio para identificar mutaciones de novo?. Explique cuál es el
mecanismo patogénico de alguna de estas mutaciones reportadas

Mutaciones de
Novo reportadas
Se usara el primer estudio para responder las preguntas:

Factores de
riesgo

Las
mutaciones
de novo son
muy raras, y
están en baja
frecuencia en
el gen
PSEN1 se
cree que es
porque el Alzheimer de inicio temprano no afecta el pedido reproductivo en el pasado evolutivo
de las poblaciónes humanas

Diseño del studio

Se aislo DNA de leucocitos en la sangre periférica de la paciente y sus padres.

Se usaron primers para amplificar y secuencias los expones 3-12 del gen PSEN1, expones 16 y
17 de APP.
Se detecto el nivel de APO·
Se confirmo la mutación en un grupo control de 60 pacientes con Alzheimer de inicio temprano
y 100 pacientes sanos usando un análisis conformaciones de hebra única.
Se confirmo la paternidad de los padres de la paciente usando un AMPf/STR kit con un poder de
discriminacion mayor al 0.999999999 y un poder de exclusión mayor al 0.99999
El impacto de la mutación de los dominios transmembrana de PS1 se evaluó usando un método
in silicio. Se construyo un modelo usando un programa de modelos llamado insight II suite
usando un batectiorhodopsin como plantilla.

Mecanismo patogénico de mutación

Mutacion en: TCT → TTT mutation at codon 170 (S170F) of PSEN1. La suspicion del S17oF
cambia un aminoacido polar a uno hidrofobico. El residuo S170 es funcional y altamente
conservado en la evolución.
Se realizo el estudio para evaluar el impacto de la sustitución en la arquitectura de la presenilina
1. Se confirmo que los residuos de TM3 que tienen mutaciones previamente identidiacadas
forman lineas verticales alineadas con tres caras de la la hélice alfa. Se cree que la cara de TM3
que tiene la mutación juega parte en las interacciones hélice-hélice en el complejo de y-secreasa.
La mutación S170çf altera las posibles interacciones con otras proteínas que puede llevar a
disyunción de todo el complejo de proteinas.