PROTEÓMICA

Programa de Química y Farmacia

Universidad del Atlántico
Julio 2019
Proteómica

• Definición: Es el estudio de los proteomas

• El proteóma se refiere al conjunto entero de
proteínas expresadas en una célula.
• Siendo el complemento de la traducción del
producto de un genoma.
• Esto conlleva a realizar múltiples análisis sobre
todas las proteínas traducidas de una célula.
Complejidad del proteoma
Función de las proteínas
Contráctiles

Transporte Enzimas

Proteína

Receptores Estructura

Almacena-
Hormonas
miento
Ejemplos de proteínas constitutivas y
reguladas

Proteínas Constitutivas Proteína reguladas

Albúmina Insulina
Hemoglobina Glucagon
Fibrinógeno Gastrina
Gamma-Globulina GOT
Troponina AST
Miosina CPK
Colágeno LDH
Actina Vasopresina
Elastina Prolactina
Relación Estructura-Función de Proteínas
Qué determina la estructura correcta de
las proteínas?
Relación Estructura - Enfermedad

Proteína normal La forma causante de la

Enfermedad priorina
Qué se busca al evaluar la proteomica?

✓ Conocer el estado metabólico

✓ Momento del desarrollo
✓ Niveles de expresión
✓ Modificaciones postranscripcionales
✓ Localización celular
✓ Efecto de la activación por señales externas
 LA PROTEOMICA CUANTITATIVA MODERNA

Localización espacial;
Microambiente
Complejos Dianas terapéuticas
Estequimetría

Proteómica
Cuantitativa

Complejo; Síntesis/degradación
Dinámica

Epigenética Biomarcadores de enfermedades Rutas de señalización

Métodos para estudios proteómicos

Métodos

Espectrometría
Microarreglos
de masas
ESPECTROMETRÍA DE
MASAS
Método 1. Proteomica
Fundamento
Análisis de huellas digitales (Fingerprinting)
MAPAS TEÓRICOS MAPA EXPERIMENTAL

2000.0 2500.0 3000.0 3500.0 4000.0 4500.0 5000.0

2000.0 2500.0 3000.0 3500.0 4000.0 4500.0 5000.0

2000.0 2500.0 3000.0 3500.0 4000.0 4500.0 5000.0

2000.0 2500.0 3000.0 3500.0 4000.0 4500.0 5000.0

2000.0 2500.0 3000.0 3500.0 4000.0 4500.0 5000.0

Cortesía de Bruker Daltonics
Peptide Mass Fingerprinting (PMF)
Mapa MALDI-TOF de un digerido (péptido) en gel de BSA
Intens. [a.u.]

1479.859 1163.692
5000

927.541
1439.863
4000

3000

1415.681

2000
1639.999

1163.692
1000
1283.739
1823.962
1955.951
830.441 1823.962
1163.692 1823.962 1823.962

0
800 1000 1200 1400 1600 1800 2000 2200 2400
m/z
Método 1. Clásicas para el Análisis del Proteoma
Aproximaciones
Geles 1D ó 2D

Digestión bandas (1D) o spots (2D)

Extracción de péptidos

MALDI-TOF Búsqueda DB Identificación

(PMF) proteína

LC-ESI-MS/MS
Secuenciación automática

Separación HPLC
colección de fracciones
nano-ESI-MS/MS
Desalado Secuenciación manual

Análisis PTMs
“De Novo”
Fluorocromos
 ratio >1.5 or <-1.5. Assign Pick status for filtered spots
assigned the POI (Proteins Of Interest) status in the pro
Análisis de geles 2D
BVA workspace.
Digestión de proteínas y análisis estructural
MICROARREGLOS DE
PROTEÍNAS
Método 2.
Reactivos de detección
Detección de proteínas funcionales
 Protocolo para la detección de auto-anticuerpos usando el kit LucinArray®-P Protein Array

Detección de la interacción proteína-proteína:

1. Las proteínas de muestra se marcan con biotina;
2. Las proteínas marcadas se incuban con las
proteínas inmovilizadas
3. Las proteínas que se unen a la matriz pueden
detectarse utilizando estreptavidina-HRP para la
detección de quimioluminiscencia o Fluoroconjugado
con estreptavidina para la detección de fluorescencia.
Detección de interacción anticuerpo-proteína:

1. Incubación con muestras, como suero humano, candidatos a fármacos moleculares, etc .;
2. Incubación con anticuerpos secundarios, acoplados fluorescentes contra IgG humana o fármaco molecular,
3. Scanning Escaneo láser de alta resolución;
4. Análisis del patrón de señal mediante técnicas estadísticas multivariadas.
Aplicaciones
 Bases de datos especializados de
proteínas
✓ Prosite (Patrones)
✓ interpro, iproclass (dominios/clasificación)
✓ Protein Data Bank PDB (estructura) www.rcsb.org
✓ DIP (base de datos de interacciones entre proteínas)
✓ Swiss 2D-page (mapas bidimensionales) https://world-
2dpage.expasy.org/swiss-2dpage/
✓ BRENDA (enzimas)
✓ PharmGKB (dianas terapeuticas) www.pharmgkb.org
✓ Therapeutic Target Database (dianas terapeuticas)
http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/
EJERCICIO
Receptor de Estrógeno
 Antecedentes
✓ El receptor de estrógeno (ER) es en realidad un grupo de receptores nucleares que son activados por
el estrógeno (17-beta-estradiol). También pertenecen a este grupo el RE acoplado a proteínas G (GPER).

✓ La principal función del RE nuclear es actuar como factor de transcripción, uniéndose al ADN para regular
la espresión génica. ​

✓ Existen dos formas diferentes del RE, denominadas formas α y β. Ambas codificadas por los genes
ESR1 y ESR2, respectivamente. La conformación activada del RE forma un dímero que puede ser un
homodímeros del tipo ERα (αα) o ERβ (ββ), o heterodímeros del tipo ERαβ (αβ). Estas formas se obtienen por
splicing alternativo.

✓ Los REson sobre-expresados en alrededor del 70% de los casos de cáncer de mama, referidos como "ER
positivos".

✓ La unión de estrógeno al RE estimula la proliferación de las células incrementando el riesgo de sufrir

mutaciones.

✓ ERα se encuentra asociado con multitud de tumores de diverso origen, mientras que la implicación de ERβ aún
es controvertida. Polimorfismo de nucleótido único en el gen ESR1 se ha asociada con diferentes porcentajes de
riesgo de desarrollar cáncer de mama.

✓ El estrógeno y sus receptores también se encuentran implicados otros tipos de cáncer, como: ovario, colon,
próstata, endometrio. El cáncer de colon avanzado se encuentra asociado a la pérdida de Erβ.

✓ La terapia endocrina para tratar el cáncer de mama requiere el uso de moduladores selectivos del RE (SERMs),
los cuales se comportan como antagonistas de los receptores de estrógeno en el tejido mamario.
Protein Data Bank PDB
Ejemplo: Receptor de Estrógenos (6HKF)
Swiss 2D-page
PharmGKB (dianas terapeuticas)
PharmGKB
Therapeutic Target Database
Therapeutic Target Database
Therapeutic Target Database
Therapeutic Target Database
Mecanismo de acción
FIN DE LA PRESENTACIÓN