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I – PARTE
Aminoácidos
Propriedades Gerais:
Ligações peptídicas:
Propriedades ácido-base:
pH = pK + log [A-]/[HA]
pI = ½ (pKi + pKj)
Estereoquímica:
Aminoácidos D:
Diversidade polipeptídica:
Purificação proteica:
Processos de estabilização:
Depois de uma enzima ter sido removida do seu ambiente natural, fica exposta
a vários agentes que a podem danificar irreversivelmente:
Ø pH:
Existe uma gama onde cada material é estável. Violando essa propriedade
pode levar à desnaturação proteica, ou mesmo à degradação química (lise).
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Ø Temperatura:
Quando os tecidos são destruídos para libertar moléculas que nos interessam,
também são libertadas enzimas, as quais podem ser proteases (estas enzimas
degradam, como o próprio nome indica, as proteínas). Estas podem ser
inibidas pelo ajustamento do pH ou da temperatura para valores que as
inactivam ou por compostos que inibam a sua acção (inibidores).
Ø Adsorção a superfícies:
Técnicas de separação:
Solubilidade proteica:
Cromatografia:
Ø Cromatografia em gel:
Ø Cromatografia de afinidade:
Electroforese:
Similar à cromatografia por gel, só que a mobi lidade das grandes moléculas é
menor que a mobilidade das moléculas pequenas, com a mesma carga. Como
o pH do gel ronda o valor de 9, quase todas as proteínas têm cargas negativas
e movem-se assim para o ânodo através do gel.
Ø SDS-page:
Ø Electroforese de capilaridade:
Esta técnica é executada em muito finos tubos capilares. Tais capilares, como
dissipam rapidamente o calor, permitem o uso de campos eléctricos fortes, que
reduzem o tempo de separação em relação à electroforese por gel. No entanto
tem a limitação de separar apenas pequenas quantidades de material.
Ultracentrifugação:
Sequenciação de proteínas:
Primeiros passos:
Ø Achar N ou C terminais:
Ø Clivagem polipeptídica:
Polipeptídeos com mais do que 40 a 100 resíduos não podem ser identificados
por degradação de Edman e logo têm de ser partidos em fragmentos mais
pequenos.
Ø Degradação de Edman:
Estrutura secundária:
Estudos indicam que o grupo dos péptidos tem uma rígida e planar estrutura
como resultado de interacções de ressonância que dão à ligação pe ptídica um
carácter duplo.
Os grupos de péptidos assumem a conformação trans, na qual sucessivos
átomos C α estão em lados opostos da ligação peptídica que os liga. No entanto,
a conformação cis no caso da prolina tem uma ocorrência média de cerca de
10%.
A cadeia principal de uma proteína são os átomos que participam nas ligações
peptídicas, ignorando-se as cadeias laterais dos resíduos aminoácidos. Assim,
na cadeia principal vai haver ângulos de torsão para cada resíduo, de modo a
adquirirem a conformação trans. Esta torção pode provocar colisões entre
átomos adjacentes e mesmo entre átomos de resíduos que estão afastados da
sequência. Assim, os valores de φ e ψ podem ser calculados de modo a que os
átomos distem da distância mínima de contacto, sem haver ligação entre eles
(diagramas de Ramachandran).
Ø A hélice α :
Ø Folha β :
Proteínas fibrosas:
Ø Estruturas irregulares:
Ø Voltas e loops:
Estrutura terciária:
Ø Família proteica:
Por incrível que pareça, medidas termodinâmicas indicam que a maior parte
das proteínas apenas são relativamente estáveis em condições fisiológicas. São
então os seus efeitos hidrofóbicos, as suas interacções electrostáticas e as
suas pontes de hidrogénio que as vão estabilizar.
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Ø O efeito hidrofóbico:
O efeito hidrofóbico, que faz com que substâncias apolares minimizem o seu
contacto com a água, é o efeito mais determinante de uma estrutura proteica.
A agregação de cadeias laterais apolares no interior da proteína é favorecida
pelo aumento da entropia das moléculas de água que em caso contrário se
organizariam ordenadamente à volta dos grupos hidrofóbicos.
Ø Interacções electrostáticas:
No interior das proteínas, as forças de Van der Waals, embora fracas, são uma
importante influência estabilizadora, pois actuam apenas a pequenas
distâncias e desaparecem quando a proteína é “desenrolada”. Por incrível que
pareça, as pontes de hidrogénio contribuem de uma forma minoritária para a
estabilidade da molécula, porque também à formação de pontes de hidrogénio
entre a proteína e a água.
A associação de dois grupos iónicos de cargas opostas é chamada de par
iónico ou ponte salina. Este caso ocorre na maior parte dos resíduos
carregados e contribui também para a estabilização de uma proteína, embora
de forma minoritária, pois a energia livre de um ião não compensa a perda de
entropia e de energia livre aquando da formação de um par iónico.
“Chaperons” moleculares:
Dinâmica proteica:
II - PARTE
Catálise Enzimática:
• Propriedades Gerais:
Especificidade do substrato:
Cofactores e Coenzimas:
Mecanismos catalíticos:
Ø Catálise ácido-base:
Ø Catálise covalente:
Ø Catálise metal-iónica:
Em muitas das reacções catalisadas por iões metálicos, estes vão funcionar
tal qual um protão, neutralizando uma carga negativa. No entanto, estes
iões têm a vantagem de poderem existir em mais altão concentrações a pH
neutro e de possuirem cargas superiores a +1.
Ø Catálise electrostática:
inactivando-a. Acontece por vezes que estes análogos tenham maior afinidade
com a enzima do que a molécula que pretendemos catalizar.
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Figura 1 – Progressão das curvas para uma reacção simples catalizada por uma enzima. Com
excepção da fase inicial da reacção, os declives das curvas de [E] e [ES] são essencialmente zero
enquanto [S] >> [E].
Figura 2 – O gráfico de V0 (velocidade inicial) de uma reacção enzimática simples vs. [S]
1/V=1/Vmáx+(1/[S])*KM/Vmáx ( 2 )
Inibição enzimática
- Figura 6 - -Figura 7-
-Figura 81 - -Figura 92 -
1
Gráfico de V0 em função de [S] para a reacção Michaelis -Menten na presença de diferentes
concentrações de inibidor competitivo.
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Gráfico Lineweaver-Burk correspondente à Fig. 8.
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- Figura 10 -
Introdução ao Metabolismo:
O Metabolismo:
Ø Estratégias “Trophicas”:
Ø Caminhos metabólicos:
No caso dos eucariontes, cada processo vai ocorrer num organito celular
característico; nos procariontes, como não têm organitos celulares, os
processos ocorrem num sítio característico do citosol.
Assim, nos eucariontes, para que haja a síntese dos vários metabólitos, há que
haver mecanismos que transportem as substâncias entre os vários
compartimentos celulares. Existem assim proteínas “transportadoras” que são
responsáveis por este processo.
Ø Considerações Termodinâmicas:
Ø Compostos de “alta-energia”:
De nota que, como os produtos da hidrólise do ATP são iões, o ∆G desta vai
assim também depender do pH e da força iónica.
-Reacções Conjuntas:
NOTA: ∆G1+∆G2<0
Seja ∆G1≥0 e ∆G2<0; como ∆G1≥0, logo o produto D vai existir em baixa
concentração; mas como ∆G2<0, então aqui D é convertido em produtos,
gastando assim o excesso em (1) levando a que a reacção (1) se dê no sentido
directo de forma a repor D(Princípio de Le Chatelier).
A energia das ligações fosfoanídricas pode ser usada para conduzir reacções
ao seu equilíbrio, mesmo quando os grupos fosforil não são transferidos para
outro composto orgânico. Assim, o ATP vai-se ligar a, por exemplo, proteínas,
levando-as assim a uma alteração conformacional; após isto, a hidrólise
exergónica do ATP e a consequente libertação de ADP e Pi transforma essas
alterações conformacionais em irreversíveis, levando a que o processo avance.
Embora muitas reacções envolvendo ATP produzam ATP e Pi, outras produzem
AMP e PPi. Neste último caso o PPi é rapidamente hidrolisado para dois Pi pela
pirofosfatase inorgânica, levando a que a quebra do ATP pela pirofosfatase
consuma duas ligações fosfoanídricas.
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Reacções redox:
- NAD+ e FAD:
Catabolismo da Glucose:
As reacções da glicólise:
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- Isomerase fosfoglucosídica:
1. O substrato liga-se.
2. Um ácido enzimático vai catalisar a abertura do anel da hexose.
3. Uma base abstrai o protão ácido formando um cis-enolato.
4. O protão é reposto em C1. Os protões abstraídos pelas bases
rapidamente trocam com os protões do solvente.
5. O anel fecha-se de maneira a formar o produto que é consequentemente
libertado da enzima, completando o ciclo catalítico.
-Aldolase:
-Isomerase Fosfotriose:
-Fosfoglicerato-mutase:
Controlo da glicólise:
O ciclo do ácido cítrico é uma engenhosa série de oito reacções que oxida o
grupo acetil da acetil-CoA para duas moléculas de CO2 de uma maneira tal
que conserva a energia libertada nos compostos reduzidos NADH e FADH2. Um
ciclo completo liberta duas moléculas de CO2, três NADH, um FADH2 e um
composto altamente energético: ATP+GTP.
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-Síntese da acetil-coenzima A:
-Reacção 2: Aconitase:
-Reacção 7: Fumarase:
Esta reacção pode ser separada em duas “meias” reacções que a máquina
metabólica leva a cabo. Na primeira dá-se a oxidação dos átomos de carbono
da glucose (glicólise e ciclo de Krebs):
-A mitocôndria:
-Fosforilação oxidativa:
-O transporte electrónico:
Fosforilação Oxidativa:
Ø Hipótese Quimiosmótica:
Ø Força protomotriz:
∆ G= 2.3 RT ∆ pH + Z ∆ Ψ F
Z – carga do protão
∆Ψ- potencial da membrana
F- constante de Faraday
Ø Porquê glicogénio?
1. Maior solubilidade;
2. Maior número de pontos de metabolização, ou seja, vai possuir vários
extremos não redutores por onde a remoçã sequencial se dá, tendo por
seu lado apenas um extremo redutor.
Degradação do Glicogénio.
1. Glicogénio fosforilase:
3. Fosfoglucomutase:
Síntese do Glicogénio:
Biossíntese:
2. Glicogénio sintetase:
Mas, é de notar que esta reacção apenas prolonga uma cadeia de glicogénio já
existente. Como se inicia então a sítese do glicogénio:
Gluconeogénese:
Questão central: Substituir as três reacções irreversíveis da glicólise.
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Regulação da glucanogénese:
Síntese de glicogénio
↓
Activação da glicólise
↓
Produção de Acetil-CoA
↓
Biossíntese de ácidos gordos e armazenamento de gorduras