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Aunque en sus inicios se propusieron teorías alternativas, la teoría de Darwin que dio origen y
forma parte esencial de la síntesis evolutiva moderna es mayoritariamente aceptada por
la comunidad científica. Tanto la existencia de un proceso evolutivo general para los seres
vivos como la teoría actual son principios incontrovertidos entre los biólogos desde hace casi
un siglo, no existiendo evidencia científica sólida en contra.
La teoría mutacionista se remonta a la obra de William Keith Brooks, Francis Galton y Thomas
Henry Huxley, cuyas ideas fueron recuperadas en la década de 1890 por los trabajos de Hugo
de Vries y William Bateson en torno a las variaciones naturales discontinuas. Con el
redescubrimiento de las leyes de Mendel, el mutacionismo fue la postura defendida por gran
parte de los fundadores de la genética de poblaciones (Thomas Hunt Morgan, Reginald
Punnett, Wilhelm Johannsen, Hugo de Vries y William Bateson).
En 1902 G. Udny Yule defendió que un rasgo que reflejase efectos de múltiples caracteres
mendelianos podía mostrar una distribución normal. Aunque la mayoría de las fluctuaciones son
ambientales, parte de la variabilidad continua de las especies naturales podía tener una base
genética, y en el caso de que fuese suficientemente abundante, podía servir como base de un
mecanismo mendeliano que permitiera el gradualismo postulado por Darwin. Sin embargo, la
síntesis de la genética mendeliana y el darwinismo no se desarrolló inmediatamente por varias
razones: continuaba siendo dudoso que la selección natural fuese suficientemente poderosa
como para actuar a partir de diferencias infinitesimales; era una creencia común (siguiendo la
noción de Galton de regresión a la media) que incluso las fluctuaciones heredables no podían
conducir a cambios cualitativos; y algunos defensores del darwinismo, como Karl Pearson,
todavía no acaptaban la genética mendeliana.
En 1927 Hermann Joseph Muller comprobó que la exposición a los rayos x acrecienta mucho
la tasa de mutación. Hoy se sabe que otras radiaciones como la ultravioleta, así como ciertas
sustancias químicas pueden actuar como mutágenos.